生物信息学作业

实验一

1.NCBI建立的目的

The National Center for Biotechnology Information advances science and he alth by providing access to biomedical and genomic information.

2.NCBI提供了哪几类数据库或工具等资源？阅读各类资源的具体的说明（下一级网页），了解每种数据库的内容及工具的用途。列举”nucleotide databases”及”Tools for sequenc e analysis”两类资源中各包含了哪些具体的数据库或工具？

答：NCBI提供的数据库有化工与生物测定、数据和软件、DNA和RNA、域与结构、基因及表达、遗传学和医学、基因组和地图、同源性、文学类、蛋白质、序列分析、分类、培训与教程、变化。

The Nucleotide database is a collection of sequences from several sources, incl uding GenBank, RefSeq, TPA and PDB. Genome, gene and transcript sequence data provide the foundation for biomedical research and discovery. Nucleotide Tools：Submit to GenBank、LinkOut、E-Utilities、BLAST、Batch E ntrez。

Tool Sequence Analysis:包括BLAST Link,BLAST Microbial Genomes,BLAST RefSeqeGene,Basic Local Alignment Search Tool,COBALT,Concise Microbial Pr otein BLAST,Conserved Domain Search Service,Electronic PCR,Gene Expressio n Omnibus BLAST,Genome BLAST,Genome ProtMap,Genome Remapping Servi ce,Genome Workbench,Open Frame Finder,Primer-BLAST,ProSplign,Sequence Vi ewer,Splign,TaxPlot,VecScreen.

3、What is PubMed? OMIM? TaxBrowser? BLAST? Structure?

（1）PubMed comprises more than 24 million citations for biomedical literature from MEDLINE, life science journals, and online books. Citations may include links to full-text content from PubMed Central and publisher web sites.

（2）OMIM is a comprehensive, authoritative compendium of human genes and genetic phenotypes that is freely available and updated daily. OMIM is authored and edited at the McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University School of Medicine, under the direction of Dr. Ada Hamosh. Its official home is .

（3）This is the top level of the taxonomy database maintained by NCBI/GenBank. You can explore any of the taxa listed below by clicking it.

（4）BLAST是Basic Local Alignment Search Tool的简称BLAST finds regions of similarity between biological sequences.

（5）Three dimensional structures provide a wealth of information on the biological function and the evolutionary history of macromolecules. They can be used to examine sequence-structure-function relationships, interactions, active sites, and more.

实验二

一．NM_006744序列

1.这是一个什么序列数据？

答：这是一个mRNA序列数据。

2.这一序列的最新更新时间？

答：2014年5月11日

3.这一序列可能修改过几次？

答：3次

4.对这一基因的研究最早可追溯至哪年？

答：1976年

5.什么时间得到的基因mRNA全长？

答：2013年。

6.此基因有无相关的蛋白质三维结构数据？

答：有

7.此基因的翻译从何处开始？写出最初的18个氨基酸残基序列。

答:第一位开始翻译,MKWVWALLLLAALGSGRA

8.写出此基因成熟肽的序列位置。

答：139。。。687

9.此基因的多聚腺苷酸信号是什么

答：RDCCAS

10.有几个polyA位点？

答：3个

二．P02753

1.此蛋白序列的数据来源是哪个数据库？

答：Protein Database

2.此蛋白序列的最新注释信息更新是在哪一时间？

答：2014年10月29日

3.NCBI的分类数据库Taxonomy中ID为9606的是什么物种？

答：Homo sapiens

4.获取这一基因的器官是？

答：musculus

5.缺乏这一蛋白会引起什么样的病症？

答：视网膜营养不良，虹膜缺损，和粉刺痤疮综合征

6.在rbp缺乏的情况下，此蛋白的何处会发生何种变异？

答：人视黄醇结合蛋白（RBP）结构与载体蛋白转甲状腺素蛋白显示RBP的羧基末端相互作用

7.此蛋白中二硫键有几个？各在什么位置？

答：3个22,178，88,192，138,147

8.此蛋白的长度及分子量。