量子化学计算中的LINUX操作系统和一些技巧

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量子化学计算方法试验

量子化学计算方法试验1. 应用量子化学计算方法进行计算的意义化学是一门基础学科，具有坚实的理论基础，化学已经发展为实验和理论并重的科学。

理论化学和实验化学的主要区别在于，实验化学要求把各种具体的化学物质放在一起做试验，看会产生什么新的物质，而理论化学则是通过物理学的规律来预测、计算它可能产生的结果，这种计算和预测主要借助计算机的模拟。

也就是说，理论化学可以更深刻地揭示实验结果的本质并阐述规律，还可以对物质的结构和性能预测从而促进科学的发展。

特别是近几年来，随着分子电子结构、动力学理论研究的不断深入以及计算机的飞速发展，理论与计算化学已经发展成为化学、生物化学及相关领域中不可缺少的重要方向。

目前，已有多种成熟的计算化学程序和商业软件可以方便地用于定量研究分子的各种物理化学性质，是对化学实验的重要的补充，不仅如此，理论计算与模拟还是药物、功能材料研发环境科学的领域的重要实用工具。

理论化学运用非实验的推算来解释或预测化合物的各种现象。

理论化学主要包括量子化学，（quantum chemistry）是应用量子力学的基本原理和方法研究化学问题的一门基础科学。

研究范围包括稳定和不稳定分子的结构、性能及其结构与性能之间的关系；分子与分子之间的相互作用；分子与分子之间的相互碰撞和相互反应等问题。

量子化学可分基础研究和应用研究两大类，基础研究主要是寻求量子化学中的自身规律，建立量子化学的多体方法和计算方法等，多体方法包括化学键理论、密度矩阵理论和传播子理论，以及多级微扰理论、群论和图论在量子化学中的应用等。

理论与计算化学的巨大进展，正使化学学科经历着革命性的变化。

今天的理论与计算化学几乎渗透到现代一切科技领域，与材料、生物、能源、信息和环保尤为密切，理论化学的应用范围将越来越广。

理论与计算化学逐步发展成为一门实用、高效、富有创造性的基础科学，在化学、生物学等领域的影响越来越显著，且与日剧增。

2. 应用量子化学计算方法进行计算的目的（1）了解量子化学计算的用途。

极品高斯教程——量子化学计算方法汇总.

命令更改权限，将所安装的g03对所有用户开放。
2.G03程序的运行：
(1).对Windows平台： a.对于刚安装好的g03，先检查环境设置情况：
需设置正确，否则运行将出错！
左侧至上而下依次为：默认的文本编辑器；g03可执行文件所在目录；计算中间结果存放目录；缺省的计算结果存储目录；缺省的输入文件所在目录；PDB分子构型浏览器；右侧至上而下依次为：设置显示属性(如背景色等)；设置文本编辑器属性；计算过程控制属性(尤其是批作业过程)；Default.Rou文件的编辑(该文件内容为默认情况下，计算所花费的内存及硬盘大小)
计算模型和方法的选取是保证计算结果可靠性的关键，
理想的情况是：1.所选取的计算模型与实际情形一致；2.采用高级别的计算方法。但是，由于受到计算软硬件的限制，在多数情况下，很难同时做到上述两点要求，实际操作中，当计算模型较大时，只能选择精确度较低的计算方法，只有对较小的模型才能选取高级的计算方法。因此，当确定了一种计算模型和方法后，最好对其进行验证，以保证计算结果的可靠性。假设当前的研究对象是化合物A，可通过下列途径进行验证： 1. 与A化合物现有实验结果之间的比较； 2. 若无实验方面的报道，可对与A类似的化合物B进行研究，此时以B的实验结果作为参照； 3. 当上述方法行不通时，可以采用较大模型和较为高级的计算方法得到的计算结果作为参照，该方法主要用于系列化合物的研究：如对A1, A2, A3，先用大模型和基组对A1进行研究，然后以该结果为参照，确定计算量适中的模型和方法并应用于A1,A2,A3。
Gaussian03程序的使用
G03的安装和运行； G03的功能和程序结构；输入文件的编写与主要功能的使用；补充说明；

Multiwfn入门

Multiwfn入门tips文/Sobereva 2012-Nov-7Multiwfn是一个功能广泛、高效、易用的量子化学波函数分析程序。

写本文的目的是帮助刚接触Multiwfn的人能够在短时间内了解Multiwfn的基本原理以及如何使用。

但此文并不讲解程序操作过程和原理，因为这些内容已经在诸多帖子、程序手册里有详尽描述和示例。

本文着重谈一下应该优先看哪些资料，如何使用手册等问题，使读者明白Multiwfn的使用根本没有什么门槛。

与此同时也提及一些量化刚入门的用户可能会忽略的要点或困惑的问题。

本文内容对应的是Multiwfn 2.6版。

1 对使用者的要求对于量化初学者，Multiwfn当成一个工具作为黑箱来用也可以，但是我还是建议使用者具备一些最基本的理论知识，这样才能避免犯低级错误，才能更透彻地理解程序原理和输出信息的物理意义。

使用者只要仔细读过Levine的Quantum chem istry第五版或第六版（或具有相同级别的知识），就已经足够了，结合手册中对各个功能的理论的讲解，就完全能够理解Multiwfn涉及的全部功能的原理了。

绝大部分Multiwfn的功能运算效率都很高，而且支持并行，在普通个人双核机子上运行就已经挺快了。

完全没必要弄到服务器上去执行。

2 程序的下载、安装、执行和引用Multiwfn最新版本的可执行文件、源代码和手册pdf文档在的首页上点击相应链接即可下载，老版本可以点击download标签然后下载。

文件名上带bin 或binary的表明是已编译好的可执行文件，src代表源代码文件包。

在首页的Recent update history栏目中可以看到最新版本更新了哪些内容。

在每个正式版本发布之前，有可能也把正在开发的临时版本挂在这个栏目上。

临时版本未经全面测试，手册也没写全，但是已经实现了更新历史上提到的最新功能和改进。

如果想尝鲜可以试试。

Multiwfn更新比较快。

新版本中总会不断添加新的有用的功能、改善界面设计使之更好用、修复各种bug、提升运行效率。

量子化学主要研究方向及使用工具

我整理了一下大家的研究方向和主要工具，编成这个全家福。

如果其中有遗漏和错误请告诉我。

现在一共有22位同行加入这个大家庭了，新来的朋友和还没跟贴的朋友请跟贴说明。

这个全家福将会不定期增补。

(按跟贴顺序)1. gobin34, 主要研究方向：分子间弱相互作用. 工具： ADF, Turbomole, Gaussian, G amess. email: fan@chemie.uni-siegen.de2. O0O0O0O0，研究方向：激光光谱学。

计算主要集中在IIIA族单卤化物双原子分子激发态的相对论量化计算上。

现在主要用GAMESS，DALTON。

ADF，DIRAC，MOLFDIR偶尔用。

初学量化的时候，也用过盗版HyperChem和Gaussian。

本来还准备用MOLCAS或NOLPRO的，无奈老板是实验派。

3. spinsight, 研究方向：固体NMR及其在分子筛研究中的应用。

量化计算是一个辅助手段，主要想计算化学位移，以及研究分子筛的结构，催化反应机理等等。

现在主要是用Gaussian。

4. elizerbeth,主要研究方向纳米尺度上的电阻(conductance on the nanoscale system)主要用工具：Gaussian,V ASP,DFT++email:站内信箱 (注：该版斑竹及创版人)5. Chemis,主要研究领域催化反应机理，粒子-分子反应机理，金属簇；使用软件有gaussian,NWChem,ADF,Gamss等，尽力拓展。

email:chjwang@6. silali, 本人感兴趣的是含离子的分子体系，优化用GA（自造的东东），然后再GAUSS IAN一下，作些性质计算。

一直在WIN下作，目前正向LINUX平台过度。

7. Alwens,曾做过计算材料的东西，使用ADF，Gaussian，Gamess。

现主要集中于从事ab initio Molecular Dynamics，同时将来开展QM/MM的研究。

量子化学课题组VASP学习教程

量⼦化学课题组VASP学习教程V ASP 学习教程太原理⼯⼤学量⼦化学课题组2012/5/25 太原⽬录第⼀章Linux命令 (1)1.1 常⽤命令 (1)1.1.1 浏览⽬录 (1)1.1.2 浏览⽂件 (1)1.1.3 ⽬录操作 (1)1.1.4 ⽂件操作 (1)1.1.5 系统信息 (1)第⼆章SSH软件使⽤ (2)2.1 软件界⾯ (2)2.2 SSH transfer的应⽤ (3)2.2.1 ⽂件传输 (3)2.2.2 简单应⽤ (3)第三章V ASP的四个输⼊⽂件 (3)3.1 INCAR (3)3.2 KPOINTS (4)3.3 POSCAR (4)3.4 POTCAR (5)第四章实例 (5)4.1 模型的构建 (5)4.2 V ASP计算 (8)4.2.1 参数测试 (8)4.2.2 晶胞优化(Cu) (14)4.2.3 Cu(100)表⾯的能量 (14)4.2.4 吸附分⼦CO、H、CHO的结构优化 (2)4.2.5 CO吸附于Cu100表⾯H位 (3)4.2.6 H吸附于Cu100表⾯H位 (4)4.2.7 CHO吸附于Cu100表⾯B位 (5)4.2.8 CO和H共吸附于Cu100表⾯ (6)4.2.9 过渡态计算 (7)第⼀章Linux命令1.1 常⽤命令1.1.1 浏览⽬录cd: 进⼊某个⽬录。

如：cd /home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上⼀层⽬录；cd / 根⽬录；ls: 显⽰⽬录下的⽂件。

注：输⼊⽬录名时，可只输⼊前3个字母，按Tab键补全。

1.1.2 浏览⽂件cat：显⽰⽂件内容。

如：cat INCAR如果⽂件较⼤，可⽤：cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并⽂件：cat A B > C (A和B的内容合并，A在前，B在后) 1.1.3⽬录操作mkdir：建⽴⽬录；rmdir：删除⽬录。

如：mkdir T-CH3-Rh1111.1.4 ⽂件操作rm：删除⽂件；vi：编辑⽂件；cp：拷贝⽂件mv：移动⽂件；pwd：显⽰当前路径。

量子化学的主要计算方法及软件

课堂练习: 1. 安装G03 Linux版本 2. 采用vi命令编辑Gaussian输入文件，具体内容如下： %mem=32mb #p b3lyp/6-311++G** opt
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章永凡
福州大学化学系 2009年2月
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一、有限尺度体系(分子、团簇等)电子结构计算方法－G03程序的使用二、无限周期体系(一维链状化合物、二维层状化合物或固体表面、三维固体体相)电子结构计算方法－VASP/CASTEP程序的使用
主要参考资料: G03用户手册或G03的帮助文件 VASP程序用户手册相应网址:
d. 运行g03过程： (1)编写输入文件：用vi命令编写或在Windows下编写完毕后ftp至Linux系统； vi test.gjf (2)运行g03： g03<输入文件名>输出文件名& 例：g03 < test.gjf > test.out & 说明：1)末尾的&符号表示将作业提交到后台计算，否则在用户退出Linux时，作业将终止； 2)若运行g03出错，请检查环境变量是否设置正确，尤其是用户权限上的问题； c.观看计算结果：使用vi命令，或采用tail命令跟踪计算输出： tail -f 输出文件名 d.运行过程的控制：采用top命令观察g03运行到那个模块；通过renice命令改变进程的优先级来调整g03的运行速度；
该命令也可用于同一台计算机不同用户之间的文件传输
(11) vi－文本编辑命令该命令常用但较为复杂，它有2种模式：命令模式和插入模式，二者之间关系为： i Esc command mode insert mode command mode 在命令模式下，可实现以下功能及其对应按键： delete a character: x delete a line: dd search a string : /(向后) ?(向前) save the change: :w save the change and quit: :wq quite without saving : :q! page down: Ctrl+d page up: Ctrl+u go to file end: shift+g go to n line: :n

linux使用技巧大全

linux使用技巧大全1、使用Tab补全命令：在命令行输入命令的前几个字符，然后按下Tab键，系统会自动补全命令，减少输入错误。

2、使用命令行参数：很多命令支持参数，可以通过参数来完成特定功能，例如ls -l可以显示更详细的文件列表。

3、使用通配符：在命令中使用通配符可以快速匹配一系列文件或目录，例如*.txt匹配所有以.txt结尾的文件。

4、使用管道（|）：命令行可以使用管道将一个命令的输出作为另一个命令的输入，实现多个命令的组合。

5、使用重定向符号：可以使用重定向符号将命令的输出重定向到文件中，例如ls > files.txt将ls命令的输出保存到files.txt 文件中。

6、使用快捷键：在命令行中使用一些快捷键可以提高操作效率，例如Ctrl+C可以中断正在运行的命令，Ctrl+D可以退出当前终端。

7、使用历史命令：使用上箭头或者Ctrl+R可以查看之前执行的命令，快速定位并执行。

8、使用别名：可以使用alias命令设置命令的别名，简化命令的输入，例如alias ll='ls -l'。

9、使用远程登录：可以使用SSH命令远程登录到其他Linux 系统进行操作。

10、使用任务管理：使用ps命令可以查看正在运行的进程，使用kill命令可以终止指定进程。

11、文件搜索：可以使用find命令在文件系统中搜索指定文件，使用grep命令在文件中搜索指定内容。

12、使用Screen命令：Screen是一个终端复用工具，可以在一个终端窗口中创建多个窗口，实现远程会话的断线重连。

13、使用sshfs挂载远程文件系统：可以使用sshfs命令将远程系统的文件系统挂载到本地，方便文件的访问与操作。

14、使用rsync命令进行文件备份：rsync可以实现文件的增量备份，只复制已修改的部分，节省带宽和存储空间。

15、使用sudo命令提升权限：使用sudo命令可以在普通用户下临时获取管理员权限执行特定命令，避免使用root用户登录。

EPC-9600I-L用户手册_V1.00

2. 系统基本操作........................................................................................................... 5
开机和登录 ............................................................................................................... 5 2.1.1 启动选择 ........................................................................................................... 5 2.1.2 串口连接设置 ................................................................................................... 5 2.1.3 串口登录 ........................................................................................................... 7 2.1.4 SSH 远程登录 .................................................................................................. 7 2.2 关机........................................................................................................................... 8 2.3 Qt 演示程序 .............................................................................................................. 9 2.4 输入设备 ................................................................................................................... 9 2.4.1 触摸屏和 USB 鼠标 ......................................................................................... 9 2.4.2 USB 键盘 .......................................................................................................... 9 2.5 查看系统信息 ........................................................................................................... 9 2.6 系统设置 ................................................................................................................. 10 2.6.1 网络设置 ......................................................................................................... 10 2.6.2 系统时钟 ......................................................................................................... 11 2.7 文件传输 ................................................................................................................. 11 2.7.1 SSH 文件传输 ................................................................................................ 11 2.7.2 NFS 文件传输 ................................................................................................ 12 2.8 U 盘使用 ................................................................................................................. 13 2.9 TF 卡使用 ............................................................................................................... 13 2.10 音频播放 ................................................................................................................. 13 2.11 U-Boot 交互 ............................................................................................................ 13 2.12 LCD 待机设置 ........................................................................................................ 14 2.13 LCD 背光调节 ........................................................................................................ 14 2.14 ADC ........................................................................................................................ 14 2.15 串口测试 ................................................................................................................. 15

ms使用

1、问：用MS构造晶体时要先确立空间群,可是那些空间群的代码是啥意思啊,看不懂,我想做的是聚乙烯醇的晶体,嘿嘿,也不知道去哪可以查到它的空间群答：A、要做晶体，首先要查询晶体数据，然后利用晶体数据再建立模型。

晶体数据来源主要是文献，或者一些数据库，比如CCDC。

你都不知道这个晶体是怎么样的，怎么指定空间群呢？要反过来做事情哦：）B、我不知道你指示的代码是数字代码还是字母代码,数字代码它对应了字母的代码，而字母的代码它含盖了一些群论的知识(晶系,对称操作等),如果要具体了解你的物质或者材料属于那一个群，你可以查阅一下相关的手册,当然你要了解一些基本的群论知识.MS自带了一些材料的晶体结构,你可以查询一下.2、问：各位高手，我用ms中的castep进行运算。

无论cpu是几个核心，它只有一个核心在工作。

这个怎么解决呢？答：请先确认以下几个问题：1，在什么系统下装，是否装了并行版本。

2，计算时设置参数的地方是否选择了并行。

3，程序运算时，并不是时时刻刻都要用到多个CPU3、问：我已经成功地安装了MS3.1的Linux版本，串行的DMol3可以成功运行。

但是运行并行的时候出错。

机器是双Xeon5320(四核)服务器，rsh和rlogin均开启，RHEL4.6系统。

其中hosts.equiv的内容如下：localhost ibm-console machines.LINUX的内容如下：localhost:8 现在运行RunDMol3.sh时，脚本停在$MS_INSTALL_ROOT/MPICH/bin/mpirun $nolocal -np $nproc $MS_INSTALL_ROOT/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe $rootname $DMOL3_DATA这一处，没法执行这一命令并行运算时，出现以下PIxxxx(x为数字)输出ibm-console 0/home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe localhost 3/home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe 请问这是什么原因？谢谢！答：主要是rsh中到ibm-console的没有设置把/etc/hosts改为127.0.0.1 localhost.localdomain localhost ibm-console 在后面加个ibm-console 也希望对大家有帮助!4、问：在最后结果的dos图中,会显示不同电子spd的贡献,我想问的是, 假设MS考虑的原子Mg的电子组态为2p6 3s2,那么最后的dos结果中的s,p是不是就是2p,跟3s的贡献.比如更高能量的3p是否可能出现在dos中? 如果可能的话，在这种情况下,如何区分2p和3p 的贡献,谢谢.答：A、取决于你的餍势势里面没有3p电子，DOS怎么会有呢？自然，你的1p1s也不会出现在你的DOS中。

什么是计算化学

什么是计算化学计算化学(Computational Chemistry) 在最近十年中可以说是发展的最快的化学研究领域之一。

究竟什么是计算化学呢？由于其目前在各种化学研究中广泛的应用，我们并不容易给它一个很明确的定义。

简单的来说，计算化学是根据基本的物理化学理论（通常是量子化学）以大量的数值运算方式来探讨化学系统的性质。

最常见到的例子是以量子化学计算来解释实验上各种化学现象，帮助化学家以较具体的概念来了解、分析观察到的结果。

除此之外，对于未知或不易观测的化学系统，计算化学还常扮演着预测的角色，提供进一步研究的方向。

另外，计算化学也常被用来验证、测试、修正、或发展较高层次的化学理论。

同时，更为准确或有效率计算方法的开发创新也是计算化学领域中非常重要的一部分。

计算化学其实是一门有着悠久历史的研究领域，自一九二零年代量子力学理论建立以来，许多科学家曾尝试以各种数值计算方法来深入了解原子与分子之各种化学性质。

然而在数值计算机广泛使用之前，此类的计算由于其复杂性而只能应用在简单的系统与高度简化的理论模型之中。

在十多年前笔者求学之时，计算化学仍是一门须具有高度量子力学与数值分析素养的人从事的研究，而且由于其庞大的计算量，绝大部分的计算工作需依靠昂贵的大型计算机主机或高阶工作站来进行。

计算化学的普及然而，此情况在九十年代中期开始有了重大的改变。

由于使用在个人计算机上的处理器（Pentium, Pentium Pro）以及外围设备（如高速内存及硬盘）的大幅进步，个人计算机的运算速度已经直逼一些传统的工作站；再加上个人计算机系统无需负担传统多人多任务系统中复杂的作业，使得个人计算机逐渐开始成为从事量子化学计算的一种经济而有效率的工具。

然而，早期为个人计算机操作系统所发展的计算化学软件非常有限，因为数十年来大部分的科学应用软件都是在Unix操作系统下所开发出来的，但当时在个人计算机上的Unix操作系统都非常昂贵且不易安装与使用。

Gaussi an 量子化学计算技术与应用

Gaussi an 量子化学计算技术与应用Gaussian 是做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件，可研究诸如分子轨道，结构优化，过渡态搜索，热力学性质，偶极矩和多极矩，电子密度和电势，极化率和超极化率，红外和拉曼光谱，NMR，垂直电离能和电子亲合能，化学反应机理，势能曲面和激发能 QM/MM 计算等化学领域的许多课题。

应用非常广泛，而且易于上手。

一、理论计算化学理论及相关程序入门1 理论计算化学简介1.1 理论计算化学概述1.2 HF理论及后HF方法(高精度量化方法)1.3 密度泛函理论和方法1.4 不同理论计算方法的优缺点及初步选择1.5 基组及如何初步选择基组2 Gaussian安装及GaussView安装及基本操作2.1 Gaussian安装及设置（Win版和Linux版）2.2 GaussView安装及设置2.3 GaussView使用及结构构建3 Linux、Vi编辑器等及Gaussian基本介绍3.1 学习Linux基本命令及Vi编辑器3.2 详细认识输入文件和输出文件（Win和Linux）3.3 构建Gaussian输入文件并提交任务二、Gaussian专题操作及计算实例4 Gaussian专题操作Ⅰ：（均含操作实例）4.1 结构几何优化及稳定性初判4.2 单点能（能量）的计算及如何取值4.3 开壳层与闭壳层计算4.4 频率计算及振动分析(Freq)4.5 原子受力计算及分析（Force）4.6 溶剂模型设置及计算（Solvent）5 Gaussian专题操作Ⅱ：（均含操作实例）5.1 分子轨道、轨道能级计算及查看5.2 HOMO/LUMO图的绘制5.3 布居数分析、偶极矩等计算及查看5.4 电子密度、静电势计算及绘制（SCF、ESP）5.5 自然键轨道分析（NBO）三、 Gaussian进阶操作及计算实例6 Gaussian进阶操作I：势能面相关（均含操作实例）6.1 势能面扫描 (PES)6.2 过渡态搜索（TS和QTS）6.3 反应路径IRC等6.4 反应能垒：熵，焓，自由能等7 Gaussian进阶操作II：——各类光谱计算及绘制（均含操作实例）7.1 紫外吸收，荧光和磷光7.2 红外光谱IR7.3 拉曼光谱RAMAN7.4 核磁共振谱NMR7.5 电子/振动圆二色谱（ECD/VCD）7.6 外加电场与磁场(Field)8 Gaussian进阶操作III：——激发态专题8.1 垂直激发能与绝热激发能8.2 垂直电离能与电子亲和能8.3 重整化能（重组能）8.4 激发态势能面8.5 激发态能量转移（EET）8.6 自然跃迁轨道（NTO）8.7 激发态计算方法讨论9 Gaussian进阶操作IV：——高精度和多尺度计算方法9.1 多参考态(CASSCF)方法及操作9.2 背景电荷法9.3 ONIOM方法与QM/MM方法及操作9.4 结合能（ Binding Energy ）和相互作用能（包含BSSE 修正，色散修正等）9.5 非平衡溶剂效应及其修正四、 Gaussian计算专题与实践应用10 Gaussian综合专题I：Gaussian报错及其解决方案10.1 如何查看报错及解决Gaussian常见报错10.2 专项：SCF不收敛解决方案10.3 专项：几何优化不收敛（势能面扫描不收敛）解决方案10.4 专项：消除虚频等解决方案10.5 专项：波函数稳定性解决方案11 Gaussian综合专题II：常用密度泛函和基组分类、特点及选择问题11.1 Jacobi之梯下的交换相关能量泛函11.2 常见交换相关泛函优缺点及用法11.3 长程修正泛函、色散修正泛函等11.4 常见基组特点及用法选择（自定义基组等，基组重叠误差等）12 Gaussian文献I: 聚集诱导荧光（AIE）和激发态分子内质子转移（ESIPT）12.1 聚集诱导荧光(AIE)与聚集诱导猝灭（ACQ）12.2 激发态质子转移ESIPT12.3 晶体结构及分子建模12.4 QM/MM与ONIOM计算12.5 重整化能，圆锥交叉及质子转移(文献：Dyes and Pigments Volume 204, August 2022, 110396 )13 Gaussian文献专题II: 热激活延迟荧光(TADF)13.1 热激活延迟荧光TADF机理13.2 分子内能量转移Jablonski图13.3 旋轨耦合与各类激发能13.4 辐射速率、非辐射速率、（反）系间穿越等13.5 评估荧光效率（文献： ACS Materials Lett. 2022, 4, 3, 487–496 ）14 其他量化软件简介及总结Molcas/Molpro, Q-chem, lammps, Momap, ADF, Gromacs等详情：【腾讯文档】Gaussian量子化学、LAMMPS分子动力学课程。

linux操作系统的原理

linux操作系统的原理Linux操作系统是一种开源的操作系统，其原理是基于UNIX操作系统的设计思想和实现方式。

Linux操作系统的核心是Linux内核，它是操作系统的核心部分，负责管理计算机硬件资源和提供系统服务。

Linux内核的设计理念是模块化和可扩展的，可以根据需求选择性地加载和卸载不同的模块，以实现对硬件设备的支持和系统功能的扩展。

Linux操作系统的原理主要包括以下几个方面：1. 多用户和多任务：Linux操作系统支持多用户和多任务的运行环境，可以同时运行多个用户的程序，并且每个用户可以独立地访问自己的文件和资源。

这种机制是通过Linux内核的进程管理和文件系统管理实现的。

Linux内核使用进程调度算法来管理进程的运行，确保每个进程都能够得到合适的CPU时间片。

同时，Linux内核还提供了完善的文件系统，可以对文件和目录进行管理和访问控制。

2. 虚拟内存管理：Linux操作系统使用虚拟内存管理机制，将物理内存和逻辑内存进行映射，从而实现了对内存资源的高效利用和保护。

Linux内核使用分页机制将逻辑内存划分为固定大小的页，并将物理内存分成相同大小的页框。

当程序需要访问某个内存地址时，Linux内核会将该地址转换成对应的物理地址，并将数据加载到内存中。

如果内存不足，Linux内核会使用交换空间将部分内存数据写入硬盘，从而释放出更多的内存空间。

3. 设备驱动程序：Linux操作系统支持各种硬件设备的驱动程序，包括网络设备、存储设备、显示设备等。

Linux内核提供了一套统一的设备驱动接口，使得开发人员可以方便地编写和调试设备驱动程序。

同时，Linux内核还支持动态加载和卸载设备驱动模块，从而实现对不同硬件设备的灵活支持和升级。

4. 网络通信：Linux操作系统支持各种网络通信协议，包括TCP/IP 协议、UDP协议等。

Linux内核提供了一套完整的网络协议栈，可以实现网络数据的传输和路由。

Linux内核使用套接字接口来实现应用程序与网络协议之间的交互，开发人员可以使用套接字编程接口来编写网络应用程序。

薛定谔linux版本命令

薛定谔linux版本命令摘要：一、薛定谔理论简介1.薛定谔方程2.薛定谔的猫二、薛定谔Linux 版本命令1.安装薛定谔Linux 版本2.薛定谔Linux 常用命令a.创建和删除量子态b.测量和计算量子态c.演化量子态d.可视化量子态三、薛定谔Linux 版本的应用领域1.量子化学2.量子物理3.量子计算正文：薛定谔理论是量子力学的重要理论之一，由奥地利物理学家埃尔温·薛定谔在20 世纪20 年代提出。

薛定谔方程是薛定谔理论的核心，它描述了一个量子系统的状态随时间演化的规律。

薛定谔的猫是薛定谔理论的一个著名思想实验，用以说明量子系统的叠加态和测量问题。

薛定谔Linux 版本是基于量子力学的薛定谔方程，提供了一组命令，用于创建、测量、计算和可视化量子态。

用户可以通过安装薛定谔Linux 版本，利用这些命令进行量子计算和模拟。

安装薛定谔Linux 版本的过程相对简单，只需按照官方提供的教程进行操作即可。

安装完成后，用户可以开始使用薛定谔Linux 版本的命令进行量子计算。

薛定谔Linux 版本的常用命令包括：1.创建和删除量子态：使用`qnew`命令创建一个新的量子态，使用`qdel`命令删除已有的量子态。

2.测量和计算量子态：使用`qmeasure`命令对量子态进行测量，使用`qcompute`命令计算量子态的某些物理量，如能量、动量等。

3.演化量子态：使用`qtimeevolve`命令演化量子态，模拟量子系统在特定时间尺度上的行为。

4.可视化量子态：使用`qplot`命令将量子态的可视化结果以图形的形式展示出来。

薛定谔Linux 版本的应用领域非常广泛，包括量子化学、量子物理和量子计算等。

在量子化学领域，薛定谔Linux 版本可以用于计算分子的结构和性质；在量子物理领域，薛定谔Linux 版本可以用于模拟量子系统的行为；在量子计算领域，薛定谔Linux 版本可以用于研究和设计量子算法。

linux操作系统原理

linux操作系统原理Linux操作系统是一种开源的、多用户、多任务的操作系统，基于Unix的设计理念和技术，由芬兰的林纳斯·托瓦兹（Linus Torvalds）在1991年首次发布。

其原理主要包括以下几个方面：1. 内核与外壳：Linux操作系统的核心是Linux内核，负责管理计算机的资源并为用户程序提供服务。

外壳（Shell）则是用户与内核之间的接口，提供命令行或图形用户界面供用户操作系统。

2. 多用户和多任务：Linux支持多用户和多任务，可以同时运行多个用户程序，并为每个用户分配资源。

多任务由调度器负责，按照一定的算法将CPU时间片分配给各个任务，以提高系统的利用率。

3. 文件系统：Linux采用统一的文件系统作为数据的存储与管理方式。

文件系统将计算机中的存储设备抽象成为一个层次化的文件和目录结构，使用户可以方便地访问和管理文件。

4. 设备管理：Linux操作系统通过设备驱动程序管理计算机的外部设备，如键盘、鼠标、打印机等。

每个设备都有相应的驱动程序，将硬件操作转换成可供内核或用户程序调用的接口。

5. 系统调用：Linux操作系统提供了一组系统调用接口，允许用户程序通过调用这些接口来访问内核提供的功能。

常见的系统调用包括文件操作、进程管理、内存管理等，通过系统调用可以使用户程序与操作系统进行交互。

6. 网络支持：Linux操作系统具有强大的网络功能，支持网络协议栈和网络设备驱动程序。

Linux可以作为服务器提供各种网络服务，如Web服务器、数据库服务器等。

7. 安全性：Linux操作系统注重安全性，提供了许多安全机制来保护系统和数据。

例如，文件权限控制、访问控制列表、加密文件系统等可以保护文件的机密性和完整性；防火墙和入侵检测系统可以保护网络安全。

总之，Linux操作系统具有高度的可定制性、稳定性和安全性，适用于服务器、嵌入式设备和个人计算机等各种场景。

在开源社区的支持下，Linux不断发展壮大，成为当今最受欢迎的操作系统之一。

量子化学计算平台计算节点-浙江师范大学试验室管理处

大型仪器设备购置论证报告
仪器设备名称量子化学计算模拟集群平台项目名称省重点高校实验室建设项目项目负责人陈建荣
填表日期2018.06.07
实验室管理处制
填表说明
1．单价10万元及以上仪器设备的申购均需填写此表，并与申购计划一起上报有关部门。

2．所在学院（部门）组织3—7人单数技术专家进行论证，并通知项目经费管理、设备管理等部门参加论证。

申请单一来源采购的需3人以上单数非本校专家参加论证；未列入全省统一论证进口产品范围的进口产品需5人以上单数非本校专家参加论证。

3．论证会由专家组组长主持，主要程序为：申购人报告、现场考察、专家质询与讨论、专家组形成论证意见并签名。

4．专家论证同意，经学院（部门）、项目经费管理部门签字并盖章后，报本科教学部（实验室管理处）网上公示一周无异议后实施。

5．此表一式1份（如设备为进口设备，请提交2份）。

Linux系统的基础与优化方法

Linux系统的基础与优化方法Linux是一种自由和开放源代码软件的Unix操作系统。

从1970年代以来，Unix和Linux已经成为许多IT专业人员的默认操作系统。

与Windows等其他操作系统不同，Linux是一种类Unix操作系统，意味着许多常见的系统命令、文件树结构等等都是相似的。

本文将着重介绍Linux系统的基础和优化方法，确保您可以使用Linux系统并顺利地进行基本维护，同时还能够了解一些高级技术和工具。

安装Linux系统Linux的安装过程相对来说比较简单，可以通过USB驱动器或光盘进行操作。

选择正确的Linux发行版将是非常重要的一步。

一些流行的Linux发行版有：Ubuntu、Debian、Red Hat等等。

请记住，每个发行版都有自己的强项和弱项，因此您应该仔细考虑您需要的功能和您的技能水平。

理解Linux目录结构Linux系统的文件结构看起来可能会让您感到困惑，但是经过一些时间的学习就会变得更加熟悉。

请注意，Linux命令和目录的名称时常缩写，例如，/mnt/db1可能是“mount point”，/etc/rc.local可能是“Run Command”等等。

默认情况下，Linux目录结构分为三个根目录：/、/bin和/home。

根目录(/)是您Linux文件系统的最高层级。

在根目录下，您可以找到文件和目录，这些文件和目录是存储所有Linux组件的位置（例如目录/bin和目录/usr）。

另一个顶级目录是/home，这是与用户个人相关的位置。

在Linux系统中，所有用户都有自己的家目录，以便他们存储个人文件和设置。

每个家目录都是在其用户帐户的上级目录（/ home / username）下创建的。

基本Linux命令Linux的命令遵循一定的约定，这是因为它们与类Unix系统直接相关。

以下是一些重要的基本Linux命令：1. cd - 改变工作目录2. pwd - 打印工作目录3. ls - 列出目录内容4. mkdir - 创建新目录5. touch - 创建新文件6. cp - 复制文件或者目录7. mv - 移动/重命名文件8. rm - 删除文件9. ps - 查看系统进程10. grep - 模式匹配Linux优化方法为了获得更好的Linux性能和可靠性，您需要进行基本的优化。

VASP经典学习教程-有用

VASP 学习教程理工大学量子化学课题组2012/5/25目录第一章 Linux命令 (1)1.1 常用命令 (1)1.1.1 浏览目录 (1)1.1.2 浏览文件 (1)1.1.3 目录操作 (1)1.1.4 文件操作 (1)1.1.5 系统信息 (1)第二章 SSH软件使用 (2)2.1 软件界面 (2)2.2 SSH transfer的应用 (3)2.2.1 文件传输 (3)2.2.2 简单应用 (3)第三章 VASP的四个输入文件 (3)3.1 INCAR (3)3.2 KPOINTS (4)3.3 POSCAR (4)3.4 POTCAR (5)第四章实例 (5)4.1 模型的构建 (5)4.2 VASP计算 (8)4.2.1 参数测试 (8)4.2.2 晶胞优化(Cu) (13)4.2.3 Cu(100)表面的能量 (14)4.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化 (15)4.2.5 CO吸附于Cu100表面H位 (17)4.2.6 H吸附于Cu100表面H位 (18)4.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位 (19)4.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面 (20)4.2.9 过渡态计算 (21)第一章 Linux命令1.1 常用命令1.1.1 浏览目录cd: 进入某个目录。

如：cd /home/songluzhi/vasp/CH4cd .. 上一层目录；cd / 根目录；ls: 显示目录下的文件。

注：输入目录名时，可只输入前3个字母，按Tab键补全。

1.1.2 浏览文件cat：显示文件容。

如：cat INCAR如果文件较大，可用：cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并文件：cat A B > C (A和B的容合并，A在前，B在后)1.1.3 目录操作mkdir：建立目录；rmdir：删除目录。

如：mkdir T-CH3-Rh1111.1.4 文件操作rm：删除文件；vi：编辑文件；cp：拷贝文件mv：移动文件；pwd：显示当前路径。

linux系统基本原理

linux系统基本原理
Linux系统基本原理是指Linux操作系统的核心功能和基本运作原理。

Linux系统是一种自由、开放源代码的操作系统，它的内核是一个模块化、可定制的操作系统核心，可以运行在各种类型的硬件平台上。

Linux系统基本原理包括以下几个方面：
1. Linux操作系统的体系结构：Linux操作系统采用了分层体系结构，包括内核、系统调用、应用程序接口等多个层次。

2. Linux内核的组成：Linux内核由多个模块组成，包括进程管理、内存管理、文件系统等多个模块。

3. Linux系统调用的机制：Linux系统调用是用户程序与内核之间的接口，它提供了一组标准的接口，使得用户程序可以访问操作系统的各种资源。

4. Linux文件系统的管理：Linux文件系统采用了树形结构来管理文件和目录，用户可以使用各种命令来管理文件和目录。

5. Linux的进程管理：Linux内核采用了多任务机制，使得多个进程可以同时运行，而且能够相互独立。

6. Linux的内存管理：Linux内核采用虚拟内存的机制，能够更有效地管理内存资源。

7. Linux的网络管理：Linux内核提供了完善的网络支持，可以通过各种网络协议来进行通信。

总之，了解Linux系统基本原理对于学习和使用Linux操作系统
非常重要，可以帮助我们更好地理解Linux系统的运作原理，提高使用效率和解决问题的能力。