肿瘤的分子分型30分钟

原泰-天昊检测平台的优势
• 采用探针方法检测突变只能检测已知突变，
大大提高漏检率 • 采用焦磷酸测序准确度和灵敏度与测序类 似，但是测序片段太短 • 我们可以对合格的穿刺标本进行肿瘤突变 筛查以及定量PCR检测 • 我们的实验结果接受第三方权威评测和单 盲，双盲实验
原泰-天昊遗传中心 ——专注于DNA分析
定量PCR检测结果
50 45 40 35 30 25 20 15 10 5 0 293 Helf
柱形图 1 柱形图 2
石蜡标本mRNA检测作为临床参考的 科学性商榷
石蜡标本检测出的mRNA水平高低，作为临床化疗的 参考，必须十分谨慎，理由如下，请仔细考虑以下两个问 题：
• 1年前的石蜡标本所检测的mRNA水平是否会因为
•
原泰-天昊检测平台的优势
• 所有的样本都严格要求肿瘤组织，采用血清进行 • •
肿瘤细胞的相关指标检测仅停留在科研，由于其 假阴性太高，目前为止没有科学意义的。 定量PCR检测必须有内参基因作为对照校正取样 细胞数差异，必须要有2重复实验排除实验失误和 随机误差等，科学的数据要求至少2重复。 我们提供原始数据和剩余DNA样本给客户，客户 通过原始数据可以知道实验的准确性和可靠性， 同时积累原始数据可以发表文章
TUBB3和 STMN mRNA 培美曲赛 TYMS mRNA 吉西他滨 RRM1 mRNA 依托泊苷 TOP2A mRNA 西妥昔单抗 KRAS 突变筛查 厄洛替尼 吉非替尼EGFR KRAS B-raf 突变筛查
举例说明
• 天津肿瘤医院——开始自己做测序，结果
反复出现假突变，最后与我们合作。
• 福建肿瘤医院——大肠癌石蜡标本KRAS 基
变，造成假阳性 • 纯化方法直接决定了测序质量，天昊平台 有改进后的纯化方法，比其他测序公司纯 化效果好很多 • 测序数据的分析，需要排除“假突变”， SNP，如何判读插入缺失突变。
突变样本的测来自百度文库结果
肺癌胸水标本EGFR外显子21错义突变 Leu858Arg
肺癌个体化治疗检测方案
• 卡铂（顺铂） ERCC1或BRCA1 mRNA • 紫杉醇（多西紫杉醇） 长春瑞滨（长春花碱） • • • • •
肿瘤基因突变筛查方法优劣比较
液相芯片：准确性差（受杂交等条件影响）
灵敏度一般 未知突变无法筛查 可筛查已知的插入缺失突变 探针类试剂盒方法：准确性高（98%以上） 灵敏度高（探针的优势） 未知突变无法筛查 对插入缺失筛查的能力差

肿瘤基因突变筛查方法优劣比较
测序： 准确性高（几乎100%）
降解而低于真实值？
• 1年前病人的组织mRNA水平与现在病人的组织
mRNA水平是否会发生剧烈的变化而使检测结果失 去参考价值？ （就像突变也会随着时间的推移发 生新的耐药突变一样）
肿瘤治疗的分子分型和异病同治
• 传统的肿瘤的形态学和组织学分类在化疗
治疗方面显示出局限性 • 大样本多中心的化疗临床研究为分子分型 提供了大量的数据 • 分子分型的结果与临床疗效的研究为肿瘤 化疗的同病异治和异病同治提供了科学依 据
使用的主要 技术方法： 基因测序 FISH 荧光毛细管电泳
• 遗传性肿瘤的分子诊断
• 遗传性乳腺癌家族
• •
10%的乳腺癌是家族遗传的，其中主要的原因是 BRCA1（首选I,55%）， BRCA 2（首选II,, 35%） 遗传性非息肉性大肠癌（HNPCC） MSH2(首选1，~60%)， MLH1(首选2, ~30%) ， MSH6(次选,~4%) 家族性结直肠息肉综合症（FAP） 首选 APC，次选 MYH
使用的主要 技术方法： 基因测序
突变筛查的关键
• 1、必须采用同一个体正常细胞对照 • 2、必须排除数据库中的SNP多态（大多数
公司缺少） • 3、如何看待突变筛查的灵敏度问题？ • 4、微缺失和插入的检出（测序最佳） • 5、出现耐药现象后建议对后期的肿瘤组织 重新进行突变检查（取材困难） • 6、未知突变的筛查和确认（探针方法失效）
临床遗传分子诊断项目的 规范化和标准化运作
• 样本采集要求： • 实验室质控要求： • 仪器和试剂的选择： • 结果分析和解释的要求：
原泰-天昊检测平台的优势
• 测序是突变筛查的金标准！尽管灵敏度有所欠缺，
•
但是对于未知突变的检测和准确度都是最好的。 国内尚未批准任何一家临床细胞分子遗传学专业 医学检验所，原泰-天昊已经着手向卫生部门申请 临床细胞分子遗传学专业医学检验所医疗机构许 可 ，其余公司也处于自行检测阶段。 突变测序的数据需要详细分析，排除假阳性（例 如SNP干扰，例如PCR引入突变等）
目前临床检测的主要项目
• 与化疗相关的基因mRNA的表达量 • 与分子靶向相关的基因的突变
(ERCC1/BRCA1,TYMS，RRM1,TUBB3,STMN1,TOP2A)
(EGFR,KRAS,BRAF) 基因的拷贝数异常(her2,EGFR) 基因的遗传多态性（UGT1A1,CYP2D6）
使用的主要 技术方法： 定量PCR
因PCR成功率低于50%，且不会排查SNP， 后选择与我们合作。
定量PCR检测的技术要点
• 必须使用肿瘤组织作为检测对象，组织必须保存 •
• •
在特定的保存液中，石蜡片子中mRNA降解严重， 量又少，定量PCR成功率较低。 对同一个样本必须使用GAPDH或者B-actin作为对 照基因，校正取样细胞数的差异 必须进行2重复的定量实验，防止操作失误和随机 误差 基因表达的高或低是一个相对值，需临床数据和 资料才能确定何种表达水平适合用何种治疗方案。
• SNP分型 • 基因测序筛查突变、插入、缺失等 • STR分型（全基因组扫描，候选STR，肿瘤
LOH，亲缘鉴定） • CNV芯片分析的拷贝数定量分析 • 甲基化定性和甲基化定量分析 • 基因表达定量(Sybrgreen和Taqman方法)
灵敏度一般（测序的灵敏度为10%） 可以筛查任何未知突变 对插入缺失的判断准确 焦磷酸测序：准确性高（几乎100%） 灵敏度一般（灵敏度约为10%） 可以筛查任何未知突变 对插入缺失的判断准确 测序片段只有100-150bp，通量太低

测序突变筛查的难点
• 石蜡标本的PCR十分困难 • 为了提高成功率采用多次PCR造成的引入突