(优选)数量性状基因座
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关分析，若性状值对标记基因型值回归（相关）显著，说明标记与QTL连锁。
二、QTL定位的统计方法
2、区间定位法
➢ 以正态混合分布的最大似然函数和简单回归模型，借助于 完整的分子标记图谱，计算基因组的任一相邻标记( M i和M i+ ) 之间存在和不存在QTL(Qi)的似然函数比值的对 数(LOD值=lgL/L0)
MM Mm mm
➢ 若分子标记与QTL完全连锁或部分连锁就意味着标记本身 就是QTL，或在标记附近存在QTL。
➢ 常用的检测单标记与QTL连锁的统计方法：
（1）方差分析：按标记基因型（MM、Mm、mm）将个体分组，进行单
向分组的方差分析。若组间差异显著，说明QTL与标记连锁。
（2）回归或相关分析：对个体的性状值和标记基因型值进行回归或相
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…… ……
QTL定位的步骤
（5）统计分析
用统计方法分析数量性状与标记基因型值之间是否存 在关联，确定QTL在标记遗传图谱上的数目、位置，估 计QTL的效应。
QTL定位的步骤
标记数据
一、QTL定位的原理和步骤 二、QTL定位的统计方法 三、QTL分析的应用前景
一、QTL定位的原理和步骤
➢ QTL（quantitative trait loci）：全称数量性 状基因座，它指的是控制数量性状的基因在基 因组中的位置。
➢ QTL定位：也称QTL作图；借助分子标记，可以 在染色体上检测出QTL，并可以确定影响某一 数量性状的QTL在染色体上的数目、位置和遗 传效应。
QTL定位的原理
➢ 如果分子标记覆盖整个基因组，控制数量性状的基 因( Qi)两侧会有相连锁的分子标记( M i- 和 M i+ ),这 些与Qi紧密连锁的分子标记将表现不同程度的遗传 效应。
➢ 利用分子标记定位QTL（Qi），实质就是分析分子 标记与数量性状基因座Qi的连锁关系，即利用已知 座位的分子标记来定位未知座位的Qi，通过分子标 记与Qi之间的重组率，来确定Qi的具体位置。
（优选）第五节数量性状 基因座
前言
➢ 经典数量遗传分析法
分析控制数量性状表现的众多基因的综合遗传效应，但是无法 鉴别基因的数目、单个基因在染色体上的位置和遗传效应。
➢ 作物分子标记+数量性状基因座（QTL）定位分析法
确定影响某一数量性状的基因在染色体上的数目、位置及其遗 传效应。
第五节 数量性状基因座
QTL定位的步骤
（2）确定和筛选遗传标记
理想的作图标记应具备以下4个特征： 数量丰富 多态性好 中性 共显性
➢形态学标记（morphological marker） ➢蛋白质标记(protein marker) ➢分子标记(molecular marker)：或DNA标记。
常用的分子标记
中文名称
作图群体
连锁遗传图
统计分析
QTL定位
数量性状数据 QTL定位流程图
二、QTL定位的统计方法
➢单标记分析法 ➢区间定位法 ➢复合区间定位法
二、QTL定位的统计方法
1、单标记分析法
QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq
MM Mm mm
Variable number of tandem repeat
微卫星 （简单序列重复）
Simple sequence repeat
RFLP AFLP RAPD VNTR SSR
QTL定位的步骤
（3）检测分离世代群体中每一个体的标记基因型
➢ 用多态性分子标记检测分离世代群体中每一个体（系）的 标记基因型值。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 N ……
数量型状
生育期 株高 颖花数
126
115
129
107
127
356
112
123
341
95
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186
RFLP标记
RG573 RG13 RZ70 RG697 RG474 RG435
图 8-5 QTL定位的基本原理示意图
M&Q不连锁
M&Q连锁
QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq
MM Mm mm
MM Mm mm
单标记和单基因
QTL定位的步骤
1. 构建作图群体 2. 确定和筛选遗传标记 3. 检测分离世代群体中每一个体的标记基因型 4. 测量数量性状 5. 统计分析
➢ 根据整个染色体上各点处的LOD值可以描绘出一个QTL在 该染色体上存在与否的似然图谱。QTL的可能位置用LOD 支持区间表示出来。QTL的效应由回归系数估计值推断。
QTL定位的步骤
（1）构建作图群体
➢ 适于QTL作图的群体是待测数量性状存在广泛变异，多个 标记位点处于分离状态的群体。一般是由亲缘关系较远 的亲本间杂交，再经自交、回交等方法构建。
➢ 常用的群体有F2群体、回交（BC）群体、双单倍体（do ubled haploids, DH）群体，重组近交系（recombinan t inbred lines, RIL）群体等。其中DH群体和RIL群体可 以永久使用。
英文名称
英文缩写
限制性长度片段多态性
Restriction fragment length polymorphism
扩增片段长度多态性
Amplified frangment length polymorphism
随机扩增多态DNA
Random amplified
polymorphism DNA
可变数目串联重复
数据化的分子标记基因型
M&Q连锁
qq QQ Qq qq QQ Qq qq
QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq
Mm mm
MM
Mm
mm
P1赋值为1
P2赋值为3
杂合体赋值为2
QTL定位的步骤
（4）测量数量性状
表8-6 水稻窄叶青8×京系17F2群体部分数量性状值与RFLP标记基因型值
株号
➢ 各种分子标记最后显示的都是电泳分离的带谱，所以个体 的标记基因型需要将每个标记的带纹与亲本比较并赋值来 记录，例如在共显性情况下，作图群体中应含有P1，P2和 杂合型3种带型，这3种带型即代表某一分子标记的3种基因 型。
➢ 如果将含有P1带型的个体赋值为1，P2带型的赋值为3，杂 合体赋值为2，即可得到数据化的分子标记图。
二、QTL定位的统计方法
2、区间定位法
➢ 以正态混合分布的最大似然函数和简单回归模型，借助于 完整的分子标记图谱，计算基因组的任一相邻标记( M i和M i+ ) 之间存在和不存在QTL(Qi)的似然函数比值的对 数(LOD值=lgL/L0)
MM Mm mm
➢ 若分子标记与QTL完全连锁或部分连锁就意味着标记本身 就是QTL，或在标记附近存在QTL。
➢ 常用的检测单标记与QTL连锁的统计方法：
（1）方差分析：按标记基因型（MM、Mm、mm）将个体分组，进行单
向分组的方差分析。若组间差异显著，说明QTL与标记连锁。
（2）回归或相关分析：对个体的性状值和标记基因型值进行回归或相
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QTL定位的步骤
（5）统计分析
用统计方法分析数量性状与标记基因型值之间是否存 在关联，确定QTL在标记遗传图谱上的数目、位置，估 计QTL的效应。
QTL定位的步骤
标记数据
一、QTL定位的原理和步骤 二、QTL定位的统计方法 三、QTL分析的应用前景
一、QTL定位的原理和步骤
➢ QTL（quantitative trait loci）：全称数量性 状基因座，它指的是控制数量性状的基因在基 因组中的位置。
➢ QTL定位：也称QTL作图；借助分子标记，可以 在染色体上检测出QTL，并可以确定影响某一 数量性状的QTL在染色体上的数目、位置和遗 传效应。
QTL定位的原理
➢ 如果分子标记覆盖整个基因组，控制数量性状的基 因( Qi)两侧会有相连锁的分子标记( M i- 和 M i+ ),这 些与Qi紧密连锁的分子标记将表现不同程度的遗传 效应。
➢ 利用分子标记定位QTL（Qi），实质就是分析分子 标记与数量性状基因座Qi的连锁关系，即利用已知 座位的分子标记来定位未知座位的Qi，通过分子标 记与Qi之间的重组率，来确定Qi的具体位置。
（优选）第五节数量性状 基因座
前言
➢ 经典数量遗传分析法
分析控制数量性状表现的众多基因的综合遗传效应，但是无法 鉴别基因的数目、单个基因在染色体上的位置和遗传效应。
➢ 作物分子标记+数量性状基因座（QTL）定位分析法
确定影响某一数量性状的基因在染色体上的数目、位置及其遗 传效应。
第五节 数量性状基因座
QTL定位的步骤
（2）确定和筛选遗传标记
理想的作图标记应具备以下4个特征： 数量丰富 多态性好 中性 共显性
➢形态学标记（morphological marker） ➢蛋白质标记(protein marker) ➢分子标记(molecular marker)：或DNA标记。
常用的分子标记
中文名称
作图群体
连锁遗传图
统计分析
QTL定位
数量性状数据 QTL定位流程图
二、QTL定位的统计方法
➢单标记分析法 ➢区间定位法 ➢复合区间定位法
二、QTL定位的统计方法
1、单标记分析法
QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq
MM Mm mm
Variable number of tandem repeat
微卫星 （简单序列重复）
Simple sequence repeat
RFLP AFLP RAPD VNTR SSR
QTL定位的步骤
（3）检测分离世代群体中每一个体的标记基因型
➢ 用多态性分子标记检测分离世代群体中每一个体（系）的 标记基因型值。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 N ……
数量型状
生育期 株高 颖花数
126
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123
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186
RFLP标记
RG573 RG13 RZ70 RG697 RG474 RG435
图 8-5 QTL定位的基本原理示意图
M&Q不连锁
M&Q连锁
QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq
MM Mm mm
MM Mm mm
单标记和单基因
QTL定位的步骤
1. 构建作图群体 2. 确定和筛选遗传标记 3. 检测分离世代群体中每一个体的标记基因型 4. 测量数量性状 5. 统计分析
➢ 根据整个染色体上各点处的LOD值可以描绘出一个QTL在 该染色体上存在与否的似然图谱。QTL的可能位置用LOD 支持区间表示出来。QTL的效应由回归系数估计值推断。
QTL定位的步骤
（1）构建作图群体
➢ 适于QTL作图的群体是待测数量性状存在广泛变异，多个 标记位点处于分离状态的群体。一般是由亲缘关系较远 的亲本间杂交，再经自交、回交等方法构建。
➢ 常用的群体有F2群体、回交（BC）群体、双单倍体（do ubled haploids, DH）群体，重组近交系（recombinan t inbred lines, RIL）群体等。其中DH群体和RIL群体可 以永久使用。
英文名称
英文缩写
限制性长度片段多态性
Restriction fragment length polymorphism
扩增片段长度多态性
Amplified frangment length polymorphism
随机扩增多态DNA
Random amplified
polymorphism DNA
可变数目串联重复
数据化的分子标记基因型
M&Q连锁
qq QQ Qq qq QQ Qq qq
QQ Qq qq QQ Qq qq QQ Qq qq
Mm mm
MM
Mm
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P1赋值为1
P2赋值为3
杂合体赋值为2
QTL定位的步骤
（4）测量数量性状
表8-6 水稻窄叶青8×京系17F2群体部分数量性状值与RFLP标记基因型值
株号
➢ 各种分子标记最后显示的都是电泳分离的带谱，所以个体 的标记基因型需要将每个标记的带纹与亲本比较并赋值来 记录，例如在共显性情况下，作图群体中应含有P1，P2和 杂合型3种带型，这3种带型即代表某一分子标记的3种基因 型。
➢ 如果将含有P1带型的个体赋值为1，P2带型的赋值为3，杂 合体赋值为2，即可得到数据化的分子标记图。