3、微生物分类与命名

第三章微生物的分类(1.0～1.5学时)

[内容提要]细菌的分类以种为基本单位，它的命名遵循“双名法“，用拉丁文。什么是细菌的分类鉴定参照的标准，长期以来主要是根据其表型，目前则多考虑其种系发生关系，从基因水平进行分类，主要采取测定DNA碱基（G+C）mol%值、核酸分子杂交及16S rRNA 寡核苷酸编目等方法，尤其以后者最为常用。分类的方法除用传统的双歧检索条目法外，目前普遍采用数值分类方法。《伯吉氏系统细菌学手册》及《伯吉氏细菌鉴定手册》建立了细菌分类的公认体系。“国际系统细菌学杂志”反映分类的最新研究成果。根据表型特征建立了一套动物致病菌检测程序，商品化的快速鉴定系统已应用于常规细菌学鉴定。

细菌作为自然界中的生物广泛存在，而且不断进化和发展，种类繁多，性质各异。人类出于认识自然的需要，对包括细菌在内的各种生物进行了分类和命名，并已形成了既定的体系和公认的准则。将所有生物按其亲缘关系的亲疏和性状的相似程度，逐级归并划分为各种等阶的类群，建立起界(Kingdom)、门(Phylum)、纲(Class)、目(Order)、科(Family)、属(Genus)、种(Species)，以及有时在种下再分型(Type)的分类等阶。在中间型过多而上述等阶不够用时，可曾设各级亚类，如亚门、亚纲、亚目、亚科、亚属、亚种和亚型等。

对整个生物的划分，有五界和六界划分两种观点，前者是将整个生物划分成动物界、植物界、真菌界、原核生物界和病毒界，而后者是将动物界中的原生动物另立一界，即原生生物界。

第一节细菌的分类地位

细菌归属原核生物（Procaryote）界。在原核生物中，细菌（Bacteria，又称真细菌Eubacteria）和古细菌（Archaea）是性质有别的两大类。古细菌是一个独特的系统进化类别，其成员产甲烷、极端耐盐、高度嗜热，细胞壁组成与细菌不同。这些极端微生物被认为是生物进化过程中的早期产物，因此称之为古细菌。

细菌作为另一个系统进化类别的原核生物，它包括对动物和人具有致病作用的衣原体、立克次体、霉形体、螺旋体、放线菌等，此外还涉及蓝细菌、紫色光合细菌等（图7-1）。

细菌的分类单元有纲、目、科、属、种，但是最重要、最基本的单元是种，其次是属。科及其以上的划分在细菌学不太完善，而且随着研究的深入，科、属的划分会有变动。

1. 属（genera ，单数genus ）：是具有共同性状的若干种的组合，应与其它属有明显的差异。不同属之间的16S rRNA 序列有较大的差异，但尚未提出差异的量化标准。

2. 种（species ）：是细菌学分类的最基本单元，种可认为是一群性质相似的菌株，它与其它菌株群体有明显差异。种的概念比较抽象，根据表型特征，并不容易界定。专家建议，根据16S 核糖体RNA 序列的异同，可作为定种的依据。凡是16S rRNA 序列同源性大于97%的两株细菌，即可确定为同一种。

3. 菌株（strain ）：是不同来源的某一种细菌的纯培养物。同一种细菌可有许多菌株，其主要性状应完全相同，其次要性状可稍有差异。菌株的名称没有一定的规定，通常用地名或动物名的缩写加编号作菌株名。

第二节 细菌的命名

细菌的命名依据“国际细菌命名法规”（The International Code of Nomenclature of Bacteria ）的规定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。所谓“双名法”就是每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属名第一个字母必须大写，其余均应小字，即使种名是以人名或地名命名的，种名头一个字母也用小写。整个属名及种名在出版物中应排成斜体。细菌的中文译名与拉丁名正好相反，将种名在前，属名在后。常见细菌命名中一些规则和应注意的事项如下：

1. 出现在分类学文献中的细菌拉丁文学名，在属名和种名之后，往往还要加上首次定名人（加括号）、现名定名人和现名定名年份，这些均用正体排字。但在一般兽医学及医学微生图7-1 细菌的系统进化树（据Madigan ）

（根据16S rRNA 寡核苷酸编目绘制）

蓝细菌（C yanobacteria ）

革兰氏阳性细菌

（Gram-positive bacteria ）

衣原体 （Chlamydiae ） 浮霉状菌及相关细菌 （Planctomyces and relatives ） 拟杆菌（Bacteroides ）

黄杆菌（Flavobacteria ）

螺旋体

（Spirochetes ）

异常球菌及相关细菌

（Deinococci and relatives ） 绿非硫细菌

（Green nonsulfur bacteria ）

栖热袍菌

（Thermotoga ） 产液菌/氢杆菌

（Aquifex/Hydrogenobacter ）

紫色光合细菌

（Purple bacteria ） 绿硫细菌 （Green sulfur bacteria ）

物学文献中，属名和种名之后的部分均予省略。例如大肠埃希菌的学名全名是：Escherichia coli （Migula）Castellani et Chalmers 1919，指的是Migula于1895年命名此菌为Bacillus coli，Castellani及Chalmers于1919年改为现名的。

2. 拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规则读念，但由于受英语的影响，不少人是按英语的读法来读细菌拉丁文名，在国际学术交流中常常遭遇。

3. 只确定属名、未确定种名的某一株细菌，其拉丁文学名可在属名之后加sp.（正体字）；如果同属未定种名的若干菌株，则用spp.取代sp.，spp.为species复数的简写。

4. 如果是新种，在新种的拉丁文学名之后还要加上“sp. nov.”，nov是novel的缩写。

5. 亚种用subsp.（正体字）表示，这是subspecies的缩写，例如Pasteurella multocida subsp. septica，中译名为多杀性巴氏杆菌败血亚种。过去还用var.（variety）表示变种，现已废止，用亚种取代。

6. 少数拉丁文学名会因研究的进展等原因而改变，比如Clostridium welchii（魏氏梭菌）、Aeromonas punctata（斑点气单胞菌）等是曾用名，现今的国外文献已不再沿用，分别改为Clostridium perfringens（产气荚膜梭菌）和Aeromonas caviae（豚鼠气单胞菌）。

7. 细菌的拉丁文学名在翻译为中文时，由于译者不同，往往同物异名，造成不必要的混乱。为此应尽可能采用公认的译名，一般教科书的名称均比较规范，此外可查阅《细菌名称》第二版（蔡妙英等编，科学出版社，1998）。

8. 译名应尽可能准确，例如Edwardsiella tarda，应译为迟缓爱德华菌，trarda有迟缓或迟钝之意，该菌有运动力，并不迟钝，但生长缓慢。

9. 按照国家出版局的规定，细菌名称中涉及外国人名译为汉语时，除极少数特别著名、沿用已久者外，均省略“氏”字，除非取词头字母发音。例如Brucella译为布氏杆菌属，Yersinia 译为耶尔森菌属；Pasteurella译为巴氏杆菌属，Listeria译为李氏杆菌属。

10. 按照国际细菌命名法规，属以下（包括属）无统一语尾，属以上有，例如目的语尾是-ales，螺旋体目是Spirochaetales；科的尾是-aceae，肠杆菌科是Enterobacteriaceae，假单胞菌科是Pseudomonadaceae。

第三节细菌分类鉴定的标准

一、细菌的表型特征分类鉴定

长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是其表型（phenotype）特征，即形态、染色、培养、细胞壁结构、生理生化、抗原性以及对噬菌体的敏感性等特征。这些表型特征对细菌的鉴定