端粒长度检测方法

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荧光实时定量PCR检测端粒长度

荧光实时定量PCR检测端粒长度
p rp e a l o r m e l y i d vd a swe e r d  ̄ y s l c e o t y e i h r lb o d fo h at n i i u l r a o ee t fr s h n d ud .Th e a ie T a i ft lme l n t a a u e y ra — tme e r ltv /S r to o o m e g h w me r d b e - i e s s l
Meia R s rhC ne i h i n esyMei l ol e Xii ig a 10 1C i . d l e ac et o n a iri d a lg , nn Q nh i 0 0 , hn c e rfQ g U v t c C e g 8 a
【 bt c】 O j t e Ra—ieqat teP Rh en pld om au m n oto e nt Me os iy t e s p sf A s at r be i e t unti C a be pi r e r etfe m rl g . t d S t—h e a l ev l m i v a s a e f s e l ee h h x r m eo

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Re l—tleq a i a v a il u nt t ePCR i ee mi ain ftlme eln t Z l ti n d tr n to o eo r e gh. HONG ig—c eg,LU Pe g—l,Jn G o—e Yn hn O n i i u n,e 1 Hih At u e ta. g ltd i

相对定量端粒长度原理

相对定量端粒长度原理

相对定量端粒长度原理
相对定量端粒长度的原理基于通过测量端粒重复序列与单拷贝基因的比率(T/S比率)来推算端粒的长度。

以下是该方法的一些关键点:
1. 特定序列:在同种生物体内,端粒由特定的重复序列组成,例如人类的端粒由六碱基重复序列(TTAGGG)组成。

2. T/S 比率:通过实时荧光定量PCR(QPCR)测量一个细胞中端粒重复序列的平均长度与单个拷贝基因的比值,即T/S比率。

这个比率与端粒长度成正比关系。

3. 计算方法:Cawthon提出的计算方式是通过比较端粒(T)和单拷贝基因(S)的阈值循环数(Ct值),使用公式T/S比率= 2^(-ΔCt),其中ΔCt = Ct(Telomeres) - Ct(S)。

这样得到的是端粒的相对长度而非绝对长度。

4. 内参基因:为了校正样本间可能存在的差异,实验通常会使用内参基因进行归一化处理。

这有助于确保得到的数据反映真实的生物学差异,而不是由于样本处理或实验操作带来的技术误差。

端粒DNA长度检测方法

端粒DNA长度检测方法
序列 ( 人类 为 q A G T G G)和结 合 蛋 白所构 成 ,保 护 染 色体 免 遭 熔合 、重组 和 降解 。端粒 D A长度 的改 变 与衰 老 、肿 瘤发 生 , N
ห้องสมุดไป่ตู้
D A总量 随 年 龄 增 加 而 减 少 ,端 粒 长 度 变 短 引 起 细 胞 衰 老 . N 同时 其倍 增能 力 也 随之 下 降 。本 文 作 者 正 在 进 行 的端 粒 D A N 长度 与年 龄 相关 性 的法 医学 应用 研 究 ,运 用 Suhm 杂 交 的方 o te 法检 测 了 6 0多例 不 同年 龄 个 体 外 周 血 白 细胞 端 粒 D A长 度 , N 也得 到满 意结 果 。 然 而 ,S uhm 杂 交测 定 端 粒 D A也 具 有 一 定 的 局 限性 。 o te N 由于该方 法 步 骤 繁 多 ,对 实 验条 件 的 要 求 较 高 ,其 所 得 结 果 的 信噪 比 (i a t ni ao s n lo o ert )不 高 ,归纳 如 下 : ( ) Suh m g s i 1 o te
法 (u ni tef oecn i suhbii t nuige rd i l u qa t i ursetn i yr z i s i it — tvl a t d ao n 山e g a f l
上 而 导致 D A分 子 的 丢 失 , 固定 的 D A分 子 与 t o e 探 针 N N e mr l e 杂 交可 能不 完全 ,多次 洗膜 也 可能 导 致 端 粒 信号 的 丢失 ; ( ) 5 用 放射 自显 影方 法 测得 的斑 点 密 度 的 平 均 T F值 定 量 不 够精 R 确 ;( )所 测 得 的 T F代 表 的 是 样 本 中 所有 有 核细 胞 各 染 色 6 R 体 的平 均端 粒 长 度 ,反 映 的 是 总 体 水 平 的信 息 ,包 括 端 粒 和 亚 端粒 序 列 (utl csq ecs 的 长 度 Bo n等 证 实 : sbe m u ne) o i e rw 由于端 粒 长度 测量 法 的不 同 导致 不 同 个体 经 限 制 性 内切 酶 酶 切 后所 包 含 的亚端 粒结 构 的 片段 长度 具有 显 著差 异 。 在 Suhm 杂 交技 术 的基础 上 ,人 们 做 出 了一些 改进 ,如 o te 脉 冲场 电泳 法 ( t e —fl l t poei pJ d i de r h r s 1 s e e o c s )用 于 提高 放 射 自显 影 T F的 分辨 率 ;狭缝 杂 交法 (lt ls R s o )需 要相 对 较 少 的 ob t 细 胞数 ,能测 量 D A片 段 和 整 个基 因 组 D A的 端 粒 D A长 N N N 度 ;用相 对恒 定 的 着 丝点 D A作 比较 (e t m r —t e N enr e o e o—t— l e ao esrm ns , 能 精 确 测 量 整 个 细 胞 的 端 粒 o r rt m aue e t) me i D A“ N 。然而 ,这 几种 改 进 与 Suhm l 相 比 ,提 高 了精 确 o te b t o 度 却增 加 了分 析 的复杂 性 。

数字pcr 端粒长度

数字pcr 端粒长度

数字pcr 端粒长度
端粒是染色体末端的一种结构,它对维持染色体的稳定性和细胞分裂的控制起着重要作用。

数字PCR端粒长度是一种通过数字PCR技术测量端粒长度的方法,可以在3小时内测量出单个端粒的绝对长度。

这种方法由新加坡国立大学Lih Feng Cheow领导的研究团队开发,被称为“STAR”(Single Telomere Absolute-Length Rapid),即单端粒绝对长度快速测定法。

它通过将单个端粒分子分配到微流控芯片中的数千个纳米孔中,然后使用数字PCR仪器进行即时PCR 扩增,每个纳米孔中PCR扩增的动力学反应了端粒重复数,从而与端粒分子的长度相关。

研究数据表明,这种新颖的高通量数字PCR方法准确、灵敏,并且可以进一步帮助测量在癌细胞中发现的染色体外端粒重复序列(ECTR)。

因此,这种方法有望为年龄相关疾病和癌症的诊断和治疗提供关键的端粒信息。

端粒检测技术简介-金

端粒检测技术简介-金

端粒长度检测方法简介
端粒限制性片段(TRF) 定量荧光原位杂交(Q-FISH) 流式荧光原位杂交(Flow FISH) 定量聚合酶链式反应(Q-PCR) 单个端粒长度分析(STELA)
TRF检测法(Terminal Restriction Fragmentation)
TRF检测法原理
1、限制性内切酶消化DNA 2、琼脂糖凝胶电泳 3、转膜固定 4、同位素标记探针杂交 5、信号收集
TRF检测法(Terminal Restriction Fragmentation)
TRF检测法缺点 1、只能得到端粒的平均长度,无染色体个异性 2、对起始DNA的数量、质量要求高
qPCR检测法
qPCR检测法原理
端粒长度检测技术简介
——产品研发部
端粒简介
端粒 :是位于真核细胞染色体末端富含鸟嘌呤的 DNA重复序列,能维持染色体的稳定和DNA的完整复 制。防止染色体的融合、重组和降解。人类端粒DNA 的排序方式为(TTAGGG)n,重复次数2000次左右, 长度5-15kb。细胞每分裂一次,端粒就缩短50100bp。因此,端粒被看作是“生命的时钟”。
市场调研分析
各个公司情况: 1、缺少大数据库,无法推生物学年龄 2、qPCR检测法+推算年龄,价格较贵 3、准确度均有待提升
Thank You
ΔCt(待测样)=Ct(靶基因,待测样)-Ct(参照基因,待测样) ΔCt(校准品)=Ct(靶基因,校准品)-Ct(参照基因,校准品) ΔΔCt=ΔCt(待测样)-ΔCt线绘制
TRF检测法(Terminal Restriction Fragmentation)
qPCR检测法缺点 1、受DNA量、反应条件影响较大,重复性不好 2、相对定量,需要大量样本,绘制标准曲线

水稻单个端粒长度定量测定及分析

水稻单个端粒长度定量测定及分析

体结构稳 定性 中起重要作 用。建立一种 简单快捷 定量测 定水稻 单个端粒 绝对长度 的方法对研 究水稻各 个染 色体 端 粒具 有积极的意义 。研 究将特 殊接 头连接到水稻 染色体端粒 的 G - o v e r h a n g末端 , 并利 用近 端粒 区域 的特定 引物 以
及 下游接 头引物 , 通过 P C R技术 , 获得 所需鉴定的端粒 , 结合 D NA凝胶 电泳成像 分析 系统 , 定量检 测水稻 单个端粒 的长度 。结果显示本方 法可以通 过少量水稻基 因组 DN A有 效测定单个端的粒长度 。
光定 量 P C R法( r e a l — t i me f l u o r e s c e n c e q u a n t i t a t i v e P C R, F Q R T_ P C R) 、 定量荧光原位杂交法 ( q u a n t i —
t a t i v e f l u o r e s c e n c e i n s i t u h y b r i d i z a t i o n,Q- Fi s h) 、
(s i n g l e t e l o me r e l e n g t h a n a l y s i s ,S TELA ) ,M a
比较特殊 , 需要深入研 究。B r o u n等E 7 ] 发 现 4周龄
和6 个 月 的番 茄 叶 片 的端 粒 长 度 几 乎 没 有 差 异 , 在
浙 江理 工 大学 学报 , 第3 O卷 , 第 4期 , 2 0 1 3 年 7月
J o u r n a l o f Z h e j i a n g S c i — Te c h Un i v e r s i t y
Vo 1 . 3 0 ,No . 4 ,J u 1 .2 0 1 3

端粒长度与癌症发生的关系研究

端粒长度与癌症发生的关系研究

端粒长度与癌症发生的关系研究近年来,关于癌症发生与端粒长度之间的关系引起了全世界科学家的广泛关注。

端粒(telomere)是染色体末端的一段DNA序列,起到保护染色体的作用,如同鞋带的塑料头一样。

人的端粒长度会随年龄的增长而逐渐缩短,直至不能提供足够的保护,染色体开始受损。

而这种情况在癌细胞中尤为明显,因此研究端粒长度或许有助于癌症的预防和治疗。

一、如何测量端粒长度?目前主要有两种方法用于测量端粒长度:末端粘结法(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism,TRFLP)和定量PCR法。

TRFLP法是通过电泳分离染色体DNA时,某些酶对端粒DNA与非端粒DNA的切割不同,产生具有特定长度的DNA条带,通过富集端粒DNA的条带直接测量端粒长度。

而定量PCR法则是在PCR扩增反应中,使用两种PCR引物同时扩增端粒长度在一定范围内的DNA片段及对应的内参(受端粒影响不强的基因)的DNA片段,并通过两者的比值计算出端粒长度。

二、端粒长度与癌症发生的关系1.癌症患者端粒长度偏短已经有研究表明,癌症患者的端粒长度普遍较短。

比如在大肠癌患者中,其非肿瘤组织中的端粒长度约为肿瘤组织中的1/3左右。

类似的结果也在多种癌症中得到了验证,包括肺癌、乳腺癌、前列腺癌等。

端粒的缩短甚至被认为是某些癌症的特征之一。

2.端粒缩短与癌症的发生有关早期的研究已经发现,人体细胞在分裂时,端粒长度会随之缩短。

而当端粒缩短到一定程度时,染色体就会进入一种被称为“端粒危机”的状态,从而导致细胞的衰老或死亡。

而据最新的研究,同时具备端粒缩短和癌症相关突变的人,其癌症风险会增加近3倍。

这表明,端粒缩短可能并不是单独的一个问题,而与癌症的发生密切相关。

3.端粒长度可以作为癌症的生物标志物由于癌症细胞具有不断分裂的特性,故其端粒长度也会不断缩短。

因此,测量血液、尿液或其他组织中的端粒长度,可以作为癌症的生物标志物。

端粒长度测量方法

端粒长度测量方法

端粒长度测量方法:DNA印迹法(Southern blot, SB)SB已广泛应用于分析DNA和端粒结构. 用限制性核酸内切酶Hin fⅠ或Rsa Ⅰ消化DNA, 然后琼脂糖电泳分离不同大小的片段, 转移到硝酸纤维或尼龙膜上. 用32P同位素或生物素、碱性磷酸酯酶标记的端粒特异探针与其杂交(CCCATT)n. 末端限制酶切片段(TRF)通过光密度计定量测量. 选用Hin fⅠ或Rsa Ⅰ是因为这两种酶能频繁的切断DNA, 使亚端粒区域变得尽可能小. 用于SB分析的DNA应该是没有被打碎和纯度较高的, 但是因为DNA的高分子量、高黏度使得这点较难保证. TRF法得到的数据除代表所有染色体端粒的长度外, 还包括部分亚端粒区长度. 因此TRF法不能提供端粒的实际长度.杂交保护分析法(hybridization protection assay,HPA) HPA需要制备基因组DNA、细胞或组织溶胞产物同吖啶酯(AE)标记端粒的探针进行杂交, 检测发光强度, 确定端粒在Alu序列中比例. 研究表明, Alu序列中比例为0.01的端粒大约与2 kb的TRF法测量的端粒长度对应. HPA不需要完整的或没有修剪的DNA, 但是, 推荐使用下限为10 ng修剪过的DNA. 纯化的细胞DNA或至少含有1000个细胞的组织溶胞产物都能用于测量. 虽然HPA不包括亚端粒序列, 但是HPA法没有给出详细的细胞或染色体水平的端粒信息,也不能直接测定端粒长度.荧光原位杂交(FISH)FISH直接将寡核苷酸探针标记在端粒序列上. 标准的FISH包括制作分裂中期的染色体以及DNA变性, 与异硫氰酸荧光素(FITC)或Cy3标记的寡核苷酸探针杂交, 用DAPI或PI复染, 最后用荧光显微镜检测信号. FISH方法被广泛地应用于特定基因的细胞遗传学研究. FISH自身的特点使其适合于测定端粒长度, 如小的端粒探针可增加进入细胞的渗入度, 而且单链探针不需要退火.几种改良的FISH: 用FISH方法进行的端粒定量被称作Q-FISH[14-15](Quantitative-FISH). Lansdorpet al用核酸肽(PNA)寡核苷酸探针(PNAFISH)代替寡核苷酸探针改良了Q-FISH法. 因为带电的脱氧核糖酸盐主链被肽链连接的不带电N-(2-氨基乙基)-甘氨酸主链替代, PNA探针的复式结构远比DNA/DNA或DNA/RNA的稳定.结合FISH和免疫染色(TELI-FISH)的方法可以测量用甲醛固定,石蜡包埋的人组织样本的端粒,同时还可以鉴别细胞种类. 在TELI-FISH中只需用很少的细胞, 这种方法可以忽略不同细胞种类而直接比较正常和癌变细胞的端粒长度. Perneret al发明了端粒/着丝粒-FISH(T/C-FISH)测量每个单独的染色体臂的端粒长度的方法, 2号染色体着丝粒作内参. 荧光强度的比率经过计算同TRF法有很好的相关性. Yan et al 在染色质/DNA纤维制备中应用了Fiber-FISH法. 端粒的特异PNA Green探针和1q亚端粒的特异Red探针在染色质纤维上同时杂交, 已知的1q亚端粒探针大小为100 kb. 因为解压缩的染色质的可变伸缩性使得纤维杂交的时候显色长度变得可变. 然而, 目的序列同亚端粒探针有相似的伸缩程度. 因此, 用已知大小的亚端粒探针作对照对判断DNA纤维解压缩的程度起很重要的作用. 在检测淋巴母细胞系1q时, 端粒和亚端粒排列在纤维上的信号范围分别在0.9 μm-2.9 μm和13.8-29 μm之间. 这意味着根据纤维的不同伸展程度杂交到纤维上的探针可见长度为3.4-7.2kb/μm(平均5.5 kb/μm) .流式细胞计量-荧光原位杂交(Flow-FISH) Flow-FISH包括6个基本步骤: 细胞分离, DNA变性并与PNA探针杂交, 洗去多余探针, 复染后用流式细胞计量术采集和分析.来自不同细胞系和临床样本的骨髓、血液淋巴结、经过检测的扁桃体的端粒长度值同TRF法有很好的相关性. 同Q-FISH相反, Flow-FISH可以分析周期中和非周期中的细胞端粒, 整个操作只需1d. 此外, 不同的细胞亚群能够同时处理, 这对于分析较难纯化的细胞是很有用的. Flow-FISH法测定端粒长度在研究有核血细胞在正常个体和病态个体的血液病时有很高的实用性.Flow-FISH同时分析端粒长度和细胞表型的技术难度很高, 因为只有很少的带有合适发射光谱的荧光染料能承受DNA变性和PNA杂交的条件. Baerlocher et al运用Hydra 96孔微型分注器测量端粒长度, 他可以定量差异很小(0.5kb)的端粒片段, 而且只用很少的细胞(1000个).当同时测量复杂样品时, 这种自动化操作尽显优势.寡核苷酸引物原位DNA合成法(PRINS) 寡核苷酸引物(CCCTAA)7与分裂中期或分裂间期的同源染色体退火、杂交, 加入热稳定DNA聚合酶和荧光标记的核苷酸后引物开始延伸,最终通过荧光显微镜分析荧光信号.许多位点的引物同时扩增保证了充足的荧光信号得以检测,但是不均匀的引物退火可能导致端粒长度测量不充分. 一些用于增加标记和退火功效的改良, 双脱氧核苷酸的参与可以通过减少染色体被随机打断的非相关DNA的扩增而使更多特异端粒序列被标记. 最近, Yan et al用双链PRINS法, 即(TTAGGG)7和(CCCTAA)7两个引物标记端粒DNA的正链和反链.两个方向的标记使产物的信号得以加强, 标记功效增加到78%至95%.定量PCR以前认为用寡核苷酸引物TTAGGG和CCCTAA进行的PCR反应不可能用于测量端粒, 因为引物自身之间可能发生杂交.但是如果引物被加以修饰, 6个重复碱基中包括两个错配碱基和4个连续配对碱基, 这样两个引物便不会互相杂交. 在Q-PCR中端粒(T)重复拷贝的比例同单个拷贝的基因(S)的比例是确定的. T/S的比例同端粒平均长度成正比关系,端粒长度可根据T/S率测定.单个端粒长度分析(STELA)STELA是在单个染色体水平上基于PCR的端粒测量方法.第1步是“telorette”(在与端粒G悬突不配对的20个核苷酸后有7个同源的TTAGGG接头)的退火.第2步是将“telorette”连接到富C链5末端.此后用识别telorette尾巴的teltail 引物同亚端粒上游引物进行PCR扩增.在研究这个区域的多态现象时, 上游引物可以是特异的等位基因. STELA最先被用于分析人类X染色体短臂. 最近对秀丽隐杆线虫的端粒和沃纳综合征的成纤维细胞的端粒的研究表明, 在单个染色体水平上STELA的分析有很高的可靠性.STELA的PCR扩增具有高度的端粒特异性, 用STELA测量人类成纤维细胞的XpYp端粒长度始终比TRF的平均值小, 且这两者成线性关系, 说明STELA没有包括亚端粒长度.。

速溶 端粒长度

速溶 端粒长度

速溶端粒长度介绍在细胞的染色体末端,存在着一种特殊的结构,被称为端粒。

端粒由DNA序列和蛋白质组成,起到保护染色体稳定性的重要作用。

端粒长度是指端粒DNA序列的长度,它与细胞的衰老、癌症等疾病密切相关。

本文将从速溶端粒的定义、测量方法、与健康的关系等方面进行探讨。

速溶端粒的定义速溶端粒是指端粒的长度能够迅速缩短的现象。

正常情况下,随着细胞的分裂,端粒长度会逐渐缩短,当端粒长度达到一定程度时,细胞进入老化状态或发生凋亡。

然而,某些情况下,端粒的缩短速度会加快,导致细胞过早衰老或发生疾病。

速溶端粒的测量方法测量端粒长度是研究速溶端粒的重要手段。

目前常用的测量方法有荧光原位杂交(FISH)和定量PCR法。

荧光原位杂交(FISH)FISH是一种基于DNA探针的技术,可以用来检测端粒长度。

该方法利用荧光标记的DNA探针与端粒DNA序列特异性结合,然后通过显微镜观察荧光信号的强度和位置来测量端粒长度。

定量PCR法定量PCR法是一种通过PCR技术来测量端粒长度的方法。

该方法利用端粒特异性引物和探针,与端粒DNA序列结合进行扩增和测量。

通过计算PCR产物的数量和长度,可以得到端粒的长度信息。

速溶端粒与健康的关系速溶端粒的长度与健康状况密切相关。

以下是速溶端粒与健康的几个方面关系的探讨。

衰老速溶端粒的缩短是细胞衰老的标志之一。

随着细胞的分裂,端粒长度不断缩短,当端粒长度达到一定程度时,细胞进入老化状态。

速溶端粒的缩短速度过快会导致细胞过早衰老,加速身体的老化过程。

癌症速溶端粒的异常缩短与癌症的发生密切相关。

正常细胞的端粒长度能够保护染色体的稳定性,防止基因突变和染色体异常。

而当端粒长度过短时,染色体易发生断裂和融合,导致基因异常和癌症的发生。

心血管疾病速溶端粒的缩短与心血管疾病的风险增加有关。

研究发现,速溶端粒的长度与心血管疾病的发生率呈负相关关系,即速溶端粒越短,心血管疾病的风险越高。

这是因为端粒长度的缩短会导致血管内皮细胞的功能异常,进而引发心血管疾病。

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端粒长度检测方法:
实时荧光定量PCR分两部分进行,分别测定端粒和内参基因RPLPO(核糖体大亚基PO 蛋白基因)的Ct值,每次反应需要设定标准曲线。

端粒(T)重复拷贝数与单拷贝基因(S)的比率,即T/S比率可以得出端粒的相对长度,而T/S比率与端粒长度成正比关系。

T/S计算公式如下:
T/S= [2CT(telomeres)/2CT(single copy gene)]=2-ΔCT
1基因组DNA的提取
1.提取人外周血基因组DNA
以试剂盒提取获得人外周血基因组DNA。

2实时荧光定量PCR测定DNA端粒长度
1.引物序列
端粒Tel 1:浓度675 nmol/L
序列5’-GGTTTTTGAGGGTGAGGGTGAGGGTGAGGGTGAGGGT-3’端粒Tel 2:浓度1350 nmol/L
序列5’-TCCCGACTATCCCTATCCCTATCCCTATCCCTATCCCTA-3’RPLPO基因hRPLPO1:浓度800 nmol/L
序列5’-CCCATTCTATCATCAACGGGTACAA -3’
RPLPO基因hRPLPO2:浓度800 nmol/L
序列5’-CAGCAAGTGG-GAAGGTGTAATCC -3’
2.标准曲线制作
选取同一血样基因组DNA为标准品,使用等比稀释,稀释系数为2,浓度范围为:
0.25-64ng/μl,即可稀释得9个浓度梯度,分别为64,32,16,8,4,2,1,0.5,0.25 ng/μl,制作
的标准曲线R2>0.98。

3.反应体系(每个样设置品三个重复)
10μl反应体系
gDNA 10ng
Master Mix (quantiTect SyberGreen PCR kit) Up to 10μl
注:内参及样品反应体系中,Master Mix 除了引物不同外,其余成分均相同
另一文献所述的反应体系
25μl反应体系
SYBR Premix Ex Taq (2X) 12.5μl
gDNA 1.0μl (约60ng/μl) 端粒Tel 1 (内参基因hRPLPO1) 0.625μl (1μl)
端粒Tel 2 (内参基因hRPLPO2) 2.25μl (1μl)
dH2O Up to 25μl
4. PCR反应条件
95℃10 min
95℃15 sec
54℃ 2 min
54℃检测荧光强度,35个循环
72℃10min
参考文献:
[1]Sonia Garcı´a-Calzo´n,Adriana Moleres,Ascensio´ n Marcos et al. Telomere Length as a Biomarker for Adiposity Changesafter a Multidisciplinary Intervention in Overweight/ Obese Adolescents: The EV ASYON Study
[2]吕昆,林丹,许淼等.应用实时荧光定量PCR测定牛体细胞端粒长度
[3]王敏敏,杨浩,刘广义等.荧光定量PCR测定端粒长度。

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