《分类鉴定》PPT课件

五、细菌分类和伯杰氏手册
• 细菌：伯杰氏鉴定细菌学手册（第八、第九版）、细菌系统学手册（第一Βιβλιοθήκη Baidu）
美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey) 主 编。 1957年第七版后，吸收了国际上细菌分类学家参加编 写，它的近代版本反映了出版年代细菌分类学的最新 成果，因而逐渐确立了在国际上对细菌进行全面分类 的权威地位。
分析不同微生物16SrRNA或18SrRNA寡核苷酸序列 的同源性程度，以确定不同生物间的亲缘关系和进化 谱系。
三、氨基酸顺序和蛋白质分析
蛋白质的氨基酸序列直接反映mRNA 的序列，并与 编码它们合成的基因结构密切相关。
因此，比较不同微生物的蛋白质可以间接揭示微生 物的系统发育关系。
比较蛋白质的方法有多种。其中，最直接的方法是 测定具有相同功能的蛋白质的氨基酸序列。
1990年，又改为古生菌、真细菌、真核生物
三、系统发育树
定义：
第三节 微生物的分类鉴定方法
菌种鉴定步骤：
• 获得纯培养物 • 测定必要的鉴定指标 • 查找权威性的菌种鉴定手册
一、传统分类法
1、形 态 特 征： 个体形态（形状、大小、染色反应等） 群体形态（菌落特征、液体培养特点等）
2、生理生化特征： 营养要求、代谢产物、酶的反应等的测定
b）GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作 出鉴定，从分子 水平上判断物种的亲缘关系。
c） GC%的比较，主要用于分类鉴定中的否定.
亲缘关系近的生物，它们应该具有相似的G+C含 量，但具有相似G+C含量的生物，并不一定表明它 们之间具有近的亲缘关系。
2、DNA杂交。 亲缘关系越近的微生物，其碱基顺序就越近，反之就越远。 3、16s rRNA的核苷酸序列分析
第二节 微生物的分类系统
一、生物的界级分类学说 是在认识发展过程中存在的对生物分类的不同阶段的不同观点。
如：二界系统、三界系统、四界系统、五界系统、六界系统和三原界系统
二、三原界系统
是1978年由Wose提出的，所有生物存在
一个共同祖先，由它分三条进化路线，就形 成了三个原界：古细菌原界、真细菌原界、 真核生物原界
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 专有的名称；
第一节 细菌分类
一、种以上的系统分类单元 界 Kingdom 门 Phylum（或Division）——亚门 纲 Class ——亚纲 ——超目 目 Order ——亚目 科 Family ——亚科 ——族 ——亚族 属 Genus 种 Species
第一卷：古生菌、蓝细菌、光合细菌以及最早分支的细菌 第二卷：变形杆菌（包括形态及生理学特征多样的革氏阴性菌） 第三卷：低G+C含量的革氏阳性菌 第四卷：高G+C含量的革氏阳性菌 第五卷：浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和衣原体等
伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的最
重要依据，其特点是描述非常详细，包括对细 菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验的 具体方法。
第十章 微生物的分类鉴定
据保守估计，地球上 真菌约150万种，细菌4万种，病毒130万种 但认识的微生物仅是估计数量的5~10%，即15万~20万种
要认识、研究和利用类群庞大的微生物资源， 必须对它们进行分类。
•
定义：按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或
分类群的科学。
•
任务：分类、鉴定、命名
• 命名原则：双名法 学名=属名+种名+（首次定名人）+定名年份 • 规定与常识：属名应大写首字母，种的加词代表一个种
的次要特征，首字母小写，属名和种名采用斜体字。例 如：
金黄色葡萄球菌， Staphylococcus aureus Rosenbach 1884 Bacillus subtilis (Ehrenberg,1835) Cohn 1872
第一版（1923年）~ 第八版（1974年） ~ 第九 版（1994年）
1984~1989年改为《伯杰氏系统细菌学手册》，简称 《系统手册》 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology) （第一版，分四卷）
第二版，分五卷
（根据系统发育资料，对分类单元进行了相当大的调整，将细菌 分成两个域共25门39纲）
二、 种（species）
种是生物分类中基本的分类单元和分类等级。 微生物的种：指具有高度特征相似性的菌株群，这个菌 株群与其他类群的菌株有很明显的区别。
种的具体代表： 称为“模式种”（type species）
三、种以下的分类单元
： • 亚种（subspeciers） 种的进一步细分，一般指其某一明显而稳定的特征与模式
中不同的种. • 型 ：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株
• 菌株（strain）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体极其一切后
例代如；：抗原特征的差异，分为不同的血清型； 对噬菌体裂解反应的不同，分为不同的噬菌体型
四、微生物的命名
• 命名：菌种的学名是按照《国际细菌命名法规》命名的 国际学术界公认，并通用的名称。
分类(classification)：根据一定的原则对微生物进行分群归类， 根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征 进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定；
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物 分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未 明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。
3、生态特征： 微生物间各种相互关系的利用 温度、氧气、PH等
二、遗传分类法
1、G+C含量的测定 由于微生物（G+C）mol%具有较稳定的值，可代表其遗传特征。一般而言，
亲缘关系密切和表型又高度相似的微生物常有相似的（G+C）mol%
GC%使用注意事项：
a）每个生物种都有特定的GC%范围，因此后者可以 作为分类鉴定的指标。细菌的GC%范围为25-75%， 变化范围最大。
四、微型、简便、快速或自动化鉴定技术
1、 API 细菌数值鉴定系统 2、 Enterotube 系统 3、 Biolog 全自动或手动细菌鉴定系统
1、 API 细菌数值鉴定系统