amria4.1 操作手册

Amira 4.1 操作手册
By Junhai Xu 2010.06.26
1.Install
点击安装程序Amira411-Win32VC7，根据提示安装Amira主程序。

安装结束，打开桌面amira图标，第一次打开4.1版本，需要运行破解程序破解运行。

第一次打开amira会出现一个界面，最后一项是computer ID，复制这个ID，然后解压安装程序文件夹下amira.rar，打开程序keygen.exe ,将ID复制进去，点击Generate，生成password文件，存放在D:\Program Files\Mercury\Amira4.1.1\share\license这个路径下。

D:\Program Files\Mercury\Amira4.1.1是你的安装路径。

图1 Computer ID
图2 破解程序
2．Open data
两种方式：File->open data; 界面右上Open Data 标签
第一次打开数据，需要选择所需要处理的数据，Ctrl+a 全选, 可以看到扫描的信息，比如层厚，层间隔及数量等。

以后的处理中，可以打开第一次保存的工程文件.hx结尾的文件。

3．二维显示OrthoSlice
Amria的所有操作都可以在右键菜单找到，当点击一个数据的时候，与之最相关的操作会显示在右上窗口。

OrthSlice操作，选择mapping type 为Histogram, Orientation: xy 为水平位，xz 为冠状位，yz为矢状位显示。

Slice Number,可以左右调节层数的显示。

4．分割Label Field（☆）
右键选择Labelling->Label Field. 打开Label Field操作界面，有四个窗口。

第一个为显示窗口，不可以操作。

其他三个分别为水平位，冠状位和矢状位显示，操作在这三个窗口进行。

根据要重建的结构，选择最适合显示操作的方位，进行分割
处理。

选择好方位，可以点击窗口上方的窗口转换按钮，转化成一个操作窗口。

界面的右侧上方为Materials窗口，可以新建和删除materials。

根据结构的不同，建立不同的material来表示，可以修改名字和显示颜色。

推荐将结构分成多个部分来处理，这样子在后期显示和处理时会很方便。

Zoom and Data Window 放大缩小图像，调节图像对比度。

尽量将图像放大区处理，这样可以减小数据误差。

Tools 为不同的分割方法。

最基本的方法为第二个画笔，Brush可以调节画笔的大小，标记结构的边界，点击菜单中selection中的fill，填充结构，也可以直接点击右键填充。

选择以后的结构显示为红色，此时需要点击Selection 的+来标记
边界。

利用鼠标滑轮调节slice，把对应结构的所有图层进行
标记。

由于计算机内存和显卡性能的差异，需要经常的保存数据。

点击File->save data as，保存标记的labe.am文件，这个文件时最重要的文件，一定要谨慎保存！
标记的时候部分快捷键：Ctrl+左键可以去掉多余的选择部分
左键可以添加缺少的部分。

还有一点需要注意：所有的标记必须用相应的颜色material才可以操作。

点击右侧窗口最下方的Close，回到显示界面。

从显示界面回到Label Field界面，点钟label.am文件，在右下方窗口，点击第一个按钮回到分割界面。

将结构完全分割完，可以打开四个窗口的操作界面，可以在其他两个方位来进行小的修改，来改善分割的效果。

5．三维显示
在label.am文件上，右键SurfaceGen, 点击apply，得到一个surf.am 文件，surf.am 文件-> surface view, surface view可以调节显示效果，如透明化。

6．测量
6.1 Volume measuring
在标记文件label.am上点击TissueStatistics，点击apply，得到一个统计文件，点击右下窗口的Show可以得到体积。

6.2 Area measuring
面积的测量建立在重建的基础上。

Surf.am 文件->measure->SurfaceArea, 然后点击apply，点击Show，可以看到各个结构的面积。

6.3 line measuring
基于二维和三维图像有两种测量方法。

在surf.am->measure->LineProbe, 可以测量三个方位的最大值。

二维图像的径线测量，首先需要选择好能最大径线所在的层面。

利用
第二个测量工具，可以测量自定义线长和角度，注意在使用这个工具的时候需要选择3D按钮，才可以得到准确的测量值。

由于确定最大径线的界面很困难，可以选择较接近的多个层面进行测量，取平均值或者最大值，以减少误差。

7．保存数据
在Label Field过程中，提到需要经常的保存数据。

一般情况下，只要在关闭程序时候，提示需要保存文件，都是有没有保存的文件，推荐保存。

值得注意的一点是保存文件的命名，程序保存文件默认的名字很多时候会相同，这时候需要注意重新命名自己的文件，一般命成窗口标签显示的名字即可。

Amira最后会保存一个工程文件.hx,里面包括操作环境的所有东西，可以直接保存这个文件。

打开程序的时候，打开这个文件即可。

以上是Amira处理数据的基本步骤，具体的信息可以参考Amria自带的UserGuide。

希望能对你有所帮助。

如有问题，请联系jhai.xu@.。