VASP中求过渡态的方法CNEB的学习简明教程北航王金龙

01-04即为插入的图像，现在以03为例看看插入的构型，在这里我说明一 下，car2cif.sh这个脚本是我从网上下载（别人分享的），使用这个命令可 以将POSCAR或CONCAR转化成*.cif文件，这样MS或者VEASTE看图软件就可 以直接查看了。
在这里我将00，05也一同放在一起便于查看 初态00 03 末态 05
NEB(CENB)方法的学习
http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/ 介绍了安装CNEB扩展包的安装步骤，以及所有处理输出数 据的脚本的使用说明。
简单吧，这就是安装NEB的扩展包的过程！
为了更直观的学会使用NEB方法，下面有个例子，做两遍就会了。至 于NEB方法的原理的文章看一遍，知道个大概就行了。毕竟我们是搞 计算使用计算软件的而不是研究计算方法的改善和计算程序的编写。 进行以下的 NEB的学习需要具备的基础知识： 1,linux文字处理界面的操作命令 2,VASP程序的使用
言归正传，这些方法的选择很简单，就在于INCAR中的设置，在 这里我提供出我自己的设置。
这些参数的详细说明资料中均有，需要注意的是IMAGES的数值就是你插入的 图像数，LCLIMB默认为FAULSE，当然要用TURE了，用TRUE就是使用CNEB， CNEB能够精确找到过度态构型呀，比NEB有了改善。 IBRION一定要设置成3才可以。 优化的方法，我在这里使用的是VASP内建的。IOPT=0来定，当然IOPT可以从 取1-7，这是7种新的优化方法，至于优化的参数我也不会设置。 我使用IOPT=0方法，只有一个优化参数POTIM，POTIM值如果太大了通常会导 致优化的结构变形，找不到正确的过渡态。这也就是韩老师说的过一段时间就 要看看结构变形了没有。说了这么多，可能大家还是不懂，没关系，到实践中 体会几次失败就明白了。 4，然后就是提交任务了，一定要用扩展后的VASP来运行 运行过程中，可以使用nebbarrier.pl命令进行查看
将neb.dat和spline.dat数据导出来（用origin画图）即是最小能量路径图。
用VMP等看图软件可以显示movie.xyz扩散过程的动画。
5.为了确定image3确实是个过渡态，需要进行频率计算，所 计算的结果如下，发现H的震动频率有且只有一个虚频，因 此证实了过渡态结构。
制作于2011-07-15 王金龙(北航） 有问题可与我联系
第三列就是能量的差值，可以看到大约图像3的能量最高，它将 会最终优化到过渡态。第二列是反应坐标…（详见查考资料）
Βιβλιοθήκη Baidu
5，计算完后 参看01-04中任何一个OUTCAR，
在最后部分有一行reached acquired accuracy表明优化成功
该体系是非常小的，只有5个原子，故用时只有600+秒，我以前 计算较大的体系25+个原子，使用16个cpu计算CNEB大概用时半 个月左右。所以CNEB计算的计算量并没有那么可怕（像韩老师所 说需要1000多个CPU来计算）。以上为个人观点。
具体的操作过程如下
1，确定扩散的始末态构型，进行单点能计算并将结果保存在00和05 文件夹中。Like this: 00和05中只放置单点能计算的OUTCAR和POSCAR
初态
末态
2，使用命令nebmake.pl构建images 在这里我插入了4个图像 （这里及以后使用的所有命令我已经变成可执行文件，并且添加了可执 行文件路径PATH在上海的集群上，不知道别的cluster上面有没。这些命 令具体使用说明均在我提供的网页和pdf文件中可以查到，可以随时查 阅，最常使用的就是我以下将使用的一些命令，很多命令是用不到的）
使用命令对计算结果处理nebbarrier.pl, nebspline.pl或者直接 使用nebresults.pl。会出现neb.dat，spline.dat等文档。
查看最小能量路径能垒，查看exts.dat。发现图像3是过渡态， 能垒为0.356eV，前人的理论计算值为0.31eV，这表明尽管没 有进行体系的收敛测试，计算结果还是定量一致的。
3，在NEB计算目录下，放置除了POSCAR中的三个输入文件， 以及一个提交脚本。
Henkelman小组开发的这个NEB用于VASP计算过渡态的扩展包，开发 了新的7中搜索过渡态的优化方法，加上VASP程序内在的共有8种方法。 至于用哪种方法运算更快，上面我给出了那篇比较不同方法计算效率 的文章。我自己也测试过，发现有几种算法不能计算，限于时间也没 有深究，大家有兴趣可以继续测试。