几种分子遗传标记技术

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AFLP的优点
① 多态性丰富且清晰可辨，一次AFLP分析可检测到100~150个标记； 被认为是指纹图谱技术中多态性最丰富的一项技术；
② 可靠性好，重复性高；
③ DNA需要量少；
④ 引物在不同物种间是通用的； ⑤ AFLP分析的扩增片段较短（30-700bp)，分辨率高。
AFLP的缺点
① 对DNA模板质量要求高，对其浓度变化不敏感；
② 显性标记，只能表明目的条带的有无，不能区分纯合子和杂合子； ③ 操作复杂，耗时，成本高。
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AFLP的应用
遗传图谱的构建； 基因标记及定位； 种及种下阶元的分类鉴定； 遗传距离及杂种优势的利用；
遗传多样性和系统进化的研究。
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3、SSCP（Single Strand Conformation Polymorphism) 单链构象多态性 单链构象多态性检测是一种基于单链DNA构 象差别来检测点突变的方法。 原理：单链DNA分子内的相互作用力使其呈现 复杂的空间折叠构象，当有一个碱基发生改变时， 其空间构象发生变化，这些空间构象存在差异的单 链DNA分子在凝胶中受排阻大小不同。因此，通 过电泳可以将构象上有差异的分子分离开，形成了 单链构象多态性。
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RFLP的优点
① 较高的可靠性； ② 标记数目是无限的； ③ 标记为共显性； ④ 标记之间无干扰； ⑤ 不受年龄性别以及外界环境的影响。
RFLP的缺点
① 样品纯度要求较高，样品用量大； ② 多态信息含量低； ③ 步骤繁琐、工作量大、成本较高。
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RFLP的应用
分子水平上选择目的性状 进行品种或品系遗传纯度的测定
改良回交育种技术
生物进化和分类 疾病诊断方面的应用 特别适应于构建遗传连锁图
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2、AFLP (Amplified Restriction Fragment Polymorphism)
扩增片段长度多态性 原理：基因组DNA经两种限制性内切酶酶切，形 成分子量大小不等的随机酶切片段，将特定的人工 合成的短的双链接头连在这些片段的两端，形成一 个带接头的特异片段，用含有选择性碱基的引物对 摸板DNA进行扩增。扩增产物经放射性同位素标记、 聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，然后根据凝胶上扩增产 物的多态性来检出多态性。
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SSCP的应用
基因点突变的监测 大量样本的筛选 cDNA的筛查 检测人类遗传性疾病
病毒的分型和分类
保种和育种
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4、RAPD（Random amplified polymorphism DNA） 随机扩增多态性DNA 原理：以基因组DNA为模板， 以单个人工合成的 随机多态核苷酸序列（通常为10 个碱基对）为引 物，在Taq 酶作用下，进行PCR 扩增。扩增产物 经凝胶电泳分离、溴化乙锭染色后，在紫外透视 仪上检测多态性。扩增产物的多态性反映了基因 组的多态性。
RAPD的缺点
① 重复性差，易受到各种因素的影响； ② 标记呈显隐性遗传。
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5、TRS（Tandem Repeated Sequence) 串联重复序列标记
小卫星（Minisatellite DNA)
微卫星（Microsatellite DNA）
微卫星DNA又称简单序列重复(Sample Sequence
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几种分子遗传标记技术简介
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1
分子遗传标记概述
2 分子遗传标记优越性 3 4
分子遗传标记分类 主要分子标记技术
5 几种分子标记的比较
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分子遗传标记概述
20世纪70年代以来，随着分子生物学的发 展，相继建立了RFLP、RAPD、AFLP、SNP、 SSCP等分子遗传标记检测技术。 分子遗传标记（Molecular Genetic Markers） 是以个体遗传物质内核苷酸序列变异为基础的 遗传标记，是 DNA 水平遗传多态性的直接的 反映。
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RAPD的优点
① ② ③ ④ 引物可随机合成和随机选定，长度一般为9- 10 bp； 不同生物基因组可以共用一套引物； 退火温度低，一般为36℃，允许适当的错配； 每个RAPD 反应中，仅加单个引物，就可通过引物和模板 DNA 随机配对实现扩增，扩增无特异性； ⑤ RAPD 分析所需的DNA 样品量极少。
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SSCP的优点
① 操作简便，实验步骤少，周期短； ② 具有高的灵敏性，仅单个碱基差异亦可检测出来，拓展了检 测范围； ③ 能得到更多的图谱信息，更详细的分型结果。
SSCP的缺点
① 只能作为突变检测方法，要确定突变的位置和类型，还需进 一步测序； ② 受外界影响较大，电泳条件要求较严格； ③ 易造成漏检。
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分子遗传标记的优越性
多为共显性
在生物发育的不同阶段，不同组织的 DNA 都可 用于标记分析
表现为中性，不影响目标性状的表达 基因组变异极其丰富，分子标记的数量几乎是无 限的
检测手段简单快捷，易于实现自动化
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分子遗传标记的分类
Southern杂交为核心的分子标记，如RFLP
PCR技术为基础的分子标记，如RAPD
分子 标记
PCR与酶切技术结合的分子标记，如AFLP
DNA芯片技术为基础分子标记，如SNP
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主要的分子遗传标记
1、RFLP （Restriction Fragment Length Polymorphism） 限制性片段长度多态性
原理：用限制性内切酶切割基因组DNA后，基因组 DNA在检测区域内发生了重排、插入、缺失或点突变， 导致酶切位点发生改变，从而形成了大小不等、数量 不同的酶切片段，当这些片段通过凝胶电泳时就形成 不同的带，用分子探针杂交并利用放射自显影成像时， 不同程度的RFLP谱带表示其多态性。