生物信息综合实验报告

实验五

一：流程图设计：

我主要是分析流感病毒h1n1。在NCBI 中查找h1n1的相关文献，了解有关h1n1的基本知识。再对h1n1的核苷酸序列以及蛋白质序列进行分析。大体过程如下：

具体操作：

一：下载两条h1n1的核苷酸序列

1.进入网站NCBI ： ，输入要查找的h1n1序列

2.将找到的序列以FASTA 格式保存

二．用blasta对两条序列进行比对

三．用dnaman软件分析两条核苷酸序列1.查看两条序列的理化性质

分析h1n1polymerase pb1

分析h1n1nucleocapsid protein np

2.两条序列的比对：

h1n1polymerase pb1

h1n1 nucleocapsid protein np

4.两序列同源性分析

h1n1polymerase pb1

另外一条序列的设计同上。

四．利用NCBI将核苷酸序列翻译为蛋白质序列

进入NCBI网站，点ORF finder，把核苷酸序列输入

五．在NCBI中查看蛋白质序列的二级结构或用Jpred分析二级结构

也可用Jpred进行二级结构的预测

六．用SWISS-MODEL进行蛋白质三级结构预测

用Swiss-Pdb Viewer软件作的球棍模型