细胞色素c氨基酸序列分析.

序列1是远端序列，无法和其他全序列进行比较，故 clustal分析时删去序列1，其余序列按顺序递次下排，同 时后续分析均不考虑。
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氨基酸序列对比，同时标尺中表示出保守区，一般突变区和易突变区
得出结论： 从11个序列对比中我们可以看出： 1.哺乳类，鸟类，鱼类可能有一个共同祖先（从细胞色素c序 列大体得出），因为其细胞色素c序列大体相同。 2.突变氨基酸通常不是芳香氨基酸，只有一种芳香氨基酸突 变为另一种芳香氨基酸，其他突变均没有芳香氨基酸参与。 推测，这可能与芳香氨基酸特有的苯环有关，（1）苯环结 构较大，空间位阻较大，对蛋白质结构的影响较大苯环 3.序列的突变区较短，夹在保守区中间，通常仅有1-2个氨基 酸 4.突变氨基酸有的有很大区别，有从亲水氨基是突变为疏水 氨基酸的，还有的突变会造成电荷变化等 5.通过细胞色素c的突变个数及相似程度，可以得出一个进化 树：
lcl|3
gi|255683507|ref|NP_001157486.1| cytochrome c [Equus caballus]野马
lcl|4
gi|114051487|ref|NP_001039526.1| cytochrome c [Bos taurus]牛
lcl|5
gi|118405198|ref|NP_001072946.1| cytochrome c [Gallus gallus]原鸡
lcl|9
gi|203699|gb|AAA21711.1| cytochrome c [Rattus norvegicus]褐家鼠
lcl|10
gi|197099570|ref|NP_001124639.1| cytochrome c [Pongo abelii]苏门达腊猩猩
lcl|11
gi|219521870|ref|NP_001137145.1| cytochrome c [Taeniopygia guttata]斑胸草雀
选 取 物 种
Accession lcl|1
Description gi|7298325|gb|AAF53553.1| cytochrome c distal [Drosophila melanogaster]
Links
lcl|2
gi|11128019|ref|NP_061820.1| cytochrome c [Homo sapiens]智人
lcl|12
gi|50344790|ref|NP_001002068.1| cytochrome c [Danio rerio]斑马鱼
AlignmentsSelect All Mouse over the sequence identifer for sequence title 1 MGSGDAENGKKIFVQKCAQCHTYEVGGKHKVGPNLGGVVGRKCGTAAGYKYTDANIKKGVTWTEGNLDEY LKDPKKYIPGTKMVFAGLKKAEERADLIAFLKSNK-2 MG—DVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGYSYTAANKNKGIIWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFVG IKKKEERADLIAYLKKATNE 3 MG—DVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGFSYTDANKNKGITWKEETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKKTEREDLIAYLKKATNE 4 MG—DVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGFSYTDANKNKGITWGEETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKKGEREDLIAYLKKATNE 5 MG—DIEKGKKIFVQKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAEGFSYTDANKNKGITWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKKSERVDLIAYLKDATSK 6 MG—DVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGFSYTDANKNKGITWGEETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKKGEREDLIAYLKKATNE 7 MG—DVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGFSYTDANKNKGITWGEETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKTGERADLIAYLKKATKE 8 MG—DVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGYSYTAANKNKGIIWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFVG IKKKEERADLIAYLKKATNE 9 MG—DVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAAGFSYTDANKNKGITWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKKGERADLIAYLKKATNE 10 MG—DVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGYSYTAANKNKGIIWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFVG IKKKEERADLIAYLKKATNE 11 MG—DVEKGKKIFVQKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLNDLFGRKTGQAEGFSYTDANKNKGITWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKKGEGADLIAYLKVATAK 12 MG—DVEKGKKVFVQKCAQCHTVENGGKHKVGPNLWGLFGRKTGQAEGFSYTDANKSKGIVWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFA GIKKKGERADLIAYLKSATS-
lcl|6
gi|194018698|ref|NP_001123442.1| cytochrome c [Sus scrofa]野猪
lcl|7
gi|308081835|ref|NP_001183974.1| cytochrome c [Canis lupus familiaris]家犬
lcl|8
gi|115392119|ref|NP_001065289.1| cytochrome c [Pan troglodytes]黑猩猩