河流沉积物中微生物DNA的提取方法比较
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( 1． 华北水利水电学院环境与市政工程学院，郑州 450012; 2． 中国环境科学研究院水污染控制技术研究中心，北京 100012)
摘 要 提取河流沉积物中 DNA 是研究河流沉积物微生物多样性的难点之一，实验开发了一种酚与 SDS 的 DNA 提 取方法，与 OMEGA 和 BioDee 2 种 DNA 提取试剂盒方法进行了比较，并通过 DNA 纯度、PCR 扩增结合 16S rDNA 克隆文库 检验对几种方法进行了评价。结果表明，OMEGA DNA 提取试剂盒法方法简单，提取的 DNA 纯度较高，酚 + SDS 法用时较 长，DNA 提取量大，纯度较低。BioDee 试剂盒提取量最小，虽然对 PCR 结果没有影响，但不能满足沉积物微生物多样性分 析的要求。OMEGA DNA 提取试剂盒法和酚 + SDS 法可分别用于 PCR 扩增、克隆文库、DGGE 等的后续实验。
关键词 河流沉积物 微生物 DNA 提取方法
中图分类号 X172 文献标识码 A 文章编号 1673-9108( 2011) 04-0935-04
Comparative study of DNA extraction methods of microorganisms in river sediment
Zhu Lingfeng1 Zhang Le1，2 Wang Haiyan2 Zhou Yuexi2 Zhang Zhaoyao1，2 Wang Yeyao2 Lei Shufeng2
( 1． College of Environmental and Municipal Engineering，North China University of Water Resources and Electric Power，Zhengzhou，450012; 2． Research Center for Water Pollution Control Technology，Chinese Research Academy of Environment Sciences，Beijing 100012，China)
由于河流沉积物中存在大量的腐殖质和生物残
力起到了非常重要的作用。但是利用传统培养方法 骸，直接影响了 PCR、酶切及克隆等分子技术的效
只能对 1% ～ 10% 可培养微生物进行研究，对于大
多数不可培养的微生物种群，单凭传统培养难以得 基金项目: 国家水体污染控制与治理科技重大专项( 2008ZX07207-
Abstract DNA extraction of river sediment sample is one of the difficulties in the research of the river sediment microbial diversity． An extraction method of DNA，i． e． phenol with SDS measure was developed in this study，and was compared with the other two DNA extraction kits of OMEGA and BioDee． The above mentioned methods were evaluated by the results of DNA purity，PCR amplification and 16S rDNA clone library． The results showed that the OMEGA DNA extraction kit method was a simple way with high DNA purity． The phenol + SDS method obtained plenty of DNA，however a longer time was needed and with lower purity DNA． The extraction rate of BioDee extraction kit method was minimum，but no effect on the PCR results． However，the PCR production was not suitable to the next steps of the analysis of sediment microbial diversity． The above results showed that the DNA，which was obtained us百度文库ng OMEGA DNA extraction kit method and the phenol + SDS method，could be used for the next steps of PCR，16S rDNA clone library，DGGE and other molecular tests．
第5卷 第4期 2011 年4 月
环境工程学报
Chinese Journal of Environmental Engineering
Vol ． 5 ，No ． 4 Apr． 2 0 1 1
河流沉积物中微生物 DNA 的提取 方法比较研究
朱灵峰1 张 乐1，2 王海燕2* 周岳溪2 张召耀1，2 王业耀2 雷书凤2
Key words river sediment; microorganism; DNA; extraction method
全球河流正在遭受越来越严重的环境污染，河 研究河流沉积物微生物种群结构特征及多样性的基 流沉积物作为河流生态系统的一部分，其作用不容 础［1］。
忽视。而底泥中的微生物群落对河流的自我调节能
到有价 值 的 信 息。近 年 来 分 子 生 物 学 技 术 PCR、
010)
DGGE、克隆文库等的应用，使长久以来依赖纯分离 培养的底泥微生物多样性研究更加精确便捷。因此 底泥微生物 DNA 的提取也成为分子生物学手段中
摘 要 提取河流沉积物中 DNA 是研究河流沉积物微生物多样性的难点之一，实验开发了一种酚与 SDS 的 DNA 提 取方法，与 OMEGA 和 BioDee 2 种 DNA 提取试剂盒方法进行了比较，并通过 DNA 纯度、PCR 扩增结合 16S rDNA 克隆文库 检验对几种方法进行了评价。结果表明，OMEGA DNA 提取试剂盒法方法简单，提取的 DNA 纯度较高，酚 + SDS 法用时较 长，DNA 提取量大，纯度较低。BioDee 试剂盒提取量最小，虽然对 PCR 结果没有影响，但不能满足沉积物微生物多样性分 析的要求。OMEGA DNA 提取试剂盒法和酚 + SDS 法可分别用于 PCR 扩增、克隆文库、DGGE 等的后续实验。
关键词 河流沉积物 微生物 DNA 提取方法
中图分类号 X172 文献标识码 A 文章编号 1673-9108( 2011) 04-0935-04
Comparative study of DNA extraction methods of microorganisms in river sediment
Zhu Lingfeng1 Zhang Le1，2 Wang Haiyan2 Zhou Yuexi2 Zhang Zhaoyao1，2 Wang Yeyao2 Lei Shufeng2
( 1． College of Environmental and Municipal Engineering，North China University of Water Resources and Electric Power，Zhengzhou，450012; 2． Research Center for Water Pollution Control Technology，Chinese Research Academy of Environment Sciences，Beijing 100012，China)
由于河流沉积物中存在大量的腐殖质和生物残
力起到了非常重要的作用。但是利用传统培养方法 骸，直接影响了 PCR、酶切及克隆等分子技术的效
只能对 1% ～ 10% 可培养微生物进行研究，对于大
多数不可培养的微生物种群，单凭传统培养难以得 基金项目: 国家水体污染控制与治理科技重大专项( 2008ZX07207-
Abstract DNA extraction of river sediment sample is one of the difficulties in the research of the river sediment microbial diversity． An extraction method of DNA，i． e． phenol with SDS measure was developed in this study，and was compared with the other two DNA extraction kits of OMEGA and BioDee． The above mentioned methods were evaluated by the results of DNA purity，PCR amplification and 16S rDNA clone library． The results showed that the OMEGA DNA extraction kit method was a simple way with high DNA purity． The phenol + SDS method obtained plenty of DNA，however a longer time was needed and with lower purity DNA． The extraction rate of BioDee extraction kit method was minimum，but no effect on the PCR results． However，the PCR production was not suitable to the next steps of the analysis of sediment microbial diversity． The above results showed that the DNA，which was obtained us百度文库ng OMEGA DNA extraction kit method and the phenol + SDS method，could be used for the next steps of PCR，16S rDNA clone library，DGGE and other molecular tests．
第5卷 第4期 2011 年4 月
环境工程学报
Chinese Journal of Environmental Engineering
Vol ． 5 ，No ． 4 Apr． 2 0 1 1
河流沉积物中微生物 DNA 的提取 方法比较研究
朱灵峰1 张 乐1，2 王海燕2* 周岳溪2 张召耀1，2 王业耀2 雷书凤2
Key words river sediment; microorganism; DNA; extraction method
全球河流正在遭受越来越严重的环境污染，河 研究河流沉积物微生物种群结构特征及多样性的基 流沉积物作为河流生态系统的一部分，其作用不容 础［1］。
忽视。而底泥中的微生物群落对河流的自我调节能
到有价 值 的 信 息。近 年 来 分 子 生 物 学 技 术 PCR、
010)
DGGE、克隆文库等的应用，使长久以来依赖纯分离 培养的底泥微生物多样性研究更加精确便捷。因此 底泥微生物 DNA 的提取也成为分子生物学手段中