染色质免疫共沉淀技术(ChIP)
染色质免疫沉淀技术
染色质免疫沉淀技术
染色质免疫沉淀技术（ChIP）是一种常用的分子生物学实验技术，用
于研究基因表达和调控机制。
该技术利用特异性抗体识别和结合染色
质上的特定蛋白质，然后通过免疫沉淀和DNA提取等步骤分离出与目标蛋白质结合的DNA片段，从而确定该蛋白质在染色质上的结合位置和作用机制。
ChIP技术的基本步骤包括：交联、裂解、免疫沉淀、洗涤、反交联和DNA提取。
首先，通过交联剂如甲醛将细胞或组织中的染色质与蛋白质进行固定化。
然后将细胞或组织裂解并利用特定抗体选择性地捕获
目标蛋白质与其所结合的DNA片段。
接下来，通过洗涤去除非特异性结合并保留与目标蛋白质结合的DNA片段。
最后，通过反交联将DNA片段从蛋白质中释放出来，并进行PCR扩增或测序等分析。
ChIP技术可以用于研究许多生物学问题，如转录因子与DNA的结合、组蛋白修饰和染色质重塑等。
例如，可以通过ChIP技术确定某个转录因子在基因调控中的作用机制，或者确定某个组蛋白修饰对基因表达
的影响。
总之，染色质免疫沉淀技术是一种重要的分子生物学实验技术，可以
帮助我们更好地理解基因表达和调控机制。
染色质免疫共沉淀
染色质免疫共沉淀染色质免疫共沉淀（chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是一种将DNA和相应的转录因子组装到染色质上的一项技术，可用于彻底研究基因表达调节机制。
1. 什么是染色质免疫共沉淀？染色质免疫共沉淀（ChIP）是一种将DNA和相应的转录因子组装到染色质上的实验方法，用于研究染色质的结构和功能，进而理解基因的表达如何受调控。
它是一种特别有效的去解析染色质和基因表达调节之间的联系的方法，被用于通过生物信息学等方法，研究基因表达调节的蛋白质组织关系。
2. 染色质免疫共沉淀的原理染色质免疫共沉淀的技术根据抗体结合模式可以分为单克隆抗体和聚合物抗体两种，单克隆抗体结合定向抗原，可以较好地用于基因组定点分析，它通过固定DNA模板和抗原抗体相互作用将它们结合到一起，再行沉淀，从而获取DNA模板及其相互作用位点。
聚合物抗体可以扩大辨识特异性，能够克服单克隆抗体的特异性限制，可应用于普适性抗原，可以用于核组学分析，利用共沉淀的方法结合PCR的扩增效应，将小量的DNA模板复制成更多的DNA碱基，以能够清晰地获得与染色质有关的重要信息。
3. 染色质免疫共沉淀的步骤染色质免疫共沉淀的步骤主要有：细胞培养分离、肽激活细胞和抗体免疫沉淀、PCR扩增、核酸电泳分析、数据分析。
首先，要进行细胞培养，用适当的分离方法分离出细胞，接着，激活肽将细胞激活，以提高活细胞中的蛋白质和DNA的表达、组装以及相互作用；然后，添加抗体，抗体结合模板和相应的转录因子，这样可以将抗体和DNA-转录因子复合物结合在一起，继而进行沉淀；接着，将沉淀物进行PCR 扩增，从而将少量的模板复制成多份；接着，使用DNA电泳分析来检测分析结果；最后，利用生物信息学对实验测得的数据进行分析，探索调节染色质和基因表达的蛋白质组织关系及其机制。
以上就是染色质免疫共沉淀的实验步骤。
4. 染色质免疫共沉淀的应用染色质免疫共沉淀在生物学研究方面具有重要的应用价值，在基因组学、核组学、基因表达分析、生物信息学、代谢组学、表观遗传学等方面有着广泛的应用，可用于研究染色质结构，探索基因组变异，鉴定并且定位生物体内转录因子等，是一项重要的新技术。
染色质免疫共沉淀测序技术
染色质免疫共沉淀测序技术
1染色质免疫共沉淀
染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）是一种使用测序技术来研究染色质蛋白结合DNA及与基因表达的调控的新兴基因组学技术。
它是染色质免疫沉淀（ChIP）技术与高通量测序技术的结合。
通过染色质免疫共沉淀测序技术，可以确定细胞中的基因组上的结合位点，研究特定的蛋白质和DNA，及基因转录的调控机制，以及参与蛋白质-DNA结合的相关机制。
染色质免疫共沉淀测序是将蛋白质-DNA复合物通过染色质免疫沉淀（ChIP）技术进行收集，然后根据分子标记的位点将其测序，并且将其无功的部分暴露出来进行测序分析。
依靠ChIP-seq，可以以一种高效的方式查看某种特定蛋白质在基因组上结合的位置，并且可以分析复杂结构DNA区域位点间结合关系，也可以确定转录因子调控基因表达的路径。
染色质免疫共沉淀技术在进行基因组组学研究、基因组区域结构分析、功能元件检测、基因调控研究及转录组分析中发挥着重要作用。
传统的ChIP技术是所有细胞中的结合位点的相对分析，它们的数据可以用于描述和验证转录调控的路径，但是不能给出定性的结论，而ChIP-Seq则能够获得定性的位置并进行深入的分析。
染色质免疫共沉淀测序技术在研究复杂基因调控网络中发挥了重要作用，它可以更有效地捕捉基因表达状态，帮助研究者对研究对象
的基因表达调控进行深入的研究，使科研数据更为准确可靠，揭示出机体细胞调控的生物学机制。
染色质免疫共沉淀技术
染色质免疫共沉淀技术染色质免疫共沉淀技术（ChIP）是一种广泛应用于生物学研究的技术，它可以用来检测蛋白质与染色质之间的相互作用。
该技术能够帮助研究人员确定蛋白质在基因表达中的作用，以及探究细胞的调节机制。
本文将详细介绍染色质免疫共沉淀技术的原理、步骤、优缺点和应用。
一、原理染色质免疫共沉淀技术是基于抗体特异性识别蛋白质的原理。
在该技术中，首先将抗体与磁珠或琼脂糖等载体结合，形成免疫复合物。
接着，将该免疫复合物加入到含有细胞或组织的裂解液中，使其与目标蛋白结合。
随后，使用磁力或离心等手段将免疫复合物与与其结合的蛋白、核酸等分离出来。
最后，利用PCR、微阵列芯片等技术对分离出来的蛋白、核酸等进行检测和分析。
二、步骤染色质免疫共沉淀技术的步骤主要包括：1. 细胞或组织的裂解：将细胞或组织加入到含有蛋白酶抑制剂、核酸酶抑制剂、盐和缓冲液等的裂解液中，使其破裂并释放出蛋白、DNA等。
2. 免疫复合物的制备：将抗体与磁珠或琼脂糖等载体结合，形成免疫复合物。
3. 免疫复合物与目标蛋白的结合：将免疫复合物加入到裂解液中，与目标蛋白结合。
4. 免疫复合物的分离：使用磁力或离心等手段将免疫复合物与与其结合的蛋白、核酸等分离出来。
5. 分析：利用PCR、微阵列芯片等技术对分离出来的蛋白、核酸等进行检测和分析。
三、优缺点染色质免疫共沉淀技术具有以下优点：1. 高特异性：该技术可以通过抗体特异性识别蛋白质，具有高特异性。
2. 高灵敏度：该技术可以检测到极低浓度的蛋白质。
3. 可重复性：该技术具有较高的可重复性，可以用于多次实验。
4. 可广泛应用：该技术可以应用于不同种类的细胞和组织。
然而，染色质免疫共沉淀技术也存在以下缺点：1. 受抗体质量限制：抗体的质量、特异性和亲和力等因素会影响该技术的结果。
2. 受组织分解程度限制：组织分解不彻底会导致目标蛋白无法完全释放，从而影响该技术的结果。
3. 受背景干扰影响：免疫复合物的制备和分离过程中，可能会出现背景干扰，影响结果的准确性。
染色质免疫沉淀技术名词解释
染色质免疫沉淀技术名词解释
染色质免疫沉淀技术（ChIP）是一种用于研究转录调控的实
验方法。
它通过特异性抗体与染色质中的特定蛋白结合，然后利用免疫学的原理，将与目标蛋白结合的染色质分离出来。
这样就可以研究目标蛋白与染色质中的基因调控元件（如启动子、增强子等）之间的相互作用。
ChIP技术的基本步骤包括交联、染色质提取、染色质片断、
免疫沉淀、洗涤、脱交联和DNA提取。
其中交联步骤将细胞
中的染色质与蛋白交联在一起，使得它们之间的相互作用得以保持。
提取步骤则将交联后的细胞裂解，释放出染色质。
染色质片断步骤通过超声波处理或酶切等方法将染色质断裂成适当长度的片段，以便免疫沉淀能够更容易地进行。
免疫沉淀步骤通过将目标蛋白所结合的染色质与特异性抗体结合，然后用磁珠或蛋白A/G琼脂糖作为载体将免疫复合物沉淀下来。
洗涤
步骤则用于去除非特异性结合的染色质沉淀物。
最后，脱交联步骤通过加热或酶切等方法将染色质和蛋白的交联解开，使得免疫沉淀的DNA片段得以释放。
DNA提取步骤则是为了纯化目标DNA，以便进行后续的分析，如PCR、实时定量PCR、
测序等。
通过ChIP技术，研究者可以获取到与目标蛋白结合的染色质
片段，进而了解目标蛋白在染色质水平上的定位和互作关系，从而揭示转录调控机制的细节。
染色质免疫共沉淀技术
染色质免疫共沉淀技术
染色质免疫共沉淀技术（ChIP）是一种常用的分子生物学技术，也是
研究细胞基因组结构和功能的重要方法。
该技术可以用来鉴定某个转录因
子或其他核蛋白与某个特定DNA序列的结合关系，从而确定这个DNA序列
在基因表达调控中的重要性。
该技术包括以下步骤：（1）交联；（2）裂解；（3）免疫沉淀；（4）洗涤；（5）离解交联；（6）DNA提取。
在这个过程中，首先将细胞进行交联，使得染色质固定在原位。
之后，将染色质进行裂解并进行免疫沉淀，这里是将特定的抗体与目标蛋白质结合，从而使得目标蛋白质与某些DNA序列结合，并保持在染色质中。
然后
对免疫沉淀后的复合物进行洗涤，去除杂质物质，以提高免疫沉淀的特异
性和纯度。
之后，对免疫沉淀后的复合物进行离解交联，使免疫沉淀的蛋
白质与DNA分别被分解为单独的分子。
最后，从免疫沉淀复合物中提取DNA，用于进一步的分析，例如PCR扩增、Southern blotting、测序等。
该技术的优点是可以在整个基因组范围内寻找目标DNA序列的结合蛋白，相对快速、成本低、灵敏度高，并且可以直接从原位染色质富集DNA
序列。
缺点是免疫沉淀的特异性和纯度可能受到影响，需要对实验进行严
谨控制。
染色质免疫共沉淀分组
染色质免疫共沉淀分组（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是一种用于研究染色质结构和功能的技术，通常用于研究特定蛋白与DNA的结合以及与转录因子相关的基因调控元件。
在进行ChIP实验时，通常会根据实验目的和需要研究的具体基因或蛋白进行分组。
以下是一个可能的ChIP分组方案，共计800字：1. 组一：研究转录因子与DNA的结合实验目的：通过ChIP分析特定转录因子与DNA的结合位点，研究转录因子在细胞内的作用机制和基因调控网络。
实验分组：（1）抗体组：使用特异性抗体针对转录因子进行免疫沉淀。
（2）对照组：使用等量未被抗体结合的DNA进行免疫沉淀作为对照。
（3）质谱分析组：对免疫沉淀后的DNA进行质谱分析，鉴定出结合转录因子的特异性DNA 序列。
2. 组二：研究组蛋白修饰与染色质结构的关系实验目的：通过ChIP分析特定组蛋白修饰与染色质结构的关系，研究基因表达的调控机制。
实验分组：（1）抗体组：使用特异性抗体针对组蛋白修饰（如H3K36me2）进行免疫沉淀。
（2）对照组：使用等量未被抗体结合的DNA进行免疫沉淀作为对照。
（3）测序分析组：对染色质免疫沉淀后解旋的DNA片段进行测序，分析染色质结构的变化。
3. 组三：研究RNA聚合酶与基因转录的关系实验目的：通过ChIP分析RNA聚合酶与基因启动子的结合，研究基因转录的起始位点。
实验分组：（1）抗体组：使用特异性抗体针对RNA聚合酶进行免疫沉淀。
（2）基因组DNA组：分析免疫沉淀后提取的DNA是否含有预期的基因启动子区域。
（3）基因表达组：在相同条件下培养细胞，分析基因表达的变化，以验证RNA聚合酶与基因转录的关系。
以上是三种可能的ChIP分组方案，可以根据实验目的和具体需求进行调整和组合。
通过ChIP 技术，我们可以深入了解基因表达调控的机制，为疾病研究和药物开发提供重要基础数据。
CHIP(染色质免疫共沉淀)
一、超声剪切染色质1.用37℃预温的1%PFA固定10-20min，使DNA与蛋白质交联2.终止交联，加入终浓度为0.125M的甘氨酸3.用预冷的PBS洗2次4.用PBS将细胞刮下（5mlPBS+1mMPMSF+1mg/ml抑肽酶）5.4500rpm5min（此阶段细胞沉淀可储存于-80℃）6.弃上清，按200ul/106个细胞加入SDS lysis buffer（现加PMSF&coktail），冰上10min（4℃rotation 30min）7.27G针头注射器吹打3遍，若有气泡离心8.超声：不可有气泡，超两次后放到冰上9.离心：4℃，12000rpm，20min，上清转移到15ml离心管二、Ab沉淀目的染色质1.用dilution buffer稀释至1ml2.取50ul Input（也可取少量做lgG阴性对照，RNaseⅡ阴性对照）备注：取450ul做lgGcontrol，剩余500ul3.剩下的加一抗（5ul/ml），4℃rotate过夜4.向样品中加入50ul ProteinA+Gbeads，4℃rotate2h，之后可在冰上沉淀一会5.离心，1000rpm1min，留上清6.洗珠子，1ml/5min/次，在4℃rotate，再在冰上静置5min，1000rpm1min。
洗涤顺序为：低盐溶液→高盐溶液→LicL（之前在4℃）→TE→TE（室温）三、去除蛋白质1.Elution buffer（1%SDS、0.1MNaHCO3；0.5gSDS，0.42gNaHCO3 in 50ml ddH20）+250uL RT15min rotate →离心1000rpm1min→上清（收集）→+250ulRT 10min →金属65℃5min→上清（收集）2.上清+20ul5M NaClInput+450ul elution buffer+20ul 5M NaCl65℃6-7h或过夜3.10ul0.5MEDTA,20ul1MTris-HCl +2ul 10mg/ml 蛋白酶K（50℃1h）？四、提纯DNA1.加等体积（500ul）Tris-饱和酚，剧烈混匀，14500rpm10min，取上清，加入500ulCHCl3混匀后14500rpm10min，取上清后再加入tRNA60ug （200ug/ml，3ul），加异丙醇500ul，离心14500rpm20min 弃上清2.加70%酒精洗一遍，14500rpm5min，（要去掉上清，先倒掉，倒掉之后离心一下再扔掉液体）将管子倒扣空气晾干。
组蛋白染色质免疫共沉淀
组蛋白染色质免疫共沉淀
组蛋白染色质免疫共沉淀（ChIP）是一种常用的分子生物学技术，用于研究染色质上特定的蛋白质与DNA的相互作用。
这项技术可以帮助研究者寻找与基因调控相关的蛋白质，在基因表达、染色质修饰和细胞发育等方面提供重要信息。
组蛋白是一种细胞核内最主要的蛋白质，因为它们可以在DNA上形成一种高度有序、紧密排列的结构，称为染色质。
组蛋白可以被修饰，如磷酸化、甲基化、酰化等，这些修饰可以影响染色质结构和转录因子的结合，进而影响基因表达。
ChIP技术涉及到将免疫球蛋白与DNA交联、裂解、精选和扩增，最终可以实现对染色质蛋白质的鉴定和分析。
通过这种方法，可以确定特定蛋白质与DNA序列的相互作用，并评估这种相互作用对基因表达的影响。
ChIP技术在生物学研究中发挥着重要的作用，尤其是在基因调控、细胞分化和癌症研究方面。
它可以帮助科学家深入了解细胞内分子之间的相互作用，从而为治疗疾病提供更多理论支持。
- 1 -。
染色质免疫共沉淀技术原理
染色质免疫共沉淀技术原理一、前言染色质免疫共沉淀技术（ChIP）是生物学研究中常用的一种方法，它通过利用抗体特异性识别染色质上的特定蛋白质，进而从复杂的细胞核提取物中富集这些蛋白质，并对其进行鉴定和分析。
本文将详细介绍染色质免疫共沉淀技术的原理。
二、实验步骤1. 交联首先，需要对活细胞进行交联处理，以稳定染色质和蛋白质之间的相互作用。
常用的交联剂有甲醛和二氧化硅等。
2. 染色质片段化接下来，需要将交联后的细胞进行裂解，并将DNA片段化。
这可以通过超声波或者限制性内切酶等方法实现。
3. 免疫共沉淀然后，在裂解液中加入与目标蛋白特异性结合的抗体，并进行免疫共沉淀。
在共沉淀过程中，目标蛋白和与其结合的DNA片段会被富集到抗体上。
4. 分离DNA片段接下来，需要将DNA片段从抗体上分离出来。
这可以通过加入盐或者进行热处理等方法实现。
5. 鉴定和分析最后，对富集的DNA片段进行鉴定和分析。
这可以通过PCR扩增、测序或者芯片技术等方法实现，以确定目标蛋白在染色质中的作用位置和作用方式。
三、原理解析1. 抗体选择ChIP技术的核心是抗体的选择。
抗体需要特异性识别目标蛋白，并保持其活性。
通常情况下，使用多个不同来源的抗体可以提高富集效率和准确性。
2. 交联原理交联是通过甲醛或二氧化硅等化学物质与细胞核内的DNA、蛋白质发生共价结合而实现的。
交联后的染色质会更加稳定，避免了在裂解过程中DNA和蛋白质之间失去相互作用。
3. 片段化原理染色质片段化是为了将长链DNA切成适当大小的小片段，以便于后续步骤中与抗体结合并富集目标蛋白。
超声波法利用高频声波震荡使DNA分子破碎，而限制性内切酶法则利用特定的酶切割位点切割DNA分子。
4. 免疫共沉淀原理免疫共沉淀是利用抗体与目标蛋白之间的特异性结合，将目标蛋白及其相关DNA片段从裂解液中富集到抗体上。
这一步骤需要注意选择合适的抗体和免疫共沉淀条件，以提高富集效率和准确性。
5. DNA片段分离原理将DNA片段从抗体上分离出来是为了进一步进行后续鉴定和分析。
染色质免疫共沉淀原理
染色质免疫共沉淀原理染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）是一种用于研究染色质中蛋白质-DNA相互作用的重要技术。
通过ChIP技术，研究人员可以确定特定蛋白质与染色质中特定DNA序列的相互作用，从而揭示基因调控、表观遗传学和疾病发生发展等重要生物学问题的答案。
本文将从ChIP的原理、步骤和应用等方面进行详细介绍。
ChIP技术的原理主要基于抗体对特定蛋白质的高度选择性结合。
首先，细胞或组织被交联，使得蛋白质与DNA之间的相互作用得以保持。
然后，细胞或组织被裂解，染色质被剪切成小片段。
接着，使用特异性抗体结合目标蛋白质，形成抗体-蛋白质-染色质复合物。
随后，利用蛋白质A/G磁珠将复合物沉淀下来。
最后，通过逆交联和DNA纯化，得到与目标蛋白质结合的DNA片段。
这些片段可以进一步用于PCR、测序等分子生物学实验。
ChIP技术的步骤主要包括，交联、裂解、免疫共沉淀、逆交联和DNA纯化。
在实际操作中，研究人员需要选择合适的抗体、优化交联条件、确定最佳的裂解酶和免疫沉淀条件等。
此外，为了提高ChIP的特异性和灵敏度，还需要进行合适的对照实验和验证实验。
ChIP技术在生物学研究中有着广泛的应用。
首先，ChIP可以用于研究转录因子与染色质中特定启动子或增强子的结合情况，从而揭示基因的转录调控机制。
其次，ChIP还可以用于研究组蛋白修饰酶与染色质中特定组蛋白修饰的关系，从而揭示表观遗传学调控机制。
此外，ChIP还可以用于研究疾病相关基因的表达调控机制，为疾病的诊断和治疗提供重要信息。
总之，ChIP技术是一种重要的分子生物学技术，可以用于研究染色质中蛋白质-DNA相互作用。
通过ChIP技术，研究人员可以揭示基因调控、表观遗传学和疾病发生发展等重要生物学问题的答案。
随着技术的不断发展和完善，ChIP技术将在生物学研究中发挥越来越重要的作用。
染色质免疫沉淀技术
染色质免疫沉淀技术介绍染色质免疫沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是一种用于研究染色质上特定蛋白质与DNA的相互作用的实验方法。
通过该技术，我们可以确定某个蛋白质在染色质上的结合位点，进而探究基因表达调控、表观遗传学和疾病发生等重要生物学问题。
ChIP的原理ChIP技术的基本原理是利用特异性抗体与目标蛋白质结合，然后通过免疫沉淀的方式将蛋白质及其结合的DNA分离出来。
具体步骤如下：1. 交联首先，将细胞或组织进行交联，使得染色质上的蛋白质与DNA形成稳定的结合。
常用的交联剂包括甲醛和二氧化硅。
2. 细胞裂解将交联后的细胞或组织进行裂解，释放出染色质。
3. DNA切割使用限制性核酸内切酶或超声波等方法将染色质切割成小片段。
切割后的DNA片段长度通常在200-1000碱基对之间。
4. 免疫沉淀将特异性抗体与目标蛋白质结合，形成抗原-抗体复合物。
然后将抗原-抗体复合物与染色质中的目标蛋白质结合的DNA片段一起免疫沉淀。
5. 分离DNA通过洗涤等步骤将非特异性结合的DNA片段去除，保留与目标蛋白质结合的DNA片段。
6. 解交联去除染色质与蛋白质的交联，使得DNA片段恢复单链状态。
7. DNA纯化将解交联后的DNA片段进行纯化，去除杂质。
8. DNA分析通过PCR、测序等方法对免疫沉淀得到的DNA片段进行分析，确定目标蛋白质结合的DNA序列。
应用ChIP技术在生命科学研究中得到了广泛应用，尤其是在以下领域：1. 基因表达调控通过ChIP技术，可以确定转录因子与染色质上的结合位点，进而揭示基因的调控机制。
研究人员可以通过ChIP-Seq等方法，高通量地鉴定转录因子结合位点，从而识别出与特定基因调控相关的转录因子。
2. 表观遗传学ChIP技术可以用于研究染色质修饰与基因表达调控之间的关系。
例如，通过ChIP-Seq可以鉴定出与DNA甲基化和组蛋白修饰相关的位点，进一步探究这些修饰与表观遗传学调控的机制。
ChIP 原理及实验方法
染色质免疫沉淀技术（ChIP）实验方法实验原理染色质免疫沉淀技术（ChIP）通过与染色质片段共沉淀和PCR技术，在体内检测与特异蛋白质结合的DNA片段。
ChIP技术最大的优点就是在活体细胞状态下研究了蛋白质和目的基因结合状况，减少了体外实验的误差。
在活体细胞中，先对与调节蛋白结合的染色质进行分离，然后通过一定的方法（例如：超声波）随机剪切染色质，用调节蛋白的抗体沉淀目的染色质，再通过一定手段把目的染色质上的蛋白质去除掉，最后用PCR等方法检测鉴定共沉淀的DNA片段的特性。
仪器和试剂真空设备、涡旋器、液氮、冷冻离心管、离心机、超声波粉碎仪、miracloth 37%甲醛，2M甘氨酸，ddHO，剪切的鲑精DNA/protein A琼脂糖珠(Sant cruz)，2蛋白酶K（14mg/ml）,RNaseA,酚：氯仿：异戊醇（25：24：1）,氯仿,无水乙醇,提取缓冲液1（EB1）:0.4M蔗糖；10mM Tris-HCl，pH8.0；5mM β-ME；0.1mM PMSF；蛋白酶抑制剂混合物（aprotinin、pepstain A、Leupeptin、Antipain、TPCK、Benzamidine）•提取缓冲液2（EB2）:0.25M 蔗糖；10mM Tris-HCl，pH8.0；10mM MgCl2；1%Triton X-100(聚乙二醇辛基苯基醚)；5mM β-ME；0.1mM PMSF；蛋白酶抑制剂混合物（同上）提取缓冲液3（EB3）：1.7M蔗糖；10mM Tris-HCl，pH8.0；0.15%Triton X-100；2mM MgCl；5mMβ-ME；0.1mM PMSF；蛋白酶抑制剂混合物（同上）2核裂解缓冲液（NLB）：50mM Tris-HCl，pH8.0；10mM EDTA；1%SDS；PMSF和蛋白酶抑制剂混合物（同上）ChIP稀释缓冲液（ChIP DB）：1.1%Triton X-100；1.2mM EDTA；16.7 mMTris-HCl，pH8.0；167mM NaCl；PMSF和蛋白酶抑制剂混合物（同上）洗脱缓冲液（EB）：1%SDS；0.1M NaHCO3（现配）低盐洗脱液：150mM NaCl；0.1%SDS；1%Triton X-100；2mM EDTA；20mM Tris-HCl，pH8.0高盐洗脱液：500mM NaCl；0.1%SDS；1%Triton X-100；2mM EDTA；20mM Tris-HCl，pH8.0LiCl洗脱液：0.25M LiCl；1%NP-40；1%脱氧胆酸钠；2mM EDTA；20mM Tris-HCl，pH8.0TE缓冲液：1mM EDTA；10mM Tris-HCl，pH8.0实验方法植物材料的准备（以拟南芥为例）1．在覆盖有保鲜膜的土里播上拟南芥的种子。
染色质免疫沉淀技术及其应用
染色质免疫沉淀技术及其应用染色质免疫沉淀技术（ChIP）是一种分离和富集染色质中特定蛋白质与DNA交互作用的技术。
该技术涉及多次步骤，包括交叉连接、切碎染色质、免疫沉淀、反交联和DNA纯化。
通过使用特定的抗体，可以捕获与目标蛋白质结合的染色质，进而使用PCR、微阵列技术或测序等技术来检测目标的DNA序列或特定的基因启动子区域。
ChIP技术有许多应用，包括以下几个方面：1. 蛋白质-DNA互作：ChIP技术被广泛用于研究在细胞及组织中，蛋白质与DNA之间的互作关系。
通过通过捕获与目标蛋白质结合的染色质，可以获得与目标蛋白质结合的DNA序列信息，从而确定特定基因或生物学过程中蛋白质的功能。
2. 研究转录因子及其他调控因子：ChIP技术也被广泛用于研究转录因子及其他调控因子。
在这种情况下，所使用的抗体是针对特定转录因子的，这意味着可以确定该转录因子在哪些基因启动子区域中所结合的染色质。
这有助于我们更好地理解基因调控的复杂性和机制。
3. 应用于疾病研究：ChIP技术还可以应用于疾病研究。
例如，它可以用于研究某些肿瘤细胞中的基因表达模式与癌症发生的关系。
此外，它还可以用来研究某些细菌感染或病毒感染时，细胞中常见的免疫调节因子如核因子kB（NF-kB）的作用。
4. 药理学研究：ChIP技术也可以在药理学研究中使用。
例如，可以使用ChIP来研究药物如何影响转录因子或其他调控因子的结合，从而更好地理解药物如何影响细胞内基因表达。
综上所述，染色质免疫沉淀技术是一种十分有用的研究工具，能够让科学家们更好地理解细胞内蛋白质与DNA之间的互作关系，并为基因调控和疾病研究提供有价值的信息。
染色质免疫共沉淀(ChIP)实验
染色质免疫共沉淀（ChIP）染色质免疫共沉淀可以：（1）组蛋白修饰酶的抗体作为“生物标记”；（2）转录调控分析；（3）药物开发研究；（4）DNA损失与凋亡分析。
1实验方法原理：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。
IP是利用抗原蛋白质和抗体的特异性结合以及细菌蛋白质的“prorein A”特异性地结合到免疫球蛋白的FC片段的现象活用开发出来的方法。
目前多用精制的prorein A预先结合固化在argarose的beads上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，beads上的prorein A就能吸附抗原达到精制的目的。
2实验材料、试剂、仪器耗材：细胞样品甲醛、甘氨酸、PBS、SDS、Lysis Buffer、洗脱液、RNaseA、蛋白酶K、omega胶回收试剂盒等离心管、超声仪、电泳仪、离心机等3实验步骤：一、细胞的甲醛交联与超声破碎（第一天）1. 取出1平皿细胞（10 cm平皿），加入243 ul 37%甲醛，使得甲醛的终浓度为1%（培养基共有9 ml）。
2. 37℃孵育10 min。
3. 终止交联：加甘氨酸至终浓度为0.125 M。
450 ul 2.5 M甘氨酸于平皿中。
混匀后，在室温下放置5 min即可。
4. 吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5. 细胞刮刀收集细胞于15 ml离心管中（PBS依次为5 ml，3 ml和3 ml）。
预冷后2 000 rpm 5 min收集细胞。
6. 倒去上清。
按照细胞量，加入SDS Lysis Buffer。
使得细胞终浓度为每200ul含2×106个细胞。
这样每100 ul溶液含1×106个细胞。
再加入蛋白酶抑制剂复合物。
假设MCF7长满板为5×106个细胞。
本次细胞长得约为80%。
即为4×106个细胞。
因此每管加入400 ul SDS Lysis Buffer。
染色质免疫共沉淀技术(ChIP)
甲醛处理细胞---收集细胞，超声破碎---加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合---加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合---洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物---解交联，纯化富集的DNA-片断---PCR 分析。
在PCR分析这一块，比较传统的做法是半定量-PCR。
但是现在随着荧光定量PCR的普及，大家也越来越倾向于Q-PCR了。
此外还有一些由ChIP 衍生出来的方法。
例如RIP（其实就是用ChIP的方法研究细胞内蛋白与RNA的相互结合，具体方法和ChIP差不多，只是实验过程中要注意防止RNase，最后分析的时候需要先将RNA逆转录成为cDNA）；还有ChIP-chip（其实就是ChIP富集得到的DNA-片段，拿去做芯片分析，做法在ChIP的基础上有所改变，不同的公司有不同的做法，要根据公司的要求来准备样品）。
详细实验方法∙染色质免疫共沉淀技术（ChIP）实验材料∙细胞样品试剂、试剂盒∙甲醛∙甘氨酸∙PBS∙SDS Lysis Buffer∙洗脱液∙RNaseA∙蛋白酶K∙omega胶回收试剂盒仪器、耗材∙离心管∙超声仪∙电泳仪∙离心机真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。
因此，研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。
染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前唯一研究体内D NA与蛋白质相互作用的方法。
它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－D NA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。
染色质免疫共沉淀结果解析
染色质免疫共沉淀结果解析
染色质免疫共沉淀（ChIP）是一种常用的分子生物学技术，用于检测特定蛋白质与基因组DNA的相互作用。
通过该技术，可以确定某种特定的蛋白质是否与某一特定的DNA序列结合，并能够分析这种结合的模式和位置。
ChIP的实验步骤大致分为以下几步：交联、裂解、抗体免疫沉淀、洗涤和提取。
其中，交联是将细胞中的蛋白质与DNA“固定”在一起，裂解则是将细胞核内的染色质分解成小碎片以便于后续的操作。
抗体免疫沉淀是利用特定的抗体将要检测的蛋白质与DNA结合物质
免疫沉淀出来，洗涤则是将非特异性的蛋白质和DNA从结合物质中洗去，提取则是将免疫沉淀得到的物质提取出来以便于后续的分析。
对于ChIP实验的结果解析，需要进行数据处理和分析。
最常用
的方法是将ChIP所得的DNA片段进行PCR扩增，然后进行基因测序
和比对分析。
通过对比对结果的分析，可以确定特定的蛋白质与DNA 序列的结合情况，并确定它们的相互作用模式和位置。
另外，还可以利用一些计算机软件如MACS和HOMER等进行数据处理和分析，以及
进行统计学分析和可视化展示。
综上所述，染色质免疫共沉淀技术是一种重要的分子生物学技术，能够帮助我们了解蛋白质与DNA相互作用的模式和位置，从而为后续的基因功能研究和临床诊断提供重要的参考依据。
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CHIP染色质免疫共沉淀实验 Protocol
CHIP染色质免疫共沉淀实验是一种在全基因组水平上研究蛋白质与DNA相互作用的技术方法。
其实验原理是基于抗原抗体反应的特异性，从而实现对DNA结合蛋白及其DNA靶标的富集。
实验所需试剂和耗材包括：细胞培养及提取试剂、生物素标记试剂盒、抗体、蛋白质A琼脂糖珠、Triton X-100、ECL显影液等。
实验仪器包括：二氧化碳培养箱、倒置显微镜、离心机、染色质免疫沉淀仪等。
实验准备工作的要点包括：首先，要确认所用试剂和耗材的型号和保质期；其次，要确保细胞株和抗体的选择合适；最后，准备好实验所需的仪器设备并调试至最佳状态。
实验方法主要包括以下步骤：1.将细胞进行培养并提取染色质。
2.在染色质中加入对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，并用Triton X-100将抗原抗体混合物进行稀释。
3.在混合物中加入蛋白质A琼脂糖珠，以便吸附多余的抗体和未结合的蛋白质。
4.用洗涤液洗涤沉淀物，去除未结合的蛋白质和抗体，最后用变性液洗脱DNA。
5.用电泳法和显影法检测提取出的DNA片段。
注意事项包括：要保持细胞生长状态良好，并确保抗原抗体反应的时间和温度准确适宜；在加入蛋白质A琼脂糖珠后，要充分混匀以避免影响实验结果；最后，要注意控制好电泳参数和显影条件以保证结果的准确性和可靠性。
常见问题及解决方法包括：如果抗原抗体反应不充分，可以尝试增加抗体浓度或延长反应时间；如果未结合的蛋白质不能被有效清除，可以尝试增加洗涤次数或更换洗涤液；如果电泳条带不清晰或出现异常，可以尝试调整电泳参数或更换电泳液。
总之，CHIP染色质免疫共沉淀实验是一种研究蛋白质与DNA相互作用的有效方法，需要注意保持细胞生长状态良好、准确控制抗原抗体反应条件、充分洗涤未结合的蛋白质等关键点。
同时，针对实验中可能遇到的问题，要积极采取相应的解决方法，以保证实验结果的准确性和可靠性。
染色质免疫共沉淀技术ChIP介绍
染色质免疫共沉淀技术ChIP介绍
1.ChIP的分类
ChIP-Seq：将ChIP与**代测序技术相结合的技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等相互作用的DNA区段。
ChIP-chip：将ChIP与DNA芯片相结合的技术，主要用于特定反式因子靶基因的高通量筛选以及组蛋白修饰和染色体重建。
RIP：RNA结合蛋白**沉淀技术，是研究细胞内RNA与蛋白质相互作用的一项技术。
主要用于研究RNA在基因表达调控中的作用。
ChIP-Re-ChIP：在次ChIP的基础上不解交联，而继续进行另一个目的蛋白的**沉淀，从而得到与两种目的蛋白都结合的DNA序列。
2.染色质免疫共沉淀测序技术优势：
检测覆盖范围广：全基因组范围内扫描目标区域；
检测分辨率高：更利于定位目标区域；
样本需要量低：需要的**沉淀后的DNA量可低至5-10ng；
可靠性好：避免了非特异性杂交，背景低；
性价比高：花费较少即可检测全基因组，获取准确丰富的信息。
3.ChIP试剂盒的选择
由于ChIP实验的操作繁琐、每一步反应需要注意的细节很多，常常需要花费实验者很长的时间才能完成整个实验，而且回收得到的DNA片段可能出现各种各样的问题。
因此，为了帮助广大科研用户解决这些问题，许多商业化的ChIP试剂盒问世。
染色质免疫共沉淀 内参基因
染色质免疫共沉淀内参基因染色质免疫共沉淀（ChIP）是用来研究蛋白质与染色质相互作用的一种实验技术，通过利用特异性抗体来富集与目标蛋白质结合的染色质片段。
然而，在进行ChIP实验时，需要使用内参基因来进行标准化和校正实验结果，以确保实验的准确性和可靠性。
内参基因是指在特定条件下表达稳定、不受外界因素干扰的基因。
在ChIP实验中，内参基因被用来标准化目标基因的富集水平，以消除实验中可能出现的误差。
下面将从内参基因选择、内参基因验证及常用内参基因几个方面来详细探讨。
一、内参基因选择选择适当的内参基因是进行ChIP实验的关键步骤之一。
一个理想的内参基因应具备以下特点：1. 稳定的表达水平：内参基因的表达水平应在不同样品、不同处理条件下保持稳定，不受干扰因素的影响。
这可以通过实时定量PCR （qPCR）或基因芯片技术来评估基因的表达稳定性。
2. 细胞类型特异性：内参基因的表达水平应在所研究的细胞类型中具有一定特异性，并且不受目标蛋白质结合与浓度的影响。
这可以通过在不同细胞类型中进行实时定量PCR检测来评估。
3. 控制组条件下表达水平不变：在ChIP实验中，常常需要对比不同样品或处理条件下的富集水平。
因此，内参基因的表达水平应在不同组别条件下保持相对稳定，以确保实验结果的可比较性。
根据以上的特点，常用的内参基因包括GAPDH、ACTB、GUSB等，这些基因的表达水平通常在不同细胞类型和处理条件下比较稳定，且与ChIP实验中的目标基因的结合无关。
二、内参基因验证为确保选择的内参基因在实验条件下满足稳定性和特异性等要求，进行内参基因验证是必要的。
验证内参基因的常用方法有：1. 实时定量PCR：通过实时定量PCR测定一系列候选内参基因的表达水平，根据表达的稳定性和特异性选择最合适的内参基因。
在实验中，可以根据ChIP-qPCR的结果及对应内参基因的表达情况，评估其在ChIP实验中的可靠性。
2. 基因芯片技术：利用基因芯片技术可以同时检测大量基因的表达水平，对于内参基因的选择具有更高的精确性和鉴定能力。
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染色质免疫共沉淀技术（ChIP）真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。
因此，研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。
染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前唯一研究体内DNA 与蛋白质相互作用的方法。
它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA 复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。
而且，CHIP与其他方法的结合，扩大了其应用范围：CHIP与基因芯片相结合建立的CHIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选；CHIP与体内足迹法相结合，用于寻找反式因子的体内结合位点；RNA-CHIP 用于研究RNA在基因表达调控中的作用。
由此可见，随着CHIP的进一步完善，它必将会在基因表达调控研究中发挥越来越重要的作用。
染色体免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是基于体内分析发展起来的方法，也称结合位点分析法，在过去十年已经成为表观遗传信息研究的主要方法。
这项技术帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰。
ChIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。
近年来，这种技术得到不断的发展和完善。
采用结合微阵列技术在染色体基因表达调控区域检查染色体活性，是深入分析癌症、心血管疾病以及中央神经系统紊乱等疾病的主要代谢通路的一种非常有效的工具。
它的原理是在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。
IP是利用抗原蛋白质和抗体的特异性结合以及细菌蛋白质的“prorein A”特异性地结合到免疫球蛋白的FC片段的现象活用开发出来的方法。
目前多用精制的prorein A预先结合固化在argarose的beads上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，beads上的prorein A就能吸附抗原达到精制的目的。
实验最需要注意点就是抗体的性质。
抗体不同和抗原结合能力也不同，免染能结合未必能用在IP反应。
建议仔细检查抗体的说明书。
特别是多抗的特异性是问题。
其次，要注意溶解抗原的缓冲液的性质。
多数的抗原是细胞构成的蛋白，特别是骨架蛋白，缓冲液必须要使其溶解。
为此，必须使用含有强界面活性剂的缓冲液，尽管它有可能影响一部分抗原抗体的结合。
另一面，如用弱界面活性剂溶解细胞，就不能充分溶解细胞蛋白。
即便溶解也产生与其它的蛋白结合的结果，抗原决定族被封闭，影响与抗体的结合，即使IP成功，也是很多蛋白与抗体共沉的悲惨结果。
再次，为防止蛋白的分解，修饰，溶解抗原的缓冲液必须加蛋白每抑制剂，低温下进行实验。
每次实验之前，首先考虑抗体/缓冲液的比例。
抗体过少就不能检出抗原，过多则就不能沉降在beads上，残存在上清。
缓冲剂太少则不能溶解抗原，过多则抗原被稀释。
ChIP的一般流程：甲醛处理细胞---收集细胞，超声破碎---加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合---加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合---洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA 复合物---解交联，纯化富集的DNA-片断---PCR分析。
在PCR分析这一块，比较传统的做法是半定量-PCR。
但是现在随着荧光定量PCR 的普及，大家也越来越倾向于Q-PCR了。
此外还有一些由ChIP衍生出来的方法。
例如RIP（其实就是用ChIP的方法研究细胞内蛋白与RNA的相互结合，具体方法和ChIP差不多，只是实验过程中要注意防止RNase，最后分析的时候需要先将RNA逆转录成为cDNA）；还有ChIP-chip（其实就是ChIP富集得到的DNA-片段，拿去做芯片分析，做法在ChIP的基础上有所改变，不同的公司有不同的做法，要根据公司的要求来准备样品）。
具体操作流程：第一天：（一）、细胞的甲醛交联与超声破碎。
1、取出1平皿细胞（10cm平皿），加入243 ul 37%甲醛，使得甲醛的终浓度为1%（培养基共有9ml）。
2、37摄氏度孵育10min。
3、终止交联：加甘氨酸至终浓度为0.125M。
450 ul 2.5M甘氨酸于平皿中。
混匀后，在室温下放置5min即可。
4、吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5、细胞刮刀收集细胞于15ml离心管中（PBS依次为5ml，3ml和3ml）。
预冷后2000rpm 5min收集细胞。
6、倒去上清。
按照细胞量，加入SDS Lysis Buffer。
使得细胞终浓度为每200ul 含2×106个细胞。
这样每100ul溶液含1×106个细胞。
再加入蛋白酶抑制剂复合物。
假设MCF7长满板为5×106个细胞。
本次细胞长得约为80%。
即为4×106个细胞。
因此每管加入400ul SDS Lysis Buffer。
将2管混在一起，共800ul。
7、超声破碎：VCX750，25%功率，4.5S冲击，9S间隙。
共14次。
（二）、除杂及抗体哺育。
8、超声破碎结束后，10，000g 4oC离心10min。
去除不溶物质。
留取300ul做实验，其余保存于-80oC。
300ul中，100ul加抗体做为实验组；100ul不加抗体做为对照组；100ul加入4ul5MNaCl（NaCl终浓度为0.2M），65oC处理3h解交联，跑电泳，检测超声破碎的效果。
9、在100ul的超声破碎产物中，加入900ulChIPDilutionBuffer和20ul的50×PIC。
再各加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。
4oC颠转混匀1h。
10、1h后，在4摄氏度静置10min沉淀，700rpm离心1min。
11、取上清。
各留取20ul做为input。
一管中加入1ul抗体，另一管中则不加抗体。
4oC颠转过夜。
（三）、检验超声破碎的效果。
取100ul超声破碎后产物，加入4ul5MNaCl，65oC处理2h解交联。
分出一半用酚/氯仿抽提。
电泳检测超声效果。
第二天：（一）、免疫复合物的沉淀及清洗。
12、孵育过夜后，每管中加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。
4oC颠转2h。
13、4oC静置10min后，700rpm离心1min。
除去上清。
14、依次用下列溶液清洗沉淀复合物。
清洗的步骤：加入溶液，在4oC颠转10min，4oC静置10min沉淀，700rpm离心1min，除去上清。
洗涤溶液：a.l ow salt wash buffer-one washb.highsalt wash buffer-one washc.LiCl wash buffer-one washd.TE buffer-two wash15、清洗完毕后，开始洗脱。
洗脱液的配方：100ul10%SDS，100ul1MNaHCO3，800uld dH2O，共1ml。
每管加入250ul洗脱buffer，室温下颠转15min，静置离心后，收集上清。
重复洗涤一次。
最终的洗脱液为每管500ul。
16、解交联：每管中加入20ul 5M NaCl（NaCl终浓度为0.2M）。
混匀，65oC解交联过夜。
第三天：（一）、DNA样品的回收17、解交联结束后，每管加入1ulRNaseA（MBI），37oC孵育1h。
18、每管加入10ul0.5MEDTA，20ul1MTris.HCl（PH6.5），2ul10mg/ml蛋白酶K。
45oC处理2h。
19、DNA片段的回收----omega胶回收试剂盒。
最终的样品溶于100ul ddH2O。
（二）、PCR分析ChIP-chip技术对于大规模挖掘顺式调控信息成绩卓著，同时它可以用于胚胎干细胞和一些疾病如癌症、心血管疾病和中央神经紊乱的发生的机制。
研究人员还可以利用这项技术开发一些治疗方法。
目前ChIP-chip技术研究主要集中于两个领域：及转录因子的结合和条件特异性；组蛋白的修饰，组蛋白修饰蛋白和染色体重建。
ChIP-chip在描述转录结合因子动力学中的研究、染色体结构组分的分布、在组蛋白的修饰、组蛋白修饰蛋白和染色体重建中的应用也十分广泛。
ChIP-chip 技术的优点是，可以在体内进行反应；在给定的检验细胞环境的模式下得到DNA 相互关系的简单影像；使用特异性修正抗体鉴定与包含有一个特异性后转录修正的蛋白质的相关位点；直接或者间接（通过蛋白质与蛋白质的相互作用）的鉴别基因组与蛋白质的相关位点。
缺点是：需要一个特异性蛋白质抗体，有时难于获得；为了获得高丰度的结合片段，必须实验演示胞内条件下靶标蛋白质的表达情况；调控蛋白质的基因的获取可能需要限制在组织来源中。
总之，ChIP-chip 技术的发展为析活细胞或组织中DNA与蛋白质的相互关系提供了一个极为有力的工具。
在未来的研究中，将对芯片的构建进行改进，提高其实用性。
使用易于获得抗体，增加这种方法的可用性。