动物组织中总RNA的提取教学文稿
适宜于实验教学的动物组织总RNA提取的操作方法
中分 离 纯 化 R NA。 R NA 质 量 的 高 低 常 常 影 响 R T~ C c NA库构 建和 Not en lt 分子 P R、D rh r —Bo 等
生物 学 实 验 的 成 败 。 由 于 受 到 内 源 性 和 外 源 性 R NA酶 的降解作 用 , 加上 实验准 备和操作 过程 难 再 免 出现 纰漏 , 以获 得 高 质量 的 R 难 NA。R NA 的提 取 方法很 多[ ] 由 于组 织 的结 构 和组 成 不 同 , 种 1 , 。 一 方法很难 适 用 于所 有 组 织 R NA 的 提 取L ] 5 。动 物 。 鲜 活组织 中 R NA 酶的含 量 和活 性都 很 高 , NA 提 R 取 液 中含 有 的 R NA 酶变 性 剂 , 以很 大 程 度 地 降 可 低 细胞破 碎 过 程 中 内 源性 R NA 酶 的 活性 。因 此 ,
t s e n d p e o e p rme t lta h n . i u s a d a a t d t x e i n a e c i g s
Ke r :Ani lts u s y wo ds ma is e ;To a t lRNA ;RNA x r c i e t a ton;RNA nz me e y s;Chl r f r o o o m
LIYi—u, nj ZHANG u —i Ch n j e
总RNA的提取(Trizol法提取)
总RNA的提取(Trizol法提取)
在收集到生物材料之后,最好能即刻进行RNA制备工作。若需暂时储存,则应以液氮将生物材料急速冷冻后,储存于-80℃冷冻柜。在制备RNA时,将储存于冷冻柜的材料取出,立即以加入液氮研磨的方式打破细胞,不可以先行解冻,以避免RNase的作用。
1.提取组织RNA时,每50~100mg组织用1ml Trizol试剂对组织进行裂解;提
取细胞RNA时,先离心沉淀细胞,每5-10╳106个细胞加1ml Trizol后,反复用枪吹打或剧烈振荡以裂解细胞;
2.将上述组织或细胞的Trizol裂解液转入EP管中,在室温15~30C下放置5分钟;
3.在上述EP管中,按照每1ml TRIZOL加0.2ml氯仿的量加入氯仿,盖上EP
管盖子,在手中用力震荡15秒,在室温下(15℃~30℃)放置2~3分钟后,12000g(2℃~8℃)离心15分钟;
4.取上层水相置于新EP管中,按照每1ml TRIZOL加0.5ml异丙醇的量加入异丙
醇,在室温下(15℃~30℃)放置10分钟,12000g(2℃~8℃)离心10分钟;
5.弃上清,按照每1ml TRIZOL加1ml75%乙醇进行洗涤,涡旋混合,7500g
(2℃~8℃)离心5分钟,弃上清;
6.让沉淀的RNA在室温下自然干燥;
7.用Rnase-free water溶解RNA沉淀。
PCR
实验室常用DNA聚合酶有三种:TaKaRa Taq TM,TaKaRa E X Taq TM和Pyrobest TM DNA Polymerase。TaKaRa Taq TM是一般的DNA聚合酶,保真性较差,但价钱便宜,一般用于基因表达的检测等。TaKaRa E X Taq TM是具有Proof reading 活性的耐热性DNA聚合酶,具有一定的保真性,而且其扩增得到的PCR产物3’端附有一个“A”碱基,如果希望直接将产物克隆到T-vector可以用此酶。Pyrobest TM DNA Polymerase也是具有Proof reading活性的耐热性DNA聚合酶,其特点是保真性极高,扩增得到的PCR产物为平滑末端。如果进行基因的扩增请使用此酶。
动物组织总RNA抽提
08应用生物学
RNA提取目的
动物组织 RNA提取 Northern blot
分子克隆 体外翻译 RNase保护分析 polyA筛选 ......
注意事项
RNA很脆弱
提取动物组织总RNA对实验要求非常严格
动物组织处理 操作台专用 药品的特殊处理 容器的特殊处理
双蒸水
实验步骤
4. RNA洗涤
Hale Waihona Puke Baidu 弃上清,用小枪头尽量吸净 75℅乙醇洗涤RNA沉淀,吹打。 4℃离心 12000r/min 3min。 弃上清,用小枪头尽量吸净。 室温放置晾干 2-3min 加入30-50μl ddH2O
加入DEPC 达到0.1%
DEPC 焦碳酸二乙酯 与RNA酶活性部位结合,强烈 抑制RNA酶活性
实验步骤
1. 匀浆处理:
组织 将组织在液氮中磨碎,每50100mg 组织加入1ml TRIzol,用匀 浆仪进行匀浆处理。样品体积不应超 过TRIzol体积10℅。 将匀浆样品在室温(15-30℃)放 置5分钟,使核酸蛋白复合物完全分离。 4℃离心 12000r/min 10min
实验步骤
2 .三氯甲烷萃取
每使用1ml TRIzol加入 0.2ml氯仿, 剧烈振荡15秒, 室温放置3分 钟。4℃离心 12000r/min 10min
动物组织中总RNA的提取教程文件
(二).鉴定(1.5%琼脂糖电泳鉴定)
操作
1、制胶:1.5%琼脂糖加热溶解冷到
60℃加EB后倒入制胶板中,待凝胶固化
2、加样:15ulRNA提取液+3ul loading buffer
3、电泳80-120v,30分钟
4、紫外灯下观察结果
三.注意事项
防止RNA酶的污染
1、 所有的玻璃器皿均应在使用前于180℃的高温下干 烤6hr或更长时间。
二.操作步骤:
(一).总RNA的提取
1.匀浆(准备室准备):裂解组织细胞, 使RNA酶失活, 使核酸从核蛋白中 解离出来(RNP=PNA+Pr.)
2.取1ml匀浆液至消毒的1.5ml的 eppendorf管中,加入0.2ml氯仿,剧烈震 荡15sec,室温放置3min,12000rpm离心 10min
关于样本保存
用液氮速冻,再放到超低温冰箱中保存。
RNA保护剂,如RNAlater是具有抑制 RNase和稳定RNA作用的试剂,将采集的组织 样本等直接放入到RNAlater中,即可起到稳定 样本中RNA的作用。
此课件下载可自行编辑修改,仅供参考! 感谢您的支持,我们努力做得更好!谢谢
3、 沉淀RNA:一般用乙醇、3M NaAc或异丙醇
4、 洗涤RNA:使用70%乙醇洗涤, 有时,为避免RNA被洗掉,此步可以 省掉,洗涤之后可以晾干或者烤干乙 醇,但是不能过于干燥,否则不易溶 解。
实验八总RNA提取和反转录教案
(A) 12
28S 18S
(B)
5S,5.8S
(A)细胞总RNA的制备; (B)RT-PCR分析TBX5在不同细胞中的表达
思考题:
• RNA酶的变性或失活剂有那些?其中在总RNA的抽提中主要 可用哪几种?
• 在提取总RNA和反转录的过程中,如何避免RNase的污染?
3. 10000rpm离心5min,RNA主要在上层水相中。转移0.3mL
水相至新的离心管中。
4.加入0.5mL异丙醇,轻轻混匀,室温静置5 min。
5. 10000rpm离心5 min,弃上清。
6. 加入1mL 75℅乙醇,轻轻洗涤RNA沉淀,10000rpm离心5min,
弃上清。
ห้องสมุดไป่ตู้
7. 室温晾干(约5~10min)。
8. 加入100μL无RNase水溶解RNA,取50μL用于A260和A280值测定。 9. 计算RNA的浓度和A260/A280值
注意事项:
1.提取总RNA和反转录的整个过程都要严格控制RNase的污染。 操作者要配带口罩、帽子和手套。所有用到的塑料和玻璃器皿均 需要灭活RNase。 2. 反转录中,迅速冰浴的操作一定要快,不能是温度缓慢下降, 否则RNA可能局部复性降低反转录的效率。 3.反转录的反应中对RNA浓度有比较高的要求,因此必需测定 RNA浓度。只有保证RNA浓度在合适的范围内才能提高扩增的成 功几率。
从动物组织中提取总RNA的CTAB法_左欣欣
开 发 应 用从动物组织中提取总RNA的CTAB法左欣欣 陈泽宇 马 腾 严海燕 谭艳平(中南民族大学生命科学院,湖北 武汉 430073) 摘 要:在生物及生物技术的研究和应用中,RNA的提取已经成为重要的基本实验技术。本研究对CTAB法提取RNA的过程 中影响因素进行分析,尝试采用改良的CTAB方法从动物组织中提取总RNA。通过紫外分光光度法和凝胶电泳检测分析可 知,采用该方法提取的总RNA纯度高,完整性好,电泳条带完整清晰,可以进行下一步的分子生物学研究。结果表明, 用改良的CTAB法提取动物组织RNA是切实可行的,它具有简便、实用性强的特点,是一个符合分子生物学实验教学要求 的新方法。 关键词:RNA提取;动物组织;CTAB法;实验教学;分子生物学技术 DOI:10.3969/j.issn.1671-6396.2011.02.018 A Modified CTAB Method to Extract Total RNA from Animal Tissues Zuo xin-xin,CHEN Ze-yu,MA Teng,YAN Hai-yan,TAN Yan-ping (College of Life Sciences, South-central University for Nationalities, Wuhan,Hubei 430073) Abstract: The technique of extracting total RNA has become an important and basic technique in biology and biotechnology research and application. In this paper, after studying various factors affecting RNA extraction quality with CTAB method, We use the modified CTAB method to extract total RNA with high purity and yield from animal tissues. The quality and quantity of total RNA were tested through UV spectrometer and gel electrophoresis. The results indicated that the total RNA were purity, high quality and non-pollution, which could be used for the subsequent experiments. Compared with other methods, the procedure was simple and economic. It is a new method that meets the need of molecular biology lab teaching. Key words: Extraction of total RNA; Animal tissues; CTAB method; Lab teaching; Molecular biology techniquesRNA提取技术不仅是分子生物学技术的重要组成部 分,也是功能基因组学技术的重要基础 。对某一生物或 组织进行表达研究时,RNA提取是实验进行的第一步,只 有获得具有生物活性及化学稳定的完整RNA分子才能保证 后续研究工作。尽管目前已有多种方法、试剂和商业化产 品适用于总RNA提取和纯化,一些方法尚有不尽人意之 处。如公司提供的用于提取和纯化RNA试剂盒,不仅价格 较贵,而且RNA产物中常伴有大分子量染色体DNA污染。特 别是以复杂的动物组织为原料时,这个问题显得特别突出 。而且在学生人数众多的分子生物学实验教学中,使用 试剂盒方法既昂贵又无法讲解原理、分析问题。 CTAB法 是 提 取 植 物 DNA的 经 典 方 法 , 之 后 被 引 用 到 RNA的提取 。CTAB法所用的试剂均为常规试剂,并且与 DNA的提取等其他分子生物学实验的试剂相似,给实验的 准备和试剂的购买带来了简便。我们分析提取过程中各种 影响因素后,尝试用改进的CTAB法提取动物总RNA,获得 很好的效果,可以在分子生物学实验教学中大规模使用。 本方法是在植物RNA提取的教学过程中,由三个实验课程 中的本科生在实验课堂之外继续探索的结果。 1 材料和方法 1.1 材料收稿日期:2010-11-19 修回日期:2010-12-17 作者简介:左欣欣(1990-),女,生物技术专业。 通讯作者:严海燕。[3] [2] [1]( 1 ) 从 市 场 得 到 鱼 的 肝 脏 , -20℃ 冰 箱 冻 存 备 用 。 (2)仪器:研钵,低温高速离心机,水浴锅,1.5ml离心 管,蛋白核酸测定仪(eppendorf biophotometer plus), 电 泳 仪 。 ( 3 ) 试 剂 : CTAB提 取 缓 冲 液 , 2mol/L pH4.0 NaAc, 水 饱 和 酚 , 氯 仿 - 异 戊 醇 ( 24:1) , 3mol/L pH 5.2NaAc,异丙醇,100%乙醇,75%乙醇,液氮。 1.2 方法 1.2.1RNA的提取 本研究采用的方法在李靓芳[3] CTAB法的基础上,进行了 改良和优化。总RNA的提取步骤如下:①在2ml的离心管加入 0.6ml CTAB提取缓冲液和12μLβ-巯基乙醇于65℃预热。② 从冰箱里取出50~100mg 鱼肝脏,加入液氮迅速地研磨成粉 末,将粉末状样品转移至预热好的装有CTAB提取缓冲液离心 管中,混合均匀。在65℃水浴加热5min,其间每隔2min轻轻 的摇匀。③向混合物中先加入120μL2mol/LNaAC,PH4.0~ 4.2,再加入0.6ml水饱和酚轻轻混匀,再加入120μL氯仿- 异戊醇(24:1)混匀。将混合物在10000r/min离心15min。 ④小心移取上清液到一个新的1.5ml的离心管中,加入等体 积的氯仿-异戊醇(24:1)混匀,10000r/min离心5min。⑤ 将所得上清液转移至新的1.5ml的离心管中,加入等体积的 异丙醇混匀,在冰上静止沉淀20min, 接着取出12000r/min35
磁珠法动物组织总rna提取试剂
磁珠法动物组织总rna提取试剂
动物组织总RNA提取是一项重要的实验步骤,其中磁珠法被广泛应用。本文将介绍磁珠法动物组织总RNA提取试剂的原理、操作步骤和优势,以及其在科研工作中的应用。
一、磁珠法动物组织总RNA提取试剂的原理
磁珠法动物组织总RNA提取试剂是一种基于磁性珠子的提取方法。其原理是利用磁性珠子表面的羧基与RNA中的氨基结合,形成稳定的结合,从而实现RNA的高效提取。该试剂具有高选择性和高纯度的特点,可有效去除DNA、蛋白质和其他杂质。
二、磁珠法动物组织总RNA提取试剂的操作步骤
1. 准备工作:将动物组织样品切割成小块,并加入适量的细胞裂解缓冲液。
2. 组织裂解:利用机械或化学方法将组织完全裂解,使细胞内的RNA充分释放。
3. 加入磁性珠子:将磁性珠子加入细胞裂解液中,并充分混匀,使珠子均匀分散。
4. 结合RNA:在一定的温度和时间下,RNA与磁性珠子表面的羧基发生结合,形成RNA-磁性珠子复合物。
5. 分离复合物:利用磁性装置将RNA-磁性珠子复合物迅速沉降,然后去除上清液,以实现复合物的分离。
6. 洗涤:用洗涤缓冲液洗涤复合物,去除杂质和残余试剂。
7. 释放RNA:将洗涤后的复合物加入洗脱缓冲液,使RNA从磁性珠子上释放出来。
8. 收集RNA:将释放的RNA收集下来,即可用于后续的实验操作。
三、磁珠法动物组织总RNA提取试剂的优势
1. 高效性:磁珠法能够在较短的时间内提取高纯度的RNA,适用于大规模样品的处理。
2. 纯度高:该方法能够有效去除DNA、蛋白质和其他杂质,获得高纯度的RNA。
总rna的提取方法
总rna的提取方法
总RNA(total RNA)是指从细胞或组织中提取出来的包含所有类型的RNA的混合物。下面是一种常见的总RNA提取方法:
1. 细胞/组织样品准备:收集足够数量的细胞或组织样品,并将其保存在适当的缓冲液中(如RIPA缓冲液)。
2. 细胞破碎:将细胞样品经过离心等步骤,去除缓冲液,然后加入细胞破裂缓冲液(常见的破裂缓冲液成分包括TRIzol、RLT缓冲液等),使用搅拌器或超声波进行细胞破碎。
3. RNA提取:加入氯仿或类似的有机物,进行混匀,离心,使得混合液分为上清液(含有DNA和RNA)和有机相(含有脂质和蛋白质)。
4. 上清液沉淀:将上清液转移至新的管中,加入同等体积的异丙醇,轻轻混匀,离心15分钟以使RNA沉淀。
5. RNA洗涤:轻轻倒掉上清液,用70%乙醇洗涤RNA沉淀,再次离心。
6. RNA溶解:将RNA沉淀干燥,加入适当的RNase-free水溶解RNA。
7. RNA质量检测:使用比色法或荧光法测定RNA浓度和纯度(如比例计算
A260/A280)。
这些步骤是总RNA提取的一般流程,具体的操作步骤可能会因实验目的、样品类型和提取试剂盒等因素而有所不同。同时,为了确保RNA的完整性和减少污染,实验操作中还应遵循严格的无RNase和无DNA污染的条件。
一种从动物软骨组织提取rna的方法与流程
一种从动物软骨组织提取rna的方法与流程动物软骨组织提取RNA是一项重要的实验技术,它可以帮助我们
了解RNA在生物体内的功能以及与疾病相关的变化。下面我将介绍一
种常用的提取RNA的方法和流程,希望能对你的研究有所帮助。
首先,我们需要准备动物的软骨组织样本。可以选择小鼠、大鼠
等实验动物作为研究对象,根据需要选择相应的软骨组织(如关节软骨、气管软骨等)。收集样本时要注意保持样本的完整性和新鲜度。
第二步是样本的处理。将收集到的软骨样本迅速放入离心管中,
添加适量的缓冲液,如TRIzol试剂,用冰冻离心机将样本离心以去除
其他组织的干扰。随后,使用组织绞碎器或刀片将软骨组织完全破碎
成非常细小的颗粒。
接下来,将细小的软骨碎片转移至新的离心管中,并添加适量的
酚/氯仿试剂,充分混匀。这一步的目的是将RNA与其他组织成分分离。
然后,用离心机将样本离心,以分离RNA与其他成分。在离心的
过程中,RNA会析出到上层的水相中。将上层水相转移至新的离心管中,并添加异丙醇等沉淀剂,留置一段时间以沉淀RNA。
接下来,用离心机将样本离心以沉淀RNA。沉淀后的RNA形成一个白色半透明的颗粒,底部为酚/氯仿相,上层为异丙醇相。
接下来是重要的洗涤步骤,首先用70%乙醇洗涤RNA沉淀颗粒,
以去除污染物。在洗涤的过程中,轻轻颠倒离心管以将RNA彻底洗涤。
最后,用离心机将样本离心,以去除洗涤过程中残留的乙醇。将
离心管倾斜,使用吸管吸除残留的乙醇即可。
提取RNA的方法和流程非常简单,但需要注意几个关键点。首先,实验中所有操作必须在无RNase的环境下进行,避免RNase污染破坏RNA。其次,在提取过程中要尽量避免样本的氧化和降解。最后,提取
小鼠肝组织RNA提取及RT-PCR实验
RT-PCR:RNA的反转录 + cDNA的PCR
RT-PCR操作步骤
5x Prime Script Buffer
Prime Script RT Enzyme Mix
Oligo dT primer (50 m)
Random 6 mers (`100 m)
提取的RNA
RNase Free 水
37℃ 85℃
RNA与仍留在有机相中的蛋白质和DNA分离开。 水相层(无色)主要为RNA,有机层(黄色)主 要为DNA和蛋白质。
三、实验步骤
RNA提取 1、新鲜肝组织置EP管中,加200l Trizol充分研磨后,补加
800l Trizol,枪头吹匀。 2、加入200l 氯仿,剧烈震荡15秒,4℃ 12000g离心15min。 3、将上层水相移至洁净EP管中,加入500l异丙醇颠倒混匀。 4、4℃ 12000g离心10min。 5、弃水相,EP管开盖干燥,溶于50l DEPC水中。
小鼠肝Leabharlann Baidu织RNA提取及 RT-PCR
一、试剂及材料
1、小鼠肝脏 2、DEPC处理过的EP管、PCR管 3、 Trizol 、氯仿、异丙醇、DEPC水
二、实验原理
TRIZOL:异硫氰酸胍 + 苯酚
裂解细胞,RNA与蛋 白质分离,将RNA释 放到溶液中。
促使RNA进入水相, 离心后可形成水相 层和有机层。
从动物组织中提取总RNA的CTAB法
R A 提 取 。 C A 法 所 用 的 试 剂 均 为 常 规 试 剂 , 并 日与 N的 TB .
末 ,将 粉 末 状 样 品 转 移 至 预 热 好 的 装 有 C A 提 取 缓 冲 液 离 心 TB 管 中 , 混 合 均 匀 。在 6  ̄水 浴 加 热 5 i ,其 问每 隔2 i轻 轻 5C mn mn
DA N 的提取等 其他分 子生物学 实验的试剂 相似 ,给实验 的
准 各 和 试 剂 的购 买 带来 了 简 便 。 我 们 分 析 提 取 过 程 中各 种
影 响 因 素 后 , 尝 试 用 改 进 的C A 法 提 取 动 物 总 R A TB N ,获 得
的摇匀 。③ 向混合物中先加入10 L m 1 L a C H . ~ 2  ̄ 2 o/ 的N A ,P 4 O
。
1 2 方 法 .
1 . N 的提 取 .1 A 2 R
本 研 究 采 用 的方 法 在 李 靓 芳 C A 法 的基 础 上 ,进 行 了 TB
总RNA的提取和检测 实验报告
实验二总RNA的提取和检测
实验目的
1.掌握从动物组织细胞中提取总RNA的方法;
2.熟悉紫外吸收法检测RNA浓度与纯度的原理及测定方法;
3.掌握RNA琼脂糖凝胶电泳方法并分析总RNA的电泳图谱;
实验原理
(一)概述
1. 10-5 µg RNA/细胞含有rRNA 80-85%:28S 18S 5S
tRNA, snRNA 10-15%
mRNA 1-5%
2. mRNA 3’端存在20-250个多聚腺苷酸(polyA) 结构,可用oligo(dT)亲和层析柱分离mRNA。
3.RNA分离的方法:异硫氰酸胍氯化铯超速离心法,盐酸胍-有机溶剂法,氯化锂-尿素法,蛋白酶K-细胞质RNA提取法、异硫氰酸胍-酚-氯仿一步法等。
4.目前常用的是Trizol法。
(二)Trizol的主要成分
1.Trizol 是一种新型总RNA 抽提试剂,主要成分是异硫氰酸胍和苯酚。异硫氰酸胍属于解偶剂,是一类强力的蛋白质变性剂,可溶解蛋白质,其主要作用是裂解细胞,使细胞中的蛋白/核酸物质解聚得到释放。
2.酚虽可有效的变性蛋白质,但是它不能完全抑制RNA酶活性,因此Trizol中还加入了8-羟基喹啉、β-巯基乙醇等来抑制内源和外源RNase。
3.溶解组织细胞的混合物在氯仿作用下溶液分为水相和有机相,RNA在上层水相中。
4.取出水相用异丙醇沉淀可回收RNA;用乙醇沉淀中间层可回收DNA。
(三)总RNA的纯度检测原理:
不同波长的单色光通过溶液时其光的能量就会被不同程度的吸收,光能量被吸收的程度和物质的浓度有一定的比例关系。RNA在260nm紫外光波长处有最大的吸收峰。
动物组织细胞总RNA的抽提及检测(TRIzol法)
动物组织/细胞总RNA的抽提及检测(TRIzol法)
背景知识:
细胞质总RNA中,有rRNA、tRNA、mRNA等。绝大多数mRNA分子(除血红蛋白、干扰素和有些组蛋白mRNA外)的3’端存在20~250个多聚腺苷酸PolyA。利用此特性,可很方便得从总RNA中,用寡聚(dT)亲和层析柱分离出mRNA。
RNA分离的关键因素是尽量减少RNA酶的污染。RNA酶是一类生物活性非常稳定的酶,除细胞内RNase以外,环境中的灰尘、各种实验器皿和试剂、人体的汗液以及唾液中均存在RNase。这类酶耐热、耐酸、耐碱,蛋白质变性可使之暂时失活,但在变性剂去除后,又可恢复活性。所以在实验的操作过程中,应尽量减少RNAse污染的机会。在整个操作过程中,在一个洁净的环境中,戴手套和口罩,所用的器皿、水和试剂需用焦炭酸二乙酯(DEPC 很强的RNAse抑制剂)处理过。
玻璃器皿的处理。在常规洗净后,应用0.1% DEPC浸泡2h以上,再用双蒸水漂洗几次,高压消毒去除DEPC,然后250℃烘烤4h以上。塑料器材应用一次性的、新的,在使用前高压消毒,严格一些可以用0.1%DEPC浸泡过夜,高压灭菌。所用试剂应加DEPC至0.05%~0.1%,室温过夜,然后高压处理。但是,Tris与DEPC反应,所以在配制Tris时,应用DEPC处理过的水配制,最好再高压消毒。
方法一:
1.取新鲜动物组织0.1~0.2g置于研钵中,用剪刀剪碎组织,研钵中加入少量液氮,迅速研
磨,待组织变软,再加少量液氮,再研磨成粉末状,每100mg组织加入1ml TRIzol,在水浴中迅速匀浆15~30秒,以充分研碎组织。然后,将细胞悬浮液吸入另一1.5ml微量离心管中,室温下静置5min。
动物组织RNA提取及荧光定量PCR精讲PPT教案
概要
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
RNA提取
RNA的提取步骤
11、将上层水相溶液小心转移至新的EP管中,大约每个EP管 中能取出400~500μl,谨慎操作,切勿吸到中间层。 (注:下层有机废液勿乱丢,收集起来统一进行无毒化处理。 ) 12、加入等体积异丙醇,上下颠倒EP管,充分混匀。 13、室温静置10 min后,4℃,13000rpm离心10 min。可在 离心后的EP管底部观察到少量的白色沉淀。
概要
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
RNA提取
RNA的浓度及质量检测
2、质量检测—凝胶电泳法
实验操作:
1)取10μl RNA原液至一个1.5ml EP管中,使用RNasefree ddH2O将其稀释至200ng/μl。
注 : 需 RNase-free ddH2O 体 积 (μl)=[10μl×RNA 浓 度 (ng/μl) /200(ng/μl)]10μl
若观察到smear现象,或比值小 于2:1,则RNA已发生降解。
如果观察到大于28S或23S的条 带,则样品可能有基因组DNA污 染,这时可以考虑使用DNase I 处理。
若有条带,可能混 入了基因组DNA
28S rRNA 18S rRNA
tRNA等
DL2000 DNA Marker 电泳图(1%琼脂糖胶,TAE)
小鼠组织总RNA提取
总RNA提取
1. 取50-100 mg(新鲜或-70℃及液氮中保存的组织均可)置1.5ml匀浆器中,加入1ml TRIzol充分匀浆,室温静置10 min。
2. 加入0.2 ml氯仿,振荡15s,静置10 min。
3. 4℃离心,12000 g×15 min,取上清置另一1.5ml离心管中。(宁少勿多)
4. 加入0.5ml异丙醇,将管中液体轻轻混匀,室温静置10min。
5. 4℃离心,12000g×10 min,弃上清。
6. 加入1ml 75%乙醇,轻轻洗涤沉淀。4℃离心,7500g×5 min,弃上清。(DEPC处理的水配制)
7. 晾干,加入适量的DEPC H 2 O溶解(65℃促溶10~15 min)。
8. 快速电泳检测RNA完整性。
图1:完整的RNA与降解的RNA之间的比较。分别取2微克的降解总RNA及完整总RNA 与Ambion的RNA Millennium Markers™一同进行1.5%的变性琼脂糖凝胶电泳。在完整
RNA样品中可以清楚地观察到18S和28S核糖体RNA。而降解的RNA则表现为较低分子
量的弥散。
纯RNA:1.7 <OD260/280<2.0(<1.7时表明有蛋白质或酚污染;>2.0时表明可能有异硫氰酸残存)。纯RNA的OD260/230比值为2.5,若比值小于2.0标明样品被碳水化合物(糖类),盐类或有机溶剂污染。(OD260/OD230与OD260/OD280均用于判断RNA 纯度)
注意事项:
1.样品量和TRIzol的加入量一定要按照步骤1的比例,不能随意增加样品量或减少TRIzol 量,否则会使内源性RNase的抑制不完全,导致RNA降解。1 ml 的Trizol 最多只能裂解100 mg 的组织。Trizol 里面是含有RNA 酶抑制剂的,如果组织过量,Trizol 无法完全浸润组织无法完全裂解组织,多余组织内的RNA 酶等物质会导致RNA 的降解。这是RNA 降解的很重要的原因。
动物总RNA提取
动物组织总RNA的提取 的提取 动物组织总
LOGO
1 2 3 4
实验目的及原理
实验注意事项
实验步骤及结果分析
思考题
www.themegallery.com
LOGO
1.1 实验目的
掌握Trizol法提取组织总RNA的原理及 方法 了解RNA相关操作中的注意事项 了解检测RNA质量的相关指标
LOGO
3.1 实验步骤
4℃ 12000rpm离心 3min,尽量弃上 清。 室温晾干5-10min,不要过于干燥。 20µl RNaseFree H2O溶解RNA样品。 1.2%琼脂糖凝胶检测。
www.themegallery.com
LOGO
3.2 结果分析
呈现出3条 rRNA带,分别 是5s、18s、 28s rRNA的带。 28s亮度是18s 亮度的二倍。
www.themegallery.com
LOGO
2 RNA酶污染的防止 酶污染的防止 所有的玻璃器皿均应在使用前于 180℃的高温下干烤6hr或更长时间。 塑料器皿(EP管、Tips等)用0.1% DEPC(焦碳酸二乙酯 )12hr以上,高 压灭菌后备用。 操作人员戴一次性手套 ,实验过程 中手套要勤换。
www.themegallery.com
LOGO
4 思考题
DEPC的作用是什么?DEPC处理过的 制品试剂为什么要灭菌? 高质量的RNA有什么特点? 除了Trizol法你还知道有什么方法用来 提取RNA?
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
常见的RNA酶抑制剂
1.DEPC(二乙基焦碳酸):是一种强烈但不彻底的RNA酶抑 制剂。它通过和RNA酶的活性基团组氨酸的咪唑环结合使蛋白 质变性,从而抑制酶的活性。 2、 异硫氰酸胍:目前被认为是最有效的RNA酶抑制剂,它在 裂解组织的同时也使RNA酶失活。它既可破坏细胞结构使核酸 从核蛋白中解离出来,又对RNA酶有强烈的变性作用。 3、 氧钒核糖核苷复合物:由氧化钒离子和核苷形成的复合物, 它和RNA酶结合形成过渡态类物质,几乎能完全抑制RNA酶的 活性。 4、 RNA酶的蛋白抑制剂(RNasin):从大鼠肝或人胎盘中 提取得来的酸性糖蛋白。RNasin是RNA酶的一种非竞争性抑 制剂,可以和多种RNA酶结合,使其失活。 5、 其它:SDS、尿素、硅藻土等对RNA酶也有一定抑制作用。
(二).鉴定(1.5%琼脂糖电泳鉴定)
操作
1、制胶:1.5%琼脂糖加热溶解冷到
60℃加EB后倒入制胶板中,待凝胶固化Baidu Nhomakorabea
2、加样:15ulRNA提取液+3ul loading buffer
3、电泳80-120v,30分钟
4、紫外灯下观察结果
三.注意事项
防止RNA酶的污染
1、 所有的玻璃器皿均应在使用前于180℃的高温下干 烤6hr或更长时间。
2、 塑料器皿可用0.1% DEPC水浸泡或用氯仿冲洗。 3、 有机玻璃的电泳槽等,可先用去污剂洗涤,双蒸水 冲洗,乙醇干燥,再浸泡在3% H2O2 室温10min,然 后用0.1% DEPC水冲洗,晾干。
4、 配制的溶液应尽可能的用0.1% DEPC,在37℃处理 12hr以上。 5、 操作人员戴一次性口罩、帽子、手套,实验过程中 手套要勤换,避免在操作中聊天。
由于mRNA末端含有多poly(A)+,当总 RNA流径oligodT纤维素时,在高盐缓冲液 作用下,mRNA被特异的吸附在oligo(dT) 纤维素柱上,在低盐浓度或蒸馏水中, mRNA可被洗下,经过两次oligo(dT) 纤维 素柱,可得到较纯的mRNA在构建cDNA文 库时, 必须经上述纯化步骤制备mRNA模 板。
3.原理
破碎组织→分离RNA→沉淀RNA→洗 涤RNA→溶解RNA→鉴定RNA → 保存 RNA
1、 破碎组织:可以用盐酸胍、异硫氰酸 胍、SDS、蛋白酶K等破碎组织,加入 β-ME可以抑制RNA酶活性
2、 分离RNA:一般用酚、氯仿等有机 溶剂,加入少量异戊醇,经过此步, 离心,RNA一般分布于上层,与蛋白 层分开
二.操作步骤:
(一).总RNA的提取
1.匀浆(准备室准备):裂解组织细胞, 使RNA酶失活, 使核酸从核蛋白中 解离出来(RNP=PNA+Pr.)
2.取1ml匀浆液至消毒的1.5ml的 eppendorf管中,加入0.2ml氯仿,剧烈震 荡15sec,室温放置3min,12000rpm离心 10min
确认RNA溶液中有没有残留的RNA酶的方法:
取RNA样品两份,把其中一份放入70℃的恒温水 浴中,保温1 h。另一份放置在-20℃冰箱中保存1 h。 取出两份样本进行电泳。电泳完成后,比较两者的电 泳条带。如果两者的条带一致或者无明显差别, 则说 明RNA溶液中没有残留的RNA酶污染,RNA的质量很 好。相反的,如果70℃保温的样本有明显的降解,则 说明RNA溶液中有RNA酶污染。
关于样本保存
用液氮速冻,再放到超低温冰箱中保存。
RNA保护剂,如RNAlater是具有抑制 RNase和稳定RNA作用的试剂,将采集的组织 样本等直接放入到RNAlater中,即可起到稳定 样本中RNA的作用。
此课件下载可自行编辑修改,仅供参考! 感谢您的支持,我们努力做得更好!谢谢
3、 沉淀RNA:一般用乙醇、3M NaAc或异丙醇
4、 洗涤RNA:使用70%乙醇洗涤, 有时,为避免RNA被洗掉,此步可以 省掉,洗涤之后可以晾干或者烤干乙 醇,但是不能过于干燥,否则不易溶 解。
5、 溶解RNA一般使用TE。
6. 鉴定RNA:
6. 鉴定RNA:
紫外吸收法: 浓度:OD260=1时,RNA为40ug/ml
动物组织中总RNA的提取
2.用途:
Northern 杂交:主要用来检测细胞或组织
样品中是否存在与探针同源的 mRNA 分子, 从而判断在转录水平上某基因是否表达,在 有合适对照的情况下,通过杂交信号的强弱 可比较基因表达的强弱。
体外蛋白质的生物合成
通过RT-PCR建立cDNA文库
通过寡聚脱氧胸苷(OligodT)制备 mRNA
纯度:OD260/OD280=1.8-2.0 小于1.75:蛋白质污染 大于2.0 :DNA,有机溶剂污染
7、 保存RNA:应该尽量低温
为了防止痕量RNase的污染,从富含RNase 的样品(如胰脏、肝脏)中分离到的RNA需 要贮存在甲醛中以保存高质量的RNA,对于 长期贮存更是如此。从大鼠肝脏中提取的 RNA,在水中贮存一个星期就基本降解了, 而从大鼠脾脏中提取的RNA,在水中保存3年 仍保持稳定。另外,长度大于4kb的转录本对 于痕量RNase的降解比小转录本更敏感。为了 增加贮存RNA样品的稳定性,可以将RNA溶 解在去离子的甲酰胺中,存于-70℃。
3.吸取上层水相转移至干净的eppendorf 管中,加入等体积异丙醇,混匀,室温放置 20min
4. 12000rpm离心10min,弃上清
5.加入1ml 75%乙醇洗涤沉淀. 12000rpm离心3min,弃上清,室温干燥510min 6.加入30-50ulRNase-free ddH2O,充 分溶解RNA。将所得RNA溶液置于-70 度保存待用