一例雏鸡铜绿假单胞菌的分离鉴定及其16SrRNA基因序列分析

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铜绿假单胞菌噬菌体的分离鉴定及其基因组学研究

铜绿假单胞菌噬菌体的分离鉴定及其基因组学研究铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）是一种广泛存在于环境中的革兰阴性杆状细菌，对人类和动物的健康带来了重要的威胁。

铜绿假单胞菌是一种常见的致病菌，特别是对免疫力低下的人群和患有囊性纤维化等疾病的患者来说，可能导致严重的感染和疾病。

噬菌体是一种专门感染细菌的病毒，可以促进细菌的快速寄主扩增和传播。

利用噬菌体进行铜绿假单胞菌的分离鉴定可以帮助我们更好地了解该菌株的特性和基因组信息。

铜绿假单胞菌噬菌体的分离可以通过环境样品的筛选和处理进行。

首先，我们可以收集不同环境中的样品，如土壤、水、医院洗手间等。

接下来，将采集到的样品进行取样，在无菌条件下进行菌落分离和培养。

将提取到的细菌溶菌液与靶菌进行混合培养，并在相关培养基上选择呈现清晰的菌落。

分离到的铜绿假单胞菌噬菌体可以进行鉴定。

通过电镜观察噬菌体的形态特征，如头部形状、基质的尾部形状等，可以初步判断其属于铜绿假单胞菌噬菌体。

进一步，可以通过传统的形态学特征结合分子生物学方法进行鉴定。

例如，进行噬菌体DNA的提取并使用PCR扩增常见的噬菌体基因，如大头蛋白基因和小头蛋白基因，进行测序和比对，以确定其属于铜绿假单胞菌噬菌体。

铜绿假单胞菌噬菌体的基因组学研究可以帮助我们深入了解其功能和特性。

首先，可以进行整个噬菌体基因组的测序和组装，以获取其完整的基因组序列。

这可以通过先进行高通量测序获取大量噬菌体DNA，然后使用生物信息学工具将测序得到的短序列片段组装成完整的基因组。

基因组学研究还可以揭示铜绿假单胞菌噬菌体的基因组结构特征，如基因数量、基因功能和组织方式等。

通过对基因组的分析，我们可以预测噬菌体的宿主范围和寄主特异性。

此外，基因组数据还可以为进一步研究噬菌体的功能基因和适应性基因提供线索，例如毒力相关因子和耐药基因等。

此外，基因组学研究还可以帮助我们了解铜绿假单胞菌噬菌体的进化历程和遗传变异。

鸡卡氏杆菌的分离与16S rRNA基因的分析鉴定

鸡卡氏杆菌的分离与16S rRNA基因的分析鉴定田明星;林艳;邹年莉;李敏;黄勇【摘要】四川雅安某种鸡场种鸡出现消瘦,腹部膨大,肝脏肿大破裂出血,腹膜和输卵管炎为主要特征的疾病.为诊断和预防此病的发生,通过对细菌分离纯化、形态学观察、生化试验、药物敏感性试验鉴定出1株致病菌,应用通用引物对细菌的16S rRNA基因进行克隆和测序,测序结果于NCBI上进行BLAST比对,选择同源性较高的巴氏杆菌科15个属的29株细菌16S rRNA序列进行比对分析,构建遗传进化树.结果表明,分离纯化的细菌能在血平板上生长,革兰氏染色阴性短杆状,能发酵大多数糖和醇类,对头孢类抗生素敏感,16S rRNA序列与卡氏杆菌属细菌的同源性最高,在92.2%～99.5%之间,特别是与鸭卡氏杆菌同源在97.5%～99.5%之间.遗传进化树分析结果表明,该菌株与卡氏杆菌属细菌属于同一大分类群,与鸭卡氏杆菌位于同一个小分支,最终诊断该鸡场为卡氏杆菌感染.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2010(037)009【总页数】5页(P57-61)【关键词】卡氏杆菌;分离;鉴定;16S rRNA;同源性分析;遗传进化树【作者】田明星;林艳;邹年莉;李敏;黄勇【作者单位】四川农业大学动物医学院,雅安,625014;四川农业大学动物医学院,雅安,625014;四川农业大学动物医学院,雅安,625014;四川农业大学动物医学院,雅安,625014;四川农业大学动物医学院,雅安,625014;四川农业大学动物疫病与人类健康四川省重点实验室,雅安,625014【正文语种】中文【中图分类】S852.61卡氏杆菌近几年成为危害鸡群重要的传染病之一,Hansen(1950)首次发现该菌,1960年定为溶血性巴氏杆菌。

Christensen等(2003)根据该细菌的微生物学和分子生物学特征,建议将过去归为输卵管炎放线杆菌、禽溶血性巴氏杆菌和鸭巴氏杆菌的细菌归为巴氏杆菌科中的一个新属—卡氏杆菌属。

16S rDNA用作荧光定量PCR靶基因快速检测铜绿假单胞菌

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薛利军，王永智，任浩，童一民，赵平，朱诗应，戚中田"
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鸡源奇异变形杆菌的分离及其16S rRNA基因序列分析

分支；彭氏变形杆菌（Ｐｒｏｔｅｕｓｐｅｎｎｅｒｉ）ＮＢＲＣ１０５７０５株与奇异变形杆菌在相对较近的一级分支，相似性为９８．８～９９．３，大于其与普通变形杆菌（Ｐｒｏｔｅｕｓｖｕｌｇａｒｉｓ）和豪氏变形杆菌（Ｐｒｏｔｅｕｓｈａｕｓｅｒｉ）的相似性９８．５和９８．７。结果表明分离到的２株细菌为奇异变形杆菌，彭氏变形杆菌ＮＢＲＣ１０５７０５株与奇异变形杆菌的亲缘关系最近。
摘要：从河南省新郑市某肉鸡场分离到２株细菌，进行了显微镜检、菌落形态观察、１６ＳｒＲＮＡ基因序列比较分析。结果显示，２株分离株与奇异变形杆菌（Ｐｒｏｔｅｕｓｍｉｒａｂｉｌｉｓ）参考株的相似性为９９．４～９９．６，且在进化树中位于同一
ｃｌａｄｏｇｒａｍ，ａｎｄｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｈｏｍｏｌｏｇｙｂｅｔｗｅｅｎｔｈｅｍａｒｅ９９．４Ｖｏ～９９．６；Ｐｒｏｔｅｕｓｐｅｎｎｅｒｉ（ＮＢＲＣ１０５７０５ｓｔｒａｉｎ）ａｎｄ
ｓｉｓ．ＴｈｅｒｅｓｕｌｔｓｉｎｄｉｃａｔｅｄｔｈａｔｔＷＯｓｔｒａｉｎｓｏｆｉｓｏｌａｔｅｓａｎｄＰｒｏｔｅｕｓｍｉｒａｂｉｌｉｓｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓｔｒａｉｎｓｆａｌ１ｉｎｔｏｔｈｅｓａｍｅｃｌａｄｅｏｆ

一株盐单胞菌的分离及16S rDNA基因序列分析鉴定

一株榆林盐碱土壤嗜盐菌的分离及鉴定*孙晓宇陈锐李玥路鹏鹏门欣韩丽萍黄继红沈卫荣**（陕西省微生物研究所微生物资源中心西安710043）摘要目的：从陕西定边盐湖高渗极端环境中筛选分离获得嗜盐微生物，并对筛选获得的微生物进行种属鉴定。

方法：通过高盐选择性培养基平板分离法，从陕西定边盐湖土壤样品中，分离筛选获得极端嗜盐菌株，该菌最适生长温度35℃，最适pH8.0。

通过传统的表型特征（包括形态学观察、生长因子实验、生理生化特征）和系统发育学16S rDNA序列分析鉴定嗜盐菌株的分类学地位。

结果：获得一株最适生长盐浓度在10%~20%的细菌菌株A426，初步鉴定其为盐单胞菌科(Halomonadaceae) 盐单胞菌属(Halomonas)菌株。

结论：成功获得定边盐湖地区中度嗜盐菌株A426。

关键词:嗜盐菌，极端微生物，盐单胞菌, 鉴定Isolation and 16S rDNA Gene Sequence Analysis of a Halomonas sp. strain* CHEN Rui LI Yue SUN Xiao-Yu LU Peng-Peng MEN Xin HAN Li-Ping SHEN JianHUANG Ji-Hong SHEN Wei-Rong**（Shaanxi province institute of microbiology, xi’an, 710043）[Abstract] Objective: Isolate halophilic bacteria strain from DingBian salt lake sample. Methods: By high salt selected culture method and gradient dilution isolation method isolate a halophilic bacteria strain from the DingBian salt lake sample. According to the classic phenotypic characteristics which include morphological observation, growth factor and the physiological and bio-chemical characteristics, moderate halophile strain A426was to be identified. To determine the taxonomy position of the newly isolated moderate halophile bacterium in evolution history, 16S rRNA sequence homologous alignment were performed between it and related species. Results: The strain A426 which can grow optimally in culture media that contain 10%~20%NaCl. The moderate halophile strain A426 was identified to belong to Halomonas sp.Conclusion: Successfully isolate a moderate halophile strain A426from DingBian salt lake.Keywords: Halophilic Bacteria, Extreme microorganism, Halomonas sp., Identify嗜盐菌是指能在高浓度盐环境下正常生长的微生物, 其广泛分布于盐湖、盐场和海洋等富盐极端环境。

基于16S rDNA序列4株鸡源芽孢杆菌的分子鉴定

基于16S rDNA序列4株鸡源芽孢杆菌的分子鉴定秦翠丽;杨若岚;李松彪;李云飞;牛明福;宫强【摘要】对分离自肉鸡肠胃的4株芽孢杆菌R1、R2、S1、H1的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在NCBI中通过Nucleotide BLAST查找其同源序列,应用DNAstar的MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V 、Clustal W3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega5.0软件中的最大似然法、邻接法、最小进化法、最大简约法构建系统发育树.序列差异和同源性分析结果显示:由Jotun Hein法可知,H1和R2与Bacillus subtilis DSM10同源性最高,达到100％;R1与B.vallismortis DSM11031同源性最高,达到99.7％;H1与B.subtilis DSM10的同源性为99.9％.由Clustal V法可知,H1与R2同源性最高,达到99.6％;R1与S1同源性最高、为98.7％.由Clustal W法可知,H1与R2同源性最高、为99.7％,R1与S1为99.4％.采用4种方法构建的系统发育树基本一致,可以确立4株鸡源芽孢杆菌的分类地位,R1、S1与B.subtilis BPRIST009、B.subtilis LXB3、B.vallismortis DSM11031之间关系最为亲近;R2、H1与B.subtilis CICC10076、B.subtilis DSM10之间关系最为亲近.【期刊名称】《广东农业科学》【年(卷),期】2014(041)022【总页数】5页(P130-134)【关键词】芽孢杆菌;16S rDNA;分子鉴定【作者】秦翠丽;杨若岚;李松彪;李云飞;牛明福;宫强【作者单位】河南科技大学食品与生物工程学院,河南洛阳471023;河南科技大学食品与生物工程学院,河南洛阳471023;河南科技大学食品与生物工程学院,河南洛阳471023;河南科技大学食品与生物工程学院,河南洛阳471023;河南科技大学食品与生物工程学院,河南洛阳471023;河南科技大学食品与生物工程学院,河南洛阳471023【正文语种】中文【中图分类】Q93-331;Q933随着抗生素饲料添加剂的危害逐渐被人们所认识，禁用抗生素已成世界共识，寻找新的能促生长、无毒副作用的绿色添加剂成为了饲料行业研究的热点[1-2]。

一株产氢产酸厌氧细菌的16SrDNA序列分析

一株产氢产酸厌氧细菌的16SrDNA序列分析
一株产氢产酸厌氧细菌的16S rDNA序列分析
从生物制氢反应器活性污泥中,分离到一株高效产氢细菌.分离菌株能利用糖蜜废水产生氢气.根据该菌株形态特征、生理生化与16S rDNA序列的同源性分析,新分离菌株Rennanqilyf6是一个与其最近的梭状菌属各成员都不相同的新种.
作者：李永峰任南琪杨传平王秋玉刘桂丰Li Yongfeng Ren Nanqi Yang Chuanping Wang Qiuyu Liu Guifeng 作者单位：李永峰,任南琪,Li Yongfeng,Ren Nanqi(哈尔滨工业大学,哈尔滨,150090) 杨传平,王秋玉,刘桂丰,Yang Chuanping,Wang Qiuyu,Liu Guifeng(东北林业大学)
刊名：东北林业大学学报ISTIC PKU英文刊名：JOURNAL OF NORTHEAST FORESTRY UNIVERSITY 年，卷(期)：2005 33(2) 分类号：X172 关键词：生物制氢产氢细菌分离鉴定系统发育分析。

16srRNA序列同源性分析与细菌系统分类鉴定（论文资料）

004　16s rRNA 序列同源性分析与细菌系统分类鉴定中国预防医学科学院营养与食品卫生研究所　(北京　100050)焦振泉　刘秀梅综述　孟昭赫审校摘要　本文介绍了16s rRNA 序列测定及同源性分析的方法,并阐述了其在细菌系统分类鉴定中的重要作用。

关键词　16s rRNA 序列同源性分析　细菌　分类鉴定近10多年来,随着分子生物学理论和技术的迅速发展,特别是作为生物技术里程碑的聚合酶链反应(PCR )技术的出现及核酸测序技术的不断完善,产生了许多新的分类方法,如:质粒图谱、限制性片段长度多态性分析、脉冲场凝胶电泳、PCR 指纹图、r DNA 指纹图、16s rRNA 序列分析等。

它们主要是对细菌染色体进行直接的DNA 分析或对染色体外的DNA 片段进行分析,从遗传进化的角度去认识细菌,从分子水平进行分类与鉴定,使细菌的分类越来越科学和精确,特别是16s rRNA 序列分析方法的出现使细菌进化可以通过试验研究来证实。

这是细菌分类史上的一次革命,必将使人们对生物进化及其与其它生物学科关系的认识更加深入。

1　16s rRNA 的结构与性质16s rRNA 为原核生物核糖体中一种核糖体RNA 。

目前,在细菌的系统分类学研究中最有用的和最常用的分子钟是rRNA ,其种类少,含量大(约占细菌RNA 含量的80%),分子大小适中,存在于所有的生物中,特别是其进化具有良好的时钟性质,在结构与功能上具有高度的保守性,素有“细菌化石”之称。

rRNA 在大多数原核生物中都具有多个拷贝[1],5s 、16s 和23s rRNA 的拷贝数相同[2],16s rRNA 由于大小适中,约115kb 左右,既能体现不同菌属之间的差异,又能利用测序技术来较容易地得到其序列,故被细菌学家及分类学家所接受[3]。

所以,“细菌系统学研究特设委员会”建议依据系统发育关系分类。

通过对其序列的分析,可以判定不同菌属、菌种间遗传关系的远近。

应用16SrRNA技术快速检测一例雏鸡铜绿假单胞菌感染

0引言铜绿假单胞菌又称绿脓杆菌，位于变形菌纲——γ亚纲，假单胞菌科下的假单胞菌属，为革兰阴性菌，广泛分布于自然界，在水、空气、土壤等多处存在。

铜绿假单胞菌多为条件致病菌，可引起鸡、鸭、鹌鹑、水貂、长臂猿、奶牛、大熊猫、袋鼠、蟒蛇等多种动物感染性疾病，多引起动物的呼吸道炎症、化脓性炎症、腹膜炎、关节炎、肠炎、子宫炎及肉芽肿等疾病[1-3]。

本研究针对重庆某鸡场育雏鸡发生大量死亡病例，对雏鸡的病料组织进行病原菌分离，应用16S rRNA技术进行快速鉴定，为临床快速防治该病提供参考。

1发病情况重庆某鸡场育雏鸡，接种马立克氏疫苗后3d，出现精神沉郁，食欲检测，随后相继批量死亡现象，发病率达到60％，死亡率约32％，怀疑马立克氏疫苗所致。

2材料与方法2.1主要试剂普通鲜血培养基由西南大学提供，基因组抽提试剂盒、PCR扩增试剂盒购于宝生物工程（大连）有限公司，PCR反应引物[4]由上海百力格生物技术有限公司合成（引物序列为F:5’-AGAGTTT⁃应用杨珍1，郭林滚2,单文杰3，许翔1，熊亚坤1，汪娟1，方柳1，罗庆华4，邹雨妃1，于士蒙1，黄幸幸1，刘克东1，付戴波1（1.九江市畜牧兽医局九江332000；2.庐山市农业局；3.共青城市农林水务局；4.重庆市畜牧科学院）摘要：为快速诊断一例雏鸡死亡病因，本研究从病死雏鸡内脏分离获得一分离菌，运用分子生物学技术，快速扩增病原菌的16SrRNA基因，经测序获得一条长1439bp的16SrDNA序列，与GeneBank已知序列进行BLAST检索，结果表明该分离菌归类于假单胞菌属，应用生物信息学软件对目的基因进行分析，显示与铜绿假单胞菌高度相似，同源性高达99.9％，结合发病情况，初步判定为养殖场外环境消毒不严格，造成雏鸡铜绿假单胞菌感染。

关键词：雏鸡；铜绿假单胞菌；16SrRNA基因；分子进化树中图分类号：S851.34+7.2文献标识码：A文章编号：1008-6137（2017）05-0011-04GATCCTGGCTCAG-3’，R:5’-GGTTACCTTGT⁃TACGACTT-3’）；DNA Marker、核酸染色剂、DNA 纯化试剂盒等购于上海生工生物工程有限公司。

16S rRNA基因序列分析鉴定非典型细菌的实验研究

16S rRNA基因序列分析鉴定非典型细菌的实验研究沈亚娟;夏云【摘要】目的建立以16S rRNA基因序列分析为基础的细菌鉴定方法,并初步将其应用于临床常规细菌的鉴定.方法选择临床微生物实验室不能准确鉴定的细菌,以16S rRNA为靶序列,在两端保守区设计引物,PCR反应扩增目的片段,测序后与数据库中已知细菌的16S rRNA序列进行序列比对.结果 13株菌中,有11株与数据库中的已知16S rRNA序列相似性达99.0%以上,成功鉴定到种的水平.结论 16S rRNA基因序列分析的方法可快速、准确地鉴定不典型菌株,可作为细菌常规鉴定的补充方法.%Objective To establish an approach for bacteria identification based on 16S rRNA gene sequence analysis ,and apply it to clinical routine bacteria identification initially .Methods Bacteria which can not be accurately identified in clinical microbiologi -cal laboratory were selected .16S rRNA served as target sequence ,primers were designed to match the conserved region at both ends and target fragments were amplified by means of PCR reaction .After sequencing ,their sequences were compared with 16S rRNA sequence of known bacteria in the database .Results Among 13 strains ,11 strains showed sequence similarity of 99 .0% with 16S rRNA sequence of known bacteria in the database ,and were successfully identified to the species level .Conclusion 16S rRNA gene sequence analysis can be applied to identify atypical bacteria quickly and accurately ,and serve as a supplementary method of routine bacteria identification .【期刊名称】《重庆医学》【年(卷),期】2013(042)001【总页数】3页(P46-48)【关键词】基因,rRNA;细菌;序列分析【作者】沈亚娟;夏云【作者单位】重庆医科大学附属第一医院检验科,重庆,400016;重庆医科大学附属第一医院检验科,重庆,400016【正文语种】中文传统的细菌鉴定方法是对细菌进行纯培养，然后从形态特征、生化特性及免疫学特性等方面加以鉴定。

以铜绿假单胞菌为例利用16S测序技术进行细菌同源基因型分析应用价值探讨

以铜绿假单胞菌为例利用１６Ｓ测序技术进行细菌同源基因型分析应用价值探讨郭晶晶１，王慧珠１，滑明溪２，何　明３，杜鹏程２，王雅杰１（首都医科大学附属北京地坛医院，１．检验科，２．研究所，３．感染管理处，北京１０００１５）摘要：目的　以铜绿假单胞菌为例，利用１６ＳｒＤＮＡ测序技术进行细菌同源基因分析应用价值探讨，为监测院内感染提供实验室依据。

方法　收集首都医科大学附属北京地坛医院分离的６５株铜绿假单胞菌，采用１６Ｓ测序技术，ＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎ）扩增１６ＳｒＤＮＡ２７１４９２基因片段，测序结果利用ＭＥＧＡＸ软件绘制６５株铜绿假单胞菌１６ＳｒＤＮＡ基因之间的进化关系图来表示。

结果　６５株铜绿假单胞菌的亲缘分析中，菌株之间均有同源性，其中来自ＩＣＵ的菌株，与本科室、神经外科、消化内科和呼吸科的菌株具有更近的亲缘性；呼吸科内也在不同患者标本中发现亲缘较近的菌株，其余科室均有与ＩＣＵ和呼吸科同源的菌株。

结论　可应用１６Ｓ测序技术对铜绿假单胞菌同源相关性进行监测，监测院内感染的发生。

关键词：铜绿假单胞菌；　１６Ｓ；　医院感染；　同源性中图分类号：Ｒ３７８文献标识码：ＡＴｈｅＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＶａｌｕｅｏｆ１６ＳＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙｉｎＡｎａｌｙｚｉｎｇＨｏｍｏｌｏｇｏｕｓＧｅｎｏｔｙｐｅｏｆＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓＡｅｒｕｇｉｎｏｓａｉｎＯｎｅＨｏｓｐｉｔａｌＧＵＯＪｉｎｇｊｉｎｇ１，ＷＡＮＧＨｕｉｚｈｕ１，ＨＵＡＭｉｎｇｘｉ２，ＨＥＭｉｎｇ３，ＤＵＰｅｎｇｃｈｅｎｇ２，ＷＡＮＧＹａｊｉｅ１（１．ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＣｌｉｎｉｃａｌＬａｂｏｒａｔｏｒｙ，２．ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＩｎｆｅｃｔｉｏｕｓＤｉｓｅａｓｅｓ，３．ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＨｏｓｐｉｔａｌＩｎｆｅｃｔｉｏｎＭａｎａｇｅｍｅｎｔ，ＢｅｉｊｉｎｇＤｉｔａｎＨｏｓｐｉｔａｌ，ＣａｐｉｔａｌＭｅｄｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｂｅｉｊｉｎｇ１０００１５，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＯｂｊｅｃｔｉｖｅＴｈｅａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｖａｌｕｅｏｆ１６ＳｒＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｉｎａｎａｌｙｚｉｎｇｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓｇｅｎｏｔｙｐｅｏｆＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａｉｎａｈｏｓｐｉｔａｌｗａｓｅｖａｌｕａｔｅｄｔｏｐｒｏｖｉｄｅａｌａｂｏｒａｔｏｒｙｂａｓｉｓｆｏｒｔｈｅｈｏｓｐｉｔａｌｉｎｆｅｃｔｉｏｎｃｏｎｔｒｏｌ．ＭｅｔｈｏｄｓＴｈｅＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａｉｓｏｌａｔｅｄｆｒｏｍＢｅｉｊｉｎｇＤｉｔａｎＨｏｓｐｉｔａｌＣａｐｉｔａｌＭｅｄｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｗｅｒｅｃｏｌｌｅｃｔｅｄａｎｄｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄｂｙ１６ＳｒＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙａｎｄＰＣＲ（ＰｏｌｙｍｅｒａｓｅＣｈａｉｎＲｅａｃｔｉｏｎ）．Ｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆ２７Ｆａｎｄ１４９２ＲｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄｂｙｕｓｉｎｇｔｈｅＭＥＧＡＸｓｏｆｔｗａｒｅ．Ｒｅｓｕｌｔｓ６５Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａｓｔｒａｉｎｓｗｅｒｅｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ，ｉｎｗｈｉｃｈｔｈｅｓｔｒａｉｎｓｆｒｏｍＩＣＵｗｅｒｅｍｏｒｅｃｌｏｓｅｌｙｒｅｌａｔｅｄｔｏｔｈｏｓｅｆｒｏｍｔｈｅｄｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，ｎｅｕｒｏｓｕｒｇｅｒｙ，ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙａｎｄｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙｍｅｄｉｃｉｎｅ．Ｉｎｔｈｅｌａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆｔｈｅｄｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆｒｅｓｐｉｒａｔｉｏｎ，ｃｌｏｓｅｌｙｒｅｌａｔｅｄｓｔｒａｉｎｓｗｅｒｅａｌｓｏｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄｉｎｔｈｅｓｐｅｃｉｍｅｎｓｏｆｄｉｆｆｅｒｅｎｔｐａｔｉｅｎｔｓ．ＴｈｅｏｔｈｅｒｄｅｐａｒｔｍｅｎｔｓｈａｄｓｔｒａｉｎｓｏｆｔｈｅｓａｍｅｏｒｉｇｉｎｗｉｔｈＩＣＵａｎｄｔｈｅｄｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆｒｅｓｐｉｒａｔｉｏｎ．ＣｏｎｃｌｕｓｉｏｎＴｈｅｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｏｆ１６ＳｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｃａｎｂｅｕｓｅｄｔｏｍｏｎｉｔｏｒｔｈｅｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎｏｆＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａｔｏｐｒｅｖｅｎｔｔｈｅｏｕｔｂｒｅａｋｏｆｎｏｓｏｃｏｍｉａｌｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａ；　Ｈｏｓｐｉｔａｌｉｎｆｅｃｔｉｏｎ；　Ｈｏｍｏｌｏｇｙ；　１６ＳＤＯＩ：１０．１１７４８／ｂｊｍｙ．ｉｓｓｎ．１００６－１７０３．２０２０．１０．０１２收稿日期：２０２００７３１；修回日期：２０２０１０２０基金项目：首都医科大学附属北京地坛医院院内科研基金“育苗计划”项目（编号：ＤＴＹＭ２０１８０３）通讯作者：王雅杰。

铜绿假单胞菌的鉴定方法与技术进展

铜绿假单胞菌的鉴定方法与技术进展铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）是一种广泛存在于自然环境中的革兰氏阴性杆菌。

它是一种多重耐药的病原菌，对众多常用抗菌药物表现出不同程度的耐受性。

鉴定铜绿假单胞菌的方法及技术的进展对于临床医学、环境卫生以及食品安全等领域具有重要意义。

一、传统鉴定方法1. 形态学特征：铜绿假单胞菌在常规琼脂平板上生长呈青绿色，细菌呈短杆状或不规则杆状，革兰染色呈阴性，不产生孢子。

2. 生理和生化特性：铜绿假单胞菌可利用较多种类的碳源生长，产生草酸酶、葡萄糖氧化酶等酶类。

此外，它还可产生金黄色脆忻素、绿色芽孢杆菌素等色素。

3. 血清学鉴定：通过血清学反应检测铜绿假单胞菌所产生的O抗原和Vi抗原，结合凝集试验、血凝试验等方法进行鉴定。

二、分子生物学鉴定方法随着分子生物学技术的发展，越来越多的分子生物学方法被用于铜绿假单胞菌的鉴定和检测。

1. 16S rRNA基因测序：16S rRNA基因是细菌共有的基因，在物种鉴定上具有较高的特异性和可溯源性，通过对铜绿假单胞菌菌株进行16S rRNA基因测序，可以快速准确地鉴定其物种。

2. 基因片段PCR：利用铜绿假单胞菌特异基因片段进行PCR扩增，如oprL基因、oprD基因等，通过特异性条带出现可以判断是否为铜绿假单胞菌。

3. 多重PCR技术：多重PCR技术可以通过扩增多个特异基因片段，提高检测的特异性和灵敏度，如gyrB、rpoB、27-kDa等基因片段。

三、质谱法质谱法是近年来快速进行菌种鉴定的一种方法，其应用已得到广泛推广。

主要有飞行时间质谱法、荧光定量PCR结合质谱法、表面增强激光解析电离质谱法等。

这些质谱方法可以通过菌株代谢产物的分子质量进行鉴定。

四、胶体金技术胶体金技术通过标记特异性抗体或引物，利用胶体金颗粒作为信号素，通过胶体溶液在酶或免疫检测中的特异性反应，可以高度敏感地鉴定铜绿假单胞菌。

五、纳米生物传感器纳米生物传感器是一种新兴的鉴定技术，通过利用纳米材料的特殊性质以及生物传感机制来实现铜绿假单胞菌的高灵敏度检测。

铜绿假单胞菌噬菌体的分离鉴定及其基因组学研究

铜绿假单胞菌噬菌体的分离鉴定及其基因组学研究铜绿假单胞菌（Pseudomonas aerugonosa）在医学上称为绿脓杆菌。

该菌具有极强的环境适应能力和对多种抗生素的耐受能力。

对于人体，绿脓杆菌是最重要的条件致病菌，是创伤、烧伤及免疫受损机体最容易感染的细菌之一，严重地危害着人类的健康与生命。

噬菌体（Bacteriophage）是细菌的病毒，它与宿主菌关系密切。

一方面，溶原性噬菌体通过自身携带的外源性遗传物质改变宿主菌的生物学性状，同时，在与宿主菌基因组不断地重组、整合、转座和切离过程中彼此交换遗传物质，影响宿主菌及自身基因的多样性，成为除质粒之外的一股重要基因流（genestream），在生物之间介导着基因的水平转移（horizontal transfer）；另一方面，基于裂菌性噬菌体能特异性裂解宿主菌，也基于如果诱导前噬菌体进入裂菌性生长周期就可导致细菌裂解，噬菌体有望发展成为抗细菌感染的生物制剂。

不管是想研究噬菌体与细菌间相互作用关系，揭示噬菌体介导的基因水平转移所导致的生物多样性等重大问题，还是研究噬菌体的工程改造和噬菌体治疗，都需要对噬菌体及其宿主菌的遗传学背景有极清楚的认识。

最近，绿脓杆菌PA01菌株全基因组测序工作已完成，而绿脓杆菌噬菌体的基因组研究工作的积累仍非常有限。

为此，本研究以绿脓杆菌为宿主菌，成功分离了3株新的噬菌体，对其中两株（一为溶原性噬菌体，一为裂菌性噬菌体，二者具有一相同的宿主菌）展开了全基因组测序。

井对已完成测序的PaP3展开了基因组学研究和某些基因功能的研究。

主要内容及实验结果包括以下几方面： 1．以绿脓杆菌临床分离株为宿主菌，从医院下水道污水中分离到3株绿脓杆菌噬菌体，分别命名为 PaPI、PaPZ和 PaP3。

其中 PaPI是裂菌性噬菌体，PaPZ和PaP3是溶原性噬菌体；电镜结果表明PaPI为有尾噬菌体，PaPZ、PaP3为短尾噬菌体；按国际上分类标准，PaPI属肌尾噬茵体科m），PaPZ和PaP3属短尾噬菌体科（Pedoviridae）；三株均为双链DNA噬菌体。

铜绿假单胞菌的菌种鉴定

铜绿假单胞菌的菌种鉴定全文共四篇示例，供读者参考第一篇示例：铜绿假单胞菌是一种广泛存在于自然环境中的革兰氏阴性杆菌，也是一种条件致病菌，常见于水和土壤中。

它可以引起多种感染疾病，如呼吸道感染、尿路感染和伤口感染等。

准确鉴定铜绿假单胞菌对于预防和治疗相关感染至关重要。

铜绿假单胞菌的鉴定主要通过形态学、生理学和生化学特征以及分子生物学方法进行。

下面将详细介绍铜绿假单胞菌的菌种鉴定方法。

1. 形态学特征鉴定我们可以通过铜绿假单胞菌在琼脂培养基上的形态学特征来初步鉴定。

铜绿假单胞菌在琼脂培养基上呈不规则的、细长的、呈青绿色的菌落，有时呈褐色或黄色。

在显微镜下观察，可见到细长的革兰氏阴性杆菌。

但仅凭形态学特征鉴定并不够准确，因为有些细菌形态相似，需要进一步进行生理学和生化学检测。

铜绿假单胞菌是一种革兰氏阴性杆菌，不发酵葡萄糖，产生氧化酶和嫌氧酶。

在进行生理学鉴定时，可以利用生理生化分析系统（API 系统）或者其他相关系统进行检测。

通过检测铜绿假单胞菌的碳水化合物利用情况、氧化还原反应及其他生理生化特征，可以更准确地鉴定。

铜绿假单胞菌具有一些特殊的生化学特征，如产生金属蛋白酶、松香酸酶和氢氰酸等。

这些特征可以通过生化学测试来确定。

铜绿假单胞菌还对氧化还原反应有特殊的反应，可以利用氧化还原试剂来进行鉴定。

4. 分子生物学方法鉴定随着分子生物学技术的发展，PCR扩增和16S rRNA测序已成为鉴定铜绿假单胞菌的重要手段。

通过PCR扩增细菌DNA中的特定基因片段，再通过测序比对16S rRNA序列，可以准确识别铜绿假单胞菌。

铜绿假单胞菌的菌种鉴定是一个综合性的过程，需要结合形态学、生理学、生化学和分子生物学等多个方面来确定。

只有准确鉴定了菌种，才能采取针对性的预防和治疗措施。

希望通过本文的介绍，读者对铜绿假单胞菌的菌种鉴定有了更加清晰的认识。

第二篇示例：铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）是一种常见的革兰氏阴性杆菌，广泛存在于自然界中的土壤、水体、植物等环境中。

铜绿假单胞菌的菌种鉴定

铜绿假单胞菌的菌种鉴定
铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）是一种革兰氏阴性细菌，通常是一种耐药性很强的致病菌。

对于铜绿假单胞菌的鉴定可以从多个角度进行：
1. 形态特征，铜绿假单胞菌是一种革兰氏阴性杆菌，通常呈杆状。

在培养基上形成圆形、平滑、有金属光泽的绿色或蓝绿色细菌落。

2. 生理生化特征，铜绿假单胞菌对氧的需求较高，是一种好氧菌。

它能够利用多种碳源和氮源进行代谢，产生酶类如氧化酶和蛋白酶。

此外，铜绿假单胞菌还能产生金属螯合物和溶解磷酸盐等特性。

3. 生化试验，进行一系列生化试验，如氧化/发酵葡萄糖、产气、利用麦尔刻姆盐基本培养基等试验，可以帮助鉴定铜绿假单胞菌。

4. 分子生物学鉴定，利用PCR技术对细菌的16S rRNA基因进行扩增和测序，然后与已知的铜绿假单胞菌的序列比对，可以准确
鉴定出细菌的种属。

总的来说，铜绿假单胞菌的鉴定需要结合形态特征、生理生化
特征、生化试验和分子生物学方法，综合分析才能做出准确的鉴定。

这些方法的综合运用可以帮助科研人员和临床医生准确诊断和治疗
相关感染。

一株铜绿假单胞菌RNA噬菌体的分离和鉴定

一株铜绿假单胞菌RNA噬菌体的分离和鉴定近几年来,由于抗生素在临床以及畜牧养殖业的大量使用,而新抗生素的开发少之又少,使得细菌的耐药性问题日益严峻,甚至出现了几乎无药可用的“超级细菌”,这给临床治疗带来了非常严重的挑战,尤其是多重耐药菌株的抗感染问题已经成为目前临床治疗的难点。

铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA),也被称为绿脓杆菌,是临床上常见的革兰阴性条件致病菌,在自然界中分布极为广泛,各种水、空气、正常人的皮肤、呼吸道和肠道等都有存在。

作为医院内感染的主要病原菌之一,铜绿假单胞菌对多种抗生素都具有耐药性,在此背景下,寻找抗铜绿假单胞菌感染的新的治疗方法十分必要。

噬菌体是一类在自然界中广泛分布,专性感染以及裂解细菌的病毒。

其基因数目较少,增殖速度较快又易于培养。

1915年,噬菌体由Frederick W.T.首次发现,此后人们就尝试用噬菌体来治疗细菌性感染,但一直都未能取得根本性的突破。

近几年来,由于细菌耐药性的问题日益严重,噬菌体治疗重新回归人们视野,并被认为是抗生素治疗之外的又一种抗感染手段。

本文以一株可以分泌红色色素的铜绿假单胞菌临床分离株PAO38为宿主菌,从西南医院下水道污水中分离得到了一株可以将其裂解的RNA噬菌体,我们将其命名为PaP6。

得到该噬菌体后,对其生物学特性进行了重点研究,包括其最佳感染复数、一步生长曲线、结构蛋白、氯仿敏感性以及宿主谱等。

这些数据为今后对其进一步的深入研究、基因工程改造、噬菌体治疗等研究奠定了必要的基础,并且丰富了对噬菌体多样性的认识。

研究内容及结果具体包括以下几个方面:1.以铜绿假单胞菌PAO38为宿主菌,从西南医院的污水中分离得到一株可以裂解PAO38菌株的噬菌体,命名为PaP6(Pseudomonas aeruginosa Phage 6)。

电镜下观察发现PaP6有一个正多面体的头部,头部大小约为45 nm。

2.提取噬菌体PaP6的基因组,电泳分析表明该基因组天然以三个节段存在。

利用16S rRNA基因序列分析进行微生物分类鉴定

利用16S rRNA基因序列分析进行微生物分类鉴定【实验目的】1. 了解微生物分子鉴定的原理和应用。

2. 掌握利用16S rRNA基因进行微生物分子鉴定的操作方法。

3. 运用软件构建系统发育树并对微生物进行系统发育关系分析。

【实验原理】长期以来，对微生物的分类鉴定主要采用分离培养、形态特征、生化反应和免疫学等方法。

但这些传统手段均存在耗时长、特异性差、敏感度低等问题，难以满足现代细菌学研究的发展要求。

随着分子生物学技术的迅速发展，特别是聚合酶链式反应( PCR) 技术的出现及核酸研究技术的不断完善，产生了许多新的分类方法，如质粒图谱、限制性片段长度多态性分析、PCR 指纹图、rRNA 基因（即rDNA）指纹图、16S 核糖体核糖核酸（ribosomal RNA，rRNA）序列分析等。

这些技术主要是对细菌染色体或染色体外的DNA 片段进行分析，从遗传进化的角度和分子水平进行细菌分类鉴定，从而使细菌分类更科学、更精确。

其中原核生物16S rRNA 基因（真核18S rRNA 基因）序列分析技术已被广泛应用于微生物分类鉴定。

核糖体rRNA对所有生物的生存都是必不可少的。

其中16 S rRNA在细菌及其他微生物的进化过程中高度保守，被称为细菌的“分子化石”。

在16S rRNA分子中含有高度保守的序列区域和高度变化的序列区域，因此很适于对进化距离不同的各种生物亲缘关系的比较研究。

其具体方法如下：首先借鉴恒定区的序列设计引物，将16S rRNA基因片段扩增出来，测序获得16S rRNA基因序列，再与生物信息数据库（如GenBank）中的16S rRNA基因序列进行比对和同源性分析比较，利用可变区序列的差异构建系统发育树，分析该微生物与其他微生物之间在分子进化过程中的系统发育关系（亲缘关系），从而达到对该微生物分类鉴定的目的。

通常认为，16S rRNA基因序列同源性小于97 %，可以认为属于不同的种，同源性小于93~95 %，可以认为属于不同的属。

一株火鸡源奇异变形杆菌的分离鉴定及16SrRNA基因序列分析

一株火鸡源奇异变形杆菌的分离鉴定及16SrRNA基因序列分析姚克昌;杨大洪;李淑芸;夏静;何肖;黄勇【期刊名称】《畜禽业》【年(卷),期】2016(0)6【摘要】四川某火鸡养殖场的20～40日龄的雏火鸡发生一起以呼吸困难,斜颈、头部肿大、鼻炎、眼炎、气囊炎、鼻窦和眶下窦有干酪样渗出物为主要临床表现的传染性疾病.采集发病火鸡眼分泌物进行细菌分离,然后通过细菌的纯化、培养特性、形态学特性、16s RNA序列测定和分析对分离菌进行鉴定,确定分离到1株奇异变形细菌并命名为SH株.SH株为革兰氏染色阴性、在LB平皿上画线呈扩散状生长、血平皿上有溶血性现象.SH株16S rRNA与奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)的同源性为99.1～99.8％,与普通变形杆菌(Proteus vulgaris)的同源性为98.5％,与豪氏变形杆菌(Proteus hauseri)的同源性为98.1％,与产黏变形杆菌(Proteus myrofaciens)和潘氏变形杆菌(Proteus penneri)的同源性为98％.药敏实验结果表明对丁胺卡拉和环丙沙星敏感.实验结果对生产上该类疾病的预防和控制提供了参考.【总页数】4页(P14-17)【作者】姚克昌;杨大洪;李淑芸;夏静;何肖;黄勇【作者单位】四川农业大学动物医学院,四川成都 611130;四川省雅安市名山区中峰乡畜牧兽医站;四川农业大学动物医学院,四川成都 611130;四川农业大学动物医学院,四川成都 611130;四川农业大学动物医学院,四川成都 611130;四川农业大学动物医学院,四川成都 611130【正文语种】中文【中图分类】S852.61【相关文献】1.一株鸭源H9亚型禽流感病毒的分离鉴定及HA基因序列分析 [J], 高月花;于可响;宋玲玲;宋敏训2.一株鸭源H1N6亚型禽流感病毒的分离鉴定及HA和NA基因序列分析 [J], 熊文婕;谢芝勋;李孟;曹国敏;覃海;严小东3.一株羊源链球菌的分离鉴定及溶血素(SLS)基因序列分析 [J], 张博;姚学萍;王印;杨泽晓;邬旭龙;张鹏飞;莫亚霞;王寒4.一株猪源奇异变形杆菌的分离鉴定 [J], 张秋林;陈荟旭;潘姣姣;孙世浩;张伟信;李莲瑞5.一株种鸡源奇异变形杆菌的分离鉴定及毒力基因分析 [J], 刘盼盼;贺泂杰;徐国伟;王学智;王胜义;张宝锁;孙研;崔东安因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。