第九章 表观遗传学研究实验技术简介
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完全可逆的，便于在后续步骤中分别对DNA和蛋白质进行 分析。也可以使用紫外光作为交联剂来固定细胞，它比化 学交联剂产生更少的干扰，但难以广泛应用。
ChIP技术的步骤
(2)化学(微球菌酶)或者超声破碎断裂染色质:通常采 用超声波打断染色质，使其成一定大小的片段。目前 一般认为500-1000bp的大小范围是比较合适的。
ChIP-Seq
ChIP-Seq技术将ChIP与第二代测序技术相结合，能够高效地 在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
其原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富 集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建;然 后对富集得到的DNA片段进行高通量测序；最后将获得的数百 万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围 内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
DNA甲基化分析技术
⑵重亚硫酸盐的甲基化分析方法 其原理是：用重亚硫酸氢钠在碱性条件和氢醌的催 化下处理DNA可使非甲基化的胞嘧啶发生脱氨反应， 从而转变成尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶不能发生 脱氨反应，因而仍保留为胞嘧啶。
DNA甲基化分析技术
研究目的：⑴基因组整体水平甲基化分析
①高效液相色谱柱（HPLC）及相关方法
(5) DNA的检测:可以采用PCR、Southern杂交、ChIP 克隆、DNA芯片等方法进行DNA的检测。
ChIP on chip
ChIP on chip将ChIP操作与基因芯片技术分析法(chip)相结 合，是研究目的蛋白质与基因组中DNA相互作用位点的一种全 基因组定位方法。
实验步骤为： ① 用甲醒固定细胞 ② 超声破碎细胞 ③ 特异抗体通过免疫沉淀富集与目的蛋白质交联的DNA片段 ④ 解交联
ChIP on chip
⑤ 用LM-PCR扩增富集的DNA片段并用荧光染料(Cy5)进行标记; 未经免疫沉淀富集的DNA片段也用LM-PCR扩增，但是用另 一种荧光染料(Cy3)标记扩增产物。
⑥ 将这两组标记的DNA与一张含有全基因序列的DNA芯片进行 杂交。
⑦ 从3次独立的实验获得的免疫沉淀富集的荧光强度与未经 免疫沉淀富集的荧光强度的比值用加权平均分析法计算目 的蛋白质与芯片中的每一段序列的相对结合度。
研究方法：⑴甲基化敏感的限制性内切酶法 ⑵重亚硫酸盐的甲基化分析方法
研究目的：⑴基因组整体水平甲基化分析 ⑵特异性位点的DNA甲基化检测 ⑶甲基化新位点的寻找
DNA甲基化分析技术
研究方法：⑴甲基化敏感的限制性内切酶法
一些限制性内切酶的识别位点中含有CpG双核苷酸序列，他们 往往只能结合非甲基化的识别序列，而对发生甲基化的序列 则没有结合活性。
这种方法不仅可以用来检测某个基因或DNA序列的甲基化状态， 而且可以用作整个基因组甲基化状态的筛查。 在这个原理基础上设计的研究方法有： RLGS (restriction landmark genome scanning，限制性标 志物全基因组扫描)、DMH (differential methylation hybridization for methylation analysis.差异性甲基化杂 交分析)、MCA Cmethylation CpG island amplification for methylation analysis，甲基化CpG岛扩增子分析)
第九章 表观遗传学研究实验技术 简介
染色体免疫共沉淀技术 DNA甲基化分析技术
染色体免疫共沉淀技术
染色体免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation. ChIP)是基于体内分析发展起来的方法，也称结合位 点分析法，可用于测定体内结合在特定DNA序列上的 蛋白质。该方法主要应用于体内核小体定位、DNA甲 基化、组蛋白修饰等方面的研究。
DNA甲基化分析技术
DNA甲基化是表现遗传学的重要组成部分，在维持正 常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ 生中起着重要作用。随着对甲基化研究的不断深入， 其检测方法也层出不穷。这些方法针对不同研究目 的，运用不同的处理方法，几乎涵盖了从基因到基 因组各个层次水平的研究。
DNA甲基化分析技术
(3)染色质的免疫沉淀z利用目的蛋白质特异抗体通过 抗原-抗体反应形成DNA蛋白质抗体复合体，然后沉淀 此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段;抗 体的量要进行优化，防止非特异的结合，同时要设立 相应的阴性对照，以验证抗体的有效性和抗原抗体反 应的特异性。
ChIP技术的步骤
(4)解除交联和纯化DNA:在免疫沉淀复合体中加入不 含DNase的RNase和蛋白酶K(也可以不加蛋白酶K.解 除交联后回收DNA.蛋白还可用于做进一步的分析). 65℃保温6小时使交联解除，得到DNA.并进行DNA的 纯化。
染色体免疫共沉淀技术
染色质免疫沉淀技术的原理是:在生理状态下把细胞 内的DNA与蛋白质交联在一起，超声破碎将染色质随 机切断为一定长度范围内的染色质片段，用所要研 究的目的蛋白特异性抗体沉淀交联复合体，再经过 蛋白质与DNA解除偶联，纯化目的片段并检测。
ChIP技术的步骤
(1)细胞固定:在活细胞状态下，用甲醒固定蛋白质 DNA复合 物，甲醒能有效地使体内的蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA、蛋 白质-RNA产生交联。 其中使用甲醛作为交联剂的关键优势在于甲醒交联反应是
将DNA样品先经盐酸或氢氟酸水解成碱基，水解产物通过色谱柱，结果与 标准品比较，测量254nm处的吸收峰值，计算内/ (5mC+5C)的积分面积就 得到基因组整体的甲基化水平。 这种方法的最明显优点是：可用于高通量混合样本检测，能够明确显示 目的片段中CpG位点甲基化的情况。但存在的问题是不能对甲基化的CpG 位点进行定位。 ②免疫化学法 此方法基于单克隆抗体能够与5mC发生特异性反应的原理。应用荧光素 标记抗体使之与预先己固定在DEAE膜上的样品DNA特异性结合，对DEAE膜 上的荧光素进行扫描得到5mC的水平，其荧光素强度与5mC水平成正比。 这种方法较为灵敏但需要精密仪器。
ChIP技术的步骤
(2)化学(微球菌酶)或者超声破碎断裂染色质:通常采 用超声波打断染色质，使其成一定大小的片段。目前 一般认为500-1000bp的大小范围是比较合适的。
ChIP-Seq
ChIP-Seq技术将ChIP与第二代测序技术相结合，能够高效地 在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
其原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富 集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建;然 后对富集得到的DNA片段进行高通量测序；最后将获得的数百 万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围 内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
DNA甲基化分析技术
⑵重亚硫酸盐的甲基化分析方法 其原理是：用重亚硫酸氢钠在碱性条件和氢醌的催 化下处理DNA可使非甲基化的胞嘧啶发生脱氨反应， 从而转变成尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶不能发生 脱氨反应，因而仍保留为胞嘧啶。
DNA甲基化分析技术
研究目的：⑴基因组整体水平甲基化分析
①高效液相色谱柱（HPLC）及相关方法
(5) DNA的检测:可以采用PCR、Southern杂交、ChIP 克隆、DNA芯片等方法进行DNA的检测。
ChIP on chip
ChIP on chip将ChIP操作与基因芯片技术分析法(chip)相结 合，是研究目的蛋白质与基因组中DNA相互作用位点的一种全 基因组定位方法。
实验步骤为： ① 用甲醒固定细胞 ② 超声破碎细胞 ③ 特异抗体通过免疫沉淀富集与目的蛋白质交联的DNA片段 ④ 解交联
ChIP on chip
⑤ 用LM-PCR扩增富集的DNA片段并用荧光染料(Cy5)进行标记; 未经免疫沉淀富集的DNA片段也用LM-PCR扩增，但是用另 一种荧光染料(Cy3)标记扩增产物。
⑥ 将这两组标记的DNA与一张含有全基因序列的DNA芯片进行 杂交。
⑦ 从3次独立的实验获得的免疫沉淀富集的荧光强度与未经 免疫沉淀富集的荧光强度的比值用加权平均分析法计算目 的蛋白质与芯片中的每一段序列的相对结合度。
研究方法：⑴甲基化敏感的限制性内切酶法 ⑵重亚硫酸盐的甲基化分析方法
研究目的：⑴基因组整体水平甲基化分析 ⑵特异性位点的DNA甲基化检测 ⑶甲基化新位点的寻找
DNA甲基化分析技术
研究方法：⑴甲基化敏感的限制性内切酶法
一些限制性内切酶的识别位点中含有CpG双核苷酸序列，他们 往往只能结合非甲基化的识别序列，而对发生甲基化的序列 则没有结合活性。
这种方法不仅可以用来检测某个基因或DNA序列的甲基化状态， 而且可以用作整个基因组甲基化状态的筛查。 在这个原理基础上设计的研究方法有： RLGS (restriction landmark genome scanning，限制性标 志物全基因组扫描)、DMH (differential methylation hybridization for methylation analysis.差异性甲基化杂 交分析)、MCA Cmethylation CpG island amplification for methylation analysis，甲基化CpG岛扩增子分析)
第九章 表观遗传学研究实验技术 简介
染色体免疫共沉淀技术 DNA甲基化分析技术
染色体免疫共沉淀技术
染色体免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation. ChIP)是基于体内分析发展起来的方法，也称结合位 点分析法，可用于测定体内结合在特定DNA序列上的 蛋白质。该方法主要应用于体内核小体定位、DNA甲 基化、组蛋白修饰等方面的研究。
DNA甲基化分析技术
DNA甲基化是表现遗传学的重要组成部分，在维持正 常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ 生中起着重要作用。随着对甲基化研究的不断深入， 其检测方法也层出不穷。这些方法针对不同研究目 的，运用不同的处理方法，几乎涵盖了从基因到基 因组各个层次水平的研究。
DNA甲基化分析技术
(3)染色质的免疫沉淀z利用目的蛋白质特异抗体通过 抗原-抗体反应形成DNA蛋白质抗体复合体，然后沉淀 此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段;抗 体的量要进行优化，防止非特异的结合，同时要设立 相应的阴性对照，以验证抗体的有效性和抗原抗体反 应的特异性。
ChIP技术的步骤
(4)解除交联和纯化DNA:在免疫沉淀复合体中加入不 含DNase的RNase和蛋白酶K(也可以不加蛋白酶K.解 除交联后回收DNA.蛋白还可用于做进一步的分析). 65℃保温6小时使交联解除，得到DNA.并进行DNA的 纯化。
染色体免疫共沉淀技术
染色质免疫沉淀技术的原理是:在生理状态下把细胞 内的DNA与蛋白质交联在一起，超声破碎将染色质随 机切断为一定长度范围内的染色质片段，用所要研 究的目的蛋白特异性抗体沉淀交联复合体，再经过 蛋白质与DNA解除偶联，纯化目的片段并检测。
ChIP技术的步骤
(1)细胞固定:在活细胞状态下，用甲醒固定蛋白质 DNA复合 物，甲醒能有效地使体内的蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA、蛋 白质-RNA产生交联。 其中使用甲醛作为交联剂的关键优势在于甲醒交联反应是
将DNA样品先经盐酸或氢氟酸水解成碱基，水解产物通过色谱柱，结果与 标准品比较，测量254nm处的吸收峰值，计算内/ (5mC+5C)的积分面积就 得到基因组整体的甲基化水平。 这种方法的最明显优点是：可用于高通量混合样本检测，能够明确显示 目的片段中CpG位点甲基化的情况。但存在的问题是不能对甲基化的CpG 位点进行定位。 ②免疫化学法 此方法基于单克隆抗体能够与5mC发生特异性反应的原理。应用荧光素 标记抗体使之与预先己固定在DEAE膜上的样品DNA特异性结合，对DEAE膜 上的荧光素进行扫描得到5mC的水平，其荧光素强度与5mC水平成正比。 这种方法较为灵敏但需要精密仪器。