外显子捕获

TruSeq Exome Library Prep Kit
片段大小：150bp 实验周期：2.5天
TruSeq Rapid Exome Library Prep Kit
优势：试剂盒包含所有流程反应 试剂，周期缩短至1.5天
外显子疾病检测
四种测序试剂盒比较
ENSEMBL、RefSeq：
RNA databases
综合评价:
从目标数据广度上来说，illumina 含有更多UTRs、RefSeq、 CCDS以及 Ensembl外显 子数据，其次是NimbleGen 和 Agilent. 从产物捕获效率上来说，Agilent 大于 NimbleGen 大于 illumina 从产物覆盖度上来说， Agilent 大于 NimbleGen 大于 illumina 从GC含量分析， illumina Nextera试剂盒效果较差 从SNP 变异检测性能分析，NimbleGen 大于 illumina 大于 Agilent，结果与目标产 物大小有关 需要根据研究目的具体选择试剂盒进行试验
在不同测序深度条件下 进行5-50 million数据覆 盖率分析
总体而言， Agilent覆盖率最高 Truseq 和Nimblegen相似 Nextera最差
产物GC含量检测
随测序深度增加，高 GC含量的数据都显著降低 除了Nextera，主要原因是 转座酶打断的应用。
SNP检测
产物总变异数检测： Nimblegen 大于 Illumina 大于 Agilent
Roche
罗氏2008 年推出 NimbleGen 序列捕获2.1M 外显子组芯片，随之在 2009 年底推出的 EZ 外显子组序列捕获能提供液相的工作流程并以 DNA 液相探针杂交来捕获目的片段。 SeqCap EZ Human Exome Library使用高密度探针的方法，主要是利用 杂交和 DNA 微阵列技术基因分离原理来捕获目标区域。产物可以覆盖 20000个以上的基因，超过二百万个DNA寡核苷酸探针捕获目标区域，覆 盖区域的总大小可以达到64 Mb，编码区覆盖度达到97%以上，而且检测 灵敏度较高。
外显子捕获
外显子测序简介
外显子 是真核生物基因的一部分，它在剪接后仍会被保存下来，并 可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。 在人类基因中大约有180,000个外显子，占人类基因组的1%，约30MB。 人类基因组的蛋白编码区域大约包含85%的致病突变。 外显子测序 是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉 并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。是一种选择基因组的编码 序列的高效策略，外显子测序相对于基因组重测序成本较低，对研究已 知基因的SNP、Indel等具有较大的优势。 对肿瘤基因突变检测具有显著意义，因为外显子测序容易提高深度， 可以轻易达到100X、200X。 而因为外显子捕获是有偶然性的，对小片段结构变异、拷贝数变异 很难检测。
Agilent
SureSelectXT Human All Exon V6
1 SureSelect Library Prep Kit. 2 SureSelect Target Enrichment Kit Indexing Hyb Module Box #2 3 Herculase II Fusion DNA Polymerase 4 SureSelect Target Enrichment Kit Box #1 片段大小：150-200bp 测序平台： Illumina HiSeq、 MiSeq 实验周期：2天
随机选取50 million 数据进行分析产物覆盖率 Nimblegen、Agilent、Truseq、Nextera A：用个产品本身设计的目标区域 96.5% 、99.8%、96.9%、98.2% B：四种试剂盒所共享的数据区域 98% 、 99.8%、98.8%、99.5% 技术重复性都很好
共同目标区域变异检测： Aglient 大于 illumina 大于 Nimblegen 非编码区变异检测： Illumina 大于 Nimblegen 大于 Agilent
SNP与目标区域大小有关
Indels 检测 产物总变异数检测： Truseq 大于 Nimblegen 大于 Nexera 大于 Agilent 共同目标区域变异检测： Aglient 大于 illumina 大于 Nimblegen 非编码区变异检测： Illumina 大于 Nimblegen 大于 Agilent
目前市场主要外显子捕获试剂盒
SeqCap EZ Human Exome Library v3.0 （Roche） SureSelectXT Human All Exon V6 （Agilent） TruSeq Exome Library Prep Kit （Illumina）
TruSeq Rapid Exome Library Prep Kit （Illumina）
KAPA Library Prep Kit SeqCap Pure Capture Bead Kit SeqCap Adapter Kit (A and/or B) KAPA HiFi HotStart ReadyMix SeqCap Hybridization and Wash Kit DNA Covaris打断仪 DNA 真空浓缩仪 金属浴 片段大小：180－220bp 测序平台：Illumina Genome Analyzer II、HiSeq 或MiSeq 测序仪 实验周期：2天
CCDS：
protein-coding databases
UTRs： 非编码区
illumina外显子捕获试剂盒 可以捕获大量UTRs序列， 是其它试剂盒不具备的。 Agilent 试剂盒捕获的数据 更为集中
数据的有效性 A：平均读136.8 million数据，匹配数据占97.4% 、97.7% 、97.6%、98.95% 筛选后有效数据占54.8%、66.0%、71.7%、40.1% B：无效读数包括：非目标区域、PCR复制出来的相同分子、同一区域重复、错配
illumina
Illumina, TruSeq Exome Enrichment Kit 是近年来刚推出的一种溶 液型的序列捕获方法，利用杂交选择分离出人类基因组中的目的外显 子区域。 通过与目标区域特异的生物素标记DNA探针杂交，富集目标区域， 富集的DNA片段随后从磁珠上洗脱，并杂交进行第二次富集反应，从 而提高目的片段捕获的特异性。 而且较其他产品，illumina