哈工大计算化学课件之第二章-化学中常用软件及网络资源

网络上的化学资源
教育网内免费化学资源(指定IP) Elsevier SPDOS China consortium： http://elsevier.lib.tsinghua.edu.cn CNKI数据库检索系统全文数据库 Kluwer Online Journals: http://kluwer.calis.edu.cn
化学中的常用软件
核磁数据处理软件： NUTS：处理一维及二维核磁数据，其功能包括付立叶 变换、相位校正、差谱、模拟谱、匀场练习等几乎所有 核磁仪器操作软件的功能，http://www.acornnmr.com/ MestRe-C：处理一维核磁数据的免费软件 http://qobrue.usc.es/jsgroup/MestRe-C/MestRe-C.html Gifa：处理一至三维核磁数据，为运行在LINUX操作系 统中X-Window上的免费软件 http://www.cbs.univmontp1.fr/GIFA/
Internet上的免费专利资源
网络上的化学资源
IBM知识产权网： http://www.patents.ibm.com 美国专利商标局限性Web 专利数据库： (http://www.uspto.gov/patft/index.html) 欧洲专利局： http://www.epo.co.at 加拿大专利数据库： http://patentsl.ic.gc.ca 中国专利摘要数据库： http://202.96.4.251:8080
图谱解析
计算机辅助教学
量子化学计算
ChemWindow
Origin
Chem office
化学软件基础调研
• • • • • • • 你了解哪些化学软件 你对那类化学软件感兴趣 你正在使用那类化学软件 你认为那类软件比较实用 你对软件知识的了解程度如何 你的软件应用熟练程度 本人是否有计算机？
软件背景及主要功能
Jaguar：使用工作站(如SGI, HP, DEC)及LINUX操作系统 的PC所设计的从头计算及密度泛函计算程序，其速度特 快，用户界面一般。http://www.schrodinger.com/。
化学中的常用软件
科学数据处理与绘图工具软件Origin
Origin的窗口组成 数据的输入、编辑和保存 数据的统计处理 ——一元线性回归；多元线性回归； 多项式回归
数据关系的图形表示 ——二维数据点；三维数据点
化学中的常用软件
有机分子结构式绘图软件ChemWindow
Chemwindow的窗口组成 绘图工具栏简介 附加库 菜单命令 SymApps
化学中的常用软件
分子绘图及分子模拟计算软件Chemoffice
Chemoffice的组成 ——ChemDraw ; Chem3D ; Chemfinder ChemDraw ——核磁位移的估算 Chem3D ——提供三维分子结构显示、计算功能，并 附带分子力学MM2程序，量子力学半经验 MOPAC2000程序，提供了Gaussian接口。
化学中的常用软件
Gamess：免费的从头计算程序，其速度快，并提供源程序。 DOS界面。 http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html。 Gamess用户界面Visualize，http://www.compbio.net/ 可以在Chem3D加入CS Gaussian Client插件后简化用户的 操作。http://www.gaussianinc.com/
网上数据库
网络上的化学资源
Cambridgesoft：提供Internet上的化合物和化学反应在 线数据库。 http://www.cambrigesoft.com; http://www.camsoft.com ChemFinder：提供Cambridgesoft公司的化学数据库检 索服务。免费查询。 http://www.chemfinder.com MDL Information Systems：在工业和科学界是公认生命 科学和化学信息学的先导者。 http://www.mdli.com Chemistry WebBook(http://webbook.nist.gov/chemistry) PubMed(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)
化学中的常用软件
量子化学计算 WinMOPAC：半经验分子轨道(AM1, PM3, MINDO, MNDO/3等)计算程序，计算出的分子轨道及电荷密度 等可以用三维图形表示出来。最新版本的2000。 http://www.winmopac.com/ PC Spartan：WaveFunction公司的产品，其计算方法 包括：MM2, AM1, AM1 with Solvent, PM3, 从头计算 等，亦可将分子轨道及电荷密度等用三维图形表示。 http://www.winmopac.com/ HyperChem：包括常用的几乎所有分子力学及半经验 分子轨道方法及多种基集的从头计算等，并能计算振 动光谱、电子光谱、分子动态学等，所得结果可以非 常漂亮的三维图形表示出来。http://www.hyper.com/
化学化工综合网站Leabharlann Baidu
网络上的化学资源
中国化学化工信息资源：中科院化学所 http://chin.icm.ac.cn, http://www.chinweb.com.cn ChemCenter；美国化学会ACS http://www.chemcenter.org ChemWeb:虚拟化学俱乐部 http://chemweb.com 英国皇家化学会RSC及其ChemSoc http://www.rsc.org; http://www.chemsoc.org Chemdex：英国Sheffied大学化学站点 http://www.chemdex.org
色谱及红外、Raman等实验数据的处理： GRAMS/32：http://www.galactic.com/
化学中的常用软件
文献管理 对文献进行整理，能在文字处理程序中直接插入参考文 献并生成一定杂志规定格式的参考文献列表
化学中的常用软件
图谱解析 核磁图谱： ChemNMR：ChemDraw Ultra版本的一个插件，可以用来 估算大多数有机物的1H、13C化学位移及用线图表示的相 应图谱 C13 Module for ChemWindow：ChemWindow的一个插件， 可以用来估算大多数有机物的13C化学位移 gNMR：则可用来估算任何NMR活性核的化学位移，并 能画出非常逼真的图谱http://www.cherwell.com/ Sparky ：二维核磁特别是对复杂2D NMR的解析
化学中的常用软件
计算机辅助教学 CHAOS：有机合成路线设计 《Organic Chemistry in Action》，可以使用“逆序法” 自动寻找目标物的合成原料 ChemDraw ultra版，Beilstein公司的AutoNom 4.0版： 有机化合物命名工具命名软件，给出IUPAC名称， CAS名称，对立体化学的支持。 http://www.beilstein.com/ Chemlab——化学反应模拟软件 虚拟化学实验，交互式地仿真演示化学实验,FOR WIN9X。能够仿真大多数化学实验。CHEMLAB包含 的东西非常多,滴定、反应动力学，周期表...

Gaussian03软件的功能

Gaussian 03
分子力学, 半经验、从头算、 密度泛函的分子
轨道计算 可用的操作系统版本有Windows和Linux

GaussView
Gaussian的图形界面
Material Studio简介
Material Studio的特点： • 采用服务器/客户机模式的软件环境， Microsoft标 准用户界面，不需要登录服务器。 XP, 2000, 2003, Vista, 2008
Http Gateway Ftp
MS-Modeling软件简介
Materials Studio 是Accelrys专为材料 科学领域开发的可运行于PC机上的新一代材 料计算软件，可帮助研究人员解决当今化学 及材料工业中的许多重要问题。Materials Studio软件采用Client/Server结构，客户端可 以是Windows 98、2000或NT系统，计算服务 器可以是本机的Windows 2000或NT，也可以 是网络上的Windows 2000、Windows NT、 Linux或UNIX系统。使得任何的材料研究人 员可以轻易获得与世界一流研究机构相一致 的材料模拟能力。
化学中的常用软件
分子结构绘图软件 二维图形软件：
描绘化合物的结构式、化学反应方程式、化工流程图、 简单的实验装置图等化学常用的平面图形的绘制
ChemDraw(Chemoffice), ChemWindow：商业软件 http://www.camsoft.com/ http://www.sadtlersuite.com/ 最新版本分别为6.0和6.5。
计算化学
Computational Chemistry
化学中常用的计算机软件与网络资源
化学中常用的计算机软件与网络资源
化学中的常用软件
分子结构绘图软件 科学计算和数据处理软件 文献管理
网络上的化学资源
化学化工综合网站 网上数据库 化学化工信息源 Internet上的免费专利资源 教育网内免费化学资源
化学计算软件及其功能简介


现在有适用于各种操作系统的很多软件包
大部分都有图形界面, 可以很容易地构建模型和查 看结果 Gaussian03、MS、软件的使用经验可以很容易地用 于其它类似软件包


更多的计算软件方面的信息可以访问量子化学软件 中文网(http://zorkov.nease.net/ ) 国内现在也开始开发自己的密度泛函计算软件，如 北京大学的BDF(北京四分量密度泛函程序包)
RasMol,ArgusLab,ChemBuilder 3D, ChemSite, HyperChem等
化学中的常用软件
科学计算和数据处理软件 通用型： 对实验数据进行数学处理、统计分析、付立叶变换、t试验、线性及非线性拟合； 绘制二维及三维图形如：散点图、条形图、折线图、 饼图、面积图、曲面图、等高线图等。 Origin：最新版本为6.0 http://www.originlab.com/ SigmaPlot：最新版本为2000 http://www.spss.com/
化学化工信息源
网络上的化学资源
文献：CA：http://www.cas.org
SCI：Web of Science (http://wos.isigloblnet.com )
化学化工组织与机构：
国际纯粹与应用化学联合会IUPAC（http://www.iupac.org ） 美国化学会（http://www.acs.org ） 英国皇家化学会（http://www.rsc.org ）
化学中的常用软件
红外图谱 IR Mentor Pro，IR SearchMaster：能对给定的红外图谱 数据自动分析与处理，或对给定的振动谱带给出可能存在 的功能团。ftp://ftp.softshell.com/pub/
质谱 MassSpectra Simulator：http://members.aol.com/gjlinker ChemWindow 6.0 Spectroscopy版本
ISIS Draw, ChemSketch：对教育界及家用为免费软件 http://www.mdli.com/ http://www.acdlabs.com/
最新版本分别为2.2和4.0。
三维结构显示与描绘软件：
化学中的常用软件
能够以线图(wire frame), 球棍(ball and stick), CPK及 丝带(ribbon)等模式显示化合物的三维结构。 Chem3D (Chemoffice) : 是ChemOffice的组成部分，同ChemDraw一起协同工作， ChemDraw上画出的二维结构式可以正确地自动转换为三 维结构。 ultra版本还包括了一个很好的半经验量子化学计算程序 MOPAC 97,能够以三维的方式显示量子化学计算结果 WebLab Viewer Pro, RasWin: Lite版只能显示而无法编辑三维分子模型，为免费软件 pro版本表现生物分子和晶体结构的能力比较强 下载地址为http://www.msi.com/