DNAstar与Vector NTI序列拼接功能

2012-2-8序列拼接软件使用总结：

1. 目前，个人使用DNAstar 较Vector NTI 更顺手。

可能因为vector 中某些设置没有调整，assemble 后的序列中存在许多

N，需人为删除。

且在DNAstar 中可随意将碱基编辑为Y，R，S 等兼并碱基，而在Vector 中无法进行同样操作，键盘输入兼并碱基时只能显示出N。

更重要的一点是，在contig 中选中某一位碱基想细看时，标记不明显，上下几排碱基只有

两条细细的白边来标示，要仔细分辨才能保证不会看错位。

白边在旁边这两条红

线内侧，万分仔细看才

能看见-__-b

对比一下，DNAstar 中的界面多醒目啊：

1

2

BTW: icon 1 can be used to amplify chromatogram. Icon 2 can be used to show/hide chromatogram.

2.使用DNAstar时偶尔会出现无法拼接成一条序列的情况，比如本来有5个片断，导入所有片

断后assemble，却分成了2个contig：1-3为一个contig，4和5拼成另一个contig。此时可先将3和4的序列进行assemble，然后再选择Sequence〉Add…将其他序列加入，再拼接，就会生成一条contig了。

3.Vector亦有其特色，例如:

(1)可以在同一窗口中直接看到某一拼接序列位于整个序列的什么位置：

(2)可以将鼠标停留在峰图上某一碱基处，查看每个测序峰的每种碱基信号强度----可据此分辨杂合峰具体是由什么碱基组成，而在DNAstar中只能通过看峰图颜色判断-_-b。

4.Vector有时拼接出的结果有误，如下图，有些序列被错误的拼接在一起，共3个台阶（不对，

一共是5对PCR引物，应该有5个台阶）：

用DNAstar对同样的序列进行分析，拼接结果如下，共5个台阶：

5.DNAstar拼接后若需人工核查序列：用DNAstar进行序列拼接后，单击下图中的图标处：

会弹出如下窗口，一定要用这些键查找不匹配处，Conflict和Consensus Difference两项都要查，查了Conflict后，Conflict/SNP项可以不用再查。

选定查找项目后，直接点搜索框边的这个图标>>可自动跳到下一处。