生物电子等排体在药物设计中的应用

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(医疗药品)基于生物电子等排体的药物设计

(医疗药品)基于生物电子等排体的药物设计

基于生物电子等排体的药物设计1.生物电子等排体的概念生物电子等排体的概念脱胎于物理化学家Langmuir在1919年提出的化学电子等排体的概念。

狭义的电子等排体是指原子数、电子总数以及电子排列状态都相同的不同分子或基团。

如N2与CO;CH2=C=O与CH2=N=N等。

广义的电子等排体是指具有相同数目价电子的不同分子或基团,不论其原子及电子总数是否相同。

如-F、-OH、-NH2;-O-、-CH2-、-NH-等。

近代生物电子等排体的概念认为:生物电子等排体不仅应具有相同总数外层电子,还应在分子大小、形状(键角、杂化度)、构象、电子分布(极化度、诱导效应、共轭效应、电荷、偶极等)、脂水分布系数、pKa、化学反应性(代谢相似性)和氢键形成能力等方面存在相似性。

这些参数并不要求完全相似,仅在某些重要参数上相似即可。

2.生物电子等排体的分类1970年,AlfredBurger等人将生物电子等排体分为经典的生物电子等排体与非经典的生物电子等排体两大类。

经典的生物电子等排体包括,一价原子和基团(如-OH与-NH2)、二价原子与基团(如-CH2-与-O-)、三价原子与基团(如=N-与=CH-)、四价原子与基团(如=C=与=Si=)。

非经典的生物电子等排体包括,环与非环结构、可交换的基团(如羧基与四氮唑)、基团反转(如-COOR与-OCOR)。

非经典的生物电子等排体,即前述的近代生物电子等排体概念,它不是简单地满足经典生物电子等排体的立体性和电性规则。

3.生物电子等排体在药物设计中的应用举例3.1一价原子或基团的取代在抗炎药的研究过程中,人们一直致力于寻找选择性的环氧合酶-2(COX-2)抑制剂。

先导化合物SC-58125(化合物1)具有很高的COX-2选择性和抑酶活性,但其半衰期却超过200小时,将其结构中的-CH3用-NH2取代,-F用-CH3取代,得到化合物celecoxib(化合物2),于1999年由辉瑞/西尔公司引入巴西市场,用于治疗类风湿性关节炎和其他炎症,成为第一个选择性的非甾体抗炎药,且无胃刺激性的副作用。

生物电子等排体

生物电子等排体

生物电子等排原理在药学设计中的应用敬娟(西南交通大学生命科学与工程学院,四川成都610031)摘要:生物电子等排原理在药物设计和结构修饰中起着重要作用。

本文介绍了生物电子等排体的概念,分类以及常见的生物电子等排体在药物优化中应用。

关键词:生物电子等排体;药物设计;结构修饰中图分类号:R97Applications of Bioisosterism in Pharmaceutical DesignJingJuan(School of Life Science and Engerring,Southwest Jiaotong Universty,Chengdu,Sichuan,610031)Abstract: Bioisostere principle plays an important role in drug design and structural modification. Concepts and classifications of bioisosteres and applications of common bioisostere in drug optimization have been introduced in this paper.Key word: Bioisostere; drug design; structure modification我国医药生产多年来以仿制为主,为保障我国人民健康做出来出色贡献。

可是,随着我国经济的日益开放,我们必须将立足点逐渐转移到自己创制新药上来。

创制新药的战术,应先易后难。

将已有的药物或活性物质进行局部化学结构改造,一方面较易从事,另方面保持高效,开发另具特色新药的可能性较大[1]。

在药物结构改造中,生物电子等排体发挥着决定性的作用。

生物电子等排体除了常见的一价、二价、三价和四价原子与基团外,还包括环与非环结构、可交换的基团、基团反转。

生物电子等排原理在药学设计中的应用

生物电子等排原理在药学设计中的应用
2.2二价生物电子等排体
局麻药普鲁卡因酯基中的-0-被其电子等排体-S-和-NH取代,得到了硫卡因和普鲁卡因胺。其中,硫卡因的局 麻作用比普鲁卡因大2倍,而普鲁卡因胺的局麻作用仅 为普鲁卡因的1%,目前主要用于治疗心律不齐。
2.3三价生物电子等排体 毛果芸香碱是胆碱神经M受体激动剂。由于它是内酯结构, 易水解,不稳定。将环上的 -CH=改换成电子等排体-N=, 变成氨基甲酸内酯结构。氨基甲酸醋本比甲酸酯更为稳 定,改变后药物的稳定性增强。
4.结论
生物电子等排原理在药物结构的修饰和优化中虽发 挥着重要作用,但是用生物电子等排体修饰后的药 物分子,虽已达到了预定的改造目的,但这种局部 结构的修饰往往使整个分子的性质亦随之发生改变。 例如,某个经电子等排体改造后获得的分子,可能脂 溶性降低或增加, pKa或极性改变,因而影响该药 物的吸收、转运、排泄,最终影响临床疗效。
基团反转是常见的一种非经典电子等排类型,是同一功能基 团间进行的电子等排。-C0R 与R0C-都是酯,在原来的羧酸 和醇的结构差别不大的情况下,这两种酯的空间效应和电性 效应亦较近似,所以这种酯基反转常可作为电子等排体应用。 镇痛药哌替啶是哌啶羧酸的酯, 而安那度尔是哌啶醇的酯, 两者具有相似的溶解度,药理作用相同,但安那度儿的镇痛 作用是哌替啶的16倍。
3.2可交换的基团
抗菌药磺胺类药物的发现可以说是可交换基团作为电子等排 原理运用到药物设计的里程碑。研究表明,对氨基苯磺酸与 对氨基苯甲酸不仅电子分布和构型方面相似,在pKa、logP 等理化性质方面也很相似。所以,-SO2NH2和-COOH可以说是 具有真正意义上的生物电子等排体。
3.3基团反转
生物电子等排原理在药学设计中的应用
1206 王苗
学号: 2012140619

第四章 生物电子等排体原理

第四章   生物电子等排体原理

H N
SN
H
S
OO
H N
SN
H
O
甾体的环(B、C环)打开,也得到了几个具有生物活性的化合 物,如从雌二醇开环到己烯雌酚,以及其它与之有关的非环化合物, 有的具有雌甾烷的活性。
OH OH
HO
HO
OH
HO
OH
OH
HO
HO
三环化合物环打开或开环化合物的关环在新药设计中也有较 大的应用。例如,下面的两个药物,环打开或关闭后得到的化合 物,其药理作用是不同的。开环化合物为抗抑郁药物,具有理想 的情感松弛剂活性;而环闭合后的化合物则具有显著的抗胆碱解 痉活性。
组胺药安体根和新安体根。同样,抗胆碱类解痉药的三环酯基,
通过-CH2-与-O-之间的交换,也得到了成功。

丁咪胺侧链的-CH2-用-S-取代,得到了甲咪硫胺,更有利于
对改善H2抗组胺活性所要求的电子和构象的效应。同时,对硫胺
部分进一步采用电子等排体进行修饰,由甲咪硫胺变为胍,得到
了西咪替丁。
X
NMe2
第四章 生物电子等排体原理 在新药设计中的应用
第一节 概论
一、生物电子等排体的概念
狭义的电子等排体概念——原子数及电子总数均相等, 而且电子排布状态也相同的不同分子或原子团。按照这种定义, 只有少数分子或原子团满足该条件——N2--CO、N2O-CO2、 CH2=C=O--CH2=N=N、N3--NCO。
例如,在一个药物中含有-CH3基团,当用-NH2代替时,可能会引入不对 称因素,使其连接的碳成为手性原子。
再如,当用碘代替氢时,两者的体积相差悬殊,所有的这些因素,都有 可能对所设计的新药的生物活性产生影响。
Friedman于1951年引用了生物电子等排体的术语,认为 生物电子等排体不仅应具有相同的价电子数,而且在分子大 小、形状(键角、杂化度)、构象、电子分布(极化度、诱 导效应、共轭效应、电荷、偶极等)、脂水分布、pKa、化 学反应性(代谢相似性)和氢键形成能力等方面的相似性。

基于生物电子等排体的药物设计

基于生物电子等排体的药物设计

基于生物电子等排体的药物设计生物电子等排体(Bioelectronics platforms)是一种集成微电子技术与生物学技术的交叉学科,它利用电子学和微电子学的原理来研究和应用生物学系统的电子特性和行为。

药物设计在药物研究和开发中起着至关重要的作用,而基于生物电子等排体的药物设计是利用生物电子等排体技术来改善和优化药物设计的过程。

本文将探讨基于生物电子等排体的药物设计的背景、原理和应用。

背景传统的药物设计通常基于大量的试验和研究,需要较长的时间和高昂的成本。

然而,利用生物电子等排体技术,可以更快速、高效地进行药物设计。

生物电子等排体是一种可以仿真和模拟生物体内电子特性和行为的技术,可以用来研究药物在体内的运输、释放和作用机制,从而优化药物设计和研发过程。

原理基于生物电子等排体的药物设计的原理主要包括模拟和仿真技术、微电子传感器和生物芯片技术。

模拟和仿真技术可以模拟和预测药物在生物体内的动力学行为和药理学效应。

微电子传感器可以测量和监测药物的生物活性和效应,包括药物的释放速率、分布和代谢过程。

生物芯片技术可以模拟和研究药物的作用机制和药理学效应,以及药物与生物体细胞和组织的相互作用。

应用基于生物电子等排体的药物设计可以应用于各个领域,包括新药研发、老药优化和个性化药物治疗。

在新药研发方面,可以通过生物电子等排体技术来进行药物筛选和优化,从而提高药物的疗效和安全性。

在老药优化方面,可以利用生物电子等排体技术来研究和改进药物的释放和药理学特性,以提高药物的效果和降低药物的副作用。

在个性化药物治疗方面,可以通过生物电子等排体技术来研究和预测个体对药物的反应和耐受性,从而实现个体化的药物治疗。

总结基于生物电子等排体的药物设计是一种结合微电子技术和生物学技术的新兴领域,它可以模拟和优化药物在生物体内的动力学行为和药理学效应,从而提高药物的疗效和安全性。

该技术在新药研发、老药优化和个性化药物治疗方面有着广阔的应用前景。

07章基于生物电子等排原理的药物设计

07章基于生物电子等排原理的药物设计

疏水性参数
R
P CnC8H17OH CH2O
X
取代基
母体
πx = logPx - logPH
一、生物电子等排体的提出与发展
疏水性参数
πH =0 π>0 疏水性大于 H,疏水性基团 π<0 疏水性小于 H,亲水性基团 加和性: Σπ
取代基
Br CH3 H COOH NH2
π 0.86 0.56 0 -0.32 -1.23
径的制剂。(注:改变剂型但不改变给药途径,以及增 加新适应症的注册申请获得批准后不发给新药证书;靶 向制剂、缓释、控释制剂等特殊剂型除外。)
6. 已有国家药品标准的原料药或者制剂。(仿制药)
第三节 Me-Too 药物
一、注册分类(中药) 1.未在国内上市销售的从植物、动物、矿物等物质 中提取的有效成份及其制剂。(注:单一成份的含量应 当占总提取物的90%以上) 2.新发现的药材及其制剂。 3.新的中药材代用品。(注:替代国家药品标准中 药成方制剂处方中的毒性药材或处于濒危状态药材的未 被法定标准收载的药用物质) 4.药材新的药用部位及其制剂。
第三节 Me-Too 药物
一、注册分类(中药,续2) 7.改变国内已上市销售中药、天然药物给药途径的 制剂。 8.改变国内已上市销售中药、天然药物剂型的制剂。 9.仿制药。
1~6类为新药,7~8类按新药程序申报。
Me-Too 药物举例
NH CH3 NH
S N
N CN
S O
N
CH3
H
H3C
N CH3
NH
OH
CH2
NH2
CH3
一、生物电子等排体的提出与发展
等疏水性电子等排体 等电性电子等排体 等立体性电子等排体 等疏水性-等电性电子等排体 等疏水性-等立体性电子等排体 等电性-等立体性电子等排体 等疏水性-等电性-等立体性电子等排体

生物电子等排及其在新药研究中的应用

生物电子等排及其在新药研究中的应用

生物电子等排及其在新药研究中的应用摘要:探索生物电子等排原理在新药研究中应用的规律,推动新药研究的进展;通过查阅文献资料,阐述生物电子等排的定义及各类生物电子等排的特点、使用范围、典型事例;运用生物电子等排原理所产生的新化合物优于、近于或拮抗原来药物,因而具有投资少、风险小、成功率高的特点。

应用生物电子等排体进行新药设计,尤其适合我国制药工业中现有的实际情况。

本文简述了生物电子等排的概念、发展、分类及其在药物设计中的应用。

关键词:生物电子等排、结构改造、药物设计随着数学、物理学、化学、分子生物学、细胞生物学、计算机图形学等相关学科的发展,新药的研究开发已进入一个崭新的时代,成为一门新型的多学科交叉的边缘性学【1~3】。

当今,药物合成高速发展,先导化合物的优化是新药研究的有效方法,“生物电子等排取代(bioisosteric replacement)”即为对先导化合物进行合理优化的有效策略之一。

这种方法是利用生物电子等排体(bioisosteres)原理取代先导化合物中的某些结构单元,以提高其活性及选择性,并降低毒性等。

近年来,“生物电子等排取代”方法在药物先导化合物优化中得以广泛应用【4】,实践证明,运用生物电子等排原理进行药物先导化合物优化可大大加快药物先导物到药物候选物的转化【5~6】。

且运用生物电子等排原理所产生的新化合物优于、近于或拮抗原来药物,因而具有投资少、风险小、成功率高的特点。

尤其适合我国制药工业中现有的实际情况。

生物电子等排原理为设计新药提供了一条相当有实用价值的研究途径,并取得了一定的成效。

1 生物电子等排概念的提出及其发展“生物电子等排”概念最初应回溯到1919年,生物等排取代中应用到的一个重要概念就是“生物等排体”,它是由早期的“电子等排体(isosetre)”这一概念发展和引申而来的。

Langmuir提出“电子等排体”概念,当时是用它来描述那些具有相同原子数和价电子数的分子或离子,如O2-、F-和Ne,N2和CO,N2O和CO2,N3和NCO,以及NO3-与CO32-等。

生物电子等排原理在药物先导化合物优化中的应用

生物电子等排原理在药物先导化合物优化中的应用

The application of the bioisosterism in lead optimization
CUI Yong-Mei, NAN Fa-Jun*
(National Center for Drug Screening, Shanghai Institute of Materia Medica, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Graduate School of CAS, Shanghai 201203, China)
图1 经典环等同体
苯环、噻吩的相互替换一直以来都是生物电子 等排替换中比较经典的例子之一。苯与噻吩的相似 性是二价硫 -S- 和 1,2- 亚乙烯基 -CH=CH- 交换的结 果。在药物先导化合物优化中有许多运用此策略的 报道,如在研究 NO 合成酶抑制剂过程中[10],以 NO 合成酶抑制剂 11 为起点,利用苯环与噻吩的生物电 子等排性,设计并合成了一系列化合物 12 及 13, 活性测试结果表明,12a 与 13a 的活性相差不大,这 说明噻吩环 S 原子对活性并非起着关键作用。
随着人类基因组计划的实施和分子生物学技术 的快速发展,越来越多的药物作用靶点被认知,一 些新颖重要的酶和受体成为研制独特作用机理的药 物新靶点。相应地,高通量药物筛选( HTS ) 技术以 及组合化学技术的快速发展为寻找药物先导化合物 提供了新途径。然而,由于先导化合物只提供一种 具有特定药理作用的新结构类型,往往由于在药 理、药效学、药代动力学等方面的缺点或不足而不 能直接用于临床。因此,需要对先导化合物进行化 学结构改造或修饰,以期优化上述特性。“生物电 子等排取代”即为对先导化合物进行合理优化的有

生物电子等排原理在药学设计中的应用

生物电子等排原理在药学设计中的应用

生物电子等排原理在药学设计中的应用整理者:生命科学与生物制药学院 75K 生物工程一班孙雪作者:王淑月1 ,王洪亮1 ,钮敏21.生物电子等排体的含义凡具有相似的物理及化学性质,并能产生相似、相关或相反生物活性的取代基,当这些基团或取代基的外电子层相似或电子云密度有相似分布,而且分子的形状相似时,即可称作生物电子等排体。

2.生物电子等排体的分类。

①经典电子等排体;②非经典电子等排体。

3.经典电子等排体①一价原子或基团:-CH3,-NH2,-OH,-F;②二价原子或基团:-CH2-,-NH-,-O-,-S-;③三价原子或基团:-CH=,-N=;④四价原子或基团:=C=,=Si=;⑤环等价物:-CH=CH-,-S-.4.代表性非经典电子等排体。

非经典电子等排体结构差别往往很大,但可产生相同生物活性。

例如,抗肿瘤药物氟尿嘧啶、巯嘌呤的设计。

5.经典的生物电子等排体的新药设计1.1 一价电子等排体的新药设计1) F,C1,Br,I互换以后,产生的化合物作用相同,活性相似或增强。

如苯海拉明为抗过敏药,分子中一个苯环上对位H 被卤素(X)替代以后,其抗过敏作用随原子量增加而增加。

2)苯并二吡咯类抗生素Duocarmycin(DUM)为抗肿瘤抗生素,其B。

和C。

异构体,仅为氯(C1)和溴(Br)的区别,二者都有较好的抗肿瘤活性,均已开发为抗肿瘤新药[8]。

3)OH与SH互换次黄嘌呤为肌体正常代谢物,参与体内代谢和蛋白质的合成,其C OH 为代谢中要除去的基团,SH 代替C OH,成为Ce巯基嘌呤后,产生拮抗作用,为抗癌药物,有抗白血病等作用。

1.2 二价电子等排体的新药设计二价电子等排体键角及空间分布相似,但疏水性相差较大,互相替代后生物活性常发生一定变化,如酯和酰胺,在酯化合物中,C—O—C键的旋转受到共轭和脂烃取代基的影响,脂肪族酯以顺式占优势;酰胺亦处于类似平面结构,占优势的构型也是顺式[9]。

因此含有相似结构组份的具有相似的生理活性,如普鲁卡因和普鲁卡因酰胺,都具有局麻作用,但前者活性强;这是因为酯羰基碳原子上的电子云密度最低,与受体产生偶极吸引而产生药效。

生物电子等排体在药物设计中的应用

生物电子等排体在药物设计中的应用

生物电子等排体在药物设计中的应用船本11级药学1班谢海潭20119830144【前言】生物电子等排概念最初应回溯到1919 年。

当时Langmuir 用它解释具有相同原子数和相同价电子数的分子或离子在理化性质方面的相似性, 如O2-、F- 和Ne, N2和CO, N2O 和CO2, N3和NCO, 以及NO3-与CO32-等。

在这些相似分子和离子的基础上, 他确定了21 组电子等排体, 进一步推断这些分子的电子数目和排列状况也相同, 提出了电子等排体( isostere) 的概念, 即凡是具有相同数目的原子和相同数目电子, 并且电子排列状况也相同的分子、原子或基团( 离子) 称为电子等排体。

1925 年, Grimm结合了Hinsbeng 和Huckel 的环等价部分概念并加以扩展, 提出氢化物替代规律( hydride displacement law ) , 它的内容是: 从元素周期表中第Ⅳ主族起, 任何一种元素与一个或几个氢原子结合形成的分子或基团称为假原子( pseudoatom) , 即某一元素与一个或两个氢原子结合形成的假原子的性质与比它高1 族或2 族的元素相似。

1932 年, ERLENMEYER 将GRIMM定义的电子等排体进一步扩展到外围电子数目相等的原子、离子和分子, 并首先把电子等排概念与生物活性联系起来, 应用其解释电子等排体生物活性的相似性。

1947 年, Hansch 提出, 凡在同一标准的实验系统中能引起相似生化或药理作用的化合物均是电子等排体。

1951 年, Friendman 把有些分子或基团的理化性质与生物活性联系起来, 提出了生物电子等排及生物电子等排等新概念。

至此,电子等排体已经突破了应用在医药化学领域中的传统内涵。

1971 年, Arins 指出生物电子等排应是在许多类型化合物中可以相互替换的基团。

1979年, Thornber 综合了电子等排体的概念, 提出凡具有相似理化性质且由其产生广泛的相似生物活性的分子或基团都应是生物电子等排体[1]。

基于生物电子等排原理的药物

基于生物电子等排原理的药物

NN
O
N
H
N
NN
NC 7-69
O
NC 7-70 法尼 基 转移 酶抑 制 剂
2、可交换的基团
H N
H
O SNH2 2.4
O
6.9 对氨基苯磺酰胺
H N
H
O 2.3
O
6.7 对氨基苯甲酸
O HO
NH2
7-74 γ- 氨基丁酸
NN N
N H
7-75
NH2
CI
N
OH
N
CI
N
OH
N
COOH
7-76 EXP7711
▪ 氢化物取代规则:1925年,Grimm建立了一套 氢化物取代规则,即周期表中C、N、O等原子每 结合一个氢原子,即与下一列原子或基团形成电 子等排体。
▪ Hinsberg开始注意到各种芳杂环的相互交 换,如噻吩、苯、吡啶、吡咯和呋喃作为 电子等排体的相互取代。
以上研究与生物活性分子无直接关系, 但却为向生物科学的渗透奠定了基础。
▪ 1951年药物化学家Friedman提出了生物电子等 排体的概念
▪ 近代生物电子等排体:生物电子等排不仅应具有 相同总数外层电子,还应在分子大小、形状、构 象、电子分布、酯水分配系数、PKa、化学反应 性和氢键形成能力等方面存在相似性。
这些参数并不要求完全相似,仅在某些重要 参数上求其相近,并与生物活性存在相关性。
Me Too药物的设计策略
▪ 关注新出现的突破性新药 ▪ 关注尚无专利保护的NCE ▪ 进行专利边缘的创新
进行专利边缘的创新策略
▪ 对化合物的局部化学结构进行改造 ▪ 改变化合物的元素组成 ▪ 分析总结构效关系,充分利用拼合原理 ▪ 重视手性药物开发与研究

生物电子等排在药物设计中的应用

生物电子等排在药物设计中的应用

生物电子等排体在药物设计中的应用摘要随着数学、物理学、化学、分子生物学、细胞生物学、计算机图形学等相关学科的发展,新药的研究开发已进入一个崭新的时代,成为一门新型的多学科交叉的边缘性学科。

我国医药生产多年来以仿制为主,为保障我国人民健康做出来出色贡献。

可是,随着我国经济的日益开放,我们必须将立足点逐渐转移到自己创制新药上来。

创制新药的战术,应先易后难。

将已有的药物或活性物质进行局部化学结构改造,一方面较易从事,另方面保持高效,开发另具特色新药的可能性较大[1]。

在药物结构改造中,生物电子等排体发挥着决定性的作用。

生物电子等排体除了常见的一价、二价、三价和四价原子与基团外,还包括环与非环结构、可交换的基团、基团反转。

关键词:生物电子等排体药物设计药物创新前言1979年, Thornber 综合了电子等排体的概念, 提出凡具有相似理化性质且由其产生广泛的相似生物活性的分子或基团都应是生物电子等排体[1]。

随着生物电子等排原理的广泛应用, 生物电子等排体的范围逐渐扩大, 研究者把生物电子等排体分为2 类, 即经典和非经典的生物电子等排体。

经典的生物电子等排体包括Grimm的氢化物替代规律及Erlenmeyer 定义所限定的电子等排体。

取代基团的形状、大小和外层电子构型大致相同,组成基团的原子数、价键数、不饱和程度及芳香性等方面极其相似, 按照Erlenmeyer 氢化物取代规律可分为一价、二价、三价、四价及环内等价5 种类型。

非经典的生物电子等排体不符合Erlenmeyer 的电子等排定义,基团的原子数可以不同,形状和大小变化亦较大,但保留了原基团的pKa值、静电势能、最高占据分子轨道和最低空轨道等性能,因而仍显示相应的生物活性,如—CO —和—SO2—以及—SO2NH2和PO( OH) NH2等[2]。

1生物电子等排体的分类传统的生物电子等排体可分为经典和非经典两大类。

经典的生物电子等排体包括,一价原子和基团(如-OH与-NH2)、二价原子与基团(如-CH2-与-O-)、三价原子与基团(如=N-与=CH-)、四价原子与基团(如=C=与=Si=)。

生物电子等排原理在药学设计中的应用

生物电子等排原理在药学设计中的应用

生物电子等排原理在药学设计中的应用
随着生命细胞对外界物质的反应以及蛋白质、酶的活性受到环境的影响,生物电子在药物设计中的应用也日趋重要。

近年来,由于科学技术的发展,生物电子的研究也取得了较大的进步,在药物设计的研究中取得了重大进展。

生物电子是通过生物活性电路来模拟和研究生物材料,从而实现生物传感器系统,并应用于探测和分析生物材料以及临床应用。

随着生物传感器技术的发展,研究情报部门将能够发展出更加可靠、有效、高灵敏度的生物传感器,以期更好地应用于药物品质的检测和药物的筛选,帮助开发出更好的药物。

生物电子药物设计技术是结合生物电子和分子生物学的理论,将靶点蛋白质的功能预测技术与生物电子的模拟技术相结合,以分析靶点蛋白的活性和传递路径,为药物设计(Virtual Screening)和筛选提供有效的信息。

它具有简单、快捷、准确、稳定以及可重复性,是目前研究药物设计中最有效的方法,有效提高药物设计的精确性和效率,从而在药物筛选的过程中减少不良的副作用,更加准确地锁定药物的特异性和作用机理,实现药物的高效抗病因体。

此外,在药物研究中,生物电子配合生物信息学等技术开发出许多信息搜索和数据库系统,让研究者更加便捷地获取所需资料,同时也可利用生物电子这种大数据技术,从而更快捷地了解特定细胞机制具体发生过程,有助于更好地分析靶点蛋白的作用机理,全面深刻地考察靶点细胞作用的分子机制,从而实现有效的药物研发和药物设计。

总体来看,生物电子排原理在药物设计中确实发挥了重要作用,它可以增加一定的可靠性,帮助识别分子的相互作用,为开发有效的药物提供重要的理论保障和实际帮助。

第四章 生物电子等排体原理

第四章   生物电子等排体原理

H 2 N
C O O C H 2 C H 2 N E t 2 H 2 N
C O N H C H 2 C H 2 N E t 2
第三节 经典的生物电子等排体在新药设计中的应用
生物电子等排体概念在新药设计中的应用,是指用一个 电子等排体取代原来药物中对应的基团,后面将讲到利用电 子等排体取代生物代谢物中的基团,从而直接得到新药的例 子。仍然按照Burger的分类来讲述。
一、一价原子或基团的取代 儿茶酚胺类的酚羟基被烷基磺酰胺电子等排体取代,得到
例如,在一个药物中含有-CH3基团,当用-NH2代替时,可能会引入不对 称因素,使其连接的碳成为手性原子。
再如,当用碘代替氢时,两者的体积相差悬殊,所有的这些因素,都有 可能对所设计的新药的生物活性产生影响。
a
4
Friedman于1951年引用了生物电子等排体的术语,认为 生物电子等排体不仅应具有相同的价电子数,而且在分子大 小、形状(键角、杂化度)、构象、电子分布(极化度、诱 导效应、共轭效应、电荷、偶极等)、脂水分布、pKa、化 学反应性(代谢相似性)和氢键形成能力等方面的相似性。
活性,不过,由于甲基和氯比氨基更稳定,因此具有更长
的生物半衰期,并降低了毒性。
O
O
H
H
H 2N
SN
N C 4H 9
O
O
O
H
H
H 3C
SN
N C 4H 9
O
O
O
H
H
Cl
SN
N C 4H 9
O
a
12
NH2
N
N
N
H
H2N N N
SH N
N
NN H
SH N H2N N

第四章 生物电子等排体原理[研究材料]

第四章   生物电子等排体原理[研究材料]
在利用电子等排体进行新药设计时,上面的各种条件并 非全部满足,只要求在某些重要参数上近似。
若两个电子等排体具有相近的脂水分布系数,就称为等 疏水性等排体;若两者具有相近的电性效应参数,则称为等 电性等排体;具有相近的立体效应参数的称为等立体性等排 体。
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由于电子等排体的电性、疏水性、立体效应等参数对其 生物活性有较大的影响,因而在进行新药设计时应尽量选择 这三者近似的取代基-----三参数近似原则。
生物电子等排体概念在新药设计中的应用,是指用一个 电子等排体取代原来药物中对应的基团,后面将讲到利用电 子等排体取代生物代谢物中的基团,从而直接得到新药的例 子。仍然按照Burger的分类来讲述。
一、一价原子或基团的取代
儿茶酚胺类的酚羟基被烷基磺酰胺电子等排体取代,得到 的化合物中,有的具有激动剂活性,有的具有拮抗剂活性。 如下面的两个化合物。
四取代的原子、环系等价体
二、非经典的生物电子等排体 可交换的基团、环与非环的交换
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可以交换的生物电子等排体:
CN
O O
羰基
O
SO
S
SN
N
CN
O
OO
O
CN
羧基
-COOH
-SO2NHR -SO3H -PO(O)NH2 PO(OH)OEt -CONHCN
羟基
-OH -NHCOR -NHSO2R -CH2OH -NHCONH2 -NHCN -CH(CN)2
例如,在一个药物中含有-CH3基团,当用-NH2代替时,可能会引入不对 称因素,使其连接的碳成为手性原子。
再如,当用碘代替氢时,两者的体积相差悬殊,所有的这些因素,都有 可能对所设计的新药的生物活性产生影响。

专题六 生物电子等排原理

专题六 生物电子等排原理

O H2N C O CH2CH2 N C2H5
2
普鲁卡因 O
二价等排体的应用
H2N
C 硫卡因
S
CH2CH2 N C2H5
2
O H2N C NH CH2CH2 N C2H5
2
普鲁卡因胺 O H2N C CH2 达克罗宁 CH2CH2 N C2H5
2
O
R
C
NH
N
S
CH3 CH3
O
COOH
β-内酰胺抗生素 及增效剂
青霉素类
O N
CH COOH
CH2
OH
O
克拉维酸
HOCH2CH2
N
H2 C
S COOH
CH2CH2
NH2
O
沙拉霉素(硫霉素)
CH2
三价电子等排 体的应用:
组胺H2受体拮 抗剂
N 安体根
CH2CH2 N CH3 2
CH2 N
N
CH2CH2 N CH3 2
曲吡那敏
S N
氯丙嗪
Cl CH2CH2CH2 N CH3
2.生物电子等排体 将凡具有相似的物理性质和化学性质 ,又能产 生相似生物活性的基团或分子都称为生物电子等 排体。
意义: 这些电子等排体常以等价交换形式相互替换,作用相似。
3.生物电子等排原理 利用药物基本结构的可变部分,以生物 电子等排体的相互替换,对药物进行结 构的改造,以提高药物的疗效,降低药 物的毒副作用的理论称为药物的生物电 子等排原理。
7 Cl Br I SH
电子等排提出与发展
1951年Friedman引入生物电子等排体的概念 (Bioisosteres),其含义是:符合最广义的电子等 排定义,具有相似的物理和化学性质,又能产生相 似的生物活性(或拮抗作用)的基团或分子都称为 生物电子等排体。 经典电子等排:即符合Erlenmeyer定义。 非经典电子等排:不符合Erlenmeyer定义,但置 换后可使化合物的立体排列、电子构型与原化合 物具有相似的原子或原子团。如:H与F, F,CO-与 F, -SO2。

生物电子等排体

生物电子等排体

由于本人能力有限,还请老师和同学们多加指正! 谢谢!
. 生物电子等排原理在拟除虫菊酯分子设计中的应用
炔呋菊酯( 7) 具有较好 的触杀作用, 是制造电蚊香 药片的主要原料。用烯丙基 、苄基取代( 7) 中的炔丙基 可分别得到烯呋菊酯( 8) 和 活性高、合成容易的苄呋菊 酯( 9) 。拟除虫菊酯苄呋菊 酯( 9) 中的甲基被氯取代, 得 到新的拟除虫菊酯杀虫剂( 10) 。

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有人选择芳氧苯氧丙酸酯类化合物( 26) 为先导化合物, 利用生物电子等排原理, 合成了化合物( 27) , 其中R1= H;R2= CH3、取代苯基; R3 = 氰基、酯基; W= C, N。初步生测结果 表明这些化合物对禾本科杂草有很好的除草活性, 且对阔叶 作物安全。
生物电子等排原理在医药研究领域的应用
生物电子等排原理在农药与医药开发中的应用

生物电子等排原理被成功应用在含氟农药的创制过程中 由于氟原子具有模拟效应、电子效应、阻碍效应、渗 透效应等特殊性质, 因此它的引入可使化合物的生物活性 倍增, 且含氟化合物对环境影响最小, 在农药或医药创制中 人们对含氟化合物的开发研究十分活跃。 常见的是以F 及含氟的基团如CF3 , OCF3 ,OCHF2 等替代已知化合物或先导化合物结构中的H, Cl, Br, CH3 , OCH3等基团, 或对替换后的化合物进行进一步优化而得 到新的含氟农药。
HONG 等人利用生物 电子等排原理设计合成 了一系列酚妥拉明类似物 。 用N 原子替换酚妥拉明( 28) 上与环相连的C 原子, 合成 了化合物( 29)和( 30) , 新化 合物对小鼠肾上腺素受体 的活性分别是酚妥拉明的 1. 6 倍和4. 1 倍。
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澳大利亚WALTER 和 ELIZA HALL 研究所研究 的化合物5������ ( 2������ ( 1������ ( 6 ������ 甲基������ 哒嗪������ 3������ 基)������ 哌啶������ 4������ 基) ������ 乙氧基) ������ 苯并恶唑������ 2������ 甲酸乙酯 ( 40) 是经典的鼻病毒抑制 剂普来那利( 38) 和吡罗达 韦( 39) 的拼接物, 但却有比 两者更好的抗鼻病毒活性 ( EC50 值为3. 88 μg /L ) 。 对该化合物的活性研究表明, 2������ 烷氧基苯并恶唑是苯甲 酸乙酯和苯甲醛肟的良好的 生物电子等排体[ 20] 。

第四章 生物电子等排体原理

第四章   生物电子等排体原理
第四章 生物电子等排体原理 在新药设计中的应用
第一节 概论
一、生物电子等排体的概念
狭义的电子等排体概念——原子数及电子总数均相等, 而且电子排布状态也相同的不同分子或原子团。按照这种定义, 只有少数分子或原子团满足该条件——N2--CO、N2O-CO2、 CH2=C=O--CH2=N=N、N3--NCO。
二、二价原子或基团之间的交换
二价原子或基团主要为O、S、NH、CH2等,它们的键角相近, 在111度左右。
当这些原子或基团进行交换时,所形成的化合物的空间分布也 相似。例如,普鲁卡因和普鲁卡因酰胺,作为局部麻醉药,它们的结 构与功能相关性。普鲁卡因的活性比普鲁卡因酰胺强,这是由于前者 对活性要求的偶极化特点更为显著,而普鲁卡因酰胺中羰基与氨基之 间的共振,使得C=O极化度降低。但是,普鲁卡因酰胺是一个重要 的抗心律失常药物,与其不受催化普鲁卡因水解的酯酶的影响,因而 稳定性显著增加有关。
2、电子等排体的理化性质是相近的,因而在药物设计中,以一个电子等 排体代替另一个电子等排体,常得到具有相近或相拮抗的生物活性。利 用这一规律设计新药的道理称为新药设计中的生物电子等排体原理。
3、由于电子等排体在极性方面存在一定的差异,因此利用电子等排体进 行新药设计,可以改变药物的亲水亲脂平衡,当用含N的原子团代替其 它基团时,可以利用它能形成盐的特性,将药物变为盐,从而提高其水 溶性,有利于得到新的制剂。
第二节 生物电子等排体的要求
虽然电子等排体的理化性质近似,但它们在电性、体积和极性等方面 存在一定的差异。因而在利用生物电子等排体进行药物设计时,不仅要注意 一般电子等排体的性质,即以一个电子等排体代替另一个电子等排体时,两 者的理化性质相近的一方,同时要注意两者在极性、电性、立体化学方面的 差异。
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生物电子等排体在药物设计中的应用船本11级药学1班谢海潭20119830144【前言】生物电子等排概念最初应回溯到1919 年。

当时Langmuir 用它解释具有相同原子数和相同价电子数的分子或离子在理化性质方面的相似性, 如O2-、F- 和Ne, N2和CO, N2O 和CO2, N3和NCO, 以及NO3-与CO32-等。

在这些相似分子和离子的基础上, 他确定了21 组电子等排体, 进一步推断这些分子的电子数目和排列状况也相同, 提出了电子等排体( isostere) 的概念, 即凡是具有相同数目的原子和相同数目电子, 并且电子排列状况也相同的分子、原子或基团( 离子) 称为电子等排体。

1925 年, Grimm结合了Hinsbeng 和Huckel 的环等价部分概念并加以扩展, 提出氢化物替代规律( hydride displacement law ) , 它的内容是: 从元素周期表中第Ⅳ主族起, 任何一种元素与一个或几个氢原子结合形成的分子或基团称为假原子( pseudoatom) , 即某一元素与一个或两个氢原子结合形成的假原子的性质与比它高1 族或2 族的元素相似。

1932 年, ERLENMEYER 将GRIMM定义的电子等排体进一步扩展到外围电子数目相等的原子、离子和分子, 并首先把电子等排概念与生物活性联系起来, 应用其解释电子等排体生物活性的相似性。

1947 年, Hansch 提出, 凡在同一标准的实验系统中能引起相似生化或药理作用的化合物均是电子等排体。

1951 年, Friendman 把有些分子或基团的理化性质与生物活性联系起来, 提出了生物电子等排及生物电子等排等新概念。

至此,电子等排体已经突破了应用在医药化学领域中的传统内涵。

1971 年, Arins 指出生物电子等排应是在许多类型化合物中可以相互替换的基团。

1979年, Thornber 综合了电子等排体的概念, 提出凡具有相似理化性质且由其产生广泛的相似生物活性的分子或基团都应是生物电子等排体[1]。

【摘要】随着生物电子等排原理的广泛应用, 生物电子等排体的范围逐渐扩大, 研究者把生物电子等排体分为2 类, 即经典和非经典的生物电子等排体。

经典的生物电子等排体包括Grimm的氢化物替代规律及Erlenmeyer 定义所限定的电子等排体。

取代基团的形状、大小和外层电子构型大致相同,组成基团的原子数、价键数、不饱和程度及芳香性等方面极其相似, 按照Erlenmeyer 氢化物取代规律可分为一价、二价、三价、四价及环内等价5 种类型。

非经典的生物电子等排体不符合Erlenmeyer 的电子等排定义,基团的原子数可以不同,形状和大小变化亦较大,但保留了原药效团的pKa值、静电势能、最高占据分子轨道和最低空轨道等性能,因而仍显示相应的生物活性,如—CO —和—SO2—以及—SO2NH2和—PO( OH) NH2等[2]。

【关键词】生物电子等排原理药物设计生物活性药效团1.经典生物电子等排体在药物设计中的应用1.1一价生物电子等排体单价原子或基团一价生物电子等排体在药物先导化合物优化中的例子很多,主要包括F 替代H, NH2替代OH,SH替代OH,F 、OH、NH2、CH3 (Grimm 的氢化物取代规律) 之间的相互替换和C l 、B r 、S H 、O H(Erlenmeyer 对Grimm的氢化物取代规律的扩展)之间的相互替换等。

F 取代H 为一价生物电子等排替换中最常用的。

由于氟在卤素中的特殊性,它与氢原子更为类似。

空间大小上更像H,两者范德华力半径分别为1.2 Å及1.35 Å。

其次,氟为卤素中电负性最强的原子,与碳形成非常稳定的键,这一特点可解释氟衍生物对代谢降解更稳定的原因。

另外,由于氟没有空的 d 轨道,因此不能与电子供体形成共振效应。

正是由于氟原子的上述特殊性,在药物设计中经常用F 取代H 以提高其代谢稳定性[3,4]。

利用电子等排体进行药物设计,所得的化合物的生物活性没有规律性,活性可以增加,也可能减弱,有时甚至得到生理作用相拮抗的化合物。

一般同一主族元素的相互置换,生物活性不会发生质的变化,如F、Cl、Br、I相互置换活性往往相似。

在化合物中引入Cl、Br、I代替氢原子均可增加其脂溶性,而氟原子在芳香族化合物中可增加脂溶性,在脂肪等族化合物中则降低脂溶性。

卤素主要是吸电子诱导效应,以氯和溴作用最强、碘次之,氟的作用最弱。

不同卤素取代后对单胺氧化酶抑制作用的影响[6](图1.1)X ONHIC50X=H 1200X=CF3 100X=SO2CF3 27X=Br 115图1.1艾格福公司开发的含三唑基团的喹唑啉类杀菌剂fluquinconazole ( 2) 是用F 替代quinconazole( 1) 中的H 而得[1]。

见图1.2N NOCl ClN N NNNOCl ClNNNFquinconazole( 1) fluquinconazole ( 2)图1.2大部分二苯醚类除草剂的开发是以CF3替代已知化合物分子中的Cl, 经结构优化而得; 苯甲酰脲类杀虫剂的开发是用 F 替代先导化合物化学结构中的Cl 而得;磺酰脲类除草剂如CGA136872( 4)是用OCHF2替代先导化合物( 3)中OCH3而得。

OCHF2替代先导化合物A 中OCH3而得; DPX- 66037( 6) 是用OCH2CF3替换DPXA7881( 5)化学结构中的OCH2CH3并经进一步优化而得[1]。

见 图1.3CO 2CH 3SO 2NHCONHNNOCH 3OCH 3CO 2CH 3SO 2NHCONHNNOCHF 2OCHF 2( 3) ( 4)CO 2CH 3SO 2NHCONHNN NNHCH 3OCH 2CH 3CO 2CH 3SO 2NHCONHNNNNOCH 2CF 3CH 3H 3C( 5) ( 6) 图1.3杀菌剂氟酰胺( 8)是用 CF 3 替换灭锈胺(7)化学结构中的CH 3 而得。

化工部沈阳化工研究院开发的杀菌剂 SYPL190 是在杀菌剂CME151 的基础上,以 F 替代 Cl 得到,其生物活性特别是治疗活性高于CME151[1]. 见图1.4CH 3ONH OCH 3CF 3ONHOCH 3(7) (8) 图1.4毛春晖以二芳酰肼类昆虫生长调节剂 ANS118( 9)为先导, 运用生物电子等排的分子设计思想,将其分子结构中苯并二氢吡喃环的苯环上的甲基换成氯原子,设计合成了一系列N5-氯苯并二氢吡喃-6 -甲酰基-N-叔丁基-N-取代苯( 杂) 甲酰肼类衍生物( 10) 。

生测结果显示上述化合物绝大多数活性优于RH5849。

见图1.5OCH 3ONH NOOCl ONH NOR( 9) ( 10) 图1.5从磺胺类药物发现的口服降血糖药氨磺丁脲的芳氨基用甲基取代得到甲苯磺丁脲,降血糖活性明显增加,以后用卤素取代其中的甲基,并将丁基改成丙级,得到的氯磺丙脲,半衰期延长,毒副作用大为减小[6]。

见图1.6RSNH OOONHCH 3R=CH3R=Cl氨磺丁脲甲苯磺丁脲氯磺丙脲R=NH2图1.61.2二价电子等排体最常见的二价电子等排体有—O —、—S —、—NH —、—CH 2—,由于他们的键角的相似性导致立体相似性,但疏水性相差较大,因此在化合物结构中相互替代时,生物活性将会发生变化,如酯和酰胺,在酯化合物中,C — O — C 键的旋转受到共扼和脂烃取代基的影响 ,脂肪族酸酯以顺式占优势,酰胺亦处于类似平面结构,占优势的构型也是顺式。

因此含有相似结构组份的酯基和酰胺基具有相似的生物活性。

如普鲁卡因和普鲁卡因酰胺 ,都具有局麻作用 ,但前者活性强,这是因为酯羰基碳原子上的电子云密度最低 ,与受体产生偶极吸引而产生药效 。

哌替啶类似物中多数均强于哌替啶,只有—S —置换后活性较弱,可能在体内被氧化为亚砜或砜基使极性增加而致[6]。

见图1.7NOOCH 3XX相对镇痛作用—HONHS11220801.5图1.7用—CH2CH2—取代氯丙嗪杂环中的—S —,得到有价值的抗抑郁药丙咪嗪和阿米替林,换中的—CH2—再分别用—O —、—S —、—NH —代替,得到系列抗精神病药物,其中多塞平已经用于临床。

见图1.8SNN NN NO氯丙嗪 丙咪嗪 多塞平图1.8苯氧基代替( 11) 中的苄基( 相当氧取代亚甲基) ,可得到苯醚菊酯。

苯醚菊酯在光照下, 在大多数有机溶剂和无机矿物稀释剂中稳定, 而且活性高、 合成容易。

用氯取代苯醚菊酯中的甲基得到氯菊酯。

氯菊酯的光稳定性比除虫菊酯和早期合成的除虫菊酯要高得多[1]。

见图1.9CH 2PhOOOPhOO( 11) 苯醚菊酯OPhOOClCl氯菊酯 图1.9HONG 等人利用生物电子等排原理设计合成了一系列酚妥拉明类似物。

用N 原子替换酚妥拉明上与环相连的C 原子, 合成了化合物和,新化合物对小鼠肾上腺素受体的活性分别是酚妥拉明的1. 6倍和4. 1 倍。

见图1.10NOHNH NN ORHNNH N化合物12 R=CH3 化合物13 R=H酚妥拉明 酚妥拉明类似物 图1.10 1.3三价电子等排体在开链结构中三价生物电子等排体应用较少,应用最多的为 —CH=与—N=的环内互换。

例如乙二胺类的抗过敏药用—CH=代替—N=得到丙胺类化合物,其抗过敏作用比前者有所增强。

用吡啶替换苯苄胺的苯环可以得到抗组胺药美吡拉敏。

由于吡啶氮原子上的孤对电子能与水形成氢键,增加药物的亲水性,从而增加了对抗组胺的活性。

将新安替根分子侧链中的—N=用—CH=代替,苯环上的用替代而得到的氯苯那敏是一个镇静副作用较小的抗组胺药。

见图1.11NNOCH 3NNOCH 3N安替根 美吡拉敏NClN氯苯那敏 图1.11吲哚美辛具有极好的抗炎作用,但有严重的胃肠道副反应。

用—N=C 替换—C=C 其5—OCH 3用—F 替换。

将—Cl 用CH 3SO —取代得舒林酸,有极强的抗炎活性。

F 原子增强药效, CH 3SO —增加溶解度, 改善药物动力学性质,抗炎活性显著。

CH 3SO 也由于—S +—›O -键的形成构成一个手性中心。

舒林酸是一个D 和L 型的消旋体混合物, 二者有等同的活性。

见图1.12N H 3COCH 2OOHC=OClFCH 2OOHSOH 3C吲哚美辛 舒林酸图1.12选择性磷酸二酯酶Ⅳ抑制剂 (PDE —4),4—甲氧基—3—环己基—苯甲胺(IC 50 =2.6μmol/L )。

将与氨基相的苯基用电子等排体吡啶取代形成2,6—二氯吡啶—4—胺。

有较好的治疗哮喘的作用, 活性增强1倍以上(IC 50 =1μmol/L ),现正处于临床试验阶段。

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