利用Primer+Premier+5.0进行引物设计
利用Primer Premier5.0来验证引物
利用Primer Premier5.0来验证引物
我们做实验,有时会用到别人已经用过的引物,但如何才能知道这个引物是否正确呢?可利用Primer Premier5.0来验证引物。
下面以常用内参GAPDH为例将验证过程介绍如下:
GAPDH的引物序列来自一片外文文献:
上游:AATGCATCCTGCACCACCAA
下游:GTAGCCATATTCATTGTCATA
所得片断为516bps。
首先在NCBI中查到GAPDH的mRNA序列。
然后打开Primer Premier5.0,点File→New→DNA Sequence,将上面的mRNA 序列复制到NewSequence 框内,注意选择as is。
先加上游引物:点Primer→点左上角s(sense)→点Edit Primers, 将上游引物复制到编辑框(用Ctrl+V快捷键),注意选择as is→点Analyze→点Prime,即可见输入的上游引物与模板匹配上了→点Ok。
再加下游引物:点左上角A(antisense)→点Edit Primers, 将下游引物复制到编辑框(用Ctrl+V快捷键),注意选择reversed→点Analyze→点Prime,即可见输入的下游引物与模板匹配上了→点Ok。
此时即可看到上游和下游引物的相关参数。
注:在Primer Premier5.0中,上游引物的显示方向为5'→3',下游引物为3'→5',均为从左往右看。
primer premier5引物设计步骤
primer premier5引物设计步骤
引物是在PCR反应中用于扩增目标DNA片段的短链寡核苷酸序列。
Primer Premier 5是一款常用的引物设计软件,以下是引物设计的一般步骤:
1. 目标序列准备:将目标DNA序列输入到Primer Premier 5软件中。
确保序列准确无误,并确定要扩增的目标区域。
2. 引物设计参数设置:根据实验需求和PCR反应条件,设置引物设计的相关参数。
包括引物长度、引物的GC含量、引物间的碱基对数目等。
3. 引物设计策略选择:根据需求选择合适的引物设计策略,如末端限制酶切位点、避免引物间的二聚体形成等。
4. 引物设计和评估:软件将自动生成多个候选引物序列,并根据一定的评估标准对其进行评估,包括引物的互补性、引物之间的二聚体形成、GC含量等。
5. 引物的选择和优化:根据评估结果选择一个或多个最合适的引物序列。
根据需要,可以对引物进行进一步优化,如修改引物长度、GC含量、碱基组成等。
6. 引物合成和实验验证:根据设计的引物序列进行引物合成,并进行PCR 实验验证引物的扩增效果和特异性。
引物设计是PCR实验中至关重要的步骤,引物的质量和合适性直接影响PCR 反应的效果。
Primer Premier 5软件提供了便捷的引物设计工具和功能,可以帮助研究人员高效地设计和评估引物序列。
利用软件PrimerPremier5_0进行PCR引物设计的研究
1基金项目2辽宁省科技厅博士启动基金(20021072)=作者简介>任亮(1978-),男,辽宁省葫芦岛市人,在读硕士研究生,主要研究方向为分子生物学。
利用软件Primer Premier 510进行PCR 引物设计的研究任 亮,朱宝芹,张轶博,王海燕,李尘远,苏玉虹,巴彩凤(锦州医学院辽宁省高校分子细胞生物学与新药开发重点实验室,辽宁 锦州 121001)=摘要>目的 运用Pr imer Premier 510软件设计PCR 引物,并且检验所设计引物的P CR 扩增效率和特异性。
方法 运用Primer Pr emier 510软件设计16对猪和犬的PCR 扩增引物,通过PCR 扩增后进行琼脂糖凝胶电泳检测实验结果。
结果 在所设计的16对引物中有8对P CR 扩增特异性好且效率高,成功率50%。
但是,其中早期设计引物12对只有4对成功,后期设计引物4对全部成功。
结论 从引物设计的过程中可以看到一种趋势-后期引物设计的成功率远远高于早期。
这表明我们在引物设计方面正在逐步成熟,特别是运用比较基因组学定位的原理在分离新基因的引物设计方面积累了较多的经验。
=关键词>PCR 引物设计;软件P rimer Premier 510;P CR =中图分类号> Q 524=文献标识码> A=文章编号> 1000-5161(2004)06-0043-04T he Research of Applying Primer Premier 510to Design PCR PrimerREN Liang,ZHU Bao-qin,ZHANG Yi-bo,WANG Hai-yan,LI Chen-yuan,SU Yu-hong,BA Cai-feng(Key Laboratory of Molecular Cell Biolog y and New Drug of Liaoning Province,Jinzhou Medical College,Jinzhou 121001China)=Abstract >Objective With the help of Primer Premier 510to design PCR primer and verifying the efficiency and speciality of PCR about these primers 1Methods Sixteen pairs of primers that w ould be amplified in Genomics of pig and dog w ere designed by Primer Premier 5101The results of PCR w ould be investig ated through agarose g el electrophoresis 1Results Eight pairs of primers in all designed suc -ceeded in the efficiency and speciality of PCR,the ratio of success w as 50percent 1T he tw elve pairs of primers w hat were designed in the forepart of the ex periment were only four to amplify better 1How -ever,the four pairs of primers desig ned in the anaphase all succeeded 1Conclusions There is a trend that can be recognized in the process of designing primer 1Namely,the forepart is far more than the anaphase in the ratio of success to desig n primer 1It is indicated that our technolog y to design primer is further professional 1Moreover,the most important is that the technique route of using the com para -tive g enom ics to isolate new gene is farther comprehended and perfected and placing a direction at next experiment 1=Key words >desig n primer;Primer Prem ier 510;PCR 自从1985年美国PE-Cetus 公司的人类遗传研究室Mullis 等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应(polym erase chain reaction;PCR)以来,PCR 已经成为了分子生物学领域最基本也是最重要的技43锦州医学院学报J Jinzhou M ed College 2004Dec1,25(6)术手段之一。
如何使用Primer_Premier_5.0
生物秀-专心做生物w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生物w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生物w w .b b i o o .c o m物秀-专心做生物.b b i o o .c o m生物秀-专心做生物w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生物w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生物w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生物w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生物w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生物w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生物w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做生w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心w w w .b b i o o .c生物秀-专心做w w w .b b i o o .c o m生物秀-专心做w w w .b b i o o .c o m①代表这些序列与引物匹配的得分值小于40分②代表这些序列与引物匹配的得分值位于40~50分③代表这些序列与引物匹配的得分值位于50-80分,④代表这些序列与引物匹配的得分值位于80-120分生物秀-专心做生物w w .b b i o o .c o m秀-专心做生物b b i o o .c o m。
利用软件PrimerPremier5.0进行PCR引物设计的研究
利用软件PrimerPremier5.0进行PCR引物设计的研究利用软件PrimerPremier5.0进行PCR引物设计的研究引言:PCR (Polymerase Chain Reaction) 是一种广泛应用于分子生物学和基因工程领域的技术,通过引物(primers)的选择和设计,能够扩增特定的DNA片段。
PCR引物设计的质量和合理性对PCR扩增的成功与否起着至关重要的作用。
PrimerPremier5.0 是一款被广泛使用的引物设计软件,具有许多功能,可以辅助研究人员选择高质量的引物。
本文旨在研究和探讨利用PrimerPremier5.0软件进行PCR引物设计的方法和优势。
方法:1. 引物设计目标:在PCR实验中,为了获得准确和高效的扩增结果,引物设计时需要考虑以下几个因素:- 引物长度:通常情况下,引物的长度应在18到30个碱基对之间。
- GC含量:GC含量应尽量控制在40%到60%之间,过高或过低都会影响引物的特异性和扩增效率。
- 引物间的互补性:引物之间应避免互补性或三联体结构的形成,以避免非特异性扩增。
- 引物的熔解温度(Tm):引物的Tm值应接近,以确保特异性扩增。
2. PrimerPremier5.0软件的使用:- 安装并启动PrimerPremier5.0软件。
- 导入所需扩增区域的目标序列。
- 在软件中设置引物的参数,如长度、GC含量和Tm值等。
- 执行引物设计程序,软件会根据设置的参数,自动在目标序列中搜索合适的引物。
结果与讨论:通过PrimerPremier5.0软件的使用,可以高效地选择到符合设计要求的引物。
软件会根据设定的参数,自动搜索并筛选出多个候选引物。
1. 引物长度:为了确保引物能够与模板DNA进行特异性结合,通常将引物长度设定在18到30个碱基对之间。
经过软件筛选后,可得到一组长度适当的引物。
2. GC含量:合适的GC含量可以提高引物的稳定性和特异性。
软件会自动根据设定的GC含量范围,筛选出具有适当GC含量的引物。
Primer premier 5.0设计pcr引物
1.安装软件Primer premier5.0。
程序下载:Primer Premier 5.0 /Soft/2005/114.htm 2.程序中双击打开3.点FILE---NEW—DNA SEQUENCE如图所示。
4.输入目的基因片段,可以复制后用ctrl+V键拷贝到栏内,后应加数个N以备后续设计时加酶切位点及保护碱基,如图所示。
5.选中enzyme图标,将所选质粒上的多克隆酶切位点加入左栏6.选中OK键,分析目的基因中所含的酶切位点,选插入位点时就应排除这些酶7.选中primer图标,点S图标,edit primer,开始设计正义链。
8.软件默认引物为25个碱基9.可将鼠标点在设计框的3端从右向左删除7-9个碱基,保留16-18个配对即可10.在引物的5端加入选好的酶切位点并在其左侧加3个保护碱基,入该图加入HIND III酶切位点及TTA保护碱基,完成后点analyze,认为可以后点OK。
11.选中左上角A图标,用鼠标拉动滑块将待选引物放至目的基因末端。
如图,选中EDIT PRIMERS图标,开始设计反义链。
12.从3端删除7-9个碱基同正义链。
13.将酶切位点加在5端,应将产品目录所示的酶切位点序列从右至左加入(注意不要加反)如图加入BamH I酶切位点及CGC3个保护碱基。
完成后点analyze,认为可以后点OK。
14.最后分析结果如图,反义链的FALSE PRIMING可以不考虑,RATING表示引物评分也可以不考虑,主要看Tm值正义链和反义链相差不应超过3度。
GC含量不应超过60%15.该软件有个缺点,不能保存分析结果,只能选择打印16.如果设计RT-PCR检测的引物就如下所示。
同上输入目的基因片段,选SEARCH 图标,选择参数,一般选PCR primers---both—100至250个碱基,引物长短20+/-2,search parametere中的参数可以不选,为默认设置。
点OK。
primer premier5设计引物的原理
primer premier5设计引物的原理
Primer Premier 软件设计引物的原理主要基于以下原则:
1. 引物长度:以15-30bp为合适,最常用的是18-24bp。
2. 引物GC含量:应在40-60%之间。
3. 引物碱基分布:应遵守随机性,避免连续出现4个以上的单一碱基,尤其在引物的3端不应该出现连续的G/C。
4. 避免自身互补:引物自身不能含有互补序列,否则会形成发夹一样的二级结构,影响PCR作用效果。
5. 避免引物二聚体:两个引物之间不应该有多于4个的互补/同源的碱基。
6. 引物3'端:是G/C。
7. 简并引物的出现:出于遗传密码的煎饼性。
有时需要根据一段氨基酸的保守序列反推到DNA水平设计引物。
由于大多数氨基酸(二十种常见氨基酸中的十八种)的遗传密码不只一种,由氨基酸序列反推DNA序列时,就遇到部分碱基的不确定性。
这种不确定性因物种或者细胞亚结构的不同而异。
Primer可以针对各种不同的遗传密码规律设定不同DNA和氨基酸的相互转换,这取决于被分析的序列出处。
这样设计出来的引物实际上是多种序列的混合物在某些位点有所变化,但大部分还是相同的,称之为简并引物。
遵循这些原则和技巧,可以帮助设计出更有效和可靠的PCR引物。
《2024年利用软件PrimerPremier5.0进行PCR引物设计的研究》范文
《利用软件PrimerPremier5.0进行PCR引物设计的研究》篇一一、引言随着分子生物学技术的飞速发展,聚合酶链式反应(PCR)已成为实验室研究中不可或缺的技术之一。
PCR引物设计是PCR实验成功的关键步骤之一,它直接影响到PCR的特异性和效率。
因此,选择合适的引物设计工具至关重要。
本文将介绍如何利用PrimerPremier5.0软件进行PCR引物设计的研究。
二、PrimerPremier5.0软件简介PrimerPremier5.0是一款功能强大的引物设计软件,可广泛应用于PCR、qPCR、测序等分子生物学实验。
该软件具有直观的操作界面、丰富的引物设计参数和灵活的引物筛选功能,能够满足不同实验需求。
使用PrimerPremier5.0软件,科研人员可以快速、准确地设计出高质量的PCR引物。
三、利用PrimerPremier5.0进行PCR引物设计1. 打开PrimerPremier5.0软件,创建新的引物设计项目。
2. 输入目标基因序列:将待设计的基因序列输入到软件中,确保序列的准确性和完整性。
3. 设置引物参数:根据实验需求,设置引物的长度、GC含量、退火温度等参数。
PrimerPremier5.0软件会根据这些参数自动筛选出合适的引物序列。
4. 引物筛选:软件会自动生成多个引物对,科研人员可以根据实际需求,通过调整参数或手动筛选,选择最佳的引物对。
5. 引物评价:对筛选出的引物对进行评价,包括引物特异性、扩增效率等方面。
确保选用的引物具有良好的特异性和扩增效果。
6. 保存引物信息:将选定的引物信息保存为文本文件或直接导出到PCR仪器的操作软件中,以便进行后续的PCR实验。
四、实验结果分析利用PrimerPremier5.0软件设计的PCR引物进行实验后,通过电泳、测序等方法对PCR产物进行检测。
根据实验结果,分析引物的特异性和扩增效率。
将实验结果与软件预测结果进行比较,评估PrimerPremier5.0软件在引物设计方面的准确性和可靠性。
PCR引物设计软件primerPremier5.0应用简介
4. 引物所对应模板序列的Tm值
• 最好在72℃左右
5. ΔG值(自由能) ,
反映了引物与模板结合的 强弱程度。一般情况下,引物 的ΔG值最好呈正弦曲线形状, 即5’端和中间ΔG值较高,而3’ 端ΔG值相对较低
1. 引物的长度
一般为15-30bp,常用的是1827bp,但不能大于38,因为过长会 导致其延伸温度大于74℃,即Taq 酶的最适温度
2. 引物3’端的序列
引物3’端的碱基一般不用A, 因为A在错误引发位点的引发效 率相对比较高
引物间3’端的互补、二聚体 或发夹结构也可能导致PCR反应 失败
3. 引物的GC含量
一. 引物设计的基本原则
• 引物长度(primer length) • 产物长度(product length) • 序列Tm值 (melting temperature) • ΔG值(internal stabilformation and hairpin) • 错误引发位点(false priming site) • 引物及产物GC含量(composition)
Premier 的主要功能分四大块,其中有三 种功能较常用,即引物设计( ),限 制酶切点分析( ),基元查找( )。 另个功能是同源性分析( ),并非 Premier 的特长,在此略过。该软件还有 别的一些功能,如序列”朗读”,DNA 与蛋白序列的互换( )
6. 引物二聚体及发夹结构的能量
一般不要超过4.5,否则 容易产生引物二聚体带而且 会降低引物浓度从而导致 PCR正常反应不能进行
二. Primer Premier 5.0 引物设计软件简介
Primer Premier 5.0用途:
PCR引物设计及Primer_Premier_5.0使用介绍
Use these two button to translate the DNA seq to a protein seq or a protein seq to a DAN seq 8种密码子偏好
引物设计界面 First you can design the primer
manually
Sense strand or anti-sense strand
引物设计的原则
2.引物GC含量在40%~60%之间,Tm值最 好接近72℃。 GC含量(composition)过高或过低都 不利于引发反应。上下游引物的GC含量 不能相差太大。若按公式Tm=4(G+C) +2(A+T)估计引物的Tm值,则有效引 物的Tm为55~80℃,其Tm值最好接近 72℃以使复性条件最佳。
引物设计的原则
3.引物3′端要避开密码子的第3位。 如扩增编码区域,引物3′端不要终止于 密码子的第3位,因密码子的第3位易发 生简并,会影响扩增的特异性与效率。
引物设计的原则
4.引物3′端不能选择A,最好选择T。 引物3′端错配时,不同碱基引发效率存 在着很大的差异,当末位的碱基为A时, 即使在错配的情况下,也能有引发链的合 成,而当末位链为T时,错配的引发效率 大大降低,G、C错配的引发效率介于A、T 之间,所以3′端最好选择T。
PCR引物设计及相关软件使用
主要内容
• • • • • PCR介绍 引物设计原理 引物设计原则 Primer Premier 5.0 介绍 举例说明引物的设计
1、什么是PCR 聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction ,PCR)是80年代中期发展起来的 体外核酸扩增技术。它具有特异、敏感、 产率高、快速、简便、重复性好、易自动 化等突出优点;能在一个试管内将所要研 究的目的基因或某一DNA片段于数小时内扩 增至十万乃至百万倍;可从一根毛发、一滴 血、甚至一个细胞中扩增出足量的DNA供分 析研究和检测鉴定。
引物设计讲解PrimerPremier5.0
Edit Primer 引物编辑窗口可以用来设计用于定点突变的引物或分析一条已有引物序列。
在windows系统或Power Mac的Command-X Command-C 及Command-V系统中您可以使用CTRL-X CTRL-C和CTRL-V快捷键来实施剪切拷贝和粘贴删除当前引物序列,并从剪贴板上粘贴是分析一条已有引物的好方法。
进行粘贴时Paste 粘贴窗口会激活用以将引物序列转化为反向互补或反向互补形式您也可以手工键入引物序列一旦引物被编辑发生变化Analyze 按钮就可以使用点击Analyze 按钮即可分析编辑后的引物。
Automatic Search 自动搜索引物长度引物的长度控制着引物的特异性和在PCR反应中的退火温度.对越多数实验适宜引物长度为18到24个碱基,等于或少于15碱基的短引物有时用于简单的基因作图或特殊的文库构建library protocol ,28到35碱基的长引物对于从一系列高度相关的分子中扩增序列和特殊样本的克隆能起到重要作用。
长PCR引物能给扩增带来更好的特异性,长引物也允许您通过降低退火温度来能提高反应的灵敏度,不过长引物通常更易于形成包括发卡结构二聚体自身互补等二级结构。
理论上在合适的融链温度范围内最短的引物能在特异性和高效性间获得较好的平衡。
为设计一条高效引物有几个参数必须考虑PRIMER PREMIER搜索所考虑的参数依次如下Tm 融链温度:PRIMER PREMIER根据相邻二碱基对作用理论nearest neighbor theory 来计算融链温度。
PCR反应的合适Tm范围为56到63°C。
GC% GC含量:对于PCR反应来说GC含量在50%左右比较合适而对于测序引物和杂交探针来说GC含量至少应为50%。
Degeneracy 多义性:当设计多义引物时应尽量减少引物多义性这样会带来更好的特异性应尽量避免3末端的多义性因为这里即使一个碱基的错配都能阻止引物延伸。
利用PrimerPremier5_0进行引物设计
收稿日期:2008-03-19作者简介:翟中会(1974-),男,医学信息学专业,在读计算机应用专业硕士。
利用Primer Prem ier 5.0进行引物设计翟中会A,陈希南A,王 娟B(西安交通大学:A.图书馆,陕西西安 710049;B.医学院信息中心,陕西西安 710061)摘要:目前,PCR 引物设计大都通过计算机软件进行。
本文详细的介绍了怎样利用“Pri m er Pre m ier 5.0”软件进行PCR 引物设计。
关键词:引物;软件;设计中图分类号:G434 文献标识码:A 文章编号:1006-2769(2008)04-0695-04Pr im er D esi gn w ith Pr im er Prem i er 5.0Z HA I Zhong 2hui 1,CHEN Xi 2nan 1,WANG Juan2(1.L ibrary of Xi ’an J iaot ong University,Xi ’an 710049;2.Medical College of Xi ’an J iaot ong University,Xi ’an 710061,China )Abstract:A t p resent,PCR p ri m ers are designed mostly by computer s oft w are .This paper describes in detail how t o use the “Pri m 2er Prem ier 5.0”s oft w are t o design PCR p ri m ers .Key W ords:p ri m er;s oft w are;design 自从1985年Karny Mullis 发明了聚合酶链式反应以来,PCR 技术已成为分子生物学研究中使用最多、最广泛的手段之一,而引物设计是PCR 技术中至关重要的一环。
生物软件应用primer引物设计方法
引物设计软件Premier Primer 5学校专业姓名学号“Premier Primer 5”软件由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计,评估的软件,其主要界面是分为序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和纹基分析窗口(Motif)。
引物自动搜索可采用“Premier Primer 5”软件,引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。
Primer Premier 5.0软件可以用来做1、引物设计2、限制性内切酶位点分析3、DNA 基元(motif)查找4、同源性分析,这篇论文我们主要做引物设计,因为后三项有其专业化软件,而且它们不是“Premier Primer 5”软件的强项。
目的:根据松鼠的核酸序列设计PCR引物设计,扩增模板DNA序列。
首先在百度中搜索松鼠的拉丁名,放入NCBI的搜索框中,选择Nucleotide。
中文学名:松鼠拉丁学名:Sciurus vulgaris将序列复制到记事本上程序运行打开软件Premier Primer 5,点击file→open→DNA Sequence接着出现加载序列Preimer Premier 启动界面加载file点击接着点击出现点击,进入引物设计窗口点击,对下图的各种参数可以进行设置将DNA的双螺旋结构翻译成蛋白质序列,或者蛋白质翻译成DNA序列名称Primer的有用信息正义链或反义链基序分析酶切分析序列比对接着点击[如果选择按钮则出现下图,可以改变下图参数,经过多次选择,选High 时,Rating 最高。
]引物类型搜索模式5’引物位置范围3’引物位置范围产物大小范围引物长度如果想要False Priming也有参数,我们可以通过点击这个图上面的那个图片中的,点击下图的False Priming,上图的False Priming会出现参数。
《2024年利用软件PrimerPremier5.0进行PCR引物设计的研究》范文
《利用软件PrimerPremier5.0进行PCR引物设计的研究》篇一一、引言PCR(聚合酶链式反应)是分子生物学和遗传学中常用的一种实验技术,它对于特定基因序列的克隆、分析、鉴定和扩增具有重要意义。
在PCR技术中,引物设计是一个关键的步骤,其成功与否直接影响着PCR反应的效果和准确度。
随着生物信息学的发展,引物设计软件为研究人员提供了更加方便快捷的途径。
本篇文章旨在研究并阐述如何利用软件PrimerPremier5.0进行PCR引物设计。
二、PrimerPremier5.0简介PrimerPremier5.0是一款专门用于设计PCR引物的软件,具有友好的界面和强大的功能。
它可以针对特定基因序列进行引物设计,同时还可以根据用户的需求进行参数调整,如引物的长度、GC含量、退火温度等。
此外,该软件还具有自动筛选和优化引物的功能,大大提高了引物设计的效率和准确性。
三、利用PrimerPremier5.0进行PCR引物设计的步骤1. 打开PrimerPremier5.0软件,输入需要设计的基因序列。
2. 根据实验需求设置引物设计的参数,如引物长度、GC含量、退火温度等。
3. 软件将自动分析基因序列,并在可能的位置设计引物。
用户可以根据需要调整引物的位置和参数。
4. 软件将给出所有可能的引物组合,用户可以根据引物的质量、特异性等指标进行筛选。
5. 对筛选出的引物进行优化,如调整引物的长度、GC含量等,以提高PCR反应的效率和准确性。
6. 保存并导出设计的引物序列,用于后续的PCR实验。
四、注意事项1. 在进行引物设计时,应尽量选择特异性较高的区域进行设计,以避免非特异性扩增。
2. 引物的长度和GC含量应适中,以保证PCR反应的效率和准确性。
3. 退火温度是PCR反应中一个重要的参数,应根据引物的具体情况进行调整。
4. 在使用PrimerPremier5.0进行引物设计时,应遵循软件的操作指南,以保证设计的准确性和效率。
如何利用Primer5.0 设计简并引物
如何利用Primer5.0 设计简并引物简并引物设计都要注意些什么呢?用Primer5.0怎样设计兼并引物呢?下面是网上找到的详细的简并引物设计原则和Primer5.0 设计简并引物的方法可以参考下:理论上说:由氨基酸回导核酸序列,同时考虑到细菌使用密码子的偏爱性,以减少兼并度,但是这样得到的兼并引物的兼并密码子比较多,我建议你可以先从网上找到已经报道的比较近的几种菌的序列,然后比对,设计兼并引物,这样做没问题,我觉得还比较简便,因为我就是这么做的,也没用primer软件啊!另外3端最好不是简并密码子,你可以在网上查查看。
下面是网上找到的详细的简并引物设计原则和Primer5.0 设计简并引物的方法可以参考下:简并引物设计原则:1. 选择高度保守的序列作为引物。
如果可能的话,选择在基因家族内和不同种属间都保守的序列。
2. 选择兼并度最小的序列a. 含有色氨酸和甲硫氨酸的肽段为首选,因为其密码子是唯一的b. 尽可能不用含有亮氨酸、精氨酸、丝氨酸的肽段。
3. 若引物序列高度简并,利用脊椎动物基因组中CpG二核苷酸的较低丰度,可望降低兼并度。
并结合密码子优先表,或在有兼并度的地方引入次黄苷来降低兼并度。
4. 引物的3‘端残基尽可能使用确定残基。
但令人吃惊的是,当G、C或T发生错配时,3’端的T残基相对保持中立。
5. PCR产物的合适长度为200~1000bp。
6. 如果蛋白中有两个以上的区域高度保守,可构建几套PCR引物,以便使用“巢式”PCR来增加特异性。
PCR反应条件1. 退火温度总的来说,退火温度越低,非特异性扩增的可能性越大。
低至37度的退火温度也可被采用于高度简并的引物进行PCR扩增。
Touchdown PCR也可以减少错误扩增2. 扩增的循环数过多循环数导致非特异性带的产生;可以每5个循环取一定样品来检测扩增的特异性3. 降温时间不同的PCR仪效率不同。
较长的降温时间有利于错配杂交的产生4. PCR缓冲液成分主要在于Mg++离子的浓度。
primer5.0已知基因序列,设计引物
Primer5.0 目的基因序列引物设计
GA TTtCTTGGCTTtATA TA TCTTGT GGAaAGGaCGAAACACCGTGCTCGCTTCGGCAGCAC ATATACTAGTCGACGGGTCTAGACAA TGA TGCTGGGTAA TGACACCAAGCTGGGACTG GTACAGAAAGTCAGAGAACACTTACAGAACGGCA TCTAGACAATGA TGCTGGGTAATA CACTTACAGAACGGCA TCTAGA TGCCGTTCTGTAAGTGTTTGTTGAATGAATGAGTGTT GAACAAACTGCTAAGGTATCTTT ACAAGGTAG
从中扩增出目的基因片段(绿色的部分):
首先:将绿色部分复制到primer5.0引物设计软件中,ctrl+v用鼠标右键不管用
.选择As is后,惦记OK出现:
然后惦记,出现
图中右上角标记,其中惦记S合成的是上游引物,A是下游引物,点击S后出现,然后点击出现
这些就是上游引物,选中后ctrl+c复制到引物合成单中,发给公司,下游引物:回到
点击A出现
用前后调节框,如下,将序列向右移动移到最后,得到下图
注意显示的是3—5,ctrl+c—ctrl+v后悔发现序列变成5---3了,这是软件的好处,因为公司引物合成就是从5—3的
其实上下游引物只是相对的,将得到的引物序列填表后发给公司就好了。
如何设计引物
引物设计原则:1.找出这种细胞物种的PTN全长核苷酸序列2.采用primer premier 5.0软件设计引物设计应注意如下要点:● 1. 引物的长度一般为15-30 bp,常用的是18-27 bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA聚合酶进行反应[2]。
● 2. 引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性较高的序列,否则容易导致错配。
引物3’端出现3个以上的连续碱基,如GGG或CCC,也会使错误引发机率增加[2]。
● 3. 引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。
不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率,末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基,因此应当避免在引物的3’端使用碱基A[3][4]。
另外,引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR 反应失败。
5’端序列对PCR影响不太大,因此常用来引进修饰位点或标记物[2]。
● 4. 引物序列的GC含量一般为40-60%,过高或过低都不利于引发反应。
上下游引物的GC含量不能相差太大[2][5]。
● 5. 引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。
Tm值的计算有多种方法,如按公式Tm=4(G+C)+2(A+T),在Oligo软件中使用的是最邻近法(the nearest neighbor method) [6][7]。
● 6. ΔG值是指DNA双链形成所需的自由能,该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。
应当选用3’端ΔG值较低(绝对值不超过9),而5’端和中间ΔG值相对较高的引物。
引物的3’端的ΔG值过高,容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应[6]。
●7. 引物二聚体及发夹结构的能值过高(超过4.5kcal/mol)易导致产生引物二聚体带,并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行[8]。
●8. 对引物的修饰一般是在5’端增加酶切位点,应根据下一步实验中要插入PCR产物的载体的相应序列而确定。
引物设计技巧
引物设计1. 安装软件Primer premier5.0或更高版本。
2. 安装好在程序中双击打开,在界面中点击File---New—DNA Sequence。
3. 输入目的基因片段,可以复制后用Ctrl+V键拷贝到栏内,后应加数个N以备后续设计时加酶切位点及保护碱基。
4. 选中enzyme图标,将所选质粒上的多克隆酶切位点加入左栏。
5. 选中OK键,分析目的基因中所含的酶切位点,选插入位点时就应排除这些酶。
6. 选中primer图标,点S图标,edit primer,开始设计正义链。
7. 软件默认引物为25个碱基,可将鼠标点在设计框的3端从右向左删除7-9个碱基,保留16-18个配对即可。
8. 在引物的5端加入选好的酶切位点并在其左侧加3个保护碱基,完成后点analyze,认为可以后点OK。
9. 选中左上角A图标,用鼠标拉动滑块将待选引物放至目的基因末端。
选中Edit Primers图标,开始设计反义链。
10. 将酶切位点加在5端,应将产品目录所示的酶切位点序列从右至左加入(注意不要加反)完成后点analyze,认为可以后点OK。
11. 最后分析结果,反义链的FALSE PRIMING可以不考虑,RATING表示引物评分也可以不考虑,主要看Tm值正义链和反义链相差不应超过3度,GC含量不应超过60%。
12. 如果设计RT-PCR检测的引物,同上输入目的基因片段,点击Primer图标,再点击Search图标,可根据实验目的选择设置合适的参数,设置好后点OK。
13. 出现primer search results介面,点OK,会出现介面显示满足设计参数的候选结果,根据PCR产物的大小和引物的位置点击选中合适编号的引物。
点S图标再点Edit Primers可选择复制正义链引物序列。
点A图标相同方式可选择得到反义链引物序列。
注意事项:1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计2.引物长度一般在15~30碱基之间3.引物CG含量在40%~60%之间4.碱基要随机分布5.引物3’端要避开密码子的第三位,3’端不能选择A最好选择T6.引物自身及引物之间不应存在互补序列7.引物应具有特异性,引物设计完后应对其进行BLAST检测。
引物设计Primer5.0
引物设计软件Primer5.0的操作(以小鼠GAPDH为例):1、在NCBI上搜索该基因,选择Nucleotide,输入MUSS GAPDH。
2、找到该基因,点击打开基因信息。
3、点击进入CDS选项。
4、找到编码区所在位置。
在origin中,Copy该编码序列作为软件查询序列的候选对象。
5、打开Primer Premier5.0软件,File—New—DNA Sequence,将复制的序列拷贝进弹出的窗口(1)NewSequence中。
6、点击窗口中Primer,弹出窗口(2)Primer premier。
7、点击窗口(2)中Search,出现窗口(3)Search Criteria,按照图中设置各参数。
一般PCRProduct Size可以在80-300范围设置。
Primer length为20加减2bp。
8、在Search Mode中选中Manual,点击Search Parameters,弹出窗口(4)Manual SearchParameters。
修改默认值中的TM为59%-61%,GC为40%-60%,点OK。
9、直接再点击弹出窗口(5)Search Progress中的OK。
10、软件即开始自动搜索引物,搜索完成后,自动跳出结果窗口(6)Search Result,搜索结果默认按照评分(Rating)排序,分值偏高的比较好。
另外还有产物长度,Tm值等信息。
11、点击窗口(6)中的任何一个搜索结果,可以在Primer Premier引物窗口中会出现该对引物的详细综合信息,包括上游引物和下游引物的序列和位置等。
比如2号引物的PCR产物在220至656之间,点击S出现正向引物的信息,点A出现反向引物的信息,图中显示的是反向引物(AntiSense)的信息。
对于引物的序列,可以简单查看一下,避免出现下列情况:3’端不要以A结尾,最好是G或者C,T也可以;3’不要出现连续的3个碱基相连的情况,比如GGG或CCC,否则容易引起错配;此窗口中需要着重查看的包括:Tm应该在55~70度之间,GC%应该在45%~55%间,上游引物和下游引物的Tm值最好不要相差太多,大概在2度以下较好。
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自从1985年K锄y MuⅡi8发明了聚合酶链式反应以来,
万方数据
Autllorware,n璐h,Acti∞,Dimctor及Micmso矗O伍ce套件中的 PowerPoint等。前几种课件制作工具制作出来的效果较好,但 并非所有教师都能熟练掌握,并且制作出来的课件不易更 改口。3]。PowerPoint因其容易掌握而成为目前课堂演示的首选 工具¨J。在Power】Point界面下,可添加图片、视频、动画,也可插 入其他格式的课件。PowerP0int演示文档可以网页格式保存, 以便在线演示或直接发布到网站上进行网上教学。目前,国内 外许多教学P0werPoint均为分散的孤立文档,没有整合形成完 整的学科教学软件。本课件采用P0werPoint作为基本制作工 具,将我校医学寄生虫学教师课堂使用的教学幻灯片集中起来, 统一页面风格,优化演示效果,采用FmntPage及Photoshop,Im. ageReady制作网页界面,将各幻灯片按内容链接起来,构成医学 寄生虫学教学课件H J。
2.Dep卸Im∞t of Post伊aduate AdIIIiIli8眦i叩I sec∞d MilikIry Medical unive璐ity,Sh卸gIlai 200433,cIli触l
Ab湘麓ct:In tIlis paper,we introduce how to malce鹏efhl and 8ys钯lIlic cou璐ewa陀f醅medical pam8itolo盯璐ing Fmn£PaIge ba8ed 蜘P0werPoint.Easy to alter蛐d opemte,the cou飓eware enables teache瑙to e勰ily ch蛐ge it accofding to tlle latest adv粕ce8 in tlle
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西北医学教育2008年8月 第16卷第4期
NoRTHWE鲫MEDIcAL EDuc加oN AlIg.2∞8 v01.16 No.4
否发生在引物的3’端来判断,3’端发生的错配要比其他位置的 错配对引物引发效率的影响大的多,所以在使用中应当结合错 配的具体配对情况来综合分析,这方面程序未能进行量化,用户 只能根据经验判断;另外,程序对于产物的Tm值和引物Tm值 之间的差异也未能给出评价,如果二者差异较大(如>22℃), 则容易造成退火时引物一模板、模板一模板之间的竞争。而在 结果输出方面,该程序也只能以图文格式打印,无法转换成文本
西北医学教育2008年8月第16卷第4期
No耵卸耽srMEDIcALEDu咖oN AIIg.2∞8 v01.16 N。.4
利用Primer Premier 5.O进行引物设计
翟中会A,陈希南A,王 娟B
(西安交通大学:A.图书馆,陕西西安710049;B.医学院信息中心,陕西西安710061)
Hale Waihona Puke 摘要:目前,PCR引物设计大都通过计算机软件进行。本文详细的介绍了怎样利用“PriIIl盯Prellli盱5.O”软件进行PCR引
discipline明d their o帅teaclling styles.At tIle s锄e time-it fits studen协’∞lfIstudy肌d inte瑚Ic咖e le啪iIlg tll】舢gll tlle net帅rI【. 1畸Wor由:m础cal耻瞰璩itology;t髓clIiI唱oou瑁e’va阳;e鹪t—t0一aher
PcR技术已成为分子生物学研究中使用最多、最广泛的手段之 一,而引物设计是PCR技术中至关重要的一环。使用不合适的 PCR引物容易导致实验失败。现在PcR引物设计大都通过计 算机软件进行。可以直接提交模板序列到特定网页,得到设计 好的引物,也可以在本地计算机上运行引物设计专业软件。一 般来说,专门进行PCR引物设计的专业软件功能更为强大,但
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西北医学教育2008年8月 第16卷第4期
NoRTHWEsT MEDIcAL EDucAlloN Aug.2∞8 v01.16 N。.4
实现引物设计中的各种功能,包括引物自动寻找、寻找结果查看 和引物编辑;右边是观察两个引物在模板上结合位置的直观图 以及对正链还是负链引物进行选择;第二层是显示模板和引物 序列及二者间的配对情况;第j层是显示两个引物的各种参数, 包括给引物的打分,引物以及产物的起始位置、长度、Tm值、 Gc%消光系数、简并性;最后一层是给出有关于引物的二聚体 结构、发卡结构、错配情况和引物间二聚体结构的预测,左边是 显示是否存在以上各种对PCR扩增有影响的结构,右边显示的 是这些结构的位置、细节和稳定能,利用这些参数可以对引物做 出可靠的评价。
使用起来却不太容易。本文将就引物设计原则及软件使用问题 进行探讨¨J。
1 Primer Prelllier 5.O主窗口介绍 Primer Premiel5.0是由加拿大的PrelIlier公司开发的专门 用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计、评估的软件,和 Pl鹪mid Prelllier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其 主要界面(图1)同样也是分为序列编辑窗口(Geneb踮k),引物
图3搜索结果窗口
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西北医学教育2008年8月 第16卷第4期
NoR忸唧MEDIcAL EDucA.110N AIIg.2008 v01.16 N;.4
图6巢式PcR引物设计
形成情况来判断引物是否适合于作为巢式PcR的引物。另外 是比较优秀的,能够全面的给出一个引物的各种参数,并在多个
格式。
参考文献:
[1]任亮,朱宝芹,张轶博,等.利用软件蹦眦r Premier 5.0进行PcR 引物设计的研究[J].锦州医学院学报,2004(6):43—46.
[2]张新宇,高燕宁.PcR引物设计及软件使用技巧[J].生物信息学, 2004(4):15一18.
易更改型《医学寄生虫学》教学课件的制作
图2 SⅢh界面
3 search结果窗口
命令进入巢式PcR引物设计,通过点中代表各个引物的三角号
在结果窗口(图3)中给出了程序给该对引物的打分(rat- 来选择引物,然后根据最下面的窗口巾各个引物之间的二聚体
ing)和上下游引物的起始位置、长度以及产物的长度。通过直 接点击各对引物在相应引物搜寻界面中相应的显示引物的各种
计算机多媒体技术在教学过程中的重要性日渐突出。教师 不仅仅靠板书、口头传授等传统方式进行教学;学生的学习方式 也有了更多的选择,如在线学习、利用课件自学等…。与此同 时,随着科技的发展,专业知识也日新月异。为把学科的新知识 随时纳入教学,教师在备课和教学媒体制作方面需要花大量的 时间与精力。传统的cAI课件在教学中发挥了重要作用,但由 于大多利用固有的平台开发,使用者难以更改。为此,我们制作 了易更改型《医学寄生虫学》教学课件。
图1 程序的引物设计窗口
设计窗口(蹦mer Des蚴),酶切分析窗口(Restricti∞Sites)和纹
收稿日期:2008一03一19 作者简介:翟中会(1974一),男,医学信息学专业,在读计算机应用 专业硕士。
基分析窗口(Motif)。这里我们主要介绍其引物设计功能。 该界面共分为四层,最上面一层左面是5个控制按钮,用于
1 课件制作工具的选择 课件的制作工具很多,如国内的方正奥思,Adobe公司的
收稿日期:2008一05一04 基金项目:教育部人才培养模式创新实验区建设项目(教高函 [2007]29号一184);军队教育科学研究重大项目(No.001);卫生 部“十一五”规划教材项目(07一eo—08) 作者简介:李华(1968一),博士。副教授.研究方向为寄生虫病免 疫学诊断和多媒体教学。 通讯作者:陈晓光,教授,博士生导师,南方医科大学公共卫生与热 带医学学院副院长。 ·698·
物设计。
关键词:引物;软件;设计 中图分类号:G434. 文献标识码:A
文章编号:1006—2769【2008)04一啷5一04
Primer Desi印wi也Pri眦r P咒Ⅱlier 5.O
ZHAI zllong-huil,CHEN)(i-n锄1,WANG Ju锄2
(1.Hbmry of)【i’锄Ji∞tollg unive舟畸,Ⅺ’舳710049;2.Medical College of)【i’锄Ji∞t叩g unive瑙ity,)【i’明71006l,Clli腿)
点的易更改型《医学寄生虫学》教学课件。该课件不仅适合不同教学风格的教师授课,便于随时将学科的新进展纳入教学
中,同时适合学生的自学及其交互性学习。
关键词:医学寄生虫学;教学课件;易更改
中图分类号:G642.O
文献标识码:A
文章编号:1006—27胡(2008)04一0698—02
Course吣E嬲y Making of
李 华1,邱 秋2,王顺宏2,刘昌政1,陈晓光1 (1.南方医科大学公共卫生与热带医学学院病原生物学系,广东广州510515;
2.第二军医大学研究生管理大队一队,上海200433)
摘要:介绍了如何在教学用PowerPoint基础上,利用FrontP孵等工具制作具有系统性、易更改性、实用性和操作简便等特
to柚ter蛋时Memcal Par蝴tolo野
ⅡH眦1,QIU Qiu2,wANG sh咖-hon92。uu ch鲫g—zhen91,cHEN)【i∞.gIl柚91
and’I蛳cal (1.Dep舡tIl地nt of Etiology,Sch00l 0f Healtll
Medicine。S‘'utllem Medical UIliVe玛ity,Gu衄铲ho旺510515;