蛋白质的裂解

Arg 蛋白酶
（1）Chostripain 酶 专一性裂解精氨酸羧端的蛋白酶。
专一性很高；肽链的羧端是精氨酸；该酶在6mol
／l尿素20小时内仍保持活力，这样对不溶性蛋白质 的长时间裂解就很有效。 （2）凝血酶（thrombin）是另一个作用精氨酸羧端的 特异酶, 对Arg-Gly 键裂解特别快。
(3) 颌下腺蛋白酶也有裂解精氨酸所形成的肽键的专一
性, 对磷脂酰胆碱交换蛋白只裂解Arg-Glu键，对 血纤维蛋白原只裂解Arg-Arg键。
Lys 蛋白酶
选择性一般不如Arg蛋白酶专一
1）密环菌（Armillaria mellea）是裂解赖氨酸氨端肽键,条 件是在赖氨酸残基的羧端必须联有谷氨酸、天冬氨酸或天 冬酰胺残基。这个酶对精氨酸也具有活力，如在酶解天冬 氨酸氨转移酶时，发现它在部分赖氨酸残基氨端裂解外， 还同时裂解三个Arg-Leu（Ile）键 2）血纤维蛋白酶裂解血纤维蛋白原时也发现除裂解部分的 赖氨酸外，也裂解精氨酸氨端肽键 3) Myxobactcr AI-1是另一种Lys蛋白酶。 它是从一种粘细 菌中提取的，也能在赖氨酸残基的氨端裂解，条件是，赖 氨酸残基的羧端通常联有Tyr，Ala和Gln残基 4) 凝血酶样酶（thrombin enzyme) 是 Lys-Leu键的高特异 性Lys蛋白酶。
冰冻干燥
再溶于50ul 双蒸水 待分离纯化 分离纯化
7.密环菌蛋白酶裂解:
蛋白质 1.0mg 溶于0.5m1 0.1mol/l 1N - 甲基吗啉醋酸缓冲液 或 0.07％氨水 （pH8.1） 1 ug 酶 溶于5 ul 双蒸水
（酶:底物 = 1:1000）
37℃下搅拌反应 4-6h 冷冻干燥 50 ul 双蒸水溶解 分离纯化供测顺序用
分离纯化
（3）TPCK一胰蛋白酶活力的测定方法
称底物苄酰L-精氨酰乙酶盐酸盐（Bcnzyl-L-Argininc cthv1 cster· H C1 简称 BAEE) 3.9mg 溶于10ml 0.05mol／l Tris缓冲液（pH＝9.24）中，将TPCK处理过的胰蛋白酶 l mg 溶于10 m1 0.001N HCI中，吸底物3ml在紫外分光光度计上 （波长253nm处），调节光密度为0，然后加人0.2ml 酶液。 每隔30秒钟读一次光密度数，直至读数不变为止，一般在10 分钟内稳定。
CNBr裂解蛋氨酸残基的反应机理：
CNBr 裂解肽链的甲硫氨酸羧基所形成肽链的反应
在酸性条件下氨基质子化，可以避免一些副反应
如：用70％甲酸可以破坏肽链的卷曲，使甲硫氨酸侧 链暴露，有利于CNBr的裂解
甲硫氨酸的氧化产物亚砜Met(SO) 或砜Met(SO3)不 能与CNBr反应
为防止甲硫氨酸被氧化，整个反应应在氮气流或充 氮容器中进行 当甲硫氨酸在N末端，则产生游离的高丝氨酸内酯：
加入ETPA时，产生沉淀
2小时反应结束 4℃ 透析 (pH= 8, 5％(w/v)NH4HCO3) 分离纯化
③马来酰化法：
称蛋白质 (200 mg) 溶于10 ml的 0.lmol／l磷酸钠缓冲液
冰浴冷却
滴加300mg马来酸酐 （溶于3ml无水三氧六环） 用0.1 N或0.5N Na○H pH= 9.0 0℃下放置30 min
当肽链中有二个相邻的甲硫氨酸，则产生一游离高 丝氨酸内酯和二个新肽段：
当甲硫氨酸在C末端，则C末端变为高丝氨酸内酯：
2. 实验方法
蛋白质 70%甲酸中
凝凝乳蛋白酶的前体是胰凝乳蛋白酶原，由245个 氨基酸组成的单链，有5个二硫键。酶原本身没有水解 活力，靠胰蛋白酶激活，在Arg15---Ile16 肽键处水解， 形成 л- 胰凝乳蛋白酶。
而л-胰凝乳蛋白酶又反过来对本身起作用，酶解 掉二个二肽 Ser 14- Arg15 和 Thr147 - Asn148，生成具完 全活力的 a-胰凝乳蛋白酶。
加20 ug Glu蛋白酶（溶于20 ul 双蒸水）
搅拌 酶:底物=1:50 37℃下保温24-28小时 冰冻干燥
加50ul 双蒸水溶解 分离纯化
6. Arg 白酶裂解:
蛋白质 1.0mg 溶于 1.0ml 双蒸水 加8.0 ug Arg 蛋白酶（溶于20ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱl 双蒸水） 37℃下搅拌反应1-4小时
胰凝乳蛋白酶、胃蛋白酶和嗜热菌蛋白酶有一个 共同的特点，即它们的作用范为比较宽，并且主要裂 解中性氨基酸残基。
（三）几种高特异性的肽链内切酶
在蛋白质顺序测定中，对较大分子量的蛋白质采用逐级 特异性裂解是比较理想的。
Glu蛋白酶
Glu蛋白酶亦称金黄色葡萄球菌蛋白酶，是从金 黄色葡萄球菌菌株V8中分离得到的，是最有效、应 用最广泛的一个酶，分子量只有12,000。 当酶解在磷酸缓冲液（pH7.8）中进行时，它能 在谷氨酸和天冬氨酸残基的羧端处裂解肽键。 用碳酸氢铵（pH7.8）或醋酸胺（pH4.0）时，则 仅在谷氨酸的羧端处裂解。 该酶对下列蛋白质只在谷氨酸的羧端处裂解：核 糖体蛋白S7，L23，EL12，维生素A1结合蛋白,钙结 合蛋白，a1[lll］胶原蛋白, ß 2小球蛋白。
以避免胰蛋白酶或胰凝乳蛋白酶的副反应
4．胃蛋白酶裂解 : 1.0 mg蛋白质 + 0.5ml 0.05N 醋酸或稀甲酸中, pH 2.0 + 10ug 胃蛋白酶（溶于10ul双蒸水）
37℃下搅拌反应 2h
冰冻干燥 随后溶于50ml双蒸水中 离心 分离纯化
5. Gul蛋白酶裂解:
蛋白质 1.0 mg 溶于1.0 m1 醋酸铵缓冲液 0.1mol, pH4.0
讨论：
如果蛋白质分子量较大，或遇到碱性蛋白含有较多的赖氨 酸和精氨酸残基时，则酶解后的肽段数就会很多，将给顺 序测定带来很大麻烦。 方法：用柠康酸酐可逆保护赖氨酸的ε-氨基，使胰蛋白酶 酶解时不会在赖氨酸羧端裂解，而只在精氨酸的羧端裂解， 以后也很容易去掉保护基团。 ε氨 基 保 护 剂
2、胰凝乳蛋白酶
4. 嗜热菌蛋白酶
含金属的酶，锌原子和钙原子，锌是活力所必需的， 钙使酶在高温下稳定，该酶易被EDTA所抑制。 专一性比上面三种酶都差，用来直接酶解蛋白质 不太合适，因为产生的肽段相对较多，不仅纯化起来 麻烦，而且对以后的顺序重排也不利。如用它来裂解 次级肽，即先用专一性较强的酶或化学试剂把蛋白质 多肽链降解成大肽段，再切成小肽段时，嗜热菌蛋白 酶可发挥很好的作用。
O.D. 活力单位计算公式： a.u. = ------------C酶
（4）保护Lys ε-NH2的方法
① 柠康酰化法： 蛋白质
溶于6mol／l 盐酸胍或
8 mol／l 尿素（20-30mg 蛋白质／ml） 在室温（20℃）下 用12 N Na○H 调pH 至8.0 柠康酸酐25mg（10倍于蛋白质的量）
Pro蛋白酶
特异性在Pro羧基所形成肽键处裂解的
蛋白酶，从小羊肾中提取
（四）实验方法
1. 胰蛋白酶裂解 （l）TPCK一胰蛋白酶降解 称1.0mg蛋白质 + 0.5ml双蒸水
+ 0.5m1 0.2mol／l N-甲基吗啉缓冲液（pH 8.1）
+ 10-20 ug TPCK-胰蛋白酶 37℃保温反应4-6h 冷冻干燥 加50ul双蒸水溶解，离心
三、蛋白质的化学裂解
是蛋白质顺序测定中的另一重要手段 产物的肽段一般都比较大 裂解产物适合于在自动顺序仪中测定顺序 产物有利于肽段的吻合 因此化学法对较大分子量的蛋白质顺序测定是重要的
缺点：因为化学裂解后的肽段较大。往往会遇到不溶解 和集聚等问题，分离较困难，产率一般也比酶解为低。
（－）溴化氰裂解
激烈搅拌2小时，pH 8.5 左右
透析或用Sephadcx G-25柱除试剂和盐
分离纯化
② ETPA法：以ETPA与溶菌酶反应为例 蛋白质 硼酸缓冲液（ 0.2mol/l pH=8.8） 12 mg 蛋白质 /ml， 过量的ETPA（按参与反应的Lys基团数计算） 12倍，搅拌下分批滴加 用l N NaOH pH = 8.5－9.0
继续搅拌 1h
室温透析48h（外透液为2N氨水, pH8) 冷冻干燥 分离纯化
2. 胰凝乳蛋白酶裂解 : 酶解条件及缓冲液与胰蛋白酶相同, pH8.1，37℃，酶:底物=1:100，酶解1-4h
3. 嗜热菌蛋白酶裂解:
缓冲液与胰蛋白酶相同
pH8.1，50-55℃ 酶:底物=1:100或1:150，酶解2h
（1）合适的pH
（2）适宜的反应温度
（3）恰当的酶与底物的比率
（4）选择相应的反应时间
1、胰蛋白酶
最常用的水解蛋白酶，专一性强,只断裂赖氨酸和 精氨酸的羧基所形成的肽键，用它裂解蛋白质常常可 得到合适的肽段
商品胰蛋白酶中，常含有 少量胰凝乳蛋白酶，这样，在 酶解时会产生不希望有的肽片 段。因此，使用前需用L-1（对 -甲苯磺酰）苯丙氨酰氯甲酮 （简称TPCK） 处理胰蛋白酶， 以抑制胰凝乳蛋白酶的活力。 也可直接订购用TPCK处理过的 胰蛋白酶。
酶解和化学裂解是顺序分析中互为补充缺一不可的手段
二、蛋白质的酶裂解
（－）简述 用特异性水解酶裂解肽链有许多优点：专一性强， 降解后的肽段容易纯化，产率较高，副反应少，在酸 水解中容易受破坏的谷氨酰氨、天冬酰氨和色氨酸等 在酶解中都不受影响。
整个酶解反应中，酶解条件的选择相当重要，需要 考虑下列因素：
裂解条件要求： 裂解点少 专一性强 反应产率高 裂解方法： 酶法
化学法
早期：部分酸水解法裂解，由于专一性 低，裂解后生成很多小肽，造成 分离纯化困难，工作量也很大。 中期：生化学家改用蛋白酶酶解，因专 一性强，故被广泛地使用。 后来：随着自动顺序仪的广泛使用和对 大肽段的需求，发现某些化学试 剂对蛋白质的裂解有特异的优点。 化学法再流行。
3．胃蛋白酶
专一性与胰凝乳蛋白酶类似 适宜酶解pH值是2
在顺序测定中很有价值，因为在确定二硫键的位置时， 在这样的酸性环境下二硫键比较稳定，很少有二硫键的互换 反应。反应条件选择恰当，可以变低特异性为高特异性。
在pH2.5的水溶液中，用胃蛋白酶酶解 胰岛素于3℃冰水浴恒温反应1.5h，此后用lN NaOH调pH=9以终止反应。结果用Scphadex G-50柱（3.0×110cm）分离得到了很纯的去 B链羧端五肽胰岛素，说明胃蛋白酶在酶解 中只降解胰岛素B链中第25位苯丙氨酸的羧 基所形成的肽键（—Phc25- -THR26-Thr27Pro28－LyS29-aLA30）
上清液待分离纯化后供测顺序用
（2）TPCK处理胰蛋白酶
胰蛋白酶（200mg）
溶于62 m1 0.001mo1／l CaCl2 用3% NaOH 调pH至7.0
在15-20℃加人含6mg TPCK 0.6ml无水甲醇溶液
继续搅拌 维持pH7.0 约5.5h
用pH3.0的盐酸水溶液透析2.5天
然后冻干。
第五章 蛋白质的裂解
一、 引 言
用Edman降解法测多肽链的氨基酸顺序，一次只能连续 降解数十个残基，用手工方法最多测二十多个残基。然而， 自然界蛋白质的分子量通常在一万以上，因此在测多肽链顺 序时，需将它们先裂解成一系列小肽，分别测出它们的顺序， 然后再找出它们的接头位置，才能定出该肽链的顺序。所以 如何选择肽链裂解的切点，将对顺序测定起着重要作用
1．原理 。溴化氰（CNBr）裂解法是多种化学法中最重要的 也是最常见的方法。 。由Gross和Witkop于1962年建立的。后人进行了系统
研究, 能专一裂解蛋氨酸残基的羧端，产率达到85%
。由于蛋白质中的Met一般都比较少，因此裂解后的肽 段较少，新生成的肽段往往是大肽段，这样很适合于 自动顺序仪测定，更适用于固相法测定。与胰蛋白酶 裂解法配合起来，通常很容易获得肽段的排列顺序
因此a一胰凝乳蛋白酶由A、B、C三条多肽链组 成，它们分别含有13，130，96个氨基酸残基。
凝凝乳蛋白酶
凝凝乳蛋白酶的专一性不如胰蛋白酶，
酶解Tyr，Phe、Trp、Len等疏水氨基酸羧基 所形成的肽链，
也能在val、Ile、Ser、Gly的羧端裂解，但较 慢。如果被裂解的邻近基团是碱性的（如Lys、 Arg或His），裂解能力将增加。倘若邻近是Pro 或Phe—Pro，则不能酶解。 在酶解中，增加酶的比例（对底物）能提高 酶解能力，这时，甚至象Ala-val键也能酶解。