image J 软件分析双标及多标格免疫荧光共表达操作步骤1

image J 软件分析双标及多标格免疫荧光共表达操作步骤

1. 从image J官方网站下载该软件，切记一些重要的相关的插件要一并下载，如colocalization-finder插件等，存在在安装目录下，否则，有些功能无法找到。

2.将要分析的图片文件打开，出现如下画面时，将一些勾勾去掉，这样的话，一张含有多通道的免疫荧光源图片只以一张图片出现，而不会出现每一种荧光分别就会有一张图片，这对后面选取目的区域是非常有利和方便的。注意：需要先将图片转换为TIFF格式，否则好像不能用于分析。

3. 打开图片后，将图片转换为8-或者16-bit。

4. 为了便于分析和观看，可以在image根据栏里选择rotate旋转图片，图中我把图片逆向旋转了90度，见下下图。

6. 将选定的区域复制到一个新的文档中。步骤：edit,copy-dile,new,internal clipboard。即得到一张某一激发波长下的蛋白免疫荧光图,默认显示为clipboard.

7. 将鼠标放在原图片上，并且轻轻转动滑轮，原图片画面即显示第二个激发波长下的图片，见左上角有C:2/3，即表示是3中荧光通道中的第二个荧光通道图片，同样将选定的区域复制到一个新的文档中。步骤：

edit,copy-dile,new,internal clipboard。即得到第二张某一激发波长下的蛋白免疫荧光图，默认显示为clipboard -1.

8. 同样将鼠标放在原图片上，并且轻轻转动滑轮，原图片画面即显示第三个激发波长下的图片，见左上角有C:3/3，即表示是3中荧光通道中的第三个荧光通道图片，同样将选定的区域复制到一个新的文档中。步骤：edit,copy-dile,new,internal clipboard。即得到第三张某一激发波长下的蛋白免疫荧光图，默认显示为clipboard -2.

9. 现在已经将不同通道下，目的蛋白的荧光图片都选择和建立好了，分别有三张图片，代表2种蛋白，三种激发波长，而且这三个蛋白是在一模一样的区域里统计分析，现在知道步骤2中打开一张源图片的重要性的吧，不然不能保证每次所选的目的区域是一模一样，也就得不到同一区域不同蛋白共存强度的统计分析效果了！

下面分别进行2种蛋白共存的分析过程：点plugin,colocalization finder，出现后图画面。

10. 将要统计的2张选好区域的目的图片，如clipboard-1和clipboard-2显示在桌面上，并在分析对话框中分别选上，点OK.

11. 结果出来了，分别是共存相关系数图表和共存的模拟效果图，同时还有一个相关性的散点分布图scatterplot.

12. 新开一个excel文档，将结果拷贝并复制。

13. 将相关性的散点分布图scatterplot以TIFF/JPEG形式保存，建议最好附在共存图片或者文档中，以让图片说话，比起你用文字说话有证据多了。

14. 重复步骤10以后的步骤，按同样的方法分别统计分析clipboard和clipboard-1以及clipboard和clipboard-2的共