耐药基因型检测
抗生素耐药性相关基因识别方法与策略
抗生素耐药性相关基因识别方法与策略抗生素耐药性是当今世界面临的医疗挑战之一。
随着抗生素使用的广泛和滥用,许多微生物已经进化出耐受各种抗生素的能力,导致难以治疗的细菌感染的出现。
因此,开发准确的方法来识别抗生素耐药性相关基因是至关重要的。
本文将介绍一些常用的抗生素耐药性相关基因识别方法和策略。
一、基因组测序和比对方法基因组测序技术的发展为抗生素耐药性相关基因的识别提供了强有力的工具。
基因组测序可以获取细菌的完整基因组序列,从而准确地鉴定抗生素耐药性相关基因。
其中,全基因组测序可以提供详细的基因组信息,帮助鉴定各种耐药性相关基因。
而目标基因组测序则可以有选择地鉴定特定的抗生素耐药性相关基因。
基因组比对是一种常用的基因识别方法。
通过将受检样品的基因组序列与已知的抗生素耐药性相关基因序列进行比对,可以发现可能存在的耐药性相关基因。
这种方法可以快速有效地检测多个基因,并且可以对已有的数据库进行实时更新,增加了检测的准确性和敏感性。
二、PCR和RT-PCR方法聚合酶链式反应(PCR)和逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)是常用的基因识别方法。
这两种方法可以在短时间内扩增和检测特定的基因序列。
PCR方法通过特异的引物和DNA聚合酶对DNA模板进行扩增,可以快速鉴定特定的抗生素耐药性相关基因。
RT-PCR方法则可以将RNA转录成cDNA,从而对转录后的基因进行检测和定量。
三、测序技术结合PCR测序技术的不断发展为PCR方法提供了更加准确和高通量的检测手段。
现代测序技术可以对PCR扩增的目标序列进行高效、高通量的测序,从而提高抗生素耐药性相关基因的检测灵敏度和准确性。
此外,测序技术结合PCR方法还可以对抗生素耐药性相关基因进行复杂的分型和定量分析。
四、质谱方法质谱技术是一种高效、高分辨率的蛋白质分析方法,可以用于鉴定抗生素耐药性相关基因编码的蛋白质产物。
质谱技术可以检测并分析蛋白质质量、结构和功能信息,从而判断其是否与抗生素耐药性相关。
肺炎支原体耐药基因检测与难治性肺炎支原体肺炎的相关性分析解析
【Key words】
lation
Refractory Mycoplasma pneumoniae pneumonia;Drug resistance;23SrRNA gene;Mu-
近年来肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae, MP)已成为儿童呼吸道感染,尤其是社区获得性肺 炎的常见病原体之一…。MP全球感染率达9.6%~ 66.7%,已被认为是社区获得性肺炎(community—
1资料和方法 1.1一般资料
基因测序结果9P—Ab≥1:160及对比2次 采血抗体滴度增高4倍以上为阳性者,97例中17例 无基因突变(17.5%),80例存在耐药基因突变 (82.5%),其中73例(75.3%)突变位点在
23SrRNA
1.1.1研究对象收集2013年6月至2014年6月 于中国医科大学附属盛京医院第z.d、JL呼吸内科住院 诊断MPP患儿97例,于住院初采集咽试子标本,应 用巢式PCR扩增23SrRNA基因并进行电泳检测,并 行大环内酯类耐药基因DNA测序分析。 1.1.2诊断标准 (1)肺炎支原体诊断标准:血 清特异性IgM抗体的明显升高,或者急性期和恢复 期双份血清特异性IgG抗体比较有4倍以上的升高或 下降到原来的1/4是MP感染的确诊依据¨J。(2)难 治性肺炎支原体诊断标准:肺炎支原体肺炎经大环内 酯类抗菌药物正规治疗7 d及以上,临床征象加重、 仍持续发热、肺部影像学表现加重者,确定RMPP旧J。 1.1.3标本采集在患儿人院当天用无菌生理盐水 浸湿的无菌咽拭子适度用力擦拭患儿咽后壁,置于低 温保存,用于荧光定量PCR(FQ・PCR)检测MP— DNA。同时采静脉血l IIll低温保存,用颗粒凝聚 (PA)法测定MP抗体(MP.Ab)。其他检查:97例 患儿均送检血、尿、便常规、ASO、CRP、降钙素 原、肝肾功能、心肌酶谱及血清病毒IgM抗体(呼
十五艾滋病抗病毒治疗的耐药检测方法
03
于指导个体化治疗。
表型耐药性检测
表型耐药性检测是通过测定病毒在特定药物压力下的生长抑制程度,评估病毒对药 物的耐药性。
表型耐药性检测通常采用在细胞培养系统中加入药物,观察病毒生长情况,测量药 物对病毒的抑制程度。
表型耐药性检测的优点是可以更直接地反映病毒对药物的敏感性,有助于预测治疗 效果。
病毒载量与CD4+T细胞计数检测
监测疫苗效果
在疫苗研发过程中,对候选疫苗进行耐药性检测可以监测其效果,为后续研发 和改进提供参考。
04
耐药性检测的挑战与展 望
耐药性检测面临的挑战
检测技术限制
目前耐药性检测方法存在一定的 局限性,如检测灵敏度不高、特 异性不强等,导致检测结果不准 确。
检测成本高昂
耐药性检测需要使用昂贵的试剂 和设备,导致检测成本较高,限 制了其在临床的广泛应用。
耐药性检测是评估和监测抗病毒治疗效果的重要手段,对于指导临床治疗 和预防病毒传播具有重要意义。Βιβλιοθήκη 研究目的和意义研究目的
探讨艾滋病抗病毒治疗的耐药检测方 法,以提高耐药性检测的准确性和可 靠性。
研究意义
为临床医生提供更有效的耐药性检测 手段,帮助制定个性化的治疗方案, 提高治疗效果,降低病毒传播风险。
提高耐药性检测的策略和建议
01
加强国际合作与交流
加强国际合作与交流,共同推进耐药性检测技术的研发和应用。
02
完善相关政策与法规
制定和完善相关政策与法规,鼓励和推动耐药性检测技术的研发和应用。
03
提高临床医生对耐药性检测的认识
加强临床医生对耐药性检测的认识,提高其在临床实践中的应用水平。
05
参考文献
02
细菌耐药性检测方法
细菌耐药性检测方法传统检测方法主要包括药敏试验和漏斗法。
药敏试验通过将不同的抗生素与待检细菌进行共培养,观察细菌的生长情况,可以确定细菌对不同抗生素的敏感性。
漏斗法又称为浓度梯度法,将一系列不同浓度的抗生素加入含有细菌的琼脂平板培养基中,观察细菌生长的情况,通过最小抑菌浓度(MIC)来确定细菌的耐药性。
然而,传统的检测方法有一些不足之处,包括需要较长的检测时间、操作复杂、耗时耗力、存在人为误差等。
因此,近年来,分子检测方法逐渐应用于细菌耐药性的检测。
分子检测方法主要包括PCR技术、基因芯片技术和下一代测序技术。
PCR技术(聚合酶链式反应)是一种快速、高效、敏感的检测技术,通过扩增特定基因片段来判定细菌的耐药性。
该技术可以快速检测出是否存在耐药基因,并可通过测序等方法进一步确定具体基因型。
基因芯片技术则可以同时检测多个耐药相关基因,具有高通量、快速、精确度高的优点。
而下一代测序技术则可以对细菌的基因组进行全面分析,包括基因序列、变异信息等,对于耐药性的研究提供了更多的信息。
传统检测方法和分子检测方法在细菌耐药性检测中都具有一定的适用性,可以根据具体的实验要求和资源情况选择合适的方法。
对于临床应用而言,传统检测方法的优势在于成熟、经济、稳定,但无法提供细菌的详细基因型信息;而分子检测方法则具有高通量、高灵敏度、高特异性的优势,但需要较复杂的实验设备和操作技术。
细菌耐药性的检测方法在临床、食品安全、环境监测等领域具有重要的应用价值。
通过检测细菌的耐药性,可以指导临床合理使用抗生素,减少抗生素滥用,避免耐药细菌的产生和传播;在食品安全领域,可以掌握食品中耐药细菌的情况,保障食品的质量安全;在环境监测领域,可以及时发现环境中的耐药菌,为环境卫生管理提供参考依据。
综上所述,细菌耐药性的检测方法既有传统的药敏试验和漏斗法,也有分子检测的PCR技术、基因芯片技术和下一代测序技术。
各种方法各有优缺点,可以根据具体实验需求和资源条件选择合适的方法。
hcv耐药标准
hcv耐药标准HCV耐药标准是针对丙型肝炎病毒(HCV)对抗病毒药物产生耐药性的评估和判断标准。
HCV耐药主要涉及对直接抗病毒药物(DAA)的耐药,这些药物是针对HCV基因型的特定药物,如索非布韦、达卡他韦、阿扎那韦等。
以下是HCV 耐药标准的主要内容:1.耐药基因型:HCV对DAA产生耐药性的基因型主要是NS5A、NS5B和NS3/4A等。
这些基因型的突变可能导致病毒对特定药物的敏感性降低或丧失。
世界卫生组织(WHO)推荐的HCV耐药基因型检测方法包括基因序列分析、基因芯片和基于下一代测序的技术等。
2.耐药阈值:当HCV对某种DAA的耐药基因型达到一定比例时,病毒对该药物的敏感性将显著降低,导致治疗失败。
这个比例称为耐药阈值。
不同的DAA和基因型具有不同的耐药阈值。
例如,NS5A基因的Q30K突变可能导致索非布韦的耐药性,而NS5B基因的C316N突变可能导致达卡他韦的耐药性。
3.交叉耐药:当HCV对一种DAA产生耐药性后,可能对其他同类或不同类的DAA也产生交叉耐药。
交叉耐药可能导致治疗选择减少,增加治疗失败的风险。
因此,在选择抗病毒治疗方案时,应考虑交叉耐药的可能性,并避免使用已经产生交叉耐药的同类药物。
4.临床耐药:在抗病毒治疗过程中,如果HCV RNA水平持续升高或在治疗结束后复发,可能提示病毒已经对当前治疗方案产生了耐药性。
此外,肝脏病理学检查发现炎症活动加剧、纤维化进展或肝癌的发生也可能与病毒耐药相关。
临床耐药是评估抗病毒治疗效果和调整治疗方案的重要依据。
5.监测时间点:为了及时发现HCV耐药,建议在治疗过程中和治疗结束后进行病毒负荷和基因型的监测。
通常建议在治疗开始后12周、24周和治疗结束后的12周进行HCV RNA定量检测,以评估治疗效果和监测耐药情况。
如果发现病毒负荷持续升高或复发,应考虑病毒耐药的的可能性,并根据基因型检测结果调整治疗方案。
6.耐药风险管理:为了降低HCV耐药的发病率和传播率,应采取以下风险管理措施:加强HCV筛查和诊断,提高抗病毒治疗的可及性和依从性;根据患者基因型和耐药监测结果制定个体化治疗方案;避免不合理的药物组合和滥用抗生素;加强医疗体系建设和抗病毒治疗的监测与评估。
葡萄球菌对克林霉素诱导耐药表型及基因型检测研究
【B T A ] A S R CT
Ob cie T n et ae te eyho cnid cd p eoy e n eoy e n j t o iv sgt h rtrmyi— ue h n t s ad gn t s i e v i n p p
Me h d 3 0 slts f S a yo o c s to s 5 ioae o t ph lc c u wee olce i o r r c l td n a e
( dc l a o a r e t ,h fit o ptl f n xaMe i l ies y N n xa Y n h a 5 0 4 Me i b rt y C ne te i a d H s i g i aL o r Af l e a o Ni dc v ri , ig i, i u n 7 0 0 , a Un t c C ia hn )
目的 了解葡萄球菌对红霉 素及 克林 霉素 的耐药性 , 测定红0 年分离到 的3 0 05 0 7 5 株葡萄球菌采用 K— B法做药敏试验 , 对红 霉 30 5 株葡萄球菌 中克 林霉素诱导耐 药 6 株 , 4 D试验 阳性为 1 . 83 %。
・
9 ・ 4
分子诊 断与治疗杂志
2 1年 3 00 月第 2 卷第 2 期
JMo Di n T e Mac 0 0V 12No 2 l a hL g rh2 1, o. .
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论 著 ・
葡萄球菌对克林霉素诱导耐药表型及基因型检测研究
贾伟 赵志军 杨晓燕 魏 军
【 摘
要】
cid my i— ss n St h lc c u. l a enr it t a y o o c s n e a p
药物耐药基因诊断及靶向治疗实验技术综述
药物耐药基因诊断及靶向治疗实验技术综述引言:随着人口老龄化和慢性疾病的增加,药物耐药性已经成为临床治疗中的重要问题。
为了解决这个问题,科学家们开始关注药物耐药基因诊断及靶向治疗技术。
本文将综述药物耐药基因的诊断方法以及靶向治疗的实验技术。
1.药物耐药基因诊断技术:1.1 基因测序技术基因测序技术是一种分析基因组DNA序列的方法,对于药物耐药基因的诊断具有重要意义。
包括Sanger测序和新一代测序技术(例如Illumina HiSeq和Ion Torrent)等。
这些技术可以准确地识别出基因组中的突变,并确定药物耐药基因的存在。
1.2 单倍体分型技术单倍体分型技术是一种通过检测DNA序列中的单个核苷酸多态性来识别药物耐药基因的方法。
其中包括限制片段长度多态性分析(RFLP)、聚合酶链式反应(PCR)和测序等。
这些技术可以快速、准确地鉴定出药物耐药基因。
1.3 扩增引物长度多态性技术(Amplicon Length Polymorphism)扩增引物长度多态性技术是一种由PCR衍生的方法,它通过检测DNA扩增产物的长度变异来确定药物耐药基因。
这种方法具有高度敏感性和特异性,并可识别出具体的基因突变。
2.靶向治疗实验技术:2.1 基因编辑技术基因编辑技术包括CRISPR-Cas9、TALEN和ZFN等,它们被广泛应用于细胞系和动物模型中的药物耐药性研究。
这些技术可以精确地编辑基因组,使其表达产生特定的突变,从而研究药物对耐药基因的作用。
2.2 RNA干扰技术RNA干扰技术通过特异性抑制目标基因的mRNA来实现基因特异性沉默。
这种技术可以用于研究药物耐药基因的功能,并测试其在药物靶标上的作用。
2.3 组织培养与动物模型组织培养和动物模型是用于研究药物耐药基因的重要实验手段。
通过在体外或体内构建药物耐药模型,科学家们可以评估特定药物在不同基因型中的疗效,并研究耐药机制。
2.4 蛋白质相互作用与信号通路研究通过研究药物耐药基因在蛋白质相互作用和信号通路中的角色,可以深入了解耐药机制,并为靶向治疗提供新的思路。
耐万古霉素肠球菌耐药表型检测和基因型分析
耐万古霉素肠球菌耐药表型检测和基因型分析张侠家;沈继录;贾伟华【摘要】Objective To research the resistant characteristics, genotype and prevalence of vancomycin-resistant Enterococci( VRE) . Methods K-B disc diffusion method was used to determine the susceptibility, minimum inhibi-tory concentration ( MIC) for vancomycin of VRE was detected by E-test method;VRE was then subjected to PCR for resistance related genes;6 strains sequencing results of PCR product were contrastively analyzed the amino acid sequence by BLAST. Results 6 VREFm strains were found from 193 strains enterococci;6 VREFm strains were completely resistant to high unit gentamicin, ampicillin, ciprofloxacin, teicoplanin,but were sensitive to linezolid and macrodantin,MIC for vancomycin was more than 256mg/L;Genotypes were vanA;Amino acids in vanA gene have changed with Asn83→Asp( AAC→GAC) . Conclusion VRE in our hospital is mostly multi-drug resistant , which bringS difficulty in clinical treatment for its infection. So the hospital should strengthen the prevention and monitoring, to prevent the spread of VRE strains in the hospital and popular.%目的研究某院耐万古霉素肠球菌( VRE)的耐药特性、基因型及流行情况。
抗生素耐药性基因的检测与监测方法探索
抗生素耐药性基因的检测与监测方法探索抗生素耐药性是当今全球医疗领域面临的一大挑战。
随着过度使用和滥用抗生素,耐药菌株的出现日益普遍,已成为公共卫生领域的一种全球性威胁。
因此,开发有效的抗生素耐药性基因检测与监测方法成为了当前科研工作者关注的焦点。
一、抗生素耐药性基因检测技术1.1 PCR技术聚合酶链反应(PCR)是最常用的无标记方法来进行抗生素耐药性基因检测。
通过设计特异引物,可以扩增目标基因片段,并通过电泳等手段判断阳性样品。
1.2 DNA芯片技术DNA芯片技术是近年来快速发展的高通量平行分析方法之一,可实现对多个基因和目标序列同时进行筛查。
这种技术能够准确鉴定不同类型的抗生素耐药性相关基因。
1.3 循环延伸反应(CET)循环延伸反应(CET)通过将靶向DNA引物连续循环和鉴定分子结构中可变区域组合起来进行多重分析,可快速而准确地检测抗生素耐药性基因。
二、抗生素耐药性基因监测方法2.1 宏基因组学宏基因组学是通过构建宏基因组图谱以鉴定和比较个体或环境中微生物及其功能基因的一个高通量技术。
利用这种方法,研究人员可以检测和监测不同样本中抗生素耐药性相关基因的存在和表达。
2.2 PCR扩增与限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)PCR-RFLP结合了两种技术的优点,不仅可以扩增目标序列,还可以通过限制酶切产物的长度差异来区分不同的抗生素耐药性基因。
2.3 基于下一代测序技术的元转录组学研究利用下一代测序技术(NGS)对元转录组进行全面分析,并结合计算机算法将获得的数据进行筛选和分类,可以确定与抗生素耐药性相关的新型基因。
三、未来发展方向随着科学技术的进步和世界范围内对抗生素耐药性问题的关注日益加深,对于抗生素耐药性基因的检测和监测方法也将不断改进和发展。
3.1 快速便携式设备未来研究人员希望开发出手持式、快速便捷的抗生素耐药基因检测设备,使得在实验室以外的环境中也能进行检测,加快诊断和治疗的速度。
HIV1基因型耐药检测及质量保证
HIV-1基因型耐药检测及质量保证指南(2013年版)Guideline for HIV-1genotyping drug resistance testing and qualityassurance中国疾病预防控制中心2013年3月20日前言随着我国艾滋病抗病毒治疗工作的日益深化,HIV-1基因型耐药检测显示出越来越重要的作用,开展耐药检测的实验室也日益增多。
截至2012年底,共有30余家实验室从事HIV-1基因型耐药检测,未来还将有更多的实验室参与其中。
HIV-1基因型耐药检测是对操作人员、实验室环境和设备有很高要求的分子生物学技术,为了对开展该项检测工作的实验室进行系统的技术和质量控制指导,保证检测结果的准确性和可靠性,特制定《HIV-1基因型耐药检测及质量保证指南》(以下简称《指南》)。
本指南自2011年12月开始编写,参与编写的人员为我国实验室检测、抗病毒治疗领域的专家和有富有实践经验的检测人员,同时聘请WHO和美国疾病预防控制中心的专家作为技术顾问,并参考了大量国内外相关学术文献及技术指导手册。
经过编写组多次修订、补充和审定,于2013年3月完成《指南》终稿。
《指南》分为八章,包括:HIV-1基因型耐药检测的人员要求、实验室环境与设置、样品管理、检测技术、质量控制和生物安全。
本《指南》起草单位:中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心。
本《指南》参加编写单位:中国医科大学,中国人民解放军军事医学科学院微生物流行病研究所,上海市疾病预防控制中心,复旦大学公共卫生中心,云南省疾病预防控制中心,云南省传染病医院艾滋病关爱中心,北京出入境检验检疫局。
本《指南》编写主持人:蒋岩本《指南》编写组人员:姚均、邢辉、尚红、李敬云、钟平、徐建青、马艳玲、杨绍敏、韩晓旭、张旻、潘品良、蒋岩、汪宁、康来仪、朱红、邢文革、肖瑶、邱茂锋、吴亚松。
本《指南》技术顾问:美国疾病预防控制中心杨春富、GAP北京办公室Chin-Yih Ou,齐明山。
拉米夫定治疗CHB患者YMDD基因型耐药检测
1 0 8
第2 2卷 第 3期 20 0 8年 6月
长治 医学 院学报
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核 苷 ( ) 似 物 的 出 现 为 慢 性 乙 型 肝 炎 酸 类 ( ho i H pti B, HB 的治 疗 打 开 了新 局 面 , C rnc e a t C ) is
R 4 . 466 文献 标 识 码 A 文献 编 号 10 一(0 80 —10— 3 0 6 20 )3 8 0 中 图分 类 号
De e tn h tc g t e YMID u a o liI h miu n e a y i Pa e s wi i ) M t t n DI I t e La v die Th r p n t nt t Chr n c He a i sB i r g i h o i p tt i
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HIV-1耐药基因检测的研究进展
HIV-1耐药基因检测的研究进展陈瑶;吴英松【摘要】HIV-1耐药是影响艾滋病抗病毒治疗效果的主要因素.随着抗病毒疗法的普及和接受治疗者的增多,HIV-1耐药的问题日益凸显,使艾滋病治疗面临巨大的挑战.因此,了解各抗病毒药物治疗引起的HIV-1耐药突变位点并及时采用有效方法进行耐药基因检测对临床治疗具有重要指导意义.HIV-1耐药位点基因型检测方法因其快速准确的特点,目前是HIV-1耐药检测最常用也是最有前景的方法.本文对HIV-1耐药位点和耐药基因检测的研究进展做简单综述.【期刊名称】《分子诊断与治疗杂志》【年(卷),期】2017(009)002【总页数】5页(P142-146)【关键词】HIV-1;耐药位点;基因型;耐药检测【作者】陈瑶;吴英松【作者单位】南方医科大学检验与生物技术学院,广东,广州510515;南方医科大学检验与生物技术学院,广东,广州510515【正文语种】中文艾滋病(acquired immune deficiency syndrome,AIDS)是由人免疫缺陷病毒(human immunodefi⁃ciency virus,HIV)引起的传染病,目前世界范围内主要流行HIV⁃1。
HIV耐药是由于病毒基因发生突变,使得药物作用靶点的生化特点或者结构特征发生改变,导致病毒对抗病毒药物敏感性降低,或者失去敏感性[1⁃3]。
随着高效联合抗逆转录病毒(highly active antiretroviral therapy,HAART)药物的广泛应用,导致HIV⁃1病毒发生突变。
耐药突变株在药物选择压力下逐渐成为优势病毒株,导致耐药菌株感染的病例不断出现。
因此,作为帮助临床医生选择联合用药方案的重要工具,耐药检测就显得十分重要。
目前HIV⁃1耐药检测方法主要有表型检测和基因型检测。
其中,基因型检测因其快速准确的特点,成为调整治疗方案的首选[3]。
随着抗病毒治疗的发展及新型靶点抗病毒药物的临床应用,已确定了200多个各种类型HIV⁃1耐药相关的基因突变,它们对于耐药及病毒的生物学特性产生不同程度的影响[4⁃5]。
细菌耐药性基因检测与筛查分子技术
细菌耐药性基因检测与筛查分子技术细菌耐药性是指细菌对抗生素的抗性能力,这是一个严重的全球性问题。
随着细菌耐药性的增加,传统的抗生素已经变得无效,使得治疗感染性疾病变得更加困难。
因此,及早检测和筛查细菌耐药性基因对维护公共健康至关重要。
本文将探讨细菌耐药性基因检测与筛查分子技术的原理和应用。
细菌耐药性基因检测与筛查技术是一种基于分子生物学的方法,通过检测并分析细菌中的耐药性基因,以确定细菌是否对特定抗生素产生抗性。
这种技术通常使用PCR(聚合酶链式反应)和DNA测序等分子生物学技术,它们可以快速、准确地检测和鉴定耐药性基因。
首先,PCR技术起到了核心作用。
PCR可以在体外扩增细菌基因组中的特定片段,使其扩增成大量的复制物。
通过设计特异性的引物,可以选择性地扩增目标基因,例如与某种抗生素抗性相关的基因。
一旦目标基因扩增得到足够的数量,就可以进行后续的分析。
其次,PCR产物的测序是细菌耐药性基因检测与筛查中的关键步骤。
通过对PCR产物进行测序,可以获得目标基因的完整序列信息。
这有助于确定某种基因是否与耐药性相关,以及其与已知耐药性基因的相似性。
测序数据还可以用于比较不同临床样本或细菌株中的基因变异,揭示耐药性的起源和传播途径。
此外,细菌耐药性基因检测与筛查分子技术还可以运用微芯片技术,实现高通量的检测和分析。
微芯片上涂覆了大量的特异性探针,用于捕获目标基因。
细菌样本中的DNA经过PCR扩增后,可以与微芯片上的探针发生特异性的杂交反应,从而定量检测目标基因的存在与否。
细菌耐药性基因检测与筛查分子技术具有广泛的应用前景。
首先,它可以用于疾病诊断和监测。
通过检测细菌中耐药性基因的存在与数量,可以判断某种细菌株是否对一种或多种抗生素产生抗性,为医生选择合适的治疗方案提供参考。
此外,该技术还可以用于监测细菌耐药性的传播和演变,及早发现和应对耐药性的出现。
其次,细菌耐药性基因检测与筛查分子技术对抗生素的合理使用和监管也起到了重要作用。
万古霉素耐药肠球菌的表型及基因型检测
万古霉素耐药肠球菌的表型及基因型检测胡素侠【摘要】目的了解我院耐万古霉素肠球菌(VRE)的耐药表型、基因型及流行情况.方法用K-B纸片扩散法检测临床分离肠球菌的药物敏感性,E-test法检测VRE对万古霉素的最低抑菌浓度(MIC);PCR检测vanA、vanB、vanC1和vanC2-3基因型;脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析VRE同源性.结果73株肠球菌中检出3株万古霉素耐药屎肠球菌,检出率为4.1%;3株屎肠球菌对万古霉素和替考拉宁均耐药,但对利奈唑胺敏感;基因型检测显示3株屎肠球菌均为vanA型,PFGE结果显示该3株VRE不属于同一型别.结论我院住院患者中已出现VRE,应加强医院感染控制,以阻止VRE菌株在院内的传播和流行.【期刊名称】《临床检验杂志》【年(卷),期】2014(032)008【总页数】3页(P624-625,631)【关键词】万古霉素;耐药;肠球菌;表型;基因型【作者】胡素侠【作者单位】淮南市第一人民医院检验科,安徽淮南232007【正文语种】中文【中图分类】R446.5肠球菌常引起泌尿系感染、菌血症、感染性心内膜炎、腹腔感染、胆道感染以及伤口感染。
随着抗菌药物的广泛应用,肠球菌对常用抗菌药物的耐药性不断上升[1]。
自1988年欧洲报道了耐万古霉素肠球菌(vancomycin-resistant enterococci, VRE)后,各地不断有VRE感染的报道,给临床抗感染治疗带来了极大挑战[2]。
为了解我院VRE的发生率和流行情况,本研究对我院2012年1月至2014年3月间分离的肠球菌进行了耐药表型和基因型检测以及同源性分析,结果报道如下。
1.1 材料万古霉素、替考拉宁、利奈唑胺、氨苄西林、庆大霉素(每片120 μg)、利福平、环丙沙星、磷霉素、红霉素、呋喃妥因药物纸片及M-H琼脂培养基均购自英国Oxoid公司;E-test试条购自瑞典AB Biodisk公司。
DNA琼脂糖胶回收试剂盒购自广州捷倍斯公司;PCR检测试剂Taq酶、缓冲液及dNTP均购自TaKaRa公司;SmaⅠ限制性内切酶、蛋白酶K、溶菌酶及DNA标准DL 2000、CHEF-MAPP. ER型PFGE仪由美国Bio-Rad公司提供。
多药耐药基因的临床意义与检测方法
多药耐药基因的临床意义与检测方法1MDR概念肿瘤细胞耐药性可分为内在性耐药(intrinsic drug resistance)和获得性耐药(acquired drug resistance)两类,既原发地存在于某些肿瘤中,称内在性耐药;继发于化疗后,称获得性耐药。
根据耐药谱可分为原药耐药(primary drug resistance,PDR)和多药耐药(multidrug resistance,MDR)。
PDR只对诱导原药产生耐药,而对其它药物不产生交叉耐药。
而MDR是一种药物诱发,而同时对其它多种结构和作用机制完全不同抗癌药物产生交叉耐药。
内在性耐药原因仍不清楚,而获得性耐药是由于变异耐药肿瘤细胞亚群过渡生长所致。
内在性耐药与获得性耐药作为一种独特耐药现象是成功地治疗肿瘤关键性难题,因而成为近几年国内外研究和探索热点。
2MDR耐药机制1970年Biedler和Riehm首先描述了MDR表型:一种药物诱导产生耐药细胞株可用对其它多种化学结构和功能完全不同化疗药物产生耐药。
他们发现对放线菌D耐药细胞,同时也对多种抗肿瘤抗生素如柔红霉素等,以及结构与作用机制迥异植物碱类抗肿瘤药如长春新碱等交叉耐药。
1976年,Juliano等最先在耐药中国苍鼠卵巢细胞中发现一种新与耐药程度呈数量关系高分子量细胞膜糖蛋白,命名为P糖蛋白(p-glycopratain,p-gp)。
因其分子量为170kda,又名pgp170,认为此蛋白可降低细胞膜对药物通透性而引起耐药。
后来又陆续研究发现在不同来源多药耐药细胞中这种P糖蛋白分子量范围在130~180kda,主要集中在150~180kda,它由多药耐药基因MDR编码。
近十几年,国外已从耐药肿瘤细胞株中分离出耐药基因MDR1和它表达P糖蛋白。
1986年chen等克隆了编码P糖蛋白cDNA[2]。
2.1MDR基因家族在哺乳动物,MDR基因是一较小相对保守基因家族。
在人类基因组中,它含有两个基因MDR1和MDR2,在啮齿类由三个基因组成:MDR1,MD R2,MDR3。
江西省猪链球菌的分离鉴定及耐药基因、毒力基因检测分析
·研究论文·摘 要:为了解猪链球菌临床分离株的生物学特性、耐药基因与毒力基因的携带情况。
采集疑似链球菌感染病死的猪肺脏和关节液,用常规方法分离细菌,通过镜检、16S rRNA 序列测定分析、分子分型、动物实验鉴定分离菌的生物学特性,用药敏试验进行药物敏感度测定,并利用PCR 检测耐药基因及毒力基因。
结果可知,从8个养猪场的10份肺脏和关节液中共分离到10株菌,经16S rRNA 序列比对和血清分型,10株分离株均为猪链球菌,其中9型7株,1型1株,其余2株为猪豕链球菌和猪生殖道链球菌;小鼠致病性试验结果显示,分离株JXNC1906、JXJJ1904和JXNC1904的毒力较强;毒力基因检测显示,JXNC2103可检出6种毒力基因,JXNC2011株只检出mrp 毒力基因,毒力型mrp +ef -gdh +sly +mmum +Orf2+2株、mrp -ef +gdh +sly -mmum +Orf2- 4株、mrp -ef -gdh +sly -mmum +Orf2+ 1株、mrp +ef +gdh +sly -mmum +Orf2+ 1株;药敏试验结果,10株分离菌的耐药性均不强,对大观霉素、恩诺沙星、丁胺卡纳、氨苄西林和头孢曲松均在中度以上敏感;耐药基因检测结果,10株链球菌分离株均能检测出氟喹诺酮类耐药基因,除JXNC1906外,其他9株还能检测出四环素类、大环内酯类以及磺胺类耐药基因,分离菌JXNC1906检测出β-内酰胺类blaTEM 和氨基糖苷类Aph3’耐药基因,其他分离菌株可检测出vanA 、vanD 、strA 、strB 、floR 以及多重耐药基因optrA 和Lsa(E)等。
结果表明,从临床病死猪中分离的链球菌致病性高低不一,对临床常见药物仍较为敏感,不同分离株的耐药基因表型和毒力基因表型相差较大。
本实验结果为进一步研究猪链球菌的致病机理和临床有效防控措施提供基础。
HIV-1耐药检测技术规范
HIV-1耐药检测技术规范1 范围本章规定了HIV-1耐药基因型检测的实验室条件、方法、结果判定及质量控制,适用于血浆、血清和滤纸干血斑样品的HIV-1耐药基因型测定。
2 规范性引用文件Antiretroviral drug resistance testing in adult HIV-1 infection: 2008 recommendations of an International AIDS Society-USA panel. Clin Infect Dis 47(2): 266-85.Guidelines for the Use of Antiretroviral Agents in HIV-1-Infected Adults and Adolescents. DHHS 2008; Available at: /guidelines.Update of the Drug Resistance Mutations in HIV-1: Spring 2008, Top HIV Med. 2008;16(1): 62-68.3 HIV-1耐药检测的意义3.1 耐药监测用于HIV-1感染人群和抗病毒治疗人群的耐药性监测和检测。
用于新近感染人群的耐药性监测,了解耐药毒株流行的情况,并采取防控措施,用于治疗前人群的监测,指导制定一线抗病毒治疗方案;用于抗病毒治疗人群的耐药性监测,进行HIV-1耐药发生、发展趋势以及影响因素的分析,指导和完善大规模公共卫生模式抗病毒治疗的程序,以及制定二线治疗方案。
3.2 耐药检测用于个体患者的耐药检测。
在抗病毒治疗前进行耐药检测,可指导临床医生制定抗病毒治疗方案,保证抗病毒治疗的效果;在抗病毒治疗过程中进行耐药检测,可指导临床医生分析治疗失败的原因,并制定补救治疗方案。
4 HIV-1耐药检测实验室要求4.1 实验室功能分区实验室原则上应分为4个独立工作区:试剂准备区、样品处理区、扩增区、扩增产物分析区,并设在不同房间。
微生物学中抗生素耐药性相关基因的鉴定与解析
微生物学中抗生素耐药性相关基因的鉴定与解析随着抗生素的广泛应用,细菌的抗生素耐药性问题日益突出,给公共卫生和医疗健康带来了严重威胁。
细菌的耐药性主要是由于其基因中的抗药性基因所致。
因此,鉴定和解析细菌中的抗生素耐药性相关基因具有重要意义。
1. 抗药性基因的鉴定方法目前鉴定抗生素耐药性相关基因的方法主要有以下几种:1.1 全基因组测序法全基因组测序是近年来较为常用的抗药性基因鉴定方法。
该方法不受先验知识限制,能够全面、准确地检测样品中的所有基因,可以帮助研究人员快速发现抗药性基因的变异情况和新的抗药性基因。
但是,全基因组测序的成本较高,以及数据分析需要较强的计算机运算能力等因素限制了其在实际应用中的广泛应用。
1.2 PCR扩增法PCR扩增是常用的基因鉴定方法之一。
该方法通过PCR扩增抗药性基因及其周围序列,然后进行直接测序,通过比对已知数据库来鉴定样品中的抗药性基因。
此方法操作简单,速度快且成本较低,但仅能检测已知基因,并且PCR扩增的特异性和准确性与引物的选择和设计有关。
1.3 基于质谱的方法基于质谱的方法可以通过特征质谱图与已知的抗药基因质谱图进行比对来鉴定样品中的抗药性基因。
该方法具有分析速度快、准确性高、并且可以同时检测多种抗药性基因的优点,但其在实践中的应用仍面临较大的挑战。
2. 抗药性基因的解析方法抗药性基因解析的目的是确定其基因组结构和抗药性机制,为开发新型抗菌药物提供依据。
2.1 基因克隆基因克隆是解析抗药性基因的一种常用方法。
该方法将抗药性基因和其周围序列扩增并克隆到载体中,再对克隆片段进行测序。
通过对基因序列进行分析,可以确定其基因组结构和功能部位,为进一步研究抗药性机制提供参考。
2.2 遗传转移试验抗生素耐药性基因大多来自于细菌自身的进化和基因重组,也有一部分通过水平基因转移而获得。
遗传转移试验可以模拟这种转移情况,将抗药性基因移植到另外的细菌中,然后根据基因在新的宿主中的表达和耐药性变化来确定其抗药性机制。
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耐药基因型检测操作规程作业指导书1目的本操作规程是关于使用in-house方法进行耐药性检测过程标准操作和结果分析保存的规程。
2适用范围适用于HIV-1耐药基因型测定。
3职责在使用in-house方法进行耐药性检测过程中,研究人员必须依照本标准操作规程进行操作。
4作业程序4.1核酸提取:推荐使用QIAGEN公司QIAamp Viral RNA Mini Kit 提取RNA。
4.2引物4.2.1 扩增引物第一轮PCR:外侧上游引物MAW 26:5’-TTGGAAATGTGGAAAGGAAGGAC-3’; HXB2 2028-2050 外侧下游引物RT21:5’-CTGTA TTTCTGCTA TTAAGTCTTTTGA TGGG-3’; HXB2 3509-3539第二轮PCR:内侧上游引物PRO-1 :5’-CAGAGCCAACAGCCCCACCA-3’; HXB2 2147-2166内侧下游引物RT20 :5’-CTGCCAGTTCTAGCTCTGCTTC-3’; HXB2 3441-34624.2.2 测序引物正向测序引物:PROS3 :5’-GCCAACAGCCCCACCA-3’RTAS :5’-CTCAGA TTGGTTGCAC-3’RTBS :5’-CCTAGTATAAACAATGAGACAC-3’; HXB2 2946-2967反向测序引物:PROC1S :5’-GCTGGGTGTGGTA TTCC-3’RT20S3 :5’-GTTCTAGCTCTGCTTC-3’参照国际标准株HXB2株(全基因1-9719bp)POL基因序列(2253-5096bp),其中蛋白酶(2253-2549bp),逆转录酶基因(2250-4229bp),整合酶基因(4230-5096bp)。
我们所使用的方法扩增产物长度为1.3kb,包括蛋白酶基因全长(1-99 codon)和逆转录酶基因前300个氨基酸(1-300 codon)。
4.3准备RT-PCR(逆转录及第一轮PCR)反应体系:在PCR准备间安全柜内进行,注意配置过程应在冰上进行。
推荐使用Takara One Step RNA PCR Kit(AMV),总体系25μl,见下表:4.3.1将除酶以外的试剂取出置于室温,待其溶化后震荡混匀5秒钟,短暂离心后置于冰上备用。
4.3.2酶及逆转录酶抑制剂取出置于冰上,使用后立即放回-20℃保存。
4.3.3准备PCR管,管身标记清楚编号,置于冰上备用。
4.2.4使用1.5ml离心管配制RT-PCR反应体系(单位μl),按每管20μl将配制好的反应体系分装至PCR管中,注意将液体加至管底。
4.4RT-PCR(逆转录及第一轮PCR)4.4.1将分装好的PCR管拿到加样间,分别将样本RNA、阳性对照样本RNA及阴性对照样本RNA各5μl加入相应PCR管中。
注意不要发生交叉污染。
4.42 将混合物混匀并短暂离心后放入PCR仪中,设定程序:50℃ 30分钟;94℃ 5分钟;94℃ 30秒,55℃ 30秒,72℃ 2分30秒,30 cycles;72℃ 10分钟,4℃保温。
运行程序。
4.5 第二轮PCR4.5.1 在PCR准备区配制反应体系,注意配置过程应在冰上进行。
推荐使用TakaraPerfectshot TM Ex Taq Mix,总体系50μl,见下表:4.5.2 反应体系的配制同RT-PCR。
体系配制完成后,按照每管45μl将配制好的反应体系分装到PCR管中。
4.5.3将分装好的PCR管拿到加样间,将第一轮反应产物各5μl加入相应的PCR管中,将混合物混匀并短暂离心后放入PCR仪,设定反应程序:94℃ 5分钟;94℃ 30秒,63℃ 30秒,72℃ 2分钟30秒,30 cycles;72℃ 10分钟,4℃保温。
运行程序。
4.6 PCR扩增产物电泳鉴定4.6.1于三角烧瓶中称取1g琼脂糖,加入100ml 1×TAE溶液,配成1%的胶溶液,置于微波炉中,中火加热3分钟,冷却到60℃左右时加入5ul 1%的EB溶液混匀。
4.6.2洗净的电泳板和梳子擦干,倒入溶胶液,使胶的厚度达到0.5cm左右。
室温下放置至少40分钟以上,使胶彻底凝固。
4.6.3待胶凝好后缓慢拔出梳子,放入电泳槽,倒入1×TAE,使液面高出胶平面1mm左右。
4.6.4取第二轮PCR产物5ul缓慢加入电泳孔中。
(若反应体系中不含Loading Buffer则于玻璃纸上滴点10×上样缓冲液,每滴约1ul,取第二轮PCR产物5ul 与10×上样缓冲液液滴混匀后缓慢加入电泳孔中。
)同时在电泳孔中加入 5 ul分子量为2000的Marker,判断PCR扩增产物的正确位置。
4.6.5电泳仪电压设量为100v,恒压电泳,40分钟左右观察结果。
4.6.6将电泳后的胶从胶板上取下,置于紫外透射反射仪上观察电泳胶中期望的PCR产物条带并拍照。
4.6.7挑取PCR阳性样本用于扩增产物的纯化回收,同时应该暂时保存第一轮PCR产物(-20C)以备必要时进行再次扩增。
4.7 PCR扩增产物纯化此步骤用于将PCR产物纯化并回收,用于回收的样品应经电泳检测无明显拖尾,并且有足够的浓度,回收的样品DNA也应符合无明显拖尾、杂带的标准才可用于测序。
4.7.1方法如上配置2%的琼脂糖凝胶,使胶的厚度达到1cm左右.室温下放置至少40分钟以上, 待胶彻底凝固后将剩余45ul PCR产物全部加入电泳孔中。
(于剩余45ul PCR产物的PCR管中加入10×上样缓冲液5ul, 混匀后将第二轮PCR产物全部加入电泳孔中。
)4.7.2 PCR产物2%琼脂糖凝胶电泳, 恒压100v 1小时(具体电泳时间以将目的条带和其它混杂条带分开为准)。
4.7.3 用干净的手术刀将含有PCR产物的琼脂糖凝胶切下置于1.5mlPCR管中,胶块重量控制在0.1克左右。
注意在切胶时应在胶下铺一层PE手套,以防止刀片损坏紫外灯。
4.7.4 称量胶块的重量,然后依据QIAquick Gel Extraction试剂盒操作说明进行纯化。
4.8 测序4..9 序列结果贴网分析(Stanford HIV Drug Resistance Database使用规程)4.9.1 直接进入Stanford Hiv Drug Resistance Database(),图1。
点击HIVdb ,进入下一界面(图2)。
图1图24.9.2 点击左上角Analyze a sequence ,进入下一界面(图3)。
图34.9.3 点击Choose a file to upload from your computer using the file selection box below 标题下的浏览框选择所要分析的序列所在文件夹,选中文件名,点击打开或者将测序好的序列(文本格式)粘贴在此界面下方text box 里,点击Analyze 进入下一界面(图4)。
图4在此界面会出现一个表格,表明是Sequence Quality Assessment ,上表对所测得序列PR基因包含1-99个密码子和RT基因包含1-248个密码子的序列进行三个方面的质量评估:4.9.3.1Stop Codons(终止密码子)和Frame Shifts(移码突变);4.9.3.2 B,D,H,V,N::如果产生在耐药位点,用GCG 软件包或Bioedit软件进行序列比对分析,对照测序胶图比较是否在此位点出现重叠峰,这有可能是体内野生株和突变株共存;4.9.3.2Unusual Residues(非正常碱基)。
4.9.4 续上图(图5),此界面显示一个PI Drug resistance interpretation和PRComments。
此界面说明了产生的针对蛋白酶抑制剂相关耐药位点和耐药的程度。
例如:该序列分析结果说明这个病人接受了抗蛋白酶抑制剂(PI)的治疗,产生蛋白酶抑制剂主要耐药突变(PI Major Resistance Mutations),有三个突变位点,分别是I54V、V82A 和L90M。
产生蛋白酶抑制剂次要耐药突变(PI Minor Resistance Mutations),有五个突变位点,分别是L10I、D60E、L63P、A71V、I93L。
图54.9.5 续上图(图6),此界面显示一个NRTI and NNRTI Drug resistance interpretation和RT Comments.此界面说明了产生的针对逆转录酶抑制剂相关耐药位点和耐药的程度。
例如,序列分析结果说明这个病人同时也接受了抗逆转录酶抑制剂的治疗,产生核苷类逆转录酶抑制剂的耐药突变(NRTI Resistance Mutations),有四个突变位点,分别是D67N、K70R、T215F、K219Q。
未产生非核苷类逆转录酶抑制剂的耐药突变(NNRTI Resistance Mutations)。
图64.9.6 续上图(图7),此表显示一个Mutation Scoring, 它主要根据耐药突变位点得到关于每个药物的一个分值,分值累积得到这种药物的Total Scoreing,按照总分值来判断耐药的程度。
图74.9.7 五种类型耐药突变判断标准:4.9.7 .1 Susceptible (score 0-9): virus isolates of this type have not shown reducedsusceptibility to the drug4.9.7 .2 Potential low-level resistance (score 10-14): virus isolates of this type havemutations which by themselves may not cause drug resistance, yet indicatethe possibility of previous drug selection.4.9.7 .3 Low-level resistance (score 15-29): virus isolates of this type have reducedin vitro susceptibility to the drug and/or patients with viruses of this genotypemay have a suboptimal virologic response to treatment4.9.7 .4 Intermediate resistance (score 30-59): the genotype suggests a degree ofdrug resistance greater than low-level resistance but lower than high-levelresistance4.9.7 .5 High-level resistance (score >60): the genotype is similar to that of isolateswith the highest levels of in vitro drug resistance and/or patients infected withisolates having similar genotypes generally have little or no virologicresponse to treatment五、实验室数据汇总各实验室将测得数据整理成下表形式,汇总至国家CDC性艾中心,性艾中心将根据全国调查结果,撰写一份综合报告,并将报告发给各省CDC,各省可以利用本身的数据信息,在性艾中心人员的帮助下,撰写有关报告。