斑头雁血红白序列、结构、功能、进化分析

斑头雁血红蛋白序列、结构、功能、进化分析

姓名________ 学号______________ 日期________年___月___日

1.文献检索

1)以“hemoglobin”检索PubMed文献摘要数据库。该数据库中收录斑头雁、灰雁和安

第斯雁血红蛋白相关文献共___篇，其中___篇为综述。

2)上述文献中有关蛋白质晶体结构的文献共____篇，已经测定的结构包括

______________________________________________________________________，

其PDB代码为_________________________________________________________。

2.序列比对

1)以“bar-headed goose hemoglobin”检索UniProt/Swiss-Prot序列数据库，该数据库中

收录斑头雁序列共___条，其中血红蛋白序列_____条。斑头雁血红蛋白A链序列

登录号为_____，名称为_____。

2)UniRef数据库中与该序列条目相似性高于90％的序列共____条，其中Swiss-Prot

数据库中收录____条。

3)下载上述Swiss-Prot数据库中收录的与斑头雁血红蛋白A链相似性高于90％的序

列物种序列，进行多序列比对，结果表明，上述序列中变异位点共____个，约占

____%，其中信息位点___个，约占____%。

3.系统发育树构建

1)从UniProt数据库中提取鸟类代表性谱系血红蛋白不同亚基蛋白质序列，构建系统

发生树。

2)分析所构建的系统发生树，说明斑头雁和其它鸟类的系统发生关系。

4.结构分析

1)用蛋白质结构图形显示软件Swiss-PdbViewer比较斑头雁氧合血红蛋白（1A4F）和

灰雁氧合血红蛋白（1FAW）空间结构。斑头雁氧合血红蛋白B链有___个组氨酸

残基，其中____与血色素环中央鉄原子共价结合，键长___埃；___与血色素环中央

氧原子（OXY150）以氢键结合，键长为___埃；

2)用结构叠合（Fit）方法将斑头雁氧合血红蛋白A链链二聚体和灰雁氧合血红蛋

白A链B链二聚体按α碳（CA）叠合，叠合后均方根误差（Root Mean Square

Deviation, RMSD）为__埃；

3)找出斑头雁和灰雁血红蛋白A链第119位差异残基；斑头雁血红蛋白中该残基为

_____，其侧链β碳原子（CB）与B链上距离小于4埃的残基共___个，分别为

________；灰雁氧合血红蛋白中该残基为_____，其侧链β、γ、δ碳原子（CB、CG、

CD）与B链上距离小于4埃的残基共___个，分别为__________________________。

5.根据上述分析结果，阅读相关文献，简述斑头雁血红蛋白序列、结构、功能和进化关系。

6.将以上斑头雁血红蛋白分析策略用于自己课题相关蛋白质序列、结构、功能和演化分析，

说明分析结果。