Phonopy 计算声子谱

Phonopy 计算声子谱(2010-02-07 11:03)

注明：numpy , numpy-dev matplotlib python-lxml python-yaml其中numpy和matplotlib在安装vasputil（为了装ase）已经安装过了。所有本人先找到python-lxml-1.3.4-1.el5.rf.x86_64.rpm python-yaml-3.05-1.el5.rf.noarch.rpm安装，装好以后便安装phonopy,报错找不到numpy下的arrayobject.h，原来是找不到numpy的include,

export CPPFLAGS=-I/usr/lib64/python2.4/site-packages/numpy/core/include 顺便指定一下lib

export LDFLAGS=-L/usr/lib64/python2.4/site-packages/numpy/lib

然后找到了，在编译phonopy: python setup.py install --home=.,有一些警告，可能是没有安装numpy-dev的缘故，在网络上搜numpy-dev包，居然没有。只有numpy-1.2.1-2.el5.src.rpm。郁闷，我的numpy已经关联不能删除了，那还是用src包产生一个numpy-devel先。

编译src时说少了atlas-devel-3.8.3-1.el5.x86_64.rpm，还好有的下。装了

atlas-devel-3.8.3-1.el5.x86_64.rpm后，再： rpm -i numpy-1.2.1-2.el5.src.rpm 然后到

/usr/src/redhat/SPECS rpmbuild –bb numpy.spec以为可以得到numpy-devel，到

/usr/src/redhat/RPMS/x86_64却没有。哎！！！！！！！可是到官网仔细看看却是不需要numpy-devel，看来下来的介绍这点上有误，其余的都是正确的。

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∙分类：Vasp标签： -

Phonopy 计算声子谱

October 7, 2009

Tags: Phonopy, Python

1. Phonopy 简介

Phonopy 是一个由 python 实现的的晶体声子分析程序。它是目前提供了 VASP 的 Wien2k 的接口用来计算原子受力。它的主要功能有：

计算声子色散谱；

计算声子态密度，包括分立态密度；

声子热力学性质，包括自由能，热容量，焓；

Phonopy 通过力常数的方法计算声子谱。力常数由计算原子在超晶胞中被移动后的受力得到

(Parlinsk-Li-Kawasoe 方法)。

同样类型的程序还有 phon, fropho, phonon. 其中 phonon 是商业软件，卖的很贵，fropho 和phonopy 的代码其实都是来自于 phon, fropho 是为了代替 phon 而开发的，目的是为了使用 phon 更方便，phon 和 fropho 主要都是由 fortran 开发的，而现在 fropho 已经停止开发，由 python 开发的 phonopy 代替了 fropho, phonopy 在使用上更为方便，在计算量上更为减少。因为 phon, fropho 和 phonon 在移动原子位置时都是一次只移动一个原子的一个方向，而 phonopy 则可以一次移动一个原子的多个方向，所以和其它程序相比, phonopy 最多可以减少 2/3 的计算量。

2. Phonopy 的安装

phonopy 主要由 python 开发，其中的找晶体空间群功能是由 C 语言(spglib)实现。在安装 phonopy 时需要安装以下它所依赖的软件包：

Python 的开发包

numpy , numpy-dev

matplotlib

python-lxml

python-yaml

如果是使用的 Ubuntu/Debian 系统只需：

sudo aptitude install python-dev python-numpy \

python-matplotlib python-tk python-lxml python-yaml

如果是 OpenSUSE 则可以去 /search 搜索下载安装相关软件包。

去 https:///projects/phonopy/ 下载 phonopy 的最新软件包.

解压后进入软件包的 c 目录，

su

python setup.py install

编译安装所需要的 python 模块。

将 PATH/phonopy-0.6.1 $PATH 里：

比如： export PATH=~/opt/phonopy-0.6.1:$PATH

3. Phonopy 的简单使用

下面我以 BC5 为例说明如何和 VASP 做接口计算声子谱：

a, 建立超胞

准备 POSCAR 文件

单胞和原胞都可以

准备 INPHON 文件

ATOM_NAME = B C

NDIM = 2 2 1

LSUPER = .TRUE.

简单说明：

第一行为原子符号名 B C ，注意要和 POSCAR 中的顺序相同。

第二行为要建的超胞的维数。

第三行是指要建立移动原子的 POSCAR.

然后输入命令：

phonopy.py

就会输出 DISP, POSCAR-* (001, 002, 003, …)

在本例出会输出 12 个 POSCAR-*, 依次为 POSCAR-001,…POSCAR-012

b, 计算力常数

将这些 POSCAR-* 做 SCF, 将输出文件 vasprun.xml 保存下来。

我的计算脚本为：