生物信息学课程题目20161217

生物信息学课程作业

运用所学的生物信息学知识，结合本研究领域，进行分析。

要求：

一：一定要结合本研究领域，写一个5000字左右的研究报告，包括插图、表格和文字等。

二：分析中使用的软件要写明版本号。

三：报告内容：

Title page: 文章题目（中文题目），字体二黑，同时注明学号，姓名，所属学院，专业，电子邮箱（小四宋体）

研究报告正文部分：

1：文章题目（中文题目），字体二黑；

2：中英文摘要：250字左右，字体5号楷体，英文用Arial；3：关键词：3－5个，字体5号黑体；

4：正文部分研究背景，材料与方法，结果与讨论部分全文用小四号宋体，英文用Arial字体, double间距，文中图采用5号字体；5：参考文献，格式请参考Bioinformatics。

四：提交时间：报告最后生成pdf格式文件，于2016年12月31日前将报告同时发给以下邮箱：tottyhy@

邮件主题请标注生物信息学题目2

题目1：结合自己的研究领域中的一种疾病，比如肿瘤，神经退行性疾病、心血管疾病、精神性疾病、代谢疾病以及其它疾病进行识别疾病发展过程中的关键基因或蛋白或通路。

基因芯片号访问号：

ＧＳＥ２２２５５

ＧＳＥ３８７９２

ＧＳＥ４１８８３

（1）从GEO或ArrayExpress等数据库中下载微阵列数据。

结果包括：

①下载的基因芯片访问号要写出来。

②对具体的疾病条件要能简单描述。

（2）对下载的数据进行预处理（可忽略）

（3）对疾病在不同条件下(比如癌组织和癌旁组织，野生型和突变型，以及不同的时间点)进行差异基因表达分析，筛选出差异基因。

结果包括：

①差异基因（选取前50个）

②差异基因的heatmap图

③对差异基因进行可视化，比如火山图等。

4）使用DAVID和WebGestalt等软件，对差异基因进行富集和通路分析。

5）对差异基因进行PPI(蛋白-蛋白互相作用)分析。

2：结合本研究领域，利用核酸(ncbi、embl和ddbj)和蛋白质数据库(SwissProt)找出你所感兴趣的基因或蛋白，找出与其它物种的同源基因或蛋白，并分析其可能的进化历史。