同源建模

人感染甲型 H 7 N 9 亚型禽流感病毒血凝 素wenku.baidu.com白同源建模
模板选择和序列比对
在PDB数据库中搜索模板 以 12 条人感染 H 7N 9 亚型流感 病毒血凝素作全 序列，分别 构建两组参 比序列数 据集 。第一组 参 与比序列数 据集是 用 BL A ST 程序 在G enBank 数据库中搜索到的同新发 H 7N 9 亚 型毒株血凝 素接近 的序列。第二组参比序列 是在 Gen—Bank 数据库中采用分层抽样的方法 ，在 H 1～H 16亚 型中每个亚型随机抽取 2 或 3 条序列。用 M U SC L E 软件 对上述数据集进行多重序列比对。 确定4DJ6为模板（ 因为4DJ6同 A G L44438 序列 相似度最高，为97%）
同源建模
同源建模概述及原理
使用这种方法有两个前提条件：
首先，目标序列的同源蛋白质中某一个或者几个结构已经被解析(x射线或者 NMR结构均可)； 其次，目标序列与该蛋白质的同源性足够高，一般50％以上的同源性能够得 到比较合理的构象。

原理是序列相似则结构相似,即存在同源关系的两条序列具有相似的结构。 特点同源建模是目前从序列预测结构的最切实可行、应用最广泛的一种方

随着计算机硬件和预测方法的发展，同源建模将会在蛋白质设 计和计算机辅助药物设计等方面应用广泛。在后基因组时代，蛋 白质结构同源建模将起着关键桥梁作用，是基因组、蛋白质组等 信息应用于生物工程中。

Thank You！
总结和展望
同源建模对于诠释蛋白质序列、结构和功能之间的关系至关重 要。 同源建模应用广泛，但仍有一些局限，其准确性依赖于模板的 质量和关键步骤的准确性。 同源建模目前的挑战仍然在与结构模型的优化，既需要寻找更 合理的优化方法来使模型接近真是结构而不是模板结构。 另外一个挑战在于过度依赖“序列相似，结构相似”的规则， 有些蛋白质序列差异大结构却相似，需要分辨这样的“特例”
法。
工具SWISS-MODEL， CPH models
开始 同源性对比 选择模板
靶序列与模板结构 进行比对 使用模板结构的信 息建立靶序列的模型
同源建模流程图
评价模型
模型 满意？
结束
同源建模的评价
Verify3D
PROSA RMSD
是评价最普遍的标 准，它是目标蛋白 与模板蛋白结构之 间对应原子间的均 方差。 是模型能量方面的 评价，用于评价每 个残基之间的相互 作用是否在一个合 理的范围内。 比较模型和氨基酸 一级结构的关系
确定模板
构建三维模型
找出结构保守性的主链结构片段，进行主链结 构建模 找出建模变化区域，一般为连接二级结构片段 变化的区域，进行环区建模 侧链建模
三维模型准确 性检验
用 V erify 一3D 程序对构建的模型进行评估得出， 所构建的模型三维结构同血凝素氨基酸序列相容 性良好，构建的模型是可信的。