细菌的分类及命名
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细菌的分类及命名
一、 二、 三、 四、 五、 细菌的分类地位 细菌的命名 细菌分类鉴定的标准 细菌的分类体系 细菌的鉴定
一、细菌分类学——对细菌进行分类， 命名与鉴定的 一门学科。
任务：
•在全面了解细菌生物学特征的基础上， 研究它们的种类，探索其起源，演化以 及与其他类群之间的亲缘关系，进而提 出能反映自然发展的分类系统，并将细 菌加以分门别类。
三、细菌的命名
1、细菌的命名依据“国际细菌命名法规”(The
International Code of Nomenclature of Bacteria)
学名用拉丁文，遵循“双名法”。 每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分 组成如：产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）
属名在前，字首字母要大写，其余小写 整个属名及种名在出版物中应 排成斜体 中文译名，种名在前，属名在后
2、分类学文献中的细菌拉丁文学名，属 名和种名之后，往往还要加上首次定 名人（加括号）、现名定名人和现名 定名年份，这些均用正体排字。 一般兽医学及医学微生物学文献中， 属名和种名之后的部分均予省略。 如：Escherichia coli
6、如果是新种，在新种的拉丁文学名之 后还要加上“sp.nov。”，nov是novel 的缩写。 例如Lawsonia intracellularis gen．Nov. sp . Nov.，译为：胞内劳 森菌，新属新种。
7、亚种用subsp.(正体字)表示，这是 subspecies的缩写， 例如Pasteurella multocida subsp．septica，中译名为多杀性巴 氏杆菌败血亚种。
2、常见动物致病菌的鉴定已形成固定 的程序。
革兰氏阳性细菌 革兰氏阴性细菌
革兰氏阳性细菌球菌葡球菌 链球菌 粪肠球菌 微球菌
产芽胞 杆菌 无芽胞
梭菌 芽胞杆菌 炭疽杆菌
抗酸染色阳性
分支杆菌 牛分支杆菌和禽分支杆菌 鼠麻风杆菌 副结核分支菌
丝状或树枝状
棒状杆菌 化脓放线菌 马红球菌 抗酸染色阴性 产单核李氏杆菌 猪丹毒杆菌 牛放线菌 MZN染色阴性 粘性放线菌 星形奴卡菌 MZN染色阳性 刚果嗜皮菌
例如 大肠埃希菌的学名全名是： Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为 Bacillu coli，Castellani及Chalmers 于1919年改为现名。
金黄色葡萄球菌的学名为：
3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规 则读念 4、属名重复出现时，拉丁文可缩写，用 第一个字母，为避免混肴，也可用2个 字母。大肠杆菌(E.coli)
5、只确定属名、未确定种名的某一株细菌， 其拉丁文学名可在属名之后加sp．(正体字)； 如果同属未定种名的若干菌株，则用 spp． (species 的缩写， sp. 表示单数，spp. 表示复数 ) ， 如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种， Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。
2）核酸分子杂交法
DNA-DNA DNA-rRNA rRNA-rRNA
方法: 待测菌株dsDNA------ssDNA 参照菌株，同位素标记的ssDNA 检测杂合DNA的放射性强度，参照菌株自 身为DNA复性的放射性强度100%
DNA-DNA杂交同源性性 >60%为同种 >70%同一亚种 20~60%为同一属
二、细菌的分类地位
1、过去属于植物界，
古菌
现在划为：原核生物
细菌
在兽医微生物中，古细菌不占重要
地位
2、细菌还包括
衣原体、立克次氏体、霉形体、
螺旋体、放线菌等→对动物和人 具有致病作用 蓝细菌、紫色光合细菌等
3、细菌的分类单元
细菌的分类单元与动植物一样，依次为 界 Kingdom (拉：Regnum) 门 Phylum (拉：Phylum)) 纲 Class (拉：Classis) 目 Order (拉：Ordo) 科 Family (拉：Familia) 属 Genus（拉：Genus） 种 Species（拉：Species）
3）rRNA寡核苷酸编目分析
rRNA是细胞中的“活化石” 原核生物：23s、16s、5s 真核生物：28s、18s、5.8s 16s或18s用作系统分类：（提出三域 学说） 生理功能重要又恒定、含量高易提取、 核苷酸序列保守、分子质量适中、信息 量大易于分析
五、细菌的分类体系
细菌分类体系主要是“伯吉氏系统细菌学手册”， Holt（美国）编共4卷。及“伯吉氏细菌鉴定手册”
国际系统与进化微生物学杂志是细菌分类命名世 界公认权威为期刊。
国际公认的菌种保藏权威机构是“美国典型培养 物保藏中心(ATCC) ”以及“德国微生物及细胞保 藏中心(DSM) ”等。我国兽医微生物菌（毒）种由 中国兽药检察所鉴定保存。
五、细菌的鉴定
纯培养细菌才能进行鉴定。DNA分子水
平的鉴定主要限于专业实验室； 常规细菌鉴定沿用表型特征检测方法； 有成套检测指标的快速诊断试剂盒 商品化的细菌鉴定试剂盒有Enteotube 系统、API系统、Vitek系统等。 有条件的单位可用PCR技术检测鉴定
革兰氏阴性细菌
球菌/球杆菌
耐瑟菌 生摩拉菌 不动杆菌
MZN染色阴性 杆菌
弯曲菌 弧菌 肠杆菌科 假单胞菌 波氏杆菌 放线杆菌 中等大小杆菌 嗜血杆菌 巴氏杆菌 拟杆菌 钩端螺旋体 螺旋状菌 蛇形螺旋体 密螺旋体 疏螺旋体
弧状杆菌
丝状菌 MZN染色阴性
布氏杆菌属 鹦鹉热衣原体
坏死杆菌
研究细菌的种系发生关系主要采用三种 方法： 1）测定DNA碱基(G+C)mol％ 2）核酸分子杂交 3）16SrRNA寡核苷酸编目
1）DNA碱基G+C%比例的测定
G+C （G+C）%=—————×100% A+T+G+C 简称GC比
亲缘关系相近的种ＧＣ比也相近， ＧＣ比差别大亲缘关系必然远 种内差距2.5~4.0％, 种间>5%, 属间 差距>10%
科及科以上的划分在细菌不太完善，且随 着研究的深入科属的划分会发生变动
1 、属（ genus ）性状相近、关系密切的 若干菌种组成一个菌属，与其他属有明 显差异。 2 、种（ species ）是细菌学分类的最基本 单元，生物学性状基本相同的细菌群体 归成一个菌种。 3 、菌株（ strain ）是不同来源的 某一种 细菌的纯培养物。
细菌分类学包括分类，命名和鉴定 1、细菌分类：根据细菌各自的特征，并 按照亲缘关系分类，以不同等级编排系 统。分类有两种： ①细菌的生理生化分类法，包括有传 统分类法和数值分类法。 ②细菌核酸、蛋白质结构的同源程度 进行分类法，称种系分类或自然分类。
2、细菌命名：在分类基础上，给每种 细菌一个科学名称，便于交流并保证所 有的科研工作者给予同样名称。 3、细菌鉴定：将未知细菌按分类原则， 确定细菌的分类地位。
金黄色葡萄球菌的学名为
命名年份
Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
属名葡萄球菌 种名金黄色 命名人的姓
恶臭消化链球菌的学名
改名者
Peptostreptococcus foetidus （ Veillon ）Smith
属名消化链球菌
种名恶臭
原命名者
恶臭消化链球菌是由 Veillon 首先发现和定名的 ，后 Smith 重新定为现名。
1、分类方法 数值分类法：根据细菌的各种性状的数值
分析，借助计算机，将拟分类的细菌按其 性状的相似程度归类定位。
在进行数值分类时 需要选择分类单位（菌株、种或属）→将 性状编码→按公式计算出相似度（S矩阵） →进行系统聚类→画出相似矩阵图→最后 转绘树状普（dendrogam） 计算相似度的公式为： S%=NS/（NS+ND） 其中S为相似度，NS 为相似性状， ND为相异性状。 此法应用时所选性状必须要多，越多准确 性越高，至少高达100个，否则易误判。
四、细菌分类鉴定的标准
1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是 其表型(phenotype)特征
形态 染色 培养 细胞壁结构 生理生化 抗原特性 这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的 作用，尤其是在临床微生物学的实中，至今仍有 应用价值。
2、目前微生物学界普遍考虑的分类依据 是 细 菌 的 种 系 发 生 关 系 (phylogenetic relationship) ，即分析其基因特征从而 确定分类地位。
一、 二、 三、 四、 五、 细菌的分类地位 细菌的命名 细菌分类鉴定的标准 细菌的分类体系 细菌的鉴定
一、细菌分类学——对细菌进行分类， 命名与鉴定的 一门学科。
任务：
•在全面了解细菌生物学特征的基础上， 研究它们的种类，探索其起源，演化以 及与其他类群之间的亲缘关系，进而提 出能反映自然发展的分类系统，并将细 菌加以分门别类。
三、细菌的命名
1、细菌的命名依据“国际细菌命名法规”(The
International Code of Nomenclature of Bacteria)
学名用拉丁文，遵循“双名法”。 每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分 组成如：产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）
属名在前，字首字母要大写，其余小写 整个属名及种名在出版物中应 排成斜体 中文译名，种名在前，属名在后
2、分类学文献中的细菌拉丁文学名，属 名和种名之后，往往还要加上首次定 名人（加括号）、现名定名人和现名 定名年份，这些均用正体排字。 一般兽医学及医学微生物学文献中， 属名和种名之后的部分均予省略。 如：Escherichia coli
6、如果是新种，在新种的拉丁文学名之 后还要加上“sp.nov。”，nov是novel 的缩写。 例如Lawsonia intracellularis gen．Nov. sp . Nov.，译为：胞内劳 森菌，新属新种。
7、亚种用subsp.(正体字)表示，这是 subspecies的缩写， 例如Pasteurella multocida subsp．septica，中译名为多杀性巴 氏杆菌败血亚种。
2、常见动物致病菌的鉴定已形成固定 的程序。
革兰氏阳性细菌 革兰氏阴性细菌
革兰氏阳性细菌球菌葡球菌 链球菌 粪肠球菌 微球菌
产芽胞 杆菌 无芽胞
梭菌 芽胞杆菌 炭疽杆菌
抗酸染色阳性
分支杆菌 牛分支杆菌和禽分支杆菌 鼠麻风杆菌 副结核分支菌
丝状或树枝状
棒状杆菌 化脓放线菌 马红球菌 抗酸染色阴性 产单核李氏杆菌 猪丹毒杆菌 牛放线菌 MZN染色阴性 粘性放线菌 星形奴卡菌 MZN染色阳性 刚果嗜皮菌
例如 大肠埃希菌的学名全名是： Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为 Bacillu coli，Castellani及Chalmers 于1919年改为现名。
金黄色葡萄球菌的学名为：
3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规 则读念 4、属名重复出现时，拉丁文可缩写，用 第一个字母，为避免混肴，也可用2个 字母。大肠杆菌(E.coli)
5、只确定属名、未确定种名的某一株细菌， 其拉丁文学名可在属名之后加sp．(正体字)； 如果同属未定种名的若干菌株，则用 spp． (species 的缩写， sp. 表示单数，spp. 表示复数 ) ， 如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种， Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。
2）核酸分子杂交法
DNA-DNA DNA-rRNA rRNA-rRNA
方法: 待测菌株dsDNA------ssDNA 参照菌株，同位素标记的ssDNA 检测杂合DNA的放射性强度，参照菌株自 身为DNA复性的放射性强度100%
DNA-DNA杂交同源性性 >60%为同种 >70%同一亚种 20~60%为同一属
二、细菌的分类地位
1、过去属于植物界，
古菌
现在划为：原核生物
细菌
在兽医微生物中，古细菌不占重要
地位
2、细菌还包括
衣原体、立克次氏体、霉形体、
螺旋体、放线菌等→对动物和人 具有致病作用 蓝细菌、紫色光合细菌等
3、细菌的分类单元
细菌的分类单元与动植物一样，依次为 界 Kingdom (拉：Regnum) 门 Phylum (拉：Phylum)) 纲 Class (拉：Classis) 目 Order (拉：Ordo) 科 Family (拉：Familia) 属 Genus（拉：Genus） 种 Species（拉：Species）
3）rRNA寡核苷酸编目分析
rRNA是细胞中的“活化石” 原核生物：23s、16s、5s 真核生物：28s、18s、5.8s 16s或18s用作系统分类：（提出三域 学说） 生理功能重要又恒定、含量高易提取、 核苷酸序列保守、分子质量适中、信息 量大易于分析
五、细菌的分类体系
细菌分类体系主要是“伯吉氏系统细菌学手册”， Holt（美国）编共4卷。及“伯吉氏细菌鉴定手册”
国际系统与进化微生物学杂志是细菌分类命名世 界公认权威为期刊。
国际公认的菌种保藏权威机构是“美国典型培养 物保藏中心(ATCC) ”以及“德国微生物及细胞保 藏中心(DSM) ”等。我国兽医微生物菌（毒）种由 中国兽药检察所鉴定保存。
五、细菌的鉴定
纯培养细菌才能进行鉴定。DNA分子水
平的鉴定主要限于专业实验室； 常规细菌鉴定沿用表型特征检测方法； 有成套检测指标的快速诊断试剂盒 商品化的细菌鉴定试剂盒有Enteotube 系统、API系统、Vitek系统等。 有条件的单位可用PCR技术检测鉴定
革兰氏阴性细菌
球菌/球杆菌
耐瑟菌 生摩拉菌 不动杆菌
MZN染色阴性 杆菌
弯曲菌 弧菌 肠杆菌科 假单胞菌 波氏杆菌 放线杆菌 中等大小杆菌 嗜血杆菌 巴氏杆菌 拟杆菌 钩端螺旋体 螺旋状菌 蛇形螺旋体 密螺旋体 疏螺旋体
弧状杆菌
丝状菌 MZN染色阴性
布氏杆菌属 鹦鹉热衣原体
坏死杆菌
研究细菌的种系发生关系主要采用三种 方法： 1）测定DNA碱基(G+C)mol％ 2）核酸分子杂交 3）16SrRNA寡核苷酸编目
1）DNA碱基G+C%比例的测定
G+C （G+C）%=—————×100% A+T+G+C 简称GC比
亲缘关系相近的种ＧＣ比也相近， ＧＣ比差别大亲缘关系必然远 种内差距2.5~4.0％, 种间>5%, 属间 差距>10%
科及科以上的划分在细菌不太完善，且随 着研究的深入科属的划分会发生变动
1 、属（ genus ）性状相近、关系密切的 若干菌种组成一个菌属，与其他属有明 显差异。 2 、种（ species ）是细菌学分类的最基本 单元，生物学性状基本相同的细菌群体 归成一个菌种。 3 、菌株（ strain ）是不同来源的 某一种 细菌的纯培养物。
细菌分类学包括分类，命名和鉴定 1、细菌分类：根据细菌各自的特征，并 按照亲缘关系分类，以不同等级编排系 统。分类有两种： ①细菌的生理生化分类法，包括有传 统分类法和数值分类法。 ②细菌核酸、蛋白质结构的同源程度 进行分类法，称种系分类或自然分类。
2、细菌命名：在分类基础上，给每种 细菌一个科学名称，便于交流并保证所 有的科研工作者给予同样名称。 3、细菌鉴定：将未知细菌按分类原则， 确定细菌的分类地位。
金黄色葡萄球菌的学名为
命名年份
Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
属名葡萄球菌 种名金黄色 命名人的姓
恶臭消化链球菌的学名
改名者
Peptostreptococcus foetidus （ Veillon ）Smith
属名消化链球菌
种名恶臭
原命名者
恶臭消化链球菌是由 Veillon 首先发现和定名的 ，后 Smith 重新定为现名。
1、分类方法 数值分类法：根据细菌的各种性状的数值
分析，借助计算机，将拟分类的细菌按其 性状的相似程度归类定位。
在进行数值分类时 需要选择分类单位（菌株、种或属）→将 性状编码→按公式计算出相似度（S矩阵） →进行系统聚类→画出相似矩阵图→最后 转绘树状普（dendrogam） 计算相似度的公式为： S%=NS/（NS+ND） 其中S为相似度，NS 为相似性状， ND为相异性状。 此法应用时所选性状必须要多，越多准确 性越高，至少高达100个，否则易误判。
四、细菌分类鉴定的标准
1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是 其表型(phenotype)特征
形态 染色 培养 细胞壁结构 生理生化 抗原特性 这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的 作用，尤其是在临床微生物学的实中，至今仍有 应用价值。
2、目前微生物学界普遍考虑的分类依据 是 细 菌 的 种 系 发 生 关 系 (phylogenetic relationship) ，即分析其基因特征从而 确定分类地位。