毛果杨PGR5基因转南林895杨的分子鉴定及表达量1)
转Bt基因南林895杨抗虫性及对土壤微生物影响分析
收稿 日期 :2 1 -31 0 20 —5 基金项 目:国家 “6 ” 83 高技术研究发展计划项 目“ 杨树分子育种与品种创 制” 2 1A 0 2 1 ; (0 1 A10 0 ) 国家林 业公益性 行业科研专项 “ 杨树产 业资源材培育及新产 品开发关键技术研究( 0 04 0 ) 部分 内容 2 1O 0 ” 4 作者简介 :张 雁 (9 O ) 男 , 18 一 , 安徽合肥人 , 博士研究生 , 主要从事林 木分子育种研究 . 通讯作者 :教授 , 博士生导师 , 主要从事杨树遗传改 良 究. — a : z g@n u e u c 研 E m i qh e j .d .a l u f
Absr c t a t:Du ig t r wig s a o f2 h e v so o rBtta s e i l n s B1,B rn he g o n e s n o 01 1,t e l a e ffu r n g n c co e 4,B1 n fPo — 7 a d B21 o p u u eti e × P. e r ls d lod s u ameia a C . ‘ n i 8 5’wee e p s d t h a g tpe tll e o ir mealp r g . rc n V Na ln 9 r x o e o t e tr e s aga fM c o l o ha to 1
转 基 因杨树对土壤微 生物 的影 响 , 对转 基因杨树株系及对照进行 了根际土壤微 生物可培 养类群 的分析 , 初步 结果显示 : 成 基 因杨树根 际土壤微生物 中细菌、 转 真菌 、 放线菌的数量与对照 比较无显著差异。 关键词 : 林 8 5杨 ;t 因; 虫性 ; 南 9 B基 抗 土壤微生物
基于CRISPR/ Cas9 的毛果杨bHLH106 转录因子的功能研究
第45卷㊀第6期2021年11月南京林业大学学报(自然科学版)JournalofNanjingForestryUniversity(NaturalSciencesEdition)Vol.45,No.6Nov.,2021DOI:10.12302/j.issn.1000-2006.202107031㊀收稿日期Received:2021⁃07⁃20㊀㊀㊀㊀修回日期Accepted:2021⁃08⁃25㊀基金项目:国家自然科学基金青年科学基金项目(32001332);中央高校基本科研业务费专项资金项目(2572018CL01)㊂㊀第一作者:孙佳彤(sunjtt89@163.com)㊂∗通信作者:周晨光(zhouchenguang@nefu.edu.cn),讲师,负责实验指导与论文修改,ORCID(0000-0001-6414-4693);李伟(weili2015@nefu.edu.cn),教授,负责选题与实验方案确定,ORCID(0000-0002-4407-9334)㊂㊀引文格式:孙佳彤,国艳娇,李爽,等.基于CRISPR/Cas9的毛果杨bHLH106转录因子的功能研究[J].南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(6):15-23.SUNJT,GUOYJ,LIS,etal.AfunctionalstudyofbHLH106transcriptionfactorbasedonCRISPR/Cas9inPopulustrichocarpa[J].JournalofNanjingForestryUniversity(NaturalSciencesEdition),2021,45(6):15-23.DOI:10.12302/j.issn.1000-2006.202107031.基于CRISPR/Cas9的毛果杨bHLH106转录因子的功能研究孙佳彤,国艳娇,李㊀爽,周晨光∗,姜立泉,李㊀伟∗(林木遗传育种国家重点实验室(东北林业大学),黑龙江㊀哈尔滨㊀150040)摘要:ʌ目的ɔ采用CRISPR/Cas9基因编辑系统创制毛果杨(Populustrichocarpa)bHLH106(BasicHelix-Loop-Helix106)基因的突变体,分析植株的表型特征,初步揭示PtrbHLH106基因在毛果杨木材形成过程中的功能㊂ʌ方法ɔ基于前期对毛果杨野生型(WT)茎干的不同细胞类型(形成层㊁木质部和韧皮部细胞)RNA-seq数据,克隆得到一个在形成层及木质部较高表达的bHLH基因PtrbHLH106㊂采用CRISPR/Cas9基因编辑技术创制毛果杨PtrbHLH106的功能缺失突变体㊂对生长60㊁90㊁120d的毛果杨ptrbhlh106突变体和WT植株进行表型观察;对生长120d的植株各茎节进行石蜡切片,利用甲苯胺蓝染色观察并进行细胞统计分析㊂ʌ结果ɔ获得毛果杨ptrbhlh106突变体;与WT相比,突变体植株的株高㊁地径无明显差异;在整个测量的生长周期中,第8茎节长度有缩短的趋势,茎节数量有增加的趋势;形成层细胞层数有增加的趋势但差异不显著,导管细胞孔径显著增大,纤维细胞数量显著减少㊂ʌ结论ɔptrbhlh106突变体与WT植株在导管孔径和纤维细胞数量上存在差异,初步证明PtrbHLH106基因参与了调控毛果杨次生木质部的发育㊂关键词:毛果杨;次生木质部发育;CRISPR/Cas9基因编辑;PtrbHLH106转录因子中图分类号:S792.11;Q943.2㊀㊀㊀㊀文献标志码:A开放科学(资源服务)标识码(OSID):文章编号:1000-2006(2021)06-0015-09AfunctionalstudyofbHLH106transcriptionfactorbasedonCRISPR/Cas9inPopulustrichocarpaSUNJiatong,GUOYanjiao,LIShuang,ZHOUChenguang∗,CHIANGVincent,LIWei∗(StateKeyLaboratoryofTreeGeneticsandBreeding,NortheastForestryUniversity,Harbin150040,China)Abstract:ʌObjectiveɔWegeneratedCRISPR⁃basedmutantsofPtrbHLH106toexploreitsfunctioninthewoodformationofPopulustrichocarpa.ʌMethodɔBasedonthepreviousRNA⁃seqdataofvariouscelltypes(cambium,xylemandphloemcells)ofP.trichocarpa,weclonedabHLHtranscriptionfactor,PtrbHLH106,whichishighlyexpressedinthecambiumandxylem.TheCRISPR/Cas9geneeditingsystemwasusedtogenerateptrbhlh106mutants.Phenotypeobservationsofptrbhlh106andwild⁃type(WT)plantsgrownfor60,90and120dwerecarriedout.Paraffinsectionsofsteminternodesofptrbhlh106andWTplantsgrownfor120dayswerecreated,andtoluidinebluestainingwasusedforobservationandstatisticalanalysesofdifferentwoodcells.ʌResultɔPhenotypeobservationshowedthattherewerenosignificantdifferencesinplantheightandgrounddiameter.ComparedtothatinWTplants,theinternodeslengthof8thstemreduced,totalnumberofsteminternodesincreased,andthelayerofcambiumcellsincreasedinmutants.However,thedifferencesintheaboveindexeswerenotsignificant.Inaddition,thelumenareaofpervesselincreased,andthenumberoffibercellsdecreasedsignificantlyinptrbhlh106.ʌConclusionɔThephenotypicdifferencesbetweenptrbhlh106mutantsandWTplantsshowedthatPtrbHLH106isinvolvedintheregulationofsecondaryxylemdevelopment. All Rights Reserved.南京林业大学学报(自然科学版)第45卷inP.trichocarpa.Keywords:Populustrichocarpa;secondaryxylemdevelopment;CRISPR/Cas9geneeditingsystem;PtrbHLH106transcriptionfactor㊀㊀木材形成机制研究一直是林木研究的重点㊂木材的形成是一个高度有序且连续的过程,包括维管形成层的增殖㊁木质部细胞的分化扩张㊁次生细胞壁的沉积增厚㊁细胞的程序性死亡[1-2]㊂次生木质部包括纤维细胞㊁导管细胞和射线细胞[3]㊂已经从模式植物中鉴定出许多参与次生木质部发育的转录因子,它们形成转录调控网络用以调控木材的形成过程[4-6]㊂因此,探究转录因子在木材形成过程中的作用机制,可为利用林木分子生物学手段改良木材性状,提高木材质量提供理论依据㊂bHLH(BasicHelix-Loop-Helix)是一类碱性螺旋-环-螺旋类转录调控因子,主要存在于真核生物中,是仅次于MYB的第2大转录因子家族㊂在植物中,bHLH转录因子家族对植物的调控发育㊁胁迫响应㊁信号传导和次生生长方面起着重要作用[7-8]㊂大多数bHLH蛋白是在模式植物拟南芥中被发现和鉴定的,其功能包括:参与调节信号传导合成代谢途径,如植物激素的合成㊁光信号传导[9-10]㊁光敏信号的调节[11-12]㊁脱落酸信号传导[13];参与植物的生长发育,如种子的萌发;调控植物抗逆胁迫,如低温胁迫[14]㊁盐胁迫[15]等㊂此外,bHLH基因家族同样参与木质部的生长发育,例如一个非典型的bHLH转录因子调节生长素下游的早期木质部发育[16];棉花bHLH蛋白GhFP1正向调节纤维细胞的伸长[17];在拟南芥次生细胞壁的相关转录组数据中,识别到了一些bHLH转录因子调控次生细胞壁的合成[18];在一项研究中确定一个bHLH转录因子二聚体TMO5/LHW是拟南芥中维管发育的关键调节因子[19],其缺失突变体中维管组织逐渐消失;bHLH转录因子LHW-T5L1二聚体促进木质部前体细胞中关键细胞分裂素基因的表达,导致周围细胞中细胞分裂素水平升高,从而促进原形成层细胞的特异性增殖[20]㊂然而,bHLH转录因子参与林木木材形成还鲜见报道㊂基因编辑工具的出现,为基因功能的研究和植物性状的改良带来了很大的帮助[21]㊂CRISPR(clusteredregularlyinterspacedshortpalindromicre⁃peats)基因编辑技术在很大程度上提高了基因编辑的效率和实用性㊂目前,该技术已被广泛应用于基础科学㊁人类疾病治疗㊁作物基因功能及遗传育种等领域的研究中[22]㊂CRISPR/Cas9系统共包含了两个部分:向导RNA(sgRNA)和Cas9核酸酶,该系统的主要功能是在特定的基因组位点诱导DNA双链的断裂[23]㊂双链断裂之后非同源末端连接的细胞修复可能导致碱基的插入或缺失[24],从而改变碱基序列㊂利用CRISPR/Cas9技术可以对全基因组的任何一个基因进行基因编辑,可通过CRISPR/Cas9系统获得产量㊁品质和抗性都更高的优良品种[25]㊂例如通过CRISPR/Cas9技术编辑马铃薯R基因得到抗病马铃薯品系[26];以CRISPR介导CCR的基因编辑技术获得了低木质素的新杨树优良品系[27]㊂自2015年首次将CRISPR/Cas9系统应用于杨树中以来[28],已有许多将CRISPR/Cas9系统应用于树木的基因功能研究㊂例如,利用CRISPR/Cas9技术创制毛果杨PtrVCS2基因突变体,通过对突变体植株的分析发现PtrVCS2促进形成层向木质部分化,使植株提前产生增厚的次生细胞壁,表明毛果杨PtrVCS2参与木材形成的调控[29];利用CRISPR/Cas9技术得到毛果杨形成层特异表达的PtrWOX4转录因子功能缺失突变体,使植株顶端优势被破坏,顶芽和根部发育不良,形成层发育受到显著影响,木质部分化紊乱[30]㊂本研究通过分析东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室姜立泉团队前期对野生型(WT)毛果杨茎干不同细胞类型进行的RNA-seq数据分析,鉴定出一个在形成层和次生木质部细胞中较高表达的PtrbHLH106基因,利用CRISPR/Cas9系统创制了毛果杨PtrbHLH106基因功能缺失突变体㊂通过对突变体的表型观察及分析,初步揭示该基因在木材形成方面的功能㊂1㊀材料与方法1.1㊀实验材料、载体及试剂实验材料为东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室(本实验室)保存的毛果杨植株,基因型为Nisqually-1㊂用次氯酸钠(NaClO)对野生型毛果杨侧枝进行消毒后,经植物组织培养进行芽诱导,获得无菌毛果杨组培苗㊂组织培养条件:温度25ħ,光强约40μmol/(m2㊃s),光周期为16h光照/8h黑暗㊂温室培养条件:温度范围22 25ħ,光强约300μmol/(m2㊃s),光周期为16h光照/8h黑暗㊂温室种植毛果杨使用135ħ高温高压灭61. All Rights Reserved.㊀第6期孙佳彤,等:基于CRISPR/Cas9的毛果杨bHLH106转录因子的功能研究菌30min后冷却的土壤㊂pENTR载体(pENTR/D-topo)购自LifeIn⁃vitrogen公司;T载体(pMD18-T)购自TaKaRa;pUC19-GFP载体为本实验室保存;pEgP237-2A-GFP由KeishiOsakabe实验室惠赠㊂RNA试剂盒(RNeaseplantMiniKit)㊁胶回收试剂盒(GELEx⁃tractionKit)㊁PCR纯化试剂盒(PCRpurificationkit)㊁质粒提取试剂盒(Plasmidminikit)均购自QIAGEN公司;反转录试剂盒(PrimeScriptRTreagentKit)购自TAKARA;Pfu聚合酶(PfuDNAPolymerase)购自Aglient公司;体外转录试剂盒(T7quickhighyieldRNAsynthesiskit)购自NEB;甲苯胺蓝染色剂购自Sigma;大肠杆菌(Escherichiacoli)TOP10感受态细胞㊁根癌农杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)GV3101感受态细胞均为本实验室保存㊂1.2㊀毛果杨PtrbHLH106基因的克隆与分析根据PtrbHLH106基因的ID(Potri.006G037100),在毛果杨基因组网站(https://phy⁃tozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html)下载基因序列,设计特异性引物(表1)㊂使用RNA提取试剂盒对毛果杨的分化木质部总RNA进行提取,使用反转录试剂盒进行反转录后得到的cDNA作为PCR扩增模板,对目的基因进行PCR扩增,PCR反应体系:10ˑPfuBuffer2μL㊁dNTPs2μL㊁cDNA模板1μL㊁正反向引物各1μL㊁PfuDNAPolymerase0.4μL㊁去离子水12.6μL,反应体系为20μL㊂PCR反应程序:94ħ预变性2min;94ħ变性45s,52ħ退火30s,68ħ延伸30s,30个循环;68ħ再延伸30min㊂PCR扩增获得该基因片段,并连接到pENTR载体上,经热激法大肠杆菌转化后,获得阳性克隆,测序检测PtrbHLH106序列㊂表1㊀所用引物及序列Table1㊀Primerlistintheexperiments引物名称primername引物序列sequences用途applicationF5ᶄ-CACCATGCAGCCTGAAAACTGTCAGGAG-3ᶄR5ᶄ-CATAGCCATTCAACGTCCAAAGAT-3ᶄPtrbHLH106基因克隆cloningofPtrbHLH106geneT7-bHLH106⁃stem⁃loop5ᶄ-TAATACGACTCACTATAGGTTCCATTCTCGGTAAGAAACGTTTAAGAGCTATGCTGGAAACAGCATAGCAAGTTTAAATAAGG-3ᶄ体外检测的gRNA转录模板gRNAtranscriptiontemplateforinvitrode⁃tectionpUC19-F5ᶄ-CTAGGGATCCCTTCACTTGCGGGTCATCTC-3ᶄpUC19-R5ᶄ-CTAGGTCGACGACTTGTTTGTGTAGATCCAAG-3ᶄ体外检测中的模板DNAthetemplateDNAforinvitrodetectiongRNA-F5ᶄ-GATTGTTCCATTCTCGGTAAGAAAC-3ᶄgRNA-R5ᶄ-GTTTCTTACCGAGAATGGAACCAAA-3ᶄpEgP237载体构建,R端引物亦用于转基因植株鉴定vectorconstructionofpEgP237,gRNA-RalsofortransgenicidentificationM13F5ᶄ-GTAAAACGACGGCCAG-3ᶄ转基因鉴定transgenicidentificationPtrbHLH106-F5ᶄ-ACTTGCGGGTCATCTCCCTT-3ᶄPtrbHLH106-R5ᶄ-GCCTGCAACACCTAAAAATATT-3ᶄ靶位点编辑情况的鉴定identificationofgeneediting1.3㊀毛果杨PtrbHLH106基因gRNA选取及体外切割验证㊀㊀使用在线工具(http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/)对PtrbHLH106进行gRNA的选取,选取gRNA的原则是分数高㊁脱靶概率低于0.5㊁GC含量在50%左右,且定位在外显子上㊂在挑选好的gRNA序列前加T7启动子(5ᶄ-TAATACGACT⁃CACTATAGG-3ᶄ),后加stem-loop(5ᶄ-GTTTA⁃AGAGCTATGCTGGAAACAGCATAGCAAGTTTAAATAAGG-3ᶄ),该序列作为gRNA的体外转录模板序列,用于gRNA的体外切割验证㊂将gRNA体外转录模板序列经PCR反应生成双链DNA㊂PCR反应体系为:T7-bHLH106-stem-loop(0.5μmol/L)2μL㊁BS6(0.5μmol/L)2μL㊁T25(10μmol/L)5μL㊁BS7(10μmol/L)5μL㊁dNTPMix1μL㊁10ˑPCRBuffer5μL㊁rTaq1μL㊁去离子水29μL,共50μL㊂PCR反应程序:95ħ1min;95ħ10s,59ħ10s,72ħ10s,45个循环;72ħ,30s㊂PtrbHLH106基因gRNA的体外转录:利用体外转录试剂盒对gRNA进行体外转录,反应体系为:NTPBufferMix7.5μL㊁Nuclease⁃freewater371. All Rights Reserved.南京林业大学学报(自然科学版)第45卷μL㊁TemplateDNA8μL㊁T7RNAPolymerase1.5μL,共20μL㊂置于37ħ恒温水浴锅中4h㊂模板载体的构建及模板质粒线性化:依据毛果杨网站提供的PtrbHLH106基因全基因组的序列信息及pUC19-35S-GFP载体上所含有的酶切位点,在gRNA前后共1kb位置设计带有酶切位点的特异性引物(表1)㊂PCR模板为野生型的全基因组DNA,PCR扩增后对目标片段的胶回收产物和pUC19-35S-GFP质粒分别同时进行BamHⅠ和SalⅠ双酶切,T4DNA连接酶进行连接,将连接产物利用热激法转化到TOP10大肠杆菌中,筛选阳性单克隆进行测序验证㊂测序正确的单克隆进行质粒的提取,使用PstⅠ进行模板质粒pUC19-Ptr⁃bHLH106的线性化,酶切产物纯化后获得线性化的体外切割模板DNA㊂体外检测gRNA切割结果:检测体系为Cas9蛋白(1mg/mL,本实验室前期纯化获得)2μL㊁gRNA2μL㊁线性化的DNA模板12μL㊁Phosphatebuffer(pH7.5)0.8μL㊁DTT0.02μL㊁MgCl21μL㊁PBS2.18μL㊂置于37ħ恒温水浴锅1h,1h后迅速放入液氮中,随后用PCR纯化试剂盒进行产物纯化,经琼脂糖凝胶电泳检测并观察结果㊂1.4㊀CRISPR基因编辑载体的构建设计经体外验证的gRNA引物(表1),对gRNA进行引物复性㊂反应体系为:10ˑEX-TaqBuffer2μL㊁gRNA-F9μL㊁gRNA-R9μL,共20μL㊂PCR反应程序如下:95ħ30s;72ħ2min;37ħ2min;25ħ2min㊂PCR产物稀释100倍待用㊂载体pEgP237-2A-GFP经BsaⅠ单酶切,与PtrbHLH106的gRNA用T4DNA连接酶连接,将连接产物利用热激法转化到TOP10大肠杆菌中,筛选阳性单克隆进行测序验证,随后将阳性质粒pEgP237-U6-PtrbHLH106gRNA-35S-Cas9转入GV3101农杆菌中,用于毛果杨的遗传转化㊂1.5㊀毛果杨遗传转化及转基因植株的鉴定毛果杨遗传转化采用已建立的农杆菌介导法[31-32],选择生长30d左右的健康毛果杨无菌组培苗,株高10 12cm,切下第2 3节茎段,用农杆菌侵染20min后放置暗处共培养48h;暗培养结束后,用含有250mg/L头孢霉素的无菌水浸泡清洗茎段,随后移至含有25mg/L卡那霉素和250mg/L头孢霉素的选择培养基上,培养25 30d后,将抗性芽移至含有20mg/L卡那霉素和125mg/L头孢霉素的抗性芽生根培养基中㊂待植株生根后,剪下转基因植株的叶片并提取全基因组DNA,用pEgP237-2A-GFP上的F端引物M13F(表1)和PtrbHLH106基因gRNA的R端引物(表1)进行PCR扩增鉴定㊂1.6㊀转基因植株PtrbHLH106基因编辑情况鉴定㊀㊀参照毛果杨DNA序列,在包含gRNA位点的上下游共500bp处设计引物,以转基因植株DNA为扩增模板,扩增目的片段DNA,加A尾后连接到T载体上,用热激法转化到TOP10大肠杆菌中,每个植株挑取30个阳性单克隆进行测序,与野生型序列进行比对㊂1.7㊀毛果杨表型分析及茎的横切面解剖观察分别在ptrbhlh106突变体和野生型毛果杨生长60㊁90和120d时对其进行株高㊁地径测量,每个基因型取3株,重复3次测量㊂在ptrbhlh106突变体和野生型毛果杨生长120d时,分别取第2㊁4㊁6㊁8㊁10茎节制作石蜡切片,利用甲苯胺蓝对切片进行染色,在M8数字扫描显微成像系统(Precipoint)下观察横切面细胞形态㊂1.8㊀测序及数据分析测序服务及全部引物的合成均由吉林省库美生物科技有限公司完成(www.comatebio.com)㊂利用SPSS软件中的独立样本t检验法对各生长指标及细胞数进行差异显著性分析,当P<0.05时,表示差异显著,当P<0.01时差异极显著㊂用SigmaPlot10.0软件进行制图㊂2㊀结果与分析2.1㊀PtrbHLH106基因的获得研究团队前期通过激光显微切割技术(lasercapturemicrodissection,LCM),分别精确收集了毛果杨野生型植株第8茎节的形成层㊁木质部和韧皮部细胞,对其进行RNA-seq数据分析,结果发现PtrbHLH106基因主要在形成层和木质部细胞中表达(图1),因此推测PtrbHLH106可能在形成层和木质部发育中发挥一定的调控作用㊂通过对Ptr⁃bHLH106的克隆及测序,获得723bp的CDS序列㊂2.2㊀毛果杨PtrbHLH106基因突变体的创制为了进一步研究PtrbHLH106在木材形成过程中的功能,采用CRISPR/Cas9基因编辑技术创制了毛果杨PtrbHLH106基因功能缺失突变体㊂在突变体创制前,利用体外切割技术对选取的gRNA进行了验证,以便确定gRNA的可用性㊂81. All Rights Reserved.㊀第6期孙佳彤,等:基于CRISPR/Cas9的毛果杨bHLH106转录因子的功能研究标准化FPKM值即转录本丰度标准化为每千个碱基的转录每百万映射读取的片段数,误差线代表3个生物学重复的标准误㊂NormalizedFPKMindicatesnormalizedtranscriptabundancesasfragmentsperkilobaseofexonmodelpermillionmappedfragments.ErrorbarsrepresentSEvaluesofthreeindependentexperiments.图1㊀毛果杨PtrbHLH106基因在不同组织细胞类型中的表达Fig.1㊀ThetranscriptabundanceofPtrbHLH106indifferentcelltypesinPopulustrichocarpa2.2.1㊀gRNA的体外验证通过gRNA网站预测,选取1条分数高㊁脱靶概率低㊁GC含量在50%左右的PtrbHLH106外显子上gRNA,切割的模板示意图如图2A所示,gRNA位于线性化DNA模板的-952bp处㊂经过体外切割,琼脂糖凝胶电泳结果如图2B所示,在不加入gRNA或Cas9蛋白时,装有PtrbHLH106基因片段的模板DNA均未被切断(第1和2号泳道),在加入gRNA㊁Cas9蛋白和模板DNA后,DNA被有效切成2段,电泳条带在约4.5kb和0.9kb处(第3泳道),与理论长度相符㊂该结果说明,选用的gRNA序列可有效结合Cas9蛋白,并对靶位点进行切割,可用于后续实验㊂A.模板DNA示意图schematicdiagramoftemplateDNA;B.凝胶电泳结果theelectrophoresisresults(M.DNAmarkerDL10000;1㊁2.对照组negativecontrol;3.检测样品sample)㊂图2㊀gRNA体外验证Fig.2㊀ThecleavageassayinvitroofgRNA2.2.2㊀毛果杨遗传转化及转基因植株鉴定构建CRISPR载体pEgP237-U6-PtrbHLH106gRNA-35S-Cas9,通过农杆菌侵染㊁抗性愈伤组织出芽㊁抗性芽在卡那霉素培养基上两次生根筛选过程(图3A 3C),获得3株抗性生根植株㊂提取待鉴定的抗性植株叶片基因组DNA,使用载体引物M13-F和PtrbHLH106的gRNA-R端引物进行PCR扩增,鉴定结果如图3D所示,两个阴性对照(第1和3泳道)均未扩增出片段条带,而抗性植株(第4 6泳道)均扩增出与阳性对照(第2泳道)相同大小的条带,说明PtrbHLH106重组质粒已经成功整合到毛果杨基因组中㊂A.愈伤组织分化诱导callusinduction;B.抗性芽诱导shootin⁃duction;C.抗性植株筛选screaningoftheresistantplants;D.转基因植株的PCR鉴定thePCRdetectionresults(M.DNAmarkerDL2000㊂1.ddH2O为模板的阴性对照negativecontrolwithddH2OasPCRtemplate;2.pEgP237-U6-PtrbHLH106gRNA-35S-Cas9质粒为模板的阳性对照positivecontrolwithplasmidpEgP237-U6-PtrbHLH106gRNA-35S-Cas9asPCRtemplate;3.野生型毛果杨叶片DNA为模板的阴性对照negativecontrolwithleafDNAofwild⁃typeplantasPCRtemplate;4 6.抗性植株叶片DNA为模板的样品samplewithleafDNAofkanamycin⁃re⁃sistantplantasPCRtemplate)㊂图3㊀毛果杨转基因植株的获得Fig.3㊀GenerationofPopulustrichocarpatransgenicplants2.2.3㊀PtrbHLH106基因编辑情况分析对转基因植株的PtrbHLH106基因靶位点的编辑情况进行测序鉴定,结果如图4A所示:3个株系的突变体gRNA处均插入或缺失不同数量的碱基,如ptrbhlh106-1的两条等位基因分别插入1个碱基和缺失2个碱基,ptrbhlh106-2的两条等位基因分别插入1个碱基和缺失3个碱基,ptrbhlh106-3的两条等位基因分别插入1个碱基和缺失16个碱基㊂3个突变体植株均为双等位突变㊂编辑PtrbHLH106基因后的蛋白翻译情况如图4B,部分碱基的插入和缺失后,导致翻译提前终止,产生的91. All Rights Reserved.南京林业大学学报(自然科学版)第45卷氨基酸序列远短于正常的PtrbHLH106,ptrbhlh106-2的1条等位基因缺失了1个氨基酸同时造成1个氨基酸的改变,其他基因序列的翻译序列均未包含bHLH家族的典型HLH结构域[18]㊂该结果表明,已成功获得毛果杨ptrbhlh106突变体㊂为验证PtrbHLH106转录因子的功能,选取突变体植株ptrbhlh106-2㊁ptrbhlh106-3进行后续研究㊂A.等位基因编辑情况(红色字母表示碱基插入,红色 - 表示碱基缺失, -16bp- 表示缺失16个碱基)geneeditingofalleles(Theredlettersrepresentinsertion;theredshortlines - representdeletion; -16bp- represents16nucleotidedeletion);B.被编辑基因的蛋白翻译情况预测(红色块区域代表氨基酸改变)thepredictionofaminoacidsequencetranslation(Theredshortlinesrepresentaminoacidchanged)㊂图4㊀毛果杨PtrbHLH106基因编辑情况Fig.4㊀GeneeditingofPtrbHLH106geneinPopulustrichocarpa误差线代表由3个生物学重复计算的标准误,∗表示通过t检验,突变体与野生型植物各株系之间存在显著差异,∗.P<0.05,∗∗.P<0 01)㊂下同㊂Statisticalanalysisofgrowthindexofwild⁃type(WT)andptrbhlh106plants.ErrorbarsrepresentSEvaluesofthreeindependentexperiments.Asterisksindicatesignificantdifferencesbetweeneachlineofthemutantsandwild⁃typeplantsbyStudent sttest.Thesamebelow.图5㊀毛果杨野生型与ptrbhlh106突变体表型分析Fig.5㊀PhenotypeobservationofWTandptrbhlh106mutantsinPopulustrichocarpa2.3㊀毛果杨ptrbhlh106突变体的表型分析对ptrbhlh106突变体植株进行无性扩繁后,与高度相似的野生型毛果杨组培苗一起盆栽于温室中,在植株自然生长60㊁90和120d时进行表型观察(图5)㊂从生长过程来看,毛果杨ptrbhlh106突变体与野生型相比,株高和地径没有明显差异㊂同02. All Rights Reserved.㊀第6期孙佳彤,等:基于CRISPR/Cas9的毛果杨bHLH106转录因子的功能研究时对茎节数以及第8茎节长度进行测定,统计结果表明,突变体植株在生长60d时的茎节数量显著大于野生型,随着植株生长时间的延长,茎节数有增加的趋势,但差异不显著;第8茎节的长度在植株生长60和120d时与WT差异显著,从植株生长周期来看,突变体植株第8茎节的长度有缩短的趋势㊂由以上结果初步推测,PtrbHLH106的功能缺失,对植株的生长未造成严重的影响㊂为了进一步解析PtrbHLH106在杨树木材形成过程中发挥的功能,通过石蜡切片对毛果杨bhlh106突变体的第2㊁4㊁6㊁8和10茎节的横切面进行观察,结果显示突变体的各类型细胞的形态与野生型毛果杨无差异(图6A)㊂对切片中单位面积的导管细胞㊁纤维细胞数量及单个导管细胞的孔径进行统计分析,结果(图6C和6D)表明,与野生型相比突变体植株的纤维细胞数量显著减少,导管细胞数量无明显差异,单个导管孔径显著增加㊂对形成层细胞进行观察分析,发现突变体植株的形成层层数有增加的趋势,但差异不显著(图6B和6E)㊂以上结果表明,PtrbHLH106转录因子的功能缺失,导致木质部纤维细胞数量减少,导管孔径增大,初步说明该转录因子在次生木质部发育过程中发挥了调控作用㊂A.野生型(WT)和突变体(ptrbhlh106)毛果杨各茎节细胞形态观察(比例尺为200μm)morphologicobservationofsteminternodesofWTandptrbhlh106(Bars=200μm);B.形成层细胞形态观察(红色线表示形成层区域,比例尺为100μm)morphologicobservationofcambiumcells(Redlineshowedcambiumareas,Bars=100μm);C.单位面积细胞数目统计statisticsanalysisofnumberoffiberandvesselcellsinperunitcells;D.导管孔径面积统计statisticsanalysisoflumenareaofpervessel;E.形成层细胞层数统计statisticsanalysisofnumberofcambiumcelllayer㊂图6㊀毛果杨ptrbhh106突变体石蜡切片观察及细胞统计Fig.6㊀Paraffinsectionobservationandstatisticalanalysesofcellsinptrbhlh106inPopulustrichocarpa3㊀讨㊀论因树木生长周期长㊁遗传背景复杂㊁基因组信息不完善等因素的制约,对树木的生长发育和环境适应等方面的研究受到很多技术的限制,尤其是在基因功能研究过程中,功能缺失突变体的创制异常困难㊂然而CRISPR/Cas9基因编辑技术在2015年首次用于杨树[28],就预示着树木突变体的创制12. All Rights Reserved.南京林业大学学报(自然科学版)第45卷不再是困扰科研人员的技术问题㊂应用CRISPR/Cas9系统成功获得了一个毛果杨转录因子的功能缺失突变体,为研究该转录因子功能提供了重要的遗传材料㊂在研究中,为了更加高效地获得毛果杨突变体,应用CRISPR/Cas9系统原理,开发了简易的体外切割实验,对选取的gRNA进行验证㊂实验结果也表明,经过验证的gRNA在毛果杨体内同样发挥着靶向高效性㊂该实验体系具有简便㊁耗时短㊁结果易观察等优点,但也存在DNA模板单一的缺点,后续将对该体系进行进一步优化㊂不同的载体系统随着CRISPR系统在作物中的广泛应用应运而生,本研究使用的载体系统来自Osakabe研究团队[33-34],该载体系统可成功应用于苹果㊁葡萄等木本植物中,也同样成功地应用到林木中[32,35]㊂本研究中获得的3株转基因毛果杨经测序鉴定,均为双等位突变体,说明该载体系统在毛果杨中具有很高的编辑效率㊂目前获得树木的单突变体已不再困难,但是获得树木的双突变体或多突变体,仍是对开发高效CRISPR系统的挑战㊂树木的遗传背景复杂,生长周期长,获得完整㊁高质量基因注释的树种还较少,许多树种的遗传转化系统不完善,缺少针对树木开发的RNA聚合酶Ⅲ类启动子,都是制约树木多突变体创制的因素㊂此外,基因的精准编辑如单碱基编辑已广泛应用于农作物中[36],而在树木中还未建立完善的碱基编辑系统㊂Li等[37]首次在杨树中成功利用碱基编辑器对木质素合成酶基因4CL进行单碱基突变,预示着CRISPR/Cas系统也将在树木中持续发挥其巨大的潜力㊂木材形成是一个高度复杂的发育过程,涉及多类转录因子家族的参与和调控㊂从生物解剖学来看,木材是由次生木质部增厚的次生细胞壁形成的,而有关次生细胞壁的调控网络更是涉及多种转录因子,如NAC㊁MYB家族转录因子,分别在木质部纤维细胞㊁导管细胞的发育过程中起到分子开关㊁次级调控因子的作用[38-39]㊂除此之外,其他家族转录因子在木材形成调控网络中也直接或间接地调控木材形成相关基因的表达[6]㊂bHLH家族转录因子参与木质部的发育过程[16-18],本研究的PtrbHLH106属于该家族成员,主要在毛果杨的形成层和木质部表达㊂CRISPR/Cas9基因编辑的突变体ptrbhlh106在生长上并未受到影响,并且形成层的细胞层数有增加的趋势但变化不显著,说明PtrbHLH106的功能缺失未对整个植株的生长和形成层细胞的分裂分化造成明显影响㊂值得注意的是,在选取突变体做后续实验时,其中1株突变体的基因编辑结果并未造成PtrbHLH106氨基酸序列的较大变化,推测还保留该基因的功能㊂而两个突变体的表型一致,综合两个突变体的基因编辑情况和表型结果,说明可能是由于基因存在功能冗余[32],单独敲除1个基因,往往不能对树木重要发育过程产生很大影响㊂这一推测将通过后续获得多突变体等手段进行验证㊂本研究在木材发育相关基因的功能研究中发现,bHLH106基因在木材发育方面具有重要功能㊂毛果杨ptrbhlh106突变体与野生型植株相比,虽然苗高生长和地径在统计学上没有显著的差别,但解剖视野中纤维细胞数量显著减少㊁导管孔径显著增大,形成层细胞层数增加,这说明PtrbHLH106在树木的木质部细胞发育和木材形成过程中,对调控径向生长量可能有重要的作用㊂在木本植物中,有关木质部发育的转录调控,与木材生物质累积和木质资源的生物产品转化高度相关[40-41]㊂PtrbHLH106基因对木材细胞壁纤维细胞的数量㊁导管的孔径大小,以及形成层细胞层数的调控,可能对木质部的组分,如纤维素含量㊁木质素S/G比例㊁含量甚至结构产生影响,从而改变木材的理化性质及终产品的加工利用工艺和品质㊂这也是杨树木材材性遗传改良的重要发展方向和研究重点[42-43]㊂诚然,本研究虽然拓宽了bHLH转录因子的功能范围,但有关PtrbHLH106基因的更多功能及其分子调控机制还需要进一步深入探究㊂参考文献(reference):[1]NULL.Esau splantanatomy:meristems,cells,andtissuesoftheplantbody:theirstructure,function,anddevelopment[J].ChoiceRevOnline,2007,44(7):44-3861.DOI:10.5860/choice.44-3861.[2]李慧,郭晓蕊,刘雅琳,等.木材形成过程中次生壁沉积和细胞程序性死亡的分子调控机制[J].中国科学(生命科学),2020,50(2):123-135.LIH,GUOXR,LIUYL,etal.Themo⁃lecularmechanisminsecondarywalldepositionandprogrammedcelldeathofwoodformation[J].SciSin(Vitae),2020,50(2):123-135.DOI:10.1360/SSv-2019-0133.[3]EASUK.Plantanatomy[M].NewYork:JohnWiley&Sons,1964.[4]MCCARTHYRL,ZHONGR,YEZH.SecondarywallNACbind⁃ingelement(SNBE),akeyCis⁃actingelementrequiredfortargetgeneactivationbysecondarywallNACmasterswitches[J].PlantSignalBehav,2011,6(9):1282-1285.DOI:10.4161/psb.6.9.16402.[5]LINYC,LIW,SUNYH,etal.SND1transcriptionfactor⁃directedquantitativefunctionalhierarchicalgeneticregulatorynet⁃workinwoodformationinPopulustrichocarpa[J].PlantCell,2013,25(11):4324-4341.DOI:10.1105/tpc.113.117697.[6]CHENH,WANGJP,LIUHZ,etal.HierarchicaltranscriptionfactorandchromatinbindingnetworkforwoodformationinPopulustrichocarpa[J].PlantCell,2019,31(3):602-626.DOI:10.1105/tpc.18.00620.[7]文静,王春涛,杨永平.植物木质部次生细胞壁加厚调控的研究进展[J].西南林业大学学报(自然科学),2021,41(2):22. 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All Rights Reserved.。
‘南林895杨’遗传转化体系的优化
在 生根 阶段 的 筛选浓度为 1 0 m g / L , 头孢 霉素浓度为 1 0 0 mg / L 。优 化 了 ‘ 南林 8 9 5杨 ’ 遗 传转化体 系, 为利 用转基 因技 术开展 杨树 的遗传改 良研 究奠定 了基础 。
关 键词 : ‘ 南林 8 9 5杨 ’ ; 遗传转化 ; 体 系优 化 ; 农 杆 菌介 导
n e t i c t r a n s f o r ma t i o n me d i a t e d b y A g r o b a c t e r i u m w e r e s e c r e e n e d b y u s i n g t h e o r t h o g o n a l d e s i g n me t h o d .T h e s t a t i s t i c a l a n a l y —
毛果杨NLP基因家族生物信息学分析与鉴定_吴翔宇.
植物研究2014,34(1):37 43Bulletin of Botanical Research基金项目:863高科技项目(2013AA102702)和中央高校基本科研业务费专项资金资助(DL13EA03-01)第一作者简介:吴翔宇(1988—),男,硕士研究生,主要从事林木氮素营养的分子生物学研究。
*通信作者:E-mail :liuguanjun2013@nefu.edu.cn 收稿日期:2013-11-10毛果杨NLP 基因家族生物信息学分析与鉴定吴翔宇1许志茹1,2曲春浦1李蔚1孙琦1刘关君1*(1.东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室,哈尔滨150040;2.东北林业大学生命科学学院,哈尔滨150040)摘要NLP 基因家族是一类特殊的转录因子,豆科植物根瘤的形成依赖于该基因家族的存在,在非豆科植物中具有调节植物硝酸盐吸收以及同化的功能。
通过对毛果杨(Populus trichocarpa )基因组的生物信息学分析,共鉴定出14个毛果杨NLP 基因家族成员,这些成员具有低亲水性的特点,基因结构保守,都含有RWP-RK 以及PB1两个保守结构域。
通过细胞定位预测,所有成员都定位在细胞核中。
直系同源与旁系同源进化分析显示,NLP 基因家族成员在漫长的进化过程中经历了严格的选择。
染色体定位分析表明,毛果杨NLP 基因家族成员坐落在毛果杨9条染色体之上,成员数量的扩增来自于杨柳科染色体自身的扩增事件。
芯片数据分析结果显示,NLP 基因家族成员在嫩叶,根和雄花中表达,部分基因在木质部以及种子萌发过程之中表达,但所有成员均不在成熟叶片中表达。
关键词毛果杨;NLP ;基因家族;表达模式中图分类号:S792.11文献标志码:Adoi :10.7525/j.issn.1673-5102.2014.01.006Genome-wide Identification and Characterization of NLP Gene Family in Populus trichocarpaWU Xiang-Yu 1XU Zhi-Ru 1,2QU Chun-Pu 1LI Wei 1SUN Qi 1LIU Guan-Jun 1*(1.State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding ,Northeast Forestry University ,Harbin 150040;2.College of Life Science ,Northeast ForestryUniversity ,Harbin 150040)Abstract NLP gene family is a special transcription factor ,the initiation of nodule development is dependent on the function of this gene family ,in other species plant it has the function of regulating plant nitrate absorption and assimilation.Genome-wide analysis in Populus trichocarpa had identified 14NLP gene family members.These members have the characteristics of low hydrophilic ,the conservative gene structure and contain RWP-RKand PB1two conservative domain.The localization of all members of NLP genes in P.trichocarpa was predicted in the nucleus.Evolution analysis showed that NLP gene family members experience strict filter.Chromosome localization analysis showed that the members of P.trichocarpa NLP genes were located on 9chromosomes ,the expanding of NLPs in P.trichocarpa was caused by Salicaceae duplication events.Microarray data analysis showed that NLPs had a high transcript accumulation in leaf ,root and male catkins ,some genes were expressed in xylem ,seed and female catkins ,but no gene was detected in the mature leaf.Key words Populus trichocarpa ;NLP ;gene family ;expression pattern 植物在整个生命周期当中需要大量的氮素营养。
南林895杨适应性生长监测
南林895杨适应性生长监测王克林【摘要】南林895杨是南京林业大学所选育出的新品种,有着速生、优质、高产等诸多特点.为了更好的推广改良品种,并取得良好的经济效益,对南林895杨适应性生长监测结果进行了分析,更好的了解了南林895杨适应性,也因其特点显著,对其进行了监测及监测分析.【期刊名称】《林业科技情报》【年(卷),期】2019(051)001【总页数】3页(P4-5,9)【关键词】南林895杨;适应性;监测【作者】王克林【作者单位】湖北省鄂州市不动产登记中心,湖北鄂州436000【正文语种】中文南林895杨是南京林业大学“九五”科技攻关选育出的新品种,具有速生、优质、高产等特点,2002年通过国家林木良种审定,是国家林业局重点推广的杨树新品种,适宜在黄淮平原、江淮平原及长江中下游平原生长。
2004年,湖北省鄂州市引进南林895杨种条扦插试种0.67hm2,2006年开始推广该品种。
该市林业部门统计,南林895杨推广种植面积近2000hm2。
2008年春,鄂州市临江乡胡林专业队利用南林895杨新品种造林,造林面积6.67hm2。
通过每年对南林895杨生长量、病虫害、自然灾害进行了监测,获取了895杨8年生长监测数据,并将监测数据与当年气候变化因子进行对比分析,取得此杨树品种适应性宝贵成果。
1 立地条件鄂州市位于湖北省东部,长江中游南岸,西邻武汉,东接黄石,北望黄冈。
按照全国立地区划系统和湖北森林立地类型划分标准,该市属南方亚热带立地区域,长江中下游滨湖平原地区(代号B),长江中下游滨湖平原立地亚区,湖州、滩地河流层积物立地小区(代号〔A〕),地下水位属浅地下水位(<1.5m)组(代号c),沙质地(代号〔7〕),土层厚度>100cm,属典型的沙质地,土壤pH值为7.1,属中性土壤。
临江乡平均海拔19.3m,地势平缓。
2 气候条件属亚热带季风气候过渡区,平均气温17.9℃,无霜期268~272d,平均降水量1074.9~1575.5mm,年日照时数为1737.2~2247.8h。
毛果杨PtIPT5基因的克隆及低温胁迫表达分析
櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄 残留情况分析[J].现代农业科技,2012(3):212-213.[50]闫革彬,金文军.北京市昌平区蔬菜中农药残留状况分析[J].中国食品卫生杂志,2008,20(3):255-257.[51]武丕武,侯润兰,王丽英.2008年山西蔬菜中农药残留问题分析[J].中国植保导刊,2009,29(6):38-40.[52]李树才,姚明辉.农药管理使用与农产品质量安全[C]//2014年中国植物保护学会学术年会.厦门,2014:246-250.[53]罗 鹏.蔬菜生产中农药使用现状、存在问题及对策研究[J].乡村科技,2016(24):74.[54]江苏省市场监督管理局.江苏省市场监督管理局官网数据[EB/OL].(2022-06-01)[2022-06-02].http://scjgj.jiangsu.gov.cn/.[55]王琅 .对农药包装废弃物回收处理的思考[J].果农之友,2021(12):63-65.[56]李宏秋.蔬菜农药残留现状及治理对策[J].现代食品,2021(14):124-126.[57]曹爱兵,姚 瑶,陈长军.江苏省绿色优质农产品基地在农药准入下的病害防控[J].江苏农业科学,2022,50(3):125-130.[58]曹爱兵,姚 瑶.江苏省农业绿色发展进阶思考与政策取向探讨[J].农产品质量与安全,2021(2):14-17.[59]陆仲斐.2017年—2021年上海市叶菜类蔬菜中农药残留检测与分析[J].上海农业科技,2022(3):27-30.[60]陈 海.蔬菜农药残留超标的原因及防治对策[J].现代农村科技,2022(1):111-112.[61]张 妍.我国蔬菜农药残留形成原因及控制对策[J].农业科技与信息,2019,16(19):80-81.[62]王志伟,李 洋.蔬菜中农药的使用对食品安全问题的影响[J].现代食品,2017(15):1-4.[63]曾永才.水稻病虫害防治与农药使用安全探讨[J].世界热带农业信息,2023(3):44-45.[64]陈慧贞.蔬菜农药残留超标原因与控制策略[J].食品安全导刊,2021(30):145-145,147.[65]施 阳,王春昕,朱丽花,等.镇江新区蔬菜农产品质量安全监管现状及对策建议[J].长江蔬菜,2020(17):3-5.[66]陈长福.浅谈农药安全使用存在的问题及其对策[J].南方农业,2017,11(19):85-86,89.毕田田,张 骐,代金玲,等.毛果杨PtIPT5基因的克隆及低温胁迫表达分析[J].江苏农业科学,2023,51(22):14-23.doi:10.15889/j.issn.1002-1302.2023.22.003毛果杨PtIPT5基因的克隆及低温胁迫表达分析毕田田1,张 骐1,代金玲1,高秀芳2,白玉娥1(1.内蒙古农业大学林学院,内蒙古呼和浩特010000;2.鄂尔多斯市林业和草原事业发展中心,内蒙古鄂尔多斯017000) 摘要:为探究异戊稀基转移酶基因(IPT)的抗逆机理,通过PCR技术从毛果杨叶片中克隆了IPT基因,命名为PtIPT5,对该基因及其蛋白进行生物信息学分析,并使用实时荧光定量技术(qRT-PCR)分析其在毛果杨组培苗不同组织及不同程度低温处理下的表达特性。
南林895杨适应性生长监测
林业科技情报2019Vol.51No.1南林895杨适应性生长监测王克林(湖北省鄂州市不动产登记中心,湖北鄂州436000)[摘要]南林895杨是南京林业大学所选育出的新品种,有着速生、优质、高产等诸多特点。
为了更好的推广改良品种,并取得良好的经济效益,对南林895杨适应性生长监测结果进行了分析,更好的了解了南林895杨适应性,也因其特点显著,对其进行了监测及监测分析。
[关键词]南林895杨;适应性;监测Monitoring of Adaptive Growth of Nanjing ForestryUniversity895Populus L.Wang Kelin(Hubei EzhouReal EstateRegistration Center,Ezhou,Hubei436000)Abstract:895Populus L.is a new breed bred by Nanjing Forestry University,which has many characteristics such as fast growth,perfect quality and high yield.In order to popularize improved breed and achieve good economic benefits,the results of adaptive growth monitoring of Nanjing Forestry University895Populus L.were analyzed.Be-cause of its remarkable characteristice,it was monitored and analyzed.Key words:Nanjing Forestry University895Populus L.;adaptability;monitor南林895杨是南京林业大学“九五”科技攻关选育出的新品种,具有速生、优质、高产等特点,2002年通过国家林木良种审定,是国家林业局重点推广的杨树新品种,适宜在黄淮平原、江淮平原及长江中下游平原生长。
杨树新品种南林95杨、895杨繁育技术
杨树新品种南林95杨、895杨繁育技术杨树是林业界的重要经济作物,也是一种重要的美化植物,在林业和园林中都有着重要的地位。
南林95杨和895杨是我国森林科学研究院植物遗传育种所培育的杨树新品种,它们具有优异的苗木质量、良好的经济性状、良好的抗病性和优秀的节水性能。
南林95杨是一种侧分支型杨树,树冠漂亮,枝叶繁茂,枝干细长,外形优美,叶片细腻,对光照适应性强,抗寒性好,抗病性强,抗旱性强,适宜在我国大多数地区栽培,以中抗菌性和抗病性最好的立地条件最佳,能够根据气候的变化,调节其生长势,可以满足不同地区的需要。
895杨是由南林95杨经许多遗传育种技术改良而成,并经过长期栽培鉴定,其主要特点是抗逆性好,萌芽早,生长茁壮,适应性强,苗木质量好,抗病性强,抗旱性强,绿化效果好,树冠树姿优美,因此,895杨的栽培超越了95杨,是一种新的杨树品种,已经在服务森林和景观建设方面取得了良好的效果。
南林95杨和895杨是杨树的新品种,它们的繁育技术可以大致分为四个方面:遗传育种、选育育种、栽培管理以及科学管理。
首先是遗传育种,南林95杨和895杨都是在遗传育种的基础上研发而成,采用种子繁育技术,通过仔细观察、辨认、品种分类,选择性繁育出具有优良传承性状和显著遗传优势的新品种。
其次是选育育种,选育育种是指在选择遗传育种的基础上,立足于地域环境的差异,采用常见的人工育种方法,进一步优化新品种的性状,是南林95杨和895杨新品种的核心环节。
在选育育种中,科研人员需要采取的措施有:对杨树进行系统调查,在全国范围内选择优良的杨树母本;进行层次选择,根据地域环境变化,选择性培育出适宜环境的新品种;根据人们的实际需求,以改良优良品种作为育种对象,通过人工突变,获得新品种。
此外,栽培管理和科学管理对于南林95杨和895杨的繁育也很重要。
在栽培管理中,要定期检查树木的健康状况及其生长情况,实施微肥施用,在秋冬季给杨树施用有机肥,防止病虫害发生,并定期对杨树进行护理和修剪。
毛果杨PLD基因家族全基因组水平鉴定及其盐胁迫下的表达分析
2021,34(3):23-36 http ://www」ykxyj. com
D01:10.13275/ki.lykxxj.2021.03.003
毛果杨PLD基因家族全基因组水平鉴定 及其盐胁迫下的表达分析
刘 聪1,张 洋-夏德安1,陈雪冰1,魏志刚旷
1材料与方法
1.1毛果杨PLDs家族成员鉴定及基本特征分析 利用报道的拟南芥PLD的氨基酸序列比对
Phytozome 网站(https://) 中 的毛果杨基因组数据库凹,同时在毛果杨数据库检 索已注释的PZD,将获得的序列结果汇总并剔除 重复序列后作为候选基因。为了验证初始结果的可 靠性,将候选基因的氨基酸序列上传至HMMER 网站(https:///Tools/hmmer)以及 NCBI 保守结构域数据库(https:/// cdd/)鉴定保守结构域,以含有2个间隔250〜 400氨基酸的PLD典型HKD结构域(HMM模型 登录号为PF00614 )为标准进行筛选,并根据保守 结构域鉴定蛋白类型,最终鉴定出毛果杨PQ家 族全部成员小'"'珈性
动作用。
关键词:毛果杨;PZQ基因家族;生物信息学分析;盐胁迫
中图分类号:Q943
文献标志码:A
文章编号:1001-1498(2021)03-0023-14
植物作为固着生物,需要应对干旱、盐碱、低 温、高温以及病虫害侵袭等多种逆境胁迫,而对胁 迫信号的感知和转导是植物应对环境胁迫的前提和 基础叭研究表明,植物体内胁迫信号的转导需 要多种信号转导物质参与,如ABA、乙烯、H2O2 和NO等激素和小分子化合物囱以及信号转导蛋 白G蛋白切、磷脂酶AH〕、磷脂酶C^、磷脂酶D (PLD)问等激酶,其中,PLD能够水解磷酸二脂 键使细胞膜磷脂产生磷脂酸(PA)和可溶性头
毛果杨RAV基因家族生物信息学与组织表达分析
安徽农学通报2023年22期林业科学毛果杨RAV基因家族生物信息学与组织表达分析范文欣刘秋艳陈甜王一淇王海凌王晓立*(宿迁学院建筑工程学院园林教研室,江苏宿迁223800)摘要鉴定毛果杨基因组上RAV同源蛋白(PtRAV),为进一步分析毛果杨RAV同源蛋白基因提供信息。
从Phytozome数据库中查找已知RAV基因保守蛋白序列,通过毛果杨数据库得到毛果杨全基因组RAV保守蛋白序列。
解析RAV基因物理化学性质和亚细胞定位用,构建系统发育树以及组织表达。
本研究有利于为后续克隆毛果杨RAV基因提供信息,并为RAV同源蛋白功能的解析、调控网络的构建以及为植物的生长发育及抗逆中的作用提供一定的参考。
关键词毛果杨;RAV;理化性质分析;组织表达中图分类号Q811.4文献标识码A文章编号1007-7731(2023)22-0069-05毛果杨(Populus trichocarpa)为杨柳科半常绿乔木,具有易繁殖、生长迅速等特点,是木本植物研究的模式生物。
转录因子是一类能够与DNA序列特异性结合[1],调节基因转录本表达的蛋白质。
转录因子在植物的生长发育、代谢反应和抗逆反应等多种过程中发挥重要作用[2]。
RAV属于AP2/ERF 转录因子家族的一个亚家族,仅在植物中存在,对植物的多个生物学过程有重要意义。
RAV蛋白同时含有B3保守域和AP2保守域[3],其中B3保守域能特异地与靶序列CACCTG结合,处于蛋白C端;处于蛋白N端的AP2结构域则与GCC盒结合密切相关。
相关学者已在多个植物中对RAV家族进行了全基因组分析:荔枝[4](Litchi chinensis)和杧果[5](Mangifera indica)中鉴定得到4个RAV转录因子;新疆沙冬青[6](Ammopiptanthus mongolicus)、钻天柳[7](Chosenia arbutifolia)、二倍体棉花[8](Gossypium australe)和龙眼[9](Dimocarpus longan)中的RAV成员数量分别是2、4、10和4个;在拟南芥中[10]鉴定有13个RAV基因,其中有6个具有AP2结构域,其他则只具有B3结构域。
五种杨树MYB基因的克隆及其在叶片发育中的表达分析
基因组学与应用生物学,2020年,第39卷,第9期,第4090-4098页研究报告Research Report五种杨树MYB基因的克隆及其在叶片发育中的表达分析潘成卜芋芬荆艳萍*北京林业大学生物科学与技术学院,林木育种国家工程实验室,北京,100083*通讯作者,***************.cn摘要本研究以84K杨(Populus alba×Populus glandulosa)为研究材料,从中克隆到PagMYB10、PagMYB57、PagMYB134、PagMYB156及PagMYB182共5种MYB基因,其编码区序列长度分别为810bp、957bp、888bp、804bp和738bp,分别编码269个、318个、295个、267个和245个氨基酸。
它们都具有R2和R3保守结构域,属于R2R3-MYB转录因子。
氨基酸序列同源性分析和进化分析表明PagMYB10和PagMYB134属于转录激活因子,而PagMYB57、PagMYB156及PagMYB182属于转录抑制因子。
运用荧光定量PCR对叶片发育中这五种MYB的表达情况进行检测,结果表明PagMYB10和PagMYB134在第二片叶中表达量最高,两者在叶片发育过程中的表达量呈现相似的变化趋势;而PagMYB57、PagMYB156及PagMYB182则在第3片叶中的表达量最高,三者在叶片发育过程中的表达趋势相似,提示这两类MYB对于转录存在协同调控。
该研究结果为进一步开展杨树MYB基因的功能特性研究提供了基础。
关键词杨树,MYB,基因克隆,叶片发育,表达分析Cloning and Expression Analysis of Five MYB Genes in Poplar during Leaf DevelopmentPan Cheng Bu Yufen Jing Yanping*National Engineering Laboratory for Tree Breeding,NDRC,College of Biological Science and Technology,Beijing Forestry University,Beijing,100083*Corresponding author,***************.cnDOI:10.13417/j.gab.039.004090Abstract In this study,84K(Populus alba×Populus glandulosa)was used as the research material,five MYB genes, PagMYB10,PagMYB57,PagMYB134,PagMYB156and PagMYB182,were cloned from cDNA of poplar leaves. The coding sequence lengths were810bp,957bp,888bp,804bp and738bp,encoding269,318,295,267and 245amino acids,respectively.These MYBs contained R2and R3conserved domains and belonged to R2R3-MYB transcription factors.Amino acid sequence homology analysis and phylogenetic analysis showed that PagMYB10 and PagMYB134were transcriptional activators,while PagMYB57,PagMYB156and PagMYB182belonged to transcriptional inhibitors.Quantitative real-time PCR(qRT-PCR)analysis revealed that during leaf development, PagMYB10and PagMYB134displayed the highest expression in the second leaf and showed the same changing trend.PagMYB57,PagMYB156and PagMYB182showed the highest expression in the third leaf and had the similar change patterns of expression,which indicated that these two types of MYBs synergistically regulate the transcription.The results of this experiment provide a basis for further research of functional characteristics of MYB in poplar.Keywords Poplar,MYB,Gene cloning,Leaf development,Expression analysis基金项目:本研究由国家重点研发计划项目(2017YFD0600201)资助引用格式:Pan C.,Bu Y.F.,and Jing Y.P.,2020,Cloning and expression analysis of five MYB genes in poplar during leaf development, Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue(Genomics and Applied Biology),39(9):4090-4098(潘成,卜芋芬,荆艳萍,2020,五种杨树MYB基因的克隆及其在叶片发育中的表达分析,基因组学与应用生物学,39(9):4090-4098)图184K 杨MYB 基因的克隆注:M:DL5000Marker;1:PagMYB134;2:PagMYB57;3:PagMYB10;4:PagMYB182;5:PagMYB156Figure 1Cloning of MYB genes from 84K poplarNote:M:DL5000Marker;1:PagMYB134;2:PagMYB57;3:PagMYB10;4:PagMYB182;5:PagMYB156MYB 转录因子是植物中最大的转录因子家族之一,该家族蛋白质都含有一个高度保守的DNA 结合结构域,即MYB 结构域。
转PeTLP基因‘南林895’杨对土壤微生物的影响及外源基因分子检测
浙江林业科技,2018,38(4):28-37J Zhejiang For Sci Technoldoi:10.3969/j.issn.1001-3776.2018.04.005转PeTLP基因‘南林895’杨对土壤微生物的影响及外源基因分子检测马晓星1,孙伟博1,魏辉1,刘铃1,于翔2,王璞1,诸葛强1(1.南京林业大学南方现代林业协同创新中心,生物与环境学院,江苏南京 210037;2. 日本理化学研究所植物科学中心,横滨日本 230-0045)摘要:转基因技术是当今林木分子育种的手段之一,但其生物安全性问题广受关注。
本研究选择进入田间试验的转PeTLP(类甜蛋白)基因‘南林895’杨Populus deltoides× P. euramericana cv. ‘Nanlin 895’为材料,开展转基因杨树对土壤微生物影响及外源基因分子检测等分析。
结果显示,转基因杨树在进入田间试验一年后,外源基因仍稳定存在于转基因植株基因组中;转基因与非转基因植株根系周围可培养土壤微生物菌落数量无显著差异,表明外源基因对土壤微生物无显著影响;对土壤微生物总DNA进行分子检测也显示外源基因未有向周围土壤微生物扩散现象;叶片化感作用试验显示转基因植株叶片未对生菜Lactuca sativa L.var. ramose Hort.种子的生长造成显著影响。
初步分析结果表明,转PeTLP基因‘南林895’杨在进入田间试验后未出现外源基因水平转移,也未对周围生态环境造成显著影响。
关键词:转基因植物;‘南林895’杨;田间试验;生物安全性;PeTLP中图分类号:S792.11 文献标识码:A 文章编号:1001-3776(2018)04-0028-10Effect of Transgenic Populus deltoides ×P. euramericanna cv.‘Nanlin 895’ with PeTLP on SoilMicrobes and Molecular Analysis on Exogenous GenesMA Xiao-xing1,SUN Wei-bo1,WEI Hui1,LIU Ling1,YU Xiang2,WANG Pu1,ZHUGE Qiang1(1. Co-Innovation Center for Sustainable Forestry in Southern China, College of Biology and Environment, Nanjing Forestry University, Nanjing 210037, China; 2. RIKEN Plant Science Center, Yokohama 230-0045, Japan)Abstract: Transgenic Populus deltoides× P. euramericana cv. ‘Nanlin 895’ with PeTLP gene were selected for molecular analysis and biosafety analysis. The results showed that the exogenous gene could be detected after one year plantation of transgenic poplars in the open field. There was no significant difference in the quantity of soil microbes around root system between transgenic and non-transgenic plants, indicating that the transgenic plants with PeTLP had no significant effects on soil microbes. Molecular analysis on total DNA of soil microbes showed that the exogenous gene did not transfer to the soil microbes. Allelopathy effect of leaf of transgenic ‘Nanlin 895’ showed that it had no significant effect on the seed growth of Lactuca sativa L. var. ramose Hort.Key words: transgenic plants; Populus deltoides ×P. enramericanna cv. ‘Nanlin 895’; field trial; biosafety; PeTLP杨属Populus由于生长迅速、适应能力强、产量高、轮伐期短以及用途广泛等优点,已成为全球重要的经收稿日期:2018-05-15;修回日期:2018-06-22基金项目:转基因生物新品种培育重大专项(2018ZX08020002);国家林业局生物安全与遗传资源管理项目(KJZXSA2018004);国家自然科学基金项目(31570650);江苏高校优势学科建设工程项目(PAPD)作者简介:马晓星,硕士研究生,主要从事分子生物学研究;E-mail:1098130946@。
毛果杨PtrMYB161基因在木质部发育中的表达调控
木材是植物次生生长所形成的木质化组织ꎬ是
制浆造纸、建筑和生物质能源的重要原材料ꎬ是不可 或缺的可再生资源[1-2] ꎮ 木材的形成过程包括维管
形成层分化形成次生木质部以及木质部中细胞壁的 加厚[3-5] ꎮ 前人的研究发现ꎬ该发育过程受到不同
水平的分子网络调控ꎬ其中转录水形成分子机制能够为提高森林生产力提供一条崭新 且精确的遗传改良途径[7-8] ꎮ
NAC 和 MYB 等家族转录因子在木质部发育中 起着 重 要 调 控 作 用[9] ꎮ 在 拟 南 芥 中 MYB46 和 MYB83 是 SND1 的下游基因能够激活次生壁生物合 成相关基因表达[10-12] ꎮ SND1 在杨树中有 4 个同源 基因 PtrSND1 - A1、A2、B1 和 B2ꎬ并且 PtrSND1 - B1 能够 直 接 激 活 MYB46 的 同 源 基 因 PtrMYB2 和
( 林木遗传育种国家重点实验室( 东北林业大学) ꎬ哈尔滨ꎬ150040)
摘 要 木材形成是一个复杂的发育过程包括维管形成层分化形成次生木质部以及木质部中细胞壁的加厚 等ꎬ其中 MYB 家族转录因子在此过程中发挥着重要调控作用ꎮ 通过 RNA-seq 对毛果杨( Populus trichocarpa) 基因 组中的 MYB 基因表达模式分析ꎬ结果发现 PtrMYB161 基因在木质部特异表达ꎬ并且主要在纤维细胞中特异表达ꎮ 为解析该基因在木质部发育中的表达调控功能ꎬ构建 35S::PtrMYB161 植物表达载体并进行毛果杨遗传转化ꎬ共获 得 6 个 PtrMYB161 过表达转基因株系ꎮ RT-PCR 结果表明ꎬ在过表达转基因株系中 PtrMYB161 基因的表达丰度增 加 500 ~ 5 000 倍ꎮ 表型和组织形态学分析表明ꎬ表达丰度增加最多的 L5 株系表现出明显的植株矮小、叶片面积
毛果杨AGO基因家族生物信息学分析
毛果杨AGO基因家族生物信息学分析张丽华;王婷;陈群;王晓立;韩浩章【摘要】Argonautes(AGOs)蛋白是生物有机体中普遍存在的一类比较保守的蛋白质,在不同物种的RNAi及相关的途径中具有十分重要的功能,也调控着模式植物拟南芥的生长发育过程.该研究利用AGO蛋白的保守域在毛果杨基因组中进行同源比对,鉴定出毛果杨AGO基因家族成员13个,并对其成员进行了理化性质分析、motif结构比对、进化树构建、基因表达分析等.结果表明:毛果杨AGO基因家族成员基因长度为2463~3189bp,编码的蛋白质具有保守的Piwi、PAZ、DUF1785结构域.PtAGO基因分布于第1、6、8、9、10、12、14、15、16条染色体上,存在着串联重复序列.AGO蛋白定位于叶绿体、细胞核和胞质中,偏碱性和亲水性,具有较高的脂溶指数、不稳定性.基因组织表达分析表明,毛果杨PtAGO成员在不同组织中的表达有明显差异,在与木材形成相关的组织、器官中有较高的表达.【期刊名称】《安徽农学通报》【年(卷),期】2019(025)004【总页数】4页(P12-15)【关键词】毛果杨;AGO蛋白;基因家族;生物信息【作者】张丽华;王婷;陈群;王晓立;韩浩章【作者单位】宿迁学院建筑工程学院实验中心,江苏宿迁 223800;江苏新梦想生态环境建设股份有限公司,江苏宿迁 223800;宿迁学院建筑工程学院实验中心,江苏宿迁 223800;宿迁学院建筑工程学院实验中心,江苏宿迁 223800;宿迁学院建筑工程学院实验中心,江苏宿迁 223800【正文语种】中文【中图分类】S792.11AGO(Argonaute)基因普遍存在于各类生物基因组中,不同生物的AGO蛋白结构相对保守,通常有PAZ和PI⁃WI 2个特征域。
在小RNA分子介导的RNA沉默途径中,AGO蛋白是沉默复合物的主要成分[1],AGO蛋白可以与这些小RNA介导的不同类型的小非编码RNA结合,特异性结合小RNA互补靶的靶RNA,靶基因被AGO蛋白本身的核酸内切酶活性切割,从而导致靶基因的失活[2]。
东海县南林895杨的选育
东海县南林895杨的选育
赵开松;姜同第
【期刊名称】《现代农业科技》
【年(卷),期】2009(000)008
【摘要】阐述了南林985杨的育种目标、特征特性选择、无性系选择和区域化试验,以期为南林985杨在东海县的推广种植提供参考.
【总页数】1页(P19-19)
【作者】赵开松;姜同第
【作者单位】江苏省东海县山左口乡农业技术推广站,江苏,东海,222300;东海县张湾乡农业技术推广站
【正文语种】中文
【中图分类】S792.11
【相关文献】
1.毛果杨PGR5基因转南林895杨的分子鉴定及表达量1)
2.南林895杨、95杨和797杨引种与物候期观察
3.速生优质杨新品种--南林95杨和南林895杨
4.南林95和南林895杨的扦插育苗技术
5.杨树新品种南林95杨、895杨繁育技术
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毛果杨Rubisco活化酶基因的克隆与功能分析
2 0 1 7年 4 月
d o i : 1 0. 1 1 7 0 7 / j . 1 0 0 1 — 7 4 8 8 . 2 0 1 7 0 41 0
林
业
科
学
V0 1 . 53. No . 4
Apr ., 2 0 I 7
SCI ENTI A
摘
要: 【 目的】核酮 糖 一1 , 5一二 磷 酸羧 化酶 ( R u b i s c o ) 是 参 与植 物光 合作 用 的第 1步碳 同化 的关键 酶 , 而
R u b i s c o活 化 酶 ( R C A) 能够使 R u b i s c o处 于 稳 定 的 催 化 活 性 状 态 , 从 而 提 高 光 合 效 率 。本 研 究 从 毛 果 杨 中克 隆 R C A 基 因并 通 过 遗 传 转 化 南 林 8 9 5杨 , 获得 P t R C A 高 表 达 的 转 基 因株 系 , 并 进 行 分 子 检 测 及 相 关 功 能分 析 , 为培育杨树
2 6 . 5 %。【 结论 】杨树 R u b i s c o活化酶 ( P t R C A) 蛋 白与大豆 、 拟南芥 R C A蛋 白同源性较高 。通过实时定量及相关 生
理分析表明 , 转P t R C A基 因 南 林 8 9 5杨 具 耐 高 温 特 性 , 利用 C O 和 强 光 进 行 光 合 作 用 的 能 力 较 强 , 催化 R u B P进 行 羧 化 反 应 的效 率 较 高 。转 P t R C A基 因杨 树 能 够 充 分 利 用 吸 收 的 光 子 , P s Ⅱ反 应 中 心 效 率 较 高 , 过 剩 光 能 量 得 到 较 好的耗散 , 表 现 出耐 光 氧 化 的 能 力 。研 究 结 果 表 明 , P t R C A基 因 的 高 效 表 达 提 高 了 转 基 因植 株 的光 合 效 率 , 并 对 高
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毛果杨PGR5基因转南林895杨的分子鉴定及表达量1)王丽娜;李开隆【摘要】We introduced PGR5 gene from Populus trichocarpa toPopulus×euramericana cv. ‘Nanlin895 by agrobacterium medi⁃ated method, screened these transgenic plants by hygromycin resistance gene, and took the molecular detection and expres⁃sion analysis of these transgenic plants. With the data of PCR detection, 12 of 23 clones were positives, and the gene was integrated into the genome of poplars. ByRT⁃PCR detection, 12 clones had positive bands which were consistentwith the anticipated objective strap size, and the gene was expressed atthe transcripional level. By real time⁃PCR detection, the ex⁃pression of the 12 positive clones were 220 times as much as wild types.%采用农杆菌介导法将毛果杨( Populus trichocarpa) PGR5基因转化南林895杨,经潮霉素抗性基因筛选并对转基因植株进行了分子检测和表达量分析。
普通PCR检测结果显示,有12株检测到阳性信号,表明该基因已整合到南林895杨基因组中;经RT-PCR检测,该12株转化子在目的基因处有阳性条带,表明该基因在转录水平表达;实时荧光定量PCR检测结果显示,12株阳性苗的表达量为野生型的2~20倍。
【期刊名称】《东北林业大学学报》【年(卷),期】2015(000)011【总页数】3页(P6-8)【关键词】PGR5;分子检测;实时荧光定量PCR;转基因杨树【作者】王丽娜;李开隆【作者单位】林木遗传育种国家级重点实验室东北林业大学,哈尔滨,150040;林木遗传育种国家级重点实验室东北林业大学,哈尔滨,150040【正文语种】中文【中图分类】S792.11;Q78We introduced PGR5 gene from Populus trichocarpa toPopulus×euramericana cv. ‘Nanlin895 by agrobacterium mediated method, screened these transgenic plants by hygromycin resistance gene, and took the molecular detection and expression analysis of these transgenic plants. With the data of PCR detection, 12 of 23 clones were positives, and the gene was integrated into the genome of poplars. By RT-PCR detection, 12 clones had positive bands which were consistent withthe anticipated objective strap size, and the gene was expressed at the transcripional level. By real time-PCR detection, the expression of the 12 positive clones were 220 times as much as wild types.目前杨树转基因的研究主要集中在抗虫、抗除草剂、抗病、降低木质素、抗环境污染以及非生物胁迫等[1-3],对光合作用环式电子传递链中的载体蛋白研究的较少,尤其是将光合与抗逆结合进行木本植物转基因的研究更少[4]。
PGR5在C3植物杨树中的遗传转化是其功能性研究的重要方法,对PGR5转基因植株的分子鉴定和表达量研究能有效地证明外源基因在转基因植株中的阳性转化效率及基因表达情况,是功能试验的关键环节[5]。
笔者经过近一年的遗传转化获得了23个转基因抗性株系,对这些株系进行PCR、RT-PCR、qRT-PCR检测,获得12个在转录水平高表达的转基因株系。
1.1 材料毛果杨(Populus trichocarpa)组培苗由中国科学研究院植物研究所光合中心王佰臣教授提供。
转基因所用材料为南林895杨(Populus×euramericana‘Nanlin895’)组培苗,由上海植物生理生化研究所李莱庚教授提供。
大肠杆菌DH5a为东北林业大学林木遗传育种国家级重点实验室保存,pCAMBIA1300原始质粒、GV3101感受态菌株为中国科学研究院植物研究所王佰臣教授提供,Silica Bead DNA Gel Extraction Kit#K0513购于北京Thermo 公司,限制性内切酶购于北京NEB公司,高保真酶KOD-Plus-Neo购于TOYOBO公司,RNA提取试剂盒RNAprep Pure Plant Kit(DP441)购于TIANGEN公司,反转录试剂盒购于Invitrogen公司,克隆载体使用的北京全式金公司的pEASY-Blunt Simple Cloing Kit,TRANS2KTM DNA Marker购于全式金公司。
1.2 方法1.2.1 普通PCR检测PGR5基因对23个抗性株系提取总DNA,设计特异引物进行PCR扩增。
PCR反应扩增条件为:94 ℃预变性5 min,94 ℃、1 min,60 ℃、1 min,72 ℃、1 min,35个循环,最后72 ℃延伸10 min,PGR5基因产物大小为1 000 bp,反应产物用1.2%的琼脂糖电泳进行检测[6-8]。
采用天根专门针对杨树多糖多酚特点的RNA提取试剂盒(RNAprep Pure Plant Kit)提取南林895杨总RNA,利用Invitrogen的反转录试剂盒(C28025-032)反转cDNA,采用特异性引物进行PCR扩增[9]。
1.2.2 实时荧光定量PCR检测鉴于内参基因在实时荧光定量PCR中的重要作用,从内参基因的选择、常用内参基因的特点、应用内参基因组合的优越性和评价内参基因稳定性等几方面选择适合杨树的Actin作为内参基因[10-12],并设计适合实时荧光定量PCR引物,引物序列见表1。
在荧光定量PCR管(国盛公司)中加入10 μmol·L-1正向引物和反向引物各0.4 μL,全式金PCR Master Mix(北京全式金SYBR Green Realtime PCR Master Mix)10 μL。
各反应管中加入待测样品cDNA各1 μL,总反应体系为20 μL,每个样品做3个平行重复。
反应条件为:95 ℃预变性30 s;95 ℃变性5 s,55 ℃退火30 s,40个循环。
然后进行55~95 ℃的熔解曲线分析,完成上述步骤后,把加好样品的定量PCR专用反应管放入real-time quantity PCR仪[13]。
2.1 转基因杨树DNA水平检测选择生长良好的转PGR5基因的生根苗,分别对23株转基因植株进行叶片基因组DNA的提取和PCR检测,同时以p1300RD29A-PGR5质粒作为阳性对照,以非转基因植株南林895杨为阴性对照(图1),PCR扩增产物经1.2%琼脂糖凝胶电泳检测,在紫外照射下拍照,在约1 000 bp处出现一条特征条带,与预期的PGR5基因大小一致,而在阴性对照的泳道上未发现该特征带,这初步证明PGR5基因已经整合到南林895杨基因组中[14]。
2.2 转基因杨树RNA水平检测转基因杨树DNA检测结果说明PGR5基因已插入杨树基因组中,为检测其转录水平的表达,提取12个阳性苗株系的叶片总RNA,提取的RNA溶于35 μL RNase-free Water中,取5 μL RNA溶液点样,经1.0%的琼脂糖凝胶电泳,在紫外下拍照的结果见图2。
从图2可以清晰的看到18 S和28 S的两条带,说明RNA提取质量完好,无污染未降解,可以进行下游试验。
将检测的完整的RNA反转录为cDNA[15],用PGR5特异性引物检测,以p1300RD29A-PGR5质粒作为阳性对照,结果如图3所示,1~12泳道均扩增出特异性条带,与阳性质粒对照(CK+)相一致,而阴性对照(CK-)并未扩增出该特异性条带,说明目的基因已经整合到了南林895杨基因组中并在转录水平表达[16-18]。
2.3 PGR5基因相对表达量以Actin作为内参基因,对12个转PGR5基因样本的表达情况进行了实时荧光定量PCR检测,结果表明,12个样本均有不同程度表达,PGR5-M5样本表达量最高,是野生型的20倍,PGR5-M11约10倍,PGR5-M1、PGR5-M2、PGR5-M3、PGR5-M9的表达量为6~10倍,PGR5-M6、PGR5-M7、PGR5-M8的表达量均在5倍以下,PGR5-M4样本表达量最低,约是野生型的2倍。
本研究采用农杆菌介导的光下诱导不定芽的方法对PGR5进行遗传转化,用普通PCR和RT-PCR对转化株系进行了检测和筛选,获得了12株转基因阳性苗;实时荧光定量PCR表达量检测结果表明,转PGR5基因在叶片中均高表达,最高表达量是野生型的20倍,PGR5-M5、PGR5-M11样本经多次实时荧光定量PCR重复表达稳定并高表达;通过遗传转化条件的优化及潮霉素筛选获得了一批转PGR5基因的南林895杨植株,并准备对转基因植株进行进一步的功能鉴定。
【相关文献】[1] 白亚蒙.大田试验转基因杨树无性系的抗虫性研究[D].南京:南京林业大学,2004.[2] 周陈力.杨树转AtGolS2和SRK2C基因的遗传转化研究[D].南京:南京林业大学,2010.[3] 田晓明,谭晓风.转基因杨树的研究进展及展望[J].湖南林业科技,2009,36(2):71-73,85.[4] 马瑞.早粳稻空育131耐障碍性冷害基因OsRGR5的克隆[D].哈尔滨:黑龙江大学,2014.[5] 敖金霞,高学军,曲波,等.转基因大豆、玉米和水稻外源基因检测通用标准分子的构建[J].中国农业大学学报,2008,13(6):19-24.[6] 杜春芳,李润植,刘惠民,等.转基因植物的表型变异、分子检测与遗传分析[J].生物技术通讯,2003,14(5):422-427.[7] Deprez R H L, Fijnvandraat A C, Ruijter J M, et al. Sensitivity and accuracy of quantitative real-time polymerase chainreaction using SYBR green I depends on cDNAsynthesis conditions[J]. Analytical Biochemistry,2002,307:63-69.[8] Tave rniers I, Windels P, Vaïtilingom M, et al. Event-specific plasmid standards and real-time PCR methods for transgenic Bt11, Bt176, and GA21 maizeand transgenic GT73 canola[J]. J Agric Food Chem,2005,53(8):3041-3052.[9] 李义良.转基因杨树的分子检测及抗逆性评价[D].北京:北京林业大学,2008:3-25.[10] 袁伟,万红建,杨悦检,等.植物实时荧光定量PCR内参基因的特点及选择[J].植物学报,2012,47(4): 427-436.[11] Dheda K, Huggett J F, Bustin S A, et al. Validation of housekeeping genes for normalizing RNA expression in real-time PCR[J]. Biotechniques,2004,37(1):112-119. [12] Andersen C L, Jensen J L, Ørntoft T F. Normalization of real-time quantitative reverse transcription-PCR data: a model-based variance estimation approach to identify genes suited for normalization, applied to bladder and colon cancer data sets[J]. CancerRes,2004,64(15):5245-5250.[13] 赵敬贤,李娟,严兴荣,等.FABP4转基因牛的分子生物学鉴定[J].中国农业科学,2014,47(24):4895-4903.[14] 宫本贺.转基因苎麻的分子检测和抗虫性鉴定[D].北京:中国农业科学院,2010:10-28.[15] 陈红敏.抗逆、抗病转基因小麦的分子检测及抗性鉴定[D].杨凌:西北农林科技大学,2010:20-39.[16] 杜建中,孙毅,郝目瞿山,等.抗玉米丝黑穗病转基因株系的分子检测及抗病株系选育[J].华北农学报,2006,21(5):99-104.[17] 林秀艳,陆续,沈乾,等.分子检测技术在转基因药用植物研究中的应用[J].上海交通大学学报:农业科学版,2011,29(1):94-98.[18] 朱英,刘永翔,黄永会,等.分子检测技术在转基因植物中的研究概况[J].种子,2013,32(4):45-49.。