分类和鉴定课件

特点: 使用尽可能多的性状，每个性状同等重要。
步骤:
(1) 收集菌株，选择性状
(2) 性状编码
(3) 相似性计算: 计算相关系数Ssm或Sj：
Ssm=（a+c）/(a+b+c) 正负反应性状
Sj=a/(a+b+c)
正反应性状
Sj > 80~85% 种
Sj > 65% 属
(4)系统聚类
(5)聚类结果的表示
菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体
菌株与型的区别： • 菌株之间不存在鉴别特征的差异，命名不同的菌株无需分类学依 据； • 不同型的细菌之间存在鉴别特征的差异，命名或鉴定不同的型必 需有分类学依据。
二、微生物的命名
微生物名称： 俗名（common name） 学名（scientific name）
本章内容
一、分类单元 二、命名规则 三、分类鉴定方法 四、微生物的分类系统
据保守估计，地球上 真菌约150万种，细菌4万种，病毒130万种 但认识的微生物仅是估计数量的5~10%，即15万~20万种
要认识、研究和利用类群庞大的微生物资源， 必须对它们进行分类。
分类学的具体任务有三个：
分类、 命名、 鉴定
• 获得纯培养物 • 测定必要的鉴定指标 • 查找权威性的菌种鉴定手册
分类鉴定方法：
• 经典分类鉴定法 • 微生物遗传型的鉴定 • 细胞化学成分的鉴定 • 数值分类法
现代方法
（一） 经典分类鉴定法
经典鉴定指标： • 形态学特征 • 生理学特征 • 生态学特征 • 生活史，有性生殖情况 • 血清学反应 • 对噬菌体的敏感性 • 其他
分类(classification)：根据一定的原则(表型特征相似性或系 统发育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关 性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便 查考和对未被分类的微生物进行鉴定。
(根据现有数据建立系统的过程)
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有 的名称。
3.种以下的分类单元
1）亚种(subspecies)和变种(variety)：
2）型(form或type)：常指亚种以下的细分Fra Baidu bibliotek当同种或同亚种 不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细 分为不同的型。
例如：抗原特征的差异，分为不同的血清型； 对噬菌体裂解反应的不同，分为不同的噬菌体型
3）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养 物都可以称为一个菌株；用实验方法(如通过诱变)所获得 的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与 原来的菌株相区别。
形态和生理生化特征是最常用 的细菌分类、鉴定指标
以生物学表型为指标的传统方法， 正在向微量化、简便化、快速化、智能 化的方向发展。目前，已有商品化的鉴 定系统，如：
API系统
“Enterotube” “Biolog”全自动和手动系统
（二） 现代分类鉴定方法
1. 数值分类法（统计分类法）
按大量表型性状的相似性程度进行统计、归类
根据Carl Woese的理论，现在还在界之上使用域(domain)，即： 古生菌域、细菌域、真核生物域。
图10-5 生命世界的系统发育树状图（Olsen & Woese 1993）
2. 种（species）
种是生物分类中基本的分类单元和分类等级。 微生物的种：指具有高度特征相似性的菌株群，这个菌 株群与其他类群的菌株有很明显的区别。
c） GC%的比较，主要用于分类鉴定中的否定.
亲缘关系近的生物，它们应该具有相似的G+C含 量，但具有相似G+C含量的生物，并不一定表明它 们之间具有近的亲缘关系。
2. 微生物遗传型的鉴定
特点：
与形态及生理生化特性的比较不同，对 DNA的碱基组成的比较和进行核酸分子杂交 是直接比较不同微生物之间基因组的差异，因 此结果更加可信。
（1） DNA碱基比例的测定
测“GC比”：
(G+C ) mol% = （G+C ）/（A+T+ G+C ）× 100% 分类学上，用G+C占全部碱基的克分子百分数来表
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类 系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类 地位的微生物所应归属分类群的过程。
(根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)
一、分类单元
1. 种以上的系统分类单元
七级
界 门 纲 目 科
属
种（基本分类单元）
示各类生物的DNA碱基组成特征。
DNA碱基组成是各种生物的一个稳定特征，即使 个别基因突变，碱基组成也不会发生明显变化。
GC%使用注意事项：
a）每个生物种都有特定的GC%范围，因此可以作 为分类鉴定的指标。细菌的GC%范围为25-75%， 变化范围最大。
b）GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作 出鉴定，从分子水平上判断物种的亲缘关系。
种的具体代表： 称为“模式种”（type species）
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）。
（1）学名国际命名法规： 双名法：属名 + 种名加词
属名在前，一般用拉丁文名词表示，字首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写
一般用斜体表示
若所分离的菌株只鉴定到属而未鉴定到种，用 sp.（单数）或 spp.（复数）表示。 如：Bacillus sp.
当两个或多个学名排在一起时，若它们的属名 相同，则后面的属名可缩写成1个、2个或3个字母， 在其后加一个点。 如 ： Bacillus可缩写成“B.” 或“Bac.”
（2）在分类学文献中
学名=属名+种名+（首次定名人）+现名定名人+现名定名年份
必要（斜体）
可省略（正体）
（3）三名法
有亚种或变种时，学名由“三名法”构成
学名=属名 + 种名加词 + subsp 或 var + 亚种或变种的加词
斜体
正体（可省略） 斜体（不可省略）
三、微生物分类鉴定的方法
菌种鉴定步骤：