价值微藻转化系统的构建及集胞藻PCC 6803假定蛋白功能预测

合集下载

价值微藻转化系统的构建及集胞藻PCC 6803假定蛋白功能预测

价值微藻转化系统的构建及集胞藻PCC 6803假定蛋白功能预测

价值微藻转化系统的构建及集胞藻PCC 6803假定蛋白功能预测雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)和寇氏隐甲藻(Crypthecodinium cohnii)是两种重要的价值微藻。

其中,雨生红球藻是天然虾青素(Astaxanthin)的重要来源,寇氏隐甲藻已被广泛应用于工业生产二十二碳六烯酸(Docosahexaenoic Acid)。

为提高目标产物产率并降低生产成本,我们旨在开发基于同源重组与电击转化的遗传操作系统。

在本研究中:1)确定了多种抗生素对目的藻株的作用浓度。

在固体和液体培养基中20μg/m L草丁膦可抑制雨生红球藻的生长,在固体培养基中40μg/m L潮霉素B可对寇氏隐甲藻的生长产生抑制作用;2)PCR克隆目的基因片段。

采用融合PCR方法构建了两种类型的外源基因片段,一种包含18S 上游基因、抗性基因盒和18S下游基因三种基因片段,另一种包含18S上游基因、抗性基因和18S下游基因三种基因片段;3)优化了电击条件并进行真核微藻的电击转化。

结果表明,在2 mm电击杯、1.2 kV电压、25μF电容、200Ω条件下可将含草丁膦抗性基因盒(bar cassette)的外源基因片段转入雨生红球藻中。

以基因组DNA为模板进行PCR验证了bar基因整合到了染色体上。

然而,在潮霉素B抗性平板筛选转化子并未得到寇氏隐甲藻藻落。

假定蛋白功能推测已成为后基因组时代的重要研究内容,对其功能信息的缺失阻碍了对微生物生理遗传研究的深入。

本研究中,我们提出了一套基于组学数据和蛋白相互作用数据的假定蛋白功能网络预测方案。

该方案包括两个步骤:1)利用不同胁迫条件下的集胞藻PCC 6803(Synechocystis sp.PCC 6803)蛋白组和转录组数据建立共表达网络,之后与蛋白相互作用网络整合构建双色网络;2)针对双色网络,应用全局传播算法进行假定蛋白功能推测。

该算法可将基因/蛋白与已知基因本体功能分类的联系进行排序,并认为每种功能分类下,首位假定蛋白可能与该功能有关。

集胞藻PCC6803铜离子诱导表达平台的构建

集胞藻PCC6803铜离子诱导表达平台的构建

1 材 料 与 方 法
1 . 1 菌株 ( 藻株 ) 、 质粒 和培 养 集胞 藻 P C C 6 8 0 3由
p e t E启 动子 调控 h e t R 的表达 , 随着 铜 离子 浓 度 的增
加, 异形 胞发 生频 率也逐 渐增加 , 导致 成簇 异形 胞 的 形成 , 表明 h e t R是启 动 异 形胞 分 化 的 基 因l 3 J 。p a t S
究 其基 因功 能 已获得 很 大 成 功 , 但 是对 于某 些 涉 及 其基 本 生命 活动 的基 因 , 往 往 很 难 直接 通过 基 因 敲 除的方 法得 到完 全 分 离 的突 变 株 。为 此 , 我 们 利用 集 胞藻 p e t E基 因的启动 子 , 在 其 基 因组 中构 建 了一 个 铜离 子诱导 表达 的平 台 。以 l a c Z作 为 报告 基 因 , 证 明铜 离子 能有 效诱导 l a c Z表 达 , 该 平 台将 能够 用 于在集 胞藻 中研 究某些 必需 基 因的功 能。
蓝藻 是 一类 能进 行 放 氧 型 光合 作 用 的原 核 生 物, 广 泛分 布在地球 上各类 型水 体 和一些 陆生环 境 , 是海洋 和 内陆水体 中最重 要 的原初 生产者 。越 来越
多的研究 表 明 , 蓝 藻 适 应 外 界 环 境 的 变 化 主 要 是 通 过 调 节 基 因 表 达 来 实 现 的 。 利 用 不 同 的启 动 子 探 测
基 因调节 异 形 胞 图式 的 形成 。用 p e t E启 动 子 调 节 p a t S表 达水平 , 随着 铜离 子浓度 的逐 渐增 加 , 异 形胞
蓝 藻 的基 因组 中 。通 过 调 节 培 养 基 中铜 离 子 的浓 度发 现 , l a c Z 的 表 达 能 够 人 为 控 制 。特 别 是 当 铜 离 子 浓 度 在 6 —

【国家自然科学基金】_集胞藻pcc6803_基金支持热词逐年推荐_【万方软件创新助手】_20140730

【国家自然科学基金】_集胞藻pcc6803_基金支持热词逐年推荐_【万方软件创新助手】_20140730

2014年 序号 1 2 3 4 5
科研热词 阿特拉津 藻 百草枯 毒性 mda
推荐指数 1 1 1 1 1
推荐指数 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2013年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26
2013年 科研热词 推荐指数 集胞藻 2 转录调控 2 染色体 2 ssl2749-sll1411基因 2 集胞藻pcc6803 1 集胞藻6803 1 超氧化物歧化酶 1 藻蓝蛋白-β 亚基 1 色素裂合酶 1 缺失突变 1 纯化 1 第二位点蛋白酶(s2p) 1 穿孔素基因(124l) 1 漂白现象 1 水华蓝藻噬藻体pav-ld 1 底物 1 定点突变 1 同源重组 1 叶绿素a 1 原核表达 1 内肽酶基因(123l) 1 体内重组 1 主要衣壳蛋白基因(073r) 1 丙二醛 1 pb(no3)2 1 anti-σ 因子 1
推荐指数 3 1 1 1 1 1 1 1
2012年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
科研热词 集胞藻pcc6803 sll0862 脂肪酸 脂肪酶 结构功能预测 纯化 热胁迫 氧化胁迫 对硝基苯丁酸酯 原核表达 克隆表达 体外酶活鉴定 slr0643 sll1969 sll0853 s2p金属蛋白酶
2009年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
科研热词 集胞藻pcc6803 集胞藻6803 集胞藻 随机插入诱变 蛋白酶egy1 膜蛋白 突变株 突变体 同源基因 光合自养生长 slr0643 sll0862 sll0260 ppete 77k荧光

集胞藻PCC6803中基因slr0681功能初步研究

集胞藻PCC6803中基因slr0681功能初步研究

集胞藻PCC6803中基因slr0681功能初步研究作者:崔晓艳钟轲耿耘宣宁孙秀芹牛旭东康佳陈高来源:《山东农业科学》2021年第12期摘要:类胡萝卜素是人体内维生素A的主要来源,具有抗氧化、免疫调节、抗癌等作用。

前期初步推测集胞藻PCC6803中slr0681基因在类胡萝卜素代谢中有重要作用。

本研究利用同源重组方法构建了slr0681基因敲除突变株Δslr0681,研究了突变株与野生型在高盐胁迫条件下叶绿素a和类胡萝卜素含量变化以及光系统Ⅰ(PSⅠ)和光系统Ⅱ(PSⅡ)相关基因表达情况。

结果表明,高盐胁迫下,突变株比野生型更具生命活力;高盐胁迫下Δslr0681中类胡萝卜素和叶绿素a含量高于野生型;PSⅠ中psaA、psaB、psaL和PSⅡ中psbB、psbD基因的相对表达量较野生型分别增加3.4、1.9、1.5倍和2.1、1.6倍。

以上结果表明,slr0681基因对于集胞藻类胡萝卜素代谢有重要作用,并且在高盐胁迫条件下影响更为突出。

本研究为后续利用合成生物学策略提高微藻类胡萝卜素代谢奠定了基础。

关键词:集胞藻PCC6803;slr0681基因;类胡萝卜素;高盐胁迫;光系统中图分类号:Q949.22:Q78 文献标识号:A 文章编号:1001-4942(2021)12-0001-07集胞藻PCC6803(以下简称集胞藻)是一种单细胞蓝藻,有天然的外源DNA转化系统,具有遗传背景清晰、表达外源产物不形成包含体等优点[1],是理想的蓝藻基因工程受体。

类胡萝卜素在动物和人体中发挥着重要的作用,如预防疾病、提高机体免疫力、维持动物正常生长与繁殖等。

类胡萝卜素是一类脂溶性的类异戊二烯化合物,也是进行光合作用、由生物产生的亲脂性色素[2],其可通过猝灭活性氧防止氧化,并且可在光合生物中收集光能[2,3],在许多生物中起着核心作用。

近年来,类胡萝卜素在医药、食品、保健品、化妆品以及饲料行业中得到了广泛应用[4]。

集胞藻PCC6803光激活异养生长必需基因s110886的研究

集胞藻PCC6803光激活异养生长必需基因s110886的研究

刘朝莹 , 2 徐旭东 孔任秋
( .中 国科 学 院 水 生 生 物 研究 所 , 汉 1 武 4 0 7 ; . 国科 学 院研 究 生 院 , 京 10 4 ) 30 2 2 中 北 009
摘 要 : 胞 藻 P C 8 3能够 在 微 弱 、 时 光 刺 激 的 条 件 下 利 用 葡 萄 糖 进 行 异 养 生 长 , 为 光 激 活 异 养 生 长 ( A G 。 集 C60 短 称 L H )
进行 L H 时 , 加 5 m lL葡 萄 糖 , 暗盒 中 , A G 补 m o / 置 每 天光 照 5 i。光 异 养 生 长 除加 5 m lL葡 萄糖 外 , mn vo / 还 添 加 5 m lL C v o D MU 抑 制 光 合 作 用 。 使 用 /
p W18 质 粒 _ 转 化 集 胞 藻 60 K 18 6 J 8 3获 得 的 K 抗 性 m
s186对 于 L H 是 必 需 的 _ 。 s186 的 产 物 预 108 AG 3 108 J
测 含有 3 1 R序列 , 个 1 P 并且是 一个膜蛋 白。1 R序列 1 P 是一个含有 3 4个 氨基酸残基 具有 a 旋结 构 的保守 螺 序列 , 以 串联 排列 的方式 存 在 于 各种 不 同的蛋 白 常 中 , 目可 以从 3到 1 个 甚至更 多 , 数 6 可参与 介导 蛋 白 间相 互作用和 信号传 导 _5。为探 明 s186蛋 白本 4 . J 108 身是 否受光信 号调 控 , 研究 对 该蛋 白进 行 了表达 、 本 纯化 和兔抗血 清制 备 , 以 Wet 印迹法 检 查 了它 并 sr e n
1 材 料 与 方 法 11 藻 株 、 养 和 转 化 集 胞 藻 6 0 . 培 8 3由 北 京 大 学

集胞藻pcc6803适应寒冷条件的遗传学基础

集胞藻pcc6803适应寒冷条件的遗传学基础

集胞藻pcc6803适应寒冷条件的遗传学基础伴随着全球变暖及气候变化,研究全球气候变化及其影响已成为时下紧迫的课题。

目前全球气候变化的影响及其产生的原因有待进一步探究,其中温度变化是全球气候变化中的一个重要组成部分。

在面对寒冷的冬季,对于温度敏感的微生物(如胞藻),适应并审时度势变化的驱动力是由遗传学进化真实反映的。

本文旨在研究集胞藻pcc6803适应寒冷条件的遗传学基础。

昆虫,鱼类和大多数人类有一个共同的策略来适应寒冷的环境,那就是表观遗传学。

它是一种快速有效的应对机制,采用的技术是将变异的基因组结合到更不稳定的水平上,从而影响未来的遗传进化。

集胞藻pcc6803是一种恒温藻类,也就是说它不适应冷热环境的变化,但是凭借某些表观遗传学机制,该藻类也可以适应冷冻条件。

在解决具有冷冻条件的恒温藻pcc6803如何适应寒冷环境的问题之前,首先需要弄清楚其调节策略。

首先,研究人员进行了表观遗传学实验,发现这种恒温藻有一种转录因子,它可以调节细胞中温度控制有关基因的表达。

该转录因子能够通过调节温度控制基因的表达水平来调节细胞的适应性,从而使恒温藻pcc6803能够适应寒冷的环境。

研究人员还发现,这种恒温藻的遗传变化能够通过遗传学随机突变进行响应,以改进细胞的适应性。

与自然突变不同,该藻类的基因组可以产生表观遗传学变异,从而影响蛋白质的结构及功能,改变蛋白质的表达水平,从而在逆境环境中保护细胞,使细胞能够适应寒冷条件。

研究表明,以上两种调节策略能够让集胞藻pcc6803适应寒冷条件,它们分别是:1.通过表观遗传学实验调节温度控制基因的表达水平;2.通过遗传学突变,改变蛋白质的表达水平,从而使细胞能够适应寒冷条件。

此外,该研究还发现,pcc6803细胞中存在多种抗逆性DNA复制机制,特别是在寒冷条件下,以及一种脂质调节机制,可以降低脂质体内温度,有助于细胞适应寒冷环境。

总而言之,通过表观遗传学和遗传学突变机制,pcc6803细胞可以适应寒冷环境,从而有助于细胞的生存和生物进化。

集胞藻Synechocystis sp. PCC 6803脂质组的分析

集胞藻Synechocystis sp. PCC 6803脂质组的分析

doi: 10.7541/2021.2019.254集胞藻Synechocystis sp. PCC 6803脂质组的分析郭晓烨1, 2李艳华1韩丹翔1, 2(1. 中国科学院水生生物研究所, 武汉 430072; 2. 中国科学院大学, 北京 100049)摘要: 以集胞藻Synechocystis sp. PCC 6803为研究对象, 研究建立了基于超高效液相色谱耦合串联质谱技术脂质组学分析方法。

鸟枪法脂质组学通过电喷雾离子化有效分离油脂粗提物中所含单个脂质分子, 在三重四极杆扫描碎片离子, 能够利用特征片段离子鉴定光合甘油酯的种类和酰基组成, 具有高效、灵敏度高和质量准确度高等优点。

对不同光强下生长的Synechocystis sp. PCC 6803细胞的各脂质组分进行了全定量分析, 发现单半乳糖甘油二酯 (Monogalactosyldiacylglycerol, MGDG)和磷脂酰甘油(Phosphatidyl glycerol, PG)在高光处理的第2小时即显著积累, 增长量分别为34.64%和68.49%, 其中以含有从头合成、高度饱和的脂肪酸的种类增长最为快速和显著, 而后高不饱和度的脂肪酸组成的种类逐渐积累。

双半乳糖甘油二脂(Digalactosyldiacy-lglycerol, DGDG)在各时间点都持续增长, 12h 后增长量达26.95%, 硫代异鼠李糖甘油二酯(Sulfoquinovosyl diacylglycerol, SQDG)的含量则呈现出不断下降的趋势。

研究所建立的脂质组学分析方法对进一步研究Synechocystis sp. PCC 6803的脂质代谢及生理功能提供了有力的分析工具。

关键词: 脂质组; 集胞藻Synechocystis sp. PCC 6803; 高光适应; 甘油酯中图分类号: Q946.4 文献标识码: A 文章编号: 1000-3207(2021)02-0376-11类囊体膜是光合作用的发生场所, 为光合作用相关的蛋白复合物提供了一个连续的封闭膜系统,使两个横向分离的光系统之间移动的电子传输元件得以扩散[1]。

集胞藻6803中一个未知基因的功能分析及其自然转化条件的优化的开题报告

集胞藻6803中一个未知基因的功能分析及其自然转化条件的优化的开题报告

集胞藻6803中一个未知基因的功能分析及其自然转
化条件的优化的开题报告
题目:集胞藻6803中一个未知基因的功能分析及其自然转化条件的优化
一、选题背景及意义
集胞藻(Synechococcus sp. PCC 6803)是一种广泛应用于光合作用、微生物学、光合材料等多个领域的典型双链藻类。

近年来,研究者
们对其中一些未知基因的功能进行研究,以期探究其在细胞代谢、生长、光合途径等方面的重要作用。

本项目旨在研究集胞藻6803中一个未知基因的功能,并探究该基因自然转化的优化条件,为其未来应用奠定基础。

二、研究设计及方法
1. 确定目标基因:通过基因芯片、PCR等技术手段,排除其他已知
基因对研究对象的影响,确定目标基因。

2. 获得重组菌株:通过PCR扩增目标基因并构建表达载体;转化到Escherichia coli进行表达,纯化载体酶,获得目标基因。

3. 基因功能分析:利用该基因的启动密码子进行表达,对不同培养
条件的细胞进行检测,观察细胞生长、代谢、光合特性等参数的变化,
探究基因在这些方面中的作用。

4. 自然转化条件优化:根据集胞藻6803的生长特性和基因转化条
件优化经验,分别尝试不同培养基、温度、光照强度、基因载体浓度等
因素对基因的转化效率进行优化。

5. 数据分析:利用生物信息学技术对实验数据进行分析,对比实验
结果得出结论。

三、预期结果
1. 确定集胞藻6803中一个未知基因的序列和功能。

2. 确定集胞藻6803中自然转化该基因的最佳条件。

3. 打下进一步探究该基因对细胞代谢、生长、光合特性等方面作用的基础。

集胞藻pcc6803适应寒冷条件的遗传学基础

集胞藻pcc6803适应寒冷条件的遗传学基础

集胞藻pcc6803适应寒冷条件的遗传学基础金黄色藻类PCC6803是一种重要的淡水藻类,能够在室温缓慢增长。

自20世纪以来,由于其全面可生物合成、强大的应激性和适应能力,一直是重要的模式生物。

因此,研究它的适应性过程,如何适应低温条件,尤其是其遗传学基础,是已有的研究趋势。

一、生物组学在PCC6803适应寒冷条件的研究中的作用(1)蛋白质组学蛋白质差异可提供细胞在逆境条件下的敏感变化的细节信息。

通过比较不同温度条件下的金黄色藻类PCC6803的蛋白质分子组成,可以探索其适应寒冷条件的可能机制。

(2)代谢组学通过代谢组学分析可以研究金黄藻289株PCC6803在不同温度条件下的代谢调整过程。

通过调查其代谢途径,可能提供关于藻类表观遗传调控机制的重要线索。

二、对于PCC6803适应寒冷条件的遗传学基础的研究(1) DNA分子组学研究大量全基因组DNA分子组学样本收集并分析,可以用于探索金黄藻PCC6803适应环境冷压的遗传变异状况,有利于深入理解其适应性增强的基础。

(2) 基因组选择研究基因组选择研究技术可以用来研究寒冷对金黄藻PCC6803基因组的影响,其结果有助于探究促进其环境适应性增强的分子机制,明确包括基因表达调控机制在内的调控网络。

三、基因工程技术在研究PCC6803适应寒冷条件的功能性基础中的应用(1) 基因敲除技术基因敲除技术可以被用来鉴定对金黄藻PCC6803有密切关系的寒冷应激基因,考察其编码基因调控细胞逆境应激调节机制的作用,以及在响应低温应激中起着关键作用的基因。

(2) 基因改造技术基因改造技术可以用来改变金黄藻PCC6803多种寒冷应激基因的表达水平,以提高对寒冷环境的适应能力,甚至可以构建拥有优异寒冷适应性的基因工程藻株。

四、结论金黄藻PCC6803适应寒冷条件的遗传学基础的研究,非常有必要的。

通过结合生物组学、代谢组学、核酸分子组学和基因工程技术,可以对其调节的表观遗传、分子机制及其功能性基础进行研究,有助于揭示它们在逆境条件下的调节机制,为提高大藻类寒耐性提供重要借鉴。

集胞藻PCC6803铜离子调控表达平台和新型插入突变方法的建立的开题报告

集胞藻PCC6803铜离子调控表达平台和新型插入突变方法的建立的开题报告

集胞藻PCC6803铜离子调控表达平台和新型插入突
变方法的建立的开题报告
本文的研究对象是一种名为集胞藻(PCC6803)的蓝藻,该藻类在微生物学中具有重要的研究价值。

本文旨在建立一种新的集胞藻PCC6803的铜离子调控表达平台,并且提出了一种新型的插入突变方法。

这两项技术的建立将为集胞藻在基因调控和基因工程方面的研究提供新的手段和平台。

具体地说,本文的研究包括以下几个方面:
1. 集胞藻PCC6803的铜离子响应元件的筛选和构建。

通过文献调研和实验验证,确定了适合在集胞藻中使用的铜离子响应元件,并将其与基因表达控制元件进行组合构建成铜离子调控表达平台。

2. 集胞藻PCC6803的新型插入突变方法的建立。

该方法基于转座子基因的原理,利用自行合成的转座体等元件,实现在集胞藻基因组中的特定位置进行插入突变。

3. 应用建立的铜离子调控表达平台和新型插入突变方法,对集胞藻中的多个基因进行了调控和突变,包括抗氧化酶、光合作用蛋白和代谢途径关键酶等。

通过对这些基因的调控和突变,本文验证了建立的铜离子调控表达平台和新型插入突变方法的可靠性和有效性。

这些结果不仅为集胞藻的基因调控和基因工程研究提供了新的手段和平台,也为微生物治理和工业应用开发提供了新的思路和借鉴。

集胞藻PCC6803中S2P蛋白酶假定底物的体外诱导表达及纯化

集胞藻PCC6803中S2P蛋白酶假定底物的体外诱导表达及纯化

集胞藻PCC6803中S2P蛋白酶假定底物的体外诱导表达及纯化秦春燕;陈谷【期刊名称】《食品科学》【年(卷),期】2013(034)009【摘要】金属蛋白酶S2P同源蛋白在行光合作用的蓝藻中广泛存在.S2P蛋白酶通过在膜切割转录调控因子(anti-σ因子),释放σ因子来参与胁迫响应是跨膜信号转导的保守机制.集胞藻PCC6803中S2P蛋白酶参与胁迫响应的跨膜信号转导,但其作用机理及底物均未明确.经过深入考察分析,实验锁定了4对σ因子和anti-σ因子的组合:SigE-ChlH(Slr1055)、SigI(Sl10687)-Sl10688、SigG(Slr1545)-Slr1546及SigH(Slr0856)-Sl10857.以pET-30b(+)为载体,通过重组表达纯化,成功获得一系列S2P假定底物的重组蛋白:全长anti-σ因子及截去羧基端部分序列的截短片段,包括Slr1055、Slr1055△(1~232)、Sl10688、Sll0688△(1~152)、Slr1546、Slr1546△(1~174)、Sl10857、Sl10857△(1~101)和大肠杆菌的S2P 底物RseA(1~148).为下一步在体外重构S2P蛋白酶与底物的酶切体系、阐释蓝藻体内S2P介导的级联信号转导机制奠定了基础.【总页数】7页(P114-120)【作者】秦春燕;陈谷【作者单位】华南理工大学轻工与食品学院,广东广州 510640;华南理工大学轻工与食品学院,广东广州 510640【正文语种】中文【中图分类】Q816【相关文献】1.绿色荧光蛋白标记S2P在集胞藻6803中的表达 [J], 陈谷;闻盼盼;秦春燕;王玉玲2.集胞藻PCC6803高产精氨酸藻株的紫外诱变选育 [J], 戢水玲;高宏3.基于代谢组学分析Slr0643蛋白在调控集胞藻PCC6803葡萄糖混养适应中的重要性 [J], 许白雪;陈谷;刘秤利;周健4.集胞藻PCC6803中N-乙酰鸟氨酸转氨酶的生化表征及结构分析 [J], 白福美;李至敏;王小琴;胡紫微;鲍玲玲;李志敏5.集胞藻PCC6803中基因slr0681功能初步研究 [J], 崔晓艳;钟轲;耿耘;宣宁;孙秀芹;牛旭东;康佳;陈高因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

集胞藻PCC 6803 类铁氧还蛋白Slr1205 的功能研究

集胞藻PCC 6803 类铁氧还蛋白Slr1205 的功能研究

生物技术进展2021年㊀第11卷㊀第1期㊀69~78CurrentBiotechnology㊀ISSN2095 ̄2341研究论文Articles㊀收稿日期:2020 ̄07 ̄10ꎻ接受日期:2020 ̄08 ̄03㊀联系方式:董杰E ̄mail:1178780356@qq.comꎻ∗通信作者张芃芃E ̄mail:zhangpengpeng@caas.cn集胞藻PCC6803类铁氧还蛋白Slr1205的功能研究董杰ꎬ㊀张昊ꎬ㊀张芃芃∗中国农业科学院生物技术研究所ꎬ北京100081摘㊀要:类铁氧还蛋白(ferredoxin ̄likeꎬFd ̄like)在高等植物中具有调控叶绿体发育等多种重要的生理功能ꎬ但在蓝藻中的生物功能尚未被发现ꎮ通过比较集胞藻PCC6083编码Fd ̄like蛋白基因的敲除突变株Δslr1205与野生型(WT)在不同碳源和光周期条件下的生理生化表型ꎬ分析Slr1205在集胞藻中的功能ꎮ结果显示ꎬ在高CO2浓度自养㊁混合营养和光异养时ꎬΔslr1205的生长速率低于WTꎬ而在空气中自养条件下并无差异ꎮ与此相对应ꎬ混合营养和光异养时Δslr1205比WT的呼吸速率低ꎬ与呼吸作用密切相关的NDH ̄1L复合体的含量少ꎮΔslr1205在所有测试的条件下有较高的类胡萝卜素以及偏黄的表型ꎮ这些数据表明ꎬFd ̄like蛋白Slr1205的缺失造成在碳源充足条件下的生长速率下降ꎬ这可能是由于呼吸作用下调导致供能不足ꎮ研究结果为今后深入研究蓝藻Fd ̄like蛋白奠定了基础ꎬ为开展光合作用和呼吸作用的调节机制研究探索了新方向ꎮ关键词:集胞藻PCC6803ꎻ类铁氧还蛋白ꎻ光合作用ꎻ呼吸作用ꎻNDH ̄1L复合体DOI:10.19586/j.2095 ̄2341.2020.0081中图分类号:Q949.22㊀㊀㊀文献标识码:AFunctionalStudyonFerredoxin ̄likeProteinSlr1205inSynechocystissp.PCC6803DONGJieꎬZHANGHaoꎬZHANGPengpeng∗BiotechnologyResearchInstituteꎬChineseAcademyofAgriculturalSciencesꎬBeijing100081ꎬChinaAbstract:Ferredoxin ̄like(Fd ̄like)proteinsareinvolvedinmanyimportantphysiologicalrolesinplantsꎬsuchasregulationofchloroplastdevelopment.Howeverꎬtheireffectsincyanobacteriahavenotrevealed.InthisworkꎬthefunctionofSynechocystisFd ̄likeproteinSlr1205wasanalyzedbycomparisonofphysiologicalandbiochemicalpropertiesofΔslr1205andWTgrownunderdifferentcarbonsourcesandphotoperiod.ItshowedthatthegrowthrateofΔslr1205waslowerthanthatoftheWTunderconditionsofhighCO2concentrationautotrophyꎬmixotrophyandphotoheterotrophyꎬwhilenosignificantdifferencewasobservedunderair ̄levelCO2autotrophiccultures.InagreementwiththeseꎬΔslr1205cellsdecreasedtherespiratoryrateandaccumulationofNDH ̄1Lcomplexꎬanenzymecloselyrelatedtocellularrespirationincyanobacteria.InallourtestedconditionsꎬΔslr1205hadhighercarotenoidcontentandyellowishphenotypecomparedtoWT.ThesedatasuggestedthatlackofFd ̄likeproteinSlr1205ledtolowgrowthrateatadequatecarbonsupplyꎬwhichwasprobablyduetoinsufficientenergycausedbydown ̄regulationofrespiration.TheworkprovidednotonlythebasisforfurtherinvestigationofcyanobacterialFd ̄likeproteinsꎬbutalsoanewdirectionforunderstandingofregulationmechanismsofphotosynthesisandrespiration.Keywords:Synechocystissp.PCC6803ꎻferredoxin ̄likeproteinꎻphotosynthesisꎻrespirationꎻNDH ̄1Lcomplex㊀㊀蓝藻是结构最简单的放氧光合生物ꎬ是真核藻类和植物叶绿体的祖先[1]ꎬ因而作为光合作用研究的模式物种之一ꎬ集胞藻PCC6803(Synechocystissp.PCC6803)是最早完成测序的光合生物[2]ꎮ它不仅能够利用空气中的二氧化碳自养生长ꎬ而且可以在添加外源葡萄糖时进行混合营养和异养生长ꎮ除了光合作用以外ꎬ蓝藻还可以利用呼吸作用的氧化磷酸化产生能量用于. All Rights Reserved.生命活动ꎮ蓝藻的呼吸作用主要是在黑暗中发挥功能ꎬ在蓝藻中ꎬNAD(P)H脱氢酶(NDH ̄1复合体)具有不同亚基组成形式ꎬ并参与多种生物功能ꎮ其中的NDH ̄1L与细胞呼吸直接相关ꎬ对Synechocystissp.PCC6803利用葡萄糖光异养生长至关重要[3]ꎬNDH ̄1M和NDH ̄1S参与CO2的浓缩吸收ꎬ有研究发现ꎬNDH ̄2在Synechocystissp.PCC6803中对光合作用和呼吸作用起调节作用[4]ꎻ琥珀酸脱氢酶(SDH)ꎬ即复合体Ⅱꎬ对蓝藻呼吸电子传递非常重要[5]ꎮ铁氧还蛋白(ferredoxinꎬFd)是广泛分布于细菌㊁藻类和高等植物中的小分子可溶性铁硫蛋白ꎬ其分子量约为11kDꎮFd的铁硫中心为[2Fe ̄2S]㊁[3Fe ̄4S]和[4Fe ̄4S]ꎬ可作为电子载体传递电子ꎮFd与光合作用关系密切ꎬ它不仅通过与Fd ̄NADP+氧化还原酶(FNR)作用形成NADPH参与线性光合电子传递链ꎬ而且通过PGR5 ̄PGRL1和NDH复合体参与循环电子传递[6]ꎮ在细菌中ꎬFd是固氮酶[7]㊁氢酶㊁丙酮酸 ̄Fd ̄氧化还原酶[8]的电子供体ꎬ参与氮代谢㊁氢代谢和呼吸作用ꎮSynechocystissp.PCC6803中有9个fd基因ꎬ分别编码9个不同的铁氧还蛋白ꎬ这9个Fd蛋白在集胞藻属(Synechocystis)㊁鱼腥藻属(Anabaena)㊁柱胞藻属(Cylindrospermum)㊁念珠藻属(Nostoc)等蓝藻中都是保守的[9]ꎮ其中Fd1蛋白在植物和藻类中含量丰富ꎬ是光合作用所必需的铁氧还蛋白ꎮSynechocystissp.PCC6803的fd1基因在葡萄糖存在下对细胞的生长也是至关重要的ꎬ在没有光合作用的情况下ꎬFd1吸收葡萄糖的碳源ꎬ为藻株的细胞生长提供能量[10]ꎮ与fd1类似ꎬfd2㊁fd3㊁fd6和fd8基因编码的Fd蛋白对Synechocystissp.PCC6803的光合自养生长也是必不可少的[9]ꎬ而Fd4[11]㊁Fd5[12]㊁Fd7[13]和Fd9对Synechocystissp.PCC6803的自养生长不是必需的ꎮFd4和Fd5缺失对藻株的生长情况没有太大的影响ꎬFd7和Fd9在耐氧化和金属胁迫中起着重要作用ꎬFd7的[2Fe ̄2S]中心在抵抗缺铁胁迫过程中至关重要[9]ꎮFerredoxin ̄like蛋白是与Ferredoxin蛋白序列的同源蛋白ꎬ它们通常具有小亚基或β ̄亚基的组合型呼吸系统复合物的功能ꎬ例如大肠杆菌中的硝酸还原酶(NarH蛋白)㊁氢氧化酶 ̄2(HybA)[14]ꎬ还有一些在大肠杆菌中已知的Fd ̄like蛋白是特定的呼吸酶产生活性所必需的[15]ꎮ在植物中ꎬFd ̄like蛋白的表达可以增强光合作用中碳的积累ꎬ有研究发现ꎬFd ̄like蛋白的表达能通过调节光合作用效率提高转基因水稻的产量[16]ꎮ虽然已有研究对细菌和高等植物中Fd ̄like蛋白的功能有了一定的认识ꎬ但蓝藻中Fd ̄like蛋白的功能还完全未知ꎮ因此本研究选择Synechocystissp.PCC6803中的Fd ̄like蛋白开展生理功能研究ꎬ期望通过构建编码Fd ̄like蛋白基因敲除突变株Δslr1205ꎬ探索不同条件下Fd ̄like蛋白在光合作用和呼吸作用中的功能ꎮ1㊀材料与方法1.1㊀材料和试剂1.1.1㊀实验材料㊀Synechocystissp.PCC6803葡萄糖耐受性藻株(WT)来自本实验室ꎮ免疫缺陷型大肠杆菌菌株Trans5α购自北京全式金生物技术有限公司ꎬ用于质粒载体构建克隆ꎮ1.1.2㊀实验试剂㊀TURBODNA ̄freeTMKitꎬRevertAidFirstStrandcDNASynthesisKit购自Thermo公司ꎬTransStartTopGreenqPCRSuperMix㊁TaqDNA聚合酶购自全式金公司ꎬQ5高保真DNA聚合酶㊁限制性内切酶㊁T4连接酶购自NEB公司ꎬDNA片段回收试剂盒㊁质粒提取试剂盒购自TIANGEN公司ꎮAtpB抗体购自Agrisera公司ꎬNdhK抗体由上海师范大学马为民教授赠送ꎮ1.2㊀实验方法1.2.1㊀藻株培养㊀本实验参照Zhang等[3]的培养条件对藻株进行培养ꎮSynechocystissp.PCC6803WT和Δslr1205是用液体或固体BG ̄11培养基在4100K色温的LED光源下培养ꎮ本研究的标准培养条件为自养:30ħ㊁50μmol photons m-2 s-1光强的连续光照㊁空气水平的二氧化碳(LC)ꎬ对比条件有:高碳自养(3%二氧化碳ꎬHC)㊁混合营养(+5mmol L-1葡萄糖)㊁光异养(+5mmol L-1葡萄糖和10μmol L-1DCMU)㊁周期光(2h光照2h黑暗)ꎮ1.2.2㊀突变株的构建和蓝藻的转化筛选㊀将卡那霉素抗性基因编码区序列插入pUC18的SmaⅠ07生物技术进展CurrentBiotechnology. All Rights Reserved.位点ꎬ构建克隆载体pUC ̄Knꎮ以Synechocystissp.PCC6803WT的基因组DNA为模板ꎬ分别用pUC ̄slr1205 ̄up ̄R ̄BamHⅠ㊁pUC ̄slr1205 ̄up ̄F和pUC ̄slr1205 ̄down ̄R ̄KpnⅠ㊁pUC ̄slr1205 ̄down ̄F ̄KpnⅠ引物扩增slr1205的上游和下游序列并包含部分slr1205编码区(表1)ꎬ分别连入pUC ̄Kn中卡那霉素抗性基因的两侧ꎮ利用自然转化将构建好的载体导入Synechocystissp.PCC6803WT中ꎬ在含有卡那霉素抗性的BG ̄11平板上挑取阳性单克隆ꎬ划线培养3代以上ꎬ通过PCR验证转化子的基因型ꎮ表1㊀本研究所用引物Table1㊀Primersforthestudy用途作用引物名称引物序列(5ᶄ➝3ᶄ)突变株构建构建Δslr1205载体的上臂构建Δslr1205载体的下臂pUC ̄slr1205 ̄up ̄R ̄BamHⅠ5ᶄ ̄CGggatccGAAGCTCACTTTGGGCGA ̄3ᶄpUC ̄slr1205 ̄up ̄F5ᶄ ̄GTCGTTCCTTTCCCGGTC ̄3ᶄpUC ̄slr1205 ̄down ̄R ̄KpnⅠ5ᶄ ̄GGggtaccTCGACTTCCGTTTCCGTCT ̄3ᶄpUC ̄slr1205 ̄down ̄F ̄KpnⅠ5ᶄ ̄GGggtaccGTACAGGTGGATTTAGGCGC ̄3ᶄ突变株整合验证检测Δslr1205载体是否整合到WT中荧光定量Δslr1205 ̄R5ᶄ ̄GGGCTCCACATCAAAACCC ̄3ᶄΔslr1205 ̄F5ᶄ ̄GGGCTCCACATCAAAACCC ̄3ᶄrnpB ̄F5ᶄ ̄GGAGGGGGCAATGAAGTT ̄3ᶄrnpB ̄R5ᶄ ̄GGCGTTACCCAGCAAGTT ̄3ᶄssl0020(fd1) ̄qRT ̄PCR ̄R5ᶄ ̄TTTCAATGGTGCAATCGGAGG ̄3ᶄssl0020(fd1) ̄qRT ̄PCR ̄F5ᶄ ̄CTAGACCTGCCCTATTCCTGC ̄3ᶄslr1205 ̄qRT ̄PCR ̄R5ᶄ ̄TCCATTTTCCACCCGCACAG ̄3ᶄslr1205 ̄qRT ̄PCR ̄F5ᶄ ̄AGTCGTCAAGTGGTTAAGGT ̄3ᶄ1.2.3㊀蓝藻总RNA的提取和q ̄RT ̄PCR㊀收集20mLOD750=0.8~1时的藻细胞ꎬ利用Trizol(Invitrogen)法提取总RNAꎬ经DNase(AmbionTurboDNasekit)消化去除基因组DNA[17]ꎮ从纯化的2μg总RNA合成首条单链cDNA(RevertAidFirstStrandcDNASynthesisKit)ꎮ特异扩增fd1和slr1205引物(表1)用于定量分析基因的转录水平ꎮ编码RNA酶P的基因rnpB作为持家基因用于定量分析的内参ꎬ所有的扩增产物为150~200bpꎮqRT ̄PCR使用SYBRGreen荧光定量试剂盒在ABIlife荧光定量PCR仪上进行ꎮ采用2-ΔCt的算法计算基因的相对表达含量ꎮ1.2.4㊀光合和呼吸活性检测㊀用HansatechClorolab2液相氧测定系统检测自养㊁混合营养和光异养的Δslr1205和WT藻细胞的饱和净光合活性和黑暗下的呼吸活性[18]ꎮ藻细胞以叶绿素浓度10μg mL-1重悬于新鲜的培养液中ꎬ在样品池中加入1mL细胞悬液进行测定ꎬ每个样品做3次生物学重复ꎮ1.2.5㊀叶绿素及类胡萝卜素含量测定㊀使用100%的甲醇在黑暗中萃取Δslr1205和WT藻细胞或者类囊体膜中的脂溶性色素ꎬ离心去除碎片的上清在分光光度计中测定特定波长的吸光值ꎬ通过如下公式计算叶绿素a和类胡萝卜素浓度[19]ꎮChla=12.61ˑ(A665-A750)ˑnCar=[(A470-A750)ˑ1000-20.56ˑ(A665-A750)]/221ˑn其中ꎬChla为叶绿素a的浓度ꎬCar为类胡萝卜素的浓度ꎬ单位为μg mL-1ꎻA665为665nm处的吸光值ꎬA750为750nm处的吸光值ꎬA470为470nm处的吸光值ꎮ1.2.6㊀膜蛋白分离㊀类囊体膜蛋白样品的分离方法参照Zhang等[3]的方法ꎮ所有步骤均在4ħ下避光进行ꎮ简要的过程为:收集OD750为0.5~1.0的藻细胞ꎬ采用玻璃珠法进行细胞破碎ꎬ低速离心去除玻璃珠和细胞碎片ꎬ上清液经过高速离心沉淀类囊体膜ꎮ对重悬的膜蛋白样品测定蛋白质浓度和叶绿素浓度ꎮ1.2.7㊀蛋白电泳与免疫印迹㊀实验步骤参考Tyystjärvi等[20]的方法ꎬ变性蛋白样品(5μg蛋白)采用含有6mol L-1尿素的浓度为12%的SDS ̄PAGE分离ꎬ并通过银染显色[21]或者通过NdhK和AtpB特异性抗体免疫检测ꎮ膜蛋白复17董杰ꎬ等:集胞藻PCC6803类铁氧还蛋白Slr1205的功能研究. All Rights Reserved.合体通过4.5%~12%的蓝绿胶电泳(BN ̄PAGE)分离ꎬ上样量为2μg叶绿素ꎬ通过NdhK特异性抗体免疫检测ꎮ1.2.8㊀生物信息学分析㊀在UniProt网站(https://www.uniprot.org/)检索Synechocystissp.PCC6803中编码Fd蛋白的基因并获取氨基酸序列ꎬ通过NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)的比对工具BLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)查找Synechocystissp.PCC6803中与Fd1氨基酸序列同源的蛋白序列ꎬ并用MEGA6构建Fd1 ̄9和与Fd1同源性高的蛋白序列的进化树ꎬ在CyanoExpress网站(http://cyanoexpress.sysbiolab.eu/)提供的Synechocystissp.PCC6803基因表达数据库中检索slr1205和fd1基因在不同实验条件下的转录情况ꎮ2㊀结果与分析2.1㊀集胞藻编码Fd ̄like蛋白基因的确定通过UniProt网站检索和序列比对ꎬ我们确定了Synechocystissp.PCC6803中的slr1205基因编码Fd ̄like蛋白ꎮ除此之外ꎬ序列比对结果显示Ssl3044和Ssr1041与Fd1的同源性较高ꎬ从进化树结果来看ꎬSlr1205与Fd8和Fd9的序列相似性较高ꎬSsr1041和Ssl3044与Fd5的序列相似程度最高(图1)ꎬSsl3044和Ssr1041注释显示与氢化酶有关ꎬ而氢化酶与呼吸作用密切相关ꎬ因此猜测注:集胞藻6803Fd家族蛋白的进化树通过MEGA6.1进行构建ꎬRuba为集胞藻6803红素氧还蛋白(Slr2033)ꎬ这里作为外群ꎮFlda为集胞藻6803黄素氧还蛋白(Slr0248)ꎮ图1㊀集胞藻PCC6803Fd家族蛋白的进化树分析Fig.1㊀PhylogeneticanalysisofSynechocystisPCC6803FdfamilyproteinsFd ̄like蛋白可能参与Synechocystissp.PCC6803的氢代谢和呼吸作用ꎬ本文将探索Slr1205在Synechocystissp.PCC6803中的生物功能ꎮ2.2㊀突变株鉴定通过PCR对突变藻株的基因型进行鉴定ꎬ用Δslr1205对应的鉴定引物Δslr1205 ̄R和Δslr1205 ̄F分别扩增Δslr1205和WT的总DNAꎬ结果显示ꎬΔslr1205只扩增出1条约为1.9kb的条带ꎬ对应的WT条带约为1.3kb(图2)ꎬ说明突变株的slr1205基因已被敲除ꎮ注:M为DNA分子量标准ꎬ左侧数值显示各条带的大小ꎮ图2㊀突变株的鉴定Fig.2㊀Theidentificationofmutant2.3㊀突变株和WT中fd1、slr1205基因的转录水平通过qPCR检测fd1㊁slr1205基因在WT和Δslr1205中的转录本ꎬ它们相对于内参基因rnpB的表达量见图3Aꎮ在WT中ꎬfd1转录本的含量比slr1205高很多ꎬ约是后者的11倍ꎮ而且ꎬKn基因在Δslr1205中的表达量比slr1205基因在WT中的表达量低(图3B㊁D)ꎬ所以Kn基因对突变株生长无显著影响ꎬ我们认为突变株的表型变化与Kn基因无关ꎮfd1的转录本在Δslr1205中的含量比在WT中低(图3C)ꎮslr1205的转录本在Δslr1205中几乎检测不到(图3D)ꎬ这也说明突变株已完全敲除了slr1205基因ꎮ2.4㊀突变株表型的探索为了确定初步摸索测试的条件ꎬ在CyanoExpress网站(http://cyanoexpress.sysbiolab.eu/)对slr1205基因表达情况进行了分析ꎮ由于fd1基因在Synechocystissp.PCC6803中是必不可27生物技术进展CurrentBiotechnology. All Rights Reserved.A:fd1㊁slr1205在WT中相对于内参基因rnpB的表达量ꎻB:Kn基因在WT㊁Δslr1205中的相对表达量ꎻC:fd1基因在WT㊁Δslr1205中的相对表达量ꎻD:slr1205基因在WT㊁Δslr1205中的相对表达量ꎮ图3㊀Δslr1205和WT中fd1、slr1205基因的转录水平Fig.3㊀Transcriptionlevelsoffd1andslr1205genesinΔslr1205andWT少的ꎬ所以我们以fd1基因做对照ꎬ引入表达分析(表2)ꎮ数据显示了不同条件下集胞藻PCC6803WT中基因在RNA水平的表达变化ꎬ数据库中包括了RNA ̄Seq和基因芯片的测试结果ꎮ相对于fd1㊁slr1205在低温㊁缺铁以及缺少无机元素碳㊁氮㊁磷时表达上调ꎬ根据实验室条件首先选择了不同浓度二氧化碳条件进行测试ꎬ观察突变株的生长表型ꎮ表2㊀基因在不同胁迫条件下的表达情况Table2㊀Geneexpressionindifferentstressconditions胁迫条件fd1slr1205slr1205/fd1低温胁迫(15ħ)-1.4783890.5913212.06971铁限制-1.5911170.0728221.663939强光0.413571-0.046535-0.46011黑暗-8.283767-11.664-3.38023热胁迫(42ħ)-4.077958-4.60872-0.53076静止期-2.975368-2.471710.503658缺C-3.061633-1.0102622.051371缺P-0.905371-0.3409480.564423缺N-1.6094-0.08991.5195㊀注:数字表示RNA水平表达的变化倍数ꎬ以log2表示ꎮ37董杰ꎬ等:集胞藻PCC6803类铁氧还蛋白Slr1205的功能研究. All Rights Reserved.2.5㊀不同二氧化碳浓度条件下突变株和WT的自养生长情况分别在空气水平CO2(LC)浓度和高CO2(HC)浓度的培养箱中培养WT和突变株ꎬ温度㊁光照强度㊁光照时间等其他条件均为正常培养条件ꎮ通过藻液的光密度生长曲线发现:在HC条件下培养时ꎬΔslr1205比WT生长缓慢ꎻ而LC条件下培养时ꎬWT和Δslr1205生长速度基本没有区别ꎮ两种条件下Δslr1205的藻液颜色比WT的偏黄(图4)ꎬ实验重复3次ꎬ趋势相同ꎮ2.6㊀不同营养条件下突变株和WT的生长情况如图5所示ꎬ先采用连续光照ꎬ分别用无添加(自养)㊁添加葡萄糖(+Gꎬ混合营养)㊁添加葡萄糖和DCMU(+G+DCMUꎬ光异养)的BG ̄11培养基培养WT和Δslr1205ꎬ对比生长情况发现:混合营养和光异养条件下Δslr1205生长速率比WT慢ꎬ特别是光异养条件下的表型更明显ꎮ如图6所示ꎬ在周期光条件下突变株和WT在3种营养状态下的生长表型与连续光照下相似ꎬ只是突变株与WT的差异更大ꎮ所有培养条件下ꎬ突变株藻液均比WT偏黄ꎮ实验重复了3次ꎬ趋势相同ꎮ2.7㊀突变株的光合作用和呼吸作用活性由于突变株的生长速率发生了变化ꎬ我们测定了自养㊁混合营养和光异养条件下培养的藻细胞的净光合作用和呼吸作用活性(表3)ꎬ结果表明:自养条件下Δslr1205的净光合和呼吸活性与WT相差不多ꎬ而混合营养条件下突变株的相应速率都明显低于WTꎻ光异养条件下Δslr1205的呼吸活性也低于WTꎮ图4㊀Δslr1205和WT在不同浓度二氧化碳条件下的生长情况Fig.4㊀GrowthofΔslr1205andWTculturedatdifferentCO2level图5㊀连续光照下Δslr1205和WT在补充有机碳源条件下的生长情况Fig.5㊀GrowthofΔslr1205andWTculturedinorganiccarbonsupplyundercontinuouslightconditions47生物技术进展CurrentBiotechnology. All Rights Reserved.图6㊀周期光下Δslr1205和WT在补充有机碳源条件下的生长情况Fig.6㊀GrowthofΔslr1205andWTculturedinorganiccarbonsupplyunderphotoperiod2.8㊀突变株类胡萝卜素和叶绿素的含量由于在各种培养条件下Δslr1205藻液的颜色均比WT偏黄ꎬ我们测定了自养㊁混合营养和光异养生长的WT和Δslr1205藻细胞中类胡萝卜素和叶绿素的浓度ꎬ并计算类胡萝卜素与叶绿素浓度的比值(表4)ꎮ结果显示ꎬ3种营养条件生长的Δslr1205的类胡萝卜素的相对含量均比WT有明显升高ꎮ2.9㊀突变株类囊体膜上主要光合蛋白的积累情况由于突变株Δslr1205的光合和呼吸活性发表3㊀Δslr1205和WT细胞的净光合和呼吸活性Table3㊀NetphotosynthesisandrespiratoryactivityofΔslr1205andWTcells/(μmolO2 mg-1Chl h-1)培养条件WTΔslr1205净光合作用自养428ʃ8384ʃ5混合营养427ʃ12294ʃ10呼吸作用自养15ʃ216ʃ2混合营养87ʃ274ʃ4异养78ʃ168ʃ2表4㊀不同条件下培养的藻细胞类胡萝卜素/叶绿素的相对含量Table4㊀Theratioofcarotenoids/chlorophyllinthecellsgrownunderdifferentconditions藻株-G+G+G+DCMUWT0.330.380.58Δslr12050.380.490.70生了明显变化ꎬ我们通过SDS ̄PAGE和Westernblot等生物化学方法对突变株和WT在自养㊁混合营养和光异养条件下类囊体膜蛋白的积累情况进行分析ꎮ从银染的SDS ̄PAGE胶图(图7)来看ꎬ分别比较3种营养条件下培养的突变株和WTꎬ高丰度膜蛋白的表达并无明显差异ꎮ利用Westernblot检测NDH ̄1复合体的表达情况发现:在自养条件下ꎬ突变株中NdhK的含量与WT基本相同ꎬ而在混合营养和光异养条件下的含量则明显少于WT(图7)ꎬ这与Δslr1205的呼吸活性(表3)和生长速率(图5)都低于WT是一致的ꎮATP合成酶蛋白亚基AtpB作为Westernblot的内参ꎬ突变株和WT之间无明显差异ꎮ2.10㊀突变株和WT不同类型NDH ̄1复合体的积累情况图7显示ꎬΔslr1205在混合营养和光异养条件下的NdhK蛋白明显减少ꎮ由于蓝藻具有多种不同形式和功能的NDH ̄1复合体ꎬSDS ̄PAGE无法区分它们ꎬ因此ꎬ我们采用BN ̄PAGE结合Westernblot进一步分析不同形式的NDH ̄1复合体在WT和Δslr1205中的积累情况ꎮ结果表明ꎬ在自养条件下ꎬ参与CO2吸收的NDH ̄1M含量较多ꎬNDH ̄1L较少ꎬ突变株与WT之间并没有明显差异ꎮ在光异养条件下(+G+DCMU)ꎬNDH ̄1L是主要的NDH ̄1复合体形式ꎬ二氧化碳的吸收被抑制ꎬNDH ̄1M仅有极少量ꎮ混合营养条件下这两种NDH ̄1复合体的含量介于自养和光异养之间ꎮ在含有葡萄糖时ꎬΔslr1205中的NDH ̄1L复57董杰ꎬ等:集胞藻PCC6803类铁氧还蛋白Slr1205的功能研究. All Rights Reserved.合体的含量明显比WT少(图8)ꎬ这与SDS ̄PAGE的Western ̄blot(图7)结果是一致的ꎮNDH ̄1L注:采用12%含有6mol L-1尿素的SDS ̄PAGE分离类囊体膜蛋白样品ꎬ每条泳道的上样量为5μg蛋白ꎬ图片自上而下分别为银染的PAGE胶㊁AtpB和NdhK特异性抗体的免疫印迹ꎮ图7㊀WT和Δslr1205在自养㊁混合营养和光异养条件下类囊体膜蛋白的积累Fig.7㊀AccumulationofthylakoidmembraneproteinsintheWTandΔslr1205grownunderautotrophicꎬmixotrophicandphotoherterotrophicconditions参与蓝藻的呼吸作用ꎬ这也解释了为何在含G条件下Δslr1205的呼吸活性比WT低ꎮ较低的呼吸活性很可能是Δslr1205的生长速率比WT慢的主要原因之一ꎮ3㊀讨论通过观察在多种培养条件下的WT和Δslr1205的生长情况ꎬ我们发现在添加G和G+DCMU的BG ̄11培养基和高二氧化碳条件下培养的Δslr1205的生长速率均比WT慢ꎬ二氧化碳是蓝藻光合自养的无机碳源ꎬ而葡萄糖是有机碳源ꎮ在碳源充足时ꎬ蓝藻的生长速率也会随之增加ꎬ但突变株的增幅却小于WTꎬ我们将对产生这一现象的可能原因进行分析ꎮ3.1㊀Slr1205蛋白影响藻株的生长速率在本研究构建的Δslr1205中几乎检测不到slr1205基因的mRNAꎬ说明该藻株是完全敲除突变株ꎬ适宜用于Slr1205蛋白功能的研究ꎮ从WT中fd1和slr1205的转录情况发现ꎬslr1205基因的转录水平比fd1低ꎬ约是fd1的14%ꎮ通过qPCR的鉴定ꎬ我们发现fd1基因在Δslr1205中的转录水平有所下降ꎬFd1蛋白是蓝藻进行光合作用所必需的蛋白ꎬ参与光合线性电子传递最后一步还原力NADPH的产生ꎮ它的表达量降低ꎬ可能直接影响了Δslr1205中NADPH的合成ꎬ进而影响藻株的合成代谢速率ꎮΔslr1205中fd1基因下调可能是其生长速率降低的直接原因ꎮ类胡萝卜素具有抗氧化作用ꎬ参与光合系统的保护功能[22]ꎮA:BN胶ꎻB:NdhK抗体的免疫印迹ꎮ类囊体膜蛋白样品采用BN ̄PAGE分离ꎬ每条泳道的上样量为2μg叶绿素ꎮ图8㊀WT和Δslr1205在不同营养条件下的类囊体膜蛋白复合体Fig.8㊀ThylakoidmembraneproteincomplexesofWTandΔslr1205grownunderdifferentnutritionalcondition67生物技术进展CurrentBiotechnology. All Rights Reserved.突变株中的类胡萝卜素上升可能是其应对光合活性改变的一种补偿机制ꎮ3.2㊀Slr1205蛋白影响藻株对碳元素的利用本研究数据表明ꎬ无论是添加无机碳源CO2(HC自养)还是添加有机碳源葡萄糖(混合营养和光异养)ꎬΔslr1205均比WT生长慢ꎮ无机碳源是光合作用的底物ꎬ有机碳源葡萄糖是呼吸作用的底物ꎮΔslr1205在混合营养条件下的净光合速率和呼吸速率都明显低于WTꎬ说明敲除slr1205同时改变了藻株的光合作用和呼吸作用活性ꎬ这可能是突变株不能有效地利用碳源的原因之一ꎮ3.3㊀Slr1205蛋白与藻株的呼吸作用有关光合作用的光合磷酸化和呼吸作用的氧化磷酸化是光合生物两大重要产能途径ꎮ在光异养条件下ꎬ产能途径只有光合循环电子传递和呼吸作用ꎬΔslr1205的生长速率仍然比WT慢ꎬ这说明光合线性电子传递不是影响突变株生长的主要因素ꎮ在培养条件中进一步加入黑暗周期ꎬΔslr1205与WT生长速率差异加大ꎮ由于黑暗下的产能途径仅有呼吸作用ꎬ因此我们认为呼吸作用可能是导致Δslr1205生长缓慢的主要原因ꎮ蓝藻的NDH ̄1复合体参与细胞呼吸ꎬ其中的NDH ̄1L复合体对于Synechocystissp.PCC6803以葡萄糖为碳源的光异养生长至关重要[3]ꎮ在混合营养和光异养条件下ꎬΔslr1205中的NDH ̄1L复合体含量明显减少ꎬ这与Δslr1205的呼吸速率更低是一致的ꎬ说明Fd ̄like蛋白Slr1205对呼吸作用活性具有正调控作用ꎮ有些非光合细菌的Fd ̄like蛋白直接参与了呼吸作用[15]ꎬ本研究结果证明ꎬFd ̄like蛋白的这方面功能在蓝藻中也是保守的ꎮ综上研究ꎬ我们发现Synechocystissp.PCC6803中的Fd ̄like蛋白Slr1205通过调控Fd1的表达量ꎬ保证了蓝藻中NADPH正常合成ꎬ从而使得光合作用线性电子传递链正常进行和生物合成代谢所需还原力的积累ꎮ同时ꎬ通过调节呼吸电子传递链中的重要复合体NDH ̄1L参与呼吸作用ꎬ从而平衡蓝藻中的能量代谢ꎮ总之ꎬFd ̄like蛋白Slr1205主要通过调控呼吸作用维持Synechocystissp.PCC6803能量代谢平衡ꎬ同时也通过调节Fd1和类胡萝卜素含量影响藻株的光合作用和抗胁迫能力ꎬ起到优化光合作用的功能ꎬ具体的作用机理还需要进一步深入研究ꎮ本研究的发现表明ꎬ平衡光合作用和呼吸作用活性有望作为光合生物增产抗逆的途径之一ꎮ参㊀考㊀文㊀献[1]㊀SCHOPFJWꎬWALTERMR.OriginandEarlyEvolutionofCyanobacteria:theGeologicalEvidence.InTheBiologyofCya ̄nobacteria[M].OxfordꎬUK:BlackwellScientificPublisherꎬ1982ꎬ543-564.[2]㊀TAKAKAZUKꎬSHUSEISꎬHIROKAZUKꎬetal..SequenceanalysisofthegenomeofthennicellularcyanobacteriumSyne ̄chocystissp.strainPCC6803.II.Sequencedeterminationoftheentiregenomeandassignmentofpotentialprotein ̄codingregions(Supplement)[J].DNARes.ꎬ1996ꎬ3(3):185-209.[3]㊀ZHANGPꎬBATTCHIKOVANꎬJANSENTꎬetal..ExpressionandfunctionalrolesofthetwodistinctNDH ̄1com ̄plexesandthecarbonacquisitioncomplexNdhD3/NdhF3/Cu ̄pA/Sll1735inSynechocystissp.PCC6803[J].PlantCellꎬ2004ꎬ16(12):3326-3340.[4]㊀HOWITTCAꎬUDALLPKꎬVERMAASWFJ.Type2NADHdehydrogenasesinthecyanobacteriumSynechocystissp.strainPCC6803areinvolvedinregulationratherthanrespiration[J].J.Bacteriol.ꎬ1999ꎬ181(13):3994-4003. [5]㊀COOLEYJWꎬVERMAASWF.SuccinatedehydrogenaseandotherrespiratorypathwaysinthylakoidmembranesofSynecho ̄cystissp.strainPCC6803:capacitycomparisonsandphysio ̄logicalfunction[J].J.Bacteriol.ꎬ2001ꎬ183(14):4251-4258.[6]㊀NOMMEJꎬFANNINGASꎬCAFFREYMꎬetal..TheSrcho ̄mology3domainisrequiredforjunctionaladhesionmoleculebindingtothethirdPDZdomainofthescaffoldingproteinZO ̄1[J].J.Biol.Chem.ꎬ2011ꎬ286(50):43352-43360. [7]㊀SCHRAUTEMEIERBꎬBÖHMEH.AdistinctferredoxinfornitrogenfixationisolatedfromheterocystsofthecyanobacteriumAnabaenavariabilis[J].FEBSLett.ꎬ1985ꎬ184(2):304-308.[8]㊀VORPHALAꎬMARÍAAꎬBRUNACꎬetal..MolecularandfunctionalcharacterizationofferredoxinNADP(H)oxidoreduc ̄tasefromGracilariachilensisanditscomplexwithferredoxin[J/OL].Biol.Res.ꎬ2017ꎬ50(1):39[2021-01-06].ht ̄tp://org.doi/10.1111/j.1365-313X.2004.02302.x. [9]㊀CASSIER ̄CHAUVATCꎬCHAUVATF.FunctionandregulationofferredoxinsinthecyanobacteriumꎬSynechocystisPCC6803:recentadvances[J].Life(Basel)ꎬ2014ꎬ4(4):666-680.[10]㊀PONCELETMꎬCASSIER ̄CHAUVATCꎬLESCHELLEXꎬetal..Targeteddeletionandmutationalanalysisoftheessential(2Fe ̄2S)plant ̄likeferredoxininSynechocystisPCC6803byplasmidshuffling[J].Mol.Microbiol.ꎬ1998ꎬ28(4):813-821.[11]㊀GUTEKUNSTKꎬCHENXꎬSCHREIBERKꎬetal..TheBidi ̄rectionalNiFe ̄hydrogenaseinSynechocystissp.PCC6803isreducedbyflavodoxinandferredoxinandisessentialunder77董杰ꎬ等:集胞藻PCC6803类铁氧还蛋白Slr1205的功能研究. All Rights Reserved.mixotrophicꎬnitrate ̄limitingconditions[J].J.Biol.Chem.ꎬ2014ꎬ289(4):1930-1937.[12]㊀MUSTILAHꎬALLAHVERDIYEVAYꎬISOJÄRVIJꎬetal..Thebacterial ̄type[4Fe ̄4S]ferredoxin7hasaregulatoryfunc ̄tionunderphotooxidativestressconditionsinthecyanobacteriumSynechocystissp.PCC6803[J].BBA ̄Bioen ̄erg.ꎬ2014ꎬ1837(8):1293-1304.[13]㊀MARTEYNBꎬDOMAINFꎬLEGRAINPꎬetal..Thethiore ̄doxinreductase ̄glutaredoxins ̄ferredoxincrossroadpathwayforselenatetoleranceinSynechocystisPCC6803[J].Mol.Micro ̄biol.ꎬ2009ꎬ71(2):520-532.[14]㊀MAIERTꎬBINDERUꎬBÖCKA.AnalysisofthehydAlocusofEscherichiacoli:twogenes(hydNandhypF)involvedinformateandhydrogenmetabolism[J].Arch.Microbiol.ꎬ1996ꎬ165(5):333-341.[15]㊀NILAVONGSEAꎬBRONDIJKTHCꎬOVERTONTWꎬetal..TheNapFproteinoftheEscherichiacoliperiplasmicni ̄tratereductasesystem:demonstrationofacytoplasmiclocationandinteractionwiththecatalyticsubunitꎬNapA[J].Microbi ̄ologyꎬ2006ꎬ152(11):3227-3237.[16]㊀CHANGHꎬHUANGHEꎬCHENGCFꎬetal..Constitutiveexpressionofaplantferredoxin ̄likeprotein(pflp)enhancescapacityofphotosyntheticcarbonassimilationinrice(Oryzasativa)[J].Transg.Res.ꎬ2017ꎬ26(2):279-289. [17]㊀ZHANGPꎬSICORACIꎬVORONTSOVANꎬetal..FtsHpro ̄teaseisrequiredforinductionofinorganiccarbonacquisitioncomplexesinSynechocystissp.PCC6803[J].Mol.Microbiol.ꎬ2007ꎬ65(3):728-740.[18]㊀JIAXHꎬZHANGPPꎬSHIDJꎬetal..RegulationofpepcgeneexpressioninAnabaenasp.PCC7120anditseffectsoncyclicelectronflowaroundphotosystemIandtolerancestoen ̄vironmentalstresses[J].J.Integr.PlantBiol.ꎬ2015ꎬ57(5):468-476.[19]㊀LICHTENTHALERHK.Chlorophyllsandcarotenoids:pigmentsofphotosyntheticbiomembranes[J].MethodsEnzy ̄mol.ꎬ1987ꎬ148:350-382.[20]㊀TYYSTJÄRVITꎬTUOMINENIꎬHERRANENMꎬetal..ActionspectrumofpsbAgenetranscriptionissimilartothatofphotoinhibitioninSynechocystissp.PCC6803[J].FEBSLett.ꎬ2002ꎬ516(1-3):167-171.[21]㊀BLUMHꎬBEIERHꎬGROSSJH.ImprovedsilverstainingofplantproteinsꎬRNAandDNAinpolyacrylamidegels[J].E ̄lectrophoresisꎬ1987ꎬ8:93-99.[22]㊀DEMMIGBꎬADAMSZW.Theroleofxanthophyllcyclecarot ̄enoidsintheprotectionofphotosynthesis[J].TrendsPlantSci.ꎬ1996ꎬ1(1):21-26.87生物技术进展CurrentBiotechnology. All Rights Reserved.。

S2P蛋白酶在集胞藻PCC6803胁迫响应中的功能

S2P蛋白酶在集胞藻PCC6803胁迫响应中的功能

S2P蛋白酶在集胞藻PCC6803胁迫响应中的功能集胞藻作为地球上最古老的能进行光合自养的原核生物,在长期遗传和进化过程中,对外界环境产生了广泛的适应性,因此近年来成为研究胁迫响应的模式生物。

过去的研究表明,集胞藻响应变化的环境条件是通过上调或下调一系列功能基因的表达来实现的,但这些功能基因是如何被激活而引发调控的,至今还有很多谜团。

因此鉴定转录调控元件和响应胁迫的信号转导通路是揭示胁迫响应机制的关键。

之前的研究表明,二位蛋白酶(site-2-protease, S2P)介导的受控的膜内蛋白水解机制被认为是细菌逆境胁迫响应的重要信号转导途径。

集胞藻PCC6803中有四个S2P同源蛋白:Slr0643,Sll0862,Sll0528,Slr1821,但其功能未知。

为了揭示S2P蛋白酶在集胞藻PCC6803胁迫响应中的功能,本文开展了如下研究:1.通过基因组重测序,总结了集胞藻PCC6803野生型和△slr0643突变体与参考序列相同和差异的突变位点,分析了突变与表型之间的联系,探讨了不同种集胞藻的进化关系,证实了△slr0643突变体敲除成功。

2.通过表型分析,发现在光合自养条件下△slr0643突变体可以正常生长,但在2.5mM葡萄糖混合营养胁迫时突变体生长停滞。

进一步详尽的生理学分析发现,△slr0643突变体的各项生理生化指标与野生型相比均有明显差异。

以上结果提示slr0643在葡萄糖混养胁迫下具有重要功能。

3.利用转录组测序分析野生型和△slr0643突变体在光合自养和2.5mM葡萄糖混养胁迫下表达谱的变化,发现50%胁迫诱导的基因和67.9%胁迫抑制的基因是依赖于slr0643,这说明slr0643基因对于调节葡萄糖混养胁迫下基因的表达十分重要。

另外,△slr0643突变体中光合作用和呼吸作用下调,细胞分裂减少,胞内毒性增加可能是导致突变体在葡萄糖混养下生长停滞的主要原因。

4.为了进一步分析S2P在逆境胁迫响应中的功能,系统地考察了集胞藻PCC6803中4个S2P和细胞质外功能σ因子(Extracytoplasmic Function sigma factor,ECF σ因子)在各种胁迫条件下随时间推进的表达谱变化。

集胞藻pcc6803染色体上irelnes(issr1114slr0664i)ita系统的反馈..

集胞藻pcc6803染色体上irelnes(issr1114slr0664i)ita系统的反馈..

孙亮华,刘帅兵,赵卫飞.集胞藻PCC6803染色体上relNEs(ssr1114/slr0664)TA系统的反馈调控作用[J].江苏农业科学,2014,42(9):40-42.集胞藻PCC6803染色体上relNEs(ssr1114/slr0664)TA系统的反馈调控作用孙亮华,刘帅兵,赵卫飞(江苏大学环境与安全工程学院,江苏镇江212013) 摘要:细菌染色体上的毒素-抗毒素(toxin-antitoxin,TA)系统通过转录水平和转录后水平调控毒素活性,从而控制细胞的生长速度和死亡,使细菌适应各种环境胁迫。

为了证明集胞藻PCC6803染色体上relNEsTA系统的转录调控,构建了以无启动子的β-半乳糖苷酶(lacZ)基因为报告基因的重组质粒,并测定含转录融合重组质粒的大肠杆菌细胞的β-半乳糖苷酶活性。

结果表明,抗毒素RelN能显著抑制relNEs启动子的转录活性,而毒素RelEs能部分减弱这种抑制作用,提示relNEs系统的编码产物对该操纵子具有反馈调控作用。

关键词:集胞藻;染色体;毒素-抗毒素系统;relNEs;转录调控;转录融合重组质粒;β-半乳糖苷酶活性 中图分类号:Q756 文献标志码:A 文章编号:1002-1302(2014)09-0040-03收稿日期:2013-12-09基金项目:国家自然科学基金(编号:30771176)。

作者简介:孙亮华(1987—),男,河南信阳人,硕士研究生,主要从事环境微生物(蓝藻)方面的研究。

E-mail:slhyspa@163.com。

通信作者:刘朝莹,博士,主要从事环境微生物学的教学研究工作。

E-mail:melinka@163.com。

毒素-抗毒素系统(toxin-antitoxinsystem,TA)由位于同一操纵子中的抗毒素基因和毒素基因构成,二者共同表达[1]。

其中抗毒素基因编码不稳定的抗毒素蛋白,毒素基因编码稳定的毒素蛋白;抗毒素基因编码的毒素蛋白可被依赖ATP的蛋白酶降解成不稳定的抗毒素蛋白,与毒素蛋白相互作用形成TA复合体,可抑制毒素的细胞毒性。

集胞藻PCC6803高产精氨酸藻株的紫外诱变选育

集胞藻PCC6803高产精氨酸藻株的紫外诱变选育

集胞藻PCC6803高产精氨酸藻株的紫外诱变选育戢水玲;高宏【期刊名称】《水生生物学报》【年(卷),期】2018(42)3【摘要】精氨酸在医药和食品工业上具有广泛用途.集胞藻PCC 6803是单细胞蓝藻, 能利用工业废气(主要成分是氮氧化物NOx)与水反应生成的硝酸盐和亚硝酸盐合成氨基酸等化合物, 因而选育高产精氨酸藻株, 不仅能提高精氨酸产量, 而且能去除工业废气中的NOx, 具有潜在的应用前景.研究在集胞藻PCC 6803中利用紫外诱变, 筛选抗0.8 g/L D-精氨酸和抗0.2 g/L 6-氮尿嘧啶的突变株, 选育到了一株精氨酸产量显著提高的突变株#13807-111-55, 它每OD730值细胞的胞外精氨酸产量相比出发株提高了62.3倍, 达到(0.76±0.1) mg/(L·OD730),总精氨酸产量相比出发株提高了6.0倍, 达到(0.82±0.08) mg/(L·OD730).该突变株每OD730值细胞的胞外精氨酸产量明显高于胞内, 表明该突变藻株是精氨酸分泌型, 因而具有潜在的应用前景.%Arginine has been widely used in medicine and food industry.Synechocystis sp.PCC 6803,a unicellular cya-nobacterium, synthesize amino acids and other compounds using nitrate or nitrite as the nitrogen source. In flue gases released by industrial production,NOx(nitrogen oxides) can react with water to form nitrate and nitrite, which can be utilized by cyanobacteria.Hence,creating high arginine producing strain of Synechocystis sp.PCC 6803 has a strong application prospects, in denitrification of industrial flue gases. This study reported the successful creation of a high ar-ginine producing strain#13807-111-55 ofSynechocystis sp.PCC 6803 by 0.8 g/L D-arginine and 0.2 g/L 6-azaruacil resistant mutants with UV mutagenesis. Compared with the parent strain #13807, extracellular arginine production per OD730of #13807-111-55 increased 62.3-fold, reaching (0.76±0.1) mg/(L·OD730). Total arginine production per OD730 of #13807-111-55 increased about 6.0-fold, reaching (0.82±0.08) mg/(L·OD730). Extracellular arginine production per OD730of the mutant was significantly higher than that of intracellular, showing that the strain was the arginine-secret-ing mutant with strong production potential.【总页数】6页(P635-640)【作者】戢水玲;高宏【作者单位】中国科学院水生生物研究所, 中国科学院藻类生物学重点实验室, 武汉 430072;中国科学院大学, 北京 100049;中国科学院水生生物研究所, 中国科学院藻类生物学重点实验室, 武汉 430072【正文语种】中文【中图分类】S968.4【相关文献】1.集胞藻PCC6803基因ssl1690缺失突变株的构建 [J], 陈思礼;镇慧2.钝顶节旋藻高产藻株的诱变选育 [J], 刘奇;臧晓南;张学成3.12C6+离子束诱变选育温度耐受螺旋藻高产藻株及其培养条件的优化 [J], 王丽娟; 郑天翔; 杨宋琪; 李欣; 罗光宏4.利用UV和EMS诱变选育高产油微藻藻株的研究 [J], 沈丹丹;杨芳芳;万凌琳;李爱芬;张成武5.集胞藻PCC6803中N-乙酰鸟氨酸转氨酶的生化表征及结构分析 [J], 白福美;李至敏;王小琴;胡紫微;鲍玲玲;李志敏因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。

价值微藻转化系统的构建及集胞藻PCC 6803假定蛋白功能预测雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)和寇氏隐甲藻(Crypthecodinium cohnii)是两种重要的价值微藻。

其中,雨生红球藻是天然虾青素(Astaxanthin)的重要来源,寇氏隐甲藻已被广泛应用于工业生产二十二碳六烯酸(Docosahexaenoic Acid)。

为提高目标产物产率并降低生产成本,我们旨在开发基于同源重组与电击转化的遗传操作系统。

在本研究中:1)确定了多种抗生素对目的藻株的作用浓度。

在固体和液体培养基中20μg/m L草丁膦可抑制雨生红球藻的生长,在固体培养基中40μg/m L 潮霉素B可对寇氏隐甲藻的生长产生抑制作用;2)PCR克隆目的基因片段。

采用融合PCR方法构建了两种类型的外源基因片段,一种包含18S上游基因、抗性基因盒和18S下游基因三种基因片段,另一种包含18S上游基因、抗性基因和18S 下游基因三种基因片段;3)优化了电击条件并进行真核微藻的电击转化。

结果表明,在2 mm电击杯、1.2 kV电压、25μF电容、200Ω条件下可将含草丁膦抗性基因盒(bar cassette)的外源基因片段转入雨生红球藻中。

以基因组DNA为模板进行PCR验证了bar基因整合到了染色体上。

然而,在潮霉素B抗性平板筛选转化子并未得到寇氏隐甲藻藻落。

假定蛋白功能推测已成为后基因组时代的重要研究内容,对其功能信息的缺失阻碍了对微生物生理遗传研究的深入。

本研究中,我们提出了一套基于组学数据和蛋白相互作用数据的假定蛋白功能网络预测方案。

该方案包括两个步骤:1)利用不同胁迫条件下的集胞藻PCC 6803(Synechocystis sp.PCC 6803)蛋白组和转录组数据建立共表达网络,之后与蛋白相互作用网络整合构建双色网络;2)针对双色网络,应用全局传播算法进行假定蛋白功能推测。

该算法可将基因/蛋白与已知基因本体功能分类的联系进行排序,并认为每种功能分类下,首位假定蛋白可能与该功能有关。

研究结果表明,应用此方案可给予集胞藻122个假定蛋白分配可能的功能。

最后,应用操纵子生物信息进行验证,结果表明,应用此方案进行假定蛋白功能推测的准确率高达70%。

本研究提出的整合多种组学数据进行假定蛋白功能预测的方案,为集胞藻代谢研究提供了新角度。

相关文档
最新文档