基于线粒体Cytb基因全序列的松江鲈群体遗传结构分析
基于Cyt b基因序列分析的松毛虫种群遗传结构研究
基于Cyt b基因序列分析的松毛虫种群遗传结构研究高宝嘉;张学卫;周国娜;刘军侠【摘要】为了揭示松毛虫种群的遗传结构,采用DNA序列测定的方法测定了松毛虫不同种群的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因的部分序列,并利用分子生物学软件分析其核苷酸组成、转换和颠换、氨基酸组成、遗传距离及亲缘关系.结果显示:在获得的Cytb基因387bp的序列中碱基A,T,C,G平均含量分别为40.1%、33.5%、9.5%、16.9%,A+T含量明显高于G+C含量表现出强烈的A、T偏向性,密码子第3位点的A+T含量高达86.5%,这种偏向性在种群间无明显差异.碱基替换主要发生在密码子第三位,转换大于颠换,且种群内替换高于种群问.该序列片段中共有39个核甘酸位点发生变异,遗传距离为0.000--0.100,显示出较小的遗传变异.蛋白质氨基酸由除谷氨酸以外的19种氨基酸组成.聚类分析结果表明马尾松毛虫和油松毛虫亚种遗传距离较近,种群间的遗传分化与生态环境有关.【期刊名称】《生态学报》【年(卷),期】2011(031)006【总页数】8页(P1727-1734)【关键词】松毛虫;Cytb基因;遗传结构【作者】高宝嘉;张学卫;周国娜;刘军侠【作者单位】河北农业大学林学院,河北保定,071000;河北北方学院,河北,张家口,075000;河北农业大学林学院,河北保定,071000;河北农业大学林学院,河北保定,071000;河北农业大学林学院,河北保定,071000【正文语种】中文Abstract:As the major forest pest in China，DendrolimusincludesDendrolimus punctatusWalker，D.tabulaeformisTsai et Liu，D.spectabilisButler，D.superansButler，D.houiLajonquiere andD.kikuchiiMatsumura.During sequential outbreaks，economic damage was serious and the forest appeared to be burned.So a large number of studies were(carried out at different levels but the research concerning the genetic variation and differentiation of populations based on a single specific gene mutation has not been reported.In order to clarify the genetic structure of the populations ofDendrolimus，and provide the scientific basis for prevention and treatment ofDendrolimus，a fragment with 387 bp of the mitochondrial cytochrome b(Cyt b)gene sequence in different populations ofD.punctatusWalker，D.spectabilisButlerandD.tabulaeformisTsai et Liu was amplified and sequenced.Nucleotide composition，transitions and transversions，amino acid composition，genetic distance，and the phylogenetic relationship were analyzed with molecular biology software.The results indicated that the average contents of A，T，C and G were 40.1%，33.5%，9.5%and 16.9%，respectively，and the contents of A+T 73.6%were obviously higher than that of C+G26.4%.Cyt b exhibits an A/T bias across all sites which was the most prominent at the third position of codon with the highest content of 86.5%but only 1.1%of C at the same position.There was no significant difference for A/T bias in the populations.Nucleotide substitution occurred mostly at the third position.Transitions were greater than transversions，while substitutions of intraspecific populations were higher than interspecific populations.Thirty nine nucleotide sites and eleven amino acids showed mutation in this sequence fragment and the variability were 10.1%and 8.5%.Nucleotide sequences and amino acid sequences in genetic distance were 0.000－0.100 and 0.000－0.086，indicating a low genetic variation.The amino acid sequences were believed to be more accurate than nucleotide sequences in genetic distance.Polypeptide is composed of nineteen amino acids except for glutamicacid and amino acid differences have little to do with populations.The most common amino acids and codons are lysine[AAA] and asparagine[AAU] .The average content of AAA and AAU is 15.00%and 10.63%，respcetively.Cluster analysis showed that the genetic distance betweenD.punctatusWalker andD.tabulaeformisis relatively close，while genetic differentiation exists betweenD.punctatusWalker andD.spectabilisButler.The population genetic differentiation was related to ecological environment.These results provided a basic molecular biology clue to the studies on population genetics and ecological control ofDendrolimus.Key Words:Pine caterpillars(Dendrolimus);Cytochrome b gene;genetic structure近年来，学者们应用同工酶、RAPD、AFLP、SSR、ISSR及线粒体DNA等技术，对昆虫种群的遗传多样性与遗传分化进行了大量研究，研究结果表明，昆虫种群种内遗传变异大于种间;专食性物种遗传变异低，杂食性物种遗传变异高;群体间遗传分化取决于地理隔离作用和生境异质性，距离越远分化越明显，生境异质性越高遗传分化程度越高。
黄渤海松江鲈鱼线粒体控制区结构与序列多态性分析
（ ｓｔｔｏ ＨｙｒｂｏｏｙＪ ａ ｎｖｒｉ ； ｅ ａｏａｏｙｆｒ ｔ ｕｒｐ ｉａｏ ｄＲ ｄｔ ｅＣ ｎｒｌｎ ａｇｏ ｇ ｒｖｎｅ Ｉ ｔｕｅ ｆ ｄｏ ｉｌ ，ｉ ｎＵ ｉｅｓｙ Ｋ ｙ ｂ ｒｔｒ ｅ Ｅ ｔ ｈｃｔ ｎａ ｅ—ｄ ｏｔ ｎ ｄｎ ｏ ｉｃ， ｎｉ ｇ ｎ ｔ Ｌ ｏ Ｗａ ｒ ｏ ｉ ｎ ｉ ｏ ｉＧｕ Ｐ
３－ｏ ｓ ｒｅ ｇｏ ｆ ｈ ｔ ｃ ｏ ｄ ｉｌ ｏ ｔｏ ｅ ｉｎｗｅｅｄ ｔｒ ｉｅ ． ｅｔｔｌ ａ ｌｔｐ ｉｅ ｓ ｎ ｕ ｌｏｉｅ ＇ ｎ ｅ ｄｒ ｉｎｏ ｅｍｉ ｈ ｎ ｒ ｎ ｌ ｇｏ ｒ ｅｅ ｎ ｄ Ｔｈ ａ ｐｏｙ ｅｄｖ ｒｉ ａ ｄｎ ｃｅ ｔ ｃ ｖ ｅ ｔ ｏ ａｃ位 点 ２ ，绝大 多 数变 异集 中在 １２３ ２ｂ 、５４７ ３ｂ ７个 ９ —４ ｐ ９—８ ｐ区段 ， 同时识 别 出了线 粒体 控制 区 ５端 终止序 列 区 、中央 保 守区和 ３ ’ ’ 端 保 守序 列区 的关 键序 列 。３个群 体总 的单 倍 型多样 性 为 ０ ９ ，核 苷 酸多 样性 为 ００７１，丹 东群 体核 苷 酸多 样性 最 高 （．０ ９ 。 ．０ ９ ．０ ８ ００９５ ） 群 体 间、群 体 内平 均遗 传距 离低 （ 分别 为 ００６７和 ００ ６３ ；在 ＮＪ ． ０ ．０ ） 树上 不 同地理 来源 的个体 混杂 分布 ；Ｆｔ ｓ分析 显示 丹 东与秦 皇 岛
基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构
基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构鲁翠云;孙志鹏;曹顶臣;耿龙武;那荣滨;吴学工;郑先虎【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2024(48)1【摘要】为了解梭鲈种群的遗传结构,实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异,并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。
结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点,定义了7种单倍型,发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型,且与欧洲群体的HapA相同,在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(53.85%);Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型,而Hap4~Hap7为中亚群体的特异单倍型。
单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型,中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1~2个位点的变异,属于Hap1/A的亚型,与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。
每个群体检测到1~4种单倍型,斋桑湖(ZS)群体单倍型最多,而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1);塔什干(TS)群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)最高(Hd=0.514±0.069;π=0.00079±0.00011),其次是ZS群体,而中国梭鲈群体的多样性参数较低。
AMOVA分析结果显示,梭鲈群体间遗传变异占20.74%,群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.20736<0.25),TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(F_(st)>0.25),中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大,而中国其他5个群体间无遗传分化。
基于群体间遗传距离的系统进化树显示,来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支,而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。
研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。
基于线粒体Cytb基因全序列的东流水牛群体遗传结构分析
Ｐ Ｃ Ｒ产 物 用 １ ． ５ 的琼 脂 糖凝 胶 电泳 检测 ， 用 凝胶
回收试 剂 盒进行 Ｐ Ｃ Ｒ产物 纯化 与 回收 ， 由上海 生 工
生物工 程有 限公 司进 行测 序 。
１ ． ３ 数 据 处 理
线 粒体 ＤＮＡ 细胞 色 素 ｂ （ Ｃ ｙ ｔ ｂ ） 基 因是 唯 一 一
果］ 发现 Ｃ ｙ ｔ ｂ基 因 全 长 １ １ ４ ０ ｂ ｐ ， 共检 测 到 １ ７个 多 态位 点 ， 构 成 ９种 单 倍 型 ， 单 倍 型 多样 度 为（ ０ ． ５ ４ ４ ±０ ． １ ０ ７ ） ， 核 苷 酸 多样 度 为 （ Ｏ ． Ｏ ０ １ １ ２ ±０ ． ０ ０ ０ ９ １ ） 。 同时发现 东流水 牛 Ｃ ｙ ｔ ｂ基 因具
牛 群体之 一 ｌ １ ］ 。近年 来 随着农 业 产业 结 构 的调 整 ，
农 村劳动 力 的转 移 ， 以及饲 养水 牛 比较效 益 的下 降 ， 加 之“ 以机代 牛” ， 东 流水 牛的饲 养量 越来 越少 ［ ２ ］ ， 东 至县 ２ ０ ０ ２年 以前 东 流水 牛饲养 量达 到 ３ ． ８ 万头 ， 年
有 两种 终止 密码 子 ＡＧＡ和 ＡＧＧ。［ 结论 ］ 东流水牛 遗传 多样 性丰 富 ， 且起 源 于 ２个母 系。
关键词 ： 水牛； Ｃ ｙ ｔ ｂ ； 遗 传 多样性
中图分类号 ： ￥ ８ ２ ３ ． ２ 文 献标 识码 ： Ａ 文章编号 ： １ ０ ０ １ — ９ １ １ １ （ ２ ０ １ ５ 】 Ｏ ５ 一 Ｏ ０ １ ５ － ０ ４
利用 引 物 （ Ｃ ｙ ｔ ｂ— Ｆ １ ： ＡＣ Ｃ ＡＣ Ｇ ＡＣ Ｃ ＡＡＴ—
鱼类线粒体dna及其在分子群体遗传研究中的应用
鱼类线粒体DNA及其在分子群体遗传研究中的应用鱼类，作为地球上最大的脊椎动物群体之一，其遗传多样性研究对于理解生物进化、生态适应以及保护濒危物种等方面具有重要意义。
近年来，随着分子生物学技术的飞速发展，线粒体DNA（mtDNA）已经成为鱼类群体遗传研究中的重要标记。
一、鱼类线粒体DNA的特点线粒体DNA是一种存在于细胞线粒体内的遗传物质，具有母系遗传、高突变率、无重组等特点。
这些特点使得mtDNA成为研究鱼类群体遗传结构和进化历史的理想标记。
母系遗传：mtDNA只能通过母系传递，因此可以有效地追踪母系群体的迁移和扩散。
高突变率：mtDNA的突变率远高于核DNA，这使得mtDNA在短时间内积累大量的遗传信息，有助于揭示近期的进化事件。
无重组：mtDNA在遗传过程中不发生重组，因此其遗传信息具有高度的稳定性，有助于准确推断群体遗传结构。
二、线粒体DNA在鱼类群体遗传研究中的应用群体遗传结构分析：通过比较不同地理群体间mtDNA序列的差异，可以揭示鱼类的群体遗传结构、迁移扩散以及种群历史。
物种鉴定和分类：mtDNA序列差异可以作为物种鉴定和分类的重要依据，有助于发现新物种和解析物种间的亲缘关系。
保护生物学：通过分析濒危物种的mtDNA序列，可以评估其遗传多样性水平，为制定保护策略提供科学依据。
进化生物学：通过比较不同物种间mtDNA序列的差异，可以揭示鱼类的进化历程、分化时间以及祖先群体等信息。
生态学：通过分析鱼类mtDNA与生态环境因子的关系，可以探讨鱼类对环境的适应机制和生态位分化。
渔业资源管理：通过分析渔业资源的mtDNA多样性，可以评估其种群健康状况和种质资源价值，为渔业资源的可持续利用提供科学依据。
三、前景展望随着分子生物学技术的不断进步和成本的不断降低，线粒体DNA在鱼类群体遗传研究中的应用将越来越广泛。
未来，我们可以期待线粒体DNA在揭示鱼类进化历程、保护濒危物种以及渔业资源管理等方面发挥更大的作用。
基于线粒体Cyt b和COⅠ基因序列的华南鲤群体遗传结构分析
（１．华南农业大学海洋学院，广东广州 ５１０６４２；２．广东省清远市水产技术推广站，广东清远 ５１１５１０； ３．清远市北江水产科学研究所，广东清远 ５１１５１０；４．广东省清远市兴渔水产科技有限公司，广东清远 ５１１５１０）
摘要：运用线粒体 Ｃｙｔｂ和 ＣＯⅠ 基因序列测定技术，分析华南鲤（ＣｙｐｒｉｎｕｓｃａｒｐｉｏｒｕｂｒｏｆｕｓｃｕｓＬａｃｅｐｅｄｅ）３个种群的 群体遗传结构及其变异。结果表明，海南鲤、珠江鲤、榕江鲤平均遗传距离分别为 ０．００３１（Ｃｙｔｂ）、０．００３０（ＣＯⅠ ）；５２ 尾个体分别检测出 １３（Ｃｙｔｂ）、１２（ＣＯⅠ ）个单倍型，总群体单倍型多样性（Ｈｄ）分别为 ０．８７４（Ｃｙｔｂ）、０．７７０（ＣＯⅠ ）， 核苷酸多样性指数（π）分别为 ０．００４１５（Ｃｙｔｂ）和 ０．００３３８（ＣＯⅠ ），平均核苷酸差异数（Ｋ）分别为 ３．０２７（Ｃｙｔｂ）和 １．８３５（ＣＯⅠ ）。构建 ＮＪ系统进化树发现，各种群间未形成明显的谱系结构，未发现明显的地理结构。海南鲤与珠江 鲤、榕江鲤的分化约在 ２．５０万、２．６５万年前，而珠江鲤和榕江鲤之间的的分化年代约在 １．５０万年前。珠江鲤和榕江 鲤的遗传分化指数差异不显著，２个种群间的交流更加频繁。 关键词：华南鲤；Ｃｙｔｂ基因；ＣＯⅠ 基因；群体遗传结构；遗传距离；多样性指数；分化年代 中图分类号：Ｑ１７３ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００２－１３０２（２０１８）１８－０１７９－０４
江苏农业科学 ２０１８年第 ４６卷第 １８期
— １７９—
王桢璐，姚东林，谢少林，等．基于线粒体 Ｃｙｔｂ和 ＣＯⅠ 基因序列的华南鲤群体遗传结构分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０１８，４６（１８）：１７９－１８３． ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０１８．１基因序列 的华南鲤群体遗传结构分析
基于线粒体Cytb基因全序列的松江鲈群体遗传结构分析
摘 要 ：对松 江鲈 （ Ｔ ｒ ａ ｃ ｈ ｉ ｄ ｅ ｒ ｍｕ ｓ ｆ ａ ｓ ｃ ｉ ａ ｔ ｕ ｓ Ｈｅ ｃ ｋ ｅ １ ） 中 国沿 海 ７个 群体 和 日本 有 明海 群体 的线粒 体 ｆ ６ 基 因全 序 列进 行 了测定 、分析 。结果 显示 ：４ ７个个体 共检测 到 ３ １个单 倍 型，８个群 体均呈 现 出较 高 的单倍 型多样 性 （ ０ ． ６ Ｏ 一１ ． ｏ ｏ ） 和较低 的核 苷酸 多样性 （ ０ ． ０ ０ ０ ５ —０ ． ０ ０ ４ １ ） 的特 点 。ＡＭＯＶ Ａ 分析 结果及 单倍 型邻接 关系树 和单倍 型 网络关 系 图均显示 松江 鲈分 为 中国和 日本两个 世系 ，而 中 国世 系 的 ７ 个群 体未呈 现 出明显 的地理 遗传 结 构 。基于 核苷酸 Ｋｉ ｍｕ ｒ ａ双参 数替 代模 型计算得 出 的中 国和 日本 两个世 系 的净遗传 距离 ，再参 照其他 硬骨 鱼 类线 粒体 仿 基 因 ２ ％／ Ｍａ （ 百万年 ） 的分歧 速率 ，推测 松江 鲈 中 Ｅ ｔ 两个 世系 间分化 时间 约为 ４ １ 万 年前 。对 中 国世 系进行 群体历 史 动态分 析，中性检 验结果 均为 负值且 显著 ，核苷 酸不 配对分 布呈 单峰 型，表 明松 江鲈 中 国世 系曾发生 过群体 扩张 ，其扩 张时 间大约 为 １ ２万年前 。 关键 词：松 江鲈； Ｃ ｙ ｔ ｂ基 因；全序Ｙ Ｏ ；遗传 结构 ；群 体扩 张
传 多样性 研究 中常用 的标记 之一 【 １ 。 目前对 松江 鲈鱼 的报道 多集 中在 资源 调查 与保 护 、繁 育及 生理 生态 等方 面［ ， ＿ １ ，关 于遗 传 多样 性 的研究 相对较 少 。王金秋 等［ ” 】 、徐建 荣 等 Ｈ ， 】 、
基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析
淡水渔业，2017, 47(6): 3 -8 Freshwater Fisheries 2017年11月 Nov. 2017基于线粒体基因和％-'(p区序列的高邮湖湖鱼O遗传多样性分析李大命，张彤晴，关浩勇，唐晟凯，刘燕山，刘小维，潘建林(江苏省淡水水产研究所，江苏省内陆水域渔业资源重点实验室，南京210017)摘要：本研究利用线粒体细胞色素b( C"$)基因和控制区（％'()序列作为分子标记，调查了高邮湖湖鲚（,+.)种群遗传多样性。
结果显示，基因和％区序列碱基A +T含量均高于U + C含量，显示碱基组成具有偏倚性。
38条基因序列检出26个变异位点，定义13个单倍型，单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 716 ± 0. 078和0. 002 70 ±0. 000 57 &40条％区序列检出53个变异位点，定义21个单倍型，单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 906 ± 0. 034和0. 006 27 ± 0. 000 99。
13个基因单倍型之间的遗传距离在0. 001 ~0.014之间，N J系统进化树显示单倍型聚为1支&21个％区单倍型之间的遗传距离在0.001 ~ 0.019之间，N系统进化树显示单倍型聚为2支。
中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定，近期没有发生种群扩张。
整体来看，高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高，具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。
关键词：湖鲚（！**,+.);遗传多样性；线粒体D N A;细胞色素b基因；控制区序列中图分类号：S917.4 文献标识码： A 文章编号：1000,907-(2017)06-0003-06The genetic di'^erist^ of Coilia nasus population in Gaoyou Lakerevealed by mtDNA Cytlj gene and D-loop sequencesLI Da-ming，ZHANG Tong-qing，GUAN Hao-yong，TANG Sheng-kai，LIUYan-shan，LIU Xiao-w ei，PAN Jian-lin(Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province；Key Laboratory of Fisheries Resourcesin Inland Water of Jiangsu Province，Nanjing 210017，China)Abstra c t %Coilia nasus is an important commercial fislieries species. In recent decades，the n has dramatically declined due to multiple factors. In the present study，the genetic diveristy o Gaoyou was investigated based on mitochondrial DNA cytochrome b ( Cytb) gene and control region ( D-loop) sequences. The content of A 4 T base pairs was higher than that of the C 4 G base pairs in bothi Cytb gene and D-loop sequences，which indicating that thie base composition is biased. 26 variable sites w fined in 38 Cytb gene sequences. The haplotype diversity and nucleotide diversity were 0 0. 000 57. 53 variable sites were detected and 21 haplotypes were defined in 40 D and nucleotide diversity were 0. 906 ±0. 034 and 0. 006 27 ±0. 000 99. The genetic distance among 13 C"b gene haplotypes varied from 0. 001 to 0. 014，and all haplotypes clusted one clade in the NJ phylogentic tree. The genetic distance among 21D-loop haplotypes varied from 0. 001 to 0. 019，and all haplotypes clusted two clades in the NJ phylogentic tree. Neutralitytests and mismatch distribution b oth indicated that it was stable for C. nasus population in Lake Gaoyou in recent period. Asa whole，the g enetic diversity of C. nasus in the Lake Gaoyou is relatively high，and it has the characteristics of high haplotype diversity and low nucleotide diversity.K e y words %Coilia nasus &geneitc diversity；mitochondrial DNA；Cytb gene；D-loco收稿日期：2017 -07 -03&修订日期：2017 -08 -17资助项目：江苏省海洋与渔业资源环保项目“江苏省水生生物资源重大专项（ZYHB16-3)”第一作者简介：李大命(1981-)，男，博士，副研究员，研究方向为渔业资源与环境。
基于线粒体基因标记的中西太平洋鲣群体遗传学分析
文章编号：１００４－２４９０（２０２０）０５－０５４２－１０基于线粒体基因标记的中西太平洋鲣群体遗传学分析 收稿日期：２０２０－０３－０３基金项目：国家自然科学基金（３１７０２３１２）；大洋渔业资源可持续开发教育部重点实验室开放基金项目（Ａ１ ２００６００ ３０１１０６）作者简介：曹洋铭（１９９８—），女，学士，研究方向为海洋资源与环境学。
Ｅ ｍａｉｌ：１３９５４４４７９７＠ｑｑ．ｃｏｍ通信作者：王丛丛，女，讲师。
Ｅ ｍａｉｌ：ｃｃｗａｎｇ＠ｓｈｏｕ．ｅｄｕ．ｃｎ曹洋铭１，王丛丛１，２，３，徐 豪１，刘 洋１，２，３（１．上海海洋大学海洋科学学院，上海 ２０１３０６；２．大洋渔业资源可持续开发省部共建教育部重点实验室，上海 ２０１３０６；３．国家远洋渔业工程技术研究中心，上海 ２０１３０６）摘 要：为了解中西太平洋鲣（Ｋａｔｓｕｗｏｎｕｓｐｅｌａｍｉｓ）群体间的遗传结构和不同群体间的遗传分化，采用线粒体细胞色素ｂ基因（Ｃｙｔｂ）和细胞色素氧化酶Ⅰ（ＣＯⅠ）基因序列对中西太平洋３个区域共１１２尾鲣样本进行群体遗传学研究。
由Ｃｙｔｂ和ＣＯⅠ基因序列测得的单倍型多样性指数（Ｈｄ）分别为０．９９７和０．９４３，而核苷酸多样性指数（Ｐｉ）分别为０．０１００和０．００２６８，来源于种群内的变异分别达到了９９．５０％和１００．６４％，两两群体间的遗传分化系数Ｆｓｔ值均小于０．０５，Ｐ值均大于０．０５，且基因流Ｎｍ远大于１。
结果表明，３个鲣群体间不存在显著的遗传分化，且具有频繁的基因交流。
中性检验和核苷酸错配分布曲线结果显示，鲣可能在末次冰期经历快速的群体扩张事件。
由于推算的鲣群体扩张时间与历史海平面变动存在相关性，推测中西太平洋鲣种群的扩张极有可能与海平面的快速上升（海侵）有关。
综上所述，中西太平洋鲣未出现显著分化的地理群体，建议在渔业管理上将３个地理群体视为一个统一的管理单元。
关键词：中西太平洋；鲣；Ｃｙｔｂ；ＣＯⅠ；遗传多样性；种群扩张中图分类号：Ｑ３４９ 文献标志码：Ａ 鲣（Ｋａｔｓｕｗｏｎｕｓｐｅｌａｍｉｓ），属鲈形目（Ｐｅｒｃｉｆｏｒｍｅｓ），鲭亚目（Ｓｃｏｍｂｒｏｉｄｅｉ），鲭科（Ｓｃｏｍｂｒｉｄａｅ），鲣属，是一种高度洄游的物种，广泛分布于赤道至温带地区［１］，是世界金枪鱼渔业重要的捕捞对象之一，其中中西太平洋金枪鱼渔场是我国捕捞鲣最为重要的渔场。
《基于线粒体Cytb基因部分序列...
广西师范大学第十二届“创新杯”大学生学术科技和创业计划竞赛获奖名单自然科学类学术论文一等奖（3份）《基于线粒体Cyt b基因部分序列蛱蝶科粉蝶科斑蝶科》作者：冶文军康国娅卢立丹指导老师：秦新民单位：生命科学学院《咪蒽腙-铂(II)系列配合物的合成及抗肿瘤活性研究》作者：龙融玲梁倩梁炜乾范杰文指导老师：刘沿成陈振锋单位：化学化工学院《纳米e3O4催化甲基橙分光光度法测定痕量H2O2》作者：陆顺姣黄秋叶指导老师：蒋治良梁爱惠单位：环境与资源学院二等奖(5份)《超顺磁性氧化石墨烯-四氧化三铁复合》作者：王鑫张艳勤陈诣文谢俊严喻指导老师：沈星灿单位：化学化工学院《上海世博会旅游效应分析》作者: 刘金露容炼黄朝斌指导老师：孙涛单位：计信学院《桉树实生苗两种致病性病真菌的分离及其对农药敏感性的实验研究》作者：陈露英陆群凤李程指导老师：陆祖军单位：生命科学学院《基于标准化网络化的大学物理实验预习系统的设计及改进》作者：岑铬锋言秋莉唐伟林廖婵刘海玲吴英群指导老师：李丹胡君辉单位: 物理科学与技术学院《桂林两江四湖浮游生物调查及水质评价研究》作者：罗镇飞蒙琳竹白进武李颖黄明科莫俐烨指导老师：于方明周振明陈朝述单位：环境与资源学院三等奖（19份）《新课改下低成本高智慧的物理应用教学模型》作者：陈春禧党林魏莹芬指导老师：王力虎梁维刚单位：物理科学与技术学院《广西当归藤中活性成分初探》作者：张革蒙春燕吴星燕指导老师：杨瑞云单位：化学化工学院《几种珍稀藏药蕨类植物的显微鉴定》作者：王剑峰王德平唐秀观马玉珍戴立思指导老师：王任翔单位：生命科学学院《基于时间序列的桂林市旅游生态足迹动态分析》作者：吴进群李玉清谭丽邓小惠白进武李萍霞指导老师: 杨青华单位：环境与资源学院《等离子体协同改性C去除甲醛的实验研究》作者：蒙晰杨著松李文林雷超荣潘明伟覃傅斌指导老师：蒙冕武刘庆业单位：环境与资源学院《广西猫儿山蜻蜓目初步分类研究>作者：廖代军潘冬陈媛黄宝月指导老师：黄建华单位：生命科学学院《漓江源区居民生态保护调查与生态补偿机制研究》作者: 翟佩雯黎树芹黄玉婷谢雍馨黄任指导老师：李晖王月单位：环境与资源学院《随机环境下保险公司红利贴现分析及算法实现》作者：吴校领陈家宁刘霞李宗桦指导老师：唐胜达《几类新的最优变重量光正交码》作者：吕运甫农艳华彭夏玲吴汶熹指导老师：吴佃华单位：数学科学学院《厌氧折流板反应器（BR)处理制糖废水效果的试验探究》作者：韩旭黄义鹏覃彩靴雷欢卢禹豪王立媛指导老师：宿程远单位：环境与资源学院《5-巯基-四氮唑-1-甲基磺酸钠的金属配合物的合成及性质研究》作者：钟秀娣指导老师：于青单位：化学化工学院《金属膦酸配合物的合成及性质研究》作者：黄云峰指导老师：边贺东单位：化学化工学院《高校招生与就业模型研究及应用》作者：刘巧玲黄海燕曾秋萍蓝祯指导老师：钟祥贵单位：数学科学学院《鳄蜥种群生存建模与分析》作者：林明进韦永旺容蓉车龙敏指导老师：唐胜达《KCl/NOH处理龙眼壳对碱性染料吸附的动力学及热力学研究》作者：李余杰苏国孟周杰光徐玲凤曾秋容指导老师：康彩艳单位：环境与资源学院《低碳旅游景区评价系统构建》作者：李建鸿覃彩连孙瑛敏指导老师：王月单位：环境与资源学院《广西河池湿地植物多样性的研究》作者：黄淑彬罗小练蓝美儿陈港指导老师：梁士楚单位：生命科学学院《广西田径项目残疾人运动员心理健康现状及相关因素的研究》作者：秦尉富张兆龙指导老师：李志清单位：体育学院《关于测量冰的熔解热实验仪器改进的探究》作者: 唐嘉欣指导老师：赵子珍单位：物理科学与技术学院鼓励奖（28份）《桉树在桂林的引种现状调查及对生态系统的影响》作者: 戴立思徐超刘浩冯慧喆张海涛指导老师：马姜明单位：生命科学学院《/O一体化曝气生物滤池脱氮除磷效能的试验研究》作者: 李福英吕宏虹谭霖王佳曹晓洁李玉强朱江南指导老师：宿程远单位：环境与资源学院《那坡靖西苔藓植物物种及其分布情况调查》作者: 刘付永清孔繁茂黄艳红马艳英梁馨月指导老师：谢强单位：生命科学学院《立足高中物理教学开展科普教育》作者: 周文清覃钊雄李冬平指导老师：刘小兵单位：物理科学与技术学院《反渗透膜制终端饮水的安全性研究》作者: 庞小燕李卓周姗姗黄俞荣黄意陈晶黄小玲吕明指导老师：宿程远蒋瑜单位：环境与资源学院《荸荠的离体组织培养和多倍体诱导的研究》作者: 何运林施明霞杜丽娜刘莉莲许文丽指导老师：刘华英单位：生命科学学院《一类特殊脉冲振动系统的周期解》作者: 李臣玲卢春波指导老师：冯春华单位：数学科学学院《广西百色市湿地植物调查》作者: 胡仁传冷讲明李文静陈彦澂黄冬红指导老师：梁士楚单位：生命科学学院《广西红辉沸石对甲醛的吸附性研究及其应用初探》作者: 潘月春陆均彭秋玲刘珍莫荣志指导老师：崔天顺李云亭单位：环境与资源学院《基于SPI的近50年来广西干旱时空分布特征》作者: 张天天潘菲梁菲菲杨彬彬傅海渊指导老师：翟禄新单位：环境与资源学院《广西中小学师资需求量预测及建议》作者: 刘培超潘金兰黄利华指导老师：无单位：数学科学学院《随机环境下保险公司破产概率》作者：郑萍萍韦春园程小红宁春波莫崇星指导老师：唐胜达单位：数学科学学院《桂北地区夏季发酵床对肥育猪生产性能肉品质的影响》作者：孔繁茂梁立为何亮李育冰指导老师：宾石玉单位：生命科学学院《漓江光倒刺鲃桂林金线鲃国家级水产种质资源保护区鱼类资源现状调查》作者：黄金清韦晓莲李青芳陈亨郑容指导老师：李高岩单位：生命科学学院《新型奥比沙星-稀土配合物的稳定性研究》作者：苏金莲汪明霞韦铁干指导老师：刘延成单位：化学化工学院《添加抗坏血酸对短毛蓼修复锰污染土壤效应的影响研究》作者：黄青贤卢锦怡吴韦婷潘明伟蓝飞巧指导老师：邓华单位：环境与资源学院《MP风险过程红利支付首达时算法实现》作者：汪清黄世辉金爱教指导老师：唐胜达单位：数学科学学院《广西玉林市湿地植物多样性与环境保护分析》作者：梁岸丽张莉媚李晓敏江绍峰杨道雪指导老师：梁士楚单位：生命科学学院《不同蛋白质水平日粮对竹鼠生长的影响研究》作者：陈小勤韦明君玉晓琳指导老师：宾石玉单位：生命科学学院《桂林地区旅游气候适宜度的模糊综合评判》作者：梁菲菲潘菲张天天雷耀骏指导老师：李晖翟禄新王月单位：环境与资源学院《广西区气温降水变化趋势分析》作者：何艳梅杨艳辉叶仿敏指导老师：翟禄新单位：环境与资源学院《社会转型期我国乒乓球俱乐部双轨制的运作特征与发展趋势》作者：陈秋芬指导老师：谢翔单位：体育学院《基于灰色系统理论的桂林旅游需求预测与分析》作者：何海生江斌妮庞琼新黄任指导老师：李晖翟禄新王月单位：环境与资源学院《桂林漓江沿岸丛藓科植物分布及区系研究》作者：易沭彤卢永彬黄旺肖琳卢召阳指导老师：谢强单位：生命科学学院《桂林市桂花树土地适宜性评价》作者：黄雨暄黄丽娟吴良勤指导老师：杨青华翟禄新单位：环境与资源学院《课堂教学的组织化构想——基于高中数学课堂的维度》作者：潘健梁娟指导老师：叶蓓蓓单位：数学科学学院《两种不同喂养方式对断奶香猪生长的影响》作者：贾金生杨道雪夏洪兰王尧尧阎维巍指导老师：宾石玉单位：生命科学学院《气体压强模拟演示仪》作者：程樱刘媚徐桦指导老师：无单位：物理科学与技术学院哲学社会科学类学术论文一等奖（3份）《论壮族民歌产业化的形式及其发展模式构建》作者：何雨霞潘雯娟何倩指导老师：吴晓山单位：历史文化与旅游学院《桂林低碳旅游的发展路经研究——以国家旅游综合改革试验区建设为视角》作者：黄莉韦多罗莉莉张韵竹梁洁兰杨金兰指导老师：吴晓山单位：历史文化与旅游学院《唐宋时期桂、邕、容、柳四州文人活动研究》作者：杨颖江枫覃红双周扬志指导老师：莫道才单位：文学院二等奖（7份）《广西北部湾经济区区域形象战略研究》作者：吴冠淑林敏徐春兰甘花指导老师：吴晓山单位：历史文化与旅游学院《大学生社会主义核心价值观教育载体的发展与创新》作者：卢俞成指导老师：林春逸单位：政治与行政学院《广西北部湾经济区邮轮产业现状与发展研究》作者：曹庆张欣罗军凤唐慧玲梁艳榕指导老师：吴晓山单位：历史文化与旅游学院《《粤风》名物考证及民风研究——以明清时期广西浔州地区为例》作者：袁子微莫莉吴鑫鹏指导老师：胡大雷单位：文学院《县域茶文化及产业化发展研究—以凌云白毫茶为例》作者：吴廷珊何晓琳韦惠玲石艳萍指导老师：沈继松单位：历史文化与旅游学院《广西壮族提线木偶艺术的保护传承与创新—以靖西提线木偶为例》作者：何长龙余鹏熊一帆黄小巧韦林思慧指导老师：周晓霞单位：音乐学院《广西北路壮剧的现状调查研究——以广西百色市田林县为例》作者：梁业顺雷茜指导老师：高敏单位：音乐学院三等奖（28份）《公权力与私权利的冲突—由江西宜黄强拆事件透视现今中国的私权保护》作者：黄江凤唐承菲廖家展张讳李丽清指导老师：郭剑平单位：法学院《“红瑶反绣技艺”非物质文化遗产现状调查及其未来发展方向研究》作者：杨芳云包桂华陈春燕陆春玲苏莉指导老师：陈菊单位：教育科学学院《桂林会仙岩溶湿地修复工程对占用耕地的补偿及工程的经济效益的调查与研究》作者：王连明叶自忠姚岚杨昌艳邱杰朱容成指导老师：吴玉鸣单位：经济管理学院《苗族节日的功能及变迁探讨——以广西融水闹鱼节为例》作者：陈金梅指导老师：徐赣丽单位：文学院《边疆族群的互动过程——以明古田起义为中心》作者：卢晓玲朱燕叶泽覃杰伟指导老师：江田祥单位：历史文化与旅游学院《少数民族文化在主客位视野中的差异及其原因探析》作者：陆潇玲指导老师：海力波韦世柏单位：文学院《地缘政治视角下东盟安全共同体的嬗变与重构（1991—2009》作者：黑子栋指导老师：张才圣单位：政治与行政学院《广西北部湾旅游广告现状与发展研究》作者：李婕杨依里温静邹超群蓝冬梅指导老师：吴晓山单位：职业技术师范学院《乡村生态旅游企业化经营及发展策略——以桂林市大圩古镇“合作社”+“休闲农庄”+“企业”模式探索》作者：黄榕成指导老师：韦永志单位：经济管理学院《国际视野下的爱国主义教育新探——以桂林市区美国援华空军飞虎队事迹为释例》作者：林秋汶罗秀霞肖禄贵指导老师：唐凌单位：历史文化与旅游学院《文化视角下的黄姚古镇旅游工艺品开发探析》作者：欧明斌凌秀瑛庞惋婷叶桂铭韦江华陆美新指导老师：刘道超单位：历史文化与旅游学院《prphrse(英语同义表达法）在综合英语课堂的应用研究》作者：刘雨田臧瑜刘婧雯李小娟黄慧洁韦燕燕指导老师：陈吉棠蔡马兰单位：外国语学院《桂林漓江徒步旅游发展研究》作者：宋根生唐嘉樱许杏先杨海杨杰指导老师：陆军单位：历史文化与旅游学院《广西北部湾经济区人力资源开发的对策研究》作者：杨经纬沈婕苏丹妮郭婷婷李煜明指导老师：廖明岚单位：经济管理学院《侗族婚姻习惯法在司法适用中的研究——以三江侗族自治县八江乡和林溪乡为例》作者：杨高策指导老师：周世中单位：法学院《新课程背景下高考语文现代文阅读试题研究》作者：王金玉指导老师：陈玉秋单位：文学院《从非主流经济学视角看少数民族传统节庆体育活动的困境与对策》作者：黎晓春指导老师：陆元兆单位：体育学院《泰国留学生三组普通话辅音的声学实验研》作者：梁晓丽指导老师：关英伟单位：文学院《大学生生命愿景在压力感与自杀倾向关系中的中介效应研究》作者：杨丽丽包广华吴晓薇周雪芳韦羡平指导老师：余欣欣单位：教育科学学院《漓江流域生态补偿机制构建的初探——以漓江猫儿山至溶江段生态环境为考察对象》作者：黄一峰宋厚鹰王龙叶秀清冯彩线王芯彤指导老师：李健柳单位：法学院《追寻历史足迹发扬师大精神——从广西省立师范专科学校到国立南宁师范学院》作者：潘秋波莫婷婷李晓指导老师：江田祥单位：历史文化与旅游学院《民国时期广西女性从业状况研究》作者：唐秋菊檀业雪张霈祺廖静霞指导老师：颜小华单位：历史文化与旅游学院《引领与协作——师徒制对高校教师生活的影响》作者：梁丽玲王昊宁吴衍廖均媚韦永妍苏铭玉指导老师：王彦单位：教育科学学院《广西红水河流域绣排球比赛项目市场化运作策划》作者：阳芳陆元兆张丹丹周丽云谢雄健指导老师：陆元兆单位：体育学院《复合汉字心理旋转中整体或局部优先效应的研究》作者：黄民盼李怡莲陈柳君梁雨青指导老师：李宏翰单位：教育科学学院《广西少数民族特色乐器工艺品产业的开发研究》作者：陈文颖韩玮指导老师：高敏单位：音乐学院《大学生乡村体育支教实践活动研究——以广西师范大学体育学院支教为例》作者：陈培胜胡媛媛黎琼芳张本勇韦恩伟覃涛指导老师：李志清向先孟蒙红光单位：体育学院《提高高校外语第二课堂活动实效途径初探--以广西桂林市高校为例》作者：陈力榕林余丽张燕燕黄春光罗玉泉指导老师：禤推鸰单位：外国语学院鼓励奖（29份）《广西永福罗田“百姓话”考察》作者：李征指导老师：关英伟单位：文学院《论社会工作者在解决桂林自闭症机构发展面临的问题中发挥的作用》作者：陈金辉关卉吴远姜国初指导老师：覃琮单位：法学院《公共政策执行中的市民参与问题研究》作者：张珍为指导老师：范红单位：政治与行政学院《论当今陶瓷业的发展问题--以广西陶瓷名城北流市仲礼企业为例》作者：刘晓霞罗丽君梁继心林秋霞杨丹指导老师：禤推鸰单位：外国语学院《浅析英汉语言中颜色词的等级文化内涵差异》作者：韦彩云陆碧莲王嘉睿指导老师：孙音黄兴运单位：外国语学院《论隐喻在狄金森死亡诗歌中的表现》作者：谢水倩樊梦艳指导老师：黄兴运单位：外国语学院《浅谈英文商标的汉译--音美意美形美》作者：廖琴婕吴滢滢周展宇温薇薇指导老师：孙音黄兴运单位：外国语学院《论广告翻译中的文化差异-浅析中英中广告中语言与文化差异及其对广告翻译的影响》作者：陈建珍谢玲慧石方玉罗吕君刘淇元指导老师：黄世香单位：外国语学院《少数民族体育运动对增强农村社区凝聚力的作用分析》作者：梁然指导老师：郭李亮单位：体育学院《无氧代谢方式下低氧训练动物模型研究》作者：李春兰指导老师：谢翔单位：体育学院《我国立法中对公民个人利益保护的完善——论《国有土地上房屋征收与补偿条例（征求意见稿）》作者：梁晓梅朱晓莹盘代玉指导老师：李燕单位：法学院《从广西对外贸易发展史看北部湾经济区音乐教育发展前景》作者：李琼琼李金静指导老师：董灵单位：音乐学院《浅析当代中国流行音乐中网络歌曲的现状及启示》作者：孙洁原媛指导老师：庞荣单位：音乐学院《在危机管理中非营利组织与政府的关系探究》作者：蓝杬指导老师：潘秀珍单位：政治与行政学院《广西防城港构建水上全民健身休闲区的可行性研究—以广西中越双边龙舟赛为个案》作者：谢雄健指导老师：赵芳单位：体育学院《自制教具对于物理实验教学功能的调查研究与教学实践》作者：陈年庆陈慧基指导老师：吕柯单位：物理科学与技术学院《"韩潮"来袭，当代大学生如何应对--论韩剧在广西师范大学学生中的影响》作者：吴梅芳刘春宇孙立荣邓霞邓梅芳蒋春阳指导老师：高金林禤推鸰单位：外国语学院《民族文化进校园的现实困境——以广西壮族自治区为例》作者：禚笑言甘徐妍指导老师：覃德清单位：文学院《广西师范大学啦啦队现状与影响因素分析》作者：黄龙嘎指导老师：李丽单位：体育学院《浅析魏书生语文教学的思想与方法——新课程教学理念下的再认识》作者：李欣洁指导老师：陈秀玲单位：文学院《《画山水序》中的道家思想及对唐代画论的影响》作者：吕玉娇指导老师：李建单位：美术学院《中国文字发展体现的秩序进程——大篆向小篆的发展历程》作者：莫鞠聪指导老师：黎东明单位：美术学院《广西万村农民篮球大赛与农民健身工程建设初探》作者：黄礼娟指导老师：赵芳单位：体育学院《民康工程实施背景下对广西壮乡传统民间社团影响的研究》作者：程钦东指导老师：陈照斌单位：体育学院《广西千万青少年学生阳光体育运动的效果评估》作者：梁继航指导老师：杨永亮单位：体育学院《刘禹锡白居易唱和诗研究》作者：肖琛婵指导老师：胡大雷单位：文学院《中国联通3G产品研究及其弊端》作者：连莲容方滢指导老师：马一博单位：计算机科学与信息工程学院《以女性攻心为题材的影视文化对女大学生价值观的影响》作者：文雅恒姚苑韦芳苑周娥妮梁晓芳指导老师：杨森清单位：文学院《人的解放：马克思理论探索的主旨和实践诉求》作者：叶韵指导老师：林春逸单位：政治与行政学院社会调查报告学术论文一等奖（4份）《新农村建设中土地流转的实践问题与对策——广西富川瑶族自治县农村土地流转调查研究》作者：黄晓津李艺谭银琼郑悬悬肖立军指导老师：林春逸汤志华单位：政治与行政学院《抗日战争文化遗产保护与利用研究——以广西为研究中心》作者：席钦钦马嘉凤刘辉莫显然指导老师：李闰华单位：历史文化与旅游学院《广西融水芒篙祭祀活动中的美术与文化》作者：彭凌飞张敏李萍韦旭阳指导老师：张景鸿单位：美术学院《桂林市会仙湿地的水质情况调查和保护策划》作者：杨必俊邓秋菊黄安然陈国标宁振峰黄辉黄秋叶指导老师：余丽娟单位：环境与资源学院二等奖（12份）《桂北旅游区失地农民权益受损现状调查及解决对策探究—以阳朔临桂兴安为例进行的法律考察》作者：乐永兴韦嘉燕指导老师：欧仁山蒋菲单位：法学院《传承民族精髓，铸造城市之魂——对防城港建设以“马援文化”为核心的海洋文化名城的调查与思考》作者：陈彦谷黄玉桂闭婷婷邓定冼俞任苏维指导老师：尹鑫单位：政治与行政学院《近三百年来漓江流域水环境变迁的历史调查》作者：何春玲梁展源覃雪比林倩农伟指导老师：刘祥学单位：历史文化与旅游学院《走好撤并之路，让农村孩子共享优质教育——对广西南宁桂林钦州三地区农村中小学撤点并校的探究》作者：罗正宇李少美朱春燕包小方梁秋菊宁丁指导老师：廖和平刘琼豪单位：政治与行政学院《硕士新生的角色适应与心理健康研究》作者：林斗秀权方英熊慧素钟敏锐欧晓莉李雪榴赵伯妮指导老师：李宏翰单位：教育科学学院《桂林市区抗战历史文化遗迹遗存现状调查与保护研究》作者：陈荫福黄国华指导老师：蓝武单位：历史文化与旅游学院《傩面的背后——广西环江“毛南族傩舞”田野考察与研究》作者：赖程程指导老师：黄小明单位：音乐学院《漓江流域环境现状调查及生态健康评价》作者：陈耀辉覃傅斌冼俞任项婷吴权权凌梦瑶杨卓锦黄慧指导老师：邓晓军李宇杰练琪单位：环境与资源学院《中国特色“草根”民主现状与发展探究——以广西宜州合寨村为例》作者：陈沛奇苏荣玲陆相龙朱雪萍覃菲陈芝贤指导老师：林春逸单位：政治与行政学院《桂林旅游演艺发展现状的调查研究》作者：陆晓凤伍伟思周智丘泉清指导老师：林刚单位：历史文化与旅游学院《农村留守儿童积极情绪与心理弹性的相关研究》作者：权方英林斗秀李韦嫦熊慧素欧晓莉钟敏锐林萱邵帅指导老师：李宏翰单位：教育科学学院《广西文场的传承与保护研究》作者：郭玲梁效永董琦宋艳指导老师：阙真单位：文学院三等奖(40份)《关于少数民族国家认同感与民族认同感的调查（以西南地区为例）》作者：刘冬亚韦施伊贾丽珍盘春娥蓝薇薇指导老师：莫道才单位：文学院《长寿乡里探历史度戒仪式寻发展—广西巴马蓝靛瑶“度戒”仪式的社会历史调查研究》作者：李恒罗秀雅黄玉丹廖光甜凌丽凤指导老师：凌小萍单位：政治与行政学院《完善群体性纠纷解决机制促进和谐社会建设》作者：史朋彬陈孜傅雅尤海林曹涌波指导老师：付健单位：法学院《广西农村发展低碳经济的困境与出路研究——基于桂林市全州县农村消费者消费行为的调查》作者：陆建龙钟佩珠伍阳月俸春梅盆贵理指导老师：阳芳单位：经济管理学院经济学《桂南采茶戏：能否重散芬芳溢四方？—以广西博白县采茶戏调查为例》作者：阮小菊黄绍振蔡桂静陶永秀。
基于线粒体Cyt_b_基因序列的4_个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析
江苏农业学报(ＪｉａｎｇｓｕＪ.ｏｆＡｇｒ.Ｓｃｉ.)ꎬ２０２４ꎬ４０(２):３４２￣３４７ｈｔｔｐ://ｊｓｎｙｘｂ.ｊａａｓ.ａｃ.ｃｎ刘士力ꎬ陈大伟ꎬ朱鹏灿ꎬ等.基于线粒体Ｃｙｔｂ基因序列的４个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０２４ꎬ４０(２):３４２￣３４７.ｄｏｉ:１０.３９６９/ｊ.ｉｓｓｎ.１０００￣４４４０.２０２４.０２.０１６基于线粒体Ｃｙｔｂ基因序列的４个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析刘士力１ꎬ㊀陈大伟１ꎬ２ꎬ㊀朱鹏灿３ꎬ㊀郑建波１ꎬ㊀夏冯博１ꎬ㊀程㊀顺１ꎬ㊀蒋文枰１ꎬ㊀迟美丽１ꎬ㊀杭小英１ꎬ㊀李㊀飞１(１.浙江省淡水水产研究所农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室/浙江省淡水水产遗传育种重点实验室ꎬ浙江湖州３１３００１ꎻ２.上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室ꎬ上海２０１３０６ꎻ３.湖州融晟渔业科技有限公司ꎬ浙江湖州３１３１０５)收稿日期:２０２３￣０４￣２３基金项目:浙江省财政专项(２０２４ＣＺＺＸ０２)ꎻ国家淡水水产种质资源库项目(ＦＧＲＣ１８５３７)作者简介:刘士力(１９８５－)ꎬ男ꎬ湖北洪湖人ꎬ博士研究生ꎬ助理研究员ꎬ研究方向为水生动物遗传育种ꎮ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｌｉｕｓｈｉｌｉ１２１２＠１２６.ｃｏｍ通讯作者:李㊀飞ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｌｉｆｅｉｂｅｓｔ１０２２＠１６３.ｃｏｍ㊀㊀摘要:㊀黄尾鲴(Ｘｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类ꎬ为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响ꎬ利用线粒体ＤＮＡ细胞色素ｂ基因(Ｃｙｔｂ)对４个养殖群体的遗传多样性进行研究ꎬ旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据ꎮ结果显示ꎬ在编码Ｃｙｔｂ的１１４０ｂｐ序列中ꎬ检测到１５７个变异位点ꎬ界定了２１种单倍型ꎬ其中长兴㊁双浦㊁八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为１０个㊁１１个㊁７个和２个ꎬ单倍型多样性介于０.２２６~０ ７９４ꎬ核苷酸多样性介于０.００６１４~０.０２３８６ꎮ除醴陵群体遗传多样性较低外ꎬ其余３个养殖群体的遗传多样性具有高单倍型数和高核苷酸多样性的特点ꎮ４个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离为０.０１８７４~０.０９２７４ꎬ遗传分化指数为０.８０８６３(Ｐ<０ ０１)ꎬ其中长兴和八里店群体的分化程度较低ꎬ双浦和醴陵群体的分化程度较高ꎬ且遗传变异主要发生在群体间ꎮ本研究结果可从分子水平为黄尾鲴的资源保护和人工增殖放流提供参考依据ꎮ关键词:㊀黄尾鲴ꎻ养殖群体ꎻＣｙｔｂ基因ꎻ遗传多样性中图分类号:㊀Ｓ９６５.１２４ꎻＱ７５㊀㊀㊀文献标识码:㊀Ａ㊀㊀㊀文章编号:㊀１０００￣４４４０(２０２４)０２￣０３４２￣０６ＧｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎａｌｙｓｉｓｏｆｆｏｕｒｃｕｌｔｕｒｅｄＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｂａｓｅｄｏｎｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＣｙｔｂｇｅｎｅｓｅｑｕｅｎｃｅＬＩＵＳｈｉ￣ｌｉ１ꎬ㊀ＣＨＥＮＤａ￣ｗｅｉ１ꎬ２ꎬ㊀ＺＨＵＰｅｎｇ￣ｃａｎ３ꎬ㊀ＺＨＥＮＧＪｉａｎ￣ｂｏ１ꎬ㊀ＸＩＡＦｅｎｇ￣ｂｏ１ꎬ㊀ＣＨＥＮＧＳｈｕｎ１ꎬ㊀ＪＩＡＮＧＷｅｎ￣ｐｉｎｇ１ꎬ㊀ＣＨＩＭｅｉ￣ｌｉ１ꎬ㊀ＨＡＮＧＸｉａｏ￣ｙｉｎｇ１ꎬ㊀ＬＩＦｅｉ１(１.ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＨｅａｌｔｈｙＦｒｅｓｈｗａｔｅｒＡｑｕａｃｕｌｔｕｒｅꎬＭｉｎｉｓｔｒｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅａｎｄＲｕｒａｌＡｆｆａｉｒｓ/ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＦｒｅｓｈｗａｔｅｒＡｑｕａｔｉｃＡｎｉｍａｌＧｅｎｅｔｉｃａｎｄＢｒｅｅｄｉｎｇｏｆＺｈｅｊｉａｎｇＰｒｏｖｉｎｃｅꎬＺｈｅｊｉａｎｇＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＦｒｅｓｈｗａｔｅｒＦｉｓｈｅｒｉｅｓꎬＨｕｚｈｏｕ３１３００１ꎬＣｈｉｎａꎻ２.ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＥｘｐｌｏｒａｔｉｏｎａｎｄＵｔｉｌｉｚａｔｉｏｎｏｆＡ￣ｑｕａｔｉｃＧｅｎｅｔｉｃＲｅｓｏｕｒｃｅｓꎬＭｉｎｉｓｔｒｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅａｎｄＲｕｒａｌＡｆｆａｉｒｓꎬＳｈａｎｇｈａｉＯｃｅａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＳｈａｎｇｈａｉ２０１３０６ꎬＣｈｉｎａꎻ３.ＨｕｚｈｏｕＲｏｎｇｓｈｅｎｇＦｉｓｈｅｒｙＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙＣｏ.ꎬＬｔｄ.ꎬＨｕｚｈｏｕ３１３１０５ꎬＣｈｉｎａ)㊀㊀Ａｂｓｔｒａｃｔ:㊀ＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉｉｓｏｎｅｏｆｔｈｅｍａｉｎｆｉｓｈｓｐｅｃｉｅｓｔｈａｔａｒｅｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｅｄａｎｄｒｅｌｅａｓｅｄｉｎｔｏｔｈｅｎａｔｕｒａｌｗａｔｅｒｓｏｆＺｈｅｊｉａｎｇｐｒｏｖｉｎｃｅ.ＴｏｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｔｈｅｉｍｐａｃｔｏｆａｒｔｉｆｉｃｉａｌｂｒｅｅｄｉｎｇｏｎｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＸ.ｄａｖｉｄｉａｎｄｐｒｏｖｉｄｅｂａｓｉｃｄａｔａｆｏｒｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎａｎｄｉｍｐｌｅｍｅｎｔａｔｉｏｎｏｆｐｒｏｌｉｆｅｒａ￣ｔｉｎｇａｎｄｒｅｌｅａｓｉｎｇｓｔｒａｔｅｇｉｅｓｆｏｒＸ.ｄａｖｉｄｉꎬｔｈｅｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉ￣ａｌＤＮＡｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅｂ(Ｃｙｔｂ)ｇｅｎｅｗａｓｕｓｅｄｔｏｓｔｕｄｙｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆｆｏｕｒｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ.Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔ１５７ｖａｒｉａｔｉｏｎｓｉｔｅｓｗｅｒｅｄｅｔｅｃｔｅｄｉｎｔｈｅ１１４０２４３ｂｐｓｅｑｕｅｎｃｅｔｈａｔｅｎｃｏｄｅｄｔｈｅＣｙｔｂｇｅｎｅꎬａｎｄ２１ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓｗｅｒｅｄｅｆｉｎｅｄ.ＡｍｏｎｇｔｈｅｍꎬｔｈｅｈａｐｌｏｔｙｐｅｎｕｍｂｅｒｓｉｎＣｈａｎｇｘ￣ｉｎｇꎬＳｈｕａｎｇｐｕꎬＢａｌｉｄｉａｎａｎｄＬｉｌｉｎｇｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｗｅｒｅ１０ꎬ１１ꎬ７ａｎｄ２ꎬｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ.Ｔｈｅｈａｐｌｏｔｙｐｅｄｉｖｅｒｓｉｔｙｒａｎｇｅｄｆｒｏｍ０ ２２６ｔｏ０ ７９４ꎬａｎｄｔｈｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｄｉｖｅｒｓｉｔｙｒａｎｇｅｄｆｒｏｍ０.００６１４ｔｏ０.０２３８６.ＴｈｅＬｉｌｉｎｇｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｈａｄｌｏｗｇｅｎｅｔｉｃｄｉ￣ｖｅｒｓｉｔｙꎬｗｈｉｌｅｔｈｅｏｔｈｅｒｔｈｒｅｅｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｗｅｒｅｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄｂｙｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｗｉｔｈｌａｒｇｅｈａｐｌｏｔｙｐｅｎｕｍｂｅｒａｎｄｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｄｉｖｅｒｓｉｔｙ.ＴｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｓａｍｏｎｇｆｏｕｒｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＸ.ｄａｖｉｄｉｒａｎｇｅｄｆｒｏｍ０.０１８７４ｔｏ０.０９２７４ꎬａｎｄｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｉｎｄｅｘｗａｓ０.８０８６３(Ｐ<０ ０１)ꎬａｍｏｎｇｗｈｉｃｈｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｄｅｇｒｅｅｓｂｅｔｗｅｅｎＣｈａｎｇｘｉｎｇａｎｄＢａｌｉｄｉａｎｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｗｅｒｅｌｏｗꎬａｎｄｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｄｅｇｒｅｅｓｂｅｔｗｅｅｎＳｈｕａｎｇｐｕａｎｄＬｉｌｉｎｇｐｏｐｕｌａ￣ｔｉｏｎｓｗｅｒｅｈｉｇｈ.Ｍｏｒｅｏｖｅｒꎬｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｍａｉｎｌｙｏｃｃｕｒｒｅｄｂｅｔｗｅｅｎｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ.Ｔｈｅｓｔｕｄｙｒｅｓｕｌｔｓｃａｎｐｒｏｖｉｄｅｒｅｆｅｒ￣ｅｎｃｅｆｏｒｒｅｓｏｕｒｃｅｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎａｎｄａｒｔｉｆｉｃｉａｌｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎａｎｄｒｅｌｅａｓｉｎｇｏｆＸ.ｄａｖｉｄｉａｔｍｏｌｅｃｕｌａｒｌｅｖｅｌ.Ｋｅｙｗｏｒｄｓ:㊀ＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉꎻｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎꎻＣｙｔｂｇｅｎｅꎻｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙ㊀㊀黄尾鲴隶属于鲤科(Ｃｙｐｒｉｎｉｄａｅ)鲴亚科(Ｘｅｎｏ￣ｃｙｐｒｉｎａｅ)鲴属(Ｘｅｎｏｃｙｐｒｉｓ)[１￣２]ꎬ是一种分布于中国黄河㊁长江㊁闽江㊁珠江等流域的中小型淡水经济鱼类ꎮ黄尾鲴食性较广ꎬ以藻类及植物碎片㊁有机物碎屑为饵料ꎬ兼食浮游动物和底栖动物ꎬ能够净化水质ꎬ具有很高的经济价值和生态功能价值[３]ꎮ目前ꎬ黄尾鲴已被列为浙江省主要增殖放流的鱼类之一ꎮ当前ꎬ有关黄尾鲴的研究报道主要与黄尾鲴的生物学参数㊁生长特性以及繁育㊁养殖技术等有关ꎮ线粒体ＤＮＡ细胞色素ｂ基因(Ｃｙｔｂ)进化速率适中ꎬ替换㊁缺失和插入等突变能够稳定持续遗传ꎬ适用于种间㊁种内的遗传分析[４]ꎬ被广泛应用于水生动物遗传多样性分析[５￣１０]ꎮ刘士力等[７]以Ｃｙｔｂ基因序列作为分子标记ꎬ对马口鱼(Ｏｐｓａｒｉｉｃｈｔｈｙｓｂｉ￣ｄｅｎｓ)瓯江㊁钱塘江野生群体和八里店养殖群体进行了研究ꎬ为其种质资源的保护和利用提供了数据支持ꎮＷｕ等[８]利用Ｃｙｔｂ序列对太平洋中部８个大眼金枪鱼(Ｔｈｕｎｎｕｓｏｂｅｓｕｓ)群体进行分析ꎬ结果表明ꎬ大眼金枪鱼的遗传变异主要发生在群体内ꎬ并且可能在１１万年前出现过一次明显的种群扩张ꎮ赵文浩等[９]利用线粒体Ｃｙｔｂ序列对车尔臣河和渭干河的８个地理群体共１７４尾叶尔羌高原鳅(Ｔｒｉｐｌｏ￣ｐｈｙｓａｙａｒｋａｎｄｅｎｓｉｓ)进行了遗传学多样性和遗传结构分析ꎬ结果表明ꎬ塔里木河２条支流的叶尔羌高原鳅的群体内部遗传变异占整个遗传变异的９６ ５７％ꎬ存在显著的群体间基因交流现象ꎬ可将这８个叶尔羌高原鳅群体归为一个保护管理单元进行资源保护ꎮ李大命等[１０]利用Ｃｙｔｂ基因序列对太湖流域大银鱼(Ｐｒｏｔｏｓａｌａｎｘｃｈｉｎｅｎｓｉｓ)野生群体的遗传多样性进行了分析ꎬ结果表明ꎬ太湖大银鱼种群的遗传多样性较高ꎬ有较高的适应生存环境㊁进化潜能以及较高的遗传育种改良潜力ꎮ关于黄尾鲴遗传资源的分子研究还不多ꎮ张峻德等[１１]利用线粒体ＣＯＩ基因序列对千岛湖３个码头的４８尾黄尾鲴的遗传资源状况进行了分析ꎬ共发现４个单倍型ꎬ且富文和临岐２个码头的黄尾鲴群体遗传分化显著ꎮ张宏等[１２]利用线粒体ＣＯＩ基因进行遗传多样性分析得出ꎬ千岛湖黄尾鲴群体和泾县㊁南昌县群体的遗传分化显著ꎮ郭爱环等[１３]基于微卫星标记对钱塘江上游黄尾鲴增殖放流效果进行了评估ꎬ研究结果为浙江省内陆水域水生生物的增殖放流活动提供了数据和技术支持ꎮＸｉａｏ等[１４]利用线粒体Ｃｙｔｂ序列分析了鲴亚科的黄尾鲴和其他６个种的进化关系ꎮ李琳等[１]利用Ｃｙｔｂ和ＣＯＩ序列评估了黄尾鲴与其他鲴亚科各物种的系统发育关系和分化时间ꎮ黄尾鲴具有较高的生态价值与经济价值ꎬ目前采用Ｃｙｔｂ基因序列对黄尾鲴进行群体遗传多样性的研究还不多ꎮ因此ꎬ通过线粒体Ｃｙｔｂ基因序列研究黄尾鲴群体的种群结构及遗传多样性状况ꎬ分析其遗传变异ꎬ可为其种群的保护提供参考ꎮ本研究拟对４个黄尾鲴养殖群体的线粒体细胞色素ｂ基因全长进行扩增ꎬ对这４个群体的遗传结构进行分析ꎬ以期为黄尾鲴的人工增殖放流策略的制定和实施㊁资源保护与合理开发提供基础数据和依据ꎮ同时ꎬ本研究拟获得的黄尾鲴线粒体Ｃｙｔｂ基因序列ꎬ可为其他黄尾鲴群体Ｃｙｔｂ基因序列的研究提供参考数据ꎮ１㊀材料与方法１.１㊀试验材料本研究所用黄尾鲴于２０２２年采自浙江长兴㊁双浦㊁八里店和湖南醴陵的４个黄尾鲴养殖基地ꎬ每个群体随机选取３２尾ꎬ共计１２８尾ꎮ剪取适量黄尾鲴尾鳍ꎬ用无水乙醇固定ꎬ储存于４ħ冰箱中ꎬ用于后３４３刘士力等:基于线粒体Ｃｙｔｂ基因序列的４个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析续的群体遗传学分析ꎮ１.２㊀试验方法１.２.１㊀ＤＮＡ提取、基因扩增与测序㊀使用苯酚￣三氯甲烷抽取法提取黄尾鲴尾鳍组织的ＤＮＡꎬ用１％琼脂糖凝胶电泳检测其完整性ꎮ参照黄尾鲴线粒体基因组序列(登录号:ＫＦ０３９７１８)应用ＰｒｉｍｅｒＰｒｅｍｉ￣ｅｒ６.０软件设计Ｃｙｔｂ扩增和测序的引物Ｃｙｔｂ￣Ｆ和Ｃｙｔｂ￣ＲꎮＣｙｔｂ￣Ｆ:５ᶄ￣ＧＡＣＴＴＧＡＡＧＡＡＣＣＡＣＣＧＴＴＧ￣３ᶄꎻＣｙｔｂ￣Ｒ:５ᶄ￣ＣＴＣＣＧＡＴＣＴＴＣＧＧＡＴＴＡＣＡＡＧＡＣ￣３ᶄꎬ引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成ꎮＰＣＲ反应体系和反应条件参照文献[１５]ꎮＰＣＲ扩增产物用１％琼脂糖凝胶进行电泳检测ꎬ合格后送生工生物工程(上海)股份有限公司采用上下游引物进行双向测序ꎮ１.２.２㊀序列分析㊀利用ＢｉｏＥｄｉｔ７.０软件进行序列比对ꎬ并对照原始序列峰图进行人工校对ꎮ应用Ｍｅｇａ７.０软件对碱基的含量进行计算ꎬ并采用邻接法基于Ｋｉｍｕｒａ ｓ２￣Ｐａｒａｍｅｔｅｒ模型建立系统进化树ꎮ运用ＤｎａＳＰ５.０软件计算单倍型多样性指数(ｈ)㊁单倍型数㊁变异位点数和核苷酸多样性指数(π)ꎮ在ＴＣＳ１.２１中用最大简约法构建单倍型网络图ꎮ通过ＤｎａＳＰ５.０软件分组计算并保存成ａｒｐ格式后ꎬ采用Ａｒｌｅｑｕｉｎ３.１软件进行分子方差分析(ＡＭＯＶＡ)ꎬ计算各群体间的遗传分化指数(Ｆｓｔ)ꎮ２㊀结果与分析２.１㊀黄尾鲴Ｃｙｔｂ基因碱基组成与变异分析本研究对４个黄尾鲴养殖群体１２８个样本的Ｃｙｔｂ基因进行了扩增和测序ꎬ得到了１２８条长度为１１５４ｂｐ的同源序列ꎬ提交ＧｅｎＢａｎｋ后获得登录序列号:ＯＱ５９９６０５~ＯＱ５９９７３２ꎮ选择其中１１４０ｂｐ编码Ｃｙｔｂ的序列用于下一步分析ꎮ结果显示ꎬ在１１４０个位点中存在变异位点１５７个ꎬ简约信息位点１５６个ꎬ分别占分析位点的１３ ８％和１３ ７％ꎮ碱基平均发生转换的概率(Ｔｓ)与发生颠换的概率(Ｔｖ)的比值(Ｔｓ/Ｔｖ)为７ ９６ꎮ４种碱基在１２８条序列中平均含量为２９ ２％(Ａ)㊁１４ ６％(Ｇ)㊁２７ ８％(Ｔ)和２８ ４％(Ｃ)ꎬ其中Ｇ的含量最低ꎬＡ＋Ｔ的含量为５７ ０％ꎬ明显高于Ｃ＋Ｇ的含量ꎮ醴陵黄尾鲴养殖群体碱基含量和其他３个浙江养殖群体有一定差异(表１)ꎮ㊀㊀在１２８个样本中发现了２１个单倍型(Ｈ１~Ｈ２１)ꎬ双浦黄尾鲴养殖群体具有１１个单倍型ꎬ其中９个单倍型是该群体独有的ꎬ另外２个单倍型分别与长兴和八里店黄尾鲴养殖群体共享ꎮ长兴和八里店黄尾鲴养殖群体的单倍型数目分别为１０个和７个ꎬ其中长兴黄尾鲴养殖群体包含八里店黄尾鲴养殖群体的所有单倍型ꎬ且另外３种单倍型为其特有单倍型ꎮ醴陵黄尾鲴养殖群体仅有２个单倍型ꎬ且是该群体独有的(表２)ꎮ表１㊀黄尾鲴４个养殖群体Ｃｙｔｂ基因序列的碱基组成Ｔａｂｌｅ１㊀ＮｕｃｌｅｏｔｉｄｅｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｏｆＣｙｔｂｇｅｎｅｓｅｑｕｅｎｃｅｉｎｆｏｕｒｃｕｌ￣ｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ群体㊀㊀碱基含量(％)ＡＧＴＣＡ＋ＴＣ＋Ｇ长兴２９.１１４.４２８.０２８.５５７.１４２.９双浦２９.２１４.７２８.０２８.１５７.２４２.８八里店２９.１１４.５２８.０２８.４５７.１４２.９醴陵２９.６１４.７２７.１２８.６５６.７４３.３平均２９.３１４.６２７.８２８.４５７.０４３.０表２㊀４个黄尾鲴养殖群体Ｃｙｔｂ基因序列的单倍型分布情况Ｔａｂｌｅ２㊀ＤｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｏｆｈａｐｌｏｔｙｐｅｓｉｎＣｙｔｂｓｅｑｕｅｎｃｅｓｉｎｆｏｕｒｃｕｌ￣ｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ单倍型数量(个)长兴双浦八里店醴陵总计Ｈ１３０１５０１８Ｈ２１４０１０１５Ｈ３２０４０６Ｈ４２０００２Ｈ５１０００１Ｈ６４０００４Ｈ７３１５０９Ｈ８１１１０３Ｈ９１０３０４Ｈ１０１０３０４Ｈ１１０３００３Ｈ１２０３００３Ｈ１３０１４００１４Ｈ１４０２００２Ｈ１５０３００３Ｈ１６０１００１Ｈ１７０１００１Ｈ１８０２００２Ｈ１９０１００１Ｈ２００００４４Ｈ２１０００２８２８４４３江苏农业学报㊀２０２４年第４０卷第２期２.２㊀黄尾鲴Ｃｙｔｂ基因遗传结构分析使用ＤｎａＳＰ(ｖｅｒｓｉｏｎ５.０)软件计算黄尾鲴４个养殖群体的遗传多样性参数ꎬ结果(表３)显示ꎬ４个群体的单倍型(０.２２６~０ ７９４)和核苷酸(０.００６１４~０.０２３８６)的多样性程度具有明显分化ꎮ醴陵群体只有２个单倍型ꎬ单倍型多样性(ｈ)和核苷酸多样性(π)分别仅为０ ２２６㊁０.００６１４ꎻ双浦群体的单倍型数最多ꎬ有１１个ꎻ八里店群体π最高ꎬ达０.０２３８６ꎮ表３㊀黄尾鲴４个养殖群体Ｃｙｔｂ基因序列的遗传多样性参数Ｔａｂｌｅ３㊀ＧｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｐａｒａｍｅｔｅｒｓｏｆＣｙｔｂｇｅｎｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｉｎｆｏｕｒｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ群体样本数(个)变异位点(个)单倍型数(个)单倍型多样性(ｈ)核苷酸多样性(π)长兴３２８９１００.７８８０.００９９１双浦３２８９１１０.７９４０.０１００５八里店３２８８７０.７４４０.０２３８６醴陵３２３１２０.２２６０.００６１４总体１２８１５７２１０.８９９０.０５２３８㊀㊀利用分子方差分析(ＡＭＯＶＡ)法对４个黄尾鲴养殖群体Ｃｙｔｂ基因序列的遗传差异进行分析ꎬ结果表明ꎬ黄尾鲴养殖群体间的Ｆｓｔ为０.８０８６３(Ｐ<０ ０１)ꎬ有８０ ８６％的遗传变异来自群体间ꎬ其余的遗传变异来自群体内(１９ １４％)ꎮ２.３㊀各群体遗传距离分析利用Ｍｅｇａ６.０软件计算４个黄尾鲴养殖群体的遗传距离ꎮ由表４可知ꎬ各黄尾鲴养殖群体间遗传距离为０.０１８７４~０.０９２７４ꎬ遗传距离差距较大ꎮ其中长兴与八里店黄尾鲴养殖群体的遗传距离最近ꎬ为０.０１８７４ꎻ双浦和醴陵黄尾鲴养殖群体的遗传距离最远ꎬ为０.０９２７４(图１)ꎮ运用Ａｒｌｅｑｕｉｎ计算各黄尾鲴养殖群体间的ＦｓｔꎬＦｓｔ为０.０４０１８~０.９０５０１ꎮ除了长兴与八里店黄尾鲴养殖群体之间的遗传分化指数较低外ꎬ其他任意２个黄尾鲴养殖群体间的遗传分化指数均在０.５００００以上ꎮ黄尾鲴养殖群体的单倍型网络关系(图２)显示ꎬ所研究的４个黄尾鲴养殖群体的单倍型具有一定的分化ꎮ醴陵㊁长兴㊁双浦和八里店黄尾鲴养殖群体的单倍型大致形成了３个部分ꎮ单倍型Ｈ１~Ｈ８形成了第一部分ꎬ以长兴和八里店黄尾鲴养殖群体的个体为主ꎮ第二部包括Ｈ９~Ｈ１９ꎬ双浦黄尾鲴养殖群体中的个体主要集中于这一部分ꎮ醴陵黄尾鲴养殖群体中的个体均属于第三部分ꎮ表４㊀黄尾鲴４个养殖群体群体间的遗传距离(对角线下方)和遗传分化指数(对角线上方)Ｔａｂｌｅ４㊀Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅ(ｂｅｌｏｗｄｉａｇｏｎａｌｌｉｎｅ)ａｎｄｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒ￣ｅｎｔｉａｔｉｏｎｉｎｄｅｘ(ａｂｏｖｅｄｉａｇｏｎａｌｌｉｎｅ)ａｍｏｎｇｆｏｕｒｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ群体长兴双浦八里店醴陵长兴－０.８４３０６０.０４０１８０.９０４６４双浦０.０６８０８－０.６９９６２０.９０５０１八里店０.０１８７４０.０６０４６－０.８２２６７醴陵０.０９１１２０.０９２７４０.０９１６９－图１㊀基于黄尾鲴Ｃｙｔｂ单倍型构建的邻接系统树Ｆｉｇ.１㊀Ｎｅｉｇｈｂｏｕｒ￣ｊｏｉｎｉｎｇｄｅｎｄｒｏｇｒａｍｂａｓｅｄｏｎＣｙｔｂｈａｐｌｏｔｙｐｅｏｆＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ３㊀讨论线粒体ＤＮＡ因其分子量小㊁结构简单㊁进化速度快㊁母性遗传等特征ꎬ已成为鱼类群体遗传结构和系统演化关系分析的重要工具[１６￣１７]ꎮ其中ꎬ线粒体Ｃｙｔｂ基因在线粒体ＤＮＡ中进化速度适中ꎬ作为重要的蛋白质编码基因被广泛应用于遗传结构分析中ꎮ本研究中获得的１２８个样本的Ｃｙｔｂ基因核苷酸分析结果显示ꎬＡ＋Ｔ的含量(５７ ０％)高于Ｇ＋Ｃ的含量(４３ ０％)ꎬ４种碱基中Ｇ的含量最低(１４ ６％)ꎮ这与大银鱼(Ｐｒｏｔｏｓａｌａｎｘｈｙａｌｏｃｒａｎｉｕｓ)[１８]和棘头梅童鱼(Ｃｏｌｌｉｃｈｔｈｙｓｌｕｃｉｄｕｓ)[１９]Ｃｙｔｂ基因序列中的研究结果一致ꎬ在这２种鱼中ꎬＡ＋Ｔ的含量均高于Ｇ＋Ｃ的含量ꎬ且Ｇ的含量最低ꎮ长兴黄尾鲴养殖群体种源来自于八里店ꎬ但其亲本是由历年多次采购的苗种培育而成ꎮＣｙｔｂ序列分析结果表明ꎬ长兴与八里店黄尾鲴养殖群体碱基组成更为接近ꎬ长兴黄尾鲴养殖群体包含了八里店黄尾鲴养殖群体的所有单倍型ꎬ遗传距离也是各黄尾鲴养殖群体之间最小的ꎬ两群体间仅存在轻度５４３刘士力等:基于线粒体Ｃｙｔｂ基因序列的４个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析图２㊀黄尾鲴４个养殖群体Ｃｙｔｂ基因单倍型的网络关系Ｆｉｇ.２㊀Ｍｅｄｉａｎ￣ｊｏｉｎｉｎｇｎｅｔｗｏｒｋｆｏｒｈａｐｌｏｔｙｐｅｓｏｆＣｙｔｂｇｅｎｅｉｎｆｏｕｒｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ遗传分化ꎬ这与实际情况一致ꎮ而醴陵黄尾鲴养殖群体明显具有不同的苗种来源ꎬ其与另外３个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离较远且遗传分化指数较高ꎮ通过分析发现醴陵黄尾鲴养殖群体遗传多样性相对较低ꎬ仅有２种单倍型ꎬ且绝大部分的个体属于其中１种单倍型ꎮ提示该批次黄尾鲴养殖群体可能由少量母系个体繁殖而来ꎬ逃逸至天然水域ꎬ容易对自然群体种质的遗传多样性造成影响ꎮ㊀㊀在本研究中ꎬ醴陵黄尾鲴养殖群体ｈ值(０ ２２６)低于０ ５００ꎬπ值(０ ００６１４)略高于０ ００５００ꎬ根据Ｇｒａｎｔ等[２０]的标准ꎬ群体符合鱼类第２种单倍型与核苷酸多样性组合ꎬ即低ｈ和高π类型ꎮ造成这个结果的原因可能是群体由于瓶颈效应后的快速扩增和变异的积累ꎮ其他３个群体属于高ｈ和高π类型ꎮ黄尾鲴绝对怀卵量为１ ２ˑ１０５~１ ７ˑ１０５粒/尾ꎬ人工繁殖技术水平已经获得突破ꎮ人工繁殖采用的亲本数量受到订单需求的影响ꎬ有采用较少亲本进行繁殖的可能ꎮ在避免人工养殖群体逃逸对野生资源产生影响的同时ꎬ制定科学的繁育策略预防群体遗传多样性降低也是非常重要的ꎮ㊀㊀评估群体分化的主要指标有群体间的遗传距离和遗传分化指数ꎮ根据Ｓｈａｋｌｅｅ等[２１]的研究结果ꎬ鱼类种群间遗传距离为０ ００２~０ ０６５ꎬ平均遗传距离为０ ０５０ꎬ本研究中部分群体间的遗传距离高于０ ０６５ꎮ这一方面可能是由于Ｓｈａｋｌｅｅ等[２１]提出的这个标准是基于蛋白质电泳分析结果ꎬ其所包含的多态性位点较少ꎻ另一方面说明本研究所分析的部分黄尾鲴养殖群体间存在显著的遗传分化ꎮ６４３江苏农业学报㊀２０２４年第４０卷第２期Ｗｒｉｇｈｔ[２２]采用遗传分化指数(Ｆｓｔ)作为衡量群体间遗传分化程度的标准ꎬ得出长兴和八里店群体间遗传分化指数小于０ ０５ꎬ表明存在轻度分化ꎮ本研究中其他任意２个群体间的遗传分化指数均大于０ ５ꎬ属于极高度分化ꎮ本研究中ꎬ种群间的遗传距离分析与Ｆｓｔ的分析结果相符ꎮ不同养殖群体间存在极高度分化ꎬ表明在放流时选择合适的种苗来源是比较重要的ꎮ张峻德等[１１]利用线粒体ＣＯＩ基因序列对千岛湖水库３个码头共４８尾黄尾鲴的遗传多样性进行了分析ꎬ仅发现４种单倍型ꎬＣＯＩ序列核苷酸和单倍型多样性均低于本研究中除醴陵外的其他３个黄尾鲴养殖群体ꎮ这说明Ｃｙｔｂ基因序列具有更高的序列多样性ꎮ因此ꎬ采用Ｃｙｔｂ基因序列进行遗传多样性分析可以作为ＣＯＩ基因序列分析的重要补充ꎬ为黄尾鲴的增殖放流及种质资源保护提供技术支持ꎮ目前ＧｅｎＢａｎｋ中黄尾鲴Ｃｙｔｂ基因序列数量较少ꎬ本研究获得的４个养殖群体的Ｃｙｔｂ数据是黄尾鲴种质数据的重要补充ꎮ本研究结果为黄尾鲴的种质资源放流评估㊁种群关系研究㊁保护和利用提供了重要参考依据ꎮ参考文献:[１]㊀李㊀琳ꎬ陈蔚涛ꎬ汤永涛ꎬ等.鲴亚科分子系统学研究[Ｊ].水生生物学报ꎬ２０２３ꎬ４７(４):６２８￣３６３.[２]㊀ＢＡＫＥＲＨＫꎬＨＡＮＫＩＮＳＤＣꎬＳＨＵＲＩＮＪＢ.Ｉｎｔｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅｈｙｂｒｉｄ￣ｉｚａｔｉｏｎｅｒｏｄｅｓｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌｄｉｖｅｒｇｅｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎｌｅｎｔｉｃａｎｄｌｏｔｉｃｈａｂｉｔａｔｓｉｎａｎｅｎｄａｎｇｅｒｅｄｍｉｎｎｏｗ[Ｊ].ＥｃｏｌｏｇｙａｎｄＥｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ２０２１ꎬ１１(１９):１３５９３￣１３６００.[３]㊀张燕萍ꎬ章海鑫ꎬ傅义龙ꎬ等.黄尾鲴的胚胎发育[Ｊ].江苏农业科学ꎬ２０１９ꎬ４７(１６):１７４￣１７８.[４]㊀ＺＡＲＤＯＹＡＲꎬＭＥＹＥＲＡ.Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅｏｆｍｉｔｏｃｈｏｎ￣ｄｒｉａｌｐｒｏｔｅｉｎ￣ｃｏｄｉｎｇｇｅｎｅｓｉｎｒｅｓｏｌｖｉｎｇｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓａｍｏｎｇｖｅｒｔｅ￣ｂｒａｔｅｓ[Ｊ].ＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙａｎｄＥｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ１９９６ꎬ１３(７):９３３￣９４２.[５]㊀杨慧兰ꎬ王银肖ꎬ谭慧敏ꎬ等.白洋淀流域宽鳍鱲遗传多样性及种群历史动态[Ｊ].上海海洋大学学报ꎬ２０２１ꎬ３０(５):８３７￣８４６. [６]㊀岳丽佳ꎬ熊良伟ꎬ王帅兵ꎬ等.基于线粒体Ｃｙｔｂ序列的３个宽体金线蛭群体遗传多样性分析[Ｊ].上海海洋大学学报ꎬ２０２０ꎬ２９(１):９￣１６.[７]㊀刘士力ꎬ练青平ꎬ贾永义ꎬ等.基于线粒体Ｃｙｔｂ基因序列的浙江省３个马口鱼群体遗传多样性分析[Ｊ].浙江农业学报ꎬ２０２３ꎬ３５(２):２９３￣３００.[８]㊀ＷＵＺＣꎬＸＵＱＨꎬＺＨＵＪＦꎬｅｔａｌ.ＧｅｎｅｔｉｃｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｔｈｅｂｉｇｅｙｅｔｕｎａＴｈｕｎｎｕｓｏｂｅｓｕｓｉｎｔｈｅｃｅｎｔｒａｌＰａｃｉｆｉｃＯｃｅａｎｂａｓｅｄｏｎｍｔＤＮＡＣｙｔｂｓｅｑｕｅｎｃｅｓ[Ｊ].ＦｉｓｈｅｒｉｅｓＳｃｉｅｎｃｅꎬ２０１４ꎬ８０(３):４１５￣４２６.[９]㊀赵文浩ꎬ易少奎ꎬ苏君晓ꎬ等.新疆塔里木河叶尔羌高原鳅遗传多样性研究[Ｊ].水生生物学报ꎬ２０２２ꎬ４６(３):３６４￣３７４. [１０]李大命ꎬ张彤晴ꎬ唐晟凯ꎬ等.太湖大银鱼(Ｐｒｏｔｏｓａｌａｎｘｃｈｉｎｅｎ￣ｓｉｓ)细胞色素ｂ基因序列多态性分析[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０１５ꎬ３１(４):８４０￣８４５.[１１]张峻德ꎬ赵良杰ꎬ刘其根.千岛湖细鳞鲴和黄尾鲴ＣＯＩ种群遗传结构比较的初步研究[Ｊ].淡水渔业ꎬ２０１３ꎬ４３(５):３￣７. [１２]张㊀宏ꎬ赵良杰ꎬ胡忠军ꎬ等.千岛湖和长江黄尾鲴种群的遗传变异研究[Ｊ].上海海洋大学学报ꎬ２０１５ꎬ２４(１):１２￣１９. [１３]郭爱环ꎬ原居林ꎬ练青平ꎬ等.基于微卫星标记的钱塘江上游黄尾鲴增殖放流效果及其潜在遗传风险评估[Ｊ].水产学报ꎬ２０２２ꎬ４６(１２):２３４９￣２３５６.[１４]ＸＩＡＯＷＨꎬＺＨＡＮＧＹＰꎬＬＩＵＨＺ.ＭｏｌｅｃｕｌａｒｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｓｏｆＸｅ￣ｎｏｃｙｐｒｉｎａｅ(Ｔｅｌｅｏｓｔｅｉ:Ｃｙｐｒｉｎｉｄａｅ):ｔａｘｏｎｏｍｙꎬｂｉｏｇｅｏｇｒａｐｈｙꎬａｎｄｃｏｅｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆａｓｐｅｃｉａｌｇｒｏｕｐｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄｉｎＥａｓｔＡｓｉａ[Ｊ].Ｍｏｌｅｃｕ￣ｌａｒＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓａｎｄＥｖｏｌｕｔｉｏｎｉｓꎬ２００１ꎬ１８(２):１６３￣１７３. [１５]刘士力ꎬ刘一诺ꎬ蒋文枰ꎬ等.红螯螯虾核糖体ＤＮＡ￣ＩＴＳ区序列特征[Ｊ].浙江农业科学ꎬ２０２３ꎬ６４(６):４２￣４７.[１６]ＧＲＡＮＴＷＳꎬＢＯＷＥＮＢＷ.Ｓｈａｌｌｏｗｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｈｉｓｔｏｒｉｅｓｉｎｄｅｅｐｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｌｉｎｅａｇｅｓｏｆｍａｒｉｎｅｆｉｓｈｅｓ:ｉｎｓｉｇｈｔｓｆｒｏｍｓａｒｄｉｎｅｓａｎｄａｎｃｈｏｖｉｅｓａｎｄｌｅｓｓｏｎｓｆｏｒｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ[Ｊ].ＴｈｅＪｏｕｒｎａｌｏｆＨｅｒｅｄｉ￣ｔｙꎬ１９９８ꎬ８９(５):４１５￣４２６.[１７]窦新杰ꎬ常玉梅ꎬ唐然ꎬ等.几种雅罗鱼亚科鱼类基于ｍｔＤＮＡ序列的亲缘关系[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０１４ꎬ３０(４):８２６￣８３２. [１８]李大命ꎬ唐晟凯ꎬ刘燕山ꎬ等.基于Ｃｙｔｂ基因的江苏省大银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析[Ｊ].上海海洋大学学报ꎬ２０２１ꎬ３０(３):４１６￣４２５.[１９]吴㊀宙ꎬ周丽青ꎬ迟长凤ꎬ等.基于线粒体Ｃｙｔｂ基因序列的棘头梅童鱼种群遗传结构[Ｊ].中国水产科学ꎬ２０２１ꎬ２８(１):９０￣９９.[２０]ＧＲＡＮＴＷＳꎬＢＯＷＥＮＢＷ.Ｓｈａｌｌｏｗｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｈｉｓｔｏｒｉｅｓｉｎｄｅｅｐｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｌｉｎｅａｇｅｓｏｆｍａｒｉｎｅｆｉｓｈｅｓ:ｉｎｓｉｇｈｔｓｆｒｏｍｓａｒｄｉｎｅｓａｎｄａｎｃｈｏｖｉｅｓａｎｄｌｅｓｓｏｎｓｆｏｒｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ[Ｊ].ＴｈｅＪｏｕｒｎａｌｏｆＨｅｒｅｄｉ￣ｔｙꎬ１９９８ꎬ８９(５):４１５￣４２６.[２１]ＳＨＡＫＬＥＥＪＢꎬＪＨＯＮＣＤ.Ｓｐｅｃｉａｔｉｏｎａｎｄｅｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆｍａｒｉｎｅｆｉ￣ｓｈｅｓｓｔｕｄｉｅｄｂｙｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓａｎａｌｙｓｉｓｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓ[Ｊ].ＰａｃｉｆｉｃＳｃｉｅｎｃｅꎬ１９８２ꎬ３６:１４１￣１５７.[２２]ＷＲＩＧＨＴＳ.Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｎｄｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｓｏｆｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ.Ｖｏｌ.ＩＶ.Ｖａｒｉａｂｉｌｉｔｙｗｉｔｈｉｎａｎｄａｍｏｎｇｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ[Ｊ].Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓꎬ１９７９ꎬ３５(１):３５９.(责任编辑:陈海霞)７４３刘士力等:基于线粒体Ｃｙｔｂ基因序列的４个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析。
松江鲈鱼遗传多样性研究进展
松江鲈鱼遗传多样性研究进展祝斐;张志勇;尹绍武;张国松;吴建平;徐献明【期刊名称】《江苏农业科学》【年(卷),期】2014(000)010【摘要】松江鲈鱼( Trachidermis fasciatus)作为我国一种降海洄游经济性鱼类，近年来由于人类过度捕捞和栖息环境遭到破坏，野生资源量急剧下降。
本文从松江鲈鱼表型、染色体、蛋白质(酶)和DNA 4个层面概述其遗传多样性，并分析当前资源现状。
为松江鲈鱼种质资源保护和遗传育种研究提供参考。
【总页数】4页(P211-213,214)【作者】祝斐;张志勇;尹绍武;张国松;吴建平;徐献明【作者单位】江苏省海洋水产研究所，江苏南通226007;江苏省海洋水产研究所，江苏南通226007;南京师范大学生命科学学院/江苏省生物多样性与生物技术重点实验室，江苏南京210023;南京师范大学生命科学学院/江苏省生物多样性与生物技术重点实验室，江苏南京210023;江苏省海洋水产研究所，江苏南通226007;江苏省海洋水产研究所，江苏南通226007【正文语种】中文【中图分类】S917【相关文献】1.松江鲈鱼野生群体遗传多样性的RAPD分析和SCAR标记的转化 [J], 曾珍;刘至治;潘连德;唐文乔;王茜;耿云皓2.松江鲈鱼(Trachidermus fasciatus)的研究进展 [J], 王武;刘利平;毕永红3.柿的遗传多样性及育种研究进展 [J], 罗正荣;张青林;徐莉清;郭大勇4.苎麻种质资源遗传多样性分析研究进展 [J], 王昕慧;全芮萍;刘婕仪;刘皖慧;周倩文;崔国贤5.苔草属植物遗传多样性研究进展 [J], 刘凌云;范希峰;滕珂;岳跃森;常智慧;武菊英因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
8种鲤养殖品种线粒体Cyt b基因的遗传多样性和系统进化分析
8种鲤养殖品种线粒体Cyt b基因的遗传多样性和系统进化分析肖同乾;鲁翠云;李超;张明昭;顾颖;孙效文【摘要】对8种鲤养殖品种的线粒体Cyt b基因部分序列进行测定,并比较分析其遗传多样性和系统进化关系,结果获得425 bp的Cyt b序列,其中T、C、A、G的平均含量分别为26.8％、29.0％、29.7％、14.5％,A+T含量(56.5％)高于G+C 含量(43.5％),翻译为141个氨基酸,其中突变多数存在于缬氨酸和异亮氨酸之间(两个氨基酸都为不带电荷的疏水性氨基酸),其变异不影响Cyt b的功能,说明该蛋白是一个进化缓慢的蛋白,适合用于遗传进化分析.140个个体中共检测到4个单倍型,其中75.5％的个体属于单倍型Hap 2,而单倍型Hap1主要分布在3种表现型为镜鲤的品种.AMOVA分析结果和利用Kimura 2-parameter模型分析的系统发育关系结果表明,德国镜鲤、散磷镜鲤和松浦红镜鲤亲缘关系较近,而蓝鳞鲤、荷包红鲤抗寒品系和高寒鲤亲缘关系较近.【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2013(037)003【总页数】7页(P344-350)【关键词】鲤;遗传多样性;细胞色素b【作者】肖同乾;鲁翠云;李超;张明昭;顾颖;孙效文【作者单位】中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070;大连海洋大学水产与生命学院,辽宁大连 116023;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070【正文语种】中文【中图分类】Q343.3+5;S917.4鲤(Cyprinus carpio)，隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)，鲤形目(Cypriniformes)，鲤科(Cyprinidae)，鲤属(Cyprinus)，养殖历史悠久，是我国养殖范围最广泛的淡水经济鱼类之一［1－2］。
松江鲈鱼Cytb基因序列分析及种质鉴定
松江鲈鱼Cytb基因序列分析及种质鉴定马亚;岳志芹;赵玉然;梁成珠;徐彪;汪东风【摘要】采用PCR方法扩增四尾松江鲈鱼线粒体细胞色素b(mitochondrial cytochrome b,Cytb)基因序列,全序列长度为1141 bp,并建立了松江鲈鱼的实时定量PCR检测方法对该物种进行种质鉴定.分析Cytb基因序列基本特征显示,Cytb 基因在第3位密码子表现出明显的反G偏倚,显示出脊椎动物Cytb基因的共同特性.第2位密码子嘧啶的含量远高于嘌呤的含量,有5个位点发生转换,0个位点发生颠换.选取杜父鱼科( Cottidae)的10种鱼类,与松江鲈鱼进行序列分析,构建发育系统树并分析遗传距离,与鲈鱼的亲缘关系最远.以松江鲈鱼Cytb基因序列为靶基因,利用PRIMER EXPRESS2.0软件设计引物和Taqman探针,建立检测松江鲈鱼的定量PCR方法,特异性强,灵敏度高,检测限为3.20×102拷贝/反应.【期刊名称】《生物技术通报》【年(卷),期】2012(000)008【总页数】6页(P119-124)【关键词】松江鲈鱼;细胞色素b基因;序列分析;定量PCR;种质鉴定【作者】马亚;岳志芹;赵玉然;梁成珠;徐彪;汪东风【作者单位】中国海洋大学,青岛266003;山东出入境检验检疫局,青岛266002;山东出入境检验检疫局,青岛266002;山东出入境检验检疫局,青岛266002;山东出入境检验检疫局,青岛266002;山东出入境检验检疫局,青岛266002;中国海洋大学,青岛266003【正文语种】中文江鲈鱼（Trachidermus fasciatus Heckel），别名四鳃鲈、花花娘子、花鼓鱼、老虎鱼和媳妇鱼等，属于脊椎动物门（Vertebrata）、硬骨鱼纲（Osteichthyes）、鲉形目（Scorpaeniforme）、杜父鱼科（Cottidae）、松江鲈鱼属（Trachidermus）[1]，是1840年由Heckel在菲律宾发现并定其学名的。
长江中上游圆筒吻鮈群体线粒体Cyt b遗传多样性分析
长江中上游圆筒吻鮈群体线粒体Cyt b遗传多样性分析蒲艳;田辉伍;陈大庆;段辛斌;刘绍平;汪登强【摘要】为探明大坝建设及过度捕捞等可能会对圆筒吻鮈资源造成的影响,采用线粒体DNA Cyt b基因序列对长江中上游宜宾、泸州、合江、江津、巴南、涪陵和黄冈7个圆筒吻鮈(Rhinogobio cylindricus)群体进行研究,分析其遗传多样性及遗传结构.结果表明:在获得的998 bp序列长度中检测到14个变异位点,140尾样本定义15个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.625、0.00077,说明圆筒吻鮈种群遗传多样性较贫乏.分子变异方差分析(AMOVA)表明圆筒吻鮈地理群体间未出现显著遗传分化.单倍型Network网络分析呈星型结构,邻接系统发育(NJ)树显示单倍型没有出现高支持率的分支,表明群体内部没有发生遗传分化.中性检验、错配分布及BSP分析均表明圆筒吻鮈发生历史种群扩张事件,种群扩张发生在0.06 Ma(百万年前).综上表明,圆筒吻鮈的群体遗传多样性较低,群体间遗传分化不显著,建议将圆筒吻鮈群体作为一个整体就地保护,并在今后应加强长期监测.【期刊名称】《淡水渔业》【年(卷),期】2019(049)001【总页数】6页(P14-19)【关键词】圆筒吻鮈(Rhinogobio cylindricus);线粒体Cytb;遗传多样性;长江中上游【作者】蒲艳;田辉伍;陈大庆;段辛斌;刘绍平;汪登强【作者单位】西南大学生命科学学院, 重庆400715;中国水产科学研究院长江水产研究所, 农业部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站, 武汉430223;中国水产科学研究院长江水产研究所, 农业部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站, 武汉430223;中国水产科学研究院长江水产研究所, 农业部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站, 武汉430223;中国水产科学研究院长江水产研究所, 农业部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站, 武汉430223;中国水产科学研究院长江水产研究所, 农业部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站, 武汉430223;中国水产科学研究院长江水产研究所, 农业部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站, 武汉430223【正文语种】中文【中图分类】S917.4圆筒吻鮈(Rhinogobio cylindricus)，隶属于鲤形目(Cypriniformes)鲤科(Cyprinidae)鮈亚科(Gobioninae)吻鮈属(Rhinogobio)，主要分布在长江上游干流及其支流(如岷江、金沙江、嘉陵江等)[1-2]，近年有研究表明在长江中游也有分布[3]，是长江主要经济鱼类 [4]。
基于线粒体Cytb基因探讨我国日本囊对虾4个地理群体的遗传结构及种群分化
基于线粒体Cytb基因探讨我国日本囊对虾4个地理群体的遗传结构及种群分化曾凡荣;王军;周孔霖;游欣欣;毛勇【摘要】利用线粒体细胞色素b基因序列分析了4个不同地理群体(北海群体、陵水群体、惠来群体和厦门群体)的野生日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的群体遗传结构.以特异引物进行PCR扩增,获得了日本囊对虾530 bp的基因片段序列.序列分析结果表明,在120个日本囊对虾个体中,共检测到75个多态位点,获得62个单倍型,其中有44个简约信息位点,占整段序列的8.3%.各单倍型变异无碱基的插入或缺失,全部为转换或颠换,碱基频率含量(fA+fT)为59.4%,大于(fG+fC)(40.6%).核苷酸多态性以惠来群体最高,其它3个群体较低.群体内遗传距离为0.45%～2.60% ,群体间遗传距离在0.50%～5.30%之间.采用分子方差分析(AMOVA)方法,结果显示,群体间遗传变异占总变异的69.9%,群体内的遗传变异占总变异的31.1%,群体间变异是总变异的主要来源.构建的4个群体分子系统树表明,北海群体、陵水群体和部分惠来群体由于亲缘关系较近而聚在一起,而厦门群体则和部分惠来群体聚成另一支,两支的平均遗传距离为5.17%,分化接近亚种水平,据此认为我国东南近海的日本囊对虾可以分为2个种群,2个种群的分布区域在广东惠来海域附近存在重叠.【期刊名称】《厦门大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2010(049)005【总页数】6页(P701-706)【关键词】日本囊对虾;细胞色素b基因;遗传多样性【作者】曾凡荣;王军;周孔霖;游欣欣;毛勇【作者单位】厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005【正文语种】中文【中图分类】P745日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)隶属于甲壳纲(Crustacea),十足目(Decapoda),对虾科(Penaeidae),囊对虾属(Marsupenaeus).日本囊对虾的分布极其广泛,在整个印度-西太平洋,从非洲东部和南部到红海穿过马六甲海峡到地中海都有分布,在我国主要分布在长江口以南沿海,是具有重要经济价值的养殖虾类[1].由于市场价格高、需求量大,加剧了对日本囊对虾的过度捕捞,导致其资源不断衰退.因此对其野生资源现状进行调查研究,了解其野生群体的地理分布、遗传结构及种群分化水平,有利于对日本囊对虾野生资源的准确评估,为对其资源的保护和可持续利用提供科学依据.目前国内外已有部分学者对我国近海日本囊对虾的群体遗传学方面做了相关的研究[2-5],但他们的取样范围仍存在一定的不足,从而将影响对日本囊对虾地理分布成因及种群分化的探讨.动物线粒体DNA(mtDNA)由于具有结构简单、严格的母系遗传、几乎不发生重组、进化速度快且不同区域进化速度存在差异等特点,已成为研究动物起源进化、群体遗传、系统发育等的重要标记[6-7].其中,细胞色素b(cytochrome b,简称Cyt b)基因的结构和功能在mtDNA的13个蛋白质编码基因中已被探明[8],且进化速度适中,因此在鱼虾类的种群分化与生物地理学中得到广泛应用[9-10].本文以4个不同地理群体的日本囊对虾为研究对象,利用线粒体Cyt b基因序列对我国日本囊对虾自然群体的遗传结构和种群分化特征进行分析,为进一步开展我国东南近海日本囊的谱系生物地理学研究提供基础数据,并为日本囊对虾种质资源的开发利用及良种选育提供更多理论依据.用于本实验4个群体的日本囊对虾为2008年11月—2009年3月分别从福建厦门、广东惠来、海南陵水和广西北海等4个水域采集的野生群体(图1),每个群体取样30尾,雄虾体质量50～80 g,雌虾则是100～150g.所有样品均取对虾的第6腹节背部肌肉, -20℃无水乙醇保存.1.2.1 基因组DNA的提取和检测每个样品取肌肉组织0.1 g,采用SDS/蛋白酶K消化,酚-氯仿抽提和乙醇沉淀法[11]提取总DNA, 1.0%(质量分数)琼脂糖凝胶电泳检测DNA,于-20℃冰箱中保存备用.1.2.2 PCR扩增及序列测定根据GeneBank中公布的日本囊对虾线粒体基因全序列(序列号:AP006346)中Cyt b基因设计PCR引物,引物的核苷酸序列为:CBF 5′-TCCAAATTGTTACTGGGCTCT-3′和CBR 5′-AAGGGCAGTTAGCATTACGAT-3′,由上海英骏生物技术有限公司合成.反应体积为50μL,其中10×PCR buffer(plus Mg2+)5μL,dNTPs(10mmol/L)1μL,Taq酶(2.5U/ μL)1μL(东盛公司),正反向引物(10pmol/μL)各1 μL,1μL模板(约100 ng),加超纯水至50μL.反应条件为:94℃预变性3min;35个循环,每个包括94℃变性30s,56℃退火30s,72℃延伸45s;再72℃链延伸7min.PCR产物经质量分数为1.0%琼脂糖凝胶电泳检测,OMEGA试剂盒(Cycle-Pure Kit)纯化,纯化产物送北京六合华大基因科技股份有限公司测序.1.2.3 数据分析利用Clustal X软件[12]对测序结果进行对位排列,并辅以人工校正;DnaSP软件[13]确定单倍型,计算多态位点和多态简约信息位点数;以 MEGA软件[14]统计序列的平均碱基组成和转换/颠换比率 R,基于Kimura-2parameter计算遗传距离;用Arlequin3.1软件[15]中的分子方差分析(AMOVA)方法估算遗传变异在群体内和群体间的分布.采用邻接法(Neighbor-joining,NJ)、MEGA软件[14]构建分子系统树,遗传距离模型选择 Kimura双参数模型,将序列中的转换和颠换位点均视为信息位点并对所有位点一致性加权[14].应用NETWORK[16]软件构建单倍型网络关系图.测序结果经过比对校正后,4个群体Cyt b基因序列长度均为 530 bp(GenBank登入号:GU992213-GU992274).总的来说,序列中的转换明显比颠换多,R= 7.2,说明序列突变还未达到饱和,其中T-C转换多于AG,A-C和A-T颠换多于C-G和T-G.在长度为530 bp序列中共检测到75个多态位点,其中有44个简约信息位点,占整段序列的8.3%,无碱基的插入或缺失,全部为转换或颠换.所有被分析序列的相对碱基频率为 fT= 34.8%,fC=24.1%,fA=24.6%,fG=16.5%,fA+f T含量为59.4%,明显高于fG+fC含量(40.6%).单倍型在群体中的分布如表1,在4个群体的120个序列中,共检测到62个单倍型,其中,有9个是群体间共享单倍型,50个单倍型(占80.65%)只在1个个体中检测到. 核苷酸多态性以惠来群体最高,其他3个群体较低(表2).Tajima[17]检验及 Fu和Li[18]检验均支持厦门群体内部存在自然选择作用;Tajima检验不支持陵水、北海和惠来群体有选择作用,而 Fu和Li检验支持其有选择作用.如表3所示,群体内遗传距离为0.45%～2.60%,群体间遗传距离在0.50%～5.30%之间,北海群体与厦门群体之间的遗传距离最大为5.28%,北海群体与陵水群体的遗传距离最小为0.505%,群体内遗传距离惠来群体2.62%为最大,厦门群体则最小为0.45%.日本囊对虾62个单倍型间的遗传距离为0.38%～5.55%.AMOVA分析结果如表4所示,群体间遗传变异占总变异的69.9%,群体内的遗传变异占总变异的31.1%,可见群体间变异是总变异的主要来源.基于日本囊对虾Cyt b基因62个单倍型系列构建的NJ树如图2所示,NJ树采用Kimura双因子参数模型构建,树上各分支上的数字代表1 000次Bootstrap统计分析后对该支的支持百分比(即置信度).由图2可见,62个单倍型构建的邻接关系树显示日本囊对虾群体内存在2个明显的单倍型类群:类群A(上面1支)包括陵水群体、北海群体和部分惠来群体的单倍型,而类群B仅包括厦门群体和部分惠来群体的单倍型.类群A的核苷酸多态性为1.01%,而类群B的则为0.73%.这两类群间平均遗传距离为5.17%,AB类群内遗传距离分别为1.02%和1.07%(表5).日本囊对虾单倍型网络图如图3所示,网络图很明显由2支构成,上支为厦门群体和部分惠来群体,含1个优势单倍型(Hap-36,占14.17%),其他单倍型围绕它呈辐散状发出;下支由余下群体组成,其中拥有3个优势单倍型(Hap-1,Hap-15和Hap-22,分别占8.33%,7.5%和11.67%).图中黑点表示可能存在的但是未被检测到的单倍型. 宋林生等[2]和庄志猛等[3]利用 RAPD和同工酶技术,对日本囊对虾的福建、台湾海峡野生群体和相应的养殖群体间的遗传变异进行了分析,结果显示中国的日本囊对虾野生种群的多态位点比例较高,遗传多样性较为丰富.Tzeng等[4]分析了采自日本海、中国东海和南海5个日本囊对虾群体共95个个体的线粒体控制区序列,在长992bp的序列中共检测到292个变异位点,共定义了95个单倍型,显示出很高的遗传多样性水平.本文研究结果同样也表明,4个不同地理群体的日本囊对虾Cyt b基因不论是从单倍型多样性(0.954)还是从核苷酸多态性(2.74%)来衡量,日本囊对虾的遗传变异水平都是非常高的.上述研究结果表明,目前我国日本囊对虾野生种群的遗传变异水平较高,野生种质资源处于较好状态.在渔业管理过程中,及时有效加强对日本囊对虾野生资源的管理保护,就能够保证日本囊对虾资源的可持续利用,可以避免由于过度捕捞而出现的种质衰退、遗传性状单一的现象.AMOVA分析结果(表4)表明,日本囊对虾群体间的遗传变异百分率(69.9%)显著高于群体内的遗传变异百分率(30.1%),说明遗传变异主要发生在群体之间.北海群体和陵水群体共享5个单倍型,北海群体、陵水群体和惠来群体共享2个单倍型,而厦门群体与惠来群体拥有4个共享单倍型.从NJ树和单倍型网络图上也可以看出,厦门群体只与惠来群体聚在一起,表明日本囊对虾的分化已具有明显的地域性.如图1所示,北海群体和陵水群体被海南岛所隔离,珠江径流影响着它们与惠来群体和厦门群体的基因交流.日本囊对虾的生活史包括了无节幼体、溞状幼体、糠虾、仔虾和幼虾、成虾,它们的迁移距离有限,并没有明显的产卵洄游,仅随个体生长由近岸向远岸迁移[19].因此,作者认为地理分布的差异是日本囊对虾4个群体造成群体遗传分化的主要原因,本身有限的迁移能力是造成群体遗传分化的内在因素.根据群体间及群体内遗传距离的计算结果(表3),群体内单倍型遗传距离为0.45%～2.62%,北海群体与陵水群体的遗传距离最小(0.50%),厦门群体与北海、陵水2个群体的遗传距离较大,分别为5.28%和5.25%.Billington等[20]报道鱼类种内单倍型差异一般在10%以内,对其他一些动物的Cyt b基因系列分析表明,种内个体间的系列差异一般在0～4.06%,差异超过6%的个体间已有明显的亚种或者种的分化[21-22],由此可见,厦门群体与北海和陵水群体的分化已接近亚种水平.Tsoi等[5]根据头胸甲花纹类型的不同将日本囊对虾分为2个类型(类型(I,II)),类型 I主要分布在日本海、中国东海和南海北部,而类型 II则广泛分布于东南亚、地中海和澳大利亚.本文所研究的我国东南近海4个群体中的2个分化类群的地理分布与 Tsoi的2个类型相吻合.日本囊对虾成体的迁移距离有限,但在幼体阶段可以随海流运动而扩散,因此基因流动主要源于幼体阶段的扩散.我国东南沿海的主要流系有南海暖流、黑潮暖流、南海沿岸流和浙闽沿岸流等[23],这些交汇的海洋环流同样加强了该海域日本囊对虾卵和幼体的扩散能力.因此,在自身迁移和海流的共同影响下,南海的日本囊对虾可以往北扩散,同样福建及其以北海域的日本囊对虾也可以向南交汇,因而促进了沿岸各日本囊对虾群体间的交流.除上述海流外,珠江径流对南海北部和东海南部海域的水文状况和生物群落结构也有较大的影响[24],但是目前没有相应的研究表明珠江径流是日本囊对虾扩散的一个有效障碍,对其遗传结构有无显著影响还需进一步验证.最后,作者认为我国东南近海的日本囊对虾可以分为2个种群,是否提升为亚种有待进一步考证,而这2个种群的分布区域在广东惠来海域附近存在重叠.【相关文献】[1] 刘瑞玉,钟振如.南海对虾类[M].北京:农业出版社, 1990.[2] 宋林生,相建海,李晨曦,等.日本对虾野生种群和养殖种群遗传结构的RAPD标记研究[J].海洋与湖沼,1999,30 (3):261-266.[3] Zhuang ZM,MengXH,QuanJX,etal.Geneticdiversity in thewildpopulationandhatchery stockof Penaeus japonicas shrimp by isoenzymeanalysis[J].ZoologicalResearch,2000,21(4):323-326.[4] Tzeng TD,Yeh SY,HuiCF.Populationgenetic structureof the kuruma prawn(Penaeus japonicus)in East Asia inferred from mitochondrial DNA sequences[J]. Journalof MarineScience,2004,61:913-920.[5] Tsoi KH,Wang ZY,Chu KH.Genetic divergence between twomorphologicallysimilarvarietiesof thekuruma shrimpPenaeusjaponicas[J].MarineBiology,2005,147: 367-379.[6] 方李宏,薛俊增,董双林.甲壳动物线粒体DNA的研究[J].海洋湖沼通报,2004,2:59-65.[7] AviseJC.Phylogeography:thehistoryand formationof species[M].Cambridge:Harvard Univ Press,2000.[8] IrwinDM,Kocher TD,WilsonAC.Evolutionof thecytochrome b geneofmammals[J].Mol Evol,1991,32:128-144.[9] 程起群,马春艳,庄平,等.基于线粒体Cyt b基因标记探讨凤鲚3群体遗传结构和进化特征[J].水产学报,2008,32(1):1-7.[10] 张东亚,汪登强,刘绍平,等.怒江濒危鱼类缺须盆唇鱼基于线粒体Cyt b序列的群体遗传结构分析[J].中国水产科学,2009,16(4):477-486.[11] Sambrook J,RussellDW.分子克隆实验指南[M].3版.黄培堂,译.北京:科学出版社,2002.[12] Thompson JD,Gibson TJ,Plewnia F.The Clustal X windows interface:flexible strategies for multiple sequencesalignment aided by quality analysis tools[J]. NucAciRes,1997,25:4876-4882.[13] Rozas J,Sanchez-DelBarrio JC,Messeguer X,et al.D-naSP,DNA polymorphism analyses by the coalescent andothermethods[J].Bioinformatics,2003,19:2496-2497.[14] Kumar S,TamuraK,NeiM.MEGA(Molecularevolutionarygeneticsanalysis),Version3.0[M].Tempe:Arizona StateUniversity,2001.[15] ExcoffierL,LavalG,Schneider S.Arlequinver.3.01:an integrated softwarepackageforpopulationgeneticsdataanalysis[J].EvolutionaryBioinformaticsOnline,2005,1: 47-50.[16] BandeltHJ,Forster P,RohlA.Median-joiningnetworks forinferringintraspecificphylogenies[J].MolBiol Evol, 1999,16:37-38.[17] Tajima F.Statisticalmethod for testing theneutralmutationhypothesisby DNA polymorphism[J].Genetics, 1989,123:185-195.[18] Fu YX,LiWX.Statistical testsof neutralityofmutations[J].Genetics,1993,133:693-709.[19] DallW,HillBJ,Rothlisberg PC,etal.Thebiologyof the Penaeidae[M].London:Academic Press,1990.[20] BillingtonN,Hebert PDN.MitochondrialDNAdiversityin fishesand itsimplicationsforintroductions[J].Can JFish AquatSci,1991,48(Sup.):80-94.[21] 曹祥荣,束峰珏,张锡然,等.毛冠鹿与3种麋属动物的线粒体细胞色素b的系统进化分析[J].动物学报,2002, 48:44-49.[22] Yang XG,Wang YQ,Zhou KY.Theauthenticationof OviductusRanaeand theiroriginalanimalsbyusingmolecularmarker[J].Bio PharmBull,2002,25:1035-1039.[23] 李乃胜,赵松龄,(俄)鲍·瓦西里耶夫.西北太平洋边缘海地质[M].哈尔滨:黑龙江教育出版社,2000.[24] 崔伟中.珠江口水环境时空变异对河口生态系统的影响[J].水科学进展,2004,15(4):472-478.。
基于线粒体Cytb基因的江淮下游6个湖泊翘嘴鲌群体遗传多样性分析
基于线粒体Cytb基因的江淮下游6个湖泊翘嘴鲌群体遗传多样性分析李大命;杨子萍;刘燕山;唐晟凯;谷先坤;殷稼雯【期刊名称】《江苏农业科学》【年(卷),期】2024(52)3【摘要】以线粒体Cytb基因作为分子标记对长江、淮河下游6个湖泊翘嘴鲌群体共262尾个体的遗传多样性、遗传分化及历史动态进行分析。
结果显示,翘嘴鲌Cytb基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(55.9%)高于G+C含量(44.1%)。
262条Cytb基因序列检出42个变异位点,定义46个单倍型,总群体单倍型和核苷酸多样性分别为0.916±0.010和0.00256±0.00008;6个群体的单倍型多样性为(0.798±0.059)~(0.927±0.019),核苷酸多样性为(0.00204±0.00027)~(0.00285±0.00018),表明翘嘴鲌遗传多样性属于高Hd和低Pi模式。
基于单倍型构建的系统发育树和进化网络图显示,6个群体的单倍型未形成明显的地理格局。
分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异主要来自于群体内部(91.64%),群体间遗传分化系数(F_(st))为0.08362(P<0.01);6个群体间的F_(st)为-0.00427~0.15529,其中,长江群体和淮河群体间均具有显著中度或高度遗传分化(P<0.05)。
中性检验结果显示,Tajima’s D和Fu’s F_(s)均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,表明翘嘴鲌群体在历史上经历过显著的种群扩张。
整体来看,江淮下游湖泊的翘嘴鲌野生种质资源遗传多样性较低,长江水系群体和淮河水系群体间有显著的遗传分化,应采取措施恢复翘嘴鲌资源量及提高其遗传多样性,并将长江流域和淮河流域湖泊群体划分为不同的管理单元进行保护。
【总页数】8页(P213-220)【作者】李大命;杨子萍;刘燕山;唐晟凯;谷先坤;殷稼雯【作者单位】江苏省淡水水产研究所/江苏省内陆水域渔业资源重点实验室;南京师范大学海洋科学与工程学院【正文语种】中文【中图分类】S917【相关文献】1.基于线粒体D-loop基因的珠江翘嘴鲌遗传多样性与遗传分化研究2.基于COI 基因分析长江下游典型水域翘嘴鲌的遗传多样性3.基于线粒体COⅡ基因序列的长江下游翘嘴鲌群体遗传多样性分析4.基于线粒体COI序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性和遗传结构分析5.基于线粒体Cyt b基因的洪泽湖翘嘴鲌群体遗传多样性分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于Cyt b序列的太湖和洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性和遗传结构分析
基于Cyt b序列的太湖和洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性和遗传结构分析杨子萍;李大命;刘燕山;杨家新【期刊名称】《渔业研究》【年(卷),期】2023(45)1【摘要】翘嘴鲌具有很高的营养价值、经济价值和生态价值,近年来其野生资源趋于枯竭,因而掌握翘嘴鲌遗传多样性对于科学保护其种质资源具有重要意义。
为了解太湖和洪泽湖翘嘴鲌种质资源遗传状况,通过线粒体Cyt b基因序列测定,分析了其群体的遗传多样性和遗传结构。
结果显示,翘嘴鲌Cyt b基因全序列长度为1141 bp,碱基A+T含量明显高于G+C含量。
98条Cyt b序列共检测出29个变异位点,共定义29种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.923和0.00274,平均核苷酸差异数(K)为3.127。
太湖和洪泽湖群体的Hd分别为0.927和0.816,Pi分别为0.00285和0.00220,遗传多样性表现出高Hd、低Pi 的特点。
分子方差分析结果显示,群体内分子变异占比为15.01%,群体间分子变异占比为84.99%,两群体间遗传分化系数(Fst)为0.15015(P<0.01),表明两群体间有显著性遗传分化。
Tajima′s D中性检验结果为不显著性负值,Fu′s Fs中性检验结果为显著性负值,且歧点分布曲线为单峰型,表明翘嘴鲌在进化过程中经历过群体扩张事件。
本研究结果为太湖和洪泽湖翘嘴鲌种质资源管理保护提供了数据资料。
【总页数】7页(P1-7)【作者】杨子萍;李大命;刘燕山;杨家新【作者单位】南京师范大学海洋科学与工程学院;江苏省淡水水产研究所【正文语种】中文【中图分类】S917.4【相关文献】1.应用COⅡ基因部分序列分析翘嘴鲌群体的遗传多样性2.基于线粒体 D-loop 基因的珠江翘嘴鲌遗传多样性与遗传分化研究3.翘嘴红鲌雌雄基因组差异及太湖野生群体遗传多样性现状的AFLP分析4.三角鲂×翘嘴鲌、团头鲂×翘嘴鲌两种杂交后代微卫星遗传结构分析5.基于线粒体COⅡ基因序列的长江下游翘嘴鲌群体遗传多样性分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
黄渤海松江鲈鱼线粒体控制区结构与序列多态性分析
黄渤海松江鲈鱼线粒体控制区结构与序列多态性分析刘海林;章群;唐优良;余帆洋;周佳怡【期刊名称】《海洋通报》【年(卷),期】2010(029)003【摘要】测定了辽宁丹东、盘锦与河北秦皇岛35尾松江鲈鱼线粒体控制区序列977 bp.共检出单倍型30个,多态位点35个,简约信息位点27个,绝大多数变异集中在192-342 bp、594-783 bp区段,同时识别出了线粒体控制区5'端终止序列区、中央保守区和3'端保守序列区的关键序列.3个群体总的单倍型多样性为0.990,核苷酸多样性为0.007 18,丹东群体核苷酸多样性最高(0.009 59).群体间、群体内平均遗传距离低(分别为0.006 7和0.006 3);在NJ树上不同地理来源的个体混杂分布;Fst分析显示丹东与秦皇岛群体间遗传分化相对较大(0.142 22, p<0.05),其余不明显(0.028 65-0.056 16, p>0.1),表明3个群体有可能隶属同一个种群.核苷酸不配对分布图表明松江鲈鱼可能未经历过大规模的种群扩张.【总页数】6页(P283-288)【作者】刘海林;章群;唐优良;余帆洋;周佳怡【作者单位】暨南大学水生生物研究所,广东省水体富营养化与赤潮防治重点实验室,广东,广州,510632;暨南大学水生生物研究所,广东省水体富营养化与赤潮防治重点实验室,广东,广州,510632;暨南大学水生生物研究所,广东省水体富营养化与赤潮防治重点实验室,广东,广州,510632;暨南大学水生生物研究所,广东省水体富营养化与赤潮防治重点实验室,广东,广州,510632;暨南大学水生生物研究所,广东省水体富营养化与赤潮防治重点实验室,广东,广州,510632【正文语种】中文【中图分类】Q244;Q959.483【相关文献】1.五华三黄鸡线粒体DNA控制区全序列分析 [J], 黄勋和;林雅媚;李威娜;姚琼凤;钟福生2.黄鲫线粒体DNA控制区结构及长度多态性分析 [J], 蔡珊珊;徐胜勇;宋娜;高天翔;张朝晖3.深圳海域斑节对虾野生种群线粒体控制区序列的多态性分析 [J], 姜永杰;周发林;黄建华;马之明;江世贵4.中国近海黑鲷线粒体DNA控制区序列多态性分析 [J], 龚金波;苏天凤;夏军红;龚世园;江世贵5.基于线粒体控制区序列的花斑蛇鲻遗传多态性分析 [J], 李敏;孔啸兰;许友伟;陈作志因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于多变量形态度量学和线粒体Cytb序列的鲈属鱼类分类探讨
基于多变量形态度量学和线粒体Cytb序列的鲈属鱼类分类探讨海萨;李家乐;冯建彬;木拉提【期刊名称】《动物学研究》【年(卷),期】2008(029)002【摘要】鲈属鱼类的分类在学术界尚存在很多争议.本文通过鲈属鱼类32个多变量形态学参数和1134bp的线粒体DNA细胞色素b序列的比较,对鲈属鱼类分类问题做了探讨.结果显示河鲈和伊犁鲈之间的形态距离为0.15,黄金鲈和伊犁鲈为0.14,河鲈和黄金鲈为0.09,在形态上黄金鲈和河鲈较接近,而伊犁鲈与前两者差异明显;主成分2(16.09%)对主成分1(21.71%)作图结果显示黄金鲈和河鲈有重叠区,而伊犁鲈与其它二种鲈有较大差距;细胞色素b同源序列差异百分比为河鲈与伊犁鲈13.08%、黄金鲈与伊犁鲈10.68%、黄金鲈与河鲈11.47%,鲈属鱼类间的碱基差异属于种间的遗传差异.MP、NJ和ML三种系统发育树在河鲈、黄金鲈和伊犁鲈三个种或亚种之间的拓扑结构一致,显示黄金鲈与伊犁鲈的演化关系较河鲈为近.根据20个样本的细胞色素b基因序列的遗传差异和系统发育树以及地理分布上的繁殖隔离,我们进一步认定黄金鲈和河鲈是不同的种,鲈属鱼类包括伊犁鲈、河鲈和黄金鲈三个种.【总页数】8页(P113-120)【作者】海萨;李家乐;冯建彬;木拉提【作者单位】上海水产大学生命学院,上海,200090;新疆水产科学研究所,乌鲁木齐830000;上海水产大学生命学院,上海200090;上海水产大学生命学院,上海200090;新疆伊犁州水利局特克斯河管理处,伊犁835000【正文语种】中文【中图分类】Q959.483;Q349【相关文献】1.基于线粒体16S rRNA 基因序列的鳢属鱼类系统进化探讨 [J], 朱树人;孟庆磊;孙玉旋;张延华;朱永安2.基于线粒体Cytb基因序列探讨花斑鳅三亚种的分类地位 [J], 陈咏霞;梁娜;李秀;潘晓睿;武大勇3.基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化 [J], 马春艳;赵峰;孟彦羽;施兆鸿;庄平;赵云龙4.基于线粒体DNA控制区序列变异探讨黑龙江和图们江细鳞鲑属鱼类的分类地位[J], 马波;姜作发;霍堂斌5.用线粒体DNA D-loop区序列探讨盘丽鱼属鱼类系统分类 [J], 张静;白俊杰;叶星;劳海华;简清;罗建仁因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。