菌株鉴定流程总结
菌种鉴定方法
1. 菌落形态观察观察菌落的大小、形状、隆起度、边缘、表面性状、颜色与透明度、质地和干湿度。
2. 革兰氏染色按照革兰氏染色方法进行制片、初染、媒染、脱色、复染、干燥、镜检；干燥后，用油镜观察。
3. 鞭毛染色挑取18~30 h新鲜平板培养物制备菌悬液，制片，室温自然干燥。
滴加硝酸银染色A液覆盖3~5 min，用蒸馏水充分洗去A液，再滴加B液染色约1 min，当涂面出现明显褐色时，立即用蒸馏水冲洗。
自然干燥后用油镜观察。
菌体呈深褐色，鞭毛显褐色。
4. 糖类分解试验将被检菌接种于糖发酵培养基中，37℃培养2－3天。
如果培养基变黄，说明产酸；如变黄的同时，还有气泡，说明既产酸又产气。
培养基仍呈蓝色，说明未产酸。
选取木糖、葡萄糖、半乳糖和蔗糖。
5. 吲哚（靛基质）试验将待检菌种接种于邓享氏蛋白质的胨溶液中，37℃培养1－2天。
于培养液中加入戊醇或二甲苯2－3ml，摇匀，静置片刻后，沿管壁加入试剂2ml，如出现红色沉淀，表示为阳性。
6. 淀粉水解试验将LB琼脂加热融化，使冷到50℃，加入淀粉溶液，混匀后，倾注平板。
将细菌划线接种于平板上，37℃培养24小时，生长后取出，在菌落处滴加革兰氏碘液少许，培养基呈深蓝色，能水许解淀粉的细菌菌落周围有透明环。
9. V－P试验将被检菌接种于试验培养基中（葡萄糖、K2 HPO4、蛋白胨各5g，溶于1 000ml 水中，分装于试管中，0.075MPa灭菌10分钟），培养2－7天后，于培养物中加入1ml 10％的NaOH，混匀，再加入3－4滴2%氯化铁溶液。
数小时后，培养基表面的下层出现红色者，为阳性。
10.甲基红（M.R）试验接种细菌，于37℃培养2－7天后，于培养物中加入几滴甲基红酒精溶液（0.1g 甲基经溶于300ml 95%乙醇中，加蒸馏水至500 ml），如呈红色，表示阳性。
11. 柠檬酸盐利用试验将被检菌接种到Simmons固体柠檬酸盐培养基上，37℃下培养2－4天，能利用柠檬酸盐的细菌表现为有细菌生长，培养基变为蓝色，不能利用柠檬酸盐的细菌不生长，培养基不变色。
细菌鉴定流程
细菌鉴定流程细菌鉴定细菌形态学鉴定16S rDNA 鉴定生理生化鉴定一、细菌形态学鉴定1.从-80˚Ϲ冰箱中取出菌株放4˚Ϲ复苏，轻柔混匀后用接种环接一环菌液在培养基平板上划线活化，根据菌株来源选择适宜的培养基。
2.放入培养箱倒置培养，实验室一般采用28˚Ϲ培养，特殊菌株依据该菌最适条件（时间、温度）培养24-48h。
3. 纯化：从活化培养基平板上挑取单菌落继续划板培养。
4. 观察记录菌落形态特征：大小（mm）、形状、干湿、透明度、颜色、边缘整齐还是，，，，，，，形状干湿透明度颜色边缘细菌大小（mm）注意事项：①接种划线应在酒精灯旁边操作②培养时应倒置培养，防止污染二、革兰氏染色1.涂片固定将纯化后的菌株进行革兰氏染色，滴一滴生理盐水于载玻片上，无菌条件下用接种环挑取少量菌落均匀涂布水滴中，使其自然干燥，菌面向上，经火焰固定。
注意事项：菌液涂片时不可过于浓厚，干燥、固定。
固定时通过火焰1~2次即可，不可过热，以载玻片不烫手为宜。
2.染色一般包括初染、没染、脱色、复染等四个步骤，具体操作方法是：（1）加上结晶紫后，染色1分钟，水洗。
（2）加上碘液染色1分钟，水洗。
（3）加上95%酒精，摇动玻片，根据涂片厚度，脱色约20~60秒，水洗，吸去水分。
（4）加上蕃红后，染色1分钟，水洗。
（5）吸干或在空气中晾干后，油镜镜检。
3.结果观察：革兰氏阴性菌呈红色，革兰氏阳性菌呈紫色。
以均匀分散开的细菌的革兰氏染色反应为准，过于密集的细菌，都常呈现假阳性。
注意事项：①标本涂片不能太厚，严格按操作要求进行。
若涂片较厚，应延长脱色时间，直至不再出现紫色为止。
②玻片通过火焰温度不能太高。
③碘液变透明，则不能使用。
④水洗时动作要轻，沿载玻片对角线方向用洗瓶冲洗，以免把菌体冲掉。
三、16S rDNA 鉴定（16S rDNA只能鉴定到属，需进行生理生化、药敏实验等鉴定到种）1. 细菌复苏、活化、纯化同细菌形态学鉴定3. 挑取单菌落至少2-3个接到含有1ml灭菌纯水的1.5ml离心管中混匀。
maldi-tof-m 鉴定菌株的流程
maldi-tof-m 鉴定菌株的流程
MALDI-TOF-MS （Maldi-Time of Flight-Mass Spectrometry, 耐
抗谱分）
实验材料：
- MALDI-TOF-MS设备
- 培养菌株
- 甲醇
- 三氟乙酸
- 培养基
实验流程：
1. 培养菌株：将需要鉴定的菌株在适当的培养基上进行培养。
2. 菌株处理：从培养基上选择一个单纯的菌落，用无菌平片将其转移到一个干净的Eppendorf管中。
3. 菌株提取：在Eppendorf管中加入少量甲醇和三氟乙酸溶液，使用涡旋混匀片刻，使菌细胞充分裂解释放出内部物质。
4. 预处理：将混匀后的细胞提取液转移到MALDI-TOF-MS设
备的样品板上，并将其蒸发至干燥。
5. 涂覆基质：在样品板上加上MALDI基质（常用的基质有辛
基环磷酸、α-环磷酸、环蛋白等），使其充分覆盖菌株提取液。
6. 激光照射：将样品板放入MALDI-TOF-MS设备中，通过激
光照射基质，产生离子，使菌株提取物中的分子离子化。
7. 飞行时间质谱：离子化的分子通过飞行时间质谱仪进行分析，根据不同分子的质量与飞行时间的对应关系，得到质谱图。
8. 数据分析：将质谱图与已知数据库中的菌株质谱图进行比对，使用专门的软件进行数据分析，确定菌株的种属或进行进一步
分析。
注意事项：
- 携带手套和其他必要的个人防护装备，以避免可能的细菌感染。
- 确保所有使用的材料都是无菌的，防止污染和交叉感染。
- 在进行质谱分析之前，确保MALDI-TOF-MS设备的正常运行和校准。
菌种鉴定流程课件
菌种鉴定是微生物学研究的重要基础工作 ，对于揭示微生物的生态和进化关系、探 索生命科学的基本问题具有重要意义。
02
菌种采集
采集方法
01
02
03
采集方式
根据菌种类型和特性，选 择合适的采集方式，如表 面涂抹、深层挖掘等。
采集工具
根据采集需求，准备适当 的采集工具，如铲子、刀 具、试管等。
采集环境
选择适当的采集环境，如 土壤、水源、动物粪便等 ，并确保环境无污染。
ABCD
稀释分离法
将菌液进行稀释，然后涂布在培养基上，使菌落 分散生长，达到分离纯化的目的。
温度、pH等物理因素分离法
通过调节培养温度、培养基pH等物理因素，使 特定微生物生长繁殖，达到分离纯化的目的。
分离纯化的步骤
采集样品
选择适当的样品，并确保样品无 菌操作。
选择培养基
根据分离的微生物种类选择适宜 的培养基。
采集注意事项
采集安全
在采集过程中，注意个人 安全和卫生，避免交叉感 染。
采集代表性
确保采集的菌种具有代表 性，能够反映该地区的菌 种分布和特点。
采集量控制
根据需求适量采集，避免 过度采集和破坏生态环境 。
采集后的保存
保存容器
选择适当的保存容器，如密封袋 、试管等，并确保容器无菌。
保存环境
选择适当的保存环境，如干燥、阴 凉、避光等，以保持菌种的活性。
和鉴别。
结果分析的注意事项
1 2
准确性
确保鉴定结果的准确性，避免误差和偏差。
完整性
确保鉴定结果的完整性，涵盖菌种的所有相关信 息。
3
可重复性
确保鉴定结果的可重复性，以便于验证和复现。
细菌鉴定的一般步骤
新属的判定依据
16S rRNA序列同源性在95%以下 拥有该科的共有特性 与相邻属的脂肪酸组成及含量有显著差异 生理生化差异明显 极性脂成分有差异 注意：判定依据要根据实际情况而定
七、几个发育树例子的分析
地衣芽孢杆菌模式种的生理生化特性
分类在一个支上，同源性大于99%，初步判定 为地衣芽孢杆菌
细菌鉴定的一般步骤
办公室：综合楼B419 邮箱：
一、确保菌株的纯度
在鉴定菌株之前首先确保菌株的纯度。 假若菌株没有纯化好，将会做大量的无用功
二、PCR扩增16S rRNA片段
菌落直接PCR 菌体新鲜、加菌量少、阴性菌较阳性菌容易、 退火温度要高点
DNA扩 PCR 高盐法或CTAB法提取细菌总DNA DNA量不要加太多
五、发育树的构建及作用
确认目标菌株跟模式菌株间的遗传距离 确认目标菌株的分类定位 同源性较低，认定可能为新种或新属，有必要重新扩
增序列克隆测序
六、序列同源性差异分析
16S rRNA序列同源性在大于97% 慎重考虑
16S rRNA序列同源性在97%以下 有做新种的意义
16S rRNA序列同源性在95%以下 有可能是新属
Lm et al. IJSEM (2006), 56, 2409–2414Ancylobcter rudongensis
IJSEM (2004), 54, 385–388
Angulomicrobium amanitiforme
IJSEM (2004), 54, 651–657
生理生化性质
IJSEM (2004), 54, 651–657
选择模式种进行实验
菌种 15561 Angulomicrobium amanitifo 培养基编号： 1 830
菌种鉴定方法及步骤
菌种鉴定方法及步骤菌种鉴定是微生物学中的重要研究内容之一，它主要是通过对菌株的形态、生理生化特性以及分子生物学特征进行综合分析，来确定菌株属于哪一类别。
菌种鉴定的准确性对于微生物学研究和应用都具有重要意义。
下面将介绍菌种鉴定的一般方法及步骤。
一、形态学鉴定1.菌落形态观察：将菌株接种在合适的培养基上，培养一定时间后，观察菌落的形态特征，包括菌落的形状、颜色、质地等。
2.细胞形态观察：将菌株制备成适当的涂片，使用显微镜观察菌体的形态特征，包括细胞的形状、大小、排列方式等。
二、生理生化特性鉴定1.生长条件观察：菌株在不同培养条件下的生长情况对其鉴定有重要意义。
可通过调节培养基的pH值、温度、营养成分等条件，观察菌株在不同环境下的生长情况。
2.代谢产物检测：菌株的代谢产物可以通过化学方法检测，如氧化酶、酸碱指示剂等。
三、分子生物学特征鉴定1.16S rRNA序列分析：16S rRNA是细菌特有的序列，通过测序并与数据库中已知的16S rRNA序列比对，可以确定菌株的亲缘关系。
2.DNA指纹图谱分析：通过PCR扩增菌株的DNA片段，然后使用凝胶电泳或者高通量测序技术进行分析，可以得到菌株的DNA指纹图谱，从而进行鉴定。
菌种鉴定的方法及步骤主要包括形态学鉴定、生理生化特性鉴定和分子生物学特征鉴定。
其中，形态学鉴定主要通过观察菌落和菌体的形态特征来确定菌株的分类；生理生化特性鉴定则是通过观察菌株在不同环境条件下的生长情况和代谢产物来进行鉴定；分子生物学特征鉴定则是通过分析菌株的DNA序列以及DNA指纹图谱来确定其亲缘关系。
这些鉴定方法可以相互补充，提高鉴定的准确性。
在实际应用中，可以根据不同需求选择合适的方法进行菌种鉴定，以确保准确性和可靠性。
菌种鉴定方法及步骤
菌种鉴定方法及步骤菌种鉴定是指通过对菌株样本进行系统学、形态学、生理学和生化学等各方面的观察与检测，以确定其属、种分类地位的过程。
菌种鉴定方法及步骤如下：2.制备纯培养物：分离并得到纯培养菌株，避免混杂的现象。
3.形态学观察：观察菌株的形态特征，包括菌落形态、菌落颜色、菌丝生长特征等。
4.微观形态学观察：观察菌株的细胞形态、孢子形态、菌丝形态等。
5.分类地位确定：通过对菌株的形态特征进行比对和研究，确定其属、种分类的地位。
1.生长条件观察：观察菌株在不同的生理因素（如温度、pH值、氧气含量等）下的生长情况。
2.营养需求观察：观察菌株在不同营养物质（如碳源、氮源等）的利用情况，以及对不同抗生素和化学物质的敏感性。
3.生化特征检测：进行生化试验，如氧化酶试验、氧化发酵试验、内酯酶试验等，以检测菌株的生化特征。
4.产物检测：检测菌株的代谢产物，如抗生素、酶等，以判断其代谢途径和功能。
1.提取菌株基因组DNA：通过细菌培养物提取菌株的基因组DNA。
2.PCR扩增：使用特异性引物进行PCR扩增，选择适当的靶基因进行扩增。
3.DNA测序及分析：对扩增的DNA产物进行测序，利用生物信息学方法对测序结果进行分析和比对。
4.基因序列比对：将测序结果与数据库中已知菌种的基因序列进行比对，以确定菌株的分类地位。
四、传统鉴定方法的优缺点1.优点：传统鉴定方法操作简单，成本低廉；不需要复杂设备，适用于一般实验室进行菌株鉴定。
2.缺点：传统鉴定方法对菌株鉴定仅限于形态学、生理学和生化学等方面的观察，鉴定结果存在一定的主观性和局限性；需要较长的时间才能得到鉴定结果。
五、分子生物学鉴定方法的优势1.高精确性：分子生物学鉴定方法通过对菌株的基因序列进行比对，可得到较高的精确性，减少了主观性和局限性。
2.快速性：分子生物学鉴定方法在提取DNA和PCR扩增等步骤后，可以迅速得到鉴定结果，节省了时间。
3.可靠性：分子生物学鉴定方法的结果具有较高的可靠性，有助于解决传统鉴定方法在分类地位判断方面的困难。
标准菌株验证鉴定步骤
1.1 金黄色葡萄球菌、大肠埃希氏菌、铜绿假单胞菌、枯草芽孢杆菌标准菌株：挑取部分干粉溶解于0.9% 无菌氯化钠溶液中，划线接种于营养琼脂平板上，36℃±1℃培养18-24 小时。
并观察菌落形态。
a. 金黄色葡萄球菌：菌落凸起，圆形，不透明；b. 大肠埃希氏菌：菌落稍凸，圆形，湿润，乳白色；c. 铜绿假单胞菌：菌落扁平，圆形，边缘不整齐，光滑湿润，可产生蓝绿或黄绿色素；d. 枯草芽孢杆菌: 表面粗糙不透明，镜检菌体有芽孢。
1.2白色念珠菌：挑取部分干粉溶解于0.9% 无菌氯化钠溶液中，划线接种于改良马丁琼脂培养基平板或PDA 琼脂平板上，30℃-35℃培养24-48 小时。
本菌细胞呈卵圆形，很象酵母菌，比葡萄球菌大5～6 倍，革兰氏染色阳性，但着色不均匀。
黑曲霉：挑取部分干粉溶解于0.9% 无菌氯化钠溶液中，划线接种于改良马丁琼脂斜面培养基上，23℃-28℃培养48-96 小时。
菌丛呈黑褐色，粗糙。
1.2 生孢梭菌：挑取部分干粉溶解于0.9% 无菌氯化钠溶液中，接种于硫乙醇酸盐流体培养基中，30℃～35℃培养18-24 小时；或在厌氧条件下接种于哥伦比亚琼脂上，30℃～35℃厌氧培养18-24 小时。
2、菌种鉴定：2.1金黄色葡萄球菌：革兰氏染色试验：革兰氏阳性菌(紫色)，葡萄状排列，球菌。
兔血浆试验：接种1 个单菌落于1 支兔血浆溶液中，30℃-35℃培养至6 小时，每半小时观察一次。
凝固为阳性。
金黄色葡萄球菌为阳性反应。
2.2大肠埃希氏菌：革兰氏染色试验：革兰氏阴性杆菌，红色。
IMVC 生化试验：2.3铜绿假单胞菌：革兰氏染色试验：革兰氏阴性杆菌，红色A。
氧化酶试验：将氧化酶试纸用蒸馏水浸湿，用细玻璃棒或一次性接种针挑取单个菌落，涂在试纸上。
在60s 内变为蓝色或蓝紫色为阳性，不变色为阴性。
绿脓菌素试验：取斜面培养物接种于PDP 琼脂培养基斜面上，培养24 小时，加三氯甲烷3～5 ml 至培养管中，搅碎培养基并充分振摇。
质谱仪鉴定细菌的流程
质谱仪鉴定细菌的流程
使用质谱仪鉴定细菌的流程:(1)菌株分离与筛选：将样品的微生物中进
行培养、筛选，从而获取未知微生物的菌株；(2)DNA提取：将筛选出
的菌株进行扩增或者提取细菌的DNA，以供分子鉴定细菌株；(3)质谱
仪质量分析：将提取的DNA或者RNA分别通过液相、气相色谱，再
利用质谱仪进行质量分析，形成细菌的质量谱；(4)特异性标记与对比：采用特异性标记物，以及细菌库中有关质量谱进行比对；(5)质量谱分
析与结果判断：将质量谱和有关质量谱进行分析，以确定鉴定出的细
菌类型及部分比较；(6)结果验证：将质谱仪鉴定得到的细菌名称和细
菌培养、鉴定的结果进行对比验证，以确保细菌的类型正确性。
使用质谱仪鉴定细菌的流程：
(1)菌株分离与筛选：我们首先从检测样品中分离微生物株，将其培养、杂菌混合等进行筛选，然后获取未知微生物株；
(2) DNA提取：采用扩增或者提取了染色体内的DNA，再进行分子鉴
定菌株，以便质谱仪的质量分析；
(3)质谱仪质量分析：将提取的DNA或RNA经过液相和气相色谱分离，再利用质谱仪进行质量分析，形成待测细菌的质量谱；
(4)特异性标记与对比：利用特异性标记物，与细菌库中有关质量谱进行比对，以辅助对确定待测细菌的种类；
(5)质量谱分析与结果判断：利用微生物种间质量差异特性，考察质量谱，以确定待测细菌类型以及部分比较；
(6)结果验证：通过与细菌培养鉴定的结果对比验证，来确保质谱仪鉴定出的细菌类型是正确的。
细菌鉴定的方法和步骤
细菌鉴定的方法和步骤细菌鉴定是确定或确认细菌属种的过程，它是微生物学中非常重要的一部分，有助于了解细菌的特征、生态习性和其对人类的影响。
下面，我将介绍细菌鉴定的一般方法和步骤。
一、准备实验室条件和材料在进行细菌鉴定之前，需要准备好实验室条件和所需的材料。
实验室应具备洁净、无菌环境，预防细菌污染。
所需的材料包括培养基、培养皿、平板、显微镜、油浸物镜、背景颜色固定剂、染色试剂、耗材等。
同时，实验人员需要佩戴实验手套和口罩，保证操作的无菌性。
二、选择适当的培养基不同的细菌在不同的培养基上生长出不同的菌落，因此选择适当的培养基是细菌鉴定的关键。
常用的培养基有营养琼脂培养基、血琼脂培养基、马铃薯蔗糖琼脂培养基等。
根据需要鉴定的菌株特性和需求，选择适当的培养基。
三、样品采集和拮抗在开始鉴定之前，需要采集样品并进行扩培。
样品来源可以是病人的体液、环境中的土壤、水源、食品等。
样品采集最好是在无菌环境中进行，避免外来的细菌干扰结果。
四、制备纯培养物为了获得纯种细菌，需要将样品进行拮抗并分离。
拮抗是指将细菌分离成单独的菌落，并在新的培养基上获得单个菌种的纯培养物。
常用的方法有稀释再悬浮平板法、分离斑点法、筛选法等。
通过将菌落接种到培养基上，经过单菌的选择和培养，最终得到纯种菌株。
五、观察菌落特征观察菌落形态是进行细菌鉴定的重要步骤之一。
菌落特征包括菌落大小、形状、质地、边缘、颜色等。
通常使用肉眼或显微镜对菌落进行观察，并记录下菌落的特征。
六、进行染色处理染色是细菌鉴定中常用的方法之一。
根据细菌细胞壁的性质，通常使用革兰氏染色、苏木精-伊红染色等常规方法进行染色处理。
通过染色，可以初步了解细菌的形态、结构和染色特性。
七、观察细胞的形态和结构将已染色的细菌样本放置在显微镜下，使用油浸物镜进行镜片调焦。
观察细菌细胞的形态特征，如形状（球形、棒状、螺旋形等）、大小、连杆性等。
此外，还可以观察细菌细胞的结构、附属结构（如鞭毛、菌毛等）以及内部结构（如胞浆、核质等）。
【收藏】微生物实验室的菌种鉴定小结精选全文完整版
可编辑修改精选全文完整版【收藏】微生物实验室的菌种鉴定小结食品微生物检测微生物检验过程中检出的微生物应该进行微生物鉴定，虽然药典里明确了鉴定到什么水平的标准和一些基础内容操作方法。
但是因为实验室能力有限，很多实验室要么消极抵抗要么稀里糊涂的要么完全委外。
其实我们一般微生物实验室自己还是可以做一些工作，特别是细菌的鉴定。
再就是菌种鉴定时，不是直接拿来就鉴定，需要一些预先做一些处理或判断。
现将一些基础知识进行总结如下：1、生理生化鉴定：根据微生物对各种生理条件（温度、pH、氧气、渗透压）、生化指标（唯一碳氮源、抗生素、酶、盐碱性）代谢反应进行分析，并将结果转化成软件可以识别的数据，进行聚类分析，与已知的参比菌株数据库进行比较，最终对未知菌进行鉴定的一种技术。
2、革兰氏染色：系细菌学中广泛使用的一种鉴别染色法，染色后细菌与环境形成鲜明对比，可以清楚地观察到细菌的形态、排列及某些结构特征，而用以分类鉴定。
3、平板划线法：系指把杂菌样品通过在平板表面划线稀释而获得单菌落的方法。
4、氧化酶试验：氧化酶不直接与氧化酶试剂起反应，而是先使细胞色素C氧化，然后此氧化型细胞色素C再使对苯二胺氧化，产生颜色反应而进行的试验，用于区分不发酵的革兰阴性杆菌（氧化酶阳性）和肠道菌（氧化酶阴性）。
5、触酶试验：大多需氧和兼性厌氧菌均产生过氧化氢酶，但链球菌属阴性，故常用此试验来鉴定，用于区分葡萄球菌(过氧化氢酶阳性）和链球菌(过氧化氢酶阴性）。
6、凝固酶试验：用于区分凝固酶阴性葡萄球菌（可推测为非致病性）和凝固酶阳性葡萄球菌(很可能为致病性）。
1、微生物鉴定程序微生物鉴定的基本程序包括分离纯化和鉴定，鉴定时一般先将待检菌进行初步的分类。
鉴定的方法有表型微生物鉴定和基因型微生物鉴定，根据所需要达到的鉴定水平选择鉴定方法。
目前实验室室进行表型微生物鉴定后可以用API试剂条进行或其他等效的试剂条进行菌种鉴定，如API试剂条鉴定不能满足要求时采取委外鉴定。
菌种鉴定报告文档
菌种鉴定报告文档简介本文档是对菌种鉴定的相关信息进行报告的文档。
菌种鉴定是一项重要的实验技术，主要用于确定某个样品或环境中存在的菌种种类及其特征。
通过对菌种的鉴定，可以为微生物学领域的研究提供基础数据，并为相关领域的应用提供支持。
本文档将详细介绍菌种鉴定的步骤、方法和结果。
菌种鉴定步骤菌种鉴定的一般步骤如下：1.样品准备：收集样品，并将其转移到合适的培养基上进行培养，以获得纯净的菌种。
2.形态观察：观察菌落形态特征，如大小、形状、颜色等，以及菌种在镜下的形态特征，如细胞形状、大小、结构等。
3.生理特征测试：通过在特定培养基上进行生理特征测试，如酶活性测试、碳源利用测试等，以确定菌种的生理特征。
4.生化特性分析：通过生化反应检测方法，如氧化-发酵反应、氧化酶活性测试等，对菌种进行进一步鉴定。
5.分子鉴定：利用分子生物学方法，如16S rDNA测序等，对菌种进行分子鉴定。
菌种鉴定方法菌种鉴定的方法主要包括传统鉴定方法和分子鉴定方法。
1. 传统鉴定方法传统的菌种鉴定方法是通过对菌种的形态特征、生理特征和生化特性进行观察和测试，以确定菌种的种类和特征。
•形态特征观察：菌种的菌落形态特征和镜下形态特征的观察。
•生理特征测试：菌种在不同培养基上的生长状况、酶活性等的测试。
•生化特性分析：菌种的氧化-发酵反应、氧化酶活性等生化特性的分析。
2. 分子鉴定方法随着分子生物学技术的发展，分子鉴定方法逐渐成为菌种鉴定的重要手段。
分子鉴定主要通过对菌种的基因序列进行测定和分析，从而确定其种属和亲缘关系。
•16S rDNA测序：通过测定菌种的16S rRNA基因序列，利用序列比对和系统发育分析等方法，进行菌种的分子鉴定。
•其他基因测序：除了16S rDNA外，还有一些其他基因序列也可以用于菌种鉴定，如rpoB、gyrB等。
菌种鉴定结果根据菌种鉴定的步骤和方法，可以得出详细的菌种鉴定结果。
鉴定结果应包括菌种的分类信息、形态特征描述、生理特征测试结果和分子鉴定结果等。
菌株生理生化鉴定实验方法
菌株生理生化鉴定实验方法菌株的生理生化鉴定是确定菌株的分类地位和特性的重要实验方法。
下面将介绍一种常用的菌株生理生化鉴定的实验方法，包括实验步骤和鉴定结果的解析。
实验步骤：1.菌株的预处理将菌株从培养基上取下，用生理盐水或无菌的蒸馏水洗净，放入灌装好的试管或培养皿中。
2.观察形态特征观察菌株在不同培养基上的形态特征，包括菌落形状、颜色和质地等。
也可以在显微镜下观察菌丝和孢子的形态特征。
3.生化特性鉴定（1）氧需求鉴定：将菌株接种到含有不同浓度的氧气的试管中，观察菌株在厌氧和需氧条件下的生长情况。
（2）温度需求鉴定：将菌株接种到不同温度的培养基上，观察菌株在不同温度下的生长情况和生长速率。
（3）酸碱度鉴定：将菌株接种到不同pH值的培养基上，观察菌株在不同酸碱度条件下的生长情况。
（4）氧化还原鉴定：通过添加不同氧化剂和还原剂来观察菌株的氧化还原反应能力。
（5）酶活性鉴定：利用不同底物和指示剂来检测菌株的酶活性，如淀粉酶、蛋白酶和脂肪酶等。
（6）碳源利用鉴定：将菌株接种到含有不同碳源的培养基上，观察菌株对不同碳源的利用情况。
4.生理特性鉴定（1）产酸和产气鉴定：将菌株接种到含有指示剂的管中，观察产酸和产气的情况。
（2）抗生素敏感性鉴定：通过将菌株接种到含有抗生素的培养基上，观察菌株对抗生素的敏感性。
（3）生长速率鉴定：观察菌株在不同培养基和条件下的生长速率，包括生长曲线的绘制和计算生长速率。
（4）生殖方式鉴定：通过观察菌丝和孢子的产生情况来确定菌株的生殖方式。
鉴定结果的解析：例如，菌株的形态特征观察结果可以用来确定菌株的属名，生化特性鉴定结果可以用来确定菌株的代谢途径和功能，生理特性鉴定结果可以用来确定菌株的环境适应能力和生长要求。
综上所述，菌株的生理生化鉴定是一种全面了解菌株特性和分类地位的重要实验方法，通过观察形态特征、生化特性和生理特性，可以准确鉴定菌株的分类地位和特性。
maldi-tof-m 鉴定菌株的流程
maldi-tof-m 鉴定菌株的流程MALDI-TOF-MS（Matrix-Assisted LaserDesorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry）是一种常用的菌株鉴定方法，以下是MALDI-TOF-MS鉴定菌株的一般流程：1. 提取菌株：从培养基或样本中取得菌落，进行细胞提取。
一般使用甲醇或乙酸乙酯等有机溶剂将菌落中的细胞溶解。
2. 涂样：将提取的细胞物质涂在MALDI-TOF目标板上，通常与有机的基质（matrix）混合。
基质的添加有助于将细胞中的分子形成脉冲离子，并使其在质谱分析中显示。
3. 干燥：将涂样的目标板在真空条件下进行干燥，去除溶剂并保留菌株分子。
4. 激光辐射：使用一束激光辐射样品，将样品中的分子形成脉冲离子。
5. 飞行时间质谱分析：将样品中形成的离子注入飞行时间质谱仪。
离子根据其质量-电荷比（m/z）通过仪器的电场进行加速，并在离子飞行管道中飞行。
6. 探测离子：离子到达飞行管道终点时，会激发探测器产生电信号。
离子到达终点前的飞行时间（TOF）与其质量有关。
7. 质谱数据分析：通过测量离子的飞行时间，可以确定其质量，并将该质谱数据与已知的库中的菌株质谱数据进行比对。
8. 鉴定菌株：将测得的质谱数据与库中的质谱数据进行比对，确定匹配度，并在库中找到与测得菌株最匹配的菌株。
9. 结果判断：根据鉴定结果，判断菌株的种属、属、种等信息。
需要注意的是，MALDI-TOF-MS鉴定菌株的准确性高，速度快，但也存在一些局限性，对于一些种属相近的菌株或新兴菌株可能无法准确鉴定，此时需要结合其他分子生物学方法或文化特性等综合分析。
maldi-tof-m 鉴定菌株的流程
maldi-tof-m 鉴定菌株的流程1. 引言1.1 概述鉴定微生物菌株一直是微生物学研究中的重要任务之一。
随着技术的不断进步，传统的鉴定方法已经不能完全满足准确、快速和高通量的需求。
MALDI-TOF-M （Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry）作为一种新兴的菌株鉴定技术，具有高精度、高效率和非破坏性等优点, 在微生物学领域取得了广泛应用。
本文将详细介绍MALDI-TOF-M鉴定菌株的流程，包括样品抽取、样品载体制备、样品加载到MALDI-TOF仪器等环节，以及其背后所使用的算法解析过程。
同时还将分析该流程在疾病诊断、食品安全监测和环境微生物调查等领域的实际应用案例。
1.2 文章结构本文分为五个主要部分进行详细阐述。
第一部分为引言，对MALDI-TOF-M鉴定菌株流程进行概述，并介绍文章的结构和目的。
第二部分将详细介绍MALDI-TOF-M鉴定菌株的流程，包括样品抽取、样品载体制备和样品加载到MALDI-TOF仪器等步骤。
第三部分将对MALDI-TOF-M鉴定菌株的算法解析进行阐述，包括数据预处理与峰识别、谱图比对和数据库搜索以及结果解读与鉴定确认等步骤。
第四部分将通过具体应用案例分析，探讨该流程在疾病诊断、食品安全监测和环境微生物调查中的实际应用情况。
最后一部分为结论，对整篇文章进行总结，并展望MALDI-TOF-M鉴定菌株技术未来发展方向。
1.3 目的本文旨在介绍MALDI-TOF-M鉴定菌株的流程，并深入解析其背后所使用的算法。
通过实际应用案例分析，我们将探讨该流程在疾病诊断、食品安全监测和环境微生物调查等领域中的实际应用效果。
通过本文的阐述，读者可以了解到MALDI-TOF-M技术在微生物学领域中的重要性和广泛应用价值，并为相关领域的研究者提供参考和指导。
2. MALDI-TOF-M鉴定菌株流程2.1 抽取样品MALDI-TOF-M鉴定菌株的第一步是从目标样品中提取微生物。
菌种鉴定实验过程
菌种鉴定实验过程一、仪器与试剂1仪器名称仪器来源型号测序仪Applied Biosystems 3730XL DNA电泳槽北京六一仪器厂DYCP-31DN稳压电泳仪北京六一仪器厂DYY-5电热恒温水槽上海一恒科学仪器有限公司DK-8D凝胶成像仪上海复日科技仪器有限公司FR980恒温培养箱太仓市科教器材厂DHP-9162恒温摇床太仓市实验设备厂TH2-CPCR仪Applied Biosystems 2720 thermal cycler 冷冻高速离心机BBI HC-2518R Surf系列精密单道可调移液器生工SP10-1000 1.试剂名称试剂来源cat. No.Ezup柱式细菌基因组DNA抽提试剂盒生工SK8255Ezup柱式真菌基因组DNA抽提试剂盒生工SK8259Ezup柱式酵母基因组DNA抽提试剂盒生工SK8257DreamTaq-TM DNA Polymerase MBI EP0702dNTP 生工D0056琼脂糖BBI AB0014SanPrep柱式DNAJ胶回收试剂盒生工SK8131DNA Ladder Mix maker 生工SM0337引物生工合成部合成枪头、PCR管、离心管等生工铸塑部生产克隆测序用pMD®18-T Vector 连接试剂盒Takara D101ASanPrep柱式质粒DNA小量抽提试剂盒生工SK8191二、实验过程1、基因组DNA提取按SK8255（细菌）、SK8259（真菌）、SK8257（酵母）试剂盒操作。
2、PCR扩增所属类别名称序列5'→3'扩增序列PCR长度/bp细菌7F1540RCAGAGTTTGATCCTGGCTAGGAGGTGATCCAGCCGCA16S rDNA 1500bp左右27F1492RAGTTTGATCMTGGCTCAGGGTTACCTTGTTACGACTT16S rDNA 1500bp左右真菌ITS1ITS4TCCGTAGGTGAACCTGCGGTCCTCCGCTTATTGA TA TGC内转录间隔区1和2600bp左右NS1NS6GTAGTCATATGCTTGTCTCGCATCACAGACCTGTTA TTGCCTC18S rDNA 1300bp左右酵母菌NL1NL4GCATA TCAATAAGCGGAGGAAAAGGGTCCGTGTTTCAAGACGG26S rDNAD1/D2区500bp左右2.2 PCR反应体系：试剂体积（μl）Template（基因组DNA 20-50ng/μl）0.510×Buffer（with Mg2+） 2.5dNTP （各2.5mM） 1酶0.2F（10uM）0.5R（10uM）0.5加双蒸H2O 至252.3 PCR循环条件：温度时间程序94℃4min 预变性94℃45 sec30 cycle55℃45sec72℃ 1 min72℃10 min 修复延伸4℃∞终止反应3、凝胶电泳1％琼脂糖电泳，150V、100mA 20min电泳观察（见电泳图DNA Ladder Mix make）。
菌株的纯化鉴定药敏流程标准操作程序
菌株的纯化、鉴定、药敏流程标准操作程序
【目的】
明确菌株纯化、鉴定、药敏流程，指导检测人员正确进行菌株的纯化、鉴定、药敏操作。
【适用人员】
临床微生物实验室检验人员
【该SOP变动程序】
本标准操作程序的改动，可由任一使用本SOP的工作人员提出，并报经下述人员批准签字：专业主管、科主任。
【步骤】
1.查对昨天移种平板申请单，确定标本移种是否正确。
2.观察血液增菌培养瓶，如发现有细菌生长，马上涂片革兰染色，
将细菌的染色特性及形态报告给临床，并做好记录，将阳性的血液增菌瓶移种到血平板与巧克力平板上，培养18-24小时，同时取阳性菌液革兰染色，（临时报告）。
3.观察平板，挑取可疑菌落涂片革兰染色，并将菌落纯化于血平板;
4.将前一天分纯的细菌严格按照梅丽埃细菌分析系统的SOP配制菌悬
液、加样、置培养箱。
5.对一些不适合用仪器检测药敏的细菌，改用标准的K-B法进行检测上
碰到异常的耐药模式应要慎重，需重复试验或送上一级单位确认后方可发出报告，如碰到耐万古霉素的葡萄球菌、粪肠球菌，
耐泰能的大肠埃希菌、克雷伯菌属、肠杆菌属等。
并加做特殊的
药敏纸片，并改用纸片法加以比较。
6.真菌用ATB FUNGUS2真菌药敏条进行耐药性检测，严格按操作规程操
作。
7.大便培养，对可疑菌用抗血清做凝集试验，阳性的再做生化鉴定和药
敏试验，需血清凝集试验与生化鉴定相符方可报告，否则要慎重。
maldi-tof-m 鉴定菌株的流程
maldi-tof-m 鉴定菌株的流程
MALDI-TOF-MS（Matrix-assisted laser desorption/ionization
time-of-flight mass spectrometry）是一种常用的菌株鉴定技术，其流程通常包括以下步骤：
1. 菌落的制备：从纯培养菌株中挑取单个菌落，并在培养基上培养。
2. 提取蛋白质：利用酸性有机溶剂或氯仿/甲醇溶剂将菌落中
的蛋白质提取出来。
3. 涂片制备：将提取得到的蛋白质溶液加载到MALDI-TOF靶板上的目标位置，加上适量的基质（通常为辅助吸附样品分析的物质，如小麦胰蛋白酶），使其干燥。
4. 质谱仪测定：将靶板放入MALDI-TOF-MS仪器中，通过激
光照射样品，产生离子化的蛋白质分子。
离子化的蛋白质经由电场加速，射入一个含有相同电荷量的电场管道中，从而通过电场加速分子，使其以不同离子所受到的电荷量比例有所差别，进而测得离子质量比时间。
5. 数据分析：通过质谱仪测得的质谱图，利用质谱数据库进行匹配和比对，确定菌株的鉴定结果。
比对的过程通常通过计算相似性分数或利用专用软件进行评估。
6. 结果解读：根据数据库匹配的结果，确定菌株的鉴定结果，并进行相应的记录和报告。
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学习总结各位领导好，从5月25号开始，在周老师的实验室已经进行了十多天的培训，让我学到很多。
现将我在实验室学习的情况总结汇报。
一、细菌鉴定流程：1.表观观察鉴定：培养24h的菌落观察，如：菌落形态（圆形、椭圆形等）、大小（直径多少）、表面光滑度（光滑和粗糙）和隆起情况（扁平，隆起，凸起等）、边缘整齐、菌落的透明度、菌落（菌落颜色及是否产生色素等）及培养基的颜色（培养基是否变色）等菌落的描述。
显微观察，观察单个菌的形态（杆状，圆形，椭圆形，螺旋形等），是否有芽孢，荚膜的情况。
染色观察，革兰氏染色、芽孢染色、荚膜染色。
2.分子鉴定：细菌DNA的提取（试剂盒法）⑴将菌种接在适宜的液体培养基中，进行液体发酵，180rpm/min，24h培养。
⑵将摇瓶发酵的菌液加到1.5ml离心管中，10000rpm离心1min，倒掉上清液。
⑶向菌体沉淀中加入200ul缓冲液GA，震荡，至菌体悬浮。
如果是革兰氏阳性菌，则向菌体中加入120ul的Tris盐酸缓冲液，再加入80ul溶菌酶，37℃，30min以上。
⑷向离心管中加入20ul蛋白酶K溶液，混匀。
⑸加入220ul缓冲液GB，震荡15s，70℃放置10min，溶液应变清亮，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
⑹加入220ul无水乙醇，充分震荡混匀15s，可能会出现絮状沉淀，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
⑺将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个离心柱CB3中（吸附柱放入收集管中），12000rpm离心30s，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
⑻向吸附柱CB3中加入500ul缓冲液GD，12000rpm离心30s，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
⑼向吸附柱CB3中加入600ul漂洗液PW，12000rpm离心30s，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
⑽重复操作步骤⑼。
⑾ 将吸附柱CB3放入收集管中，12000rpm 离心2min ，倒掉废液，将吸附柱CB3置于室温放置数分钟，以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。
⑿ 将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中，向吸附膜中间部位悬空滴加50-200ul 洗脱缓冲液TE （或ddh H 2O ），室温放置2-5min ，12000rpm 离心2min ，将溶液收集到离心管中，-20℃保存。
PCR 扩增和电泳检测细菌扩增引物（16SRrDNA ）为：27F ：5'-AGAGTTTGA TCCTGGTCAGAACGAACGCT-3'； 1492R ：5'-TACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCC-3'。
扩增体系：10 x buffer 5μl dNTP 4μl Mg2+ 3μl 引物1 1μl 引物2 1μl Taq 酶 0.4μl 模板 2μl 双蒸水 33.6μl 总体积50μlPCR 的扩增条件：Lid temp ：99℃预变性温度：95℃ 5min 变性温度 ：94℃ 1min 退火温度 ：58℃ 30s 延伸温度 ：72℃ 90s 最后延伸 ：72℃ 10min 保温 ：4℃ ∞电泳凝胶检测：基因组的在2.3kb 处，扩增引物在1.5kb 处，如在23kb 和1.5kb 处出现亮条带，则操作成功。
送去测序（华大基因测序和博尚生物测序）35个循环DNA分子拼接，由测序公司拼接或者自己用DNAMAN拼接在NCBI上进行核苷酸序列比对以及用MEGA软件构建系统发育树。
3.生理生化鉴定根据分子鉴定的结果（已鉴定到属），对照常见细菌鉴定手册进行生理生化的鉴定。
常规生理生化的鉴定：3.1糖醇类发酵，产酸产气一般细菌以休和利夫森二氏培养基，芽孢菌用芽孢菌专用培养基或用休和利夫森二氏培养基进行培养观察。
葡萄糖以被测1%糖、醇代替。
主要包括：D-葡萄糖、乳糖、半乳糖（麦芽糖替代）、蔗糖、D-甘露醇、肌醇、D-山梨醇、D-木糖、D-果糖、甘油。
以幼龄斜面培养物穿刺接种于上述培养基，适温培养，1，3，5天后观察，如指示剂变黄，表示产酸，为阳性;不变或变蓝则为阴性。
3.2甲基红、V.P测定甲基红（M.R）和V.P测定的实验使用相同的培养基，甲基红测定是在培养2、6天时滴加一滴甲基红试剂观察颜色变化，红色为阳性，黄色为阴性。
V.P测定同甲基红相同，只是加入的试剂不同，V.P测定是加入肌酸来鉴定的，反应10min，培养基中有红色出现为阳性，有时需放置更长的时间。
3.3吲哚实验使用1﹪胰胨水溶液培养基，在培养1,2,4,7天的培养液中加入3～5mm高的吲哚试剂于培养基表面，在液层界面发生红色为阳性。
若颜色不明显，可加入4～5滴乙醚至培养液，摇动，静置片刻，再加入吲哚试剂。
3.4明胶、淀粉的水解将加入明胶的培养基分装于试管中，灭菌，穿刺接种，20℃培养2，7,10,14和30天。
在20℃以下的室温观察生长情况和明胶是否液化。
如菌已生长，明胶表面部分或全部变为可流动的液体，则为明胶水解阳性。
菌落在加入可溶性淀粉的肉汁胨培养基上划线，培养2～5天，形成明显菌落后，在平板上滴加卢哥氏碘液，菌落周围有不变色透明圈者为阳性，仍是蓝黑色为阴性。
3.5硝酸盐的利用包括硝酸盐还原，亚硝酸还原，反硝化，产氨反应四个实验将菌种分别接在硝酸盐还原和亚硝酸还原实验得培养基上面，硝酸盐还原实验培养1,3,5天，而亚硝酸还原实验培养1，3，7天，加入格里斯氏试剂A液和B液进行观察，记录颜色变化，根据颜色变化判断阳性和阴性。
硝酸盐还原实验无红色出现，且滴加二苯胺试剂不呈蓝色，为阴性。
亚硝酸盐还原实验，滴加格里斯氏试剂A液和B液，为红色是阴性。
反硝化实验需密封培养，有气泡产生为阳性，不产气泡为阴性。
在产氨培养基上培养1,3,5天，滴加Nessler试剂，出现黄褐色沉淀为阳性。
3.6接触酶和氧化酶实验接触酶实验是将幼龄培养物与过氧化氢接触，有气泡者为阳性，无气泡者为阴性。
氧化酶实验是将培养24h的菌苔涂抹在被1﹪盐酸二甲基对苯撑二胺水溶液湿润的滤纸上，观察颜色变化，10s内菌苔现红色者为阳性10～60s现红色者为延迟反应，60s以上现红色者不计，记为阴性。
3.7纤维素分解在无机盐基础培养基中加入优质滤纸条，能将滤纸条分解成一团纤维或将滤纸条折断或变薄者为阳性，滤纸条无变化者为阴性。
3.8酯酶实验（Tween80）菌种在加了Tween80的培养基上划线，培养7天，每天观察。
在生长的周围有模糊的晕圈者为阳性，没有晕圈者为阴性。
3.9脲酶实验将加了尿素的培养基制成斜面，接种培养，分别于2h，4h过夜观察，培养基呈桃红色者为阳性，培养基颜色不变化着为阴性。
二、真菌鉴定流程：1．表观鉴定查看菌丝的特征，孢子头的特征，足细胞的特征，然后对照微生物真菌守则来查看真菌大概属于哪类，再进行分子鉴定。
2．分子鉴定2.1、真菌DNA提取（试剂盒法）⑴样品（新鲜/冷冻样品）准备：将样品收集在1.5或2ul的微量离心管中，用镊子夹管在液氮中冷冻。
用磨杵磨碎，也可以使液氮蒸发后存于-70℃备用。
杵棒在用过一次后最好放入漂白溶液中直到干净（高压灭菌）⑵收集已磨碎样品100mg于微量离心管中（4～6个）立即加入FG1 600ul充分涡旋混匀。
分散所有块组织。
⑶65℃10min培养时，颠倒混合样品两次。
⑷FG2 140ul涡旋混匀离心≥10000g 10min。
⑸小心吸出上清夜于新离心管中，注意别吸入碎片，异丙醇（0.7v）420ul涡旋使DNA沉淀（大多情况可以吸出600ul上清液，需加入420ul异丙醇即大约0.7volume，但加入量可依吸出量改变）⑹快速离心，10000g 2min 使DNA呈颗粒状。
⑺吸出去除所有上清液保证不破坏沉淀物，可倒转离心管在纸上吸干液体。
⑻加入无菌水300ul，65℃涡旋使DNA溶解（可保温65℃加速溶解）加入RNase 4ul混匀（勿剧烈）⑼加入FG3 150ul无水乙醇300ul充分混匀，尽量同时加入勿产生沉淀，若产生，反复抽打10～15次（勿剧烈）⑽将离心管内所有物质转移到过滤柱中，放入一个2ml的离心管中，离心10000g/min，弃去管及液体，只留柱子。
⑾将柱子放入第二个离心管中，加入Wash Buffer（已加入无水乙醇）700ul，离心10000g/min，弃去液体，管柱留用⑿重复上一步骤，再加入700ul Wash Buffer，离心，弃去液体，管柱留用⒀将上一步空管柱在离心最大速(13000g)2min使其干燥，此步很关键，去除残余的酒精，否则会将DNA洗脱影响下面步骤。
⒁将柱子转移入干净的1.5ml管中，加入已预热65℃Elution Buffer（或无菌水）100ul室温反应2～3min，离心10000g/min，洗脱DNA。
⒂重复上一步，加入100ul Elution Buffer，可用另一个管收集来保证第一次收集浓度高。
2.2、PCR扩增和电泳检测真菌扩增引物（ITS序列）为：ITS1：5'-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3'；ITS4：5'-TCCTCCGCTTA TTGA TA TGC-3'。
真菌PCR扩增体系：10×buffer 5μL Mg2+ 4μL dNTP 4μL 引物1 2μ 引物2 2μL Taq 酶 2μL 模板 4μL 双蒸水 29μL 总体积50μLPCR 的扩增条件：预变性温度：94℃ 3min 变性温度 ：94℃ 50s 退火温度 ：50℃ 1min 延伸温度 ：72℃ 90s 最后终延伸：72℃ 10min 保温 ：4℃ ∞电泳凝胶检测：基因组的在2.3kb 处，扩增引物在700bp 处，如在23kb 和700bp 处出现亮条带，则操作成功。
2.3 测序（华大基因测序和博尚生物测序）2.4 DNA 分子拼接，由测序公司拼接或者自己用DNAMAN 拼接 2.5 在NCBI 上进行核苷酸序列比对以及用MEGA 软件构建系统发育树。
三、总结该细菌鉴定方法是一个简便，快捷的菌种鉴定方法，rRNA 序列是揭示微生物系统发育关系的进化计时计系统发育：研究生物的进化历史。
16S rRNA 序列同源性是确定属的关键指标，但是16S rRNA 序列的属种鉴定的方法并不是完全可行，已知已发现同种内个别菌株序列差异很大，而不同属菌株序列相似性很高的问题。
在这个基础上就需要很多其他的鉴定方法来验证和其别。
35个循环。