质粒图谱查询方法
质粒图谱大全
（转载）一.九种表达载体Pllp-OmpA, pllp-STII, pMBP-P, pMBP-C,pET-GST, pET-Trx, pET-His, pET-CKS, pET-DsbA二.克隆载体pTZ19RDNApUC57DNAPMD18TPQE30pUC18pUC19pTrcHisApTrxFuspRSET-ApRSET-BpVAX1PBR322pbv220pBluescriptIIKS( )L4440pCAMBIA-1301pMAL-p2XpGD926三.PET系列表达载体ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETDsbFusionSystems39band40b ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETExpressionSystem33b ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETExpressionSystems ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETExpressionSystemsplusCompetentCells ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETGSTFusionSystems41and42 ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETNusAFusionSystems43.1and44 ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETVectorDNAProteinPurification?PurificationSystems?Strep?TactinResinsandPurificationKits四.PGEX系列表达载体TEcoR?pGEX-1I/BAPpGEX-2TpGEX-2TKpGEX-3XpGEX-4T-1pGEX-4T-2pGEX-4T-3pGEX-5X-1pGEX-5X-2pGEX-5X-3pGEX-6P-1pGEX-6P-2pGEX-6P-3五.PTYBsystemPTYB1PTYB2PTYB11PTYB12六.真核表达载体pCDNA3.1(-)pCDNA3.1( )pPICZalphaApGAPZαAPYES2.0pBI121pEGFP-N1pEGFP-C1pPIC9KpPIC3.5K如何阅读分析质粒图谱载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。
☆如何阅读质粒图谱
如何阅读质粒图谱最近由于实验需要,需要查阅载体图谱,到园子里搜罗一番,发现虽然有人问载体图谱阅读的问题,也有前辈回答,但都不详细,借自己也在琢磨这个问题的机会,将我学到的东西整理一下,于大家分享。
载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。
一、一个合格质粒的组成要素#复制起始位点Oril 即控制复制起始的位点。
原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。
而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。
＃抗生素抗性基因可以便于加以检测，如Amp+l ,Kan+＃多克隆位点MCS 克隆携带外源基因片段l＃P/E 启动子/增强子l＃Termsl 终止信号＃加poly（A）信号l 可以起到稳定mRNA作用二、如何阅读质粒图谱第一步：首先看Ori的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒）第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记。
（1）Ampr 水解β－内酰胺环，解除氨苄的毒性。
（2）tetr 可以阻止四环素进入细胞。
（3）camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。
（4）neor（kanr）氨基糖苷磷酸转移酶使G418（卡那霉素衍生物）失活（5）hygr 使潮霉素β失活。
第三步：看多克隆位点（MCS）。
它具有多个限制酶的单一切点。
便于外源基因的插入。
如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标志基因的失活，而便于筛选。
决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
第四步：再看外源DNA插入片段大小。
质粒一般只能容纳小于10Kb的外源DNA片段。
一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。
第五步：是否含有表达系统元件，即启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号。
这是用来区别克隆载体与表达载体。
克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。
选用那种载体，还是要以实验目的为准绳。
启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号＃启动子－促进DNA转录的DNA顺序，这个DNA区域常在基因或操纵子编码顺序的上游，是DNA分子上可以与RNApol特异性结合并使之开始转录的部位，但启动子本身不被转录。
怎么查找质粒图谱
经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。
今天又看到几个求质粒图谱的帖子，因此决定就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子，希望对虫子们有些帮助。
这些方法，大部分是自己学习的过程中积累的，也许总结得还不够全面，望其他虫友指正。
方法一：安装软件Vector NT做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。
后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。
而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱（不是有虫子求pRS系列质粒吗？帖子链接/bbs/viewthread.php?tid=3103223&fpage=1，如下图，数据库中本身就有很多）。
这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。
（这款软件的下载和使用说明书站内很多）方法二：查找质粒图谱的网站：这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很多人没看到，现在在此重新总结下1.Vector Database地址：https:///g?a=vdb这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如同样这个帖子求pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS，可以看到，之类质粒一共有三十多个。
找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了拿第一个质粒pRS413举例，如上图，质粒图谱是不是很难看，对，我也觉得很难看，没关系，看见view sequence了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序列了。
实验五 质粒DNA酶切(质粒限制性内切酶消化酶切)
5′粘性末端
3种切口 3′粘性末端 平头末端
① DNA样品纯度
A）样品杂有RNA 虽不影响酶反应速度，但RNA很易与酶蛋白发生 非特异性结合而减少酶有效浓度，使酶解不彻底；另外，干扰DNA片段 电泳观察。 B）少量的蛋白质污染 对酶解影响不大，但若有核酸酶等蛋白质污染 时，会干扰酶切反应，并影响酶解产物。 C）样品中杂有其他DNA 如质粒DNA中杂有染色体DNA，虽不影响 酶解作用，但干扰酶解产物电泳图谱并影响以后的重组连接反应。 D）其他杂质 如苯酚、氯仿、乙醇、EDTA、SDS、NaCl等，会影响 酶切速度，甚至改变酶的识别特异性，出现酶的第二活性。
2) 命名原则
• 1973年H.O.Smith和D.Nathams首次提出命名原则，1980年Roberts在此基础 上进行了系统分类 ① 限制性核酸内切酶第一个字母（大写，斜体）代表该酶的宿主菌属名 (genus)；第二、三个字母(小写，斜体)代表宿主菌种名(species)。 ② 第四个字母代表宿主菌的株或型(strain)。 ③ 若从一种菌株中发现了几种限制性核酸内切酶，即根据发现和分离的 先后顺序用罗马字母表示。
酶切前的DNA
酶切后的DNA
实验材料和试剂
实验材料：质粒pCAMBIA1302 银杏基因组DNA
实验试剂：
① EcoR Ⅴ酶及其酶切缓冲液 ② 琼脂糖(Agarose)、TAE电泳缓冲液等
实验仪器
☆如何查找质粒图谱
如何查找质粒图谱编者小木虫论坛susizheng 经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。
今天又看到几个求质粒图谱的帖子，突发奇想，就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子吧，希望对虫子们有些帮助。
这些方法，大部分是自己学习的过程中偶尔发现，也许总结得还不够全面，望其他虫友指正。
方法一：安装软件Vector NT做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。
后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。
而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱（如下图，不是有虫子求pRS 系列质粒吗？如下图，数据库中本身就有很多）。
这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。
（这框软件的下载和使用说明书站内很多）方法二：查找质粒图谱的网站：这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很多人没看到，现在在此重新总结下。
1.Vector Database地址：https:///g?a=vdb这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如这个帖子/bbs/viewthread.php?tid=3103223&fpage=1，这个虫友求pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS，可以看到，之类质粒一共有三十多个。
找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了。
拿第一个质粒pRS413举例，如上图，质粒图谱是不是很难看，对，我也觉得很难看，没关系，看见view sequence了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序列了，如何得到比较好看的质粒图谱呢，看到GeneBank了吗？对，熟悉vector的筒子们肯定知道该如何做了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建txt 文件，粘贴上代码后，将文件扩展名由txt更改为gb格式，导入vector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了。
如何查找质粒图谱
如何查找质粒图谱
[转贴]如何查找质粒图谱。
最好的图谱就是NCBI和公司里提供的了，
第一步去NCBI查找，一般常用质粒都有了。
然后以.db格式下载，再用Invitrogen的VectorNTI打开，就能得到一张很好的质粒图。
如果找不到，就去google，(baidu上比较不准)，最好加个pdf，找到公司的质粒介绍，那种图也不错。
如果还是找不到，就在google，baidu上查质粒的序列，把序列输入Invitrogen的VectorNTI，能够得到类似酶切的图谱，凑合着用吧，如果有序列信息，再自己添加也一样。
我就是这么查的，相信大家用的多数都是常用序列，查起来应该不难。
查询质粒方法汇总
如何查找质粒图谱之我见——plasmid map, Vector Sequence方法汇总经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。
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后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。
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如何得到比较好看的质粒图谱呢，看到GeneBank了吗？对，熟悉vector的虫子们肯定知道该如何做了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建txt文件，粘贴上代码后，将文件扩展名由txt更改为gb格式，导入vector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了。
实验五 质粒DNA酶切(质粒限制性内切酶消化酶切)
p C A M B IA 1 3 0 2
10549 bp
Kan
Eco RV (6218)
大p肠BR杆3菌22复or制i 起始位点
pVS1-REP 农杆菌复制起始位点
二、限制性内切酶
1) 概念 2) 命名原则 3) 类型 4) 基本特性及用途 5) 影响核酸限制性内切酶活性的因素 6)Ⅱ限制性核酸内切酶操作的注意事项
实验原理
• 限制性内切酶能特异地结合于一段被称为 限制性酶识别序列的DNA序列之内或其附 近的特异位点上，并切割双链DNA。
限制性内切酶EcoR Ⅴ 特异性识别位点为：
GATATC CTATAG
产生平末端：
GAT ATC CTA TAG
则pCAMBIA1302经EcoR Ⅴ酶切后产生大小分别为：1600bp、 2624bp和6325bp的三条DNA 片段
属名
种名 株系
Haemophilus influenzae d
流感嗜血杆菌d株
HindⅡ HindⅢ
同一菌株中所含的多个不同的限制性核割特性、催化条件及是否具有修饰酶活 性，可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型三类。
4) 基本特性及用途
Ⅱ限制性核酸内切酶有严格的识别、切割顺序，它以核酸内切 方式水解DNA链中的磷酸二酯键，产生的DNA片段5′端为P，3′ 端为OH，识别序列一般为4～6个碱基对，通常是反转录重复 顺序，具有180°的旋转对称性即迴文结构。Ⅱ限制性核酸内切 酶切割双链DNA产生3种不同的切口。
第三步：看多克隆位点（MCS）。它具有多个限制酶的单一切点。便于外源 基因的插入。
第四步：再看外源DNA插入片段大小。质粒一般只能容纳小于10Kb的外源 DNA片段。 一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。
实验新人必读（七）：一文学会读懂和查找质粒图谱
实验新⼈必读（七）：⼀⽂学会读懂和查找质粒图谱作者：解螺旋.⼦⾮鱼如需转载请注明来源：解螺旋·医⽣科研助⼿导语质粒图谱即为质粒DNA序列的物理图谱，包含了质粒⼤⼩、筛选标记、克隆位点、转录及翻译元件等信息。
尽管它为我们选择质粒、了解质粒特点及应⽤提供了重要依据，然⽽我们常常要为图谱中丰富信息所困扰。
那么，本⽂就为你拨云见⽇，让你快速掌握质粒图谱。
三步法看懂质粒图谱Step 1:先了解质粒的基本组成元素。
1）复制起始点Ori。
该位点决定了质粒的宿主及质粒的拷贝数，它是质粒中⼀段特定序列，富含AT和重复序列。
Tips：图谱上只有⼀个Ori，表⽰质粒是原核克隆表达质粒；有两个Ori，则表⽰该质粒是，穿梭质粒，即可在原核也可在真核中复制。
2）抗性筛选基因。
图谱中Kan/tet就是抗⽣素抗性基因，⽅便后续通过抗⽣素筛选阳性克隆。
特点就是单词最后会以⼤写R或上标r结束。
Tips：⼀般克隆载体只有⼀种抗性筛选标记，部分表达载体及穿梭质粒具有两种抗性筛选标记。
3）多克隆位点（MCS），即⼀系列限制性内切酶酶切位点，是外源DNA插⼊位点，⼀般可通过酶切/连接⽅式将外源DNA插⼊质粒，外源DNA⼀般⼩于10kb，⽽⽚段越长，转化效率越低。
Tips: ⼀般位于转录启动和转录终⽌信号之间；所包含的限制性内切酶位点数量和组成因载体不同会有所差异，且其中的酶切位点在质粒中为单⼀的酶切位点；同时在使⽤时需注意质粒载体与外源DNA酶切位点的兼容性问题4）荧光标记或蛋⽩标签序列。
蛋⽩纯化标签蛋⽩：His-Tag，GST-Tag等；蛋⽩检测标签蛋⽩：Myc-Tag，Flag-Tag，HA-Tag等；荧光蛋⽩表达标签：GFP，mCherry等。
Step 2:看质粒是否是表达载体，如果是，那就必定有这些原件：启动⼦－核糖体结合位点－克隆位点－转录终⽌信号。
1、启动⼦：促进DNA转录的DNA序列，可与RNApol特异性结合。
2、增强⼦/沉默⼦：前者是真核基因组中⼀种增强邻近基因转录过程的调控顺序，其作⽤与增强⼦所在位置或⽅向⽆关。
质粒图谱——精选推荐
1)质粒图谱登记号：00012)质粒名称：pIRES3)来源：BD Co4)用途：真核双表达5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：7)联系方式：PM)质粒图谱登记号：00022)质粒名称：pECFP-C13)来源：BD Co4)用途：检测真核表达5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：7)联系方式：pm1)质粒图谱登记号：00032)质粒名称：pShuttle3)来源：4)用途：5)是否可以提供更详细资料：6)是否可以共享：7)联系方式：2)pShuttle MCS很多人用pEGFP-C1，我也来发一个)质粒图谱登记号：00042)质粒名称：pS BR322、pUC183)来源：4)用途：5)是否可以提供更详细资料：6)是否可以共享：7)联系方式：1)质粒图谱登记号：00052)质粒名称：pcDNA3.1(+)/CAT3)来源：invitrogen4)用途：真核表达5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：无偿7)联系方式：PM1)质粒图谱登记号：00062)质粒名称：pQEx3)来源：Qiagen4)用途：原核表达5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：交换7)联系方式：PM2)1)质粒图谱登记号：00072)质粒名称：pIVEX2.33)来源：Rocho4)用途：体外转录翻译5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：交换7)联系方式：PM质粒图谱登记号：0008质粒名称：pIRES-EGFP来源：用途：是否可以提供更详细资料：是否可以共享：否联系方式：1)质粒图谱登记号：00092)质粒名称：pET-28a（+）3)来源：Novagen4)用途：原核表达5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：交换7)联系方式：PM1)质粒图谱登记号：00112)质粒名称：pET-32a(+)3)来源：novagen4)用途：原核表达5)是否可以提供更详细资料：6)是否可以共享：7)联系方式：pm1)质粒图谱登记号：00132)质粒名称：pcDNA3.1/Zeo (+)3)来源：invitrogen4)用途：原核表达5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：交换7)联系方式：PM)质粒图谱登记号：00132)质粒名称：pEGFP-N33)来源：clontech4)用途：真核表达5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：交换7)联系方式：PM)质粒图谱登记号：00142)质粒名称：pcDNA33)来源：invitrogen4)用途：真核表达5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：交换7)联系方式：PM)质粒图谱登记号：00152)质粒名称：pfastbac13)来源：invitrogene4)用途：昆虫表达5)是否可以提供更详细资料：不可以6)是否可以共享：不可以7)联系方式：PM)质粒图谱登记号：00162)质粒名称：pEGFP-C33)来源：clontech4)用途：真核表达5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：交换7)联系方式：PMwangjun2002274 edited on 2004-06-22 00:041)质粒图谱登记号：00172)质粒名称：pSecTag23)来源：Invitrogen4)用途：真核表达5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：交换7)联系方式：PM)1质粒图谱登记号：00192)质粒名称：pET20b3)来源：NOVAGEN4)用途：原核表达5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：交换7)联系方式：PM1)质粒图谱登记号：00222)质粒名称：pThioHisA3)来源：invitrogen4)用途：原核表达5)是否可以提供更详细资料：4.365kb , HP-thioredoxin fusion proteinexpressionvector, trc promoter, Ampr, a EK cleavage site lies between HP-thioredoxin and MCS宿主菌TOP10（基因型为：F-mcrA △（mrr-hsd RMS-mcrBC）Ф80 lacZ M15 △lacX74 deoR recAl araD139 △（ara-leu）7697 galU galK rpsL endAl nupG6)是否可以共享：交换或其它7)联系方式：PM2)3)1)质粒图谱登记号：00242)质粒名称：pcDNA3.1-Myc-His-A-3)来源：invitrogen4)用途：真核核表达4))质粒图谱登记号：00252)质粒名称：pS UPER.neo3)来源：4)用途：siRNA5)是否可以提供更详细资料：可以6)是否可以共享：交换7)联系方式：PM)质粒图谱登记号：00312)质粒名称：pSilencer1.0-siRNA3)来源：Ambion4)用途：RNAi5)是否可以提供更详细资料：/techlib/Documents.html?fkResSxn=7&fkSub Sxn=236)是否可以共享：实验结束后，可提供含shRNA模板的质粒7)联系方式：pm5))质粒图谱登记号：00322)质粒名称：pSilencer2.0-U6siRNA3)来源：Ambion4)用途：RNAi，与1.0相比，可以建立稳转株5)更详细资料：/techlib/prot/fm_7209.pdf6)是否可以共享：交换7)联系方式：pm6)会员名：mlluoE-mail：*************可提供试验资源名称和简要介绍：pSilencer 3.1-H1 neo Vector，是Ambion公司目前最高版本的shRNA 载体，为扩增此载体我已插入目的片段，如有战友需要，将此片段双酶切再连上自己的片段即可。
怎样查找质粒
如何查找质粒图谱之我见——plasmid map, Vector Sequence方法汇总经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。
今天又看到几个求质粒图谱的帖子，因此决定就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子，希望对虫子们有些帮助。
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后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。
而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱。
这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。
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如何得到比较好看的质粒图谱呢，看到GeneBank了吗？对，熟悉vector的虫子们肯定知道该如何做了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建txt文件，粘贴上代码后，将文件扩展名由txt更改为gb格式，导入vector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了。
实验五 质粒DNA酶切(质粒限制性内切酶消化酶切)
AccⅠ识别序列
AccⅠ
能切割 T CCGG AGA
不能切割 T ×CCGG 6mATC
注意此处的区别
dam甲基化酶识别序列
采用去甲基化酶的大肠杆菌菌株来制备质粒DNA，可防止DNA 的甲基化。
③ 酶的星活性 (star activity)
又称第二活力，是指改变了酶切反应条件后特异序列识别特性降低的 一种现象。由于识别特异性的降低，可能对原识别序列相似的序列也产生 切割反应。
第三步：看多克隆位点（MCS）。它具有多个限制酶的单一切点。便于外源 基因的插入。
第四步：再看外源DNA插入片段大小。质粒一般只能容纳小于10Kb的外源 DNA片段。 一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。
第五步：是否含有表达系统元件，即：启动子——核糖体结合位点——克隆 位点——转录终止信号。 这是用来区别克隆载体与表达载体的。克隆载体中加入一些与表达调控有 关的元件即成为表达载体。
Eco RV (10442)
35S prom oter UTR
多克隆位点 pUC18 MCS lacZ promoter
35S prom oter
Eco RV (8842)
绿色荧光蛋白基因 GFP NOS 终止子加尾信号
T-DNA right border
HPT 潮霉素抗性基因
加尾信号，终止位UT点R T-DNA left border
10549 bp
Kan
Eco RV (6218)
pBNA中由于有较多的EcoR Ⅴ识别位点，因此，经 EcoR Ⅴ酶切后产生大小不一的条带，电泳后整个泳道呈现均一 的亮带。
酶切前的DNA
酶切后的DNA
实验材料和试剂
如何进行质粒查找
经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。
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这些方法，大部分是自己学习的过程中积累的，也许总结得还不够全面，望其他虫友指正。
方法一：安装软件Vector NT做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen 公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。
后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。
而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱（不是有虫子求pRS系列质粒吗？帖子链接/bbs/viewthread.php?tid=3103223&fpage=1，如下图，数据库中本身就有很多）。
这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。
（这款软件的下载和使用说明书站内很多）方法二：查找质粒图谱的网站：这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很多人没看到，现在在此重新总结下1.Vector Database地址：https:///g?a=vdb这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如同样这个帖子求pRS 类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS，可以看到，之类质粒一共有三十多个。
找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了拿第一个质粒pRS413举例，如上图，质粒图谱是不是很难看，对，我也觉得很难看，没关系，看见view sequence了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序列了。
质粒图谱查询方法
0037--pQE9--Qiagen--原核表达--jpsgf
0038--pCANTAB5E--Phamcia--噬菌体抗库--yanBaggio
0039--pET-24a--Novagene--原核表达--yanBaggio
0006--pQEx--Qiagen--原核表达--wangjun2002274
0007--pIVEX2.3--Roche--体外转录翻译--wangjun2002274
0008--pIRES-EGFP--/--/--luoqingli2003
0009--pET-28a（+）--Novagen--原核表达--wangjun2002274
0014--pcDNA3--invitrogen--真核表达--kras
0015--pfastbac1--invitrogene--昆虫表达--cox2wj
0016--pEGFP-C3--clontech--真核表达--smilely
0017--pSecTag2--invitrogen--真核表达--kenmed
0018--PYX212--/--真核表达--Gmail
0019--pET20b--Novagen--原核表达--Gmail
0020--pEGFP-1--BD BIO--转录调控--wyh
0021--pEGFP/U6 --/--siRNA--songbinn
0022--pThioHisA--invitrogen--原核表达--xuezhishui
0081--pcDNA5/FRT/CAT—INVITROGEN--真核表达--renke3333
质粒图谱——精选推荐
0 阅读质粒图谱星期四, 十月13th, 2011 | DNA技术, 基础知识| xumin520jie | 浏览：6 载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。
一、一个合格质粒的组成要素复制起始位点Ori 即控制复制起始的位点。
原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。
而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。
抗生素抗性基因可以便于加以检测，如Amp+ ,Kan+ 多克隆位点MCS 克隆携带外源基因片段P/E 启动子/增强子Terms 终止信号加poly （A）信号可以起到稳定mRNA作用二、如何阅读质粒图谱第一步：首先看Ori 的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒）第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记。
（1）Ampr 水解β－启动子－促进DNA转录的DNA 顺序，这个DNA区域常在基因或操纵子编码顺序的上游，是DNA分子上可以与RNApol特异性结合并使之开始转录的部位，但启动子本身不被转录。
增强子/沉默子－为真核基因组（包括真核病毒基因组）中的一种具有增强邻近基因转录过程的调控顺序。
其作用与增强子所在的位置或方向无关。
即在所调控基因上游或下游均可发挥作用。
/沉默子－负增强子，负调控序列。
核糖体结合位点/起始密码/SD序列（Rbs/AGU/SDs）：mRNA有核糖体的两个结合位点，对于原核而言是AUG（起始密码）和SD序列。
转录终止顺序（终止子）/翻译终止密码子：结构基因的最后一个外显子中有一个AATAAA的保守序列，此位点down－stream有一段GT或T富丰区，这2部分共同构成poly（A）加尾信号。
结构基因的最后一个外显子中有一个AA TAAA的保守序列，此位点down－stream有一段GT或T富丰区，这2部分共同构成poly（A）加尾信号。
回答有人之前提出的一个问题：为什么质粒图谱上有的箭头顺时针有的箭头逆时针，那其实是代表两条DNA链，即质粒是环状双链DNA，它的启动子等在其中一条链上，而它的抗性基因在另一条链上.三、介绍一下关于载体的知识（虽然课本上都有写）1. 什么是载体即要把一个有用的基因（目的基因——研究或应用基因）通过基因工程手段送到生物细胞（受体细胞），需要运载工具（交通工具）携带外源基因进入受体细胞，这种运载工具就叫做载体（vector）。
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0039--pET-24a--Novagene--原核表达--yanBaggio 0040--pGBKT7 和pGADT7--CLOTE--酵母表达--小迷糊 0041--PTXB1--BIOLABS--原核表达--小迷糊 0042--pET-43.1 Ek/LIC--Novagene--原核表达--mcli 0043--PIRES--BD BIOSCIENCES--穿梭载体---joeys008 0044--pBAD/Thio-TOPO--invitrogen--原核表达--mcli 0045--pESC-HIS--Stratagene--酵母表达--zhangqiongyu82 0046--pcDNA3.1/V5-His-TOPO--invitrogen--真核表达--mcli 0047--pMSCVneo--Clontech--真核表达--intron 0048--pCDNA6 /V5 HisB--invitrogen--真核表达--linct97 0049--pcDNA3.1(+)--invitrogen--真核表达--kinase 0050--pSecTag2--invitrogen--真核表达--sssusu 0051--pIRESneo--Clontech--真核表达--sssusu 0052--pBudCE4.1--invitrogen--真核表达--barbie 0053--pGEX-4T-3--amershambio--原核表达--linct97 0054--PESC-TRP--startgene--真核表达--zhangqiongyu82 0055--pPICZ--invitrogen--毕赤酵母表达--yshu3507 0056--pTrc99a--novogen--原核表达--Gmail 0057--pGEX-6p-1--amershambio--原核表达--erik 0058--pSFV1--invitrogen--真核表达--syfnet 0059--pSCA1--赠送--真核表达--syfnet 0060--pUC18--/--克隆--syfnet 0061--pshuttleCMV--KRACKELER--穿梭质粒--renke3333 0062--pdc315--microbix--shuttle--renke3333 0063--pBluescript SK(+)--tianwei--原核表达--fenqinzhuhe 0064--pPIC3.5K--Invitrogen--真核表达--mcli 0065--pFB-hrGFP--Stratagene--真核表达--zhangqiongyu82 0066--pSG5--Stratagene--真核表达--zhangqiongyu82 0067--pCMV-Tag4B--Stratagene--真核表达--小迷糊 0068--pET11a--invitrogen--原核表达--pinghw 0069--pET30a--invitrogen--原核表达--seasider 0070--pCI-NEO--PREMOGA--真核表达--syfnet 0071--phRL-null--PREMOGA--真核表达--kenmed 0072--pBC1--invitrogen--真核表达--竹影烟雨 0073--pGEMEX-1--Promega--体外转录--palmyard 0074--pGEM-T Easy--Promega--克隆--laohu200381 0075--pGEX-5x-1--Pharmacia--原核表达--laohu200381 0076--pshuttle--qbiogene--穿梭质粒--renke3333 0077--pet9c--promega--原核表达--renke3333 0078--trans-vector--qbiogene--穿梭质粒--renke3333 0079--PQBI PGK--QBIOGENE--真核表达--renke3333 0080--PQBI T7 GFP--QBIOGENE--真核表达--renke3333 0081--pcDNA5/FRT/CAT—INVITROGEN--真核表达--renke3333 0082--pBABE Hygro—Geron--真核表达--Jeffrey88 0083--pBABE puro--Geron--Jeffrey88 0084--pMSCV puro—Clontech—RNAi--tuterhu 0085--质粒名--PEGFPN3—Clontech--真核 GFP--renke3333 0086--质粒名称—PSHTULLE—Clontech--穿梭---renke3333 0087--pkk223-3--哈佛大学Brosius等构建--原核表达--kingtsh 0088--pcdna3-c-myc—invitroge--真核表达--giyon 0089—pSG-cmv--新基因--stevenvin 0090--PGEX-3x--BD Co--融合型蛋白原核表达载体--kingtsh 0091--PEGFPc2—Clontech--真核 GFP 0092--PEGFP－N2—Clontech--真核 GFP 0093—PMECA--不详--克隆载体 0094--PGEX 4T－2--不详--克隆载体 0095--siSTRIKE? U6—PROMEGA--RNAi载体 0096--pSilencer? neo—Ambion--RNAi载体 0097--pSilencer? hygro—Ambion--RNAi载体 0098--pSilencer? puro—Ambion--RNAi载体
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file:///D|/中科院/Selective Serotonin Transporter/质粒信息/质粒图谱查询方法.txt
file:///D|/中科院/Selective Serotonin Transporter/质粒信息/质粒图谱查询方法.txt（第 3／6 页）[2011/8/4 18:39:52]
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file:///D|/中科院/Selective Serotonin Transporter/质粒信息/质粒图谱查询方法.txt
file:///D|/中科院/Selective Serotonin Transporter/质粒信息/质粒图谱查询方法.txt（第 2／6 页）[2011/8/4 18:39:52]
3.google scholar: / 有些质粒是经过改造的，所以通过上述方法不能查询到相应信息。这时，可以在google scholar中输入质粒名称，可以直观地看哪些学者在何文章中使用了该质粒，从而可了解到质粒的来源;或者籍此向作者咨询或索取。 4.尝试从各大生物公司，例如invitrogen网站查询. 5. 这个网站收录了大量图谱： http://www.embl-hamburg.de/~geerlof/webPP/vectordb/bact_vectors/table.html
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0099--pGE-1—Stratagene--RNAi载体 0100--pSUPER.p53—OligoEngine--RNAi载体 0101--palter-ex1--promega 0102--pACYCDuet-1--NOVAGEN 0103--pEX lox(+) Vector—NOVAGEN--原核表达 0104--质粒名称：pBACgus-8 Transfer Plasmid—NOVAGEN--CHUANSUO 0105--pSCREEN?-1b(+) Vector Map—novagen--筛选 0106--PGEX-2T--BD Co--pDsRed2--Clontech 0107--pbgal-Basic—Clontech--mammalian reporter vector 0108—pBI—Clontech--express two genes of interest from a bidirectional tet-responsive promoter 0109--质粒名称：pbgal-Control—Clontech--mammalian reporter vector 0110-- pGEX-5X-1--原核表达 0111--pBI-EGFP—Clontech--pBI-EGFP-- coexpress 0112--pBI-G—Clontech--pBI-G--express b-galactosidase 0113--pBI-GL—Clontech--pBI-GL --express luciferase and b-galactosidase 0114--pCMS-EGFP—Clontech--mammalian expression vector 0115--pd2EYFP-1—Clontech--启动子测定 0116--质粒名称--pd2EYFP-N1—Clontech--融合表达 0117--pd4EGFP-Bid—Clontech--融合表达 Bid 0118--pDNR-CMV—Clontech--pDNR-CMV 0119--pDNR-EGFP Vector—Clontech 0120--pDNR-LacZ –Clontech 0121--pECFP-Endo—Clontech--真核表达0122--pECFP-ER—Clontech--真核表达0123--pEGFP-Actin—Clontech--真核表达0124--pGAD GH--Clontech--酵母表达 0125--pGADT7-Rec –Clontech--酵母表达 0126--pGADT7-RecAB—Clontech--酵母表达 0127--pGADT7-Rec2—Clontech--酵母表达 0128--pGBKT7—Clontech--酵母表达 0129--pHAT 10/11/12—Clontech 0130--pHAT20—Clontech 0131—pHygEGFP—Clontech 0132—pLacZi—Clontech 0133—pM—Clontech--pM is used to generate a fusion of the GAL4 DNA-BD 0134--pPKCa-EGFP—Clontech 0135--pPKCb-EGFP—Clontec 0136--pSIREN-DNR Vector—Clontech--RNAi 0137--pSIREN-DNR-DsRed-Express Vector—Clontech--RNAi 0138--pSIREN-RetroQ—Clontech--RNAi 0139--pIRES-EYFP—Clontech--RNAi 0140--pSRE-Luc—Clontech--RNAi 0141--pTK-neo—novagen--原核表达 0142--pZsGreen Vector—Clontech--pZsGreen is a pUC19-derived prokaryotic expression vector 0143--pTandem-1—novagen--原核表达 0144--pZsGreen1-C1Vector—Clontech----真核表达 0145--质粒名称：M13mp18—novagen--原核表达 0146--pZsGreen1-DR Vector—Clontech--真核表达 0147--PZsGreen1-N1 Vector—Clontech --真核表达 0148--T7Select415-1b—novagen----真核表达 0149--pZsYellow Vector—Clontech --真核表达 0150—pTimer—Clontech --真核表达 0151--pTA-Luc—Clontech --真核表达 0152--pTAL-Luc—Clontech --真核表达 0153--pTA-SEAP—Clontech --真核表达 0154--pTAL-SEAP—Clontech --真核表达 0155--pTet-On—Clontech --真核表达 0156--pTet-Off—Clontech --真核表达 0157--pTet-ATF—Clontech --真核表达 0158--pTet-CREB—Clontech --真核表达