染色质免疫共沉淀测序ChIP-Seq

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介绍

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白修饰、转录因子等互作的DNA区段。利用该种技术，通过将测序结果精确定位到基因组上，研究人员可获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

该项技术可用于以下研究

1）处于特定时期或特定处理条件下的样本中，特定转录因子在染色体上的结合位置检测；

2）各种类型组蛋白修饰在染色体上的分布特征；

3）疾病样本中，与疾病发生发展相关的组蛋白修饰表观遗传机理研究和相关表观分子标志的探索性研究；

4）研究其他各类与DNA能发生互作的蛋白因子在染色体上的定位特征；

5）不同条件处理下，特定蛋白因子在染色体上的定位变化。

数据处理和分析流程图

预期示例图展示

示例图1 多样本差异Peak区域热图展示

示例图2 不同条件处理下转录因子结合位点上的PolII信号强弱动态变化

示例图3 Peak区域内的碱基构成分布和转录因子基序分析[1]

示例图片来源文献

[1]. H e, H.H., et al., Nucleosome dynamics define transcriptional enhancers. Nat Genet, 2010.

42(4): p. 343-7.