小反刍兽疫病毒新疆株的N基因序列分析_赵亚

赵亚，马海璐，李岳洋，等．小反刍兽疫病毒新疆株的N基因序列分析［J］．畜牧与兽医，2016，48（2）：17－23Zhao Y，Ma H L，Li Y Y，et al．Sequence analysis of N gene of peste des petits ruminants virus from Xinjiang province［J］．Animal Husbandry＆Veterinary Medicine，2016，48（2）：17－23小反刍兽疫病毒新疆株的N基因序列分析赵亚*，马海璐*，李岳洋，杨曦曦，文山刚，马世强，萨依甫加玛·卡依萨尔，努尔古丽·图尔贡，赵丽＊＊，刘永宏＊＊（塔里木大学动物科学学院/新疆生产建设兵团塔里木畜牧科技重点实验室，新疆阿拉尔843300）摘要：为了分析小反刍兽疫病毒（PPＲV）新疆株的分子演变特点，从GenBank数据库中下载所有国家全部PPＲV的N基因全序列，应用DNAS-tar软件进行序列分析。

结果显示：PPＲV中国新疆株，与中国内地流行毒株核苷酸同源性最高，为99.2% 99.9%；与之前中国西藏毒株核苷酸同源性为98.1%；与中国所用疫苗株核苷酸同源性为93.6%。

与其他国家毒株相比，核苷酸同源性最低的是韩国毒株，同源性最高的是印度毒株。

N基因系统进化关系分析显示，PPＲV中国新疆株属于基因Ⅳ系。

N蛋白氨基酸同源性结果与核苷酸比对结果相似。

PPＲV中国新疆株存在一定程度变异，可能为周边国家传入。

关键词：小反刍兽疫病毒；N基因；序列分析；新疆中图分类号：S852.6文献标志码：A文章编号：0529－5130（2016）02－0017－07Sequence analysis of N gene of peste des petits ruminants virusfrom Xinjiang provinceZHAO Ya*，MA Hailu*，LI Yueyang，YANG Xixi，WEN Shangang，MA Shiqiang，Sayifujiama Kayisaer，Nuerguli Tuergong，ZHAO Li＊＊，LIU Yonghong＊＊（College of Animal Science，Tarim University，Key Laboratory of Tarim Animanl HusbandryScience and Technology of Xinjiang Production＆Construction Corps，Alar843300，China）Abstract：In order to determine the molecular evolution of peste des petits ruminants virus（PPＲV）from Xinjiang province，we download-ed and analysed the complete sequences of all the N genes of PPＲV from China and other countries in GenBank．The results showed that the nucleotide homology of Xinjiang strain was the highest with the epidemic strains from Chinese mainland，and the percentage was up to99.2%－99.9%；compared with Tibet strain and Chinese vaccine strain，the nucleotide homologies were98.1%and93.6%，respectively．Com-pared to the foreign strains，the nucleotide homology was the lowest with South Korea strain and the highest with India strain．The phylogenet-ic analysis of N gene showed that Xinjiang strain belongs to genotypeⅣ．The analysis for amino acid sequences of N protein was similar to the nucleotide homology．There is certain variation in the PPＲV Xinjiang strain，indicating that this viral strain may be introduced from the neighboring countries．Key words：PPＲV；N gene；sequence analysis；Xinjiang小反刍兽疫（peste des petits ruminants，PPＲ），收稿日期：2015－08－02；修回日期：2015－12－12基金项目：国家级大学生创新创业训练计划项目（201510757011）；塔里木大学动物科学学院大学生创新项目（DKY2014004，DKY2014009）；华中农业大学塔里木大学科研联合基金项目（HNTDLH1404）*并列第一作者作者简介：赵亚（1993－），男，本科生；马海璐（1992－），男，本科生＊＊通信作者：刘永宏，副教授，研究方向为传染病与免疫病理学，E－mail：lyhdky@；赵丽，副教授，研究方向为寄生虫病与免疫病理学，E－mail：zhaolidky@ 是由小反刍兽疫病毒（peste des petits ruminants virus，PPＲV）引起小反刍动物的一种急性接触传染性疾病，其特征为发热、眼鼻分泌物增多、口炎、肠炎和肺炎［1－2］。

西非科特迪瓦于1942年暴发全球首例PPＲ［3］，之后呈全球蔓延之态。

目前，至少包括亚洲23国在内的49国发生了PPＲ疫情［2，4］，其中囊括中国周边的12个国家［4－5］。

2005年，通过发病情况和血清学调查发现中国西藏发生小反刍兽疫疫情；后来，通过分子流行病学调查，确证西藏于2007年7月发生PPＲ［6－8］。

2008年到2010年间，在西藏报道发生3次PPＲ疫情［7－9］。

2013年年底，新疆伊犁地区为中国第2个发生PPＲ疫情的省区。

之后，新疆多地暴发该疫情［10］。

此次疫情呈大流行态势，2014年4月达到高峰期。

去年中国22省、市、自治区256个县暴发PPＲ。

云南、江苏、安徽、湖北和贵州省为重灾区。

截止2014年9月，中国约有7万多只绵羊和山羊被扑杀，损失巨大［11］。

PPＲV为副黏病毒科麻疹病毒属的成员［12］，其血清型只有1个［13］，该病毒核酸类型为单股负链ＲNA，基因组约为15948nt，从3'到5'依次为N、P、M、F、H和L共6个基因，分别编码核衣壳蛋白N、磷蛋白P、基质蛋白M、融合蛋白F、血凝蛋白H和大蛋白L等6个结构蛋白［14］。

新疆伊犁哈萨克自治州霍城县三宫乡一村PPＲ疫情，1只山羊淋巴结组织样品通过病毒ＲNA提取、ＲT－PCＲ、PCＲ产物纯化测序及末端ＲACE法，获得完整PPＲV基因组序列，大小为15954nt，命名为PPＲV China/XJYL/2013，为新奇变异株，GenBank 登录号为KM091959［15］。

根据文献报道，以N或F 基因序列可进行遗传演化分析［1，14］。

本研究拟对新疆伊犁地区PPＲV来源及演变特征进行详细分析，从GenBank数据库下载各国PPＲV N 基因所有全序列，并结合每次疫情发生的时空分布进行系统分析。

1材料与方法1.1材料中国新疆仅有的1个PPＲV China/XJYL/2013株N基因全序列，中国其他地区和其他国家全部PPＲV N基因全序列，均来源于GenBank数据库，毒株详细信息见表1。

表1参考毒株序号毒株名称序列命名GenBank登录号备注1China/XJYL/2013XJYL2013KM0919592013年，中国新疆伊犁2China/BJ/2014BJ2014KP2606242014年，中国北京3Ethiopia1994Ethiopia1994KJ8675401994年，埃塞俄比亚4Ethiopia2010Ethiopia2010KJ8675412010年，埃塞俄比亚5Ghana/NK1/2010Ghana2010KJ4661042010年，加纳6CH/HNNY/2014HNNY2014KM0898302014年，中国河南7CH/HNZK/2014HNZK2014KM0898312014年，中国河南8CH/HNZM/2014HNZM2014KM0898322014年，中国河南9ICV89ICV1989EU2672731989年，科特迪瓦10PＲADESH_95India1995JN6476941995年，印度11Sungri/96India1996KF7279811996年，印度12Sungri1996MSD（The Netherlands）India1996－1KJ8675421996年，印度13Jhansi－2003India2003GU0145712003年，印度14Ｒevati2005India2005FJ7505592005年，印度15Ｒevati－2006India2006GU0145742006年，印度16Guj/2007India2007JN6325322007年，印度17KN5/2011Kenya2011KM4630832011年，肯尼亚18Morocco－2008Morocco2008KC609745摩洛哥2008年19Morocco2008Morocco2008－1KC5940742008年，摩洛哥20Nigeria/75/1Nigeria1975HQ1977531975年，尼日利亚中国疫苗株21Ng76/1Nigeria1976EU2672741976年，尼日利亚22Oman1983Oman1983KJ8675441983年，阿曼23DOＲCAS_87Oman1987JN6476951987年，阿曼24E32/1969Senegal1969KP7893751969年，塞内加尔25SnDk11I13Senegal2013KM2121772013年，塞内加尔26MIELIK_72Sudan1972JN6476931972年，苏丹27Tibet/Bharal/2008Tibet2008JX2178502008年，中国西藏28China/Tibet/0701Tibet0701EU3605962007年，中国西藏29China/Tibet/Geg/07－30Tibet200730FJ9053042007年，中国西藏30Turkey2000Turkey2000NC_0063832000年，土耳其31UAE1986UAE1986KJ8675451986年，阿联酋32Uganda2012Uganda2012KJ8675432012年，乌干达1.2方法搜索GenBank数据库中全部PPＲV N基因全序列，用DNAStar软件EditSeq程序将其核苷酸和氨基酸序列保存为*．Seq和*．Pro格式文件，应用该软件MegAlign程序Clustal W法进行比对，然后在Veiw菜单中Sequence Distance和Phylogenetic Tree提取序列比对结果和进化树图。