实用生物信息技术课程
《实用生物信息技术》课程教学实例
《实用生物信息技术》课程教学实例以下四题，可根据本人课题实际情况，选择其中一道或两道1.豌豆开花后特异表达基因及其编码内膜蛋白ppf11)参看文献(zhuetal.,1998)，及pubmed数据库中豌豆开花后如上所述抒发基因ppf1有关研究论文，详述ppf1序列特征、抒发特异性，以及可能将的生物学功能。
2)检索uniprot数据库中豌豆内膜蛋白ppf1，总结该序列条目的一般注释信息、序列注释信息、数据库交叉链接。
3)找到拟南芥中ppf1同源蛋白alb3，通过数据库交叉链接，下载其编码基因在拟南芥资源库araport和tair中的注解信息，表明基因组定位、基因结构、气门剪辑方式、抒发特异性、突变体，及其所编码的蛋白质的功能、亚细胞定位、非政府特异性、SMF蛋白、结构域特征，以及有关的文献资源。
4)利用读码框分析程序，分析并提取ppf1全长mrna序列中编码区核苷酸序列和所编码的氨基酸序列。
5)利用密码子统计数据程序，分析豌豆ppf1和拟南芥中同源基因alb3密码子采用特征;利用内乌酶分析程序，分析豌豆ppf1基因的酶切位点;利用引物设计程序，设计ppf1基因mrna序列的引物。
6)利用protscale蛋白质序列特征波形图显示工具，分析ppf1不同区域疏水和亲水、柔性和刚性、溶剂可及性、空间位阻、二级结构等序列特征。
7)利用多种跨膜螺旋预测程序，预测ppf1跨膜螺旋，并比较预测结果的优劣;利用alpha-螺旋轮表明程序，绘制跨膜螺旋的螺旋轮，表明跨膜区的序列特征。
8)利用predicprotein蛋白质结构和功能预测网站，预测ppf1二级结构、无规卷曲、溶剂可及性、亚细胞定位、突变位点敏感性。
9)利用phyre2网站，预测拟南芥ppf1三维空间结构，用runinvestigator工具分析预测结果，与所用模板展开序列和结构比对。
10)通过以上ppf1及其同源蛋白alb3实例，说明核酸和蛋白质序列分析思路和方法，以及分析结果对下一步实验研究的作用。
实用生物信息技术课程总结交流会
实用生物信息技术课程总结交流会
农科院研究生院一教 2008年6月22日
时间报告人题目
2:00-2:10 刘荣乐开幕词
2:10-2:30 张振梅猪传染性胃肠炎病毒S基因
2:30-2:50 李庆超镰刀型细胞贫血病的蛋白质结构和功能
2:50-3:10 曲东马铃薯抗晚疫基因序列、结构和功能
3:10-3:30 吕红有机磷降解酶OPHC2结构功能关系
3:30-3:40 休息
3:40-4:00 尹富仕激活蛋白PEAt1的生物信息学分析
4:00-4:20 王旭柳枝稷中两个4-香豆酸辅酶A连接酶基因家族4:20-4:40 张晶分子模拟软件SPDBV应用实例
4:40-5:00 颜林林生物信息数据库检索系统SRS简介
5:00-5:10 休息
5:10-5:30 何晓红猪碳酸酐酶3生物信息学分析
5:30-5:50 何文容乙烯信号转导通路中两个重要基因
5:50-6:10 梁巍脊椎动物神经元素Neurogenin基因家族
6:10-6:30 徐礼鸣拟南芥HAP3转录因子基因家族
6:30-6:40 罗静初总结
欢迎院内外老师同学光临指导。
实用生物信息技术课程
实用生物信息技术课程期末总结中国农业科学院研究生院2011年6月25日姓名_________学号____________电话____________ 座位号_____邮箱___________________ 得分______ （按学号为文件名保存为WORD 2003文档，如82101102464.DOC，8月25日前发送至caas11s@）1.以与你研究课题相关的关键词____________________________，检索NCBI免费书籍：(1)可在____本书中检索到相关信息，其中前三本书中相关条目共____条，表____个，图_____幅;(2)与你研究方向最相关的书为_____________________________________________________________________(3)根据检索到得信息，简述你对上述关键词的理解（用中文，可用图表表示）。
2.以与你研究课题相关的关键词____________________________，检索PubMed文献摘要数据库：(1)检索到论文总数____篇，其中包括综述____篇；(2)上述检索果中，国内作者发表的____篇，农科院作者发表的____篇，你所在研究所发表____篇；(3)上述检索结果中，最近5年发表的____篇，其中可全文免费下载的____篇；(4)列出检索结果中你最感兴趣的1-3篇文献的PubMeD ID____________________________________________，相关核酸或蛋白质序列登录号为________________________________________________________________(5)结合PubMed网站帮助文档和用户指南，总结PubMed文献检索的策略和经验。
3.浏览Molecular of the Month网站：(1)该网站收集的生物大分子为哪六个大类？(2)和你研究方向相关的大类中包括哪几个子类？(3)阅读你最感兴趣的蛋白质分子的小文章，利用SwissPDBViewer等蛋白质结构分析软件，简述该蛋白质的结构特点，说明其结构与功能的关系。
实用生物信息技术课程教学实例_罗静初
自2000年起，本人在北京大学和中国农业科学院研究生院开设“实用生物信息技术”课程［1］。
本课程以从事分子生物学实验研究的硕士或博士研究生为教学对象，重点介绍最基本、最常用的生物信息技术和方法，主要包括：（1）蛋白质和核酸序列相似性比对；（2）蛋白质序列数据库UniProt 和核酸序列数据库RefSeq 高级检索；（3）NCBI 数据库相似性搜索工具Blast 的应用；（4）利用MEGA 软件构建分子系统发生树；（5）利用Swiss -PdbViewer 软件显示、比较和分析蛋白质三维空间结构。
本文以人、小鼠、大鼠、斑头雁、灰雁几个不同物种的血红蛋白序列和结构为例，介绍这些常用生物信息技术和方法的具体应用。
学生通过这些实例，能够初步掌握这些方法的具体应用，并能举一反三，将这些方法用于自己的课题研究，学会如何利用丰富的网络生物信息资源和分析工具解决自己正在进行或即将开始的研究课题中的实际问题。
1 序列比对1.1 研究背景血红蛋白是人体血液中重要蛋白质分子，其主收稿日期：2015-03-26作者简介：罗静初，男，教授，研究方向：生物信息学；E -mail ：luojc@实用生物信息技术课程教学实例罗静初（北京大学生命科学学院 北京大学蛋白质与植物基因研究重点实验室 北京大学生物信息中心，北京 100871）摘 要： 介绍“实用生物信息技术”研究生课程的5个教学实例。
以血红蛋白序列和结构为例，介绍常用生物信息技术和分析方法，包括蛋白质和核酸序列相似性比对、蛋白质和核酸序列数据库检索、Blast 数据库相似性搜索、分子系统发生树构建，以及蛋白质结构比较分析等。
关键词： 生物信息技术；血红蛋白；序列比对；数据库检索；Blast 数据库搜索；系统发生树构建；蛋白质结构比较分析DOI ：10.13560/ki.biotech.bull.1985.2015.07.001Teaching Examples of Applied Bioinformatics CourseLuo Jingchu（College of Life Sciences ，The State Key Laboratory of Protein and Plant Gene Research ，Center for Bioinformatics ，Peking University ，Beijing 100871）Abstract: In this article, we introduce the basic bioinformatics analysis methods and tools taking the hemoglobin as an example. The methods include ：1）protein and DNA sequence alignment ；2）advanced search for UniProt and RefSeq database ；3）Blast database similarity search ；4）phylogenetic tree construction under MEGA ；5）protein structure comparison using Swiss -PdbViewer.Key words: bioinformatics ；hemoglobin ；sequence alignment ；database query ；Blast database similarity search ；phylogenetic tree construction ；protein structure comparison编者按: 自2000年起，罗静初教授在北京大学生命科学学院和中国农业科学院研究生院开设“实用生物信息技术”课程，教学方法以上机实习为主，指导学生利用丰富的生物信息网络数据资源和软件工具，结合自己的研究课题，进行生物信息分析。
《实用生物信息技术》课程小结
《实用生物信息技术》课程小结
2019/7/10
1)简述你导师（或目前轮转导师）研究方向
2)简述你本人已经开始、或即将开始、或计划开始的研究课题
3)简述本课程序列比对、数据库高级检索、数据库相似性搜索、系统发生树构建和蛋白质
结构分析预测五个模块中，哪些与你研究课题关系最密切
4)简述本课程教学网站(ABC)网络文档（Docs）页面收录的与你研究方向最相关的网站名
称，列出ABC中未收录的与本课程相关的其它网站
5)简述本课程教学网站(ABC)数据库（Databases）页面收录的与你研究课题最相关的网站
名称，列出ABC中未收录的其它常用数据库网站
6)简述本课程教学网站(ABC)软件工具（Tools）页面收录的你最常用的网站名称，列出
ABC中未收录的其它常用分析平台、软件工具网站
7)简述ABC网站中哪些板块对你今后的研究可能有用，哪些需要改进，请提供改进意见
和建议，列出你经常访问的其它生物信息教学网站
8)你们小组哪位同学课堂发言最为踊跃、课外讨论最为积极
9)选修本课程最大收获、最深体会、最大遗憾
10)是否打算推荐你2019级师弟师妹明年选修本课程，他们是否已经进实验室，他们的姓
名，邮箱
11)。
实用生物信息技术课程期末
Contents
Background Analysis Acknowledgement
文献检索
UniProt information
UniProt information
Subcellular Localization
UniProt information Predict Protein
Contents
Background
Analysis
Acknowledgement
Contents
Background
Analysis
Acknowledgement
Background
大豆是世界上重要的粮油 兼用作物，也是人类优质 蛋白的主要来源。既是我 国主要作物之一，也是我 国进口量最大的农产品。 大豆是关系国际民生的重 要基础性、战略性物资， 又是最具经济效益的作物 ，其延长的产业链和价值 链具有很大发展潜力，在 农产品贸易领域扮演着举 足轻重的角色。
Backound
Backound
Backound
由于叶子是植物的光合作用工 厂，所以作物的叶片发育对于 作物的产量是至关重要的。叶 是开花植物茎尖分生组织侧翼 连续发育的侧生器官。许多研 究表明，叶发育常常与来自花 和相关组织的其他侧生器官（ 例如花和豆荚或果实）的发育 共享关键的调控基因。因此， 研究叶子的发育对于提高产量 也是至关重要的。
Subcellular localization
TargetP 程序
cTP：叶绿体转运肽 mTP：线粒体靶向肽 sp：信号肽
氨基酸序列分析
Predict Protein检索结果
氨基酸序列分析
ExPASy 上的 ProtParam 工具分析结果如下：
实用生物信息技术课程期末总结.doc
3. 支持软件选择量程，数据传输端口为智能HDMI接口；
4. 支持与采集器的有线通讯、无线通讯和数显模块显示三种工作方式。
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900
900
14
G-M计数器
1
只
GMS200
1. 量程不低于0cpm～40000cpm，分辨率不大于1cpm；
四、投标产品价格明细表
投标人名称：营口润新教学设备有限公司
包号：1单位：元（人民币）
品目号
产品名称
数量
单位
规格、型号
制造厂商名称
产地
单价
报价
1
便携式数字化实验分析仪
12
台
EPAD400
1. 具有四路HDMI通道、两路USB通道，支持六通道同时采集；
2. 单通道最高采样速率200ksps，支持通过HDMI数据线直接连接各种传感器进行实验；
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1,600
19,200
5
光电门
12
对
LTS200
1. 量程范围不低于10～70μS，分辨率不大于1μS；
2. 支持最小挡光物宽度大于1mm，具有光闸、运动，单摆、光栅、滴定五种测量方式；
3. 支持与采集器的有线通讯、无线通讯。
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870
10,440
8. 支持通过计算列、积分、拟合进行专业的实验数据分析，具有不少于14种以上的拟合函数，支持函数可自定义系数。
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3,080
36,960
4
静力传感器
生物信息技术课程设计
生物信息技术课程设计一、教学目标本节课的教学目标是让学生了解生物信息学的基本概念，掌握生物信息学的基本技术和应用，培养学生运用生物信息学解决生物学问题的能力。
具体目标如下：1.知识目标：a.了解生物信息学的定义、发展历程和应用领域；b.掌握生物信息学的基本技术，如基因组序列分析、蛋白质结构预测和功能注释等；c.了解生物信息学数据库的分类和常用数据库的使用方法。
2.技能目标：a.能运用生物信息学技术分析生物学数据；b.能利用生物信息学数据库查找所需信息；c.能对生物信息学实验结果进行解读和分析。
3.情感态度价值观目标：a.培养学生对生物信息学的兴趣和好奇心；b.培养学生团队合作精神和自主学习能力；c.培养学生运用生物信息学技术解决实际问题的责任感。
二、教学内容本节课的教学内容主要包括生物信息学的定义、发展历程、应用领域、基本技术和常用数据库。
具体内容包括：1.生物信息学的定义和发展历程：介绍生物信息学的概念，阐述生物信息学的发展历程，让学生了解生物信息学在生物学研究中的重要性。
2.生物信息学的应用领域：介绍生物信息学在基因组学、蛋白质学、系统生物学等领域的应用，让学生了解生物信息学在实际研究中的作用。
3.生物信息学的基本技术：讲解基因组序列分析、蛋白质结构预测、功能注释等基本技术，让学生掌握生物信息学的基本分析方法。
4.生物信息学数据库：介绍生物信息学数据库的分类和常用数据库的使用方法，让学生学会如何查找和利用生物信息学数据库。
三、教学方法为了提高教学效果，本节课采用多种教学方法相结合的方式，包括讲授法、案例分析法、讨论法和实验法等。
1.讲授法：用于讲解生物信息学的定义、发展历程、应用领域和基本技术，使学生掌握生物信息学的基本概念。
2.案例分析法：通过分析具体的生物信息学案例，让学生了解生物信息学在实际研究中的应用，提高学生的实际操作能力。
3.讨论法：学生就生物信息学相关问题进行讨论，培养学生的团队合作精神和自主学习能力。
北京大学生命科学学院实用生物信息技术研究生课程选课表
2011年8月26日
以本人学号为文件名保存（如1001210275.doc），于9月3日前发往pku11f@，邮件主题一律用本人学号（如1001210275）
姓名
学号
电子邮件
导师
实验室房间号
手机
基本情况
本科毕业学校：
所学专业：
学位论文题目：
经常查询的生物信息数据库：
经常使用的生物信息工具：
已经掌握的生物信息学方法：
要求
建议
进度要求：快（）慢（）
希望掌握：网上分析平台（）本地分析程序（）Linux系统（）编程（）
希望介绍：生物信息网络资源（）文献检索（）数据库检索（）数据库搜索（）序列分析（）
系统发育分析（）蛋白质结构模拟（）代谢通路分析（）芯片数据分析（）基因组数据分析
其它要求和建议：
已修课程：生物化学（ ）分子生物学（ ）遗传学（ ）分子进化（ ）生物信息学方法（ ）
已经掌握：程序设计（ ）Linux系统（ ）Perl语言（ ）网站设计（ ）数据库构建（ ）
研究课题
研究方向：
研究课题中涉及的主要物种，主要基因或基因家族、蛋白质或蛋白质家族的基本情况：
已有基础
经常访问的生物信息网站：
实用生物信息技术课程期末总结
实用生物信息技术课程期末总结中国科学院大学级硕士研究生暑期课–姓名学号班组号电话邮箱成绩选题一1．检索文献摘要数据库，找出你正在进行或准备开始的研究题相关论文。
通过文献阅读，简述你课题的研究背景和科学意义。
2．以你课题相关基因或蛋白质为例，检索、、、等序列、结构、基因组等各种综合数据库，并通过数据库交叉链接，对各种数据库中的注释信息进行归纳总结，或利用模式生物中同源基因的相关注释信息，说明你研究课题涉及的基因或基因家族的基因结构和序列特征、及其所编码的蛋白质的序列特征、结构特点、代谢通路、调控网络等，分析或推测其可能的生物学功能。
3．选取代表性物种，从数据库中提取直系同源和旁系同源基因的核酸或蛋白质序列，进行系统发育分析，推断该基因家族的起源和演化。
4．利用序列分析、数据库搜索、结构分析等各种生物信息学工具，对你研究课题相关基因和蛋白质进行深入分析；根据上述分析结果，谈谈对课题下一步研究的计划和设想。
选题二. 文献检索1)阅读分子月报（）中你最感兴趣的生物大分子，阐述该分子的结构、功能特点。
2)蛋白质分子精选（）中你最感兴趣的蛋白质分子有哪些？简述它们的生物学功能。
3)简述文献检索系统中的主要功能，列出你在中保存的常用检索策略。
4)检索文献摘要数据库，找出最近年内该数据库收录的与你研究方向或课题相关的的论文，列表说明前篇的第作者、期刊名、发表日期和。
2.数据库检索1)以血红蛋白或你熟悉的蛋白质为例，简述数据库中该序列条目的序注释信息。
2)以你熟悉的物种和蛋白质为例，说明数据库的高级检索方法。
3.数据库搜索1)简述数据库搜索网站的包括哪些程序，总结你已经使用过的程序的功能、特点和使用方法。
2)以血红蛋白或你熟悉的核酸和蛋白质序列为例，说明如何利用进行数据库搜索、参数设置，并对搜索结果进行分析。
4.生物信息分析平台1)以你熟悉的核酸或蛋白质序列为例，利用、和等提供的工具进行序列分析，说明分析结果。
2)简述你常用或熟悉的生物信息分析平台、软件和教学网站，举例说明其用途、用法和结果分析。
信息技术生物学教案
信息技术生物学教案一、引言信息技术和生物学是两门不同的学科，但它们在许多方面存在着联系和交叉。
信息技术可以帮助生物学家处理数据、建立模型和开发软件工具，从而促进生物学科研的发展。
本教案将介绍信息技术在生物学中的应用，以及如何使用信息技术工具进行生物学实验和分析。
二、教学目标1. 了解信息技术在生物学中的应用；2. 熟悉生物学分析工具的基本原理和使用方法；3. 掌握生物学实验数据的处理和分析方法；4. 培养信息技术与生物学相结合的科学思维和实验能力。
三、教学内容和方法1. 生物学基础知识通过讲解和互动，掌握基本的生物学概念和知识，如细胞生物学、分子生物学、遗传学、生态学等。
2. 信息技术在生物学中的应用介绍生物信息学、计算生物学、系统生物学等信息技术在生物学中的应用，并讲解其相关原理、技术和软件工具。
3. 生物学数据分析讲解生物学实验数据的处理和分析方法，如基因表达分析、蛋白质分析、代谢组学分析等，并使用相应的软件工具进行案例演示。
4. 生物学实验和模拟通过实验和模拟，掌握生物学实验的基本步骤和技能，如细胞培养、PCR扩增、基因克隆、蛋白表达等。
5. 学生实践课题鼓励学生选取自己感兴趣的生物学问题，应用信息技术工具进行实验设计、数据采集和分析，最终完成课题报告并展示。
四、教学评估通过平时作业、实验报告和课程设计，对学生的研究成果和实践能力进行评估。
评估内容包括课堂表现、实验技能、数据处理和分析能力等。
五、教学资源1. 《生物信息学》（朱志勇编，人民卫生出版社）2. 《计算生物学》（陈宝书编，科学出版社）3. NCBI（National Center for Biotechnology Information）4. UCSC（University of California Santa Cruz）Genome Browser5. Blast6. R7. Cytoscape8. ......。
有关高三生物信息技术融合课教案5篇
有关高三生物信息技术融合课教案5篇有关高三生物信息技术融合课教案5篇研究各生物类群的分类学家，都把组建该类群的系统发育作为主要目标，课件与课程内容有着直接联系。
实质是一种软件，是在一定的学习理论指导下，根据教学目标设计的、反映某种教学策略和教学内容的计算机软件。
下面是小编为大家收集的教案模板，供大家参考借鉴。
高三生物信息技术融合课教案（篇1）一、教学目标1.举例说出细胞膜是选择透过性膜。
2.尝试提出问题，作出假设。
3.进行关于植物细胞吸水和失水的实验设计和操作。
二、教学重点和难点1.教学重点举例说出细胞膜是选择透过性膜。
2.教学难点尝试提出问题，作出假设。
三、教学方法探究法、讲述法四、课时安排__五、教学过程引入学生阅读P58。
引入以“问题探讨”引入，学生思考回答，教师提示。
提示1.由于单位时间内透过玻璃纸进入长颈漏斗的水分子数量多于从长颈漏斗渗出的水分子数量，使得管内液面升高。
2.用纱布替代玻璃纸时，因纱布的孔隙很大，蔗糖分子也可以自由通透，因而液面不会升高。
3.半透膜两侧溶液的浓度相等时，单位时间内透过玻璃纸进入长颈漏斗的水分子数量等于渗出的水分子数量，液面也不会升高。
问题以“本节聚焦”再次引起学生的思考与注意。
板书一、细胞的吸水和失水思考与讨论学生阅读思考讨论回答，教师提示。
提示1.红细胞内的血红蛋白等有机物一般不能透过细胞膜。
2.红细胞的细胞膜相当于“问题探讨”中的半透膜。
3.当外界溶液的浓度低于红细胞内部的浓度时，红细胞一般会因持续吸水而涨破。
4.红细胞吸水或失水的多少主要取决于红细胞内外浓度的差值。
一般情况下，差值较大时吸水或失水较多板书㈠动物细胞的吸水和失水吸水：细胞外液的浓度＞细胞内液的浓度（膨胀甚至涨破）失水：细胞外液的浓度＜细胞内液的浓度（皱缩）㈡成熟植物细胞（有大液泡）的吸水和失水原生质层：细胞膜＋液泡膜＋两层膜之间的细胞质。
探究植物细胞的吸水和失水。
学生阅读思考交流回答，教师提示。
2024年《生物信息学介绍》PPT课件
1. 实验设计 2. 样品制备（指mRNA或总RNA样品，包括对照组和实验组） 3. 芯片制备（包括PCR，纯化，点样等步骤） 4. 芯片杂交（将mRNA或总RNA分别进行逆转录生成cDNA，在此步骤中将对照组和实验组cDNA分别标记CY3和CY5荧光信号） 5. 芯片扫描（采用激光扫描仪，分别用532nm和635nm波长激光扫描芯片，对于每张芯片，得到CY3和CY5通道两幅图象）
蛋白质结构和功能的预测分析 蛋白质家族保守序列寻找 从氨基酸组成辨识蛋白质 蛋白质二级结构预测 蛋白质的三维结构 蛋白质的物理性质预测 其他特殊局部信息：其它特殊局部结构包括膜蛋白的跨膜螺旋、信号肽、卷曲螺旋(Coiled Coils)等，具有明显的序列特征和结构特征，也可以用计算方法加以预测
KDD2001年BIOKDD的主题就是“生物信息学中的数据挖掘”
现在的工作
数据挖掘算法在生物信息学研究中的应用 数据挖掘算法在生物信息学研究中的改进与发展 生物信息学软件的开发
基因芯片(microarray)介绍
电子技术与生物技术的结合 基因组研究中最实用的部分之一 Affymetrix公司： 1.6cm2 40万位点 每点1000万条探针
近期任务
大规模基因组测序中的信息分析 新基因和新SNPS(单核苷酸多态性)的发现与鉴定 完整基因组的比较研究 大规模基因功能表达谱的分析 生物大分子的结构模拟与药物设计
远期任务
读懂人类基因组，发现人类遗传语言的根本规律，从而阐明若干生 物学中的重大自然哲学问题，像生命的起源与进化等。这一研究的关键和核心是了解非编码 区 非编码区信息结构分析 遗传密码起源和生物进化的研究
生物信息学介绍
生物信息学： 存储、修复、分析、整合生物数据的学科 分子生物学与信息技术的结合体 研究材料与结果：各种生物学数据 研究工具：网络、计算机 包括生物学和计算两部分 现代生物研究的核心 研究方法： 传统生物学：实验 理论 现代生物学：理论 实验验证
实用生物信息技术课程总结
《实用生物信息技术》课程总结中国科学院大学2017级研究生暑期课2018年8月15日姓名__________学号___________________编号_________电话__________邮箱_____________________以下每道题中各有两道小题，可以全做，也可选做其中任意一道1.研究课题1)简述你研究课题的背景，所涉及基因或基因家族、蛋白或蛋白家族的中英文名称，所涉及物种的中文、英文和拉丁文学名。
2)简述你所在（或轮转）实验室的研究方向和你本人感兴趣的研究课题。
2.生物学基础1)简述分子月报（Molecular of the Month）中你感兴趣的蛋白质的结构功能特点。
2)简述蛋白质分子精选（Protein Spotlight）中你感兴趣的蛋白质的功能特点。
3.文献检索1)简述如何利用PubMed高级检索策略查找你导师（或轮转导师）的学术论文。
2)简述如何利用PubMed高级检索策略查找你研究课题相关论文。
4.数据库检索1)UniProt数据库中与你课题相关的蛋白质序列登录号是什么？有哪些主要注释信息？有哪些数据库交叉链接？2)RefSeq数据库中与你课题相关的核酸序列登录号是什么？有哪些主要注释信息？有哪些数据库交叉链接？5.BLAST数据库搜索1)利用BlastP搜索你课题相关（或感兴趣）蛋白质的同源序列，选择不同种子序列字长（Word size）、计分矩阵和错误率E值，说明上述参数对搜索结果的影响。
2)利用Quick-BLAST, PSI-Blast, DELTA-BLAST, Smart-BLAST等不同程序，搜索你课题相关（或感兴趣）蛋白质的同源序列，比较搜索结果，说明这些程序的特点。
6.系统发生树构建1)利用MEGA软件构建你课题相关蛋白或基因家族系统发生树，结合文献，说明该蛋白质的起源和演化。
2)利用MEGA软件构建你感兴趣的蛋白或基因家族系统发生树，结合文献，说明系统发生分析的用途。
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“实用生物信息技术”课程
生物学基础测试
每道题四个答案中正确答案可以是0-4个
1)发明物种分类双名法（即使用拉丁文属名和种名）的科学家是（）
a．英国博物学家达尔文
b．奥地利遗传学家孟德尔
c．瑞典植物学家林奈
d．美国遗传学家摩尔根
2)《物种起源》一书中建立了以下基本概念（）
a．自然选择
b．生存竞争
c．变异
d．基因
3)孟德尔根据豌豆杂交实验结果，发现了（）
a．进化机制
b．遗传学基本定律
c．染色体结构
d．细胞形态和结构
4)摩尔根利用果蝇进行遗传学实验，提出了（）
a．基因论
b．进化论
c．细胞学说
d．染色体学说
5)DNA双螺旋模型（）
a．由两条DNA分子反向平行缠绕构成双螺旋
b．双螺旋骨架由核糖核酸和磷酸基团构成
c．碱基通过氢键互相配对，分布在分子外部
d．碱基平面与螺旋轴垂直
6)现代智人的拉丁文学名为（）
a．Human
b．Human being
c．Homo being
d．Homo sapien
7)拟南芥Arabidopsis thaliana（）
a．属于十字花科
b．是多年生草本植物
c．容易进行基因操作
d．分布范围广、生活周期短
8)人类基因组（）
a．约含30亿个碱基对
b．有23条染色体
c．蛋白质编码基因总长约占基因组全长的一半
d．含有大量重复序列
9)人类基因组计划确定的模式生物包括（）
a．小鼠（Mouse, Mus musculus）
b．斑马鱼（Zebrafish, Danio rerio）
c．酿酒酵母（Baker’s yeast, Saccharomyces cereviciae）d．水稻（Rice, Oryza sativa）
10)古细菌Archaea（）
a．进化地位最为古老的细菌
b．十多亿年前曾经生活在地球上，现在已经灭绝
c．通常生活在极端环境下
d．比普通细菌更小
11)真核生物基因组（）
a．基因组大小与染色体数目有关
b．动物基因组比植物基因组大
c．动物基因组比植物基因组染色体多
d．同一家族的基因分布在相同染色体上
12)真核生物基因中（）
a．至少有一个内含子
b．至少有一个外显子
c．3’端有多聚腺苷酸信号
d．5’端有转录起始位点
13)分子生物学中心法则指出（）
a．DNA是遗传信息的携带者
b．DNA通过转录得到RNA
c．mRNA作为信使，按三联体遗传密码指导蛋白质合成d．蛋白质可以调控DNA复制和转录
14)染色体的基本单位是（）
a．核小体
b．核糖体
c．线粒体
d．叶绿体
15)蛋白质合成场所是（）
a．染色体
b．核糖体
c．核小体
16)参与基因转录表达调控的生物分子是（）
a．转录因子
b．酶
c．激素
d．microRNA
17)成熟的microRNA长度（）
a．>30bp
b．<20bp
c．21-24bp
d．25-28bp
18)PCR引物设计的原则包括（）
a．引物和引物之间不能配对形成发夹环
b．引物自身不能折叠配对形成发夹环
c．引物GC含量约为50-60%
d．引物3’端最好有3个连续的C或G
19)DNA分子中鸟嘌呤核苷酸可用以下字母表示（）
a．A
b．C
c．G
d．T
20)DNA分子中嘧啶可用以下字母表示（）
a．Y
b．R
c．W
d．S
21)遗传密码具有以下特征（）
a．相邻两个密码子之间相隔若干个碱基
b．动物和植物的密码子不同
c．某些线粒体基因组中个别密码子与通用密码子编码的氨基酸不同d．一种氨基酸可以有多个密码子编码
22)以下哪个是起始密码子（）
a．TGA
b．AGT
c．ATG
d．GA T
23)以下哪些是终止密码子（）
a．TAA
b．TGA
d．TGG
24)亮氨酸Leu/L有几套密码子（）
a．一套
b．两套
c．四套
d．六套
25)只有1套密码子的氨基酸有（）
a．谷氨酸Glu/E
b．甘氨酸Gly/G
c．丝氨酸Ser/S
d．色氨酸Trp/W
26)以下哪些是疏水氨基酸（）
a．苯丙氨酸Phe/F
b．甲硫氨酸Met/M
c．异亮氨酸Ile/I
d．丙氨酸Ala/A
27)侧链带负电的氨基酸有（）
a．丝氨酸Ser/S
b．天冬酰胺Asn/N
c．组氨酸His/H
d．谷氨酸Glu/E
28)芳香族氨基酸有（）
a．甲硫氨酸Met/M
b．酪氨酸Tyr/Y
c．精氨酸Arg/R
d．脯氨酸Pro/P
29)蛋白质分子活性中心常见氨基酸有（）
a．丝氨酸Ser/S
b．缬氨酸Val/V
c．组氨酸His/H
d．赖氨酸Lys/K
30)蛋白质分子可进行磷酸化修饰的氨基酸有（）
a．丝氨酸Ser/S
b．苏氨酸Thr/T
c．组氨酸His/H
d．赖氨酸Lys/K
31)稳定蛋白质二级结构的化学键是（）
a．肽键
c．离子键
d．氢键
32)连接蛋白质一级结构中相邻氨基酸残基的化学键称（）
a．肽键
b．共价键
c．离子键
d．氢键
33)连接蛋白质一级结构中非相邻氨基酸残基的化学键是（）
a．二硫键
b．糖苷键
c．磷脂键
d．氢键
34)典型的alpha螺旋（）
a．由主链上酰胺基和羧基形成氢键
b．氢键方向与螺旋轴垂直
c．氢键长度约为2.8埃
d．侧链分部在螺旋轴周围
35)典型的beta折叠（）
a．由主链上酰胺基和羧基形成氢键
b．肽链走向有平行和反平行两种
c．氢键方向与肽链走向平行
d．侧链分布在beta折叠片上下方
36)成熟的人胰岛素分子（）
a．由两条链组成
b．两条链之间由两对二硫键相连
c．其二级结构包括alpha螺旋和beta折叠
d．其中的一个组氨酸与锌离子结合
37)人血红蛋白共有（）
a．四个完全相同的亚基
b．四个完全不同的亚基
c．四个亚基，两两相同
d．两个亚基，各不相同
38)与血红蛋白中血色素卟啉环中心铁离子共价结合的氨基酸是（）
a．苯丙氨酸Phe/F
b．精氨酸Arg/R
c．苏氨酸Thr/T
d．组氨酸His/H
39)人免疫球蛋白Immunoglobin分子有（）
a．两条重链、两条轻链组成
b．每条重链含四个结构域
c．每条轻链含两个结构域
d．重链和重链有三对二硫键、重链和轻链之间有一对二硫键40)蛋白质分子中用作辅助因子的常见金属元素有（）
a．锌
b．硒
c．铜
d．镉。