GBS猪育种手册
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目录
一、 系统简介 1 二、个体号规范 1 三、测定性状 1
四、选择指数的计算公式 2
五、遗传进展分析 2 六、BLUP模型定义 2 七、某些性状的定义及计算方法 4
1、 系统简介
现代家畜育种的主要特征是
全面采用现代动物遗传育种的理论和方法来指导实际育种 工作；
广泛应用计算机进行信息管理与分析。
这二者是互相依存的，现代动物遗传育种的理论和方法的实施离不开计 算机的支持，而计算机的应用如不与前者相结合就不能充分发挥其作 用。将这二者相结合的最佳媒介就是计算机软件，也就是说，将现代动 物遗传育种的理论、方法和技术软件化，再通过计算机（结合计算机的 信息管理功能）将其体现出来。
平均日增重：受测猪在测定期中（通常为30~100kg）的平均日增重，计 算公式为
平均日增重 = （结测体重 – 始测体重）/测定天数 饲料转化率：受测猪在测定期中每单位增重所消耗的饲料量，计算公式
为 饲料转化率 = 测定期采食量/（结测体重 – 始测体重）
总产仔数：出生时同窝的仔猪总数，包括死胎、木乃伊和畸形猪在内。 产活仔数：出生后24小时内存活的同窝仔猪数，包括衰弱即将死亡的仔
五、遗传进展分析
根据BLUP育种值计算结果和（或）选择指数计算结果，本系统可以 对群体的年度遗传进展和表型进展进行分析，也可对不同群体间或品系 间的遗传及表型差异进行分析。
六、BLUP模型定义
在进行BLUP育种值计算时，首先要设计一个统计模型，不同的性状 需要有不同的模型，本系统已经为一些主要性状设计了模型供用户直接 选用，如果有必要，用户也可自行对已定义的模型进行修改或定义新的
校正背膘厚 = 实测背膘厚×CF 其中：
其中的ADJ、A和B由下表给出：
品种
约克 夏 长白 猪 汉普 夏 杜洛 克
ADJ 1.0981 1.1068 1.1086 1.1501
公猪 A
12.402
B 0.106530
12.826 0.114370
13.113 0.117620
13.468 0.111528
XX-XXXXX-XX-XXXXXX
耳号 出生年份 出生场代码 品种代码
其中场代码和品种代码需由系统管理员事先设定，应符合国 家统一规定。
一个个体的个体号应是全国唯一的。
三、测ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ性状
系统中目前有7种模型可供选择，均为个体动物模型，分别 是： - 日龄-背膘厚两性状模型：用于对目标体重日龄和背膘厚同时 进行育种值估计； - 总产仔数模型：用于对总产仔进行育种值估计； - 目标体重日龄模型：用于对目标体重日龄进行育种值估计； - 背膘厚模型：用于对背膘厚进行育种值估计； - 饲料转化率模型：用于对饲料转化率进行育种值估计； - 日增重模型：用于对日增重进行育种值估计； - 瘦肉率模型：用于对瘦肉率进行育种值估计。
CF 1.29 1.24 1.19 1.15 1.11 1.07 1.03 1.00 0.97 0.94 0.91 0.88 0.86 日 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 龄
CF 0.84 0.82 0.80 0.78 0.76 0.74 0.72 0.70 0.68 0.66 0.64 0.62
二、个体号规范
耳号是场内猪只的编号，由6位阿拉伯数字组成，由各场 自行设定，例如可以将前四位设为窝号，后两位设为窝 内个体序号。对小于6位数的数字，系统会自动在其前面 加0，以补齐6位数。
在同一场（子公司）、同一年度和同一品种内，耳号不可重 复。
一个个体的个体号（ID）由15个字符组成，其结构如 下：
猪在内。 断奶窝重：在断奶时存活的同窝仔猪的总重量，包括寄养进来的仔猪在
内，但寄出仔猪的体重不计在内。寄养必须在出生后3天内完成。 校正21日龄窝重：根据实际断奶窝重和断奶日龄计算的校正窝重，计算
公式为 校正21日龄窝重 = 实际断奶窝重×CF
其中的CF取决于断奶日龄，见下表：
日 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 龄
四、选择指数的计算公式
其中为第i个性状的标准化的经济加权值，为第i个性状的估计育 种值，n为指数中所包含的性状数。
目前系统中只定义了两种指数，即父系指数和母系指数，父 系指数是用于在杂交体系中对父系品种群体中个体的遗传评 定，它包含达100kg体重日龄和背膘厚两个性状，母系指数 则用于对母系品种群体中个体的遗传评定，除父系指数中的 两个性状外，它还包含了窝产总仔数。
七、某些性状的定义及计算方法
达100kg体重日龄：受测猪体重在80～105kg范围时称重，记录日龄，按 如下校正公式转换成达100kg体重日龄（借用加拿大的校正公式）：
校正日龄 ＝ 测定日龄－[（实测体重－100）/ CF] 其中： 当待测猪体重超出80～105kg范围时，不能使用此校正公式。
100kg体重活体背膘厚：在测定100kg体重日龄时，同时测定100kg体重 活体背膘厚。采用B超扫描测定倒数第3～4肋间处的背膘厚，以毫米 为单位。不具备B超的单位，目前暂可采用A超测定胸腰结合部和腰 荐结合部距背中线两侧5厘米处的膘厚（共4点），取其平均值。然 后最后按如下校正公式转换成达100kg体重的活体背膘厚：
大理石纹：大理石纹是指一块肌肉范围内，肌肉脂肪即可见脂肪的分布 情况，以倒数第3～4肋间处眼肌为代表。在屠宰后45～60分钟内， 在胴体倒数第3～4肋间处取眼肌横切面，在4c下存放24小时，而后 对照肌肉大理石纹评分标准图，用目测法评定。
滴水损失：在屠宰后45～60分钟内，在胴体倒数第3～4肋间处切取眼肌 肉样，将肉样切成2厘米厚的肉片，修成长5厘米、宽3厘米的长条， 称重，用细铁丝钩住肉条的一端，使肌纤维垂直向下，悬挂于塑料 袋中（肉样不得与塑料袋壁接触），扎紧袋口后吊挂于冰箱内，在 4℃条件下保持24小时，取出肉条称重，按下式计算结果：
种猪育种数据管理与分析系统集种猪个体基本资料和生产性能测定数 据的采集、管理与遗传统计分析为一体，应用现代遗传育种理论和方 法，将猪育种过程规范化、程序化、定量化。本软件即是实施育种措施 的必备工具，又是开展现代育种工作的指南。适用于大中型种猪场或地 域性联合育种组织。
本系统可完成种猪个体遗传评定、种猪选配方案制定、群体遗传进展 分析、群体遗传参数估计等基本育种工作，还可根据需要打印多种用于 育种分析的报表和种猪卡。
其中sex1和sex2分别是第一个性别和第二个性别的效应。或者我们要检 验两个性别间的差异是否达到了50个单位，可将假设写为
在本表单下方的方框中，用户可定义所需要的假设检验。定义的基 本形式是：
HYPOTHESIS CONTRAST = 常量 地址 系数
其中的“HYPOTHESIS”和“CONTRAST”为系统关键字，“常量”即为上述 假设中的m（如上例中的0或50），“地址”为在假设中包含的各效应在混 合模型方程组的解向量中的位置，“系数”为在假设中各效应要乘以的系 数。假设在上例中sex1和sex2在解向量中的位置分别为10和11，则可将 假设定义为
HYPOTHESIS CONTRAST = 0 （或50） 10 1 11 -1
用户可定义多个假设，每个假设都以
CONTRAST = 常量
开始。每个假设最多可包含50个效应。
说明：
确定经济加权值是一项复杂的工作，它需要遗传育种和经济 学方面的专业知识，还需要进行大量的市场调查，我国目前 还缺乏这方面的工作，本系统中为“父系指数”和“母系指 数”设定的经济加权值是借用加拿大猪改良中心目前所采用 的加权值。
母猪
A
B
13.706 0.119624
13.983 0.126014
14.288 0.124425
15.654 0.156646
当待测猪体重超出80～105kg范围时，不能使用此校正公式。 达50kg体重日龄：受测猪体重在40～60kg范围时称重，记录测定时的日
龄，并用校正公式转换成达50kg体重日龄。目前国内外尚无此校正 公式的参考资料，因此本系统尚不能记录并分析这一性状。
VG_FOR 变量名 方差-协方差矩阵 4）假设检验 假设检验是指对模型中的固定效应进行某种形式的检验，要检验的 假设的一般形式为 K’b = m 其中b是模型中固定效应的向量，K’b是b的某个特定的线性组合，m是 一个常量。例如如果在模型中有性别效应，我们要检验不同的性别对我 们所考察的性状是否有不同的影响，我们的假设就可写为
断奶日龄小于14天或大于38天时不能应用此公式。 眼肌厚/面积：在测定活体背膘厚的同时，利用B超扫描测定同一部位的
眼肌厚或面积，用厘米（平方厘米）表示。在屠宰测定时，将左侧 胴体（以下需屠宰测定的都是指左侧胴体）倒数第3～4肋间处的眼 肌垂直切断，用硫酸纸描绘出横断面的轮廓，用求积仪计算面积。 后腿比例：在屠宰测定时，将后肢向后成行状态下，沿腰椎与荐椎结合 处的垂直切线切下的后腿重量占整个胴体重的比例，计算公式为：
模型。
1）模型设定 用户可定义模型中应包含的变量和模型的表达式。 模型表达式的基本形式为： 性状 = 变量1 变量2
各变量的排列顺序可以是任意的。如果要考虑各因子间的互作，可在两 变量之间加“*”，如
性状 = 变量1 变量2 变量1*变量2 如要在模型中考虑总平均，可在等式右边所有变量前加“INT”，如
性状 = INT 变量1 变量2 变量1*变量2 如果要同时对多个性状进行育种值估计，要分别为每个性状写一个模 型表达式。 注意在模型表达式中各变量均须用以英文表示的变量名。 2）遗传参数 在此用户可对模型中随机效应和随机残差的性状间方差-协方差矩阵 进行定义。对每个随机效应，其方差-协方差矩阵的定义方式为：
肌肉pH值：在屠宰后45～60分钟内，用pH计在倒数第3～4肋间处的眼
肌内测定pH值，记为pH1。将胴体在4C下保存24小时，在同一部位 再测一次pH值，记为pH24。
肉色：肉色是肌肉颜色的简称。在屠宰后45～60分钟内，在胴体倒数第 3～4肋间的眼肌横切面处，用肉色计或目测法（对照肌肉颜色评分 标准图）测定的肌肉颜色，记为肉色1，将胴体在4C下保存24小时， 在同一部位再测一次肉色值，记为肉色24。
一、 系统简介 1 二、个体号规范 1 三、测定性状 1
四、选择指数的计算公式 2
五、遗传进展分析 2 六、BLUP模型定义 2 七、某些性状的定义及计算方法 4
1、 系统简介
现代家畜育种的主要特征是
全面采用现代动物遗传育种的理论和方法来指导实际育种 工作；
广泛应用计算机进行信息管理与分析。
这二者是互相依存的，现代动物遗传育种的理论和方法的实施离不开计 算机的支持，而计算机的应用如不与前者相结合就不能充分发挥其作 用。将这二者相结合的最佳媒介就是计算机软件，也就是说，将现代动 物遗传育种的理论、方法和技术软件化，再通过计算机（结合计算机的 信息管理功能）将其体现出来。
平均日增重：受测猪在测定期中（通常为30~100kg）的平均日增重，计 算公式为
平均日增重 = （结测体重 – 始测体重）/测定天数 饲料转化率：受测猪在测定期中每单位增重所消耗的饲料量，计算公式
为 饲料转化率 = 测定期采食量/（结测体重 – 始测体重）
总产仔数：出生时同窝的仔猪总数，包括死胎、木乃伊和畸形猪在内。 产活仔数：出生后24小时内存活的同窝仔猪数，包括衰弱即将死亡的仔
五、遗传进展分析
根据BLUP育种值计算结果和（或）选择指数计算结果，本系统可以 对群体的年度遗传进展和表型进展进行分析，也可对不同群体间或品系 间的遗传及表型差异进行分析。
六、BLUP模型定义
在进行BLUP育种值计算时，首先要设计一个统计模型，不同的性状 需要有不同的模型，本系统已经为一些主要性状设计了模型供用户直接 选用，如果有必要，用户也可自行对已定义的模型进行修改或定义新的
校正背膘厚 = 实测背膘厚×CF 其中：
其中的ADJ、A和B由下表给出：
品种
约克 夏 长白 猪 汉普 夏 杜洛 克
ADJ 1.0981 1.1068 1.1086 1.1501
公猪 A
12.402
B 0.106530
12.826 0.114370
13.113 0.117620
13.468 0.111528
XX-XXXXX-XX-XXXXXX
耳号 出生年份 出生场代码 品种代码
其中场代码和品种代码需由系统管理员事先设定，应符合国 家统一规定。
一个个体的个体号应是全国唯一的。
三、测ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ性状
系统中目前有7种模型可供选择，均为个体动物模型，分别 是： - 日龄-背膘厚两性状模型：用于对目标体重日龄和背膘厚同时 进行育种值估计； - 总产仔数模型：用于对总产仔进行育种值估计； - 目标体重日龄模型：用于对目标体重日龄进行育种值估计； - 背膘厚模型：用于对背膘厚进行育种值估计； - 饲料转化率模型：用于对饲料转化率进行育种值估计； - 日增重模型：用于对日增重进行育种值估计； - 瘦肉率模型：用于对瘦肉率进行育种值估计。
CF 1.29 1.24 1.19 1.15 1.11 1.07 1.03 1.00 0.97 0.94 0.91 0.88 0.86 日 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 龄
CF 0.84 0.82 0.80 0.78 0.76 0.74 0.72 0.70 0.68 0.66 0.64 0.62
二、个体号规范
耳号是场内猪只的编号，由6位阿拉伯数字组成，由各场 自行设定，例如可以将前四位设为窝号，后两位设为窝 内个体序号。对小于6位数的数字，系统会自动在其前面 加0，以补齐6位数。
在同一场（子公司）、同一年度和同一品种内，耳号不可重 复。
一个个体的个体号（ID）由15个字符组成，其结构如 下：
猪在内。 断奶窝重：在断奶时存活的同窝仔猪的总重量，包括寄养进来的仔猪在
内，但寄出仔猪的体重不计在内。寄养必须在出生后3天内完成。 校正21日龄窝重：根据实际断奶窝重和断奶日龄计算的校正窝重，计算
公式为 校正21日龄窝重 = 实际断奶窝重×CF
其中的CF取决于断奶日龄，见下表：
日 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 龄
四、选择指数的计算公式
其中为第i个性状的标准化的经济加权值，为第i个性状的估计育 种值，n为指数中所包含的性状数。
目前系统中只定义了两种指数，即父系指数和母系指数，父 系指数是用于在杂交体系中对父系品种群体中个体的遗传评 定，它包含达100kg体重日龄和背膘厚两个性状，母系指数 则用于对母系品种群体中个体的遗传评定，除父系指数中的 两个性状外，它还包含了窝产总仔数。
七、某些性状的定义及计算方法
达100kg体重日龄：受测猪体重在80～105kg范围时称重，记录日龄，按 如下校正公式转换成达100kg体重日龄（借用加拿大的校正公式）：
校正日龄 ＝ 测定日龄－[（实测体重－100）/ CF] 其中： 当待测猪体重超出80～105kg范围时，不能使用此校正公式。
100kg体重活体背膘厚：在测定100kg体重日龄时，同时测定100kg体重 活体背膘厚。采用B超扫描测定倒数第3～4肋间处的背膘厚，以毫米 为单位。不具备B超的单位，目前暂可采用A超测定胸腰结合部和腰 荐结合部距背中线两侧5厘米处的膘厚（共4点），取其平均值。然 后最后按如下校正公式转换成达100kg体重的活体背膘厚：
大理石纹：大理石纹是指一块肌肉范围内，肌肉脂肪即可见脂肪的分布 情况，以倒数第3～4肋间处眼肌为代表。在屠宰后45～60分钟内， 在胴体倒数第3～4肋间处取眼肌横切面，在4c下存放24小时，而后 对照肌肉大理石纹评分标准图，用目测法评定。
滴水损失：在屠宰后45～60分钟内，在胴体倒数第3～4肋间处切取眼肌 肉样，将肉样切成2厘米厚的肉片，修成长5厘米、宽3厘米的长条， 称重，用细铁丝钩住肉条的一端，使肌纤维垂直向下，悬挂于塑料 袋中（肉样不得与塑料袋壁接触），扎紧袋口后吊挂于冰箱内，在 4℃条件下保持24小时，取出肉条称重，按下式计算结果：
种猪育种数据管理与分析系统集种猪个体基本资料和生产性能测定数 据的采集、管理与遗传统计分析为一体，应用现代遗传育种理论和方 法，将猪育种过程规范化、程序化、定量化。本软件即是实施育种措施 的必备工具，又是开展现代育种工作的指南。适用于大中型种猪场或地 域性联合育种组织。
本系统可完成种猪个体遗传评定、种猪选配方案制定、群体遗传进展 分析、群体遗传参数估计等基本育种工作，还可根据需要打印多种用于 育种分析的报表和种猪卡。
其中sex1和sex2分别是第一个性别和第二个性别的效应。或者我们要检 验两个性别间的差异是否达到了50个单位，可将假设写为
在本表单下方的方框中，用户可定义所需要的假设检验。定义的基 本形式是：
HYPOTHESIS CONTRAST = 常量 地址 系数
其中的“HYPOTHESIS”和“CONTRAST”为系统关键字，“常量”即为上述 假设中的m（如上例中的0或50），“地址”为在假设中包含的各效应在混 合模型方程组的解向量中的位置，“系数”为在假设中各效应要乘以的系 数。假设在上例中sex1和sex2在解向量中的位置分别为10和11，则可将 假设定义为
HYPOTHESIS CONTRAST = 0 （或50） 10 1 11 -1
用户可定义多个假设，每个假设都以
CONTRAST = 常量
开始。每个假设最多可包含50个效应。
说明：
确定经济加权值是一项复杂的工作，它需要遗传育种和经济 学方面的专业知识，还需要进行大量的市场调查，我国目前 还缺乏这方面的工作，本系统中为“父系指数”和“母系指 数”设定的经济加权值是借用加拿大猪改良中心目前所采用 的加权值。
母猪
A
B
13.706 0.119624
13.983 0.126014
14.288 0.124425
15.654 0.156646
当待测猪体重超出80～105kg范围时，不能使用此校正公式。 达50kg体重日龄：受测猪体重在40～60kg范围时称重，记录测定时的日
龄，并用校正公式转换成达50kg体重日龄。目前国内外尚无此校正 公式的参考资料，因此本系统尚不能记录并分析这一性状。
VG_FOR 变量名 方差-协方差矩阵 4）假设检验 假设检验是指对模型中的固定效应进行某种形式的检验，要检验的 假设的一般形式为 K’b = m 其中b是模型中固定效应的向量，K’b是b的某个特定的线性组合，m是 一个常量。例如如果在模型中有性别效应，我们要检验不同的性别对我 们所考察的性状是否有不同的影响，我们的假设就可写为
断奶日龄小于14天或大于38天时不能应用此公式。 眼肌厚/面积：在测定活体背膘厚的同时，利用B超扫描测定同一部位的
眼肌厚或面积，用厘米（平方厘米）表示。在屠宰测定时，将左侧 胴体（以下需屠宰测定的都是指左侧胴体）倒数第3～4肋间处的眼 肌垂直切断，用硫酸纸描绘出横断面的轮廓，用求积仪计算面积。 后腿比例：在屠宰测定时，将后肢向后成行状态下，沿腰椎与荐椎结合 处的垂直切线切下的后腿重量占整个胴体重的比例，计算公式为：
模型。
1）模型设定 用户可定义模型中应包含的变量和模型的表达式。 模型表达式的基本形式为： 性状 = 变量1 变量2
各变量的排列顺序可以是任意的。如果要考虑各因子间的互作，可在两 变量之间加“*”，如
性状 = 变量1 变量2 变量1*变量2 如要在模型中考虑总平均，可在等式右边所有变量前加“INT”，如
性状 = INT 变量1 变量2 变量1*变量2 如果要同时对多个性状进行育种值估计，要分别为每个性状写一个模 型表达式。 注意在模型表达式中各变量均须用以英文表示的变量名。 2）遗传参数 在此用户可对模型中随机效应和随机残差的性状间方差-协方差矩阵 进行定义。对每个随机效应，其方差-协方差矩阵的定义方式为：
肌肉pH值：在屠宰后45～60分钟内，用pH计在倒数第3～4肋间处的眼
肌内测定pH值，记为pH1。将胴体在4C下保存24小时，在同一部位 再测一次pH值，记为pH24。
肉色：肉色是肌肉颜色的简称。在屠宰后45～60分钟内，在胴体倒数第 3～4肋间的眼肌横切面处，用肉色计或目测法（对照肌肉颜色评分 标准图）测定的肌肉颜色，记为肉色1，将胴体在4C下保存24小时， 在同一部位再测一次肉色值，记为肉色24。