金黄色葡萄球菌分子流行病学研究

分子流行病学研究方法
以测序为基础的方法：多位点序列分型（MLST）， 选择7个管家基因分别用PCR扩增，然后进行测序, 比较多态位点的不同，得到不同的等位基因谱， 再由专业软件进行分析和分型。 由于每一个管家基因都有很多等位基因，由7个管 家基因排列的等位基因谱可达到2×1010个，所以 不同菌株间具有相同的等位基因谱的可能性极小， 也就是说具有相同等位基因谱的细菌被认为是来 源于同一个祖先的细菌。
27 19 2 2 2 2 2 1 1
43.55 30.65 3.22 3.22 3.22 3.22 3.22 1.61 1.61
25
182 1226 1296
IV
I IV I
25
182 25 8
1
1 1 1
1.61
1.61 1.61 1.61
住院患者h-VRSA菌株MLST分型
菌株 ST型 SCCmec CC 株数 构成比(%)
141株MRSA SCCmec分型 与抗生素耐药性比较
100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 II型 n=34 III型 n=102 IV型 n=5
VAN LNZ QDA RIF SXT TCY LVX GEN CLI ERY CZO OXA AMP PEN
结果分析
141株MRSA SCCmec分型结果显示，Ⅲ型 102株（占72.3％），Ⅱ型34株（24.1%）， Ⅳ型5株（2.8％）；细菌耐药率分析显示 Ⅲ型> Ⅱ型> Ⅳ型。 MRSA多重耐药表型与 SCCmec基因盒的结构相关 。
59
188
59
1
1
1
398
6 20 30
398
6 20 30
1
1 1 1
住院患者MRSA菌株MLST分型
菌株 ST型 SCCmec CC 株数 构成比(%)
MRSA-IP （62株）
239 5 1 88 398 307 399 6 15
Ⅲ II IV II II Ⅲ Ⅲ II II
8 5 1 8Hale Waihona Puke Baidu 398 * 121 6 15
讨论与小结
住院患者感染的MRSA，以ST239型（属国 际流行株 Brazilian/ Hungarian株）和ST5 型（属国际流行株NewYork/Japan株） 两个 国际流行株为主，分别占43.5%和30.6%。 说明住院患者感染的MRSA不是由于MSSA 在治疗过程中产生的耐药，而是由于MRSA 流行株的克隆传播，是由医院感染所引起的
结果分析
研究表明：MRSA存在医、患和物品之间相 互传播的现象；也可通过手－鼻途径自身 接种、并定植，使MRSA长期存在，难以清 除 接触传播是主要传播途径，其重要性远远 大于空气传播。
预防MRSA传播—手卫生
英国预防MRSA传播的新措施
SCCmec分型多重PCR扩增 产物电泳图谱
M为DL100DNAmarker，I，II，III，IV，V分别为NCTC10042（SCCmecI型）、N315 （SCCmecII型）、85/2080（SCCmecIII型）、JCSC4744（SCCmecIV型）、HS663 （SCCmecⅤ型），1为SCCmecIII型，2为SCCmecIV型。
门诊患者MSSA菌株MLST分型
菌株 ST型 CC 株数 构成比(%)
121 121 6 60.00
MSSAOP （10株）
88 221
88 5
3 1
30.00 10.00
住院患者MSSA菌株MLST分型
菌株
MSSA-IP （10株）
ST型 88
7
CC 88
7
株数
2 2
构成比(%)
20.00 20.00 10.00 10.00 10.00 10.00 10.00 10.00
Enright等将MLST分型与SCCmec分型结合 对MRSA的遗传学特征和耐药基因盒特征进 行综合描述，用该方法对来自20个国家的 359株MRSA进行研究,发现主要有5个基因 型流行。
SCCmec 分型与结构
我们的研究内容
ICU病区MRSA病原学监测 分子流行病学研究
–随机引物扩增DNA（RAPD）：比较分离菌之间的 同源性关系 –多位点序列分型（MLST）：比较本地流行株与 国际流行株之间的关系
239
88 h-VRSA （13株）
Ⅲ
Ⅲ
8
88
7
2
53.85
15.38
241
5 121
Ⅲ
II Ⅲ
8
5 121
2
1 1
15.38
7.69 7.69
结果分析
门诊患者感染的MSSA主要基因型为ST121 （60％）；而住院患者感染的MSSA基因 型复杂多样，没有优势基因型流行，说明 在医院环境中MSSA不能长期存活，不易造 成传播和流行，多表现为散发感染。
–79份医、患人员标本中，有24份分离出MRSA， 检出率为30.4%。 –52份环境标本中有7份检出MRSA（13.5%） –15份空气标本中未检出MRSA。
ICU病区MRSA监测结果表明：MRSA在人群中 的定植远远高于环境；人是MRSA的主要储 菌库。
结果分析
–RAPD分型结果显示，MRSA主要分为3个型别 –第一型：20株细菌，来自10名医护人员，2名 患者和3份环境标本 –第二型：4株细菌，1株来自医师， 3株来自源 于同一患者 –第三型：7株细菌，3株来自患者， 3株来源于 环境
MLST分型
MLST分型的主要优势是监测结果精确， 分辨力强，并且已经建立了国际数据 库网站http://www.mlst.net，各实验 室的研究资料可以在网上进行比对， 使不同时间、不同实验室的检测结果 间有可比性，适用于大规模和长期的 流行病学监测。
MLST与SA遗传背景分析
MLST与SCCmec分型
金黄色葡萄球菌 分子流行病学研究
研究背景
耐药菌的传播是不分国界的！
分子流行病学研究方法
以电泳为基础的方法：随机扩增DNA多态性 （RAPD），重复序列PCR（rep-PCR）， 脉冲场凝胶电泳 （PFGE），限制性酶谱 （REA），扩增片段长度多态性(AFLP) 方法简单方便，成本较低 但一般仅适用于对同一批标本的检测结果进 行比较，不能与其他实验室的结果进行比较， 不能了解不同地区流行的菌株之间是否有亲 缘关系
研究结果
ICU病区MRSA监测结果
标本来源 及数量 *人群 （28例，79份） *环境（52） 阳性数 阳性率 （％） 30.38 阳性个体 个体带菌率 (%) 数 16 57.14
24
7
13.46
/
/
空气（15）
0
0.00
/
/
ICU病区分离的MRSA 菌株RAPDPCR扩增电泳图谱
结果分析