研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结-实验步骤
蛋白质-蛋白质相互作用,常用的原理及操作
蛋白质-蛋白质相互作用,常用的原理及操作1 蛋白质-蛋白质相互作用的重要性蛋白质-蛋白质相互作用指的是蛋白质之间的相互作用，是细胞内部调节机制中至关重要的一环。
生物体内的大多数的生物化学反应均由多种蛋白质之间的相互作用协同完成。
因此，了解蛋白质-蛋白质相互作用对于揭示生物体内的调节机制和疾病治疗具有重要的意义。
2 蛋白质-蛋白质相互作用的原理蛋白质-蛋白质相互作用有以下几种原理：1.互补性原理：蛋白质相互作用是通过其氨基酸残基间的相互作用实现的，只有当它们的结构互为补充时，分子间才能存在一定的吸引力。
2.疏水作用原理：即亲水性的氨基酸残基排列在分子的一侧，而疏水性的氨基酸残基则尽可能地向分子的另一侧聚集，这些疏水性残基之间形成的水合层会导致疏水性残基之间相互吸引。
3.电荷作用原理：氨基酸残基的电性质对蛋白质的相互作用也有很大的影响，具有相反电荷的残基之间通常会发生静电吸引，而具有相同电荷的残基之间则发生静电排斥。
4.氢键作用原理：分子内部的氢键作用可以稳定分子结构，而分子间的氢键作用可以影响到分子之间的相互作用。
3 常见的研究方法研究蛋白质-蛋白质相互作用的方法有很多种，以下列出一些常用的方法：1.免疫共沉淀法：免疫共沉淀法是一种用于检测蛋白质复合物的好方法，该技术利用抗体与其特异性蛋白质结合，然后沉淀下来，在沉淀的过程中，能够被共沉淀下来的蛋白质就是与该蛋白质复合成分的蛋白质。
2.双杂交法：双杂交法通过蛋白质生物学里的两性体蛋白质（Y2H）或细胞外膜蛋白两性体蛋白质（M2H）来检测蛋白质相互作用。
3.表面等离子体共振（SPR）技术：SPR技术是目前应用最广泛的表征生物分子间相互作用的技术，它结合了光学和生物学等多种科学的优点。
4.荧光共振能量转移（FRET）技术：FRET技术是一种检测蛋白质相互作用的不错方法，其原理是可以监测到两个不同的荧光染料之间的能量转移过程，从而确定蛋白质复合物的形成。
蛋白质相互作用的研究
蛋白质相互作用的研究蛋白质是大分子生物化学中的重要组成部分。
它们主要由氨基酸组成，并且在生物体系中发挥着重要的功能。
在细胞内部，蛋白质相互作用是维持细胞生命周期稳定性的关键因素。
因此，蛋白质相互作用的研究，在生物化学、生物物理学和分子生物学等多个领域中都是一个重要的研究方向。
本文将从蛋白质相互作用的定义开始，逐步探讨蛋白质相互作用的分类、特点以及相关的实验技术和研究方法，以期为读者提供系统而又全面的知识储备。
一、蛋白质相互作用的定义蛋白质相互作用是指两个或多个蛋白质之间在生物体系中的结合和相互作用过程。
这种相互作用可以使两个蛋白质之间形成复合体，从而发挥一定的生物功能。
相互作用的结果可能是稳定性增加、功能的调节或协同作用，也可能是抵消性和竞争性作用等不同结果。
二、蛋白质相互作用的分类按参与蛋白质数量，蛋白质相互作用可分为二元、三元、多元相互作用。
其中二元相互作用是指两个蛋白质共同形成复合体，三元相互作用是指三个蛋白质之间形成复合体，而多元相互作用则指多个蛋白质一起结合形成复合体的过程。
按作用原理和机制的不同，蛋白质相互作用可分为静态相互作用和动态相互作用。
静态相互作用的结构相对稳定，很难被破坏或改变，并且其功能一般比较固定。
而动态相互作用则是动态的，随着生理条件的不同呈现出多样的结构和功能特征。
例如，蛋白酶的底物结合就属于动态相互作用的范畴。
三、蛋白质相互作用的特点蛋白质相互作用具有多种特征，最为突出的是其特殊的结构、不确定性和多样性。
其一，蛋白质相互作用形式多样，可以是氢键、离子键、范德华力、疏水作用等多种作用方式。
例如，氢键是通过氢原子与质子和δ-带有部位的非氢原子之间的相互作用而形成的共价化学键，是一种常见的相互作用方式。
其二，蛋白质相互作用具有不确定性。
与单独的蛋白质分子相比，蛋白质相互作用更加难以准确预测。
因为它不仅取决于相互作用双方的结构和性质，还取决于周围环境的作用和影响。
波动的温度、离子浓度和pH值等环境因素都会对蛋白质相互作用的过程和结构产生较大影响。
体外蛋白结合实验报告
一、实验背景蛋白质与蛋白质之间的相互作用在生物体内发挥着至关重要的作用，包括信号传导、基因表达调控、细胞骨架组织等。
体外蛋白结合实验是研究蛋白质相互作用的重要手段之一。
本实验旨在研究两种蛋白质A和B之间的相互作用，并通过一系列实验验证其结合能力。
二、实验目的1. 验证蛋白质A和B在体外是否具有结合能力。
2. 确定蛋白质A和B结合的最适条件。
3. 分析影响蛋白质A和B结合的因素。
三、实验材料1. 蛋白质A和B：分别从细胞培养液中纯化获得。
2. 蛋白质标记物：荧光素标记的蛋白质A和B。
3. 试剂：缓冲液、透析袋、SDS-PAGE凝胶、电泳缓冲液、Western blot试剂等。
4. 仪器：蛋白纯化系统、紫外分光光度计、电泳仪、Western blot系统等。
四、实验方法1. 蛋白质纯化：分别从细胞培养液中纯化蛋白质A和B，并鉴定其纯度。
2. 标记蛋白质：将蛋白质A和B分别用荧光素进行标记，获得荧光标记的蛋白质A（F-A）和荧光标记的蛋白质B（F-B）。
3. 蛋白质结合实验：a. 将F-A和F-B按照一定比例混合，在不同温度和pH条件下进行反应。
b. 反应结束后，通过SDS-PAGE和Western blot检测F-A和F-B的结合情况。
4. 影响结合因素分析：a. 研究温度、pH、离子强度等因素对蛋白质A和B结合的影响。
b. 通过改变反应体系中蛋白质A和B的浓度，研究其结合能力的变化。
五、实验结果1. 蛋白质纯化：蛋白质A和B的纯度均达到95%以上。
2. 蛋白质标记：荧光标记的蛋白质A和B的标记效率分别为85%和90%。
3. 蛋白质结合实验：a. 在一定范围内，蛋白质A和B在体外可以发生结合。
b. 在不同温度和pH条件下，蛋白质A和B的结合能力有所差异。
4. 影响结合因素分析：a. 温度对蛋白质A和B的结合有一定影响，最适温度为37℃。
b. pH对蛋白质A和B的结合也有一定影响，最适pH为7.4。
c. 离子强度对蛋白质A和B的结合有显著影响，高离子强度有利于蛋白质A和B的结合。
蛋白质的相互作用研究方法
Sergey A. Lukyanov 在珊瑚中发现了类似GFP的蛋白。 他还发现了红色荧光蛋白。
Roger Tsien
对GFP的机理作
出了贡献。制造
了很多GFP突变
体。
2008年诺贝尔化学奖
GFP主要应用:
• 对活细胞中的蛋白质进行准确定位及动态观察 可实时原位跟踪特定蛋白在细胞生长、分裂、分化过 程中或外界刺激因子的作用下的时空表达, 如某种转录因 子的核转位、蛋白激酶C的膜转位等。 GFP基因与分泌蛋白基因连接后转染细胞, 可动态观察 该分泌蛋白分泌到细胞外的过程
3.注意事项 1）细胞裂解 采用温和的裂解条件，不能破坏细胞内存 在的蛋白质－蛋白质相互作用，多采用非离子 变性剂（NP40或Triton X-100)。每种细胞的裂 解条件是不一样的，通过经验确定。 不能用高浓度的变性剂（0.2％SDS)，细胞裂 解液中要加各种蛋白酶酶抑制剂，如商品化的 cocktailer。 2）使用明确的抗体，有的抗体不适宜做免疫共 沉淀。 3) 对照实验的设计。
Osamu Shimomura
Osamu Shimomura in the lab in the basement of his home. He is holding a sample of “real” GFP isolated from Aequorea victorea, not produced by bacteria. In order to do his research Shimomura estimates that he collected over a million Aequorea specimens。 （One Aequorea weigh about 50g）
2 方法： 1） GST融合蛋白先与下列蛋白溶液之一孵育（a, 单一明 确的重组蛋白；b，细胞裂解蛋白混合液；c, 体外翻译 cDNA表达得到的未知蛋白）
检测蛋白质与蛋白质之间相互作用的实验技术
检测蛋白质与蛋白质之间相互作用的实验技术蛋白质之间的相互作用对于生物体的正常功能和生理进程至关重要。
因此，了解和研究蛋白质与蛋白质之间的相互作用对于疾病研究和新药发现具有重要意义。
本文将介绍常见的用于检测蛋白质与蛋白质之间相互作用的实验技术。
1. 免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）免疫沉淀是一种常用的方法，用于鉴定和分离与特定抗原相互作用的蛋白质。
该方法利用特异性抗体结合特定蛋白质并沉淀出来，然后通过电泳、质谱或免疫印迹等分析方法进行检测。
这种方法不仅可以用于识别特定的蛋白质-蛋白质相互作用，还可以捕获整个蛋白质复合物。
2. 酵母双杂交（Yeast Two-Hybrid，Y2H）酵母双杂交是一种广泛应用于蛋白质-蛋白质相互作用的实验技术。
该方法利用了转录因子的两个功能域的相互作用来检测蛋白质-蛋白质相互作用。
这种方法包括构建两个融合蛋白质：一个与DNA结合域融合的结构域和一个与激活域融合的结构域。
当两个融合蛋白质相互结合时，它们能够重新组装转录因子并激活报告基因的表达。
3. 质谱（Mass Spectrometry，MS）质谱是一种常用于分析蛋白质-蛋白质相互作用的技术。
图谱可以通过分析蛋白质混合物的质量和荷质比来确定蛋白质相互作用的可能性。
质谱技术包括多肽和蛋白质质量指纹图谱（Peptide and protein mass fingerprinting），包括基于基质辅助激光脱附电离（Matrix-assisted laser desorption/ionization，MALDI）和电喷雾（Electrospray Ionization，ESI）的方法。
4. X射线晶体学（X-ray crystallography）X射线晶体学是一种用于解析蛋白质-蛋白质相互作用的高分辨率结构的技术。
该方法涉及到将蛋白质复合物结晶成晶体，然后通过测量和分析这些晶体所产生的X射线散射模式来确定蛋白质的结构及相互作用。
研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结实验步骤
研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结实验步骤蛋白质与蛋白质相互作用是生物学领域中的一个重要研究方向，可以揭示生命活动的基本机理以及药物设计和治疗疾病的潜在靶点。
本文将总结蛋白质与蛋白质相互作用的研究方法以及实验步骤。
一、蛋白质与蛋白质相互作用研究方法总结：1.蛋白质-蛋白质亲和层析法：该方法通过利用蛋白质与目标蛋白质之间的亲和力，将目标蛋白质与其他非特异结合的蛋白质分离，可用于筛选靶向蛋白质的抑制剂或开发特定结合位点。
2.酵母双杂交方法：该方法是通过融合目标蛋白质与一组已知蛋白质相互作用的底物，通过检测底物报告基因（比如启动子）的表达来确定两个蛋白质相互作用的情况。
3.免疫共沉淀法：该方法通过利用抗体的特异性，将目标蛋白质和与其相互作用的蛋白质一同从细胞裂解液中沉淀下来，以证明它们之间存在相互作用关系。
4.光学双光子显微镜或荧光共振能量转移法：这些方法可以利用荧光染料标记的蛋白质，通过观察它们之间的相互作用情况来研究蛋白质与蛋白质之间的相互作用。
5.表面等离子体共振（SPR）：该方法通过在金属表面固定一个蛋白质，然后观察黄金膜表面等离子体共振信号的变化来研究蛋白质与蛋白质之间的相互作用过程。
6.核磁共振（NMR）：该方法利用蛋白质中的^1H、^13C和^15N原子的自旋，通过一系列的波形解析来确定蛋白质与蛋白质之间的相互作用，可以提供高分辨率的结构和动力学信息。
7.体外重组蛋白质表达和结合实验：利用大肠杆菌或霞赤红热单核细胞感染表达载体后表达目标蛋白质，以及通过重组技术制备的其他蛋白质，通过混合这些重组蛋白质来研究它们之间的相互作用。
二、蛋白质与蛋白质相互作用实验步骤：1.实验前准备：根据研究目的选择适当的实验方法和方法，准备相应的试剂和材料。
2.原料处理：获得目标蛋白质样品后，进行必要的纯化或浓缩处理，以去除其他污染物，并保持蛋白质的活性。
3.实验设计：根据研究目的设计实验方案，比如确定实验条件、控制实验和重复实验。
蛋白互作实验方法
蛋白互作实验方法蛋白互作是指蛋白质之间通过物理或化学相互作用形成复合物的过程。
了解蛋白互作的机制对于揭示细胞内不同蛋白之间的功能关系和信号传递网络具有重要意义。
本文将介绍几种常用的蛋白互作实验方法。
1. 免疫共沉淀法（Co-Immunoprecipitation, Co-IP）免疫共沉淀法是一种常用的检测蛋白互作的方法。
其基本步骤为首先选择目标蛋白A，通过特异性抗体结合于固相支持上（如Protein A/G琼脂糖），形成免疫寡聚体；然后用该寡聚体与细胞提取物混合，使抗体与目标蛋白A结合；接下来通过离心将复合物沉淀下来，洗脱杂质，最后将沉淀复合物进行热解、电泳分离和Western blot进行检测。
如结果显示目标蛋白B出现在沉淀物中，则可以判定蛋白A与蛋白B存在互作关系。
2. 酵母双杂交实验（Yeast Two-Hybrid, Y2H）酵母双杂交实验是一种常用的高通量筛选蛋白互作的方法。
其基本原理是将目标蛋白A与一个转录因子的DNA结合域（DBD）融合，形成A-DNA融合蛋白；同时将潜在互作蛋白B与一个激活因子的激活域（AD）融合，形成B-AD融合蛋白。
当A-DNA与B-AD融合蛋白发生互作后，激活域和DNA结合域相互接触，促使报告基因的表达，从而在选择培养基上形成特定的生长。
通过这种方式，可以大规模筛选蛋白互作。
3. 荧光共定位实验荧光共定位实验是一种直观、快速的检测蛋白互作的方法。
通过融合兴趣蛋白A 与绿色荧光蛋白（GFP）或红色荧光蛋白（mCherry）等荧光标记蛋白，将其表达于细胞中。
如果蛋白A与蛋白B发生互作，并且它们定位于细胞的相同或相邻位置，那么在显微镜下观察到的荧光信号将重叠出现。
通过这种方法，可以直观地观察蛋白互作的情况。
4. 基于亲和柱的互作分析基于亲和柱的互作分析是一种高效的检测蛋白互作的方法。
亲和柱是一种包含特定亲和配体（如金属离子、抗原-抗体、蛋白A/G等）的柱状介质。
首先将一个潜在的互作蛋白A融合到亲和配体上，使其固定在亲和柱上；然后将细胞提取物加载到亲和柱上，使蛋白A能与目标蛋白B结合；接下来通过洗脱步骤将非特异性结合的蛋白去除，最后用适当的方法检测目标蛋白B的存在。
蛋白相互作用Pull-Down实验
蛋⽩相互作⽤Pull-Down实验蛋⽩相互作⽤Pull-Down实验蛋⽩相互作⽤Pull-Down实验实验原理：Pull-Down技术是通过蛋⽩相互作⽤来研究细胞通路的有⼒⼯具。
是确定两种或更多蛋⽩之间相互作⽤的体外⽅法。
Pull-Down实验可⽤来检测已知的蛋⽩相互作⽤条件，并且可⽤来筛选未知的蛋⽩相互作⽤。
⽤作诱饵的蛋⽩是重组蛋⽩，会含有⼀个⽤于纯化的亲和标签。
这个融合标签就是⽤于Pull-Down实验的基础。
最常见的标签为⾕胱⽢肽S-转移酶（GST）和多组氨酸（6×His）。
其分别使⽤固相化的⾕胱⽢肽和固相化的⾦属螯合物亲和配体（如Ni2+和Co2+）。
重复洗三次。
加⼊50ul 20mmol/L的还原型⾕胱⽢肽到球珠中，洗脱GST融合蛋⽩及任何与其结合的蛋⽩质。
在离⼼机上最⼤速度离⼼2min。
将洗脱蛋⽩质与等体积的2×SDS-PAGE上样buffer混合。
3、检测相互作⽤蛋⽩质将样品煮沸4min，进⾏SDS-PAGE凝胶电泳分析。
⽅法⼆：1、5ug⽬的GST融合探针蛋⽩和GST蛋⽩分别和⾕胱⽢肽琼脂糖凝胶球珠在4℃孵育结合30min。
2、结合GST融合探针蛋⽩的⾕胱⽢肽琼脂糖凝胶球珠与100ul细胞裂解液结合在4℃作⽤4h。
3、3000rpm在4℃离⼼5min，除去上清。
4、⽤洗涤缓冲液重悬⾕胱⽢肽琼脂糖凝胶球珠，3000rpm在4℃离⼼5min，除去上清，重复5次。
5、取⾕胱⽢肽琼脂糖凝胶球珠进⾏SDS-PAGE电泳分析。
⽅法三：实验试剂：PBS（140mM NaCl、2.7mM KCl、10mM Na2HPO4、1.8mM KH2PO4）Elution Buffer: 50mM Tris-Cl(pH8.0)、10mM还原型⾕胱⽢肽0.154g溶解到50ml 50mM Tris-Cl(pH8.0)中配制ElutionBuffer。
1、细胞裂解取1ml细菌培养液离⼼去上清，加200ul细胞裂解液到菌丸，在室温下重悬并轻柔的混匀。
研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结-实验步骤
研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结—实验步骤蛋白质与蛋白质之间相互作用构成了细胞生化反应网络的一个主要组成部分，蛋白-蛋白互作网络与转录调控网络对调控细胞及其信号有重要意义。
把原来spaces空间上的一篇蛋白质与蛋白质间相互作用研究方法转来，算是实验技巧分类目录的首篇。
（另补充2：检测两种蛋白质之间相互作用的实验方法比较）一、酵母双杂交系统酵母双杂交系统是当前广泛用于蛋白质相互作用组学研究的一种重要方法。
其原理是当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后,诱饵蛋白结合于报道基因的启动子，启动报道基因在酵母细胞内的表达，如果检测到报道基因的表达产物，则说明两者之间有相互作用，反之则两者之间没有相互作用。
将这种技术微量化、阵列化后则可用于大规模蛋白质之间相互作用的研究。
在实际工作中，人们根据需要发展了单杂交系统、三杂交系统和反向杂交系统等。
Angermayr等设计了一个SOS蛋白介导的双杂交系统.可以研究膜蛋白的功能，丰富了酵母双杂交系统的功能。
此外，酵母双杂交系统的作用也已扩展至对蛋白质的鉴定.二、噬茵体展示技术在编码噬菌体外壳蛋白基因上连接一单克隆抗体的DNA序列，当噬菌体生长时，表面就表达出相应的单抗，再将噬菌体过柱,柱上若含目的蛋白，就会与相应抗体特异性结合，这被称为噬菌体展示技术。
此技术也主要用于研究蛋白质之间的相互作用，不仅有高通量及简便的特点，还具有直接得到基因、高选择性的筛选复杂混合物、在筛选过程中通过适当改变条件可以直接评价相互结合的特异性等优点。
目前，用优化的噬菌体展示技术，已经展示了人和鼠的两种特殊细胞系的cDNA文库，并分离出了人上皮生长因子信号传导途径中的信号分子。
三、等离子共振技术表面等离子共振技术(Surface Plasmon Resonance，SPR)已成为蛋白质相互作用研究中的新手段。
它的原理是利用一种纳米级的薄膜吸附上“诱饵蛋白”，当待测蛋白与诱饵蛋白结合后，薄膜的共振性质会发生改变，通过检测便可知这两种蛋白的结合情况。
检验蛋白质与蛋白质相互作用的方法
检验蛋白质与蛋白质相互作用的方法
有多种方法可以检验蛋白质与蛋白质相互作用：
1. 免疫共沉淀（immunoprecipitation）：通过抗体选择性地沉淀出蛋白质复合物，并利用Western blot等技术检测相互作用蛋白质的存在。
2. 蛋白质亲和层析（protein affinity chromatography）：将一个蛋白质固定于树脂上，然后通过蛋白质与其交互作用的其他蛋白质在层析柱中保留，并通过洗脱和分析来确认相互作用。
3. 光敏交联（photocrosslinking）：通过使用光敏交联剂，使两个相互作用的蛋白质发生共价化学反应，并通过分子量分析等技术来确定相互作用。
4. 双杂交实验（yeast two-hybrid assay）：利用酵母中的转录激活子结构域和DNA结合结构域的解偶联来检测蛋白质与蛋白质之间的相互作用。
5. 表面等离子共振（surface plasmon resonance）：利用传感器芯片上吸附的一个蛋白质通过流动相与另一个相互作用蛋白质进行实时监测，并测定其结合亲和力和动力学参数。
这些方法都能有效地检验蛋白质与蛋白质相互作用，具体选择哪一种方法还需根据实验目的和条件来决定。
医学中蛋白质相互作用的研究方法与应用
医学中蛋白质相互作用的研究方法与应用蛋白质是生物体内的重要分子，具有多种功能，包括催化反应、传递信号、维持细胞结构等。
蛋白质相互作用是生命活动中的重要过程，可以帮助细胞完成各种生理功能。
因此，研究蛋白质相互作用具有重要意义。
本文将介绍医学中蛋白质相互作用的研究方法与应用。
一、蛋白质相互作用的研究方法1. X射线晶体学X射线晶体学是一种基于蛋白质晶体的方法，通过分析高分辨率的晶体结构来解决原子层面的问题。
蛋白质晶体的结构可以由X射线衍射实验测定，从而推断出蛋白质的三维结构、功能和相互作用。
该技术具有高分辨率和准确性的优点，但由于制备蛋白质晶体较难，所以成本比较高，不适合大规模应用。
2. 核磁共振核磁共振是一种用于研究分子结构和动力学的技术，可以获得蛋白质间相互作用的信息。
该技术可以通过多种方式测定蛋白质的结构和动力学信息，可以研究蛋白质在不同条件下的构象变化和相互作用。
然而，核磁共振分析时间长、限制样品数量和浓度等问题也降低了其应用广泛性。
3. 生物分子荧光共振能量转移技术生物分子荧光共振能量转移技术是一种用于研究生物大分子相互作用的技术，可以定量地在分子尺度上测量距离和动力学参数。
该技术不需要蛋白质晶体，并且对样品数量和浓度的要求较低，因此广受欢迎。
此技术通过荧光共振能量转移原理实现，该原理利用荧光标记分子之间的尺度相互作用关系，通过控制供体和接受者之间的相对位置，可以测量它们之间的距离和相互作用。
4. 表面等离子体共振表面等离子体共振是一种生物传感技术，可用于研究蛋白质相互作用。
此技术基于表面等离子体的共振吸收原理，利用外加的光源与介质之间的反射和透射，测量表面等离子体的吸收值并计算分子间距离和结合强度。
该技术样品制备简便，自动化程度高、实验时间短、操作简单、灵敏度高等优点。
二、蛋白质相互作用的应用1. 新药发现在新药发现中，精确的蛋白质相互作用信息可以帮助科学家确定可行的靶点和药物分子。
此技术可以在更短的时间内确定分子的活性，选择对特定目标分子更具选择性的药物分子。
蛋白质相互作用实验报告
蛋白质相互作用实验报告一、实验背景蛋白质是生命活动的主要承担者，它们在细胞内通过相互作用形成复杂的网络，共同执行各种生物学功能。
研究蛋白质相互作用对于理解生命过程、疾病发生机制以及药物研发具有重要意义。
本实验旨在探究两种特定蛋白质之间的相互作用关系。
二、实验目的1、确定目标蛋白质 A 和蛋白质 B 是否存在相互作用。
2、分析蛋白质相互作用的强度和特性。
三、实验材料与方法（一）实验材料1、蛋白质 A 和蛋白质 B 的纯品。
2、相关试剂，如缓冲液、抗体等。
3、实验仪器，包括离心机、移液器、电泳设备、荧光显微镜等。
（二）实验方法1、免疫共沉淀（CoImmunoprecipitation，CoIP）将蛋白质 A 和蛋白质 B 共同孵育，加入特异性抗体与其中一种蛋白质结合。
通过免疫沉淀将结合有抗体的复合物沉淀下来。
对沉淀下来的复合物进行 Western blot 检测，查看是否存在另一种蛋白质。
2、酵母双杂交系统（Yeast TwoHybrid System）构建分别含有蛋白质 A 和蛋白质 B 编码序列的载体。
将载体分别转化到酵母细胞中。
观察酵母细胞的生长情况和报告基因的表达，判断蛋白质相互作用。
3、荧光共振能量转移（Fluorescence Resonance Energy Transfer，FRET）对蛋白质 A 和蛋白质 B 分别进行荧光标记。
使标记后的蛋白质相互作用。
通过检测荧光信号的变化来判断是否发生能量转移，从而确定相互作用。
四、实验结果1、免疫共沉淀实验结果显示，在沉淀复合物中同时检测到了蛋白质 A 和蛋白质 B，表明它们之间存在直接的相互作用。
2、酵母双杂交系统中，酵母细胞在特定条件下生长良好，并且报告基因得以表达，进一步证实了蛋白质 A 和蛋白质 B 的相互作用。
3、荧光共振能量转移实验中，观察到了明显的荧光信号变化，支持了蛋白质 A 和蛋白质 B 相互作用的结论。
五、结果分析与讨论1、综合三种实验方法的结果，均有力地证明了蛋白质 A 和蛋白质B 之间存在相互作用。
研究蛋白质相互作用的方法及原理
研究蛋白质相互作用的方法及原理蛋白质相互作用是生命科学研究中的重要问题，因为蛋白质在细胞内发挥着许多生物学功能，如信号转导、代谢调控和基因表达等。
在研究这些生物学过程时，了解蛋白质相互作用的方法和原理非常重要。
本文将介绍几种常见的研究蛋白质相互作用的方法及其原理。
1. 亲和层析法亲和层析法是一种将目标蛋白质从混合物中纯化出来的方法。
该方法利用目标蛋白质与其相互作用的配体（亲和剂）固定在填充层析柱中的树脂上，将混合物加入层析柱中，通过蛋白质与配体的特异性相互作用，使目标蛋白质与填充层析柱中的树脂结合，从而将其分离出来。
亲和层析法可用于研究蛋白质-蛋白质、蛋白质-小分子等相互作用。
2. 免疫沉淀法免疫沉淀法是一种利用抗体特异性结合目标蛋白质的方法。
该方法将抗体固定在磁珠或凝胶颗粒上，将混合物加入其中，抗体与目标蛋白质特异结合，将其从混合物中沉淀出来，从而实现目标蛋白质的纯化。
免疫沉淀法可用于研究蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸等相互作用。
3. 双杂交技术双杂交技术是一种检测蛋白质相互作用的方法。
该技术基于贝尔-拉布实验，将目标蛋白质的DNA序列与另外一种被称为“活化因子”的蛋白质DNA序列连接起来，形成一个双杂交体。
当该双杂交体与另一种包含另一个蛋白质DNA序列的双杂交体结合时，它们可以通过激活报告基因的表达来检测相互作用。
双杂交技术可用于研究蛋白质-蛋白质相互作用。
4. 表面等离子共振(SPR)技术表面等离子共振技术是一种实时监测蛋白质相互作用的方法。
该技术基于利用表面等离子共振技术将一个蛋白质固定在芯片上，然后通过流动另一个蛋白质溶液，可以精确地测量这两个蛋白质之间的相互作用。
通过测定反应速率和平衡常数等参数，可以定量分析蛋白质相互作用的强度和亲和力。
表面等离子共振技术可用于研究蛋白质-蛋白质、蛋白质-小分子等相互作用。
总之，以上这些方法可以帮助研究人员深入了解蛋白质相互作用的机制和原理，在生命科学中有着广泛的应用。
蛋白与蛋白相互作用的研究方法
蛋白与蛋白相互作用的研究方法引言：蛋白质是生物体内最为重要的大分子，其功能多样且复杂。
蛋白质的功能往往通过与其他蛋白质相互作用来实现。
因此，研究蛋白质与蛋白质之间的相互作用成为了生物学与生物化学领域中的重要课题。
本文将介绍一些常用的蛋白质相互作用研究方法。
一、酵母双杂交技术（Y2H）酵母双杂交技术是一种常用的蛋白质相互作用研究方法。
该技术利用酵母细胞中的转录激活子域（activation domain）和DNA结合域（DNA binding domain）的相互作用来实现蛋白质的检测。
通过将感兴趣的蛋白质A与转录激活子域融合，蛋白质B与DNA结合域融合，当蛋白质A与蛋白质B相互作用时，可以使酵母细胞中的报告基因表达，从而实现蛋白质相互作用的检测。
二、共免疫沉淀法（Co-IP）共免疫沉淀法是另一种常用的蛋白质相互作用研究方法。
该方法利用抗体与特定蛋白质结合的特异性，将目标蛋白质与其他与之相互作用的蛋白质一同沉淀下来。
通过这种方法可以鉴定蛋白质A与蛋白质B之间的相互作用。
此外，共免疫沉淀法还可以用于分析蛋白质复合物的组成及其在细胞中的定位。
三、表面等离子体共振（SPR）表面等离子体共振技术是一种实时监测蛋白质相互作用的方法。
该技术通过将其中一个蛋白质固定在金属膜上，然后将另一个蛋白质溶液流经，利用光学传感器检测蛋白质结合引起的共振角位移，从而实时监测蛋白质的结合与解离过程。
该技术能够提供蛋白质相互作用的结合动力学参数，如结合常数和亲和力等信息。
四、质谱法（MS）质谱法是一种用于鉴定蛋白质相互作用的方法。
该方法通过将蛋白质复合物分离后进行质谱分析，利用质谱仪检测蛋白质的质量与荷电量，从而鉴定蛋白质复合物中的组分。
质谱法在鉴定蛋白质相互作用中具有高灵敏度和高特异性的优势，能够提供蛋白质复合物的组成及其相对丰度等信息。
五、荧光共振能量转移（FRET）荧光共振能量转移是一种基于蛋白质相互作用的实时监测方法。
蛋白质与蛋白质相互作用的检测方法
蛋白质与蛋白质相互作用的检测方法蛋白质与蛋白质相互作用是调节细胞内外的生命过程不可缺少的过程。
因此，有效地检测和研究蛋白质与蛋白质之间的相互作用具有重要意义。
目前，有许多方法可以检测蛋白质与蛋白质相互作用，例如传统的生化实验、蛋白质结晶、核磁共振等。
本文将对常见的检测蛋白质与蛋白质相互作用的方法做一详细介绍。
1. 表面等离子共振（Surface Plasmon Resonance，SPR）技术SPR技术利用将某一配体固定在芯片上的方法，监测样品中的交互分子（配体和配体的模拟物质）与溶液中生物大分子之间的交互作用，这种方法可以被用于定量分析蛋白质与蛋白质的结合能力和动力学参数。
SPR的原理基于光的表面等离子共振现象，其基本的原理是，当一束光源通过激发表面电离振荡时，会在金属表面的一侧形成一层薄的电荷区，这形成的电场会部分穿透到溶液中的试样中，因为试样中的高分子与金属表面的电场存在交互作用，而改变金属表面的局部折射率，阻尼了电场振荡，则会影响反射和折射的光子。
利用这些影响，可以通过反射光强的检测来监测其与蛋白质之间的交互作用。
2. RNA交互固定蛋白质标记（RNA Interactome Capture）技术RNA Interactome Capture技术是一种基于RNA分子特异性的分子识别技术，可以用来分离和鉴定与RNA相互作用的蛋白质。
其原理是利用生物素标记的RNA分子固定蛋白，这可以通过RNA蛋白质相互作用来捕获蛋白质，并将其分离并鉴定。
3. 凝胶滤渗法（Gel filtration Chromatography，GFC）Gel filtration Chromatography是一种分子分离技术，主要通过分离样品中的差异和纯化样品，可以分离出大小、形状等因素不同的蛋白质以及富含特定簇周期的化合物。
该技术主要应用于蛋白质纯化和筛选，其原理是基于纯化的蛋白质与使用的凝胶柱基质之间的分子大小识别。
蛋白交联实验步骤指南：从样本处理到相互作用分析
蛋白交联实验步骤指南：从样本处理到相互作用分析蛋白质是生物体内重要的分子机器，它们参与了几乎所有生物过程。
为了深入了解蛋白质的功能和相互作用，科学家们开发了各种实验方法。
其中，蛋白交联实验是一种常用的技术，可以帮助研究人员确定蛋白质之间的相互作用关系。
本文将为您介绍蛋白交联实验的步骤指南，从样本处理到相互作用分析，帮助您更好地理解这一重要的实验技术。
图1。
步骤一：样本准备在进行蛋白交联实验之前，首先需要准备好样本。
样本可以是纯化的蛋白质，也可以是细胞或组织提取物。
对于纯化的蛋白质样本，可以直接使用；对于细胞或组织提取物，需要进行适当的处理和纯化，以去除干扰物质。
步骤二：交联试剂选择选择合适的交联试剂是蛋白交联实验的关键步骤。
常用的交联试剂包括化学交联剂和光交联剂。
化学交联剂可以通过形成共价键将蛋白质交联在一起，而光交联剂则利用紫外光激活产生高能反应物质，实现蛋白质的交联。
根据实验需求和样本特性，选择合适的交联试剂进行实验。
步骤三：交联实验操作在进行蛋白交联实验时，需要注意以下几个关键步骤：1.交联试剂添加。
将选择的交联试剂添加到样本中，通常需要在适当的缓冲液中进行。
交联试剂的浓度和反应时间需要根据实验要求进行优化。
2.交联反应。
将样本与交联试剂充分混合后，在适当的温度和时间条件下进行交联反应。
交联反应的时间和温度需要根据交联试剂的特性和样本的特点进行优化。
3.反应停止。
交联反应完成后，需要及时停止反应以防止进一步的交联。
常用的反应停止方法包括添加还原剂或加热样本。
4.样本处理。
交联反应完成后，需要对样本进行处理以去除杂质和交联试剂。
常用的处理方法包括洗涤、离心和蛋白质溶解。
步骤四：相互作用分析完成蛋白交联实验后，可以进行相互作用分析。
常用的相互作用分析方法包括凝胶电泳、质谱分析和免疫共沉淀等。
这些方法可以帮助研究人员确定蛋白质之间的相互作用关系，并进一步了解蛋白质的功能和调控机制。
蛋白交联实验是一种重要的实验技术，可以帮助研究人员研究蛋白质的相互作用关系。
质谱鉴定相互作用蛋白
质谱鉴定相互作用蛋白
质谱鉴定相互作用蛋白是通过质谱技术对相互作用的蛋白质进行鉴定和验证的过程。
在鉴定蛋白质相互作用时，质谱技术主要用于对经过亲和纯化实验筛选和分离后的互作蛋白进行鉴定。
这些互作蛋白通常来源于免疫沉淀（IP）、免疫共沉淀（Co-IP）、Pull down、串联亲和纯化技术或蛋白质微阵列得到的蛋白样品等。
质谱鉴定互作蛋白的实验流程通常包括：
1. 将细胞裂解液或组织提取液等蛋白混合体系与结合有目的蛋白的磁珠进行孵化，混合体系中能与目的蛋白相互作用的蛋白质通过特异性结合而与其他蛋白组分分离开来。
2. 通过离心或洗脱去掉没有与目的蛋白结合的杂蛋白，从而获得与目的蛋白质相互作用的靶蛋白。
3. 将IP免疫沉淀获得的靶蛋白通过质谱技术进行后续鉴定，即IP-MS 分析。
4. 通过液相色谱串联质谱技术（LC-MS/MS）对免疫沉淀捕获的目的蛋白进行鉴定分析，将获得质谱数据进行数据库比对，从而实现样品中互作蛋白的筛选和鉴定。
这种技术不仅可以用于验证已知的相互作用的蛋白，还可以用于寻找
能与目的蛋白相互作用的未知的蛋白质分子。
此外，通过质谱鉴定对实验中能与某一种特定蛋白质发生相互作用的蛋白质，可以确定特定蛋白质的互作蛋白。
请注意，异常的蛋白质与蛋白质间的相互作用与多种疾病有关，例如阿尔茨海默症等。
因此，质谱鉴定相互作用蛋白在疾病研究和药物开发中具有重要的应用价值。
检测蛋白质与蛋白质之间相互作用的实验技术
一、检测蛋白质与蛋白质相互作用① FRET技术（in vivo）FRET，Fluorescence resonance energy transfer，即荧光共振能量转移技术。
该技术的原理是用一种波长的光激发某种荧光蛋白后，它释放的荧光刚好又能激发另一种荧光蛋白，使其释放另一波长的荧光，如下图所示：以下图为例，若要利用FRET检测两种蛋白是否有相互作用，需将两种蛋白的基因分别与这两种荧光蛋白的基因融合，并在细胞内表达出两种融合蛋白。
然后只需用紫外光对CFP进行激发，并检测GFP是否放出绿色荧光。
如果能检测到绿色荧光，那么可以说明这两种蛋白可能有相互作用；反之，则是这两种蛋白没有相互作用。
② 酵母双、三杂交技术（in vivo）酵母双杂交系统主要用于考察两种蛋白是否有相互作用，其原理是典型的真核生长转录因子，如GAL4、GCN4等都含有二个不同的结构域，即AD和BD。
这些转录因子只有同时具有这两个结构域时才能起始转录。
由此，设计不同的两个载体，一个含有AD基因（假设为A载体），另一个含有BD基因（假设为B载体）。
一般将一个已知蛋白的基因连在B载体上，作为诱饵(Bait)，将未知蛋白的基因连在A载体上，将这两个载体都转到特定的酵母细胞内，看未知蛋白与已知蛋白是否有相互作用。
如果两者有相互作用，那么就可以启动报告基因的转录，从而使这个酵母细胞能在选择培养基上显现出来或者生存下来；如果两者无相互作用，那么报告基因就无法表达，那么这个酵母细胞就无法在择培养基上显现出来或者生存下来，如下图所示：由于酵母双杂交系统不能鉴定膜蛋白间的相互作用，因此又发展出了分离泛素酵母双杂交系统。
该系统的原理如下图所示：如图所示，将泛素蛋白拆分为两个片段，即C端段(Cub)和N端段(NubG)，并在C端段的N端接上一个LexA-VP16转录因子，此时它并不能激活基因转录（因为它被限制在了C端段上，不能进入细胞核发挥作用）。
将该C端段连到一个膜蛋白上，将N端段连接到另一个膜蛋白上。
检测蛋白之间相互作用的方法
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1、视已知蛋白的cDNA序列为诱饵(bait)，将其与
DNA结合域融合，构建成诱饵质粒。
2、将待筛选蛋白的cD母细胞中
4、酵母细胞中，已分离的DNA结合域和转录激活域 不会相互作用，但诱饵蛋白若能与待筛选的未知蛋 白特异性地相互作用，则可激活报告基因的转录；
白有相互作用的蛋白通过层析柱时或与此固相 复合物混合时就可被吸附而分离.
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1） GST融合蛋白先与下列蛋白溶液之一孵育 （a, 单一明确的重组蛋白；b，细胞裂解蛋白 混合液；c, 体外翻译cDNA表达得到的未知蛋
白） 2）混合液与谷胱甘肽琼脂糖球珠反应 4ºC 2h
3）离心弃上清 4）沉淀加入2× 蛋白Loading Buffer煮沸，离 心
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5）取上清进行SDS-PAGE电泳，
6）考马氏亮兰染色观察特异沉降的蛋白带， 进一步做质谱分析确 定沉降的蛋白；电泳后 的胶也可以做Western Blot来确定沉降的蛋白 中是否有目的蛋白 该实验设立GST对照，反应均在4ºC进行
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原理
：酵母双杂交系统的建立得力于对
真核细胞调控转录起始过程的认识。研究发 现，许多真核生物的转录激活因子都是由两 个可以分开的、功能上相互独立的结构域 (domain)组成的。
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例如，酵母的转录激活因子GAL4，在N端有 一个由147个氨基酸组成的DNA结合域 (DNA binding domain BD)，C端有一个由 113个氨基酸组成的转录激活域 (transcription activation domain
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研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结-实验步骤蛋白质与蛋白质之间相互作用构成了细胞生化反应网络的一个主要组成部分，蛋白-蛋白互作网络与转录调控网络对调控细胞及其信号有重要意义。
把原来spaces空间上的一篇蛋白质与蛋白质间相互作用研究方法转来，算是实验技巧分类目录的首篇。
(另补充2：检测两种蛋白质之间相互作用的实验方法比较)一、酵母双杂交系统酵母双杂交系统是当前广泛用于蛋白质相互作用组学研究的一种重要方法。
其原理是当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后，诱饵蛋白结合于报道基因的启动子，启动报道基因在酵母细胞内的表达，如果检测到报道基因的表达产物，则说明两者之间有相互作用，反之则两者之间没有相互作用。
将这种技术微量化、阵列化后则可用于大规模蛋白质之间相互作用的研究。
在实际工作中，人们根据需要发展了单杂交系统、三杂交系统和反向杂交系统等。
Angermayr等设计了一个SOS蛋白介导的双杂交系统。
可以研究膜蛋白的功能，丰富了酵母双杂交系统的功能。
此外，酵母双杂交系统的作用也已扩展至对蛋白质的鉴定。
二、噬茵体展示技术在编码噬菌体外壳蛋白基因上连接一单克隆抗体的DNA序列，当噬菌体生长时，表面就表达出相应的单抗，再将噬菌体过柱，柱上若含目的蛋白，就会与相应抗体特异性结合，这被称为噬菌体展示技术。
此技术也主要用于研究蛋白质之间的相互作用，不仅有高通量及简便的特点，还具有直接得到基因、高选择性的筛选复杂混合物、在筛选过程中通过适当改变条件可以直接评价相互结合的特异性等优点。
目前，用优化的噬菌体展示技术，已经展示了人和鼠的两种特殊细胞系的cDNA文库，并分离出了人上皮生长因子信号传导途径中的信号分子。
三、等离子共振技术表面等离子共振技术(Surface Plasmon Resonance，SPR)已成为蛋白质相互作用研究中的新手段。
它的原理是利用一种纳米级的薄膜吸附上“诱饵蛋白”，当待测蛋白与诱饵蛋白结合后，薄膜的共振性质会发生改变，通过检测便可知这两种蛋白的结合情况。
SPR技术的优点是不需标记物或染料，反应过程可实时监控。
测定快速且安全，还可用于检测蛋白一核酸及其它生物大分子之间的相互作用。
四、荧光能量转移技术荧光共振能量转移（FRET ）广泛用于研究分子间的距离及其相互作用; 与荧光显微镜结合，可定量获取有关生物活体内蛋白质、脂类、DNA 和RNA 的时空信息。
随着绿色荧光蛋白（GFP）的发展，FRET 荧光显微镜有可能实时测量活体细胞内分子的动态性质。
提出了一种定量测量FRET效率以及供体与受体间距离的简单方法，仅需使用一组滤光片和测量一个比值，利用供体和受体的发射谱消除光谱间的串扰。
该方法简单快速，可实时定量测量FRET 的效率和供体与受体间的距离，尤其适用于基于GFP 的供体受体对。
五、抗体与蛋白质阵列技术蛋白芯片技术的出现给蛋白质组学研究带来新的思路。
蛋白质组学研究中一个主要的内容就是研究在不同生理状态下蛋白水平的量变，微型化，集成化，高通量化的抗体芯片就是一个非常好的研究工具，他也是芯片中发展最快的芯片，而且在技术上已经日益成熟。
这些抗体芯片有的已经在向临床应用上发展，比如肿瘤标志物抗体芯片等，还有很多已经应用再眼就的各个领域里。
六、免疫共沉淀技术免疫共沉淀主要是用来研究蛋白质与蛋白质相互作用的一种技术，其基本原理是，在细胞裂解液中加入抗兴趣蛋白的抗体，孵育后再加入与抗体特异结合的结合于Pansobin珠上的金黄色葡萄球菌蛋白A(SPA)，若细胞中有正与兴趣蛋白结合的目的蛋白，就可以形成这样一种复合物：“目的蛋白—兴趣蛋白—抗兴趣蛋白抗体—SPA\|Pansobin”，因为SPA\|Pansobin比较大，这样复合物在离心时就被分离出来。
经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，复合物四组分又被分开。
然后经Western blotting法，用抗体检测目的蛋白是什么，是否为预测蛋白。
这种方法得到的目的蛋白是在细胞内天然与兴趣蛋白结合的，符合体内实际情况，得到的蛋白可信度高。
但这种方法有两个缺陷：一是两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；二是必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果，方法本身具有冒险性。
七、pull-down技术蛋白质相互作用的类型有牢固型相互作用和暂时型相互作用两种。
牢固型相互作用以多亚基蛋白复合体常见，最好通过免疫共沉淀（Co-IP）、Pull-down技术或Far-western法研究。
Pull-down 技术用固相化的、已标记的饵蛋白或标签蛋白（生物素-、PolyHis-或GST-），从细胞裂解液中钓出与之相互作用的蛋白。
通过Pull-down技术可以确定已知的蛋白与钓出蛋白或已纯化的相关蛋白间的相互作用关系，从体外传路或翻译体系中检测出蛋白相互作用关系。
检测两种蛋白质之间相互作用的实验方法比较研究蛋白-蛋白相互作用是理解生命活动的基础。
蛋白质—蛋白质互作网络是生物信息调控的主要实现方式，是决定细胞命运的关键因素。
检测蛋白质间相互作用的实验方法有哪些？(补充：研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结1)这些检测方法各有什么优缺点？总结如下。
1. 生化方法●共纯化、共沉淀，在不同基质上进行色谱层析（需要补充）●蛋白质亲和色谱基本原理是将一种蛋白质固定于某种基质上（如Sepharose），当细胞抽提液经过改基质时，可与改固定蛋白相互作用的配体蛋白被吸附，而没有吸附的非目标蛋白则随洗脱液流出。
被吸附的蛋白可以通过改变洗脱液或者洗脱条件而回收下来。
GST pull down技术：为了更有效的利用蛋白质亲和色谱，可以将待纯话的蛋白以融合蛋白的形式表达，即将”诱饵“蛋白与一种易于纯化的配体蛋白融合。
例如与GST融合的蛋白再经过GSH 的色谱柱时，就可以通过GST和GSH的相互作用而被吸附。
当载有细胞抽提物经过柱时，就可以得到能够与“诱饵”蛋白相互作用的目标蛋白了。
Epitope-tag技术：表位附加标记技术就是将附加的抗原融合到目的蛋白以检测目的蛋白的表达，同时还可以通过亲和层析法来纯化目的蛋白。
缺点：表位附加标记可能会使融合蛋白不稳定，改变或使融合蛋白功能丧失。
以上两种方法都要共同的缺点：假阳性。
实验所检测到的相互作用可能时由蛋白质所带电荷引起的，并不是生理性的相互作用；蛋白的相互作用可能并不是直接的，可是由第三者作为中介的；有时会检测到两种在细胞中不可能相遇却有极强亲和力的蛋白。
因此实验结果还应经其他方法验证。
●免疫共沉淀免疫共沉淀是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。
改法的优点是蛋白处于天然状态，蛋白的相互作用可以在天然状态下进行，可以避免认为影响；可以分离得到天然状态下相互作用的蛋白复合体。
缺点：免疫共沉淀同样不能保证沉淀的蛋白复合物时候为直接相互作用的两种蛋白。
另外灵敏度不如亲和色谱高。
●Far-Western 又叫做亲和印记。
将PAGE胶上分离好的凡百样品转移到硝酸纤维膜上，然后检测哪种蛋白能与标记了同位素的诱饵蛋白发生作用，最后显影。
缺点是转膜前需要将蛋白复性。
2. 等离子表面共振技术（Surface plasmon resonance）该技术是将诱饵蛋白结合于葡聚糖表面，葡聚糖层固定于几十纳米厚的技术膜表面。
当有蛋白质混合物经过时，如果有蛋白质同“诱饵”蛋白发生相互作用，那么两者的结合将使金属膜表面的折射绿上升，从而导致共振角度的改变。
而共振角度的改变与该处的蛋白质浓度成线性关系，由此可以检测蛋白质之间的相互作用。
该技术不需要标记物和染料，安全灵敏快速，还可定量分析。
缺点：需要专门的等离子表面共振检测仪器。
3. 遗传学方法使某处发生缺损，检测对其他地方的影响。
●基因外抑制子。
基因外抑制子是通过一个基因的突变来弥补原有基因的突变。
比如相互作用的蛋白A和B，如果A发生了突变使两者不再相互作用，此时B如果再发生弥补性突变就可以使两者的相互作用恢复，那么B就是A的基因外抑制子。
缺点：需要知道基因，要有表型，筛选抑制子比较费时。
●合成致死筛选指两个基因同时发生突变会产生致死效应，而当每个基因单独发生突变时则无致死效应。
用于分析两个具有相同重要蛋白之间的相互作用。
4. 双杂交技术原理基于真核细胞转录因子的结构特殊性，这些转录因子通常需要两个或以上相互独立的结构域组成。
分别使结合域和激活域同诱饵蛋白和猎物蛋白形成融合蛋白，在真核细胞中表达，如果两种蛋白可以发生相互作用，则可使结合域和激活域在空间上充分接近，从而激活报告基因。
缺点：自身有转录功能的蛋白会造成假阳性。
融合蛋白会影响蛋白的真实结构和功能。
不利于核外蛋白研究，会导致假隐性。
5. 荧光共振能量转移技术指两个荧光法色基团在足够近（<100埃）时，它们之间可发生能量转移的现象。
荧光共振能量转移技术可以研究分子内部对某些刺激发生的构象变化，也能研究分子间的相互作用。
它可以在活体中检测，非常灵敏，分辩率高，能够检测大分子的构象变化，能够定性定量的检测相互作用的强度。
缺点此项技术要求发色基团的距离小于100埃。
另外设备昂贵，还需要融合GFP给蛋白标记。
此外还有交联技术（cross－linKing），蛋白质探针技术，噬菌体展示技术（Phage display）以及生物信息学的方法来检测蛋白质之间相互作用Western杂交是将蛋白质电泳、印迹、免疫测定融为一体的特异性蛋白质的检测方法。
其原理是：生物中含有一定量的目的蛋白。
先从生物细胞中提取总蛋白或目的蛋白，将蛋白质样品溶解于含有去污剂和还原剂的溶液中，经SDS-PAGE电泳将蛋白质按分子量大小分离，再把分离的各蛋白质条带原位转移到固相膜（硝酸纤维素膜或尼龙膜）上，接着将膜浸泡在高浓度的蛋白质溶液中温育，以封闭其非特异性位点。
然后加入特异抗性体（一抗），膜上的目的蛋白（抗原）与一抗结合后，再加入能与一抗专一性结合的带标记的二抗（通常一抗用兔来源的抗体时，二抗常用羊抗兔免疫球蛋白抗体），最后通过二抗上带标记化合物（一般为辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶）的特异性反应进行检测。
根据检测结果，从而可得知被检生物（植物）细胞内目的蛋白的表达与否、表达量及分子量等情况。
Western杂交方法灵敏度高，通常可从植物总蛋白中检测出50ng的特异性的目的蛋白。