RT-PCR与SYBR Green Ⅰ实时RT-PCR方法检测乙型脑炎病毒的比较
SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR测定肠道病毒71型(EV71)RNA拷贝数方法的建立
SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR测定肠道病毒71型(EV71)RNA拷贝数方法的建立朵建英;王卫;丛喆;刘强;魏强【摘要】目的建立SYBR Green Ⅰ荧光染料实时定量RT-PCR方法,测定实验动物等来源的EV71病毒RNA.方法运用EV71 VP1保守区引物,优化real time RT-PCR条件,运用NASBA方法扩增EV71病毒RNA,计算拷贝数,经10倍系列稀释做出标准曲线,作为EV71病毒RNA定量检测的外标准品.结果应用Qiagen公司QuantiTect SYBR Green RT-PCR Kit,该标准品可精确定量到100copies/μL,PCR扩增效率达到99.5%.结论SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量PCR 法测定EV71病毒RNA拷贝数的方法敏感性高、稳定性好,可用于EV71病毒RNA载量的定量测定.【期刊名称】《中国比较医学杂志》【年(卷),期】2010(020)007【总页数】5页(P27-31)【关键词】肠道病毒71型(EV71);模型,动物;病毒载量;实时定量RT-PCR【作者】朵建英;王卫;丛喆;刘强;魏强【作者单位】中国医学科学院实验动物研究所,北京协和医学院比较医学中心,卫生部人类疾病比较医学重点实验室,北京,100021;中国医学科学院实验动物研究所,北京协和医学院比较医学中心,卫生部人类疾病比较医学重点实验室,北京,100021;中国医学科学院实验动物研究所,北京协和医学院比较医学中心,卫生部人类疾病比较医学重点实验室,北京,100021;中国医学科学院实验动物研究所,北京协和医学院比较医学中心,卫生部人类疾病比较医学重点实验室,北京,100021;中国医学科学院实验动物研究所,北京协和医学院比较医学中心,卫生部人类疾病比较医学重点实验室,北京,100021【正文语种】中文【中图分类】R373.33肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)为手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)主要病原体[1,2],属于小RNA病毒科,肠道病毒属成员,其基因组为约7408个核苷酸的单股正链RNA[3,4]。
实时荧光RT-PCR法快速检测三带喙库蚊中的流行性乙型脑炎病毒
9 1 . 5 %~1 0 0 %, 氨基酸 同源性 为 9 4 . 9 %~1 0 0 %, 其 中与 四川省 S C 0 9 一 X 0 8 株 同源性 最高 。结论 法能快速检测三带喙库蚊 中的 J E V, 成都地 区存在基 因 I 型J E V流行 。
田汶 佳 , 邓 良利 , 李鹏, 张伟 , 刘竹 , 马林
成都 市疾病 预防控制 中心消毒与媒介生物控制科 , 成都 6 1 0 0 4 1 摘要 :目的 从 四川省成都地 区采集三 带喙库蚊样 品 , 快速检测 蚊虫 中的流行性 乙型脑炎病毒 ( J E V) , 并确定 J E V 基 因型别 。方法 采用实 时荧光 R T — P C R方法检测蚊体 内的 J E V 。利用一步法 R T — P C R试剂盒扩增 阳性样 品P r M区 段特异性核苷 酸序列 , 测序后应用 C l u s t a l X1 。 8 3 和 Me g a 5 . 0 软件 构建系统进 化树 , 并进 行基 因分 型和同源性 分析。 结果 2 0 1 2 年采集 三带 喙库 蚊雌 蚊 1 0 6 5 6只 , 分为 2 1 9 份, 检测 出 7 份J E V阳性核 酸样 品 , 阳性率 为 3 . 2 %。扩增 实 时荧光 R T — P C R
中国媒介生物学及控制杂志 2 O 1 5年4月第 2 6 卷第 2 期
C h i n J Ve c t o r B i o l &C o n t r o l , A p r i l 2 0 1 5 , V o 1 . 2 6 , No . 2
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猪乙型脑炎病毒病一步法RT-PCR诊断试剂盒说明书
猪乙型脑炎病毒病一步法RT-PCR 诊断试剂盒说明书[注意] 用前请认真阅读注意事项。
[用途] 用于猪乙型脑炎病毒病的检测、诊断和流行病学调查。
[试剂][操作步骤]1. RNA 提取(1)取疑似猪乙型脑炎病毒病的病料(脑、肺脏、脾脏等)1~4g 于无菌研钵,研磨并用 Hanks 液(pH7.2~7.4)稀释成 1:4 乳剂,分装 1.5ml 灭菌EP 管,反复冻融 2~3 次,8000r/min 离心5 分钟。
(2)取300ul 上清液,移入新的 1.5ml 灭菌EP 管中,加入 600ul SR-I,反复颠倒几次混匀,室温放置 5~10 分钟.。
(3)加入 180ul 氯仿,漩涡振荡 15 秒混匀。
室温下放置 2~3 分钟。
(4)12000r/min 离心10 分钟,取 450ul 上层水相,转移到一个新的 EP 管中,再加入 500ul 异丙醇混匀,室温放置 10 分钟。
(5)12000r/min 离心10 分钟,弃去上清,加入SR-II 700ul,充分洗涤沉淀 RNA 后,12000r/min 离心 5 分钟,小心吸去上清(注意:严格防止 RNA 丢失)。
(6)室温晾干或到置于超净工作台内风干,15-30 分钟。
用 30ul TU-9 溶解(难于溶解时,可56℃水浴 15 分钟),即为模板,即用或-70℃冻存备用。
2.One-Step RT- PCR 加样体系TU-1 5ulTU-2 4ulTU-3 8ul1ul(现用现取,用完后立TU-4 TU-5 TU-6即放回) 1ul(现用现取,用完后立即放回) 1ul(现用现取,用完后立即放回)3.反应程序:4.电泳:TU-7 1ulTU-8 1ulTU-9 15ul模板13ul50℃45min94℃预变性5min94℃变性60s55℃退火60s 30 个循环72℃延伸60s72℃延伸10min称量 0.25g 琼脂糖,放入锥形瓶,加入 25ml 1×TAE 液(可配置 50×浓缩液,储存备用),于微波炉中熔解,加入 1.5ul 的TU-12 混匀。
三种荧光定量PCR检测方法比较
三种荧光定量PCR检测方法比较定量pcr:以参照物为标准,对PCR终产物进行分析或对PCR过程进行监测,从而达到评估样本中靶基因的拷贝数,称为定量PCR。
定量PCR的可行性定量一般是在PCR扩增的指数期进行的。
常见荧光定量PCR检测方法可分为以下几类:<1> SYBR Green I 检测模式SYBR Green I 是一种能与双链DNA 结合发光的荧光染料。
其与双链DNA 结合后, 荧光大大增强。
因此, SYBR Green I 的荧光信号强度与双链DNA 的数量相关,可以根据荧光信号检测出PCR 体系存在的双链DNA 数量。
SYBR Green I 的最大吸收波长约为497nm,发射波长最大约为520nm。
PCR 扩增程序一般为94℃~55℃~72℃三步法,40 个循环。
SYBR Green I 的缺点:由于SYBR Green I 没有特异性,不能识别特定的双链,只要是双链就会结合发光,对PCR 反应中的非特异性扩增或引物二聚体也会产生荧光,通常本底较高,所以在临床上使用可能会有假阳性发生。
SYBR Green I 的优点:SYBR Green I 的优点是因为其缺点产生,由于它能所有的双链DNA相结合,所以对不同模板不需特别定制不同的特异性探针,通用性较好,并且价格相对较低。
这对科研是很有利的,因此国内外在科研中使用比较普遍。
<2> 水解探针模式<taq man探针>TaqMan 探针是一种寡核苷酸探针,荧光基团连接在探针的5’末端, 而淬灭剂则在3’末端。
当探针与靶序列配对时,荧光基团发射的荧光因与3’端的淬灭剂接近而被淬灭。
在进行延伸反应时,聚合酶的5’外切酶活性将探针切断,使得荧光基团与淬灭剂分离,发射荧光。
一分子的产物生成就伴随着一分子的荧光信号的产生。
随着扩增循环数的增加,释放出来的荧光基团不断积累。
因此Taqman 探针检测的是积累荧光。
PCR 扩增程序通常是:94℃~60 ℃40 个循环。
rt-pcr生物化学名词解释
rt-pcr生物化学名词解释
RT-PCR是实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time Polymerase Chain Reaction)的缩写,是一种用于检测和定量DNA
或RNA的技术。
这种技术结合了PCR和荧光探针技术,能够在PCR
反应进行的同时实时监测DNA或RNA的扩增过程。
RT-PCR的原理是
利用DNA聚合酶酶在适当的温度下复制DNA或RNA片段,然后通过
荧光信号的累积来实时监测扩增过程。
这种技术可以用于检测病原体、基因表达分析、疾病诊断等领域,具有高灵敏度、高特异性和
高准确性的特点。
RT-PCR的步骤包括,提取RNA或DNA样本、反转录(RT)将RNA转化为cDNA(如果是RT-PCR)、PCR扩增、实时荧光信号监测
和数据分析。
这些步骤需要精确的实验操作和严格的质量控制,以
确保结果的准确性和可靠性。
RT-PCR在医学、生物学、遗传学和疾病研究等领域具有广泛的
应用。
例如,在病毒性疾病的诊断中,RT-PCR可以检测病毒的RNA,帮助医生确认病毒感染。
在基因表达分析中,科研人员可以利用
RT-PCR来定量特定基因的表达水平,从而研究基因调控和信号通路。
总之,RT-PCR作为一种重要的分子生物学技术,对于科学研究和临床诊断具有重要意义。
sybr green荧光定量pcr原理
sybr green荧光定量pcr原理实时荧光定量聚合酶链反应(Real-TimeFluorescenceQuantitative-PolymeraseChainReaction,简称Real-Time PCR或RT-PCR)是一种新兴的现代技术,可以检测的某个特定的DNA序列存在的量,并可将该序列的样品分类为病毒感染的载体和非感染的载体。
它的特点是其高的灵敏度,快的反应速度以及能够以一个低的浓度进行检测。
SYBR Green,又名SYBR Green I,是一种荧光染料,正是因为它,才使得Real-Time PCR能够实现定量检测,取得了极大的成功。
二、SYBR Green荧光染料的原理SYBR Green是一种荧光染料,可以被用于Real-Time PCR技术,并能反映在PCR过程中特定DNA基序列扩增的变化。
SYBR Green染料是一种可被氨基酸体系吸收的荧光染料,可以在反应基质中吸收发出荧光。
最关键的是,当DNA聚合酶正式介入PCR循环时,它们可以将SYBR Green染料与溶液中的DNA结合,使染料开始发射荧光,从而实现特定DNA片段的检测。
三、SYBR Green荧光定量PCR的应用SYBR Green荧光定量PCR大大简化了实时PCR技术,使其在临床检测中发挥得更强大的作用。
最常见的应用是对细菌、病毒和真菌感染的研究,以及比较样本的分析,是检测细菌、病毒及真菌抗药性的有效方法。
此外,SYBR Green荧光定量PCR还可用于检测某些特殊的基因组和基因片段,例如检测BRCA1和BRCA2基因和HER2/neu基因的突变等。
四、总结从上文可以看出,SYBR Green荧光定量PCR在实时PCR技术中发挥了重要的作用。
SYBR Green荧光染料是这一技术的核心,它通过与DNA结合使荧光染料发出荧光,从而实现特定DNA片段的检测。
它大大简化了实时PCR技术,广泛应用于临床检测,如检测细菌、病毒及真菌感染以及疾病基因突变等。
RTPCR和QPCR区别哪个更准确
RTPCR和QPCR区别哪个更准确引言在分子生物学和生物医学领域中,常用的分析方法包括RT-PCR(Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction)和qPCR(quantitative Polymerase Chain Reaction)。
这两个技术在检测核酸的表达和定量方面都非常重要。
本文将比较它们的区别和准确性,帮助读者更好地理解两者的特点。
RT-PCR和qPCR的基本原理RT-PCR是一种通过逆转录将RNA转录成cDNA(complementary DNA),然后利用聚合酶链反应(PCR)在DNA模板上扩增目标序列的方法。
这种技术可以将RNA转录成DNA,从而可以方便地对RNA进行定性和定量分析。
qPCR是在RT-PCR的基础上进一步发展而来的技术。
它在PCR过程中使用了荧光探针(如SYBR Green或TaqMan探针)来实时监测PCR反应的过程。
荧光信号的强度与模板DNA的数量成正比,可以通过荧光信号的变化来定量分析目标序列的表达水平。
RT-PCR和qPCR的区别1.应用范围: RT-PCR主要用于定性分析,即检测目标基因的存在与否。
而qPCR不仅可以定性分析,还可以进行定量分析,即准确测定目标基因的表达水平。
2.实验原理: RT-PCR将RNA逆转录成cDNA,然后通过PCR进行扩增。
而qPCR在RT-PCR的基础上引入了荧光信号监测系统,可以实时监测PCR反应的进行。
3.准确性: qPCR相比于RT-PCR更加准确。
通过实时监测PCR反应的信号变化,可以高精度地获取PCR产物的数量,从而准确测定目标基因的表达水平。
4.灵敏度:在目标基因表达水平较低的情况下,qPCR比RT-PCR更具灵敏度。
qPCR可以通过荧光信号变化的动态范围更好地区分不同表达水平的目标基因。
5.实验复杂度: RT-PCR相对来说比qPCR更简单,只需要进行逆转录和PCR扩增两个步骤。
禽肺炎病毒SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR检测试剂盒[发明专利]
专利名称:禽肺炎病毒SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR检测试剂盒
专利类型:发明专利
发明人:谢芝勋,谢志勤,刘加波,庞耀珊,邓显文,谢丽基,范晴,罗思思
申请号:CN201310292649.0
申请日:20130712
公开号:CN103320543A
公开日:
20130925
专利内容由知识产权出版社提供
摘要:本发明公开了一种禽肺炎病毒SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR检测试剂盒及其应用。
本发明所提供的试剂盒中含有用于检测禽肺炎病毒的引物对,具体由引物1和引物2组成,所述引物1为序列表中序列1所示的单链DNA,所述引物2为序列表中序列2所示的单链DNA。
实验证明,利用本发明所提供的试剂盒进行禽肺炎病毒的SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR检测,具有检测时间短、特异性强、灵敏度高、操作简便、价格相对较低的优点。
申请人:广西壮族自治区兽医研究所
地址:530001 广西壮族自治区南宁市友爱北路51号
国籍:CN
代理机构:北京纪凯知识产权代理有限公司
代理人:关畅
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乙脑病毒RT—PCR检测方法的建立及应用
第八届中国北方实验动物科技年会论文集
1.1.2质粒
含乙脑病毒衣壳蛋白f基因的重组质粒pT—JEW315由本实验室构建保存。
1.1.3主要试剂 乙脑病毒Nakayama、乙脑病毒SAl4一14—2、脑脊髓炎病毒(GDVII)、小鼠
脑心肌炎病毒(EMC)、小鼠淋巴脉络丛脑膜炎病毒(LcM)、BHK一21细胞由本实 验室保存。Trizol Reagents、Nuclease—Free Water、MgCl2、AMV Reverse Transcriptase、AMV Reverse Transcriptase、Random Primers购自美国Progema 公司。dNTP Mixture、TaKaRa EX Taq、Agarose、DNA Ladder Marker,购自宝 生物工程(大连)有限公司。3个不同批次的乙脑病毒ELISA抗体检测试剂盒分别 购自北京索奥生物技术有限公司和深圳绿诗源生物技术有限公司。 1.2方法 1.2.1引物设计及合成
以乙脑病毒农壳蛋白f基因佧为靶基因,建立乙脑病毒RT PCR检测方法。 对乙脑病毒Nakayama、乙脑病毒SAl4—14 2、脑脊髓炎病毒、小鼠脑心肌炎病 毒、小鼠淋巴脉络丛脑膜炎病毒抽提的RNA进行逆转录PCR扩增。结果t乙脑病 毒Nakayama、己脑病毒SAl4 14—2均能扩增出农壳蛋白f基因315 bp特异性 条带,而脯脊髓炎病毒、小鼠腑心肌炎病毒、小鼠淋巴脉络从脑膜炎病毒均未扩
乙脑病毒在分类上属于黄病毒科(Flaviviridae)黄病毒属(Flavivirus) 成员,基因组为单股正链RNA,全长约11 kb,只有1个开放读码框,其编码是由3 个432个氨基酸组成的多聚蛋白前体,该多聚蛋白前体在宿主细胞内,在病毒自 身编码的蛋白酶(NS3)及胞内其它酶类作用下,形成3个结构蛋白(C、pre M/ M、E)和7个非结构蛋白(NSl、NS2A、NS2B、NS3、NS4A、NS4B、NS5),其中f 基因编码衣壳/核心蛋白(capsid protein)。C蛋白的作用是在合成部位由C端疏 水性氨基酸将其暂时固定在宿主细胞的粗面内质网膜上,以便装配成核衣壳包裹 基因组,保护基因组免受核酸酶或其他因素的破坏∞11。
牛传染性鼻气管炎病毒SYBR_GreenΙ_实时荧光定量PCR_检测方法的建立与初步应用
·简报·Chinese Journal of Animal Infectious Diseases中国动物传染病学报摘 要:为了建立牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV )的快速定量检测方法,本研究针对IBRV 基因组gD 序列保守区域设计特异性扩增引物,扩增的目的片段大小为105 bp ,将其克隆至pMD18-T 载体,构建重组质粒标准品pMD-gD-IBRV ,优化反应体系后,建立了快速检测IBRV 的SYBR Green I 荧光定量PCR 方法。
该方法特异性较强,与牛病毒性腹泻病毒(BVDV )、牛冠状病毒(BCoV )、牛副流感病毒3型(BPIV3)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV )均无交叉反应;敏感性试验结果显示,该方法敏感性高,对重组质粒标准品的最低检出限达4.8×100 copies/μL ,高于常规PCR 方法;批内、批间重复性试验的变异系数均小于2%,表明该方法重复性良好;该方法检测的样本阳性率高于常规PCR 方法,利用该方法检测牛场送检的106份临床样品,结果显示IBRV 的阳性率为36.7%,常规 PCR 检测方法检测显示阳性率为33.0%,二者符合率为96.2%,表明该方法更适用于临床样品检测。
本研究建立的IBRV 的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR 检测方法特异性强、敏感性高、重复性好、快速高效,对于IBRV 的检测和流行病学调查具有重要意义。
关键词:牛传染性鼻气管炎病毒;检测方法;gD 基因;实时荧光定量PCR 中图分类号:S852.65文献标志码: B文章编号:1674-6422(2023)06-0140-06Development and Preliminary Application of the SYBR Green I Real-time Fluorescent Quantitative PCR Method for Detection of I nfectious BovineRhinotracheitis VirusWANG Qianying 1, YANG Sen 1, LIU Kexin 1, WANG Chao 2, SUN Feiyan 1, ZHANG Shuqin 1(1. Institute of Special Economic Animal and Plant Sciences of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changchun 130112, China; 2. Heilongjiang Journal Press of Agricultural Science and Technology, Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences, Harbin 150086, China)收稿日期:2021-08-31基金项目:吉林省重点研发项目(20220202058NC);国家自然科学基金(31602093);基本科研业务费(1610342018004)作者简介:王倩颖,女,硕士研究生,主要从事病毒分子生物学研究通信作者:张淑琴,E-mail:***********************牛传染性鼻气管炎病毒SYBR Green Ι实时荧光定量PCR 检测方法的建立与初步应用王倩颖1,杨 森1,刘可欣1,王 超2,孙飞雁1,张淑琴1(1.中国农业科学院特产研究所,长春130112;2.黑龙江省农业科学院 黑龙江农业科技杂志社,哈尔滨150086)2023,31(6):140-145Abstract: To develop a rapid and quantitative assay for detection of Infectious bovine rhinotracheitis virus (IBRV)in this study, specifi c amplifi cation primers were designed based on the conserved region of gD sequence of IBRV genome and an amplifi ed target fragment of 105 bp in length was ligated into pMD18-T vector ton construct the recombinant plasmid standard pMD-gD-IBRV . Subsequently, the SYBR Green I real-time fl uorescence quantitative PCR method was optimized for its reaction parameters and ready for rapid detection of IBRV . The assay was highly specifi c and had no cross reaction with Bovine viral diarrhea virus (BVDV), Bovine coronavirus (BCoV), Bovine parainfl uenza virus type 3 (BPIV3) and bovine respiratory syncytial virus (BRSV). The assay also showed high sensitivity with a minimum detection limit of 4.8×100 copies/μL for the recombinant plasmid standard, which was 100 times more sensitive than that of the conventional PCR method. The coeffi cients of variation between intra assay and inter assay were less than 2%, indicating that the method· 141 ·王倩颖等:牛传染性鼻气管炎病毒SYBR GreenΙ实时荧光定量PCR 检测方法的建立与初步应用第31卷第6期牛传染性鼻气管炎(i n f e c t i o u s b o v i n e rhinotracheitis, IBR)是由牛传染性鼻气管炎病毒(Infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV)引起的一种常见的牛呼吸道传染病,该病呈现出热性、急性、接触性的特点,主要临床症状表现为呼吸道症状如鼻炎、流鼻涕、呼吸困难、发热等,易造成鼻腔及气管上纤毛及粘膜的损伤,严重时可感染肺泡内的巨噬细胞,进而削弱呼吸道的防御机制[1]。
猪流行性腹泻病毒SYBR_Green_I_实时荧光定量PCR_检测方法的建立
·研究论文·摘 要:为了建立高效、灵敏的猪流行性腹泻病毒(PEDV )检测方法,本研究从GenBank 数据库中获取PEDV N 基因序列,扩增出PEDV N 基因标准质粒,并在N 基因的保守区域内设计了一对特异性荧光定量引物,成功建立了SYBR Green I 实时荧光定量PCR 检测方法。
经过一系列试验表明,该检测方法线性关系良好,R 2值为0.99;特异性强,敏感性高,最低可检测至2.23 copies/μL ,比普通PCR 灵敏约100倍;重复性好,组内变异系数为0.25%~0.43%,组间变异系数为0.67%~0.97%;对于各地区96份临床样品检测出PEDV 阳性率为25%。
本研究建立的实时荧光定量PCR 检测方法为PEDV 的临床诊断、流行病学调查以及定量研究提供了有效的检测工具。
关键词:猪流行性腹泻病毒;N 基因;SYBR Green I ;荧光定量PCR中图分类号:S852.65 文献标志码:A 文章编号:1674-6422(2024)02-0174-07Development of SYBR Green I Real-Time PCR for Detection of Porcine EpidemicDiarrhea VirusDONG Sujie 1,2, KONG Ning 2, QIN Wenzhen 2, ZHAI Huanjie 2, ZHAI Xueying 2, YANG Xinyu 2,TONG Wu 2, ZHENG Hao 2, YU Hai 2, TONG Guangzhi 2, LI Youwen 1, SHAN Tongling 2(1. College of Animal Science and Technology, Tarim University, Alar 843300, China; 2. Shanghai Veterinary Research Institute, CAAS,Shanghai 200241, China)猪流行性腹泻病毒SYBR Green I 实时荧光定量PCR检测方法的建立董苏洁1,2,孔 宁2,秦文珍2,翟焕杰2,翟雪滢2,杨心雨2,童 武2,郑 浩2,于 海2,童光志2,李有文1,单同领2(1.塔里木大学动物科学与技术学院,阿拉尔843300;2.中国农业科学院上海兽医研究所,上海200241)Abstract: In order to develop an effi cient and sensitive detection method for Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), the PEDV N gene sequence was obtained from GenBank database and a pair of specifi c primers were designed from its conservative region for development of a SYBR Green I real-time PCR method. A series of experiments were performed for optimization and the optimal factors included the linear correlation coeffi cient at 0.99 and detection limit at 2.23 copies/μL, which was about 100 times more sensitive than conventional PCR. The coeffi cient of variation within groups was between 0.25%-0.43% and between groups was between 0.67%-0.97%, indicating its good repeatability. Total 96 clinical samples from various regions were tested using this method and the PEDV positive rate was 25% (24/96). The real-time PCR method developed in this study provided an eff ective tool for clinical diagnosis, epidemiological investigation and quantitative research of PEDV .Key words: Porcine epidemic diarrhea virus; N gene; SYBR Green I; real-time PCR收稿日期:2021-12-20基金项目:国家自然科学基金(31872478,32102665,31760741);上海自然科学基金(19ZR1469100)作者简介:董苏洁,女,硕士研究生,兽医学专业通信作者:李有文,E-mail:**************;单同领,E-mail:*********************.cnChinese Journal of Animal Infectious Diseases中国动物传染病学报2024,32(2):174-180· 175 ·董苏洁等:猪流行性腹泻病毒SYBR Green I 实时荧光定量PCR 检测方法的建立第32卷第2期猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrhea, PED)是由猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)引起的传染性肠道疾病[1]。
rt-pcr检测基因表达水平的原理
rt-pcr检测基因表达水平的原理RT-PCR(Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction)是一种常用的分子生物学技术,用于检测基因表达水平。
其原理是通过逆转录将RNA转化为cDNA,并利用聚合酶链式反应(PCR)扩增目标基因的序列,最终定量检测目标基因的表达水平。
下面将详细介绍RT-PCR的原理。
1.逆转录(Reverse Transcription)逆转录是RT-PCR的第一步,主要是将目标基因的RNA转化为互补的DNA,即cDNA。
逆转录反应需要逆转录酶(Reverse Transcriptase)和引物(Primers)的参与。
首先,待检测的RNA通过加热来解旋成为单链。
然后,在逆转录反应中,引物(Primers)结合在RNA的末端,提供一个起始点。
逆转录酶(Reverse Transcriptase)将引物作为模板,合成互补的DNA链。
引物一般选择Oligo-dT引物,它可以与RNA的多聚腺苷酸尾端结合,从而引导逆转录酶合成cDNA链。
此外,逆转录反应还需要dNTP(脱氧核苷酸三磷酸盐)和逆转录缓冲液等辅助物资。
2. PCR扩增(Polymerase Chain Reaction)逆转录后得到的cDNA是目标基因的复制物。
为了增加检测敏感性,需进一步扩增cDNA序列。
在PCR扩增过程中,引物(Primers)的作用是选择目标基因的特异序列,通过引物与目标序列的互补配对,使DNA聚合酶(DNA Polymerase)能够在相应的温度下在该位置合成新的DNA链。
PCR扩增需要参与的物质有DNA聚合酶、引物、dNTP、缓冲液和模板DNA。
引物是PCR反应中的关键,其中一对引物的设计应使其能够选择性地与目标基因序列的两个位点互补,从而能够在接下来的扩增反应中产生目标DNA片段。
PCR反应一般包括三个步骤:变性、退火和扩增。
首先,通过高温(通常为94℃至96℃)变性步骤将目标DNA链分离为两个单链。
人双埃克病毒SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用
人双埃克病毒SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用余莹;朱彩霞;杨志彪;袁聪俐;华修国【摘要】To develop a rapid, simple and sensible SYBR Green I real-time quantitative RT-PCR assay for detecting human parechoviruses (HPeVs), based on the genome sequences of the eight HPeVs genotypes available in GenBank,a pair of specific primers targeting the conserved 5 untranslated region (5 UTR) were designed for amplifying 234 bp aimed DNA fragments with RT-PCR, which were then cloned into pMD18-T vector and used as standard control. By optimizing the reaction parameters, the standard curve was constructed and the melting curve was analyzed, meanwhile, the specificity, sensitivity and reproducibility were evaluated. The standard curve showed a good linear relationship between initial templates numbers and Ct values, with an excellent correlation coefficient (r2=0. 999) and specific melting curve. The assay had a detection threshold of 60 copies/μL of initial templates, which was 100 times more sensitive than conventional PCR. Moreover, the variability of repetitive Ct value less than 1% exhibited a good reproducibility. 156 fecal samples were detected by this established assay, and the result showed a higher sensitivity compared with routine nested RT-PCR. This assay has high sensitivity, specificity,reproducibility and simple procedure, hopefully it can be used in HPeVs clinical diagnosis and epidemicalinvestigation.%为建立一种能快速、简便、灵敏地检测人双埃克病毒( HumanParechovirus,HPeV)SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法,根据GenBank发表的人双埃克病毒8个基因型的参考毒株全序列,针对5 ′端非编码区保守序列设计1对特异性引物,通过RT-PCR扩增此靶序列,构建重组质粒作为标准阳性模板,经过优化反应条件,建立标准曲线和融解曲线,对其灵敏性、特异性和重复性进行评价;检测临床粪便样品共156份,并与常规套式RT-PCR检测结果进行比较.结果显示,建立的标准曲线Ct值与模板浓度呈现良好的线性关系(r2=0.999),融解曲线特异,检测灵敏度可达60拷贝/μL,比常规PCR检测方法高100倍,重复性变异系数小(<1%),能特异地检测HPeV.临床样本检测结果也表明该法(检出30份)灵敏度高于套式RT-PCR(检出21份).实验结果证明建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,有望成为HPeVs的分子诊断、流行病学调查等相关研究的工具.【期刊名称】《上海交通大学学报(农业科学版)》【年(卷),期】2012(030)001【总页数】7页(P1-7)【关键词】人双埃克病毒;SYBR GreenⅠ;荧光定量RT-PCR【作者】余莹;朱彩霞;杨志彪;袁聪俐;华修国【作者单位】上海交通大学农业与生物学院,上海200240;上海交通大学农业与生物学院,上海200240;上海交通大学农业与生物学院,上海200240;上海交通大学农业与生物学院,上海200240;上海交通大学农业与生物学院,上海200240【正文语种】中文【中图分类】Q503人双埃克病毒(Human Parechovirus,HPeV)为小RNA病毒科(Picornaviridae),双埃克病毒属(Parechovirus)的单股正义RNA病毒。
乙型脑炎病毒的实时荧光定量逆转录PCR检测方法的建立
乙型脑炎病毒的实时荧光定量逆转录PCR检测方法的建立孙莉;陈路;王华贵;赵相胜;胡小许;迟洪霞;祁荣;吴伟立【摘要】目的建立一种可以准确、快速、特异检测乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)的一步法实时荧光定量逆转录PCR (reverse transcription-quantitative real time PCR,RT-qPCR)体系. 方法参照NCBI数据库的乙脑病毒全基因组序列,经过一致性比对分析,在乙脑病毒保守的3'非翻译区(3'untranslated region,3'UTR)区段,设计相应的特异性引物以及Taqman-MGB 探针,优化检测体系及反应条件,建立一步法RT-qPCR方法.利用登革热、森林脑炎病毒、肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A16型(CoxA16)、狂犬病毒培养物和临床诊断为登革热及手足口病人的血清样本检测其交叉反应.选择15例疑似脑炎症状的病人血清样本,以国家食品药品监督管理总局(CFDA)批准的乙脑病毒检测试剂盒作对照试剂盒,检测其临床适用性. 结果所建立的乙脑病毒一步法RT-qPCR检测方法重复性试验Ct值的变异系数CV在0.46%~0.53%之间,最低可检出5 copies/反应样本.检测体系与登革热、森林脑炎病毒等黄病毒及EV7I、CoxA16、狂犬病毒培养物等未发现交叉反应;64份临床诊断为登革热和手足口病人的血清样本检测也均为阴性.15份疑似乙脑感染的病人血清样本的检测结果与国家食品药品监督管理总局批准的乙型脑炎病毒检测试剂盒检测结果一致,但本方法操作步骤更少,检测时间更短. 结论本实验建立的乙型脑炎病毒一步法实时荧光RT-qPCR检测方法具有较高灵敏度、特异性,可用于乙型脑炎病毒的检测.【期刊名称】《分子诊断与治疗杂志》【年(卷),期】2017(009)005【总页数】6页(P341-346)【关键词】乙型脑炎病毒;Taqman-MGB;流行性乙型脑炎;RT-qPCR【作者】孙莉;陈路;王华贵;赵相胜;胡小许;迟洪霞;祁荣;吴伟立【作者单位】华北石油管理局总医院检验科,河北,任丘062552;北京宏微特斯生物科技有限公司,北京101300;中国科学院北京基因组研究所,北京100101;北京宏微特斯生物科技有限公司,北京101300;北京宏微特斯生物科技有限公司,北京101300;华北石油管理局总医院消化科,河北,任丘062552;华北石油管理局总医院消化科,河北,任丘062552;中国科学院北京基因组研究所,北京100101【正文语种】中文流行性乙型脑炎又称为日本乙型脑炎,简称乙脑,是由日本乙型脑炎病毒(Japanese encephali⁃tis virus,JEV)引起的一种中枢神经系统感染的急性传染病,也是一种人兽共患的自然疫源性疾病,临床上以高热、意识障碍、抽搐、呼吸衰竭及脑膜刺激为特征。
Sybr greenⅠ实时定量PCR检测乙型肝炎病毒DNA的探讨
Sybr greenⅠ实时定量PCR检测乙型肝炎病毒DNA的探讨戴捷;陈宇明;关明【期刊名称】《安徽医学》【年(卷),期】2005(026)002【摘要】目的选择以Sybr greenⅠ作为荧光指示剂做实时PCR(SYBR法),检测乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV)DNA,并与国产TaqMan荧光实时定量PCR方法比较.方法对189例临床血清标本DNA分别进行常规PCR和Sybr greenⅠ荧光PCR检测.结果使用国产TaqMan荧光实时定量PCR方法测得106例HBV DNA 阳性,67例阴性,16例判断困难.使用Sybr greenⅠ实时定量PCR方法测得117例HBV DNA阳性,72例阴性,使用Sybr greenⅠ实时定量PCR方法测得HBVDNA 阳性熔解曲线Tm值为83.67±0.95℃.其中106例阳性和67例阴性与使用国产TaqMan荧光实时定量PCR方法所测阴阳性一致,二者定量的回归系数为0.941.使用国产TaqMan荧光实时定量PCR方法判断困难的16例中,11例Sybr greenⅠ实时定量PCR方法判断为阳性,但定量拷贝数很低,其中最大值为1.68×103拷贝/ml,最小值为4.37×102拷贝/ml,平均值为839拷贝/ml;另5例判断为阴性.结论使用SybrgreenⅠ荧光素进行实时定量PCR检测HBV DNA的敏感度要高于国产TaqMan的荧光实时定量PCR方法,能够适合目前临床上及时有效准确检测标本的要求.【总页数】4页(P85-88)【作者】戴捷;陈宇明;关明【作者单位】233000,蚌埠市第三人民医院检验科;复旦大学附属华山医院检验医学中心;复旦大学附属华山医院检验医学中心【正文语种】中文【中图分类】R512.62【相关文献】1.肠球菌SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测方法的建立及应用 [J], 宋月;崔敏;王超群;付彤;韩立强;魏战勇;王亚宾2.一步法 SYBR Green 实时定量 RT-PCR检测坦布苏病毒方法的建立 [J], 刘青涛;李银;赵冬敏;刘宇卓;黄欣梅;杨婧;韩凯凯;安凤娇3.人4型腺病毒拷贝数SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测方法的建立 [J], 张文宁;王芃;周建光;王健;秦崇涛;李宗;李山虎4.梭子蟹肌孢虫SYBR Green I实时定量PCR检测方法的建立与应用 [J], 陈甜甜;房文红;王元;李新苍;赵姝;周俊芳;;;;;;;5.梭子蟹肌孢虫SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测方法的建立与应用 [J], 陈甜甜;房文红;王元;李新苍;赵姝;周俊芳因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
实时荧光RT-PCR快速检测蚊体内乙型脑炎病毒及福建省基因Ⅰ型乙型脑炎病毒的发现
实时荧光RT-PCR快速检测蚊体内乙型脑炎病毒及福建省基因Ⅰ型乙型脑炎病毒的发现郑夔;黄吉城;李小波;洪烨;师永霞;幸芦琴;相大鹏;郭波旋;胡龙飞【期刊名称】《中国卫生检验杂志》【年(卷),期】2008(18)11【摘要】目的:应用实时荧光RT-PCR方法快速检测蚊体内乙型脑炎病毒,并对蚊体内携带的乙型脑炎病毒进行基因分型。
方法:从蚊媒监测点采集蚊标本,研磨后提取RNA,用新型的LNA探针实时荧光RT-PCR方法进行高通量快速筛查蚊体携带的乙型脑炎病毒,对核酸阳性的标本进一步用乙型脑炎病毒E基因特异引物进行RT-PCR扩增和序列测定,根据所测序列与GenBank中不同地理来源乙型脑炎病毒株E 基因核苷酸序列分析的结果进行基因型别的判定。
结果:12575只蚊子分成254份,用实时荧光RT-PCR方法从来源于福州的2份三带喙库蚊标本中检出乙型脑炎病毒核酸阳性,经RT-PCR及核苷酸序列测定,得到一段长1500nt的E基因核苷酸序列,序列分析结果显示,其核苷酸同源性最大的是来源于上海(DQ404100)和浙江(EU258742)的毒株,分别是99.1%和99.0%,均属于基因Ⅰ型病毒。
结论:实时荧光RT-PCR方法是快速检测蚊体内乙型脑炎病毒的理想方法,此次调查发现的乙型脑炎病毒是以往福建省内未见报道的基因Ⅰ型病毒。
【总页数】4页(P2212-2215)【关键词】实时荧光RT—PCR;LNA探针;乙型脑炎病毒;E基因;基因型【作者】郑夔;黄吉城;李小波;洪烨;师永霞;幸芦琴;相大鹏;郭波旋;胡龙飞【作者单位】广东检验检疫技术中心卫生检疫实验室;云浮出入境检验检疫局【正文语种】中文【中图分类】R373.31【相关文献】1.中国大陆地区乙型脑炎病毒一步法 TaqMan 荧光定量RT-PCR 检测方法的建立[J], 牟小会;吕清巧;颜凤;程金芝;郑祎扬;商正玲;吴家红;韦艳2.RT-PCR与SYBR Green Ⅰ实时RT-PCR方法检测乙型脑炎病毒的比较 [J], 陈志永;肖建鹏;马莉珍;高璐璐;陈清3.基于E基因的猪乙型脑炎病毒一步法 RT-PCR快速检测方法的建立和应用 [J], 李天芝;于新友;莫玲;沈志强4.多重荧光RT-PCR技术检测猪流感病毒、猪乙型脑炎病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒方法的建立 [J], 梁晓艳;万东山;郭兰英5.猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒和乙型脑炎病毒多重RT-PCR检测方法的建立 [J], 刘辉;熊金凤;邹浩勇;陈杨;杨维红;何启盖因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
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史用 医学 杂志 2 1 00年第 2 6卷第 5期
胰 胰导管的损伤 , 使胶原酶得以均匀分布胰腺 , 但研究 性 ,且胰 导 管 的活性 状 态不 随时 间 的推移 而恶 化 ; 导管 系统 的完 整性 是 胶原 酶均 匀分 布 的前 提 , 原酶 胶 对胰 导管 的保 护效果 尚缺乏 论证 。锥虫蓝染 色 阳性 是 细胞 活性 丧 失 的可靠 指 标 [, 7 本研 究 通过 应 用锥 虫 蓝 分布 均匀 与否 将直 接 影响 到最 终 的胰 岛产量 , ] 也就 最 染色结 合石蜡 切片 H E染 色的方法 评价胰 导 管保护 法 终 关 系到胰 岛移 植 的成功 与否 。 对胰 导管 的保护效 果 . 果显 示实 验组 的胰 导 管细 胞 4 参 考 文 献 结 1 hpr A M,Lk yJR,R a o t 1 Il aslnao n et i 死 亡 率 均 明显 低 于 对 照组 ( P<00 )表 明胰 导管 保 [ ] S ai ae ynE A,e a. s trnpatt ni . , 5 s v n p t n s wi y a ee l t s u i g a g u o o t o d e e a i t t tpe l dib t s mel u sn l e c ri i — e h i e 护法在冷保存期间较好的保存了胰导管的完整性 , 而 f ei u ou pes erg n[] N E g JMe 20 ,4 ( ) r e mm n sp rsi i v e me J. n l d,0 0 3 3 4 : 实验组 3 和实验组 5相 比差异无统计学意义 ( 0 5 . P> . ) 0 2 0— 3 . 3 2 8 表 明胰导 管 的活性状 态 不随保 存 时 间的延 长 而恶 化 。 [ ] H f g B J A heiga d m it nn nui n eed nei 2 e n . civ n ana ig isl idpn ec n i n i n h m nie t n l t e pet [ ] Tasl t i , 20 ,9 u a l a s a c i s J . r p n t n 0 5 7 str p n r i n n a ao 胶原 酶 分 布 的组 织学 表 现 显示 胶 原 酶 在 实验 组 的 分 (0 :26 19 . 1 ) 19 - 2 7 布 明显 较对 照组均 匀 。 而实验 组 的胰导 管 细胞死 亡 率 『 ] 李建平 , 3 胡浩 , 季沅 , 胰 导管保护法提高胰岛获取量 的实验 等. 又均 低 于其 对 照组 亦 即 实验 组 的胰 导管 完 整 性 优 于 研 究 [ ] 京 医科 大 学学 报 : J .南 自然 科 学 版 ,2 0 ,2 ( J : 0 8 8 1) 其 对 照组 , 表明胰 导 管完整 性 的程 度与 胶原 酶分 布 的 1 3 -1 3 . 4 3 4 6 4 a aaT,Ma u t I aa oM,e a.mpoe lt il a d t mo ,N kn s o t 1I rvdie ed n s y 均 匀度成 正相 关 , 即胰 导管 的 完整性 好 则胶 原 酶分 布 [ ] Sw d fnt n wt u t net n o U i rt fWi osn slt n u ci i d ca i ci f nv sy o s ni oui o h l j o ei c o 均 匀 ,而胰导 管 的完整 性差 则胶 原 酶分 布不 均匀 , 这 bf e a c a pe r t n [] r s at i ,0 3 7 (2 : e r p nr s r e ao J .Ta p n t n 2 0 ,5 1 ) o e svi n l ao 也 就证 实 了胰导 管 的完 整 性 是胶 原 酶 均 匀 分 布 的前 16 9 5一l 6 . 9 9 提 。在胰腺 的 消化 过程 中 。 岛从胰腺 的外分 泌腺 泡 [ ] H rgei 胰 5 oauh A,MerlR C Peaai f ibeie cl o os r l . rp rtno a l s t elf m dg e o v l s r b e ehd[ jDa e s 9 13 ( )4 5 4 8 yanwm to J. ibt ,18 ,0 5 :5 - 5 . e 组织分 离 下来 [, 8 且胰 腺 良好 的膨 胀 是 获得 足够 胰 岛 ] [ ] O zt H,G thM,Mo dnM,e a.I rvmetnie il 6 hao oo n e t 1 mpoe n lt ed i s y 的前提 [。胶原 酶在 胰腺 的分 布均 匀与 否尤其 在胰 尾 3 ] fo rm a od-r sre p n ra by a cetc u tl olg n s c l p eev d a ce s p n rai d ca c l e ae a 部 分布 的是否 均匀 直接影 响 到最终 的胰 岛产 量 研究 ds nina tet f avsn [] rnpattn 19 , 1 ie t t h meo ret g J .Ta sl ai ,9 15 t o i h i n o 中发现 , 实验组 即胰 导 管保 护组 的胰 腺灌 注胶 原 酶后 ( ) 5 6 5 0 3 :6 — 7 . 膨胀 均 较 对照 组 充 分 ,亦 提示 胶 原 酶 得 到 了均 匀 分 [ ] C lw l K n e JC,C rn R T aaaY,e a.R pr s n 7 ad e - ekl l ur ,Tn k i t 1 eef i uo i uyt ed tei elfl wn o ce cs rg ti r n r o noh ll l l igcl i hmi t aeo r vs j a c so o ds o f a le 布, 且研究发现应用胰导管保护法组的胰岛产量明显 [] H ptl y 9 9,0 3 :9 — 9 . J . e a o ,18 1( )2 2 2 9 og 高于未 应用组 [。 [ ] Lc 8 ayPE,K sa osyM. to rh o tno it ts to ot nvk Mehdf ei l i fna ls i o t sao c ie f 综上 所述 , 导 管保护 法 对胰 导管 的保 护效 果确 胰 L ne a sr h t ac a [] Dae s 16 ,6 1 : - 9 a gr n f mt r nr s J . i t ,9 7 1 ( )3 3 . h 0 eap e be 5 切 肯定 , 可较好 地 保存 冷保 存期 问胰 导 管系 统 的完整 ( 收稿 :0 9 0 — 2 编辑 : 20—72 徐荣远 )